生物信息学常用数据库(已分类)
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生物信息学数据库分类整理汇总
生物信息学数据库分类整理汇总生物信息学数据库是存储和管理生物学领域的大量数据的重要工具和资源，对于生物信息学研究、基因组学、蛋白质组学、转录组学等领域的研究具有重要的意义。
本文将对生物信息学数据库进行分类整理和汇总，方便生物信息学研究者更好地使用和了解这些数据库。
1.基因组数据库：- GenBank：美国国家生物技术信息中心（NCBI）维护的基因序列数据库，包含已知基因的核酸序列。
- Ensembl：英国恩格斯尔基因组项目维护的一个综合性基因组数据库，包含多种物种的基因组数据。
- UCSC Genome Browser：加利福尼亚大学圣克鲁兹分校开发的一个基因组浏览器，提供多种物种的基因组序列和注释信息。
2.蛋白质数据库：- UniProt：一个综合性的蛋白质数据库，集成了多个蛋白质序列和注释信息资源。
- Protein Data Bank (PDB)：存储大量已解析的蛋白质结构数据的数据库，提供原子级别的结构信息。
- Protein Information Resource (PIR)：收集和整理蛋白质序列、结构和功能信息的数据库。
3.转录组数据库：- NCBI Gene Expression Omnibus (GEO)：存储和共享大量的高通量基因表达数据的数据库。
- ArrayExpress：欧洲生物信息学研究所（EBI）开发的一个基因表达数据库，包含多种生物组织和疾病的表达数据。
4.疾病数据库：- Online Mendelian Inheritance in Man (OMIM)：记录人类遗传疾病和相关基因的数据库。
- Orphanet：收集和整理罕见疾病和相关基因的数据库。
5.代谢组数据库：- Human Metabolome Database (HMDB)：一个综合性的人类代谢物数据库，包括代谢产物的结构和功能信息。
- Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG)：包含多种生物体代谢途径的数据库。
(完整版)生物信息学教学资料：生物信息学常用数据库
6
• Access to GenBank • GenBank is available for searching at NCBI via several methods. • The GenBank database is designed to provide and encourage access
http://ratmap.gen.gu.se
生物信息学方法与实践
Bioinformatics Method and Practice
1
生物信息学常用数据库
• 一级数据库
–数据库中的数据直接来源于实验获得的原始数 据，只经过简单的归类整理和注释。
• 二级数据库
–对原始生物分子数据进行整理、分类的结果， 是在一级数据库、实验数据和理论分析的基础 上针对特定的应用目标而建立的。
prior to publication so that an accession number may appear in the paper. NCBI has a WWW form, called BankIt, for convenient and quick submission of sequence data. Sequin, NCBI's stand-alone submission software for MAC, PC, and UNIX platforms, is also available by FTP. When using Sequin, the output files for direct submission should be sent to GenBank by electronic mail. • There are specialized, streamlined procedures for batch submissions of sequences, such as EST, STS, and HTG sequences.
• Access to GenBank • GenBank is available for searching at NCBI via several methods. • The GenBank database is designed to provide and encourage access
http://ratmap.gen.gu.se
生物信息学方法与实践
Bioinformatics Method and Practice
1
生物信息学常用数据库
• 一级数据库
–数据库中的数据直接来源于实验获得的原始数 据，只经过简单的归类整理和注释。
• 二级数据库
–对原始生物分子数据进行整理、分类的结果， 是在一级数据库、实验数据和理论分析的基础 上针对特定的应用目标而建立的。
prior to publication so that an accession number may appear in the paper. NCBI has a WWW form, called BankIt, for convenient and quick submission of sequence data. Sequin, NCBI's stand-alone submission software for MAC, PC, and UNIX platforms, is also available by FTP. When using Sequin, the output files for direct submission should be sent to GenBank by electronic mail. • There are specialized, streamlined procedures for batch submissions of sequences, such as EST, STS, and HTG sequences.
生物信息学数据库的分类和注释要求
KEYWORDS
KEYWORDS (关键词)字段：由该序列的提交者提供，包 括
• 该序列的基因产物 • 其它相关信息
SOURCE
SOURCE (数据来源)字段：说明该序列是从什么生物体、 什么组织得到的 次关键字ORGANISM (种属)：指出该生物体的分类学地位
REFERENCE
REFERENCE(文献)字段：说明该序列中的相关文献，包括
FASTA格式特点：
• 只存储了最少量的信息 • 它将所存储的信息转化为简单的字符串 • 人和计算机对其存储的信息都具有极大的可读性
FASTA格式在许多分子生物学软件包中得到广泛应用。
GenBank数据库—数据库格式(2)
GenBank纯文本文件格式(GenBank flatfile, GBFF): GenBank、EMBL、DDBJ每天都相互同步更新各自的数据 库，它们是怎样交换数据的呢？
GenBank数据库结构
GenBank中最常用的是序列文件。 序列文件的基本单位：是序列条目，包括核苷酸碱基排列 顺序和注释两部分。 生物信息资源中心通过计算机网络提供该数据库文件。 注释条目：文章的格式
(
Genbank
Genbank 查找页面
D31716
描述部分
CDs are recurring units in polypeptide chains (sequence and structure motifs), the extents of which can be determined
TITLE Cloning and sequence of REV7, a gene whose function is required for
DNA damage-induced mutagenesis in Saccharomyces cerevisiae
生物信息学中常用的数据类型和数据库类型
生物信息学中常用的数据类型和数据库类型
在生物信息学中，常用的数据类型包括：
1. 基因组序列数据：包括DNA和RNA序列的原始数据，如FASTA格式或FASTQ格式。
2. 转录组数据：包括基因表达谱、剪接变异等，如RNA-seq数据。
3. 蛋白质序列数据：包括蛋白质的氨基酸序列，如UniProt数据库。
4. 基因组结构数据：包括基因位置、外显子、内含子等信息。
5. 遗传变异数据：包括SNP、INDEL、CNV等遗传变异信息。
6. 蛋白质结构数据：包括蛋白质的三维空间结构，如PDB数据库。
在生物信息学中，常用的数据库类型包括：
1. 基因组数据库：如NCBI GenBank、ENSEMBL等，存储基因组序列和注释信息。
2. 转录组数据库：如NCBI SRA、ENA等，存储RNA-seq和其他转录组数据。
3. 蛋白质数据库：如UniProt、Swiss-Prot等，存储蛋白质序列和注释信息。
4. 遗传变异数据库：如dbSNP、ClinVar等，存储遗传变异信息。
5. 蛋白质结构数据库：如PDB、CATH等，存储蛋白质的三维结构信息。
6. 功能注释数据库：如GO数据库、KEGG数据库等，存储基因和蛋白质的功能注释信息。
7. 互作数据库：如STRING数据库、BioGRID数据库等，存储基因和蛋白质之
间的相互作用信息。
生物信息学常用数据库(已分类)
枯草芽胞杆菌(Bacillus subtilis)基因组 PlasmoDB /
疟原虫属(Plasmodium)基因组 酵母基因组数据库(SGD) /Saccharomyces 酿酒酵母基因组 TIGR微生物数据库 /tdb/mdb/mdbcomplete.html
COMPEL http://compel.bionet.nsc.ru/ 复合调控元件（Composite regulatory elements）
CUTG http://www.kazusa.or.jp/codon/ 遗传密码使用表
DBTBS http://dbtbs.hgc.jp/ 枯草杆菌反式作用因子和启动子
ArkDB /sites.html 农业相关和其他动物的基因组数据库
综合的微生物资源(CMR) /tigr-scripts/CMR2/CMRHomePage.spl 已完成测序的微生物基因组
CropNet / 农作物基因组图谱
CyanoBase http://www.kazusa.or.jp/cyano/
Synechocystis sp.基因组
EMGlib http://pbil.univ-lyon1.fr/emglib/emglib.html 已完成基因组测序的细菌、古细菌、酵母
EcoGene /EcoGene/EcoWeb/ 大肠杆菌(E.coli)K-12的序列
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最后登录 10-5-10
名称 地址 说明
AceDB /Software/Acedb/ 线虫(C.elegans),酵母(S.pombe)的序列和基因组信息
AmmtDB r.it/mitochondriome/ 寄生虫(Metazoan)线粒体DNA序列
疟原虫属(Plasmodium)基因组 酵母基因组数据库(SGD) /Saccharomyces 酿酒酵母基因组 TIGR微生物数据库 /tdb/mdb/mdbcomplete.html
COMPEL http://compel.bionet.nsc.ru/ 复合调控元件（Composite regulatory elements）
CUTG http://www.kazusa.or.jp/codon/ 遗传密码使用表
DBTBS http://dbtbs.hgc.jp/ 枯草杆菌反式作用因子和启动子
ArkDB /sites.html 农业相关和其他动物的基因组数据库
综合的微生物资源(CMR) /tigr-scripts/CMR2/CMRHomePage.spl 已完成测序的微生物基因组
CropNet / 农作物基因组图谱
CyanoBase http://www.kazusa.or.jp/cyano/
Synechocystis sp.基因组
EMGlib http://pbil.univ-lyon1.fr/emglib/emglib.html 已完成基因组测序的细菌、古细菌、酵母
EcoGene /EcoGene/EcoWeb/ 大肠杆菌(E.coli)K-12的序列
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AceDB /Software/Acedb/ 线虫(C.elegans),酵母(S.pombe)的序列和基因组信息
AmmtDB r.it/mitochondriome/ 寄生虫(Metazoan)线粒体DNA序列
06第六章 常用生物信息学数据库简介
英国辛克斯顿
ID U00096 standard; circular genomic DNA; CON; 4639221 BP. AC U00096; SV U00096.1 DT 24-JUL-2003 (Rel. 76, Last updated, Version 3) DE Escherichia coli K-12 MG1655 complete genome. KW . OS Escherichia coli K12 OC Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Enterobacteriales; OC Enterobacteriaceae; Escherichia; Escherichia coli. RN [1] RP 1-4639221 RX MEDLINE; 97426617. RX PUBMED; 9278503. RA Blattner F.R., Plunkett G. III, Bloch C.A., Perna N.T., Burland V.,… RT "The complete genome sequence of Escherichia coli K-12"; RL Science 277(5331):1453-1474(1997). DR GOA; O32528. DR REMTREMBL; AAC74436; AAC74436. DR SPTREMBL; O32530; O32530. DR SWISS-PROT; O32528; YPDI_ECOLI. …
EMBL数据库简介
EMBL是最早的DNA序列 数据库，于1982年建立。
EMBL的数据来源主要有两条途径: 一是由序列发现者直接提交。几乎所有的国际权 威生物学刊物都要求作者在文章发表之前将所测定的 序列提交给EMBL、GenBank或DDBJ，得到数据库管 理系统所签发的登录注册号。 二是从生物医学期刊上收录已经发表的序列资料。
生物信息学数据库
BLAST：美国NCBI（国家生物技术信息中 心）支持。 FASTA：是英国EBI（生物信息研究所）负 责维护。
BLAST：碱基局部对准检索工具
Basic Locul Alignment Search Tool
可进行核苷酸序列、蛋白质序列方面的 同源性分析，能在8秒内在整个DNA数据库 中进行序列比较。
diabetes
顺序号中第1位数字表示所涉及 基因的遗传类型： 1：常染色体显性（1994.5.15前创建） 2：常染色体隐性（1994.5.15前创建） 3：X连锁基因座或表现型 4：Y连锁基因座或表现型 5：线粒体基因座或表现型 6：常染色体基因座或表现型 （1994.5.15后创建的条目）
比较结果页面
彩色积 分图
序 列 相 似 存贮号 描 述
描述
积分
检索 范围
E值 统计
链接
相似率为100%
序列对准 描述
三、基因组数据库
1、Genome：可获得800多种生物体的基 因组数据，部分已完成测序。
2、人类基因组资源： human genome resources
整合了多种相关的分子生物学数据库和 公共分析软件，为科研人员提供了自动化 的实验数据获得、加工和整理途径，为基 因区域的预测和基因功能预测提供了一系 列便捷的方法。
序列数据库 结构数据库 生物信息学数据库的种类 图谱数据库 突变数据库 文献数据库
专业杂志 生物信息学数据库的查找方法 专门数据库目录的网站
著名的生物信息学中心
参见教材p227--p242
NCBI数据库组织
一、NCBI中的生物信息数据库
1）、PubMed： 生物医学文献数据库 2）、Nucleotide：核酸序列数据库 3）、Protein sequence database：
BLAST：碱基局部对准检索工具
Basic Locul Alignment Search Tool
可进行核苷酸序列、蛋白质序列方面的 同源性分析，能在8秒内在整个DNA数据库 中进行序列比较。
diabetes
顺序号中第1位数字表示所涉及 基因的遗传类型： 1：常染色体显性（1994.5.15前创建） 2：常染色体隐性（1994.5.15前创建） 3：X连锁基因座或表现型 4：Y连锁基因座或表现型 5：线粒体基因座或表现型 6：常染色体基因座或表现型 （1994.5.15后创建的条目）
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序 列 相 似 存贮号 描 述
描述
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E值 统计
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相似率为100%
序列对准 描述
三、基因组数据库
1、Genome：可获得800多种生物体的基 因组数据，部分已完成测序。
2、人类基因组资源： human genome resources
整合了多种相关的分子生物学数据库和 公共分析软件，为科研人员提供了自动化 的实验数据获得、加工和整理途径，为基 因区域的预测和基因功能预测提供了一系 列便捷的方法。
序列数据库 结构数据库 生物信息学数据库的种类 图谱数据库 突变数据库 文献数据库
专业杂志 生物信息学数据库的查找方法 专门数据库目录的网站
著名的生物信息学中心
参见教材p227--p242
NCBI数据库组织
一、NCBI中的生物信息数据库
1）、PubMed： 生物医学文献数据库 2）、Nucleotide：核酸序列数据库 3）、Protein sequence database：
生物信息学_常用数据库介绍_20131204
数据库
• 文献检索 – HighWire Press
• / • HighWire Press是全球最大的提供免费全文的学术文献 出版商，于1995年由美国斯坦福大学图书馆创立。最 初仅出版著名的周刊“Journal of Biological Chemistry”， 目前已收录电子期刊710多种，文章总数已达230多万 篇，其中超过77万篇文章可免费获得全文；这些数据 仍在不断增加。通过该界面还可以检索Medline收录的 4500种期刊中的1200多万篇文章，可看到文摘题录。 • HighWire Press收录的期刊覆盖以下学科：生命科学、 医学、物理学、社会科学
– Cross-references
数据库
• UCSC Genome Bioinformatics – /
– 快速浏览整个基因组 – 整合了大量的基因组注释数据 – 支持数据库检索和序列比对
数据库
• UCSC Genome Bioinformatics – /
同学们的建议
文献检索 具体介绍 • 分子标记技术以及分析方法 • 与蛋白质结构测定相关的最近进展 • 肿瘤和表观遗传相关，新发现的功能基因 • 以后常用的一些搜索软件和搜索方法，比 如NCBI上的all databases都用于干什么， 怎么用geneID去查找基因序列等
数据库
• NCBI (National Center for Biotechnology Information) – / – Claude Pepper, 1988.11.04 • NCBI职能
数据库
• UCSC Genome Bioinformatics – / – 查看特定序列在基因组上的位置 Zoom out 3x
数据库
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- 2、"仅部分预览"的文档,不可在线预览部分如存在完整性等问题,可反馈申请退款(可完整预览的文档不适用该条件!)。
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ArkDB /sites.html 农业相关和其他动物的基因组数据库
综合的微生物资源(CMR) /tigr-scripts/CMR2/CMRHomePage.spl 已完成测序的微生物基因组
CropNet / 农作物基因组图谱
RHdb /RHdb 辐射杂交图谱数据
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发表于 10-3-13 22:54:43 | 只看该作 者 基因组数据库
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ICB http://www.mbio.co.jp/icb 采用蛋白编码进行细菌的分类和鉴定
INE http://rgp.dna.affrc.go.jp/giot/INE.html 水稻的遗传学、物理图谱和序列数据
MITOMAP / 人类线粒体基因组
MITOP http://mips.gsf.de/proj/medgen/mitop/ 线粒体蛋白、基因和疾病
EID /gilbert/EID/ 内含子、外显子数据库
EPD http://www.epd.isb-sib.ch/ 通过实验获得的真核生物POL II启动子非冗余数据库
ExInt .sg/exint/exint.html 真核生物外显子和内含子结构
遗传学和物理图谱
名称 地址 说明
DRESH http://www.tigem.it/LOCAL/drosophila/dros.html
skochilly
果蝇突变基因同源的人cDNA克隆
G3-RH /RH/ 斯坦福G3和TNG辐射杂交图谱
GB4-RH /Software/RHserver/RHserver.shtml 人辐射杂交图谱Genebridge4 (GB4)
GenMap’99 /genemap/ 国际辐射图谱合作项目下的人类基因图谱
HugeMap biogen.fr/services/Hugemap 人类基因组遗传和物理图谱数据
IXDB http://ixdb.mpimg-berlin-dahlem.mpg.de/ 人类x染色体物理图谱
小鼠基因表达数据库(MAGED) 与组织相关的基因表达数据
PEDB / 正常和异常的前列腺基因表达
RECODE 表达过程中采用程序化翻译编码的基因
GDB / 人类基因和基因组图谱
GenAtlas http://www.dsi.univ-paris5.fr/genatlas/ 人类基因、标记和表型
GenMapdb /genmapdb 已经定位的人BAC克隆
肾脏发育数据库(KDD) /kidhome.html 肾脏发育和基因表达
MAGEST http://www.genome.ad.jp/magest/welcome.html 海鞘基因表达模式
MethDB http://www.methdb.de DNA甲基化数据、模式和轮廓
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名称 地址 说明
AceDB /Software/Acedb/ 线虫(C.elegans),酵母(S.pombe)的序列和基因组信息
AmmtDB r.it/mitochondriome/ 寄生虫(Metazoan)线粒体DNA序列
COMPEL http://compel.bionet.nsc.ru/ 复合调控元件（Composite regulatory elements）
CUTG http://www.kazusa.or.jp/codon/ 遗传密码使用表
DBTBS http://dbtbs.hgc.jp/ 枯草杆菌反式作用因子和启动子
小鼠基因组数据库(MGD) /
小鼠遗传学和基因组
慕尼黑蛋白质序列信息中心(MIPS) http://www.mips.biochem.mpg.de/
蛋白质和基因组序列 NRSub http://pbil.univ-lyon1.fr/nrsub/nrsub.html
[交流] [生科综合] 生物信息学常用数据库(已分类)
交流
原创与否是主要序列据库名称 地址 说明DDBJ序列数据库 http://www.ddbj.nig.ac.jp 所有已知的核酸和蛋白质序列数据库，国际核酸序列数据库合作项目
EMBL序列数据库 /embl.html 所有已知的核酸和蛋白质序列数据库，国际核酸序列数据库合作项目
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HUNT http://www.hri.co.jp/HUNT 注释了的人类全长cDNA序列
IDB/IEdb /intron/index.html 内含子序列和进化
PLACE http://www.dna.affrc.go.jp/htdocs/PLACE 植物顺式调控元件
基因特征和结构
名称 地址 说明
AllGenes 人和小鼠基因索引、整合基因、转录和蛋白注释
Ares Lab Intron Site /research/compbio/yeast_introns.html 酵母剪接体和内含子
EpoDB /EpoDB/ 脊椎动物红细胞基因表达
FlyView http://Pbio07.uni-muenster.de 果蝇的发育和遗传
GXD基因表达数据库 /mgihome/GXD/aboutGXD.shtml 小鼠的基因表达和遗传
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skochilly
发表于 10-3-13 22:54:19 | 只看该作 者
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GenBank序列数据库 所有已知的核酸和蛋白质序列数据库，国际核酸序列数据库合作项目
STACK http://www.sanbi.ac.za/Dbases.html 非冗余的基因簇
TIGR基因索引 /tdb/index.shtml 非冗余的基因簇
FlyBase / 果蝇基因序列和基因组信息
Full-Malaria http://fullmal.ims.u-tokyo.ac.gasun.bch.umontreal.ca/gobase/gobase.html 细胞器基因组数据库
ASDB /asdb 具有不同剪接形式基因的蛋白质产物和表达模式
基因表达
名称 地址 说明
Axeldb http://www.dkfz-heidelberg.de/abt0135/axeldb.htm 爪蟾的基因表达
BodyMap http://Bodymap.ims.u-tokyo.ac.jp 人和小鼠基因表达数据
苜蓿属基因组数据库(MGI) /medicago/
模式苜蓿属荚果(1egumeMedicago)的ESTs、基因表达和蛋白质组数据
Mendel数据库 / 利用基因家族信息注释的植物EST和STS序列数据库
MitoDat /mitoDat/ 线粒体蛋白(以人类为主)
CyanoBase http://www.kazusa.or.jp/cyano/
Synechocystis sp.基因组
EMGlib http://pbil.univ-lyon1.fr/emglib/emglib.html 已完成基因组测序的细菌、古细菌、酵母
EcoGene /EcoGene/EcoWeb/ 大肠杆菌(E.coli)K-12的序列
UniGene /UniGene/ 非冗余的基因簇
比较基因组学
名称 地址 说明
COG数据库 /COG/ 基于43个已完成基因组测序的微生物的蛋白质的进化分析的同源基因蔟
XREFdb /XREFdb/ 模式生物遗传学和哺乳类表型之间的交叉索引
斯坦福微阵列数据库(SMD) /microarray 来自微阵列实验的原始和均一化了的数据
TRIPLES /triples/triples.htm 酵母中转座子—插入表型、定位和表达
牙齿发育数据库(TDD) http://Bite-it.Helsinki.fi 牙组织发育中的基因表达
枯草芽胞杆菌(Bacillus subtilis)基因组 PlasmoDB /
疟原虫属(Plasmodium)基因组 酵母基因组数据库(SGD) /Saccharomyces 酿酒酵母基因组 TIGR微生物数据库 /tdb/mdb/mdbcomplete.html
GOLD /GOLD/ 已完成和正在进行测序项目的信息
HIV序列数据库 /
HIV的RNA序列
Human BAC Ends Database /tdb/humgen/bac_end_search/bac_end_intro.html 非冗余的人类BAC末端序列
综合的微生物资源(CMR) /tigr-scripts/CMR2/CMRHomePage.spl 已完成测序的微生物基因组
CropNet / 农作物基因组图谱
RHdb /RHdb 辐射杂交图谱数据
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发表于 10-3-13 22:54:43 | 只看该作 者 基因组数据库
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ICB http://www.mbio.co.jp/icb 采用蛋白编码进行细菌的分类和鉴定
INE http://rgp.dna.affrc.go.jp/giot/INE.html 水稻的遗传学、物理图谱和序列数据
MITOMAP / 人类线粒体基因组
MITOP http://mips.gsf.de/proj/medgen/mitop/ 线粒体蛋白、基因和疾病
EID /gilbert/EID/ 内含子、外显子数据库
EPD http://www.epd.isb-sib.ch/ 通过实验获得的真核生物POL II启动子非冗余数据库
ExInt .sg/exint/exint.html 真核生物外显子和内含子结构
遗传学和物理图谱
名称 地址 说明
DRESH http://www.tigem.it/LOCAL/drosophila/dros.html
skochilly
果蝇突变基因同源的人cDNA克隆
G3-RH /RH/ 斯坦福G3和TNG辐射杂交图谱
GB4-RH /Software/RHserver/RHserver.shtml 人辐射杂交图谱Genebridge4 (GB4)
GenMap’99 /genemap/ 国际辐射图谱合作项目下的人类基因图谱
HugeMap biogen.fr/services/Hugemap 人类基因组遗传和物理图谱数据
IXDB http://ixdb.mpimg-berlin-dahlem.mpg.de/ 人类x染色体物理图谱
小鼠基因表达数据库(MAGED) 与组织相关的基因表达数据
PEDB / 正常和异常的前列腺基因表达
RECODE 表达过程中采用程序化翻译编码的基因
GDB / 人类基因和基因组图谱
GenAtlas http://www.dsi.univ-paris5.fr/genatlas/ 人类基因、标记和表型
GenMapdb /genmapdb 已经定位的人BAC克隆
肾脏发育数据库(KDD) /kidhome.html 肾脏发育和基因表达
MAGEST http://www.genome.ad.jp/magest/welcome.html 海鞘基因表达模式
MethDB http://www.methdb.de DNA甲基化数据、模式和轮廓
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最后登录 10-5-10
名称 地址 说明
AceDB /Software/Acedb/ 线虫(C.elegans),酵母(S.pombe)的序列和基因组信息
AmmtDB r.it/mitochondriome/ 寄生虫(Metazoan)线粒体DNA序列
COMPEL http://compel.bionet.nsc.ru/ 复合调控元件（Composite regulatory elements）
CUTG http://www.kazusa.or.jp/codon/ 遗传密码使用表
DBTBS http://dbtbs.hgc.jp/ 枯草杆菌反式作用因子和启动子
小鼠基因组数据库(MGD) /
小鼠遗传学和基因组
慕尼黑蛋白质序列信息中心(MIPS) http://www.mips.biochem.mpg.de/
蛋白质和基因组序列 NRSub http://pbil.univ-lyon1.fr/nrsub/nrsub.html
[交流] [生科综合] 生物信息学常用数据库(已分类)
交流
原创与否是主要序列据库名称 地址 说明DDBJ序列数据库 http://www.ddbj.nig.ac.jp 所有已知的核酸和蛋白质序列数据库，国际核酸序列数据库合作项目
EMBL序列数据库 /embl.html 所有已知的核酸和蛋白质序列数据库，国际核酸序列数据库合作项目
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HUNT http://www.hri.co.jp/HUNT 注释了的人类全长cDNA序列
IDB/IEdb /intron/index.html 内含子序列和进化
PLACE http://www.dna.affrc.go.jp/htdocs/PLACE 植物顺式调控元件
基因特征和结构
名称 地址 说明
AllGenes 人和小鼠基因索引、整合基因、转录和蛋白注释
Ares Lab Intron Site /research/compbio/yeast_introns.html 酵母剪接体和内含子
EpoDB /EpoDB/ 脊椎动物红细胞基因表达
FlyView http://Pbio07.uni-muenster.de 果蝇的发育和遗传
GXD基因表达数据库 /mgihome/GXD/aboutGXD.shtml 小鼠的基因表达和遗传
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[交流] [生科综合] 生物信息学常用数据库(已分类)
skochilly
发表于 10-3-13 22:54:19 | 只看该作 者
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STACK http://www.sanbi.ac.za/Dbases.html 非冗余的基因簇
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FlyBase / 果蝇基因序列和基因组信息
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