遗传密码子表
遗传密码子及偏爱性
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（关于密码子的使用频率等等的东东，很全）
6.4遗传密码表
6.4.1密码子的特点
①每个密码子三联体(triplet)决定一种氨基酸
除Trp和Met只有1个密码子外，其它18种氨基酸均有1个以上的密码子，Phe、Tyr、His、Gln、Glu、Asn、Asp、Lys、Cys各有2个密码子；Ile有3个密码子；Val、Pro、Thr、Ala、Gly各有4个密码子；Leu、Arg、Ser各有6个密码子。
许多氨基酸的密码子的第1和第2个碱基相同，只有第3个碱基不同，在同一方框内。
如有4个密码子的氨基酸。
有些方框内有两种氨基酸的密码子。
它们的第1、2个碱基均相同，第3个嘌呤或嘧啶分别编码不同氨基酸。
在同义密码子中，有偏爱必有偏废。
在不同物种中，偏废或罕用的密码子，也各不相同。
克隆基因时应注意偏爱密码子。
遗传密码表以及氨基酸详表
遗传密码表以及氨基酸详
表
Prepared on 24 November 2020
密码子反表
除此之外，还有一些三字母或单字母符号可用来表示未明确定义的缩写：•Asx、B可代表天冬氨酸（Asp、D）或天冬酰胺（Asn、N）。
•Glx、Z可代表谷氨酸（Glu、E）或谷氨酰胺（Gln、Q）。
•Xle、J可代表亮氨酸（Leu、L）或异亮氨酸（Ile、I）。
•Xaa（亦用Unk）、X可代表任意氨基酸或未知氨基酸。
结构[]
以下是标准所用来直接合成蛋白质的20种氨基酸的结构及表示符号。
•
(Ala/A)
•
(Arg/R)
•
(Asn/N)
•
(Asp/D)
•
(Cys/C)
•
(Glu/E)
•
(Gln/Q)
•
(Gly/G)
•
(His/H)
•
(Ile/I)
•
(Leu/L)
•
(Lys/K)
•(Met/M)
•
(Phe/F)
•
(Pro/P)
•
(Ser/S)
•
(Thr/T)
•
(Trp/W)
•
(Tyr/Y)
•
(Val/V)
•
(Sec/U)
•
(Pyl/O)
主要化学性质[]
以下的分子量是根据各元素的在自然界的所做的平均值。
此外由于形成时，会减少一个，因此蛋白质中单一氨基酸的分子量，比下表数值少了 Da。
支链性质[]
以下列表中的pKa值，可能与这些氨基酸在蛋白质内部时有所不同。
基因表达与生物化学[]。
遗传密码
遗传密码-概念英文名：codon遗传密码又称密码子、遗传密码子、三联体密码。
指信使RNA(mRNA)分子上从5'端到3'端方向，由起始密码子AUG开始，每三个核苷酸组成的三联体。
它决定肽链上某一个氨基酸或蛋白质合成的起始、终止信号。
遗传密码是一组规则，将DNA或RNA序列以三个核苷酸为一组的密码子转译为蛋白质的氨基酸序列，以用于蛋白质合成。
几乎所有的生物都使用同样的遗传密码，称为标准遗传密码；即使是非细胞结构的病毒，它们也是使用标准遗传密码。
但是也有少数生物使用一些稍微不同的遗传密码。
[编辑本段]遗传密码-特点1．连续性。
mRNA的读码方向从5'端至3'端方向，两个密码子之间无任何核苷酸隔开。
mRNA链上碱基的插入、缺失和重叠，均造成框移突变。
遗传密码表2．简并性。
指一个氨基酸具有两个或两个以上的密码子。
密码子的第三位碱基改变往往不影响氨基酸翻译。
3．摆动性。
mRNA上的密码子与转移RNA(tRNA)J上的反密码子配对辨认时，大多数情况遵守碱基互补配对原则，但也可出现不严格配对，尤其是密码子的第三位碱基与反密码子的第一位碱基配对时常出现不严格碱基互补，这种现象称为摆动配对。
4．通用性。
蛋白质生物合成的整套密码，从原核生物到人类都通用。
但已发现少数例外，如动物细胞的线粒体、植物细胞的叶绿体。
[编辑本段]遗传密码-破解历史遗传密码的发现是20世纪50年代的一项奇妙想象和严密论证的伟大结晶。
mR NA由四种含有不同碱基腺嘌呤[简称A]、尿嘧啶（简称U）、胞嘧啶（简称C）、鸟嘌呤（简称G）的核苷酸组成。
最初科学家猜想，一个碱基决定一种氨基酸，那就只能决定四种氨基酸，显然不够决定生物体内的二十种氨基酸。
那么二个碱基结合在一起，决定一个氨基酸，就可决定十六种氨基酸，显然还是不够。
如果三个碱基组合在一起决定一个氨基酸，则有六十四种组合方式，看来三个碱基的三联体就可以满足二十种氨基酸的表示了，而且还有富余。
12 第十二章 遗传密码
2. 密码阅读是三个碱基为单位进行的
三、同一基因或不同基因的阻遏子突变
移码突变的抑制
抑制子突变 基因内抑制 基因间突变 抑制基因
1. 基因间抑制包括 突变子tRNA。 突变子tRNA。 2. 无义抑制子还会 阅读正常的终止密码。 阅读正常的终止密码。 3. 遗传密码可靠性 的证明。 的证明。
四、遗传密码的普遍性
第十二章 遗传密码
本章内容 1. 密码子的兼并性 2. 密码子三项法则 3. 同一基因或不同基 因的阻遏子突变 4. 遗传密码的普遍性
一、密码子的兼并性
遗传密码表
氨基酸被多个密码子编码 的现象称为兼并（degeneracy）。 的现象称为兼并（degeneracy）。
两个tRNA亮氨酸分子的密码子两个tRNA亮氨酸分子的密码子-反密码子的配对
4. 密码子的解码。 密码子的解码。 5. 模拟由合成性mRNA催化的氨基酸嵌入。 模拟由合成性mRNA催化的氨基酸嵌入 催化的氨基酸嵌入。
6. 编码多聚苯丙氨酸的多聚U密码。 编码多聚苯丙氨酸的多聚U密码。 7. 混合同型多聚体可使密码子编码更多密码子。 混合同型多聚体可使密码子编码更多密码子。
哺乳动物线粒体的遗传密码
8. 转运RNA连接到确定的三联体密码子上。 转运RNA连接到确定的三联体密码子上。 连接到确定的三联体密码子上
氨酰-tRNA分子与三联体氨酰-tRNA分子与三联体-核糖体复合体的连接
9. 重复同型多聚体的密码子编码。 重复同型多聚体的密码子编码。
寡核苷酸合成
由两个或三个核苷酸构成的重复同型多聚体的密码子编码
通常兼并密码子的的头两个碱基是相同的，但也不 通常兼并密码子的的头两个碱基是相同的， 都是如此，如亮氨酸由UUA, UUG以及 以及CUU, 都是如此，如亮氨酸由UUA, UUG以及CUU, CUC, CUA CUG编码 编码。 及CUG编码。
遗传密码
遗传密码遗传密码-概述遗传密码遗传密码又称密码子、遗传密码子、三联体密码。
指信使RNA(mRNA)分子上从5'端到3'端方向，由起始密码子AUG 开始，每三个核苷酸组成的三联体。
它决定肽链上某一个氨基酸或蛋白质合成的起始、终止信号。
遗传密码决定蛋白质中氨基酸顺序的核苷酸顺序，由3个连续的核苷酸组成的密码子所构成。
由于脱氧核糖核酸（DNA）双链中一般只有一条单链（称为有义链或编码链）被转录为信使核糖核酸（mRNA），而另一条单链（称为反义链）则不被转录，所以即使对于以双链DNA作为遗传物质的生物来讲，密码也用核糖核酸(RNA）中的核苷酸顺序而不用DNA中的脱氧核苷酸顺序表示。
遗传密码-简介人体遗传密码正在被逐步破译图册在转移核糖核酸（tRNA）分子中有一组与mRNA中的密码子配对的三联体，称为反密码子。
每种tRNA携带一种特定的氨基酸，在遗传密码的解读中起着关键性的作用。
1961年英国分子生物学家F·H·C·克里克等在大肠杆菌噬菌体T4中用遗传学方法证明密码子由三个连续的核苷酸所组成。
美国生物化学家M·W·尼伦伯格等从1961年开始用生物化学方法进行解码研究。
1964年尼伦伯格等人进行人工合成的三核苷酸和氨基酰-tRNA、核糖体三者的结合试验，证明三核苷酸已经具备信使的作用。
通过种种实验，遗传密码已于1966年全部阐明。
表中所列的64个密码子编码18种氨基酸和两种酰胺。
至于胱氨酸、羟脯氨酸、羟赖氨酸等氨基酸则都是在肽链合成后再行加工而成的。
64个密码子中还包括3个不编码任何氨基酸的终止密码子，它们是UAA、UAG、UGA。
这种由3个连续的核苷酸组成的密码称为三联体密码。
1954年２月，美国物理学家Gamow根据Watson和Crick发表的DNA双股螺旋结构，提出了DNA的腺嘌呤N5C5H5,鸟嘌呤N5C5H5O,胞嘧啶N3C4H5O和胸腺嘧啶N2C5H6O2等四种碱基可能就是密码子的最初设想。
遗传密码子
GCA (Ala/A)丙氨酸
GCG (Ala/A)丙氨酸
GAU (Asp/D)天冬氨酸
GAC (Asp/D)天冬氨酸
GAA (Glu/E)谷氨酸
GAG (Glu/E)谷氨酸
GGU (Gly/G)甘氨酸
GGC (Gly/G)甘氨酸
GGA (Gly/G)甘氨酸
GGG (Gly/G)甘氨酸
CCC (Pro/P)脯氨酸
CCA (Pro/P)脯氨酸
CCG (Pro/P)脯氨酸
CAU (His/H)组氨酸
CAC (His/H)组氨酸
CAA (Gln/Q)谷氨酰胺
CAG (Gln/Q)谷氨酰胺
CGU (Arg/R)精氨酸
CGC (Arg/R)精氨酸
CGA (Arg/R)精氨酸
CGG (Arg/R)精氨酸
Gly
G
GGU, GGC, GGA, GGG
Trp
W
UGG
His
H
CAU, CAC
Tyr
Y
UAU, UAC
Ile
I
AUU, AUC, AUA
Val
V
GUU, GUC, GUA, GUG
起始
AUG
终止
UAG, UGA, UAA
真菌、原生生物和人以及其它动物的粒线体中的遗传密码与标准遗传密码的差异，主要变化如下：
Lys
K
AAA, AAG
Asn
N
AAU, AAC
Met
M
AUG
Asp
D
GAU, GAC
Phe
F
UUU, UUC
Cys
C
UGU, UGC
密码子偏好表
密码子偏好表是指生物体内不同基因在不同组织或不同细胞类型中的密码子使用偏好性。
它反映了基因在不同环境下的表达和翻译效率。
密码子偏好性对于理解基因表达调控、药物设计和生物信息学等领域具有重要意义。
首先，从遗传密码的特性来看，密码子偏好性是必然存在的。
生物体使用的密码子有3个，分别代表不同的氨基酸。
由于自然界中氨基酸的种类有限，因此不同的密码子在生物体内出现的频率必然有所不同。
这反映了基因在不同环境下的表达和翻译效率。
其次，不同基因在不同组织或不同细胞类型中的密码子偏好性存在差异。
这种差异可能是由于基因在特定组织或细胞类型中的表达调控机制所致。
例如，某些基因在某些组织中的表达可能受到转录因子或RNA加工机制的影响，而这些机制可能会影响密码子的使用偏好性。
再者，密码子偏好性受到生物体内各种因素的影响，如代谢状态、环境压力、营养条件等。
这些因素可能通过影响基因的表达和翻译效率来影响密码子的使用偏好性。
此外，遗传变异和进化也可能会影响密码子的使用偏好性，从而使不同的物种和种群表现出不同的密码子偏好性。
具体来说，某些密码子在生物体内可能更常见于编码某些特定的氨基酸，而其他密码子则可能较少出现。
这可能是由于某些氨基酸在生物体内的需求较高，因此在基因表达和翻译过程中更频繁地使用某些密码子。
此外，某些氨基酸可能与特定的辅因子或信号分子结合，从而影响其翻译效率，这也可能导致某些密码子的偏好性。
总之，密码子偏好表反映了生物体内不同基因在不同组织或不同细胞类型中的密码子使用偏好性。
这种偏好性是基因在不同环境下的表达和翻译效率的体现，同时也受到各种因素的影响。
密码子偏好性对于理解基因表达调控、药物设计和生物信息学等领域具有重要意义。
通过研究密码子偏好性，我们可以更好地了解生物体的基因表达机制和蛋白质合成过程，从而为药物设计和疾病治疗提供新的思路和方法。
第10篇 遗传密码
B 核糖体结合技术
1964年Nirenberg又采用 三联体结合实验 (1) tRNA和氨基酸及三联 体的结合是特异的； (2) 上述结合的复合体大 分子是不能通过硝酸纤维 滤膜的微孔，而 tRNA- 氨 基酸的复合体是可以通过 的。
通过该方法，61个codons被破译(仅剩UAA,UAG,UGA？) Stop codon 的证实
2）实验破译三联子密码
A. 以均聚物、随机共聚物和特定序列的共聚物为模板 指导多肽的合成 制备大肠杆菌的无细胞合成体系： （在含DNA、mRNA、tRNA、核糖体、AA-tRNA合成酶及其他
酶类的抽提物中加入DNase，降解体系中的DNA，耗尽mRNA 时，体系中的蛋白质合成即停止）
当补充外源mRNA或人工合成的各种均聚物或共聚 物作为模板以及ATP、GTP、氨基酸等成分时又能合 成新的肽链，新生肽链的氨基酸顺序由外加的模板 所决定。因此，分析比较加入的模板和合成的肽链 即可推知编码某些氨基酸的密码。
简并：1个氨基酸有多个密码子的现象或多个密码子为1个氨基 酸编码。 编码同一种氨基酸的密码子称同义密码子
简并密码的生物学意义： 减少变异对生物的影响
The Genetic Code
同义密码子一般都不是随机分布的，因为其第一、第 二位核苷酸往往是相同的，而第三位核苷酸的改变并 不一定影响所编码的氨基酸，这种安排减少了变异对 生物的影响。一般说来，编码某一氨基酸的密码子越 多，该氨基酸在蛋白质中出现的频率也越高。
反密码子第一位 A C G U I
密码子第三位 U G C,U A,G A,U,C
Wobble base的摇摆配对原则
3. 遗传密码的通用性和变异性
遗传密码无论在体内还是体外，也无论是对病毒、细菌、 动物还是植物而言都是适用的，所以，密码子具有通用性。已 经查明，在支原体中，终止密码子UGA被用来编码色氨酸；在 嗜热四膜虫中，另一个终止密码子UAA被用来编码谷氨酰胺。 密码子具有特殊性。
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遗传密码子表
遗传密码子表
第一个核苷酸（5′
端）
第二个核苷酸第三个核苷酸（3′
端）
U C A G
U 苯丙氨酸丝氨酸酪氨酸半胱氨酸U 苯丙氨酸丝氨酸酪氨酸半胱氨酸C 亮氨酸丝氨酸终止码终止码A 亮氨酸丝氨酸终止码色氨酸G
C 亮氨酸脯氨酸组氨酸精氨酸U 亮氨酸脯氨酸组氨酸精氨酸C 亮氨酸脯氨酸谷氨酰胺精氨酸A 亮氨酸脯氨酸谷氨酰胺精氨酸G
A 异亮氨酸苏氨酸天冬酰胺丝氨酸U 异亮氨酸苏氨酸天冬酰胺丝氨酸C 异亮氨酸苏氨酸赖氨酸精氨酸A 蛋氨酸苏氨酸赖氨酸精氨酸G
G 缬氨酸丙氨酸天冬氨酸甘氨酸U 缬氨酸丙氨酸天冬氨酸甘氨酸C 缬氨酸丙氨酸谷氨酸甘氨酸A 缬氨酸丙氨酸谷氨酸甘氨酸G
AUG位于mRNA启动部位时为启动信号。
真核生物中此密码子代表蛋氨酸，原核生物中代表甲酰蛋氨酸。