单细胞测序技术概览

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单细胞测序技术

单细胞测序技术

单细胞测序技术单细胞测序技术是一项用于研究和识别单个细胞基因表达特征的先进技术。

通过单细胞测序,我们可以深入了解细胞之间的异质性,揭示细胞发育、功能和疾病发生等重要过程中的细胞类型和状态的差异。

本文将对单细胞测序技术的原理、应用和未来发展进行简要介绍。

单细胞测序技术的原理是将每个单个细胞分离并进行单独处理。

首先,使用一种特殊的方法将细胞分离成单个个体。

然后,通过开发出不同种类的单细胞测序技术,我们可以对每个细胞的基因表达进行测定。

这些测定包括了细胞DNA或RNA的测序,可以帮助我们研究细胞之间的基因调控变化。

单细胞测序技术的一个重要应用是在细胞组学研究中。

通过对各种类型的细胞进行全面的基因表达测定,我们可以更好地了解细胞类型的多样性和功能特性。

通过这种方法,研究人员可以更深入地研究发育过程中不同细胞类型的转录调控网络,揭示细胞发育和分化的分子机制。

此外,单细胞测序技术也有助于我们深入了解疾病的发生和发展机制。

通过对单个细胞的基因表达进行测定,我们可以发现疾病中细胞类型和状态的改变,揭示疾病发生的潜在机制和标志物。

这对于研究疾病的发展途径、发现新的治疗靶点以及开发个性化医学有重要意义。

随着单细胞测序技术的不断发展,越来越多的应用领域将受益于这项技术。

例如,单细胞测序技术在神经科学研究中的应用,可以帮助我们了解大脑中不同神经元亚型的功能和相互作用。

同时,在肿瘤学中,单细胞测序技术可以帮助我们研究肿瘤细胞异质性和治疗抵抗性,为开发个性化肿瘤治疗方案提供新的思路。

尽管单细胞测序技术具有很多潜力和应用前景,但是它也存在着一些挑战。

首先,单细胞的处理和测序过程相对复杂,需要使用高度敏感的技术和设备。

此外,由于细胞的数量和数据量的增加,数据分析的复杂性也大大增加。

因此,我们需要发展更高效和准确的数据处理和分析方法,以便从大量的细胞数据中提取有用的信息。

在未来,单细胞测序技术将继续发展和创新。

我们可以预见,随着技术的不断进步,单细胞测序的分辨率将进一步提高,从而能够更好地解析细胞内基因调控的变化。

硕士 毕业 单细胞测序 biomamba-概述说明以及解释

硕士 毕业 单细胞测序 biomamba-概述说明以及解释

硕士毕业单细胞测序biomamba-概述说明以及解释1.引言1.1 概述概述单细胞测序技术是一种能够对单个细胞进行高通量基因组学研究的创新技术,它可以以高空间分辨率和高灵敏度探索生物体内单个细胞的基因表达和基因组变异等信息。

通过对单个细胞进行测序,我们可以深入了解细胞的多样性、特异性和动态特征,从而揭示细胞发育、功能调控以及疾病发生机制等重要生物学问题。

在过去的几十年里,基因组学研究主要集中在大规模样本的测序上,这种方法无法区分不同细胞间的异质性。

因此,细胞群体测序无法揭示细胞个体之间的差异和亚群分布。

而单细胞测序技术则能够克服这一限制,为我们提供了一种全新的研究细胞个体间异质性的方法。

单细胞测序技术的出现,为很多领域的研究提供了全新的机会。

在生物医学领域中,单细胞测序技术可以帮助我们更好地理解疾病的发生机制、提高疾病的早期诊断和预测,并为个性化医疗提供更多可能性。

此外,在生物科学研究中,单细胞测序技术可以进一步揭示生物系统的功能组成和调控网络,拓宽我们对生命的认知。

然而,单细胞测序技术也面临着一些挑战。

首先,单细胞测序技术的数据量庞大,分析和解读这些数据需要强大的计算和分析能力。

其次,在单细胞水平进行测序需要克服样本损失和串扰等技术挑战。

此外,单细胞测序技术在样本获取和准备方面也存在一定的困难。

综上所述,单细胞测序技术无疑是基因组学研究的重要突破之一,它为我们深入了解细胞个体间的差异提供了一种全新的视角。

随着技术的不断发展和成熟,单细胞测序技术在生物医学领域的应用前景将不可限量,为我们揭示更多关于生命奥秘的答案。

1.2文章结构1.2 文章结构本文主要围绕着单细胞测序技术展开,探讨其意义、应用、技术原理以及前景和挑战。

文章结构如下:引言部分将概述单细胞测序技术的背景和意义,介绍该技术在生物医学领域中的重要性和应用前景。

同时,引言部分还将对文章的结构和主要内容进行简要介绍,为读者提供整体的框架。

正文部分将首先阐述单细胞测序的意义和应用。

单细胞基因测序技术

单细胞基因测序技术

单细胞基因测序技术单细胞基因测序技术是近年来发展迅速的生物技术领域中的热门研究方向。

它的出现使得科学家们能够深入了解单个细胞的基因组信息及其在生物体中的作用,为精准医学和生物学研究提供了重要的工具。

本文将对单细胞基因测序技术进行详细解读,从技术原理、应用领域到发展趋势进行全面分析。

一、单细胞基因测序技术的原理和方法1. 原理单细胞基因测序技术是一种能够对单个细胞进行基因组测序的方法。

其原理是通过分离单个细胞,并将其DNA进行放大扩增,然后进行测序分析。

由于单细胞存在于复杂的细胞组织中,因此在分离和扩增过程中需要克服一些技术难题,如单细胞损伤、污染等问题。

2. 方法目前常用的单细胞基因测序技术包括单细胞RNA测序(scRNA-seq)、单细胞DNA测序(scDNA-seq)等。

scRNA-seq能够分析单个细胞的转录组信息,揭示细胞类型和功能的差异;而scDNA-seq则能够对单个细胞的基因组进行测序,探究遗传变异的发生和影响。

二、单细胞基因测序技术的应用领域1. 癌症研究单细胞基因测序技术在癌症研究中具有重要价值。

通过对肿瘤细胞进行单细胞基因测序可以揭示肿瘤内部的遗传变异和克隆演化过程,有助于精准化治疗策略的制定。

2. 免疫学研究单细胞基因测序技术可以帮助科学家们深入了解免疫细胞的转录组和表观组学特征,从而揭示不同类型免疫细胞的功能和相互作用,为免疫相关疾病的治疗提供理论支持。

3. 胚胎学研究在胚胎发育过程中,单细胞基因测序技术可以追踪细胞的分化过程,揭示胚胎细胞谱系发展的规律和机制,有助于揭示胚胎发育的分子调控网络。

三、单细胞基因测序技术的发展趋势1. 技术趋势随着测序技术的不断进步和成本的不断降低,单细胞基因测序技术将更加快速、准确、经济,同时提高数据量和分辨率。

2. 数据分析趋势随着单细胞测序数据的不断增加,数据分析方法也在不断完善,包括单细胞测序数据的质控、批次效应的消除、细胞类型的鉴别等。

单细胞测序技术

单细胞测序技术

单细胞测序技术单细胞测序技术是一种高分辨率的基因组学方法,能够对单个细胞的基因表达进行全面的分析,揭示细胞间的差异和多样性。

这一技术的提出和应用,为我们深入了解生物体内多细胞的组织和器官背后的细胞组成和调控机制提供了强有力的工具。

本文将从单细胞测序技术的原理、应用、挑战和未来发展等方面进行论述。

一、单细胞测序技术原理单细胞测序技术的基本原理包括细胞采集、单细胞分离、RNA提取和测序。

首先,需要从组织样本中采集到目标细胞,并对细胞进行分离,以保证每个细胞的测序结果来自于单个细胞而不受其他细胞的影响。

接下来,通过RNA提取,获得每个单细胞的mRNA,并使用RNA 测序技术将其转录为cDNA。

然后,对cDNA进行测序,获得每个单细胞的转录组信息。

二、单细胞测序技术的应用单细胞测序技术在许多领域都有广泛的应用,可以帮助研究者深入了解复杂组织和器官的构建和功能。

首先,在发育生物学方面,单细胞测序技术可以帮助我们了解细胞从受精卵到成熟细胞的发育过程中的基因表达变化。

其次,在肿瘤研究中,单细胞测序技术可以揭示肿瘤组织中不同细胞亚群之间的差异,帮助我们更好地理解肿瘤发生和发展的机制。

此外,单细胞测序技术还在免疫学、神经科学等领域有重要的应用价值。

三、单细胞测序技术面临的挑战与传统的均质细胞群体测序相比,单细胞测序技术还面临一些挑战。

首先,单细胞测序的成本较高,需要较大的投入。

其次,由于单细胞中RNA的含量很低,提取RNA时存在较大的损失,影响了测序的准确性。

此外,由于单细胞中RNA的完整性差异较大,批量效应和测序深度不足也会影响到测序结果的准确性和可靠性。

四、单细胞测序技术的未来发展尽管单细胞测序技术面临一些挑战,但其在生物医学领域的前景依然广阔。

随着技术的不断进步,单细胞测序技术将更加成熟和普及,使得更多的研究者和临床医生能够应用该技术来探索和诊治疾病。

此外,单细胞测序技术的进一步发展还可以与其他技术相结合,如单细胞DNA测序、蛋白质组学和代谢组学等,以获得更全面的细胞信息。

生物学中的单细胞测序技术

生物学中的单细胞测序技术

生物学中的单细胞测序技术单细胞测序技术是生物学中现代分子生物学、基因、遗传变异和疾病研究的重要手段和技术。

单细胞测序技术是一种高分辨率的测序技术,可以在单个细胞水平上进行基因组、转录组、表观遗传学等等研究,广泛应用于人类医学、生命科学和农业科学领域。

一、单细胞测序技术的发展历程单细胞测序技术发展的历程可以追溯到20世纪70年代,当时的它只是DNA序列测定和分析的基本手段,随着各种高通量测序技术的不断发展,单细胞测序技术也在不断地演变。

2005年,洛杉矶加州大学研究团队首次将单细胞测序技术应用于肿瘤研究。

2011年,芝加哥大学的研究人员利用单细胞测序技术分析了小鼠的胚胎发育时的转录组。

2016年,生物技术公司Genentech对单细胞测序技术进行了大规模应用,并成功地使用这种技术进行了一些基础研究工作,并开发出了一些新药。

随着人们对单细胞测序技术的深入了解,这项技术的应用范围也在不断地扩大。

目前单细胞测序技术已被广泛应用于人类医学、生命科学和农业科学领域,成为研究、开发和应用新型诊断和治疗方法的重要手段。

二、单细胞测序技术的原理和方法单细胞测序技术的核心是基因组或表观遗传改变分析,也就是将单细胞制备出来的DNA分子片段获得无偏序列。

测序技术分为转录组测序和基因组测序两种。

转录组测序强调的是探索每一种细胞处于生理状态下的基因调控过程,包括mRNA水平的转录水平,表观遗传水平的DNA的甲基化等。

而基因组测序则是需要对某些微生物的基因组组成进行分析,从而对它们的生理特性进行确定。

单细胞测序技术的工作流程一般包括以下几个步骤:1. 单细胞的预处理:从组织样品中提取单个细胞,并将其分解为单个细胞的转录产物和DNA。

2. 序列分析:对DNA和RNA进行扩增,并利用高通量测序仪进行测序分析。

3. 数据分析:与参考数据比较进行分析,确定单细胞分析结果。

在单细胞测序技术中,需要注意一些关键技术问题,如单细胞筛选、处理、扩增、数据分析等方面的技术细节。

单细胞基因测序技术

单细胞基因测序技术

单细胞基因测序技术单细胞基因测序技术是一种先进的生物学技术,它能够对单个细胞进行基因测序,从而获取细胞水平的基因表达和变异信息。

该技术广泛应用于基础研究和临床诊断领域,如发育生物学、肿瘤研究、免疫学等。

下面将详细介绍单细胞基因测序技术的四个方面。

1.单细胞样本制备单细胞基因测序技术的第一步是单细胞样本制备。

该步骤主要包括细胞选取、细胞分散和细胞裂解等。

选取的细胞可以是新鲜的组织样本,也可以是经过培养的细胞。

在选取细胞的过程中,需要使用显微镜等设备,确保选取单个细胞。

然后将选取的细胞分散成单个细胞,并裂解以释放其内部的核酸。

2.建库和测序在单细胞基因测序技术中,建库和测序是关键步骤。

在建库阶段,从单细胞样本中提取的核酸被转化为适合测序的文库。

这个过程包括对核酸进行片段化、添加测序接头、进行PCR扩增等操作。

在测序阶段,文库中的核酸片段被序列化并产生测序数据。

目前常用的测序技术包括第二代测序技术和第三代测序技术。

3.数据分析和解读单细胞基因测序技术产生的数据需要进行深入的分析和解读。

这个过程包括对测序数据进行质控、比对和聚类等操作。

通过对数据的分析,可以获取每个细胞的基因表达情况、变异信息以及细胞间的差异等。

通过对这些数据进行分析,可以揭示细胞在分子水平上的行为和变化,为生物学研究和临床诊断提供有力支持。

4.应用领域单细胞基因测序技术的应用领域非常广泛。

在基础研究领域,该技术可以用于研究胚胎发育、肿瘤发生发展、免疫应答等生物学过程。

通过单细胞基因测序技术,科学家们可以追踪单个细胞的基因表达和变异情况,深入探究细胞间的差异和分化路径。

此外,单细胞基因测序技术还可以用于临床诊断,如无创产前诊断、肿瘤诊断和预后评估等。

通过该技术可以获取患者单个细胞的基因表达和变异信息,为疾病的早期发现和治疗提供依据。

总之,单细胞基因测序技术是一种强大的生物学工具,它能够提供单个细胞的基因表达和变异信息,为生物学研究和临床诊断提供有力支持。

单细胞基因测序技术

单细胞基因测序技术

单细胞基因测序技术单细胞基因测序技术是一种用于分析单个细胞基因组的先进技术,它已经在生物医学研究领域展现出巨大的潜力。

本文将介绍单细胞基因测序技术的原理、应用和未来发展趋势。

一、技术原理1. 单细胞分离:单细胞基因测序技术的第一步是将复杂的细胞样本分离成单个细胞。

这可以通过流式细胞术、微流控技术或手工操作来实现。

2. 细胞裂解:得到单个细胞后,需要对其进行裂解处理,释放其中的RNA或DNA。

3. 库构建:裂解后的RNA或DNA需要经过反转录、扩增和测序库构建步骤,形成测序所需的样本。

4. 序列测定:最后一步是通过高通量测序技术对样本进行测序,获得每个单细胞基因组的信息。

二、技术应用1. 发育生物学:单细胞基因测序技术可以揭示胚胎发育过程中不同细胞类型的基因表达模式,有助于理解细胞分化和组织形成的分子机制。

2. 肿瘤研究:通过对肿瘤细胞进行单细胞基因测序,可以发现不同肿瘤细胞中的基因组变异和表达异质性,有助于揭示肿瘤内部的细胞异质性和进化过程。

3. 精准医学:单细胞基因测序技术有助于个体化医疗,可以帮助医生诊断和治疗疾病,同时也有望促进新药的发现和开发。

三、未来发展趋势1. 技术改进:随着技术的进步,单细胞基因测序技术将变得更加高效、精准和经济,为大规模单细胞测序提供可能。

2. 数据分析:随着单细胞基因测序数据量的增加,数据分析算法和软件工具也将得到不断改进,以更好地挖掘数据中的生物学信息。

3. 应用拓展:单细胞基因测序技术将在药物筛选、疾病诊断和个性化治疗等领域发挥更广泛的作用,有望成为生物医学研究和临床应用的重要工具。

单细胞基因测序技术的出现为生物医学领域带来了革命性的变革,它将有助于我们更深入地理解细胞和疾病的本质,并为未来的个性化医疗和药物研发提供重要支持。

随着该技术的不断发展和应用,相信它将在未来的生物医学研究和临床实践中发挥越来越重要的作用。

单细胞测序定义_解释说明以及概述

单细胞测序定义_解释说明以及概述

单细胞测序定义解释说明以及概述1. 引言1.1 概述在过去的几十年中,生物学研究一直专注于从大量细胞中提取RNA或DNA来了解基因表达和遗传信息。

然而,这种群体平均的测序方法无法提供关于单个细胞间差异的详细信息。

近年来,随着单细胞测序技术的发展,科学家们能够进一步深入了解不同个体细胞之间的多样性,并揭示出以往未被发现的生物学现象和机制。

单细胞测序是一种高分辨率的技术,它通过将单个细胞分离并进行RNA或DNA 提取和测序,可以捕获每个细胞内部基因表达和遗传变异等信息。

与传统群体平均方法相比,单细胞测序能够更加准确地定量和鉴定特定类型或亚型的细胞,并全面了解每个细胞内部基因调控网络的复杂性。

1.2 文章结构本文将首先介绍单细胞测序的定义、原理和方法以及其在科学研究中的应用。

随后,我们将探讨单细胞测序的优势和局限性,揭示它在细胞生物学领域中的潜力和挑战。

此外,我们还将回顾单细胞测序技术的发展历程,并讨论当前所面临的问题和可能的解决方案。

最后,我们将总结单细胞测序的重要意义,并对未来发展方向和可能出现的突破进行展望。

1.3 目的本文旨在全面介绍单细胞测序技术,阐述其定义、原理和方法,并探讨其在科学研究中应用的例子。

同时,本文将解释说明单细胞测序的优势和局限性,并分析当前该领域所面临的挑战与解决方案。

最后,通过总结对单细胞测序领域未来发展方向以及可能出现的突破进行展望,旨在为读者提供一个清晰而全面地了解该领域并思考其未来前景的平台。

2. 单细胞测序定义在过去的几十年里,生物学家们一直使用传统的基因组学和转录组学方法来研究细胞内的基因表达和功能。

然而,这些方法只能提供整体细胞群体的平均结果,并无法揭示不同细胞之间的差异。

为了克服这个限制,单细胞测序技术应运而生。

2.1 单细胞测序的基本概念单细胞测序是一种高分辨率的分子生物学技术,可以对个别单个细胞进行全面、高通量的基因组学或转录组学分析。

通过采集和解读每个单独细胞的遗传信息,我们能够更好地理解不同个体细胞的特征、功能和互作关系。

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单细胞测序技术概览2013年,单细胞测序技术开始成为科研界主流关注的焦点。

前言2013年,单细胞测序技术(single-cell sequencing)荣膺《自然-方法》年度技术。

单细胞测序技术有助于我们剖析细胞的异质性。

它可以揭示肿瘤细胞基因组中发生的突变及结构性变异,而这些突变和变异往往有着极高的突变率。

有了这些信息,我们就可以描述肿瘤细胞的克隆结构,并追踪疾病的进展及扩散范围。

本文将介绍2013年单细胞测序技术在人类早期发育、癌症以及神经科学研究等几个重点领域的最新应用成果。

1. 单细胞测序技术简介本节将概述如何获得一个单细胞的基因组及转录组。

单细胞基因组及转录组测序所需要的测序样本量要比单细胞中本身所含有的基因组及转录组分子高出好多个数量级,所以这对核酸扩增技术(amplification technology)也是一大考验。

面对如此微量的分子,任何降解、样品损失、或者污染都会对测序质量带来非常严重的影响。

而且多重扩增又容易带来试验误差,比如基因组或转录组覆盖不均一、背景噪声以及定量不准确等问题。

最近所取得的技术进步有望部分解决上述问题,使单细胞测序技术能够走进更多的实验室,解决更多领域的科学问题。

比较罕见的细胞、异质性的样本、与遗传嵌合或突变相关的表型、不能人工培养的微生物,这些都是单细胞测序技术能够一展所长的研究平台。

使用单细胞测序技术能够发现克隆突变(clonal mutation)、隐藏的细胞类型,或者在大块组织样品研究工作中被―稀释‖或平均掉的转录特征。

1.1 选择恰当的细胞说到分离单细胞,显微操作(micromanipulation)无疑是一项非常精确的技术,而且利用毛细管(microcapillary)可以直接吸取细胞内容物,但是这项操作也需要耗费大量人力。

很多组织解离之后都能够制成单细胞悬液,这种单细胞悬液很容易操作,而且可以用细胞分选器(cellsorter),根据细胞表面表达的特异性分子标志物对细胞进行分类富集操作。

这种策略也被用来分离非常微量的循环肿瘤细胞。

1.2 单细胞转录组策略现在有很多单细胞RNA测序操作流程可供选择,不过不管采用何种策略,首先都需要通过逆转录反应,利用RNA合成出cDNA。

然后才会有所区别,比如有一些方法是对整个转录子进行测序,有一些方法只针对转录子的5'和3'端进行测序。

不论采用何种方法,目的都只有一个,那就是捕获原始的RNA分子,然后均一的、准确地对其进行扩增。

核酸的捕获效率主要受到逆转录反应的影响,不过我们可以使用更小的反应体系,选择更好的逆转录酶来进行改善。

另外,采用模板转换技术(template switching)也能够保证被捕获的绝大部分转录子都是全长片段。

减少反应循环数也能够改善核酸扩增反应,还可以借助―抑制PCR (suppression PCR)‖技术减少引物扩增,或者将取自不同样品的cDNA(这些cDNA都是分别做好标记的)混合到一起,提高起始反应模板浓度,用体外转录技术进行线性扩增(linear amplification)。

另外,还可以利用特有的分子识别序列(molecular identifier sequences)对每一个RNA分子进行标记,这样即便在经历了非均一的扩增之后,我们还是能够对原始的RNA分子数量进行绝对定量。

1.3 单细胞基因组策略全基因组扩增(whol e-genome amplification)的起始反应产物更少,只有一个DNA分子。

这样在扩增反应时就难免出现不均一的问题,即可能在基因组中某些位点会扩增多次,而另外一些位点则无法扩增。

解决这个问题最常用的办法就是多重置换扩增技术(multiple displacement amplification, MDA),即使用随机引物,让这些引物与基因组广泛结合,同时使用一种特定的聚合酶,这种聚合酶能够置换与它自身附着在同一模板上的DNA链片段,形成一种反复分支结构(iterative branching structure),扩增出大段的DNA。

早期循环对整个扩增反应的均一性起到了决定性作用。

有一种扩增技术采用了一种独特的引物,这样能够生成闭合环状的扩增子(amplicon),而且这种扩增产物不会再进一步复制,等于是在进行PCR扩增反应之前先进行几轮线性扩增反应。

将反应按比例扩大,同时对反应情况进行实时监控都有助于改善基因组扩增成功率低的问题,另外减少扩增次数,准备更少模板的测序文库也是一个比较值得发展的方向。

单细胞基因组或转录组扩增及测序工作流程图。

1.4 一个细胞解决所有问题在单细胞研究工作中,扩大试验规模是确保采集足够多的生物多样性信息的关键。

微流体设备(microfluidics)或微孔板技术(microwell technology)能够提供标准化、高通量的选择,而且由于这种设备的反应体积通常都比较小,所以反应效率也都比较高。

不过微流体设备也有一定的限制,只能处理某些特定大小的细胞样品。

当然,将待测分子用生物条码(barcoding)标记之后混合起来进行分析也是一条处理通量的途径。

单细胞核酸扩增及测序技术正在不断成熟、完善之中。

我们相信,随着单细胞试验操作变得越来越容易,成本变得越来越低,会有更多的科研人员选择使用单细胞测序技术,这将会像PCR技术一样成为每个实验室里的常规试验操作,帮助我们以更高的分辨率去研究问题、解决问题。

2. 单细胞测序技术——科研界主流关注的焦点技术单细胞基因组测序技术及单细胞转录组测序技术又掀起了一波新的科研浪潮,让科研人员们能够以新的视角看待发育、肿瘤及神经科学问题。

对于不孕不育症夫妇而言,孕育一个孩子是非常困难的事情,而且这也会让他们的情感饱受折磨。

即便他们怀孕了,也不是高枕无忧的,因为这些家长需要担心另外一个问题,如何生育一个健康的宝宝。

对于那些存在遗传风险,需要借助体外受精技术(in vitro fertilization, IVF)辅助的父母而言,胚胎植入前遗传学诊断(preimplantation genetic diagnosis, PGD)技术(即从早期胚胎中取出一个细胞进行遗传学疾病筛查的技术)是孕育出健康下一代的保证,虽然目前PGD技术也只能够对基因组中的一个、或少数几个位点进行筛查和诊断。

由于取自早期胚胎的细胞数量都不会太多,所以极其珍贵,临床医生们必须从这些宝贵的细胞中尽可能地获取有价值的信息。

而单细胞全基因组测序技术(single-cell whole genome sequencing method)就有望解决早期胚胎发育及其他科研领域里存在的这些重要的问题。

由于单细胞分离技术以及单细胞中痕量的DNA或RNA扩增及测序技术的进步,科研人员们得以对单细胞的整个基因组或转录组(而不是少数几个位点)以前所未有的高分辨率进行扫描和研究。

美国哈佛大学(Harvard University)的Sunney Xie等人就是在IVF工作中进行单细胞基因组测序研究的课题组之一,他们用第一极体和第二极体(所谓极体指的是受精卵分裂时―遗弃‖的细胞成分,可以反映染色体的健康状况)验证了他们新开发的全基因组扩增技术。

Xie 等人最近发表的文章介绍了他们对8位女性供体的研究成果,研究发现极体活检(polar-body biopsy)和单细胞测序都能够准确地反映胚胎染色体非整倍体(aneuploidy)的情况,其中就包括唐氏综合症(Down's syndrome)这种染色体数目过多的情况,也包括染色体丢失,或者遗传自父母的单核酸突变(single-nucleotide variation)等情况(Cell,doi:10.1016/j.cell.2013.11.040 19 December 2013)。

Xie发现染色体非整倍体平均只需要在每一百个基因组位点中挑出一个位点进行测序就足够了,所以这要比传统的方法成本更低,而且准确性也会更高。

Xie与这篇论文的合作者——中国北京大学(Peking University)的Fuchou Tang和中国北京大学附属第三医院(Peking University Third Hospital)的Jie Qiao针对这些接受IVF帮助的女性开展了一项临床研究。

他们对这些志愿者的胚胎极体进行了基因组扩增和全基因组测序研究,以此来判断胚胎是否健康,是否适于进行移植、受孕。

据Xie介绍,如果将时间提前两年,在临床上开展这项研究工作几乎是不可能的,当时有大批没有遗传问题,可是不能受孕的夫妻给他发邮件寻求帮助。

目前这次临床研究的第一位婴儿将在年内降生。

Xie指出,他并没有想到他们的技术能够这么快地走向临床,给患者们提供切实的帮助。

‖Sunney Xie很快就能够看到他们课题组开发的基因组扩增技术被应用到临床PGD实际工作当中的表现情况了。

2.1 2013年测序技术回顾单细胞测序技术可谓是科技发展史上的一大创举。

一个细胞里的DNA或RNA仅仅处在皮克(picograms)级的水平,这么少的量远远达不到现有测序仪的最低上样需求。

因此科学家们必须先对单细胞内的微量核酸分子进行扩增,而且必须保证尽可能少地出现技术误差,以便开展后续的测序及其他研究。

直到最近,也还是只有少数几位专家相信能够对单细胞进行可靠的研究。

虽然早在几年前就开始有研究团体在宣传、推广单细胞基因组及转录组测序技术,但是这些技术是最近这两年才开始被大范围接受,其中就包括从事神经科学研究、肿瘤及微生物生态学研究的科研人员。

据美国Fluidigm公司的联合创始人,斯坦福大学(Stanford University)的Stephen Quake介绍,几乎从PCR技术诞生的第一天开始,就不断有人尝试用PCR技术进行单细胞基因表达研究及单细胞基因组研究。

但是由于种种原因,单细胞测序技术直到现在才算是刚刚起步。

DNA和RNA扩增技术的不断改进,尤其是最近这两年新出现的进步给刚刚涉足这个领域的科研人员在开展试验时提供了非常丰富的选择。

工业界也提供了无数种商业化的、而且价格低廉的单细胞核酸扩增试剂盒及读取技术。

Fluidigm公司就在2013年推出了世界上第一款单细胞RNA测序自动化准备系统(single-cell automated prep system for RNA-seq)。

所有这些技术上的进步极大地降低了科研人员们进入单细胞研究这个领域的技术门槛。

瑞典卡罗林斯卡研究院(Karolinska Institutet in Sweden)的Rickard Sandberg在谈到单细胞RNA 测序时说道:―大家等这一天已经等了好几十年了。

直到今天,由于技术的进步,这些试验才变得足够简单,而且成本也能够让大家接受,所以才能够走进千千万万个实验室。

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