生物学和地球科学领域数据库共享指南与数据库建设规范
《现代生物医学进展》杂志简介
《现代生物医学进展》杂志简介《现代生物医学进展》，是以刊发基础医学、临床医学和生命科学领域最新研究成果的综合性学术期刊。
本刊由国家新闻出版总署审批、黑龙江省卫生健康委员会主管、黑龙江省森工总医院和哈尔滨医科大学附属第四医院主办、现代生物医学进展杂志社编辑出版。
国内统一刊号CN：23-1544/R,国际标准刊号ISSN：1673-6273,半月刊，铜版纸印刷，彩图，邮发代号:14-12,定价:30.00元/期，全年定价:720.00元/24期。
自2001年创刊以来，我们一直秉承着做好学术传媒的职责，以”更高、更好、更快”为指导方针,瞄准当前生物医学发展的前沿,及时报道国内外具有前瞻性、创新性和学术性的现代生物医学新理论、新方法和新成果，促进学术交流,为科研人员提供一个高质量、高时效的发表、交流的平台。
学术影响及收录情况自2004年被评为国家科技部中国科技论文统计源期刊、中国科技核心期刊以来，本刊的学术影响力不断扩大，特别是在国外的影响力远大于国内。
在2011年美国《化学文摘》公布的被引频次最高的全球千种中学术期刊中，《现代生物医学进展》杂志名列第234位。
根据中国高校科技期刊研究会对外联络委员会国际检索系统咨询部(/ch/index.aspx)公布的统计结果显示,2014年美国《化学文摘(网络版)》共收录本刊《现代生物医学进展》论文人库1030篇，在1813种期刊中名列第5位。
据《2018年版中国科技期刊引证报告(核心版)》统计结果显示，我刊《现代生物医学进展》核心总被引频次为4435次,在全部核心期刊中位居88位。
据2018年中国知网发布的中国学术期刊影响因子年报(自然科学与工程技术)，在《基础研究》类别中的65种期刊中，其影响力指数(期刊影响力综合评价指标)学科排序位居第二位(2/65)o目前，本刊已被美国化学文摘(CA),美国剑桥文摘(ProQuest,CSA),英国公共健康研究数据库(Global Health.GH),英国国际农业与生物科学研究中心(CABI Abstracts)数据库、俄罗斯文摘杂志(Abstract Journal,AJ)、波兰哥白尼索引(Index Copernicus, IC).Genamics Journal Seek索引、美国乌利希国际索引(Ulrich's Periodicals Directory)、美国EBSCO全文数据库、WH0西太区医学索引(WPRIM)收录等国际知名数据库以及科技部中国科技论文与引文数据库(CSTPCD)、中国科技文献数据库(CSTDB)、中国期刊全文数据库(CJFD).中国学术期刊综合评价数据库、中国期刊网、《中国学术期刊》(光盘版)、科技部中文科技期刊数据库、《中国生物学文摘》、中国生物学文献数据库、中国生物医学文献数据库(CBM disc)、中文生物医学期刊文献数据库(CMCC)和中文电子期刊服务源(CEPS)等国内权威检索平台收录。
海洋数据库建设规范
地球科学数据共享材料八海洋科学数据库建设规范（讨论稿）中科院青岛海洋科学研究所地球科学数据共享政策与规范研究组2004年5月目录1．前言 (2)2．海洋科学数据库建设总体要求 (2)2．1 海洋科学数据库总体框架构建 (2)2．2 具体的数据库的建库规范 (2)2．2．1 术语定义 (2)2．2．2 具体数据库的建库流程 (3)2．2．3 具体数据库建设目标 (3)2．2．4 数据库文档 (3)海洋数据库建设规范实例：中国近海和西北太平洋温盐声密数据库建设规范 (4)1．前言 (4)2．中国近海和西北太平洋温盐声密数据库建设规范 (4)2．1适应范围 (4)2．2引用标准 (5)2．3技术术语定义/解释 (6)2．4 编码、属性表命名规则 (7)2．5 元数据标准 (8)2．6 文档格式 (8)2．7 数据库建设流程 (8)2．8 数据质量控制 (10)2．9 数据库汇交（集成）（汇交至的方法和途径等） (14)1.前言海洋科学是一门综合性的学科，涵盖物理海洋学、海洋地质学、海洋生物学、海洋化学等多个学科，研究工作中所涉及、积累的数据也是多种多样各不相同，如物理海洋方面水文数据是记录着某一经纬度、某一时间、某一航次、某一深度的海水温度、盐度和密度信息；海洋地质方面基础地质数据记录着某一区域海底深度及海底地貌等信息；而海洋生物方面又可能是某一物种或某一标本的属性等，因此各方面的数据库建设也各不相同，建设规范也就各不相同。
根据这种情况作为海洋科学数据库的建库单位，一方面我们对整体的数据库建设有建设规范（总体要求）；另一方面，要求每一个具体的数据库要通过建库的工作确定各自的规范和标准，这个规范、标准是代表海洋所水平的，基本也就是代表科学院水平的，而且要求进行必要的鉴定工作成为国家水平的。
2.海洋科学数据库建设总体要求2．1 海洋科学数据库总体框架构建海洋科学数据库可以粗略地分成海洋水文子库、海洋地质子库和海洋生物子库三个部分，每个部分又包含了自成系统的多个具体的数据库。
OCLC使用指南
SCIPIO
来源：25个美术机构 涵盖的主题范围：包括珍本、绘画、艺术作品、雕塑、素描、家具、珠宝、房地 产、纺织品和地毯等
包含的时间范围： 16世纪晚期至今
记录的数量： 300多万 更新的时间：每天更新
数据库类别
书目类 学位论文类 学术期刊类 会议论文类 WorldCat Ebooks WorldCatDissertations ArticleFirst ECO -Index MEDLINE ERIC ClasePeriodica PapersFirst ProceedingsFirst
MEDLINE ERIC SCIPIO
综合性数据库
医学 专业领域 教育 艺术
更新状态
每天 一周两次 一月两次 每月 每季度 ArticleFirst Ebooks ECO-Index MEDLINE SCIPIO WorldCat WorldCatDissertations ProceedingsFirst PapersFirst ERIC GPO ClasePeriodica OAIster
适合用户的七 种语言界面供 选择
基本、高级和专 家检索方式适合 不同的用户
每条检索结果都 能清晰地显示全 球拥有该资料的 图书馆名单列表
检索到的详细记 录、馆藏信息等 可直接输出
服务于所有图书 馆馆员、教授、 学者、学生、研 究人员
WorldCat WorldCatDissertations* ArticleFirst
代表公元前4800年至今的历史文明
485种语言的书目数据
44个国家图书馆将本馆书目记录输入到WorldCat
从2008年12月至今，中国国家图书馆陆续批 处理上传到WorldCat的中西文书目数据已达 到400多万条。
生物信息数据库资源查寻及共享
生物信息数据库资源查寻及共享吴耀生(广西医科大学生化教研室 南宁 530021) 生物信息数据库已成为现代生物医学研究不可缺少的一项研究工具。
目前世界上最主要的生物信息数据库的国际网站有美国国立生物信息中心数据库(N CBI ,Na tio nal Cente r fo r Bio lo gical Info rmation,Ge nBank,h ttp ://ww w.ncbi.nlm .nih .g ov /)[1],欧洲分子生物学数据库(EM BL ,h ttp ://w /embl /)[2],日本的DN A 数据库(DD BJ,DN A Da taba se of J a pa n,http ://w w w.ddbj.nig.ac.jp /)[3]。
在今天的生物学研究中,计算机与实验设备已完全同等重要。
我们特别需要依赖于计算机对大量累积的DN A 序列数据进行快速分析。
实际上这已触发了信息生物学的延生和发展。
为使现有的生物信息数据资源能充分利用,实现资源共享,有必要对目前世界上三大重要的生物信息数据库及其相应的国际网站做一些介绍。
1 生物信息数据库一般概况1.1 美国国立生物信息中心(N CBI ,ht tp ://ww w .ncbi .nlm.nih.g ov /)N CBI 是美国国立生物信息中心N atio nal Center for Bi-ological Info rma tion 的缩写,该机构建立于1988年11月4日,是美国国立卫生研究院(N IH)医学图书馆(N L M )的一个分支。
N CBI 创建了生物医学公共数据库GenBa nk ,引领着计算机生物学研究的潮流。
该机构不但发展软件工具进行基因组数据的分析,也大量收集并发布生物医学信息,其宗旨是为了更好地认识影响人类健康和疾病的分子过程。
大量的分子生物学数据的累积使人们有必要利用计算机对大量的生物医学数据进行处理分析。
主题数据库建设数据资源调查和资源框架设计方法
三、主题数据库建设任务和分工 （一）主题数据库建设总体任务
图 1、主题数据库建设总体任务
（二）任务分工 1、主题数据库建设相关者 主题数据库规划设计涉及到总体组和各数据中心的资源、标准和平台组工作。 2、任务分工 资源组：资源调查和组织框架设计（语义关联性） 标准组：信息标准化（数据元和术语标准） 平台组：获取、加工、存储（数资源框架设计方法
概述 一、基本概念
1、科学数据资源 科学数据资源是指科技活动或通过其它方式所获取到的反映客观世界的本 质、特征、变化规律等的原始基本数据，以及根据不同科技活动需要，进行系统 加工整理的各类数据集，用于支撑科研活动的科学数据的集合。 2、主题 主题为围绕着某一项特定任务或活动进行数据规划和设计时，对其内容进行 的系统归纳和描述。通常数据集主题应具有划分性和层级性，划分性是指主题间 可通过不同的命名，将相同属性的主题归并在一起形成相同的类，将不同属性的 主题区分开形成不同的类；层级性是指主题可被划分成若干子主题或子子主题。 3、主题数据库资源对象 具有特定主题的最小标识单元数据集。 4、主题数据库资源框架 为产生主题数据库资源分类。 5、主题数据库 通过特定资源框架组织的数据集集合。在一定的范围内，各数据集间具有语 义(概念语义层)或语法（物理数据模式）一致性。
获取加工存储数据模式一致性主题数据库主题数据库主题数据库主题数据库资源资源资源资源建设建设建设建设任务分解任务分解任务分解任务分解资源调查和分析资源调查和分析资源调查和分析资源调查和分析图3主题数据库资源规划和建设任务资源框架设计资源框架设计资源框架设计资源框架设计图4主题数据库资源框架设计任务主题数据库建设科学数据资源调查主题数据库建设科学数据资源调查主题数据库建设科学数据资源调查主题数据库建设科学数据资源调查和分析和分析和分析和分析方法方法方法方法适用范围适用范围适用范围适用范围根据科技部对科学数据共享术语定义科学数据是指人类在认识世界改造世界的科技活动中所产生的原始性基础性数据以及按照不同需求系统加工的数据产品和相关信息
OVID数据库使用指南
三、OVID主要数据库介绍
7、MEDLINE
由美国国立医学图书馆（ NLM ）创建。该库收录了 1950年以来世界上70多个国家和地区出版的生物医学及 其相关学科期刊4800余种，涉及43种语种，其中90%左 右为英文刊物， 78%有英文摘要，数据每日更新。OVID 将这些文献按年份划分为四个子库。
是Journals@Ovid Full Text的子库，该数据库中 全部文献均可获取全文。
三、OVID主要数据库介绍
4、EBM Reviews 循证医学综述文献数据库
由医药界人士及医学相关研究人员研发的一套数 据库，收录了临床循证的基础资料。循证医学文 献作为临床决策、研究的基础，供临床医生、研 究者使用，可节省阅读大量医学文献报告的时间 。除总库All EBM Revie点
1、容量大
① 300多个数据库 ② 1000多种权威期刊及其他资源
2、更新及时
该数据库更新及时，有些甚至比印刷本期刊到 馆更早，因此通过该数据库，读者可以在网上 及时找到需要的期刊。
二、OVID医学信息平台的特点
3、资源来源权威
① LWW (Lippincott, Williams&Wilkins)出版社 ② BMJ (British Medical Association Journals)英
三、OVID主要数据库介绍
2、Journals@Ovid Full Text OVID电子期刊全文数据库
收录多家出版商和学会出版的 1000 余种科技 及医学期刊的全文，其中我馆订购期刊可获取 全文。
三、OVID主要数据库介绍
3、JiLin University - Full Text 吉林大学订购全文的OVID电子期刊数据库
大数据技术在生物科学中的应用
大数据技术在生物科学中的应用在当今的数字化时代，数据已经成为了各个领域的核心。
生物科学作为一门技术高度发达的学科，也在广泛应用各种新的数据技术，其中大数据技术成为了生物科学中应用最广泛的一种技术。
本文将介绍大数据技术在生物科学中的应用，并探讨其对生物科学领域的影响。
一、大数据技术在生物科学中的应用1、生物信息学生物信息学是目前最流行的生物科学领域之一。
它涉及到基因数据、蛋白质序列数据、代谢物数据等各种生物分子的信息。
生物信息学的主要任务是：高通量技术下分析生命系统的各种分子部分之间是如何相互联系的，即找出“生物网络”；开发生物信息平台、数据库及计算工具以解决实验数据分析和生物信息的管理问题。
大数据技术在生物信息学领域中的应用主要有以下几个方面：（1）通过高通量测序技术生成海量的基因序列数据，对基因的功能、调控机制、进化历史等进行研究和分析；（2）利用大规模基因芯片，对全基因组的表达、甲基化和拷贝数变异等进行研究；（3）基于代谢组学数据对生物代谢物的生物化学性质和生物物理特性进行细致的分析。
2、分析各种生物分子数据生物分子数据是大量表达生物体生命活动信息的数据，微生物、细胞、蛋白质等分子数据的重要性越来越受到各个领域的重视。
大数据技术在分析各种生物分子数据方面，主要有以下几个方面：（1）基于蛋白质、代谢物和微生物数据的分析；（2）各种小分子的反应动力学模拟；（3）研究细胞表面和生物分子上的各种化学反应和交互作用，包括相互调节、相互作用和相互反应等。
3、大数据技术在基因组学中的应用基因组学是研究生物个体基因组构成和功能的学科。
现在主要是利用高通量测序技术，建立了出多种生物基因组测序数据库，并对不同的生物进行了基因组学研究。
大数据技术在基因组学中的应用主要有以下几个方面：（1）基于大数据分析工具的基因组异常检测，可用于检查缺失、拷贝数变异、基因融合等；（2）基于高通量测序技术的金属结合蛋白定位研究；（3）人类基因组对人类疾病发生的研究；4、大数据技术在系统生物学中的应用系统生物学考虑细胞、生物学、生物整体及其机能的高度集成，以探寻生命现象中物质和信息交互的动态规律。
我国国家科学数据中心FAIR原则的实践现状调查与分析
标识符的采用元数据标准的公开访问数据许可声明的明确等方面加强规范化标准化管理
$%&'*+,- 原则国家科学数据中心科学数据管理元数据
()*+,.!//
-./01'
01,'$)%$$(23456789:&""#;2(#3:!'!#'#!
!"#$%& '() *(+,&-.- /( 01% 23450.56 /7 8*9: ;3.(5.<,6 .( =40./(4, >5.6(56 ?+0+ @6( 063 /7 @1.(+
实践现状对推动科学数据的发现访问获取和重用具有重要意义文章 通 过 分 析 *+,- 原 则 的 主放共享原则调研 !) 个国家科学数据中心对 *+,- 原则的实践现状从元数据标准和用户授权两个
层面分析结果并提出改进建议 研究发现我国国家科学数据中心对 *+,- 原则的应用还有待提升需要在持久性
基于 !"#$( 项主要原则!采用网络调研$文献调 研等方式梳理分析国家科学数据中心对 !"#$ 原则 的实践现状# 通过国家科学数据中心网站中,数据资 源-,元数据-,数据目录-,标准规范-,数据汇交,用户帮助-,用户指南-,平台介绍-等栏目$综合性 的全球研究数据仓储注册目录 $./0121&-'*23. $.456278 9: $.6.17;3 <121 $.=9652975.6+以及 !">$63175?4&@'网站 中查找检索国家科学数据中心有关元数据和用户授 权建设内容!并通过有关国家科学数据中心建设$服 务$实践等方面研究论文!补充网络调研不足的相关 建设内容#
- 1、下载文档前请自行甄别文档内容的完整性，平台不提供额外的编辑、内容补充、找答案等附加服务。
- 2、"仅部分预览"的文档,不可在线预览部分如存在完整性等问题,可反馈申请退款(可完整预览的文档不适用该条件!)。
- 3、如文档侵犯您的权益，请联系客服反馈,我们会尽快为您处理(人工客服工作时间：9:00-18:30)。
Technical Training and Exchanging
• Biennial SDB Technical Symposium
– During “Ten-Five”, three symposiums and three publications
• Annual technical training
•Support and •consultant
生物学和地球科学领域数据库共享指 南与数据库建设规范
National Programs on Data Activities
1. Scientific Database and Information System 2. Founded by CAS since 1982
•2. Databases
•3. Quality Control •And Assessment
•4.Storag e
•SDB
•5.Port al
•7.Application
•6.Super Computer
生物学和地球科学领域数据库共享指 南与数据库建设规范
Growth of SDB Data Volume
Scientific Database and Information System (SDB)
• Founded by Chinese Academy of Sciences since 1982
• 1986-2000
– 725GB – 180 databases – 19 member institutes involved
生物学和地球科学领域 数据库共享指南与数据
库建设规范
2020/11/26
生物学和地球科学领域数据库共享指 南与数据库建设规范
Outline
• Requirements on Scientific Data • Main Data Activities • National Programs on Data Activities • Summary
to public – Closer cooperation and communication
among scientists – The frontiers of science, big science plan
need large-scale and large-scope data supporting
科学数据库核心元数据标准（1.0版、1.1版、2.0版） 大气科学数据元数据规范（1.0版） 生态研究科学数据元数据规范（1.0版、1.1版） 科学数据库植物图像元数据规范（1.0版） 羊八井宇宙射线科学数据元数据规范（1.0版） 生物物种编目数据元数据规范（1.0版、2.0版） 天然气水合物科学数据标记语言（GHML）（征求意见稿） 禽流感科学数据元数据规范（1.0版） 图像科学数据通用元数据规范（1.0版） 数据质量研究报告 科学数据库数据质量控制和评估框架体系 科学数据库数据质量评价过程 科学数据库数据质量管理办法（试行） 地学领域数据质量标准体系 科学数据库共享政策研究报告 科学数据库数据共享办法（试行） 化学、生物学和地球科学领域数据库共享指南与数据库建设规范
internet technology • Data at the very heart of the revolution
生物学和地球科学领域数据库共享指 南与数据库建设规范
Requirements on Scientific Data
• Data sharing and exchanging
– Valuable national strategic resource – Full & open in a timely and equitable manner
– Super server – TB Storage – Visualization System – High Speed Network – System Software
生物学和地球科学领域数据库共享指 南与数据库建设规范
Super Server－Lenovo6800
•59 Nodes（ 4-way） •SAN：20TB ，50TB Tape •2Gbps Network bands
生物学和地球科学领域数据库共享指 南与数据库建设规范
Objectives of SDB
• Objectives
– Expand and strengthen the data accumulation and integration, sharing
– Improve the digital environment for S&T research – Set up information and data service system for S&T
•Scientific •Data Activities
•Database •Construction and
•integration
•Data quality •control and •assessment
•Information • systems
• and platform
•Applications and •services
生物学和地球科学领域数据库共享指 南与数据库建设规范
SDB Metadata Registry System
•Registry •Mapping
•Search
•Explore
生物学和地球科学领域数据库共享指 南与数据库建设规范
SDB System Platform
• Software and Hardware
生物学和地球科学领域数据库共享指 南与数据库建设规范
•High Speed Network
生物学和地球科学领域数据库共享指 南与数据库建设规范
CAS e-Infrastructure
Infrastructure
Item
Networking
HPC
Scientific Database
core backbone Oversea link Peak TFLOPS Linpack TFLOPS Storage Member institutes Databases Data volume
By 2000
2001 to now
1Gbps 2Mbps 55Mbps
0.13 0.05M+2.5G
620M+12G 5.5 4.3
182TB >45 503
16.6TB
生物学和地球科学领域数据库共享指 南与数据库建设规范
•EC
• Scientific Database
•CNIC
Center (SDC)
•EO
• Member Institute
•SDC
•······
•Inst. of Engineer and Process
•Inst. of Microbiology
•Inst. Of Geography
生物学和地球科学领域数据库共享指 南与数据库建设规范
• 2003 Prof. Jiang Mianheng, Deputy president of CAS signed to formally initiate “Scientific Database and Information System Project”
• 2000-2005, CAS supports US$ 7.50 Million
– 5 technical training
生物学和地球科学领域数据库共享指 南与数据库建设规范
Achievements and Activities SDB
•1.Metadata Specification
•10. e-Science
•9. Supports
•8. High speed network
• 2. Platform Construction for National S&T Infrastructu
•
Founded by MOST since 1999, Supported by MOS
•
MOE, MOF and NDFC since 2004
• 3. Scientific Basic Resource Platform of MOE
world
• Extraction of Essence • Explanation of the Complex • Prediction from Data
– Today, we have exciting new capability to observe nature
• Requires and generates large amounts of quality data • The information revolution coming with Computer and
生物学和地球科学领域数据库共享指 南与数据库建设规范
Main Data Activities
•Data sharing •and exchanging
•Data sharing •policies
•Network •Super computer
•Storage
•Data and •metadata •specification
• By 2005
– 45 institutes of CAS – 503 databases – a gross volume of
16.6TB – 10TB are available on
the Internet
生物学和地球科学领域数据库共享指 南与数据库建设规范
SDB Standards & Specifications