以链格孢为例病原菌的多基因序列
链格孢属真菌（Alternaria）属有丝分裂孢子真菌类群丝孢纲丝b...b-YNSTC
链格孢属真菌(Alternaria)属有丝分裂孢子真菌类群丝孢纲丝孢目，是半知菌暗色丝孢菌中一类非常常见的真菌。
链格孢属真菌是引起植物病害的重要真菌类群之一。
大部分链格孢属真菌寄生于不同种植物，特别是农作物，常引起包括玉米、小麦、马铃薯、苹果和番茄等几十种农作物的病害，而给农业造成重大经济损失。
有些链格孢属真菌是人和动物的条件致病菌，常引起多种疾病。
链格孢属真菌产生许多有毒代谢产物，包括腾毒素(tentoxin) ，链格孢毒素(altertoxins)，细交链孢菌酮酸(tenuazonic acid)，交链孢霉烯(altenuene)和交链孢酚(alternariol)等，其中有些毒素是其作用于植物的主要致病因子，通过毒素的作用不仅使植物产生症状，造成危害，而且人和动物摄入被污染的食品或饲料后可导致慢性或急性中毒。
有些毒素可用作除草剂和杀菌剂等，是有应用潜力的生物资源(Barkai-Golan, 2008)。
腾毒素是由一些链格孢属真菌产生的一个天然环四肽。
这个属的链格孢(A. alternata)，柑桔链格孢(A. citri) ，长柄链格孢(A. longipes) ，苹果链格孢(A. mali) ，葱链格孢(A. porri)和细链格孢(A. tenuis)的一些菌株已被报道产生腾毒素(Meyer, 1971; Liebermann, 1983; Kono, 1986; Suemitsu, 1990)。
从腐烂的西红柿和浓缩苹果汁中都检测到被链格孢属真菌污染而产生的腾毒素(Andersen, 2004; 何强，2010)。
腾毒素的化学结构是[cyclo-(L-MeAla-L-Leu-MePhe*(Z)∆+-Gly)] (Meyer, 1971)。
腾毒素的主要生物活性是选择性抑制一些高等植物叶绿体F1-ATP酶活性而导致植物萎黄病(Steele, 1976)。
其抑制机理是低浓度下抑制叶绿体F1-ATP酶中ATP水解和合成(Steele, 1976)，因此常用于研究F1-ATP酶的反应机制(Pavlova, 2004; Meiss, 2008)。
1株拮抗链格孢的芽孢杆菌的筛选鉴定和抑菌效果
1株拮抗链格孢的芽孢杆菌的筛选鉴定和抑菌效果作者：刘伟王多文何彩李强史星雲刘鹏来源：《江苏农业科学》2019年第04期摘要：以链格孢（Alternaria spp.）为靶标菌从农田土壤中分离到1株芽孢杆菌。
通过形态学特征、生理生化分析及16S rDNA序列分析等对菌株进行鉴定。
结果表明，菌株LKYLW-1为萎缩芽孢杆菌（Bacillus atrophaeus，GenBank登录号为MF375905）;对链格孢的抑菌带宽为15.8 mm;采用菌丝生长抑制法、孢子萌发法测定LKYLW-1的抑菌作用，发现菌株LKYLW-1代谢产物对链格孢丝有致畸作用;菌株LKYLW-1发酵液对孢子萌发抑制率为96.60%;EC50为6.93 mL/L;饱和度为25%;硫酸铵获得的抑菌物质对链格孢的抑菌活性较高，抑菌圈直径达42.01 mm。
关键词：芽孢杆菌;抑菌活性;拮抗;链格孢属靶标真菌;形态学特征;生理生化分析;16S rDNA序列分析中图分类号： S476;S182; 文献标志码： A; 文章编号：1002-1302（2019）04-0091-03多种作物的黑斑病是由链格孢属真菌（Alternaria spp.）引起的[1]，链格孢属真菌会导致作物产量和品质受到严重影响，链格孢属真菌同时也是蔬菜贮藏过程中的主要病害菌，能引起多种瓜果、蔬菜的腐败，造成了巨大的经济损失[2]。
使用农药能暂时控制黑斑病的大面积传播，然而其副作用也引起了人们的重视。
生物防治因其对人畜安全、环境兼容性好、而且不易产生抗药性而倍受关注。
王继华等从冷冻菌种甘油中分离到1株芽孢杆菌，能产生抑制链格孢真菌的物质[3];赵阳国等从土壤中分离出1株枯草芽孢杆菌，该菌对农林业危害真菌链格孢菌具有强烈的抑制作用[4]。
芽孢杆菌防治植物病害的作用机制主要有与病原菌竞争营养和生态位点、分泌抗菌物质抑制病原菌的生长以及激发植物系统抗病性[5]。
本研究通过形态学特征、生理生化分析及16S rDNA序列分析等方法，鉴定出1株从农田土壤中分离到的芽孢杆菌，能够强烈抑制链格孢属真菌的生长。
链格孢菌抗植物病原真菌活性筛选
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链格孢 菌抗植物病 原真菌活性筛选
周稚 凡 ，黄 伟 ，谢 津 ，李 靖
（ 西南林业大学 生命科学 学院，云南 昆明 ６ ５ ０ ２ ２ ４ ）
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链霉菌的基因组及其抗生素生物合成基因研究
这一研究计划共有44位学者参与完成，涉及 四个单位。主要完成单位是 Wellcome Trust Sanger Institute, Hinxton, Cambridge，UK .， 世界著名的链霉菌遗传学学者D.A.Hopwood 及 他所在的John Innes Center(Norwich,UK)也参 与了研究，
到目前为止，已揭示了一些基本规律， 也开展了有一定成效的应用研究。
1、在产抗生素的链霉菌中，耐药基因一般与抗 生素合成基因紧密连锁，而大部分抗生素合成基因簇 位于染色体DNA上。因而与合成基因连锁的耐药基 因也存在于染色体DNA上。பைடு நூலகம்目前为止所发现的抗 生素合成基因簇中只有位于SCP1质粒上的次甲霉素 基因簇是一个例外，抗生素耐药基因可以脱离抗生素 合成基因簇而单独存在于质粒上，随质粒一起转移和 扩散。
紧密成簇排列。请见下图与表：
Gene 203： 1–9
链霉菌抗生素生物合成相关基因在染色体或质粒 上成簇排列的特性，为我们研究这些基因的结构、调 控表达与进行基因克隆提供了方便。但是也带来了一 些问题，例如其中某一个基因一旦发生突变，有时往 往要影响到邻近基因的调控表达效率甚至关闭表达。 这也可能是导致抗生素生产菌株常常表现出生产性能 不稳定、效价达到一定水平后，进一步提高其发酵效 价就十分艰难的重要原因之一。
链霉菌中克隆的原霉素耐药基因 Ptr 能够编码膜转运 蛋白，Ptr 在浅青紫链霉菌表达时，不仅可以提高对
参与研究的还有 Department of chemistry, University of Warwich, Coventry,UK.，
我国台湾的 Institute of Genetics, National Yang-Ming University 也有一位学 者（C.W.Chen）参与了这一计划的研究工作 ［1］。
湖北烟区烤烟赤星病病原鉴定
湖北烟区烤烟赤星病病原鉴定杨涛;张双祥;龙开勋;黎妍妍;郑露;黄俊斌;魏小慧;郭利;袁跃斌;王瑞;李锡宏【摘要】为研究湖北各烟区烟草赤星病病原菌的种类和地理分布,对湖北烟区的72株烟草赤星病病原菌进行形态学观察,共鉴定出4个种,在此基础上对其中8个典型菌株的rDNA-ITS和Plasma membrane ATPase(ATPase)基因进行测序分析,从分子水平上进一步证实湖北烟区烟草赤星病为链格孢(Alternaria alternata)、长柄链格孢(A.longipes)、细极链格孢(A.tenuissima)和鸭梨链格孢(A.yaliinficiens)侵染所致.其中A.longipes广泛分布于湖北各烟区,是优势种群,占69%;A.tenuissima 和A.alternata分布在宜昌、十堰、恩施3个烟区;A.yaliinficiens仅在恩施区域零星分布,约占3%.该试验也证实了ATPase基因可以用来作为烟草赤星病病原的辅助鉴定.%In order to study the species and geographical distribution of tobacco brown spot disease in tobacco fields of Hubei Province, seventy two isolates causing tobacco brown spot in Hubei Province were identified based on morphology and eight typical isolates were analyzed based on sequences of rDNA-ITS and ATPase. The results showed that the pathogens causing tobacco brown spot in Hubei tobacco areas were identified as Alternaria alternata, A. longipes, A. tenuissima and A. yaliinficiens. Among them, A. longipesis was the dominant species distributed in all tobacco-growing areas in Hubei with a high occurrence of 69%. A. tenuissima and A. alternata were found in three areas of Yichang, Shiyan and Enshi. A. yaliinficiens was only isolated in Enshi. In addition, the results also indicated that ATPase gene sequence comparison could be a useful way to differentiate the four pathogensof tobacco brown spot.【期刊名称】《中国烟草科学》【年(卷),期】2017(038)005【总页数】7页(P32-38)【关键词】烟草赤星病;链格孢;病原鉴定【作者】杨涛;张双祥;龙开勋;黎妍妍;郑露;黄俊斌;魏小慧;郭利;袁跃斌;王瑞;李锡宏【作者单位】华中农业大学植物科技学院,湖北省作物病害监测和安全控制重点实验室,武汉 430070;湖北省烟草公司宜昌市公司,湖北宜昌 443000;湖北省烟草公司宜昌市公司,湖北宜昌 443000;湖北省烟草科学研究院,武汉 430030;华中农业大学植物科技学院,湖北省作物病害监测和安全控制重点实验室,武汉 430070;华中农业大学植物科技学院,湖北省作物病害监测和安全控制重点实验室,武汉 430070;湖北省烟草公司十堰市公司,湖北十堰 442000;湖北省烟草公司襄阳市公司,湖北襄阳441100;湖北省烟草公司宜昌市公司,湖北宜昌 443000;湖北省烟草公司恩施州公司,湖北恩施 445500;湖北省烟草科学研究院,武汉 430030【正文语种】中文【中图分类】S435.72烟草赤星病是由链格孢属真菌引起的烟叶生长后期主要的叶部真菌性病害，是世界烟草生产上威胁最大的病害之一[1]。
影响链格孢菌生长及产孢的因子.
影响链格孢菌生长及产孢的因子黄世文1, 余柳青1, A lan K 1W atson 2(11中国水稻研究所, 杭州310006; 21Internati onal R ice Research Institute , P 1O 1Box 933, M anila 1099, Phili pp ines摘要:在实验室研究了影响稗草病原真菌链格孢生长及产孢的因子。
链格孢菌可在较宽的温度范围内生长、繁殖; 连续黑暗、空气充足条件下有利于产孢; 该菌在4种不同的植物产品上培养可产生大量的孢子, 最多的无芒稗籽上每克干物质产孢量达3159×108个, 这些培养物在首次产孢收获后均可直接培养作二次产孢利用。
固体(菌块和液体(菌悬液接种培养物均能成功产孢。
但培养量大时液体接种优于固体接种, 产孢量与接种菌悬液浓度呈正相关。
关键词:链格孢菌; 生长; 产孢; 生物防治分类号:S 45; Q 949. 331+. 3文献标识码:A : 0120016204目前, [3]选、[4～]s pp . 是一类寄主范围很广的病原真菌, , 如决明链格孢(A . 、望江南、美丽猪屎豆; 百日草链格孢(A . z inniae 防治苍耳; 粗链格孢(A . crassa 防治曼陀罗等[7～9]。
一般认为, 真菌微生物制剂多是利用其孢子, 这是因为孢子不论是稳定性、活力、侵染力还是寿命等方面均比真菌其它阶段更具优势[10]。
因此, 开发廉价、高效、可大量生产菌孢子的培养基及其技术是真菌微生物制剂成功的关键。
稗草链格孢菌[A lternaria alternata (F r . Keissler ]是从田间自然罹病的稗草标样上分离获得, 经生测, 该菌对稗草致病力强, 鲜重防效在60%左右, 对水稻小苗有轻度影响, 但随后可恢复正常。
在从稗草病标样中分离到的近百个病原菌中, 该菌占41. 3%, 是感染稗草造成叶片和叶鞘病斑的主要病原真菌之一, 本文研究了影响该菌生长及产孢的多种因子。
中国蔬菜链格孢叶斑病病原菌鉴定及多样性研究
中国蔬菜链格孢叶斑病病原菌鉴定及多样性研究链格孢属真菌寄主广泛,不仅是一种重要的农作物病害,也能危害人类的健康。
链格孢属真菌可以引起一些重要蔬菜病害,如番茄早疫病、白菜黑斑病和大葱紫斑病等。
本文对我国蔬菜主产区进行病害调查,收集样本并分离病原菌,对病原菌进行了形态学鉴定、致病性测定、序列分析及系统发育研究。
1.发现国内新纪录寄主病害两种。
本文对全国各地蔬菜主产区进行了病害发生情况调查,在甘肃和北京发现两种新纪录寄主病害,分别为链格孢(Alternria alternata)引起的人参果黑斑病和链格孢(A. alteniata)引起的秋葵叶斑病。
2.明确我国由链格孢属真菌引起的蔬菜病害种类及分布范围。
通过对我国14个省蔬菜主产区进行病害调查,共采集到557份标本,涉及茄科、葫芦科、十字花科和百合科的32种寄主。
茄科以番茄早疫病发生最为严重,主要分布于内蒙古、北京、甘肃省、新疆、天津市、山东省和广西省等地：葫芦科病害主要分布于湖南省、甘肃省、山东省和内蒙古等地；十字花科病害主要发生在北京市、甘肃省、辽宁省、贵州省、湖北省和西藏等地；百合科病害主要发生在山西省、天津市、内蒙古、北京市和湖南省等地。
3.本论文共鉴定出8种链格孢种。
其中链格孢(A. alternata)可侵染茄科、葫芦科和十字花科蔬菜。
茄斑链格孢(A. melongenae)、茄链格孢(A. solani)危害茄科蔬菜；瓜链格孢(A. cucumerina)、西葫芦生链格孢(A. peponicola)侵染葫芦科蔬菜；芸薹生链格孢(A. brassicicola)、芸薹链格孢(A. brassicae)侵染十字花科蔬菜；葱链格孢(A. porri)侵染百合科蔬菜。
4.初步明确茄科和葫芦科链格孢叶斑病病原菌的系统发育关系。
本试验对库存有致病性的9个葫芦科菌株和19个茄科菌株进行了系统发育分析。
根据ITS序列和抗原相关蛋白基因序列分别构建了系统发育树。
红枣贮藏期间主要病原真菌的分离、鉴定与ITS序列分析
红枣贮藏期间主要病原真菌的分离、鉴定与ITS序列分析作者：郝莉花董彩文陈春生纵伟来源：《江苏农业科学》2016年第02期摘要：为了解红枣贮藏期间主要病原真菌的污染情况，首先对红枣表面的真菌进行分离，然后经过形态观察，并结合 ITS 序列扩增、测序和序列比对，对分离的相关病原菌进行鉴定。
结果显示，有8种真菌菌系在红枣表面上出现。
其中，链格孢菌（Alternaria spp.）和青霉（Penicillium spp.）是主要的菌株，而链孢霉属（Neurospora spp.）、纸葡萄穗霉（Stachybotrys chartarum）是在红枣贮藏期间新发现的2种真菌。
本研究结果为控制红枣采后病害提供了依据。
关键词：红枣；贮藏期；病原真菌；ITS 序列分析中图分类号： TS207.4文献标志码： A文章编号：1002-1302（2016）02-0304-04收稿日期：2015-02-14基金项目：国家质检总局科技项目（编号：2013QK232）。
作者简介：郝莉花（1979—），女，硕士，工程师，从事食品安全检测工作。
E-mail：zzulispx@。
枣属于鼠李科枣属植物。
枣树品种多、适应性强，其果实具有丰富的营养，受到消费者的青睐，但鲜枣在自然条件下不耐贮藏。
目前，由于对贮藏期间枣中病原菌种类及侵染原因缺乏了解，不能采取有效的控制措施，导致病害现象时有发生，因真菌病害侵染而导致的腐烂率达到30%以上，引起红枣品质变差，难以食用，造成严重的损失[1-4]。
因此，研究引起红枣病害的病原菌，从而控制其采后病害，具有重要的意义。
近年来，已有研究从贮藏的红枣鲜果中分离并采用形态学的方法鉴定出贮藏过程中引起腐烂病害的一些主要病原真菌[5-8]，但采用ITS序列分析红枣表面真菌的研究还少见报道。
因此，本研究对红枣表面的真菌进行分离，通过 ITS 序列扩增、测序和序列比对，对分离的相关病原菌进行鉴定。
为针对性地采取措施对致腐病原菌进行控制提供依据[9-10]。
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以链格孢为例病原菌的多基因序列分析：
对用于链格孢鉴定的基因的选择，使用7种基因序列进行PCR扩增，分别为ITS、endoPG、GAPDH、Altal、TEF1、ATPase、Cal进行扩增，对于ATPase基因和Cal基因扩增产物进行测序后发现其序列相似性98%，相似性太高，不合适作为种间鉴定的。
其余的五个基因测序后序列相似性均在90%-95%之间，序列差异性较大，适合作为种间鉴定。
利用GAPDH基因对所有菌株的基因组DNA进行PCR扩增，得到的片段长度约为540bp。
将其扩增的片段测序后，按照菌株的不同省份来源，利用MEGA5.2软件中的最大简约法构建系统发育进化树，然后挑选处于不同分枝的菌株，最终选定43个菌株进行多基因鉴定。
使用MrModeltest选择每个基因的最适核苷酸替代模型，将鉴定的菌株与从Genback中下载的19条参考菌株序列利用mrbayes-3.1.2软件构建系统发育进化树。
基于ITS序列鉴定结果
利用ITS4/ITS5序列对43个代表菌株的基因组DNA进行PCR扩增，其扩增片段长度约为520bp，使用贝叶斯推导的方法进行系统发育进化分析，系统发育进化树结果显示所有的测序菌株都与A alternata、A arborescens、A gaisen、A longpes和A.gossypina这五个种聚集在一起，这说明ITS序列不能鉴定链格孢属真菌到具体的种。