基于Windows系统的亲子鉴定数据统计分析软件
Genemarker中文说明书
Gene Marker®The Biologist Friendly SoftwareGeneMarker®是唯一为基因研究者设计的“生物学家友好”基因分型软件。
软件界面具有引导功能并且布局直观，使用非常简便，同时兼顾精准、快速等优点，并集合大量应用，是一个功能强大的科研工具。
软件特点总结如下：特点：操作简单精准读取片段及等位基因快速界面引导自定义设置低成本临床研究：脆性X综合征三染色体/非整倍性研究MLPAMS-MLPA囊胞性纤维症微卫星不稳定基础研究：AFLPT-RFLP微卫星标记（STR/SSR）SNP标记（SnapShot/SNPlex）聚类分析亲缘关系鉴定GeneMarker可同时分析多达1000个四色或五色荧光平板胶或毛细管电泳泳道的数据，并兼容全部主流毛细管和平板胶电泳系统产生的文件，如ABI的文件（*.FSA、*.AB1、*.ABI、*.HID）、SCF的文件、MegaBACE™ 的文件（*.RSD、*.ESD）、Beckman-Coulter 的文件，以及与我们JelMarker®软件结合使用分析LI-COR、DNA Analyzers和柯达成像系统产生的平板胶图像（TIFF、BIP、JPEG 、TXT格式）。
GeneMarker是卓越的遗传分析和片段分析软件，可完美替代其他同类软件，如LI-CO （RSAGA软件）、ABI（GeneMapper®、Genotyper®、和GeneScan®）和MegaBACE® 的分析软件。
用户操作GeneMarker 的“Run Wizard ”简化用3个简单的步骤指引用户，使分析变准确，用户可选择嵌入式的模板或自定板。
GeneMarker 的模式识别技术可以自器或试剂造成的错误，如饱和峰、噪声重叠、钉子峰及影子峰。
目前，GeneMarker 的各项功能均于选择模板或自定义创建模板后自动分显示及报告。
winRHIZO说明书
WinRHIZO 软件已经运行
“WinRHIZO”主要窗口将被展示，这个窗口不同的区域和它的功能将被描述，在这个
时候，你可能就会认为它们很简单，就像我们提到的按照这个操作一样。
获取图像前的 WinRHIZO 界面
区域形状选择。选择分析和不被包含 的区域
长方形 圆 自由形式（套索）
图像选择器是去选择展示的图像 初始图像 像素分类图像 框架图像 色阶图像
一些内容仅仅在分析之后显现。
信息给操作者和部分分析数据。更多 的数据在 WinRHIZO 的数据文件。 品质的大小在图像上面显示/信息选 择。在小屏幕（640*480）可能有更 大的空间来展示所有的信息。
洗根测量分析软件 中文说明书
适用于基本版，标准版，专业版
2010 年 8 月
1 安装
1.1 包装清单和注意事项
WinRHIZO 软件包括以下几项：1)一个或更多的彩色说明书 2)一个 CD-ROM 光盘，包含这 个程序和演示图像(在这个手册最后的袋子里),3)注册信息和隔离板上的最后信息 4）最重要 的是密钥（运行 WinRHIZO 必须）。
10-16 位必须转换成每个像素每个颜色通道 8 位才能被分析。对于 jpeg 图像文件格式：
WinRHIZO 可以分析保存为 tiff 和 jpeg 格式的图像。Jpeg 对于科学图像分析不是一个好格式。
它取决于图像如何被压缩。图像用有损耗的运算法则压缩随后打开分析，图像与压缩前是不
一样的。它的内容通过压缩过程改变。用修改的图像进行测量，精度下降。强烈的推荐没有
1.2 密钥
密钥根据您收到的密钥型号，必须连接 在一个平行的打印机端口或者是 USB 端 口上。当在图像获取时，当你按了 Acquistion Icon 或 者 Image/Acquire Image),你就会看到下面这个错误信息提 示“Protection key not found.Please verify its installation”。这说明密钥必须连接在 电脑上，这样才能保证程序继续运行。 如果在连上加密狗后还出现这个错误信 息，那么转到附录 B 或者我们的网址， 寻找解决这个问题的方法。
实用的DNA分析类软件
实用的DNA分析类软件热度 3已有101 次阅读2014-9-13 17:39|download, Windows, programs, 浏览器, 格式转换http://www.stud.uni-karlsruhe.de/~uzbar/programs/mb661.exe1.5M，免费的DNA分析软件，可寻找酶切位点，绘制质粒图谱、设计pcr引物、分子量计算、序列比对等等/lucatoldo/myhomepage/JaMBW.zip1.9兆。
Java语言是一个跨操作平台的语言，用该语言编写的软件，可以跨操作平台使用，只要这个系统有支持Java语言的环境即可。
在Windows环境下，IE与Netscape 浏览器均支持Java 语言，所以用Java语言编写的分子生物学软件JaMBW便是在浏览器下工作的。
JaMBW是一个分子生物学软件包，功能包括：序列格式转换、求序列的补体序列与逆序列、将DNA序列翻译成蛋白序列、序列分析、多序列比较、特征位点查找、3维分子结构查看、pcr引物设计、缓冲液设计等功能，包含了分子生物学研究常用的一些操作。
JaMBW是一个非常出色的工具软件。
版本号1.1http://hjem.get2net.dk/acaclone/download/pDRAW32setup.zip3M，是又一个非常方便的质粒绘制工具与DNA分析工具。
它包括DNA序列输入与分析、限制酶消化分析以及环形与线性DNA图形输出等许多功能。
作者将许多选择设计成选项，只须你选择即可，使用非常方便。
软件需要的限制酶数据库/annhyb/softwares/annhyb-4.922.zip1.1M。
DNA工具软件，对短DNA序列，它可进行补体序列生成、融合温度预测、GC百分含量计算、分子量计算、摩尔消光系数计算等功能。
增加了许多功能，包括序列检索、注释、编辑，格式转换，限制酶分析、翻译、序列查找、反序与补序、序列统计、ORF查找、寡序列分析、探针分析等等，是一个有用而方便的小工具/dnassist.zip10.7M。
常用生物软件
常用生物软件常用生物软件（Windows 版）一、基因芯片1、基因芯片综合分析软件。
ArrayVision 7.0 一种功能强大的商业版基因芯片分析软件，不仅可以进行图像分析，还可以进行数据处理，方便protocol的管理功能强大，商业版正式版：6900美元。
Arraypro 4.0 Media Cybernetics公司的产品，该公司的gelpro, imagepro一直以精确成为同类产品中的佼佼者，相信arraypro也不会差。
phoretix™ Array Nonlinear Dynamics公司的基因片综合分析软件。
J-express 挪威Bergen大学编写，是一个用JAVA语言写的应用程序，界面清晰漂亮，用来分析微矩阵（microarray）实验获得的基因表达数据，需要下载安装JAVA运行环境JRE1.2后(5.1M)后，才能运行。
2、基因芯片阅读图像分析软件ScanAlyze 2.44 ，斯坦福的基因芯片基因芯片阅读软件，进行微矩阵荧光图像分析，包括半自动定义格栅与像素点分析。
输出为分隔的文本格式，可很容易地转化为任何数据库。
3、基因芯片数据分析软件Cluster 斯坦福的对大量微矩阵数据组进行各种簇（Cluster）分析与其它各种处理的软件。
SAM Significance Analysis of Microarrays 的缩写，微矩阵显著性分析软件，EXCEL软件的插件，由Stanford大学编制。
4．基因芯片聚类图形显示TreeView 1.5 斯坦福开发的用来显示Cluster软件分析的图形化结果。
现已和Cluster成为了基因芯片处理的标准软件。
FreeView 是基于JAVA语言的系统树生成软件，接收Cluster生成的数据，比Treeview增强了某些功能。
5．基因芯片引物设计Array Designer 2.00 DNA微矩阵（microarray）软件，批量设计DNA和寡核苷酸引物工具二、RNA二级结构RNA Structure 3.5 RNA Sturcture 根据最小自由能原理，将Zuker的根据RNA一级序列预测RNA二级结构的算法在软件上实现。
NTsys-pc2.02图解使用说明
NTsys-pc2.02图解使用说明Edit by mycobio2004.111 数据的录入方法：1.1 利用Ntedit直接录入数据0、1二元数据中的数据缺失记为2。
其中列标可以写为样品编号，在No.rows 栏中写入0、1数据总数，No.cols 栏中写入样品总数。
文件另存为*.nts格式。
1.2 从excel表中直接读入数据Excel表中输入数据格式如下图。
A1必须为1，B1为0、1数据总数，C1为样品总数。
打开Ntedit程序，选择从Excel表输入，结果见上图。
文件另存为*.Nts格式1.3 Ntsys-pc可以直接运行*.phy格式的文件（由phylip和phytool产生）1.4 DNA序列数据Ntsys-PC也可以分析，但好像用的人较少。
建议大家使用phylip或者其他的软件。
DNA序列数据在Excel中输入格式如下：1.5 其他数据的Excel输入如下2 聚类分析Ntsys-pc2.02界面如下以下以图中数据为例介绍聚类过程：2.1 首先用similarity程序组中的SimQual计算形似系数矩阵。
Coefficient通常选用SM 或DICE，结果输出到另一文件。
2.2 以上步的结果作为input file利用Clustering程序组中的SHAN或者Njoin进行计算，聚类分法选用UPGMA，ties选用FIND，Maximum no. tied trees至少大于样品数。
Njoin程序组界面如下，rooting method可以选用Outgroup，但需输入外元。
2.3 将SHAN或NJoin方法得到的tree file文件输入到Graphics程序组中的tree plot程序中计算得到树图如下利用options可以对树图进行描述与处理.在此略去.2.4 一致性分析：可以用Clustering中的consens程序进行，两个不同文件分别输入；同一文件中不同的进化树之间的分析，则只输入到input tree1 file即可。
生物统计软件
常用生物软件（windows)全面介绍一、基因芯片1、基因芯片综合分析软件。
?ArrayVision 一种功能强大的商业版基因芯片分析软件，不仅可以进行图像分析，还可以进行数据处理，方便protocol的管理功能强大，商业版正式版：6900美元。
?Arraypro Media Cybernetics公司的产品，该公司的gelpro, imagepro一直以精确成为同类产品中的佼佼者，相信arraypro也不会差。
?phoretix™ Array Nonlinear Dynamics公司的基因片综合分析软件。
?J-express 挪威Bergen大学编写，是一个用JAVA语言写的应用程序，界面清晰漂亮，用来分析微矩阵（microarray）实验获得的基因表达数据，需要下载安装JAVA运行环境后后，才能运行。
?2、基因芯片阅读图像分析软件?ScanAlyze ，斯坦福的基因芯片基因芯片阅读软件，进行微矩阵荧光图像分析，包括半自动定义格栅与像素点分析。
输出为分隔的文本格式，可很容易地转化为任何数据库。
?3、基因芯片数据分析软件?Cluster 斯坦福的对大量微矩阵数据组进行各种簇（Cluster）分析与其它各种处理的软件。
?SAM Significance Analysis of Microarrays 的缩写，微矩阵显着性分析软件，EXCEL软件的插件，由Stanford大学编制。
?4．基因芯片聚类图形显示?TreeView 斯坦福开发的用来显示Cluster软件分析的图形化结果。
现已和Cluster成为了基因芯片处理的标准软件。
?FreeView 是基于JAVA语言的系统树生成软件，接收Cluster生成的数据，比Treeview增强了某些功能。
?5．基因芯片引物设计?Array Designer DNA微矩阵（microarray）软件，批量设计DNA和寡核苷酸引物工具?二、RNA二级结构RNA Structure RNA Sturcture 根据最小自由能原理，将Zuker的根据RNA一级序列预测RNA二级结构的算法在软件上实现。
基因数据分析的主流软件
基因数据分析的主流软件在过去的几年中，许多生物的基因组完成了测序工作，如何对如此庞大的原始序列信息进行分析和应用，正是现在最为棘手的问题。
大量的基因预测软件和在线工具应运而生。
如何广泛而深入地了解并能有的放矢地利用这些工具，已经成为21世纪分子生物学家的必修课。
随着大规模EST和cDNA序列信息的获取，那些基于表达序列同源范围的程序，在基因组注释中的作用日益显著。
即使在稀少基因或组织特异性表达的基因中，基因组序列的相关性信息也颇具参考价值。
所以利用基因组序列的比对来扩充基因的信息是不可获缺的。
特别是在对人类基因组做注释时，与那些相对完整的脊椎动物基因组，如小鼠和鱼类的基因组比较是必不可少的步骤。
许多基因组测序计划正在进行之中，尽管仍存在急需解决的问题，比较基因组学方法（comparative genome approach）被认为是最有应用前景的方法。
该方法不仅在基因预测中举足轻重，而且在鉴定调控基因、探索垃圾基因（junk gene）等方面的作用也不容忽视。
基因预测软件的用户应该认识到，软件预测结果的可靠性和置信水平都有较大程度的提升。
但这些毕竟是预测的结果，分子生物学家，总是试图证明真实存在的蛋白质，及其功能和在组织中的表达状态。
当前，已有超过60种真核基因组测序计划在进程之中。
然而生物学方面的相关注释还远不能匹配如此汹涌而至的原始序列数据。
当务之急是，研发出更多的准确而快速的分析工具，特别在寻找基因、确定其准确功能等应用方面。
许多基因预测程序都可以免费共享。
当前，几乎没有一个完美的程序可以解决用户们的所有问题。
这就需要用户最大程度地利用主流程序的整合优势。
基因数目预测的主流软件10年前，研究人员开始预测人类基因的数目，这个数目在很长时间没有明显改变。
几年前，最多的预测是100,000；当人类基因组完成测序时，这个数目降至30,000。
现在有降至20,000左右。
研究人员相信：充分考虑人类的基因组序列和其它生物的基因组序列，可以做出近似的估计。
法医鉴定软件GeneMapperID v3.1中文操作手册
美国应用生物系统公司法医及亲子鉴定数据分析软件GeneMapper ID v3.1 中文操作手册（Rev B。
仅供参考。
请阅读英文原版手册。
）ABI中国公司技术服务部x 2004年目录概述 (2)快速入门指南 (3)中文手册 (5)一. 安装及登录 (5)二. 设置参数 (5)三. 分析数据 (6)四. 输出结果 (7)概述GeneMapper是高通量、高自动的DNA片段分析和基因分型软件，功能上相当于GeneScan、Genotyper和Template的整合，应用上分4类：基于STR连锁分析的基因组扫描，基于STR遗传分析的亲子鉴定，基于单碱基延伸的SNP分析，和基于寡核苷酸连接(OLA)的大规模SNP分析。
其中GeneMapper ID v3.1是亲子鉴定的专业软件。
GeneMapper以Project为单位管理数据，之下划分4个层次，依次为Kit (应用)、Panel (位点组，相当于Bin Set)、Locus(位点，相当于Marker)和Allele (等位基因，相当于Bin)。
kit 是各种AmpFlSTR试剂盒的总称；Panel是一组Marker，即日常所指的试剂盒，如Identifiler、Profiler Plus、COfiler等。
Panel所包含的全部位点及其起止范围的定义称为Bin Set。
Locus 就是STR位点，如D16S539、TH01等。
Allele是等位基因。
对人群而言，STR位点可以有几种到几十种等位基因；对个体而言，只有1种(纯合子)或者2种(杂合子)。
每个Allele的起止点、颜色、属于哪个Marker等定义称为Bin。
软件操作分3步：设置参数，分析数据，编辑结果。
参数设置主要是输入Panel和Bin。
亲子鉴定的Panel和Bin由ABI公司提供。
分析参数只需设置1次，以后直接调用。
分析完成后，软件会对每个计算步骤都进行质量控制并评分，赋以颜色标志：红色表示失败，需要重新实验；黄色表示有疑问，需要查验原始图谱；绿色表示成功，无需干预。
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基于Windows系统的亲子鉴定数据统计分析软件梁伟波吕梅励张蓓蕾张霁*四川大学华西基础医学与法医学院[摘要] 目的研究开发与现行STR分析系统兼容的亲子鉴定统计分析及报告系统。
方法以Windows XP为开发平台，Delphi为开发工具，Microsoft Office Access 为数据库后台，开发能够运行于Windows 95/98/2000/NT/XP等多种计算机操作平台的软件。
结果研制出了能够进行单亲、双亲以及双亲皆疑三种类型亲子鉴定概率的统计分析软件，能够直接读取现行自动化STR片段分析系统结果，在分析时可选择不同STR位点，并将结果保存以及输出鉴定报告。
软件建立了各种常用STR位点频率和所有1检案结果储存的数据库，使用者可以根据检案实际的需要进行位点频率的修改或增删，并且可以对现有的结果在已有结果数据库中进行查询、比对。
结论本软件具有操作界面友好，使用简单方便等特点，大大减少了数据计算分析的工作量。
[关键词] 亲子鉴定；统计分析A Windows-Based Software for Common Analysis of PaternityTestingLiang Weibo Lv Meili Zhang Beilei Zhang Ji*West China School of preclinical and forensic medicine, Sichuan UniversityAbstract Objective To empolder a statistic analysis software for calculating the parameters of paternity testing. Methods We empoldered a software which can be run in Windows98/2000/NT/XP by using Visual C++6.0 as the tool, WindowsXP as the platform, and Microsoft Office Access as the database background. Results A statistic analysis software was presented, which was capable of calculating the likelihood ratios and probabilities of paternity in trio and motherless cases by choosing different STR sites. The calculating results could be printed or saved. The database contained* 通讯作者：张霁，四川大学华西基础医学与法医学院common STR sites’ frequencies that could be modified according to user’s interests. Conclusion We provided a new free software for paternity testing, which has friendly operating interface and easy to learn to use.Key words: paternity testing; statistic analysis; free software引言随着亲子鉴定与个人识别案件数量逐年增多，我国已建立数百家法医DNA 实验室，亲子鉴定是法医DNA实验室主要工作之一。
随着STR位点的多重PCR扩增与荧光检测技术成为法医物证学亲子鉴定与个人识别案件的主要手段，整个亲子鉴定工作的实验部分已经自动化，检测通量高且结果准确，因此亲子鉴定主要参数的计算工作成为了完成亲子鉴定的主要瓶颈。
由于计算父权指数( PI) 、联合父权指数(CPI) 以及相对父权机会(RCP) 等主要参数需要根据不同情况采用不同的公式[1]，而且需要反复查阅等位基因的概率，利用计算机软件进行自动化计算可以达到准确且快速的目的。
已有学者开发出了可以进行上述计算的软件[2,3]，但这些软件均以Foxpro为开发系统，因此如果需要使用该软件则需先行安装Foxpro。
因此我们应用软件工程领域较先进的Delphi系统，准备开发以Windows 为平台的新的亲子鉴定软件分析系统。
1 材料与方法：1.1 开发平台：硬件平台：赛扬2.0G，256M DDR内存等配置电脑一台。
软件平台：Windows XP操作系统，Delphi语言平台，Microsoft Office Access。
1.2 方法：编程语言：Delphi 语言计算方法：父权指数的计算主要采用简化计算法[1]，简化计算法中将三联体与二联体亲子鉴定分为13种与5种不同的类型见表1、表2，需要采用不同的公式进行计算。
软件设计中据此建立逻辑判断模块对输入的数据进行分析并采用不同的方法进行计算。
软件设计建立了储存遗传标记频率资料与检案资料的数据库。
基因组合Essen-moller 算法简算法 AF C M X Y PI X Y PI 1 a, b b, c a, c 1/4 1/2*q 1/2q 1/2 q 2 a, b b, c c, c 1/2 q 1/2q 1/2 q 3b, cb, ca, c 1/4 1/2*q 1/2q 1/2 q 4 b, c b, c c, c 1/2 q 1/2q 1/2 q 5 a, b b, b b, c 1/4 1/2*q 1/2q 1/2 q 6 b, c c, c c, c 1/2 q 1/2q 1/2 q 7b, bb, cc, c1/21/2*q 1/q 1 q 8 a, a a, b b, c 1q 1/q 1 q 9 a, a a, a a, b 1/21/2*q 1/q 1 q 10 c, cc, c c, c 1 q 1/q 1 q 11 a, bb, c b, c 1/4 1/2*(p+q) 1/(2p+2q) 1/2 p+q 12 b, c b, c b, c 1/4 1/2*(p+q) 1/(2p+2q) 1/2 p+q 13c, cb, cb, c11/2*(p+q)1/(p+q)1p+q1/2q 1/2q 1/2q 1/2q 1/2q 1/2q 1/q 1/q 1/q 1/q 1/(2p+2q)1/(2p+2q)1/(p+q)基因组合AF C X Y PI1 a, b b, c 1/2*p 2pq 1/4q 2b, cb, c1/2*(p+q)2pq1/4p+1/4q3 b, c c, c 1/2q q 2 1/2q4 c, c a, c p 2pq 1/2q 5b, bb, bqq 2 1/q结果：开发成功了亲子鉴定概率统计分析软件。
运行该软件所需要的推荐硬件配置表.1 AF-C-M 三联体PI 值计算 (注：p 、q 为生父基因频率)表.2 AF-C 二联体PI 值计算 (注：p 、q 为生父基因频率)为：配有奔腾/赛扬0.6G以上处理器的计算机(PC)，32M以上内存，1Gb以上硬盘以及VGA以上显示器。
所需软件平台为：Windows 95/98/2000/NT/XP操作系统。
1. 软件设置：运行软件时设置了欢迎界面，在弹出窗口中需要选择检案的类型，如单亲，或双亲并输入受检人姓名与案件编号。
在下拉菜单栏中设有三个下拉菜单，分别为文件、系统设置与帮助栏。
在文件菜单中有以下几种功能键：打开，可以用来打开原来应用本程序计算并保存了的检案文档，该类文档扩展名为*.lwb；保存：可以将已经计算完毕的检案数据进行保存，以便以后查阅。
打印：将计算出来的数据按照预先设定的格式打印。
打印预览及打印设置：在打印结果之前可以进行设置、预览进行打印管理。
(图1)在系统设置菜单中有两个功能键，位点维护表与位点选择表。
位点维护表具有对储存于该软件中的每一个位点进行维护的功能，维护选项分为添加，删除与修改位点，可以对位点库里的位点进行添加和删除并且对每一个位点的等位基因及其频率根据需要进行修改。
位点选择功能支持使用者从已有位点库中选择出自己需要计算的位点。
软件在完成位点的选择与维护之后，进入数据输入界面，输入完毕后点击计算按钮即可获得结果，结果可以在打印预览一栏中看到，可以直接打印也可以保存为lwb文件。
整个软件的工作流程如图所示。
(图2)2. 实例分析及检验：我们对本教研室已证实的31例不同类型亲子鉴定案例应用本软件进行分析计算，并与手工计算结果比较。
31个案例本软件计算结果同原有结果一致，未发现软件漏洞。
若本软件应用于实践，还需要进一步增加案例检验的样本量。
图.1 软件使用主界面图.2 软件工作流程图 讨论：本软件应用Delphi 语言进行编写，可以直接运行于Windows95/98/2000/ XP/NT系统而无须安装其他平台支持软件的运行。
在整个运行过程中仅在初始阶段需要人工输入检测对象的基本情况，而在计算过程中不涉及任何人工干预，因此避免了手工计算费时，易错等不足。
软件建立了STR位点数据库和计算结果数据库，能够随时根据检测对象的情况调用不同群体的频率资料，根据最新研究校正群体的频率资料，并且随时调用过去检案结果进行验证并打印，最终自动输出检案的鉴定报告。
在手工输入检案基本初始资料后，本软件计算时不需任何人工干预。
现在大部分亲子鉴定机构均使用全自动毛细管电泳进行STR基因座分型，软件具有自动导入检测结果的功能，以完全避免手工操作，降低了出错几率，并且提高了亲子鉴定案件检验的自动化水平。
参考文献：[1] 杨庆恩. 亲子鉴定DNA分型亲权指数的简化计算法[J]. 中国法医学杂志,1998, 16(02):90-92.[2] 沈渭忠, 何根兰. 亲子鉴定概率统计计算机辅助系统[J]. 法医学杂志, 1999,15(01):46-49.[3] 高玉振, 应斌武.亲子鉴定数据管理系统软件的开发与应用[J]. 中国输血杂志, 2002: 7(04):61-62.。