05-第五章-PVM编程指南-并行计算实践(共11章)
05-第五章-PVM编程指南-并行计算实践(共11章)

国家高性能计算中心(合肥)
2013/7/24 Wednesday
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5.4 PVM任务
PVM任务就是一个UNIX进程
但PVM任务是由任务标识符来标识的,它不同于一般的进程 ID PVM任务可以通过PVM控制台静态的派生,也可以由别的PVM 任务在运行过程中动态的派生 同一个应用中的多个PVM任务可以任意的组合形成一个任务 组,而且一个任务可以同时属于多个任务组
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5.1 引言
PVM归纳起来有如下优点:
支持多用户多任务 易于编程 提供方便的通信原语 提出任务组的概念 支持由异构计算机组成的虚拟计算机系统,易于安装配置 具有容错功能
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2013/7/24 Wednesday
并 行 计 算
中国科学技术大学计算机科学与技术系 国家高性能计算中心(合肥)
2003年9月
第五章 P5.2 PVM的启动和命令 5.3 一个简单的PVM程序 5.4 PVM任务 5.5 PVM通信 5.6 PVM虚拟机结构
国家高性能计算中心(合肥)
在得到这两个二进制文件以后,用户可以通过PVM控 制台配置PVM虚拟机,并执行命令在PVM虚拟机中派 生任务。
pvm>add node2 pvm>spawn -> hello
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2013/7/24 Wednesday
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5.3 一个简单的PVM程序
pvm>add node2 1 successful HOST DTID node2 80000 pvm>spawn -> hello [1] 1 successful t80001 pvm> [1:t40002] EOF [1:t80001] i'm t80001 [1:t80001] from t40002: hello world from node2 [1:t80001] EOF [1] finished pvm>
并行计算讲义

燕山大学课程讲义并行计算导论授课人:郭栋梁学时:32学时其中实验课:8学时三级项目:16学时第1章引言概述单处理器计算机即将成为过时的概念.我们需要考虑如下因素来着手改进提高计算机的性能:(1)单纯依靠单处理器很难提升现有计算机的性能.即使有一个性能十分强大的单处理器,其功耗也让人无法接受.想要提升计算机的性能,更加可行的方法是同时使用多个简单处理器,它所能达到的性能可能是现有单处理器计算机性能的几千倍。
(2)观察结果显示,除非使用并行处理技术,一个程序在一台型号更新的单处理器计算机上的运行速度,可能比在旧的计算机上的运行速度更慢。
能依照给定算法检测出程序中的并行结构的编程工具还有待开发。
此算法需要能够检测出变ja之间的依赖关系是否规则;而且不管这些依赖是否规则,此算法都能在保证程序正确性的前提下,通过将程序中的一些子任务并行化来加速程序的执行。
(3)提升未来的计算机性能的关键就在于并行程序的开发,这涉及各个层面的工作:算法、程序开发、操作系统、编译器及硬件设备。
(4)并行计算除了要考虑到参与并行计算的处理器的数量,还应该考虑处理器与处理器、处理器与内存之间的通信。
最终计算性能的提升既依赖于算法能够提升的空间,更依赖于处理器执行算法的效率。
而通信性能的提升则依赖于处理器对数据的供应和提取的速度。
(5)内存系统的速度始终比处理器慢,而且由于一次只能进行单个字的读写操作,内存系统的带宽也有限制。
(6)内存系统的速度始终比处理器慢,而且由于一次只能进行单个字的读写操作,内存系统的带宽也有限制。
本书内容主要涉及并行算法与为了实现这些算法而设计的硬件结构。
硬件和软件是相互影响的,任何软件的最终运行环境是由处理器组成的底层硬件设备和相应的操作系统组成.我们在本章开始的部分会介绍一些概念,之后再来讨论为了实现这些概念有哪些方法和限制.自动并行编程对于算法在软件中的实现过程我们都很熟悉。
在编程并不需要了解目标计算机系统的具体细节,因为编译器会处理这些细节.但是在编程和调试时依旧沿用着在单一央处理器(CPU)上顺序处理的模式.从另一方面讲,为了实现并行算法,硬件和软件之间的相互联系需要比我们想象的更加密切。
并行计算PPT课件

C
Shell P
C
Shell P
互连网络
互连网络
(a)无共享
互连网络 共享磁盘
共享存储器 共享磁盘
(c)共享存储
(b)共享磁盘
2020/9/16
5
五种结构特性一览表
属性 结构类型 处理器类型 互连网络 通信机制 地址空间 系统存储器 访存模型 代表机器
2020/9/16
PVP MIMD 专用定制
SMP MIMD 商用
HP/Convex Exemplar)
分 布 存 储 器 NCC-NUMA (Cray T3E)
MIMD
DSM
NORMA
Cluster
(IBM SP2,DEC TruCluster Tandem Hymalaya,HP,
Microsoft Wolfpack,etc)
( 松散耦合)
(TreadMarks, Wind Tunnel, IVY,Shrimp,
etc.)
多计算机 (多 地 址 空 间 非 共 享 存 储 器 )
MPP (Intel TFLOPS)
( 紧耦合)
2020/9/16
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SMP\MPP\机群比较
系统特征 节点数量(N) 节点复杂度 节点间通信
节点操作系统
支持单一系统映像 地址空间 作业调度 网络协议 可用性 性能/价格比 互连网络
S
MP
(Intel SHV,SunFire,DEC 8400, SGI PowerChallenge,IBMR60,etc.)
多处理机 ( 单地址空间
共享存储器 )
NUMA
COMA (KSR-1,DDM)
CC-NUMA
(Stanford Dash, SGI Origin 2000,Sequent NUMA-Q,
MPI基础

MPI_Type_commit
MPI_Type_free
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提交一个派生数据类型
释放一个派生数据类型
2015/11/29 20
4.3 MPI消息(数据类型)
double A[100]; MPI_Datatype EvenElements; · · · MPI_Type_vector(50, 1, 2, MPI_DOUBLE, &EvenElements); MPI_Type_commit(&EvenElements); MPI_Send(A, 1, EvenElements, destination, · · · );
基类型 0 基类型 1 基类型 i 基类型 n-1
偏移 0
偏移 1
偏移 i 类型图的跨度
偏移 n-1
偏移
类型图的下界
类型图的上界
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2015/11/29
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4.3 MPI消息(数据类型)
MPI提供了全面而强大的构造函数(Constructor Function)来定义 派生数据类型。
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2015/11/29
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4.2 6个基本函数组成的MPI子集
if (rank==0){ senddata=9999; MPI_Send( &senddata, 1, MPI_INT, 1, tag, MPI_COMM_WORLD); /*发送数据到进程1*/ } if (rank==1) MPI_Recv(&recvdata, 1, MPI_INT, 0, tag, MPI_COMM_WORLD, &status); /*从进程0接收数据*/ MPI_Finalize(); /*MPI的结束函数*/ return (0); }
并行程序设计导论课件

MPI(Message Passing Interface)等。
数据并行编程模型
原理 优点 缺点 常见实现
将数据划分为多个部分,在多个处理单元上并行执行相同的操作。
适用于数据密集型应用,能够充分利用多核、多线程等并行计算 资源。
编程模型较为抽象,需要一定的并行计算经验和技能。
CUDA(Compute Unified Device Architecture)、OpenCL (Open Computing Language)等。
死锁问题及其解决方法
死锁问题
死锁是指两个或两个以上的进程在执行过程中,因争夺资源而造成的一种互相等待的现象,若无外力作用,它们 都将无法向前推进。
死锁解决方法
解决死锁问题可以采用预防、避免、检测和解除四种方法。其中,预防方法通过设置某些限制条件来破坏产生死 锁的四个必要条件;避免方法通过银行家算法等动态分配资源来避免死锁的发生;检测方法通过定时运行检测算 法来判断系统是否发生死锁;解除方法则通过撤销或挂起某些进程来解除已发生的死锁。
CUDA优化技巧
为了提高CUDA程序的性能,需要掌握一些优 化技巧,如内存访问优化、线程同步优化、计 算资源利用优化等。
GPU加速计算在科研领域应用案例
气候模拟与天气预报
GPU加速计算能够显著提高气候模拟和天气预报的准确性和效率,为 气象学领域的研究和应用提供支持。
石油勘探与地震数据处理
GPU加速计算在石油勘探和地震数据处理领域具有广泛应用,能够加 快数据处理速度,提高勘探效率。
生物信息学与基因测序
GPU加速计算在生物信息学和基因测序领域的应用日益增多,能够加 快基因序列比对和分析的速度,促进生物医学研究的发展。
天体物理模拟与宇宙探索
PVM并行计算处理的基础方法

#.*+1)LSTI/%521/.#.,6/22.(+2,+U2V+S-’()M4
DE 0/15+77*2#;5W6,+)*0(.51*,+,)1I/#5.5;;/;%56I*+/ED
#$%& 6,+)*0LX+I,21-X+5.6I-XI,21#M4
DE 0/16,+)*0(.51*,+ED
序并与之进行消息传送 8 ABC 9251/.程序所做的工作如下" !确定哪些物理机在虚拟系统中 !启动物理机上的 :;5$/程序 !接收它们发回的结果 !输出结果
DE 9521/.#.,0.5% "9521/.F6ED
G*+6;(7/H217*,FIJ
G*+6;(7/H#$%KFIJ
%5*+LM
N
B@C 并行计算D处理E的基础方法F
李跃新 邓 芳 秦 莉
D湖 北 大 学 数 学 与 计 算 机 科 学 学 院 >湖 北 武 汉 >G#""H!E
I摘 要J 网络并行计算是利用已有的小资源实现大规模K高性能计算的技术L本文介绍 B@C 的 概念K特点K配置及在此环境下编写并行程序的几种方法L在 B@C 的支持下>进程间以消息方式建立联 系>因此通讯是并行程序设计的基础>本文还讨论通讯程序的 3语言实现>以此作为 网络 并行计 算的基 础L
1./6$-#$%& #2/+74 !其他类"#$%& ’5..*/.-#$%& #.,’/下面是一对多的同步通讯模式的实列89521/.程序远程启动 :;5$/程序并接收整个虚拟系统中物
区域生成算法在PVM并行环境下的实现和编程技术
un an c a oe N目 〔 几 U
资" a ' l l 年 曹 皿t .目
大多 数图象处理问 题因为涉及对含大量数据的数组的计算,适宜采用数据并
行的方式进厅 丁 并辛 川七 在 P V M 万行环境下,即将图象的数据按虚拟机的配置进
行 划分后送到不同的结点机 卜 进行处理 这能使算法实现的力行度能随着问 题的
算机技术的不断发展,已能将各种不同体系的计算机系统以某种拓扑结构的网络 互连构成异构网络并行计算环境,充分利用各 种系统的资源,统 一 调 度,协调处 理,实现高效井行计算,为用户提供更为经济有效的高性能i } 算能力。
网 络并行计算系统[ 5 ] 利) ! 」 消息传递方式实现各主 机之间的通信 由建亿 在 一般操作系统上的并行编程环境完成系统的资源管理及相互协作,同时屏蔽 f 机
CP U
4 8பைடு நூலகம்6 - 6 6 P e n t i u m - 1 0 0 一
1 6 M 1 6 M
4 8 6 - 6 6
x 8 6 - 1 3 3 } P e n t i u m - 1 3 36
Me m o y r
Ne t wo r k
1 6 M
3 2 M
3 2 M
N E 2 0 0 0 C o m p a t i b l e
异构网络并行计算环境 F 的实现,炸对运T 讨L F 3 况进行测试和分 析,在此基础 卜 ,探讨了影响J 川r 计算性能的 此编程技术 关键词:网络并行计算:区域生成:P V M;
1引言
在气象预报、地质勘探、大型科学计算、图象处理和理解等含大量计算的
应用领域中, 并行 计算 [ 1 ] [ 2 ] [ 3 ] [ 4 ] 已 成为 提高 处理速度的主 要方法之 一 。 随着计
并行计算讲义
燕山大学课程讲义并行计算导论授课人:郭栋梁学时:32学时其中实验课:8学时三级项目:16学时第1章引言1.1概述单处理器计算机即将成为过时的概念.我们需要考虑如下因素来着手改进提高计算机的性能:(1)单纯依靠单处理器很难提升现有计算机的性能.即使有一个性能十分强大的单处理器,其功耗也让人无法接受.想要提升计算机的性能,更加可行的方法是同时使用多个简单处理器,它所能达到的性能可能是现有单处理器计算机性能的几千倍。
(2)观察结果显示,除非使用并行处理技术,一个程序在一台型号更新的单处理器计算机上的运行速度,可能比在旧的计算机上的运行速度更慢。
能依照给定算法检测出程序中的并行结构的编程工具还有待开发。
此算法需要能够检测出变ja之间的依赖关系是否规则;而且不管这些依赖是否规则,此算法都能在保证程序正确性的前提下,通过将程序中的一些子任务并行化来加速程序的执行。
(3)提升未来的计算机性能的关键就在于并行程序的开发,这涉及各个层面的工作:算法、程序开发、操作系统、编译器及硬件设备。
(4)并行计算除了要考虑到参与并行计算的处理器的数量,还应该考虑处理器与处理器、处理器与内存之间的通信。
最终计算性能的提升既依赖于算法能够提升的空间,更依赖于处理器执行算法的效率。
而通信性能的提升则依赖于处理器对数据的供应和提取的速度。
(5)内存系统的速度始终比处理器慢,而且由于一次只能进行单个字的读写操作,内存系统的带宽也有限制。
(6)内存系统的速度始终比处理器慢,而且由于一次只能进行单个字的读写操作,内存系统的带宽也有限制。
本书内容主要涉及并行算法与为了实现这些算法而设计的硬件结构。
硬件和软件是相互影响的,任何软件的最终运行环境是由处理器组成的底层硬件设备和相应的操作系统组成.我们在本章开始的部分会介绍一些概念,之后再来讨论为了实现这些概念有哪些方法和限制.1.2自动并行编程对于算法在软件中的实现过程我们都很熟悉。
在编程并不需要了解目标计算机系统的具体细节,因为编译器会处理这些细节.但是在编程和调试时依旧沿用着在单一央处理器(CPU)上顺序处理的模式.从另一方面讲,为了实现并行算法,硬件和软件之间的相互联系需要比我们想象的更加密切。
并行编程环境的搭建及实例演示
什么是PVM? 并行计算机( PVM )是用于网络并行 计算机上的软件工具.设计它的目的是将 异构的计算机网络连接起来,使它使用起 来就像一组分布式的并行处理器. PVM(并行虚拟机)是一个软件包. 通过它,我们可以组成一个异构的系统, 它使用起来就像一个单一的但能力强大的 并行计算机.
PVM使得人们可以应用他们现成的计算机 硬件来解决大型的问题,而花费并不会增加很 多.
在需要使用的主机上创建一个权限为 administr.exe这个软件.分别 主机和子机上安装.若安装成功,就会有 有以下信息.
安装PVM软件 安装PVM3.4.5软件,一般直接解压到C盘根 目录下就行,然后配置环境变量 PVM_ROOT = c:\pvm3.4.5 (pvm的安装 目录) PVM_ARCH = WIN32 (指定操作系统)
PVM_TMP = c:\temp (这个需要在C:\下建立一个 文件夹temp)
PVM_RSH = c:\WRSHDNT (RSHD的安装目录) 若配置成功,进行如下操作:开始->运行->cmd, cd C:\pvm3.4.5\lib\WIN32\pvm,会有以下结果:
● 实例运行
串行最短路径
并行最短路径
�
并行计算入门书籍
并行计算入门书籍以下是一些介绍并行计算的入门书籍:1.《并行计算导论》(Introduction to Parallel Computing),第2版,作者:Ananth Grama, George Karypis, Vipin Kumar, Anshul Gupta。
这是一本经典的并行计算教材,详细介绍了并行计算的基本概念、并行编程模型、并行算法和应用等内容。
2.《并行程序设计导论》(Introduction to Parallel Programming),作者:Peter Pacheco。
这本书讲解了基于共享内存和分布式内存的并行编程技术,包括线程、锁、条件变量、信号量、MPI等,并提供了大量的编程示例和练习题。
3.《并行计算——体系结构、编程和算法》(Parallel Computing: Architecture, Programming and Algorithms),作者:David Culler, Jaswinder Pal Singh, Anoop Gupta。
这本书介绍了并行计算的各种体系结构、编程模型和算法,包括多处理器、多核处理器、GPU、分布式内存等,并提供了很多实际案例和编程示例。
4.《高性能计算:现代化方法》(High Performance Computing: Modern Systems and Practices),作者:Thomas Sterling, Matthew Anderson, Maciej Brodowicz, et al.。
这本书涵盖了高性能计算的各个方面,包括硬件体系结构、编程模型、优化技术、应用案例等,是一本全面介绍高性能计算的参考书籍。
5.《CUDA并行程序设计》(CUDA by Example: An Introduction to General-Purpose GPU Programming),作者:Jason Sanders, Edward Kandrot。
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其实,PVM任务不管是静态的还是动态的被派生,其 最终都是通过pvm_spawn()函数调用来完成的
国家高性能计算中心(合肥) 2013-7-24 19
5.4 PVM任务
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5.3 一个简单的PVM程序
hello.c是用c语言写的一个源程序 :
第2、3行是头文件,每一个PVM程序必须包含头文件pvm3.h, 它定义了所有的PVM函数。 第5行是main函数的定义,这和传统的c语言程序是一致的。 通过调用pvm_mytid函数得到任务的标示符,并打印出来(进 程标示符不同于UNIX中进程号) 第10行调用PVM函数pvm_spawn派生一个子任务,它的参数指 定了子任务所对应的程序名以及要派生的任务数 12~14行是从子任务中接收数据,并将接收到的数据拷贝到字 符串变量buf中 最后,程序执行一个PVM函数调用pvm_exit(18行)和UNIX系 统调用exit(24行)退出PVM环境并结束任务。
2013-7-24
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5.1 引言
PVM(Parallel Virtual Machine)是一种常用的基于消息 传递的并行编程环境,它把工作站网络构建成一个虚拟 的并行机系统,为并行应用提供了运行平台。
PVM 是由美国Tennessee大学、Oak Ridge国家实验室 和Emory大学联合研制的一个实验性网络计算环境。
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2013-7-24
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5.4 PVM任务
用户可以在PVM控制台上,通过输入spawn命令来派生 一个PVM任务
pvm>spawn -> hello(上节的例子中) 这种方式也称为PVM任务的静态派生
PVM任务也可以由其它PVM任务在运行过程中通过调 用pvm_spawn函数来动态的派生
并 行 计 算
中国科学技术大学计算机科学与技术系 国家高性能计算中心(合肥)
2003年9月
第五章 PVM编程指南
5.1 引言 5.2 PVM的启动和命令 5.3 一个简单的PVM程序 5.4 PVM任务 5.5 PVM通信 5.6 PVM虚拟机结构
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PVM和MPI都为用户提供基于消息传递的并行编程环境, 但它们之间也存在许多差别
MPI只为用户提供一个消息通信库,而PVM在提供通信库之外, 还提供了为PVM程序创建机群环境(即PVM虚拟机)的标准方 法,并定义了运行时任务到虚拟机中节点的映射机制。 PVM最大的优点是灵活性,包括异构平台上的可移植性、交互 性和容错功能 MPI相对于PVM来说,提供了更加丰富,更为高效的通信函数 MPI和PVM在功能上现在正趋于相互包含
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5.4 PVM任务
Flag为下表中所示的选项值的组合。
选项标记 选项值 含义
PvmTaskDefault
PvmTaskHost PvmTaskArch PvmTaskDebug
0
1 2 4
由PVM自动选择派生任务的节 点
主机由某处定义 体系结构由某处定义 在调试状态下派生任务
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5.3 一个简单的PVM程序
第一个文件hello.c的内容如下:
1 /* hello.c */ 2 #include <stdio.h> 3 #include "pvm3.h" 4 main() 5 { 6 int cc, tid; 7 char buf[100]; 8 9 printf("i'm t%x\n", pvm_mytid()); 10 cc = pvm_spawn("hello_other", (char**)0, 0, "", 1, &tid); 11 if (cc == 1) { 12 cc = pvm_recv(-1, -1); 13 pvm_bufinfo(cc, (int*)0, (int*)0, &tid); 14 pvm_upkstr(buf); 15 printf("from t%x: %s\n", tid, buf); 16 } else 17 printf("can't start hello_other\n"); 18 pvm_exit(); 19 exit(0); 20 } 2013-7-24 国家高性能计算中心(合肥)
国家高性能计算中心(合肥) 2013-7-24
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5.3 一个简单的PVM程序
第二个文件hello_other.c的内容如下:
1 /*hello_other.c */ 2 #include "pvm3.h" 3 main() 4 { 5 int ptid; 6 char buf[100]; 7 8 ptid = pvm_parent(); 10 strcpy(buf, "hello, world from "); 11 gethostname(buf strlen(buf), 64); 12 pvm_initsend(PvmDataDefault); 13 pvm_pkstr(buf); 14 pvm_send(ptid, 1); 15 pvm_exit(); 16 exit(0); 17 }
在得到这两个二进制文件以后,用户可以通过PVM控 制台配置PVM虚拟机,并执行命令在PVM虚拟机中派 生任务。
pvm>add node2 pvm>spawn -> hello
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5.3 一个简单的PVM程序
pvm>add node2 1 successful HOST DTID node2 80000 pvm>spawn -> hello [1] 1 successful t80001 pvm> [1:t40002] EOF [1:t80001] i'm t80001 [1:t80001] from t40002: hello world from node2 [1:t80001] EOF [1] finished pvm>
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5.3 一个简单的PVM程序
hello_other是整个hello应用的一个子任务,它在主任 务hello的运行过程中被派生
为了和父任务通信,第8行取得父任务的任务标识符 第12行定义了一个空的消息发送缓冲区及其编码格式 程序的第13,14行将数据打包后发送给父任务 到此程序的主体部分结束,执行pvm_exit和exit调用退出任务。
5.3 一个简单的PVM程序
PVM能够有效的支持SPMD和MPMD两种并行程序模式, 下面我们给出了一个非常简单的MPMD程序实例Hello。
Hello程序包括了hello.c和hello_other.c两个文件,分 别成为该PVM应用中的主任务和子任务,主任务接收 子任务发送过来的一条消息并打印其内容。
系统具有较好的适应性、可扩展性、可移植性和易使用 性等特点,被用户广泛采纳。
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5.1 引言
PVM的设计初衷是为了将由异种机构成的由低带宽、 低传输速率相连的网络用作为大规模的消息传递并行计 算环境 使用PVM,用户可以构造一个虚拟机(Virtual Machine),它由一组全相连的节点组成。每个节点可 以是任意一台Unix计算机,可以是共享存储或分布存 储多机系统,也可以是串行、向量或并行计算机。
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2013-7-24
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5.2 PVM的启动和命令
用户可以通过PVM控制台输入PVM命令建立PVM环境,启动、检 查或杀死(Kill)本地任务。下表列出了部分常用的PVM命令
命令
pvm>add pvm>delete pvm>conf
含义
向虚拟机中添加一个节点 从虚拟机中删除一个节点 列出虚拟机的所有节点
pvm_spawn()在C中的函数原型如下
int pvm_spawn( char *program, /* 可执行程序名 */ char **argv, /* 指向参数数组的指针 */ int flag, /* 选项 */ char *where, /* 与flag配合使用 */ int ntask, /* 可执行文件启动的拷贝数 */ int *tid /* 保存派生任务的tid */ ) 函数派生ntask个任务,每个任务都执行文件名为program的程序, argv数组则表示了该程序的输入参数 ,pvm_spawn()函数调用 成功后返回实际生成的任务数。
pvm>spawn
pvm>jobs pvm>ps pvm>kill pvm>reset pvm>setenv pvm>halt pvm>quit pvm>help 国家高性能计算中心(合肥)
在PVM虚拟机上派生任务
显示PVM虚拟机上的任务数目 查看PVM虚拟机中运行的任务 终止PVM虚拟机中某个正在运行的任务 终止PVM虚拟机中所有当前正在执行的任务 显示当前系统中设置的环境变量 终止PVM虚拟机中的所有任务并关闭虚拟机 退出PVM控制台 查看PVM命令的帮助信息 2013-7-24 9
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2013-7-24
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5.2 PVM的启动和命令
用户在任何一个节点上键入以下命令创建PVM控制台 (PVM Console):