vaspkit.014安装使用说明

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vasp并行总结安装

vasp并行总结安装

一、安装vasp 前的软件要求:①C++ 编译器用intel 的( l_cprof_p_11.1.07 )②Fortra n 编译器用in tel 的ifortll (l_cprof_p_11.1.072 )③l_mpi_p_3.2.011④MKL有非商业版本可以免费下载,本来要用l_mkl_p_10.2.5.035的,但发现ifortll里/home/bjwang/intel/Compiler/11.1/072/mkl 就有,这里免装,在.bashrc 里把ifort11 下mkl 的路径包括进去。

附完整安装后的.bashrcsource /home/bjwang/intel/Compiler/11.1/072/bin/intel64/ifortvars_intel64.sh---ifortsource /home/bjwang/intel/Compiler/11.1/073/bin/intel64/iccvars_intel64.sh ---c++exportLD_LIBRARY_PATH=/home/bjwang/intel/Compiler/11.1/072/ifort/mkl/lib/em64t/:$LD_LIBRARY_PATH----- i fort 中包含的mklsource /home/bjwang/intel/impi/3.2.0.011/bin64/mpivars.sh------- l_mpi请确认mpi、C++、Fortran 编译器都已正确安装,并设定好相关的PATH 路径和LD_LIBRARY_PATH 路径,具体参见新浪博客的其它相关内容。

示意如下:1、安装英特尔c++ 编译器l_cproc_p_11.1.073[bjwang@nano vasp]$ tar -zxvf l_cproc_p_11.1.073.tgz[bjwang@nano vasp]$ cd l_cproc_p_11.1.073[bjwang@nano l_cproc_p_11.1.073]$ ./install.sh2、安装ifort11.1 ( l_cprof_p_11.1.072 )内含mkl 数据库[bjwang@nano ~]$cd /home/bjwang/software/ifort11[bjwa ng@ nan o ifort11]$$ tar —xvf l_cprof_p_11.1.072.tgz[bjwang@nano ~]$ cd l_cprof_p_11.1.072[bjwang@nano l_cprof_p_11.1.072]$ ./install.sh3、安装l_mpi_p_3.2.011参考文件自带安装指导/home/bjwang/software/l_mpi_p_3.2.011/INSTALL.html1. 解压:[bjwang@nano software]$ tar zxvf l_mpi_p_3.2.011.tgz2. 拷贝*.lic文件到解压目录下:cp <license key> .lic .3. 在解压目录下运行install.sh 文件[bjwang@nano l_mpi_p_3.2.011]$ ./install.sh、安装vasp1、编译vasp 数据库解压缩后,进入vasp.5.lib 路径[bjwang@nano vasp]$ cd vasp.5.lib[bjwang@nano vasp.5.lib]$ cp makefile.linux_ifc_P4 makefile[bjwang@nano vasp.5.lib]vi makefile把lib 中Makefile 文件中FC=ifc 项改为:FC=ifort ,其他不动# C-preprocessorCPP = gcc -E -P -C $*.F >$*.fFC=ifortCFLAGS = -OFFLAGS = -O0 -FIFREE = -FRDOBJ = preclib.o timing_.o derrf_.o dclock_.o diolib.o dlexlib.o drdatab.o 在make lib 出现个小问题(不影响,被忽略!!!!!!!)[bjwang@nano vasp.5.lib]$ makerm libdmy.arm: cannot remove 'libdmy.a': No such file or directorymake: [libdmy.a] Error 1 (ignored)ar vq libdmy.a preclib.o timing_.o derrf_.o dclock_.o diolib.o dlexlib.o drdatab.oar: creating libdmy.aa - preclib.oa - timing_.oa - derrf_.oa - dclock_.oa - diolib.o a - dlexlib.oa - drdatab.o[bjwang@nano vasp.5.lib]$2、并行编译vasp(利用ifort 编译器和c++ 编译器,版本最好一致,这里ifort 用l_cprof_p_11.1.072,c++用l_cproc_p_11.1.073 )解压缩后进入vasp.5.2 路径,[bjwang@nano vasp]$ cd vasp.5.2[bjwang@nano vasp.5.2]$ cp makefile.linux_ifc_P4 makefile[bjwang@nano vasp.5.2]vi makefile(具体修改的地方见bjwang-Vasp 并行版本make 文件.doc)保存退出后[bjwang@nano vasp.5.2]make运行并行vasp (算si)命令:[bjwa ng@nano si]$mpir un -n 8 /home/bjwa ng/vasp/vasp.5.2/vasp >out &SSH 注:&符表示在后台运行,即使关掉SSH 后计算仍然运行,如果不加这个符号则关掉后计算也会中止.运行串行命令:[bjwang@nano si]$ /home/bjwang/vasp/vasp.5.2/vasp >out &WARNING: small aliasing (wrap around) errors must be expected。

并行安装vasp步骤

并行安装vasp步骤

intel fortran9.1.036 安装过程Intel Fortran Compiler这个编译器性能极佳,它在x86 和Itanium 级Linux 主机上会有光明的未来,因为Intel 的编译器组整合了曾在DEC、Compaq 和HP 确立声誉的工程团队。

它的发行版有Windows和Linux两种,这2种都分别提供Non-Commercial版免费下载,但不提供技术支持。

而性能则与商业版相同。

其中Windows版需要Visual Studio的支持才可以使用。

以下是整个的安装过程。

1、登陆intel网站下载Non-commercial版。

登陆/software/products/global/eval.htm ,选择Intel? Fortran Compiler for Linux* 下的第二项Non-Commercial Unsupported Version 点击进入。

或者直接登陆/software/products/compilers/flin/noncom.htm,简单的看一下说明,整个下载过程需要好几步,可以慢慢来进行,首先点击“Continue”按钮进入下一页;第二页有个调查表,填好之后进入下一页;第二页有个调查表,填好之后进入下一页;第三页是软件协议页面,可以粗略看一下,选择“Accept”进入下一页;第四页是注册页面,其中Email栏一定要填好,填写之后选择“Submit”进入下一页;这是最后一页,说明已经注册成功,intel会给你发一封电子邮件,并且其中包含一个协议附件。

剩下的工作是收取邮件,然后根据邮件中提供的地址下载软件即可。

我这里下载的软件是l_fc_p_9.1.036.tar.gz,大约130M,另外把邮件中的附件另存在刚才下载的软件的同一目录下,我这里的文件名是l_for_******.lic,每个人的文件名可能不同,它是一个协议文件。

下来以root用户进行以下的安装工作,假设前面的2个文件存放在/usr/src/intel目录下,这也是我们的工作目录:2、解压安装文件tar xzvf l_fc_p_9.1.036.tar.gz3、安装并指定协议,我们这里编译器的是安装在/opt/intel_fc_91目录下,协议则在该目录下的*s 文件夹中。

p4vasp安装设定

p4vasp安装设定

p4vasp安裝設定Goal:VASP是solid state physics(固態物理)中常使用的一套軟體,其功能類似CASTEP (因為VASP是從CASTEP中衍生出來的),但是不像CASTEP有個friendly interface。

然後有一群志同道合的開始發展VASP的GUI(graphic user interface)的軟題,所以p4vasp就因此形成了。

p4vasp從0.2.0發展到目前的0.3.9除了可以讀POSCAR,CONTCAR以視覺化分子結構之外,更可以xml格式的vasprun.xml的輸出檔,以分析DOS,band structure等。

Package:在Linux安裝p4vasp時,因為p4vasp並無提供configure file去幫使用者查看有需要哪些必須套件,這需要在安裝前自行確定,其實需要的套件很少,但是套件的相依性卻大,換句話說,你在安裝某一套件時,需一同安裝其他套件,因為要安裝的套件很繁雜,所以將需要的RPM全部列於下表,python,gcc,X這三個是一定要的,在SuSE的安裝光碟中都會有。

(這裡安裝以SUSE 10.0為範例)1. 下載到http://cms.mpi.univie.ac.at/odubay/p4vasp_site/download.php,選source,進去後可以有很多版本的p4vasp的source code,在此就選用p4vasp v0.3.9這本版,當然也可以選擇不同版本。

2. 解壓縮將下載好的source code解壓縮,以便安裝ex:tar zxvf p4vasp-0.3.9.tgz3. 編譯及安裝p4vasp無需要組態設定(也就是執行./ocnfigure),在下載的source code中就已經有Makefile,所以直接執行make編譯以及用make install安裝ex:makemake install4. 測試ex:p4v若有圖形界面出現表示安裝成功Note :在SuSE 9.x x84_64版時,會有一個小問題,就是p4vasp原本應該/usr/lib/python2.x/site-packages資料夾,因為是x86_64的問題,所以要將程式安裝在/usr/lib64/python2.x/site-packages下才能正常執行,要不然無法開啟,只要_cp4vasp.so,cp4vasp.py,p4vasp從/usr/lib/python2.x/site-packages移到/usr/lib64/python2.x/site-packages下即可Reference :p4vasp officical website http://cms.mpi.univie.ac.at/odubay/p4vasp_site/news.php。

VASP经典学习教程有用

VASP经典学习教程有用

VASP经典学习教程有用VASP(Vienna Ab initio Simulation Package)是一种用于固体材料计算的第一性原理计算软件包。

它使用密度泛函理论和平面波基组进行计算,可以预测材料的结构、能带、力学性质等基本属性。

本文将介绍VASP的经典学习教程,帮助初学者快速入门。

1.VASP的安装与基本操作-输入文件和输出文件:介绍VASP的常用输入文件和输出文件,以及它们的格式和含义。

-运行VASP计算:教授如何编写VASP运行脚本,以及如何使用命令行界面运行VASP计算。

2.VASP的输入参数和设置-INCAR文件:介绍VASP的主要输入文件INCAR的各种参数和选项,如体系的外部压力、电子迭代的收敛准则等。

-POTCAR文件:讲解VASP的赝势文件POTCAR的作用和用法,以及如何选择合适的赝势。

-KPOINTS文件:讲解KPOINTS文件对计算结果的影响,以及如何选择合适的K点网格。

3.VASP的基本计算-结构优化计算:教授如何进行结构优化计算,寻找稳定的材料晶格参数和原子位置。

-能带计算:讲解如何计算材料的能带结构,以及如何分析能带图和带隙。

-DOS计算:介绍如何计算材料的态密度,以及如何分析态密度图和能带图。

4.VASP的高级计算-弛豫计算:讲解如何进行离子和电子的同时弛豫计算,得到材料的稳定结构和力学性质。

-嵌入原子计算:介绍如何在材料中嵌入原子,并计算嵌入原子的相互作用能。

-软件接口和后处理:讲解VASP与其他软件(如VASPKIT、VESTA等)的接口,以及如何进行后处理分析。

5.VASP的实际应用-表面计算:介绍如何计算材料的表面能和表面形貌。

-催化剂计算:讲解如何通过VASP计算催化剂的吸附能和反应能垒,以预测其催化活性。

-界面计算:讲解如何计算材料的界面能和界面结构。

通过以上内容,初学者可以掌握VASP的基本原理和使用方法,并能在实际应用中进行一些基本的材料计算。

VASP程序使用教程

VASP程序使用教程

-10.2
-10.3
-10.4
Total energy(eV)
-10.5
-10.6
-10.7
-10.8
-10.9 2 4 6 8 10 12
硅体相总能量随K-mesh大小的变化情况
Size of k-mesh
4. Cutoff energy大小的选择:
截至能的大小直接影响到计算结果的精度和计算速度, 因此,它是平面波计算方法的一个重要参数。
的选择可以方便控制平面波基组的大小。
平面波基组方法的不足之处:
1) 所求得的波函数很难寻找出一个直观的物理或化学图象与
化学家习惯的原子轨道的概念相联系,即其结果与化学家 所感兴趣的成键和轨道作用图象很难联系出来,这就为我 们计算结果的分析带来了困难; 2) 考察某些物理量时,例如原子电荷,涉及到积分范围的选
二维固体表面
说明: 重复平板模型中的平移矢量长度必须合理选择,以保证: 1) 对于分子体系,必须保证相邻重复单元中最近邻原子之间的 距离必须至少7~10埃以上; 2) 对于一维体系,相邻两条链最近邻原子之间的距离必须至少 7~10埃以上; 3) 对二维体系,上下两个平板最近邻原子之间的距离必须至少 7~10埃以上; 4) 严格意义上,通过考察体系总能量/能量差值对真空区大小的 收敛情况来确定合理的平移矢量长度。
Surf. Sci., 2007, 601, 3488
6) UPS能谱图像模拟
Surf. Sci., 2007, 601, 3488
7) 材料光学性质计算
8) 其它性质计算,包括功函、力学性质等
2. 重复平板模型(或层晶模型):
VASP程序采用重复平板模型来模拟零维至三维体系
零维分子体系

p4vasp安装设定

p4vasp安装设定

p4vasp‎安裝設定Goal:VASP是s‎o lid state physic‎s(固態物理)中常使用的一‎套軟體,其功能類似C‎ASTEP(因為VASP‎是從CAST‎E P中衍生出‎來的),但是不像CA‎S TEP有個‎f riend‎l y interf‎a ce。

然後有一群志‎同道合的開始‎發展VASP‎的GUI(graphi‎c user interf‎a ce)的軟題,所以p4va‎s p就因此形‎成了。

p4vasp‎從0.2.0發展到目前‎的0.3.9除了可以讀‎P OSCAR‎,CONTCA‎R以視覺化分‎子結構之外,更可以xml‎格式的vas‎p run.xml 的輸出‎檔,以分析DOS‎,band struct‎u re等。

Packag‎e:在Linux‎安裝p4va‎s p時,因為p4va‎s p並無提供‎c onfig‎u re file去幫‎使用者查看有‎需要哪些必須‎套件,這需要在安裝‎前自行確定,其實需要的套‎件很少,但是套件的相‎依性卻大,換句話說,你在安裝某一‎套件時,需一同安裝其‎他套件,因為要安裝的‎套件很繁雜,所以將需要的‎R PM全部列‎於下表,python‎,gcc,X這三個是一‎定要的,在SuSE的‎安裝光碟中都‎會有。

(這裡安裝以S‎U SE 10.0為範例)1. 下載到http://cms.mpi.univie‎.ac.at/odubay‎/p4vasp‎_site/downlo‎a d.php,選sourc‎e,進去後可以有‎很多版本的p‎4vasp的‎s ource‎code,在此就選用p‎4vasp v0.3.9這本版,當然也可以選‎擇不同版本。

2. 解壓縮將下載好的s‎o urce code解壓‎縮,以便安裝ex:tar zxvf p4vasp‎-0.3.9.tgz3. 編譯及安裝p4vasp‎無需要組態設‎定(也就是執行./ocnfig‎u re),在下載的so‎u rce code中就‎已經有Mak‎e file,所以直接執行‎m ake編譯‎以及用mak‎e instal‎l安裝ex:makemake instal‎l4. 測試ex:p4v若有圖形界面‎出現表示安裝‎成功Note :在SuSE 9.x x84_64‎版時,會有一個小問‎題,就是p4va‎s p原本應該‎/usr/lib/python‎2.x/site-packag‎e s資料夾,因為是x86‎_64的問題‎,所以要將程式‎安裝在/usr/lib64/python‎2.x/site-packag‎e s下才能正‎常執行,要不然無法開‎啟,只要_cp4‎v asp.so,cp4vas‎p.py,p4vasp‎從/usr/lib/python‎2.x/site-packag‎e s移到/usr/lib64/python‎2.x/site-packag‎e s下即可Refere‎n ce :p4vasp‎offici‎c al websit‎e http://cms.mpi.univie‎.ac.at/odubay‎/p4vasp‎_site/news.phpP4vasp‎是显示VAS‎P的结果的工‎具,目前有lin‎u x版本和w‎i ndows‎版本,linux的‎比较好用,从网上下载源‎程序或者可执‎行程序进行安‎装。

VASP安装说明(简单易懂)

VASP安装说明(简单易懂)

VASP安装说明(简单易懂)1.安装linux由于不熟悉linux的操作,所以很多问题无法解决,所以直接在windows下面安装了虚拟机然后安装linux操作系统。

(1) 虚拟机的安装我所使用的是VMware,安装过程同普通的windows下软件的安装。

下载地址:www.或者www.(2) VMware配置linux,过程如下:a)选择File菜单下的“New Virtual Machine”出现新虚拟机向导后单击“下一步”选择“Typical”典型安装。

b)再单击“下一步”,在选择操作系统界面的“Guest Operation System”中选择“Linux”,然后单击Version对应的下拉菜单选择具体的Linux 版本,此处我选择的是“RedHat Linux”。

c)单击“下一步”进入安装目录选择界面。

该界面上面的文本框是系统的名字,保持默认值即可,下面的文本框需要选择虚拟机操作系统的安装位置。

d)根据需要选择好后,单击“下一步”按钮,出现设置虚拟机内存大小的界面。

Linux9.O对内存的要求是:文本模式至少需要64MB;图形化模式至少需要128MB,推荐使用192MB。

我选择的是192MB。

e)单击“下一步”按钮进入网络连接方式选择界面。

VMware有四种网络设置方式,一般来说,Bridged方式使虚拟机就像网络内一台独立的计算机一样,最为方便好用(四种连网方式的区别可参考VMware的有关资料)。

此处我选择Brided方式。

f)单击“下一步”按钮进入虚拟磁盘的设置界面。

这里有三种方式(Create a newvirtual disk、Use an existing virtual disk、Use a physical disk)可供选择、建议初学者选择“Create a new Virtual disk”,其含义是新建一个虚拟磁盘,该虚拟磁盘只是主机下的一个独立文件。

g)在“下一步”中设置磁盘大小。

VASP的个人经验手册

VASP的个人经验手册
../vasp.4.lib/lapack_double.o -L/usr/local/lib \ -L../Linux_P4SSE2/lib/ -lf77blas -latlas 修改后保存 makefile 文件,键入 make 命令开始编译 vasp。整个命令为: cd .. cd vasp.4.4 cp makefile.linux_pg makefile 编辑修改 makefile 文件 make 编译成功后,就可以得到 VASP 的可执行文件 vasp。ቤተ መጻሕፍቲ ባይዱe) 以 root 帐号登录机器,把成功编译 VASP 后得到的 vasp 放到/bin 目录下,则任何一个普 通用户都可以使用 vasp。此时 vasp 可以当成于一个 linux 的命令来使用了,不再需要把 vasp 拷贝到当前的计算目录下。
2
方和方法是: 在第 87 和 88 行前加上#,把这两行注释掉,然后去掉第 91,92 和 93 行前的#。 修改前和后的内容为分别为: LIB = -L../vasp.4.lib -ldmy ../vasp.4.lib/linpack_double.o \
../vasp.4.lib/lapack_double.o -L/usr/local/lib /usr/local/lib/libblas.a # # the following lines should allow you to link to atlas based blas #LIB = -L../vasp.4.lib -ldmy ../vasp.4.lib/linpack_double.o \ # ../vasp.4.lib/lapack_double.o -L/usr/local/lib \ # -L$(HOME)/archives/BLAS_OPT/ATLAS/lib/Linux_ATHLONTB/ -lf77blas –latlas #LIB = -L../vasp.4.lib -ldmy ../vasp.4.lib/linpack_double.o \ # ../vasp.4.lib/lapack_double.o -L/usr/local/lib /usr/local/lib/libblas.a # # the following lines should allow you to link to atlas based blas LIB = -L../vasp.4.lib -ldmy ../vasp.4.lib/linpack_double.o \
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vaspkit-0.14 修正版发布
安装下载指南
1、下载网址:
/downloads221/sourcecode/unix_linux/detail1038949.html
(免费的)
2、利用xshell将软件包拷到系统中,建立文件夹vaspkit。

3、在gunzip vaspkit-0.14.tar.gz等到vaspkit-0.14.tar,再tar –xvf vaspkit-0.14.tar得到文件
夹vaspkit-0.14。

4、进入vaspkit-0.14文件夹,cat INSTALL,发现
Just do one thing:
make
Then you will get vaspkit program.然后退出,在vaspkit-0.14目录下输入make命令,得到vaspkit 可执行文件。

5、再将vaspkit文件分别拷到需要进行计算的文件下进行计算即可,输入./vasokit出现如下的运行页面。

按照需要输入不同的数字即可。

相信很多人都为vasp计算结果的处理感到很头痛,网上虽然有很多处理vasp计算结果的软件或者脚本,不过要么只针对于某一个问题,要么使用不太友好。

为此,我弄了一个软件包,把结构可视化,提取态密度,能带,电荷,自旋密度等数据等功能整合到一个软件包里,方便大家的使用。

由于时间有限,我只花了两天时间做得,所以vaspkit工具包比较粗糙,而且有很多bug, 目前只实现最基本的功能。

由于vaspkit 目前处于测试阶段,要不断的更新,所以不上传到论坛了。

感兴趣的朋友可以到下载。

希望大家能提出宝贵的意见以及需要增加的功能。

同时,我们希望对vaspkit感兴趣的朋友一起加入并不断地增加功能,让vaspkit能成为一个很强大的数据处理工具。

在此,特别感谢论坛版主csfn, foxhunter, 语过添情以及蓝等朋友的支持。

当前版本:0.14 .
1,修正若干bug;
2,增加输出xsf格式结构文件;
3,增加输出DOS积分;
4,增加提取指定原子指定轨道的能带数据.
主要功能有:
1,把POSCAR 或者CONTCAR转化为cif或xsf格式。

2,提取电荷,自旋密度,使用vesta软件可视化。

3,提取总,投影态密度数据;
4,提取总,投影能带数据。

期待增加功能:
1,增加计算差分电荷数据;
2,xsf格式电荷密度。

文件输出格式:
1,结构可视化文件输出文件为poscar.cif 或contcar.cif, 用MS, VESTA或其它可视化软件软件打开;2,总态密度输出文件为tdos.dat, 偏态密度文件为pdos.dat, 使用origin或gnuplot绘制。

3,能带数据输出文件名为band-x.dat . 同样使用origin或gnuplot绘制。

4,电荷和自旋密度输出文件名分别为chgden.dat 和spnden.dat, 用VESTA打开。

注意同时把OUTCAR
放进本地文件夹。

注意:最好在完整的vasp计算作业目录下运行,因为要用到OUTCAR读取元素符号,CHG读电荷密度,DOSCAR读取态密度,PROCAR读取能带数据,还有CONTCAR和POSCAR文件。

请确保以上文件完整。

vasptip软件运行主页面为:
Choose the problem to solve:
=============== Structure options ===================
1: POSCAR
2: CONTCAR
=============== DOS options ======================
11: Total DOS
12: Projected DOS
13: T2g-Eg DOS
=============== Energy Band options =================
21: Band
22: Projected Band
=============== Density options ====================
31: Charge Density
32: Spin Density
=============== MISC options ======================
0: Quit
------------。

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