质粒抽提原理和详细操作步骤
质粒测序的原理及步骤
质粒测序的原理及步骤⒈质粒抽提基本原理在其中采用几种水溶液及其硅酸化学纤维膜（超滤膜柱）。
水溶液Ⅰ：50 mM果糖 / 25 mMTris-HCl/ 10 mMEDTA，pH 8.0；水溶液Ⅱ：0.2 N NaOH / 1%SDS；水溶液Ⅲ：3 M 醋酸钾/ 2 M 醋酸/75%乙醇。
水溶液Ⅰ果糖是使飘浮后的大肠埃希菌不容易迅速堆积到水管的底端；EDTA是Ca2+和Mg2+等二价金属材料正离子的螯合剂，其关键目地是以便鳌合二价金属材料正离子进而达到抑制DNase的特异性；可加上RNase A消化吸收RNA。
水溶液Ⅱ此步为碱解决。
在其中NaOH关键是以便融解体细胞，释放出来DNA，由于在强偏碱的状况下，细胞质产生了从两层膜结构工程向微囊构造的转变。
SDS与NaOH联用，其目地是以便提高NaOH 的强偏碱，一起SDS做为阳离子表活剂毁坏脂两层膜。
那步要记牢二点：首位，时间不可以太长，由于在那样的偏碱标准下基因组DNA片段也会渐渐地破裂；其次，务必温柔混和，要不然基因组DNA会破裂。
水溶液Ⅲ水溶液III的功效是沉定蛋白质和中和反应。
在其中醋酸钾是以便使钾离子换置SDS中的钾离子而产生了PDS，由于十二烷基硫酸钠（sodium dodecylsulfate）碰到钾离子后变为了十二烷基硫酸钾（potassium dodecylsulfate, PDS），而PDS不是溶水的，一起1个SDS分子结构均值融合2个碳水化合物，钾钠正离子换置所造成的很多沉定大自然就将绝大多数蛋白沉定了。
2 M的醋酸是以便中合NaOH。
基因组DNA如果产生破裂，要是是50－100 kb尺寸的片段，就没有方法再被 PDS共沉淀了，因此碱解决的时间要短，并且不可猛烈震荡，要不然蕞终获得的质粒上都会有很多的基因组DNA渗入，琼脂糖电泳能够观查到这条浓浓总DNA条带。
75%乙醇关键是以便清理盐分和抑止Dnase；一起水溶液III的强酸碱性都是以便使DNA尽快融合在硅酸化学纤维膜上⒉质粒抽提流程⑴应用质粒提取试剂盒获取质粒时请参照实际试剂盒的操作指南。
质粒提取的原理及步骤
碱裂解法是一种应用最为广泛的制备质粒DNA的方法，其基本原理为：当菌体在NaOH 和 SDS溶液中裂解时，蛋白质与DNA发生变性，当加入中和液后，质粒DNA分子能够迅速复性，呈溶解状态，离心时留在上清中；蛋白质与染色体DNA不变性而呈絮状，离心时可沉淀下来。
一、试剂准备1. 溶液Ⅰ: 50mM葡萄糖，25mM Tris-HCl(pH 8.0)，10mM EDTA(pH 8.0）。
1M Tris-HCl[t1] (pH 8.0）12.5ml，0.5M EDTA（pH 8.0）10ml，葡萄糖4.730g，加ddH2O至500ml。
在10 lbf/in2高压灭菌15min ，贮存于4℃。
溶液Ⅰ50mM 葡萄糖/ 10mM EDTA / 25mM Tris-HCl，pH=8.0葡萄糖增稠，使悬浮后的大肠杆菌不会快速沉积到管子的底部；EDTA 抑制DNase的活性。
这一步溶液中还可以加入RNase，不受EDTA影响，并且可以在后续步骤中被除去2. 溶液Ⅱ：0.2N NaOH，1% SDS。
2N NaOH 1ml，10%SDS 1ml，加ddH2O至10ml。
使用前临时配置[t2]。
这是用新鲜的0.4 N的NaOH和2％的SDS等体积混合后使用的。
要新从浓NaOH稀释制备0.4N的NaOH，无非是为了保证NaOH没有吸收空气中的CO2而减弱了碱性。
很多人不知道其实破细胞的主要是碱，而不是SDS，所以才叫碱法抽提。
事实上NaOH是最佳的溶解细胞的试剂，不管是大肠杆菌还是哺乳动物细胞，碰到了碱都会几乎在瞬间就溶解，这是由于细胞膜发生了从bilayer（双层膜）结构向 micelle（微囊）结构的相变化所导致。
用了不新鲜的0.4 N NaOH，即便是有SDS也无法有效溶解大肠杆菌（不妨可以自己试一下），自然就难高效率抽提得到质粒。
如果只用SDS当然也能抽提得到少量质粒，因为 SDS也是碱性的，只是弱了点而已。
很多人对NaOH的作用误以为是为了让基因组DNA变性，以便沉淀，这是由于没有正确理解一些书上的有关DNA变性复性的描述所导致。
质粒提取原理及步骤
For personal use only in study andresearch; not for commercial use质粒提取原理及步骤一、导论已经提出过许多方法用于从细菌中提纯质粒DNA，这些方法都含有以下3个步骤：1. 细菌培养物的生长。
2. 细菌的收获和裂解3. 质粒DNA的纯化。
（一）细菌培养物的生长从琼脂平板上挑取一个单菌落，接种到培养物中(有含有行当抗生素的液体培养基中生长)，然后从中纯化质粒，质粒的提纯几乎总是如此。
现在使用的许多质粒载体（如pUC系列）都能复制到很高的拷贝数，惟致只要将培养物放在标准LB 培养基中生长到对数晚期，就可以大量提纯质粒。
此时，不必造反性地扩增质粒DNA。
然而，较长一代的载体(如pBR3 22)由于不能如此自由地复制，所以需要在得到部分生长的细菌培养物中加入氯霉素继续培养若干小时，以便对质粒进行性扩增。
氯霉素可抑制宿主的蛋白质合成，结果阻止了细菌染色体的复制，然而，松弛型质粒仍可继续复制，在若干小时内，其拷贝数持续递增。
这样，像pBR３２２－类的质粒，从经氯霉素处理和未经处理的培养物中提取质粒的产量迥然不同，前者大为增高。
多年来，加入足以完全抑制蛋白质合成的氯霉素μg/ml)已成为标准的操作、用该方法提取的质粒DNA量，对于分子克隆中几乎所有想象到的工作任务。
（二）细菌的收获和裂解细菌的收获可通过离心来进行，而细菌的裂解则可以采用多种方法中的任意一种，这些方法包括用非离子型或离子型去污剂、有机溶剂或碱进行处理及用加热处理等。
选择哪一种方法取决于３个因素：质粒的大小、小肠杆菌菌株及裂解后用于纯化质粒DNA的技术。
尽管针对质粒和宿主的每一种组合分别提出精确的裂解条件不切实际，但仍可据下述一般准则来选择适当方法，以取得满意的结果。
1)大质粒(大于15kb)容易受损，故应采用漫和裂解法从细胞中释放出来。
将细菌悬于蔗糖等渗溶液中，然后用溶菌酶和EDTA进生处理，破坏细胞壁和细胞外膜，再加入SDS一类去污剂溶解球形体。
提取质粒的原理
提取质粒的原理质粒是一种环状的DNA分子，存在于细菌、酵母等微生物细胞中，具有自主复制和传递的能力。
质粒在基因工程中扮演着重要的角色，可以被用来携带外源基因并在宿主细胞中表达。
因此，提取质粒是基因工程实验中必不可少的步骤之一。
本文将介绍提取质粒的原理及其相关技术。
提取质粒的原理提取质粒的原理基于细胞裂解和质粒分离的过程。
一般来说，提取质粒的步骤包括以下几个方面：1. 细胞裂解首先需要将含有质粒的细胞进行裂解，使质粒从细胞内部释放出来。
细胞裂解的方法有多种，包括机械破碎、超声波破碎、化学裂解等。
其中，化学裂解是最常用的方法之一，其原理是利用化学试剂破坏细胞壁和细胞膜，使细胞内部的物质释放出来。
常用的化学试剂包括SDS、EDTA、蛋白酶K等。
2. 分离质粒细胞裂解后，需要将质粒从其他细胞组分中分离出来。
质粒的分离方法有多种，包括离心、柱层析、电泳等。
其中，离心是最常用的方法之一，其原理是利用离心力将不同密度的物质分离开来。
在离心过程中，质粒会沉积到离心管底部形成沉淀，其他细胞组分则会在上层形成上清液。
此时，可以将上清液倒掉，留下质粒沉淀。
3. 纯化质粒分离出的质粒可能会受到其他杂质的污染，因此需要进行纯化。
质粒的纯化方法有多种，包括酚-氯仿法、硅胶柱层析法、离子交换柱层析法等。
其中，酚-氯仿法是最常用的方法之一，其原理是利用酚和氯仿的不同溶解度将DNA、RNA和蛋白质分离开来。
在酚-氯仿法中，质粒会在上层形成一个白色的粘稠物质，其他杂质则会在下层形成。
提取质粒的技术提取质粒的技术有多种，包括常规提取法、快速提取法、自动提取法等。
其中，常规提取法是最常用的方法之一，其步骤如下：1. 细胞裂解将含有质粒的细胞进行裂解，使质粒从细胞内部释放出来。
常用的化学试剂包括SDS、EDTA、蛋白酶K等。
2. 分离质粒将裂解后的细胞进行离心，分离出质粒沉淀。
3. 纯化质粒将分离出的质粒进行酚-氯仿法纯化。
4. 洗涤质粒将纯化后的质粒进行洗涤，去除残留的酚和氯仿。
质粒提取 原理及步骤
质粒提取原理及步骤质粒提取是分子生物学中的一项重要实验技术，被广泛应用于基因克隆、基因转染、基因表达等方面。
本文将重点介绍质粒提取的原理及步骤。
一、原理质粒提取的原理基于质粒和细胞的生化学性质差异。
质粒是一种独立复制的DNA分子，可以自主复制并传递给细胞的子代。
而在真核细胞中，大多数DNA都位于细胞核中，很难获得足够的DNA量进行实验。
质粒提取利用了这一差异，将大量的质粒从细胞中提取出来。
质粒提取的主要步骤如下：二、步骤1. 细胞培养首先需要选择适当的细胞类型并在培养基中培养，使细胞处于最佳生长状态。
对于大多数细胞类型，建议在对数生长期时采集，因为此时细胞数量最多且代谢活跃，可以有效提高质粒提取的DNA量和质量。
同时，还需注意避免细胞因为过于密集而形成聚集体或凝胶。
2. 细胞收获收获细胞的方法取决于细胞类型和实验的目的。
常见的方法包括用PBS或细胞培养液将细胞冲洗下来，或者用胶体离心等方法进行细胞收获。
收获的细胞量需要根据实验需求进行调整，一般建议在0.1-1g的范围内收获细胞。
3. 细胞裂解细胞裂解是质粒提取过程中最关键的步骤之一，它能有效破坏细胞膜和核膜，释放细胞内的DNA。
常用的细胞裂解剂包括SDS、Triton X-100和Tween-20等，同时还需要将细胞裂解液加入蛋白酶抑制剂和DNA酶切酶，以避免核酸降解和一些酶促反应的发生。
细胞裂解后，将细胞裂解液转移到离心管中，并进行离心分离，将细胞碎片等大分子杂质通过离心将其剔除。
4. DNA纯化DNA纯化是质粒提取的最后一步，目的是将提取得到的DNA从其他杂质中纯化出来。
不同的实验需求需要不同级别的DNA纯化，从而需要使用不同种类的DNA纯化试剂盒。
目前常用的DNA纯化试剂盒包括酚/氯仿提取法、离子交换柱纯化法、硅胶膜纯化法等。
在DNA纯化后，通过分析电泳和UV测定等方法进行检测，以确保提取的DNA质量和浓度满足实验需求。
总结质粒提取是分子生物学中非常基础和常用的实验技术，其所涉及的步骤包括细胞培养、细胞收获、细胞裂解和DNA纯化等步骤。
质粒提取步骤及原理
质粒提取是分子生物学中常用的实验技术，其目的是从细菌中提取出质粒DNA，用于后续的基因操作和分析。
下面是质粒提取的主要步骤和原理的详细解释。
一、质粒提取原理
质粒是细胞内的一种环状的小分子DNA，是进行DNA重组的常用载体。
作为一个具有自身复制起点的复制单位独立于细胞的主染色体之外，质粒DNA上携带了部分的基因信息，经过基因表达后使其宿主细胞表现相应的性状。
在DNA重组中，质粒或经过改造后的质粒载体可通过连接外源基因构成重组体。
从宿主细胞中提取质粒DNA，是DNA重组技术中最基础的实验技能。
二、质粒提取步骤
培养细菌使质粒扩增：将含有目标质粒的细菌接种在适当的培养基上，提供适当的条件（如温度、湿度和营养）使细菌生长和繁殖，从而使质粒得到扩增。
收集和裂解细菌：通过离心等方法收集培养好的细菌，然后使用适当的裂解液裂解细菌，使细菌的细胞壁和细胞膜破裂，释放出内部的质粒DNA。
分离和纯化质粒DNA：通过离心、过滤或层析等方法，将裂解液中的蛋白质、细胞碎片等杂质去除，得到相对纯净的质粒DNA。
这个过程中可能需要使用一些特殊的试剂或柱子来提高分离和纯化的效率。
通过以上步骤，我们可以从细菌中提取出高质量的质粒DNA，用于后续的基因操作和分析。
质粒提取原理及步骤
For personal use only in study and
research; not for commercial use
质粒提取原理及步骤
一、导论
已经提出过许多方法用于从细菌中提纯质粒DNA，这些方法都含有以下3个步骤：
1. 细菌培养物的生长。
2. 细菌的收获和裂解
3. 质粒DNA的纯化。
（一）细菌培养物的生长
从琼脂平板上挑取一个单菌落，接种到培养物中(有含有行当抗生素的液体培养基中生长)，然后从中纯化质粒，质粒的提纯几乎总是如此。
现在使用的许多质粒载体（如pUC系列）都能复制到很高的拷贝数，惟致只要将培养物放在标准LB 培养基中生长到对数晚期，就可以大量提纯质粒。
此时，不必造反性地扩增质粒DNA。
然而，较长一代的载体(如pB R322)由于不能如此自由地复制，所以需要在得到部分生长的细菌培养物中加入氯霉素继续
培养若干小时，以便对质粒进行性扩增。
氯霉素可抑制宿主的蛋白质合成，结果阻止了细菌染色体的复制，然而，松弛型质粒仍可继续复制，在若干小时内，其拷贝数持续递增。
这样，像pBR３２２－类的质粒，从经氯霉素处理和未经处理的培养物中提取质粒的产量迥然不
同，前者大为增高。
多年来，加入足以完全抑制蛋白质合成的氯霉素μg/ml)已成为标准的
操作、用该方法提取的质粒DNA量，对于分子克隆中几乎所有想象到的工作任务。
质粒提取总结(原理、小提、中提、浓度测定)
碱裂解法抽提质粒原理溶液I，50 mM葡萄糖/25 mM Tris-Cl / 10 mM EDTA，pH 8.0；（溶菌酶：使细胞壁裂解；RNase：将裂解完的RNA去除，防止RNA污染）溶液II，0.2 N NaOH / 1% SDS；溶液III，3M醋酸钾/ 2 M醋酸。
溶液I的作用：①任何生物化学反应，首先要控制好溶液的pH，因此用适当浓度的和适当pH值的Tris-Cl溶液。
②50mM葡萄糖：加了葡萄糖后最大的好处只是悬浮后的大肠杆菌不会快速沉积到管子的底部。
因此，如果溶液I中缺了葡萄糖其实对质粒的抽提本身而言，几乎没有任何影响。
所以说溶液I中葡萄糖是可缺的。
③EDTA：EDTA是Ca2+和Mg2+等二价金属离子的螯合剂，配在分子生物学试剂中的主要作用是：抑制DNase的活性和抑制微生物生长。
在溶液I中加入高达10 mM的EDTA，无非就是要把大肠杆菌细胞中的所有二价金属离子都螯合掉。
如果不加EDTA，其实也没什么大不了的，只要是在不太长的时间里完成质粒抽提，就不用怕DNA会迅速被降解，因为最终溶解质粒的TE缓冲液中有EDTA。
如果哪天你手上正好缺了溶液I，可不可以抽提质粒呢？只要用等体积的水，或LB培养基来悬浮菌体就可以了。
有一点不能忘的是，菌体一定要悬浮均匀，不能有结块。
溶液II：这是用新鲜的0.4 N的NaOH和2％的SDS等体积混合后使用的。
要新从浓NaOH稀释制备0.4N的NaOH，是为了保证NaOH没有吸收空气中的CO2而减弱了碱性。
其实破细胞的主要是碱，而不是SDS，所以才叫碱法抽提。
事实上NaOH是最佳的溶解细胞的试剂，不管是大肠杆菌还是哺乳动物细胞，碰到了碱都会几乎在瞬间就溶解，这是由于细胞膜发生了从bilayer（双层膜）结构向micelle（微囊）结构的相变化所导致。
用了不新鲜的0.4 N NaOH，即便是有SDS也无法有效溶解大肠杆菌，自然就难高效率抽提得到质粒。
如果只用SDS当然也能抽提得到少量质粒，因为SDS也是碱性的，只是弱了点而已。
- 1、下载文档前请自行甄别文档内容的完整性，平台不提供额外的编辑、内容补充、找答案等附加服务。
- 2、"仅部分预览"的文档,不可在线预览部分如存在完整性等问题,可反馈申请退款(可完整预览的文档不适用该条件!)。
- 3、如文档侵犯您的权益，请联系客服反馈,我们会尽快为您处理(人工客服工作时间：9:00-18:30)。
质粒抽提,实验室必备技能之一
质粒
质粒存在于许多细菌以及酵母菌等生物中，是细胞染色体外能够自主复制的很小的环状DNA 分子。
质粒抽提
从细菌中分离质粒DNA的方法包括3个基本步骤：培养细菌使质粒扩增；收集和裂解细菌；分离和纯化质粒DNA。
采用强碱液、加热或溶菌酶（主要针对革兰氏阳性细菌）可以破坏菌体细胞壁，十二烷基磺酸钠（SDS）和 TritonX-100（一般很少使用）可使细胞膜裂解。
经溶菌酶和SDS或 Triton X-100处理后，细菌染色体DNA会缠绕附着在细胞碎片上，同时由于细菌染色体DNA比质粒大得多，易受机械力和核酸酶等的作用而被切断成不同大小的线性片段。
当用强热或酸、碱处理时，细菌的线性染色体DNA变性，而共价闭合环状DNA(Covalently closed circular DNA，简称cccDNA）的两条链不会相互分开。
当外界条件恢复正常时，线状染色体DNA片段难以复性，而是与变性的蛋白质和细胞碎片缠绕在一起，而质粒DNA双链又恢复原状，重新形成天然的超螺旋分子，并以溶解状态存在于液相中。
质粒抽提最常用的方法是碱裂解法，它具有得率高、适用面广、快速和纯度高等特点。
当然，碱裂解法也有缺陷：容易导致不可逆的变性。
要降低不可逆的变性，就要控制好碱裂解的时间。
碱裂解法抽提质粒需要用到以下三种溶液
溶液Ⅰ
50 mmol/L 葡萄糖，25 mmol/L Tris-Cl（pH 8.0），10 mmol/L EDTA（pH 8.0），在15 psi 压力下蒸汽灭菌15 min，4℃保存。
溶液Ⅱ
0.2 mmol/L NaOH（从10 mmol/L 贮存液中现用现稀释），10 g/L SDS（室温保存）。
溶液Ⅲ
5 mol/L乙酸钾 60.0 mL，冰乙酸 11.5 mL，无菌水28.5 mL，4℃保存，使用时置于冰浴中。
下面介绍一下碱裂解法小提质粒
的具体操作：
01
柱平衡：向吸附柱中加入500 μl平衡Buffer，12000 rpm离心30-60 s，倒掉收集管中的废液；
注意：吸附柱平衡后可最大限度激活硅基质膜，提高质粒的得率；吸附柱平衡后应立即使用，长时间放置会影响其吸附效果。
02
收菌：将过夜培养的菌液用8000 g，2-3 min低温离心，吸弃液体培养基；
注意：高拷贝的质粒，需要5-15 mL的培养菌液；低拷贝的质粒，则需要15-30 mL的培养菌液；残留的液体培养基过多会影响细菌的裂解效果，应尽可能吸干培养基。
03
向离心管中加入250 μl 溶液Ⅰ（加入RNase A），吹匀菌沉淀并将悬液转移至新1.5 mL EP 管中；
注意：菌体悬浮不完全会导致裂解不完全，质粒提取量和纯度会降低。
04
向EP管中加入250 μl 溶液Ⅱ（裂解Buffer），温和翻转EP管6-10次，使菌体充分裂解，液体变得澄清浓稠（开盖拉丝）；
注意：所用时间不宜超过5 min，以免质粒被破坏；切勿剧烈震荡；液体未变得澄清，则表明裂解不充分，可适当减少菌体量或增大Buffer使用量；若溶液Ⅱ出现浑浊，可37 ℃水浴几分钟，待液体恢复澄清即可使用。
05
向EP管中加入350 μl 溶液Ⅲ，温和翻转EP管6-10次，此时可观察到管内出现白色絮状沉淀，12000 rpm室温离心10 min；
注意：若上清中仍有少量白色絮状物，可再次离心2-3 min直至液体澄清。
06
将离心后上清转移至吸附柱中，12000 rpm离心30-60 s，倒掉收集管中的废液；
07
可选：向吸附柱中加入500 μl Buffer PD（富含蛋白酶），12000 rpm离心1 min，倒掉收集管中的废液；
注意：此步对富含内源核酸酶的宿主菌（endA+）是必须的，对于endA-宿主菌可省略。
08
向吸附柱中加入600 μl Wash Buffer（加入无水乙醇），12000 rpm离心1 min，倒掉收集管中的废液；
09
重复步骤8一次；
10
将吸附柱和收集管放回离心机中，12000 rpm空转离心2 min；
注意：此步骤非常关键，乙醇是否去除干净会影响后续的洗脱效率以及PCR等效果。
11
将吸附柱转移至新的1.5 mL EP管中，拿到超净工作台中开盖鼓风吹5-10 min；
12
向吸附柱膜的中央滴加40-50 μl预热Elution Buffer或者DD水，关盖静置3-5 min，12000 rpm离心2 min；
注意：洗脱Buffer预热后效果更好；可以根据质粒的拷贝数、宿主菌等因素调整洗脱Buffer 的添加量。
13
离心后将EP管内的液体重新滴加至吸附柱膜上，12000 rpm离心1 min；
14
做好标记，取2 μl质粒跑1%琼脂糖凝胶电泳检测验证；
15
提取出的质粒-20℃保存。
抽提质粒中的常见问题
1
提不出质粒或者质粒提取量很少
(1) 菌体中无质粒：有些质粒本身不能在某些菌种中稳定存在，经多次转接后有可能造成质粒丢失。
例如柯斯质粒在大肠杆菌中保存不稳定，因此不要频繁转接，每次接种时应接种单菌落。
另外，检查筛选用抗生素使用浓度是否正确。
(2) 质粒拷贝数低：由于使用低拷贝数载体引起的质粒DNA提取量低，可更换具有相同功能的高拷贝数载体。
(3) 菌种老化：若是甘油保藏菌，需要在活化后再培养摇菌；建议涂布平板培养后，重新挑选新菌落进行液体培养。
(4) 吸附柱过载：不同产品中吸附柱吸附能力不同，如果需要提取的质粒量很大，请分多次提取。
若用富集培养基，例如TB或者2×YT，菌液体积必须减少；若质粒或宿主菌是非常高的拷贝数或生长率，则需调整LB培养液体积。
(5) 碱裂解不充分：使用过多的菌体培养液，会导致菌体裂解不充分，可减少菌体用量或增加溶液Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ的用量。
对低拷贝数质粒提取时，可加倍使用溶液Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ，有助于增加质粒提取量和质粒质量。
(6) 溶液使用不当：溶液Ⅱ和Ⅲ在温度较低时可能出现浑浊，应置于37 ℃保温片刻直至溶解为清亮的溶液，才能使用。
(7) 洗脱液加入位置不正确：洗脱液应加在硅胶膜中心部位，以确保洗脱液会完全覆盖硅胶。
膜的表面，达到最大洗脱效率。
(8) 洗脱液不合适：DNA只在低盐溶液中才能被洗脱，pH洗脱效率取决于pH值。
最大洗脱效率在pH 7.0-8.5之间。
当用水洗脱时确保其pH值在此范围内，如果pH过低可能导致洗脱量低。
洗脱缓冲液加热至60℃后使用有利于提高洗脱效率。
(9) 洗脱体积太小：洗脱体积对回收率有一定影响。
随着洗脱体积的增大回收率增高，但产品浓度降低。
为了得到较高的回收率可以增大洗脱体积。
(10) 洗脱时间过短：洗脱时间对回收率也会有一定的影响。
洗脱时放置1 min可达到较好的效果。
(11) 乙醇残留：漂洗液洗涤后应离心尽量去除残留液体，树脂型试剂盒漂洗后应晾干树脂，再加入洗脱缓冲液。
(12) 质粒未全部溶解：洗脱溶解质粒时，可适当加温或延长溶解时间。
2
质粒纯度不高
(1) 混有蛋白质：不要过多使用菌体。
溶液Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ处理并离心后，溶液应为澄清的，如果还混有微小蛋白质悬浮物，可再次离心去除后再进行下一步骤。
(2) 混有RNA：RNase A处理不彻底，请减少菌体用量或加入溶液Ⅲ后室温放置一段时间。
如果溶液Ⅰ已保存6个月以上，要及时向Ⅰ中添加RNase A。
(3) 混有基因组DNA：加入溶液Ⅱ、Ⅲ后应温和混匀，若剧烈震荡，可能把基因组DNA剪切成碎片混在质粒中。
如果加入溶液Ⅱ后过于黏稠，无法温和混匀，请减少菌体用量。
细菌培养不要超过16 h，时间过长会导致细胞和DNA的降解。
(4)溶液Ⅲ加入时间过长：溶液Ⅲ加入后，放置时间不要太长，否则有可能产生小片段DNA 污染。
(5) 宿主菌含大量核酸酶：宿主菌含大量核酸酶，在质粒提取中降解质粒DNA，影响提取质粒DNA的完整性，最好选用不含核酸酶的大肠杆菌宿主菌，例如DH5α和TOP10。
(6) 裂解时间过长：加入溶液Ⅱ后裂解时间不宜超过5 min。
(7) 质粒的二聚体和多聚体形式：是质粒复制过程中形成的，与宿主菌相关，电泳可检测出。
3
质粒浓度的检测
DNA纯度的判断大多根据OD260/OD280的比值检测，符合要求、纯度高的DNA样品其OD260/OD280在1.8-2.0之间，低于此范围表明蛋白质含量超标，高于此范围表明样品中含有RNA。
DNA的纯度也可以根据OD260/OD230的比值判断，OD230主要评估样品中是否存在一些有机污染物，如碳水化合物，多肽，苯酚等。
纯度较高的DNA样品OD260/OD230的比值在2.0-2.5之间，比值小于2.0则表示存在有机物的污染，比如乙醇或者酚类残留。
如果遇到此种情况，可以再沉淀一次，然后重复乙醇洗涤的过程。