Maxquant使用说明

MS/MS m/z
Charge
m/z
Mass
Resolution
Uncalibrated - Calibrated m/z [ppm]
Uncalibrated - Calibrated m/z [Da]
Mass error [ppm]
Mass error [Da]
Uncalibrated mass error [ppm]
包含修饰位点的多肽序列，修饰位点会标记在被修饰的氨基酸前面，修饰方式会以缩写的形式呈现出来，一般情况下，多肽会被下划线标记
Carbamidomethyl (C) Probabilities
半胱氨酸被烷基化的可能性：包含翻译后修饰的多肽可能出现修饰的可能性，其中概率为0—1其中1为最大，该列表示半胱氨酸烷基化的可能性
同上
Use enzyme first search
当有不同的蛋白酶用于设置firstsearch时，标记为“+”
Variable modifications
（翻译为可变修饰）用于多肽鉴定当中的可变修饰
Multi modifications
多重修饰用于鉴定多肽当中
Variable modifications first search
Label free norm param
用于label-free实验当中测定峰强度值的标准因素
Evidence
名称
分隔
描述说明
Sequence
鉴定出来的多肽的序列
Length
保存在sequence框内的序列长度
Modifications
在被鉴定的多肽上的转录后修饰
Modified sequence
Retention time calibration
Match time difference
Match m/z difference
Match q-value
Match score
Number of data points
Number of scans
Number of isotopic peaks
PIF
Fraction of total spectrum
Base peak fraction
PEP
MS/MS count
MS/MS scan number
Score
Delta score
Combinatorics
Intensity
Reverse
Potential contaminant
id
Protein group IDs
被二级质谱（测序）鉴定到的同位素序列的总数量
Isotope Patterns Sequenced (z>1)
被二级质谱（测序）鉴定到的同位素序列的总数量（电荷数>1）
Isotope Patterns Sequenced [%]
被二级质谱（测序）鉴定到的同位素序列的比例
Isotope Patterns Sequenced (z>1) [%]
被二级质谱（测序）鉴定到的同位素序列的比例（电荷数>1）
Isotope Patterns Repeatedly
Sequenced
用串联质谱对同位素重复（超过1次）测序的总数量
Isotope Patterns Repeatedly
Sequenced [%]
用串联质谱对同位素重复（超过1次）测序的比率
Recalibrated
Av. Absolute Mass Deviation [mDa]
被鉴定的多肽和数据库当中的多肽对比后，其检测质量与理论质量偏差的平均值，单位为百万分之一道尔顿
Mass Standard Deviation [mDa]
被鉴定的多肽和数据库当中的多肽对比后，其检测质量与理论质量偏差的标准差，单位为百万分之一道尔顿
在firstsearch当中的可变修饰
Use variable modifications first search
当有不同的可变修饰用于设置firstsearch时，标记为“+”
Requantify
用在鉴定当中的标签的数量（例如同位素标签，这里应该特质同位素标签）的数量
Multiplicity
同上
Oxidation (M) Probabilities
甲硫氨酸氧化的可能性：包含翻译后修饰的多肽可能出现修饰的可能性，其中概率为0—1其中1为最大，该列表示甲硫氨酸氧化的可能性
Carbamidomethyl (C) Score Diffs
通过计算PTM添加到的那个位置以及没有PTM位点之间的差异计算，如果值为负，则说明其修饰的可能性近乎没有
Uncalibrated mass error [Da]
Max intensity m/z 0
Retention time
Retention length
Calibrated retention time
Calibrated retention time start
Calibrated retention time finish
MS/MS identified (ISO) [%]
被鉴定到的串联质谱的比例，这里检测的是作为同位素模式的母离子被检测。
MS/MS identified (PEAK) [%]
被鉴定到的串联质谱的比例，这里检测的是作为单个峰（singlepeak，这里的单个峰的意思应该是没有同位素峰）的母离子被检测。
时间依赖性的再校准：当出现该校准时，数据框内标记为“+”，时间依赖性的校准用于提高数据的质量
MS
在原始数据当中的MS1记录的数据量
MS/MS
在原始数据当中的MS2记录的数据量
MS3
在原始数据当中的MS3记录的数据量
MS/MS submitted
用于软件分析的串联的MS的数量
MS/MS submitted (SIL)
Peptide Sequences Identified
通过记录在二级质谱上的谱图而鉴定出来的氨基酸序列的多肽的总数量
Peaks
被检测到的MS1(full scans)的总数量
Peaks Sequenced
通过MS2测出氨基酸序列的多肽的总数量
Peaks Sequenced [%]
通过MS2测出氨基酸序列的多肽的比例（这里指的应该是串联质谱鉴定到的多肽的数量与MS1鉴定到的数量之比）
MS/MS identified
鉴定到的串联质谱数的总数量
MS/MS identified (SIL)
鉴定到的串联质谱数的总数量，这里检测的是作为标记簇（重标组，labelingcluster）的母离子被检测。
MS/MS identified (ISO)
鉴定到的串联质谱数的总数量，这里检测的是作为同位素模式的母离子被检测。
Max. missed cleavages
允许最大的漏切数量
Labels0
用于标签实验当中的标签，其中，0为轻标，1为中标，2为重标
LC-MS run type
LC-MS运行的模式，当用于数据依赖性的传统的鸟枪法来做蛋白质组学时，设置为“standard”（标准模式）
Time-dependent recalibration
Oxidation (M) Score Diffs
通过计算PTM添加到的那个位置以及没有PTM位点之间的差异计算，如果值为负，则说明其修饰的可能性近乎没有
Acetyl (Protein N-term)
发生在蛋白质N末端的乙酰化的数量
Carbamidomethyl (C)
发生在半胱氨酸上的烷基化修饰的数量
MS/MS identified (PEAK)
鉴定到的串联质谱数的总数量，这里检测的是作为单个峰（singlepeak，这里的单个峰的意思应该是没有同位素峰）的母离子被检测。
MS/MS identified [%]
被鉴定到的串联质谱的比例
MS/MS identified (SIL) [%]
被鉴定到的串联质谱的比例，这里检测的是作为标记簇（重标组，labelingcluster）的母离子被检测。
重新校准：当原始数据当中的质量被重新校准时，会在该框下显示“+”
Av. Absolute Mass Deviation [ppm]
被鉴定的多肽和数据库当中的多肽对比后，其检测质量与理论质量偏差的平均值，单位为百万分之一
Mass Standard Deviation [ppm]
被鉴定的多肽和数据库当中的多肽对比后，其检测质量与理论质量偏差的标准差，单位为百万分之一
Summary
该总结文件包含了所有在Maxquant运行当中所有原始数据文件wfile
原始数据的处理加工
Enzyme
用于消化蛋白样品的蛋白水解酶
Enzymemode
同上
Enzymefirst search
用于firstsearch的蛋白水解酶
Enzyme mode first search
用于软件分析的串联的MS的数量，这里检测的是作为标记簇（重标组，labelingcluster）的母离子被检测。
MS/MS submitted (ISO)
用于软件分析的串联的MS的数量，这里检测的是作为同位素模式的母离子被检测。
MS/MS submitted (PEAK)
用于软件分析的串联的MS的数量，这里检测的是作为单个峰（singlepeak，这里的单个峰的意思应该是没有同位素峰）的母离子被检测。
Peaks Repeatedly Sequenced
在二级质谱当中被重复鉴定的次数（超过1次）
Peaks Repeatedly Sequenced [%]