层次贝叶斯模型-空间分析
贝叶斯方法

贝叶斯公式
贝叶斯公式是建立在条件概率的基础上寻找 事件发生的原因(即大事件A已经发生的条 件下,分割中的小事件Bi的概率)。
设B1,B2,...是样本空间Ω的一个划分,则对 任一事件A(P(A)>0),有
贝叶斯公式
Bi 常被视为导致试验结果A发生的“原因” ,P(Bi)(i=1,2,...)表示各种原因发生的可 能性大小,故称先验概率; P(Bi|A)(i=1,2...)则反映当试验产生了结 果A之后,再对各种原因概率的新认识,故 称后验概率。估计
贝叶斯理论基本介绍 马尔科夫蒙特卡洛模拟
OpenBUGS和GeoBUGS软件介绍 演示和练习
CAR模型 BYM模型
贝叶斯参数估计
在频率派看来,参数是客观存在的固定常数, 统计的任务之一是估计这些参数,包括点估 计和区间估计。
反映在给定参数 情况下我们对x的信念。
当得到数据 X1, X2,…Xn 后,我们更新我们的信念并 且计算后验分布。
从后验分布中得到点估计和区间估计。
先验分布和后验分布
先验分布
贝叶斯学派的根本观点,是认为在关于总体分布参 数 θ的任何统计推断问题中,除了使用样本所提供 的信息外,还必须规定一个先验分布,它是在进行 统计推断时不可缺少的一个要素。
条件自相关模型
V[i ]~ N(0, 1/σ2v )
U[i ](neigh) CAR
tau.u ~ gamma(0.5, 0.0005) tau.v ~ gamma(0.5, 0.0005)
Conditional AutoRegressive model
条件自相关模型(CAR)-Normal
ui
根据马氏链收敛定理,当步长n足够大时, 一个非周期且任意状态联通的马氏链可以收 敛到一个平稳分布π(θ)。
基于层次贝叶斯时空模型的空间多尺度联合分析模型的构建及应用研究

式 中, 下 标 数 字 1表 示 嵌 套 于 较 大 的 空 间 尺 度
2 ( 如地市) 下的较小的空间尺度 ( 如区县 ) , 分别简称
水 平 1和水 平 2 ; 0 捌表示水 平 1 第i 个 区域 第 t 年 的相 对 危 险度 , 汜表示 水平 2第‘ , 个 区域第 t 年 的相 对危 险 度; o l 。 和o t 2 0 为分 别为 水平 1 和水 平 2的截距 ; A 和 A
效应 ; 和6 汜分别为水平 1 和水平 2的时空交互效
应; 占 汜为水 平 2作用 于水 平 1的时 空交 互效 应 , 汜 =
U j +v 汜 和1 , 汜分别 为水 平 2作 用 于水平 1的随时
i ∈ i i E J i ∈ i i E J
两个 空 间尺度 下 , 首 次构 建 了基 于 层 次 贝 叶斯 时 空模
中 国卫 生 统 计 2 0 1 3年 4月 第 3 0卷 第 2期
・
1 9 9・
基 于层 次 贝 叶斯 时空 模 型 的 空 间 多 尺 度 联 合 分 析 模 型 的构建 及 应 用 研 究
张俊 辉 冯子健 。 杨 超 朱彩 蓉 李 晓松 马 家奇
【 提 要】 目的 在地 市和区县两个尺度下 , 构建 基于层次 贝叶斯 时空模型 的空间多尺度联 合分析模 型 , 并探 讨该 模 型是 否优 于单 独分析模 型。方法 在地市和 区县两个 尺度下 , 根据我 国北方 6省 ( 包 括 内蒙古 、 山西 、 黑龙江 、 河北 、 吉 林、 辽宁 ) 的布鲁 氏菌病发病数 据 , 构建基 于层次 贝叶斯 时空模型 的空间多尺度 联合分 析模型 , 并与单 独分 析的结果进 行
考虑空间自相关的贝叶斯事故预测模型

面 反 映路 网特 征 、 交 通 特 征 与交 通 安 全 之 间 关 系 的
定量 研究 在我 国几乎 没有 展 开.
本文 基 于美 国佛 罗 里达 州 Hi l l s b o r o u g h县 的数 据进 行 区域安 全建模 研究 . 基 于 安 全 同质 性 原 则 , 将 该县 重新 划分 为不 同数 量规 模 的交 通 安全 分 析 小 区
第4 1卷第 9 期
2 0 1 3年 9月
同 济 大 学 学 报( 自 然 科 学 版)
J O U R N A L O F T O N G J I U N I v E R S I T Y ( N删 R A L S C I E N C E )
Vo1 . 4 1 No. 9 O p.2 S 0 1 3
流程考虑交通安全 , 文献E 8 3 探讨 了城市总体规划 和
土地 规 划 中影 响 因素 的安 全 效应 . 而从 区 域宏 观层
e s t i ma t i o n o f f a c t o r e f f e c t s .Re s u l t s s h o w t h a t c o mp a r e d wi t h t h e t r a d i t i o n a 1 P o i s s o n mo d e l a n d P o i s s o n . 1 o g n o r ma l mo d e 1 , t h e Ba y e s i a n s p a t i a l mo d e l h a s a et b t e r mo d e l — f i t t i n g; t h e g r e a t e r t h e t o t a l z o n e n u mb e r i s ,t he h i g h e r he t s p a t i a l e f f e c t s a r e ;t h e f a c t o r e s t i ma t e s a r e r o b u s t g i v e n a s p e c i f i c z o n i n g
空间分析知识点总结

空间分析知识点总结一、概述空间分析是地理信息系统(GIS)中的一个重要领域,它旨在对数据进行空间分析和空间建模,以揭示地理现象之间的空间关系和模式。
空间分析的核心思想是地理现象具有空间相关性,即地理现象在空间上是有规律可循的。
因此,通过空间分析可以帮助我们更好地理解地理现象的分布、变化和关联,以及预测未来的发展趋势。
本文将就空间分析的相关知识点进行总结和梳理。
二、空间数据1. 空间数据类型空间数据可以分为矢量数据和栅格数据两种类型。
矢量数据是以点、线、面等基本要素来表示地理现象的数据类型,适合表示地理要素的几何形状和拓扑关系;栅格数据则是以二维网格的形式来表示地理现象的数据类型,适合表示地理现象的连续分布。
2. 空间数据结构常见的空间数据结构包括点、线、面和多点、多线、多面等复合结构。
这些数据结构都具有特定的几何表示形式和空间拓扑关系,能够准确地描述地理现象的形状和空间位置。
三、空间分析方法1. 空间关联分析空间关联分析是研究地理现象之间的空间相关性和依存性的方法,主要包括空间自相关分析、地理加权回归分析等。
通过空间关联分析,可以揭示地理现象的空间分布规律和相互影响关系,为我们理解地理现象提供重要参考。
2. 空间插值分析空间插值分析是一种通过已知的点数据来推断未知位置上的数值的方法,主要包括反距离加权插值、克里金插值、样条插值等。
通过空间插值分析,我们可以根据局部观测值推断整个区域的数值变化情况,从而对地理现象的空间分布进行预测和模拟。
3. 空间统计分析空间统计分析是一种基于空间数据进行统计分析的方法,主要包括空间集聚度、空间自回归、空间平滑等。
通过空间统计分析,可以揭示地理现象的空间分布规律和空间关联性,为我们理解地理现象的空间变化提供重要依据。
4. 空间网络分析空间网络分析是一种基于网络结构进行空间分析的方法,主要包括路径分析、服务区分析、网络优化等。
通过空间网络分析,可以解决路径规划、物流配送、交通规划等实际问题,为我们优化空间配置提供重要参考。
贝叶斯公式及其在反问题中的应用

贝叶斯公式及其在反问题中的应用1.1 反问题背景有这样一个“盲人听鼓”的问题:蒙上一个人的双眼,让他听鼓的敲击声音来判断这个鼓的形状大小,可能吗?生活经验告诉我们,这也许是可能的。
如果一个鼓的形状大小确定了之后,那么它的声音也就随之确定了;如果已知一个鼓的声音,那么能不能反过来确定这个鼓的形状和大小呢?这便是反问题所要研究的范畴。
以上这个问题最早是由荷兰物理学家Lorentz 1以射线理论为背景在1910年提出来的。
我们知道,一个鼓的音色可以由它的固有频率λ来确定,各种鼓的音色综合起来就构成了一串频率谱ΛΛ≤≤≤≤n 21λλλ。
“盲人听鼓”这个问题就是想要通过鼓发出的声音的频率λ来反推鼓的形状和大小等具体情况。
经过数学家们一个多世纪的研究发现:根据鼓声,人们确实能得到一些关于鼓的形状的信息并给出了相应的计算公式。
例如,鼓的面积S 可以通过小于λ的谱数)(N λ来确定:λλπλ)(lim 2N S ∞→=.但是,这个问题是直到1992年才得到真正解决的。
科学家们构造出了两个音色相同,但是形状不同的鼓,从而证明了人们不能仅由鼓的音色就准确判断出鼓的形状和大小,即“盲人听鼓”这个反问题是没有唯一解的。
这个经典的问题反映出反问题研究中一个基本的困难,即反问题的不适定性。
目前,由于计算机技术的迅猛发展,反问题的研究也突飞猛进,它已成为包含物理学、生物化学、经济学等一系列学科的多学科交叉领域。
但是,反问题的研究仍然面临着许多难点,比如上面提到的不适定性。
对于反问题的求解,确定性正则化方法已经趋于完善,贝叶斯正则化方法则正处于起步阶段,所以,本文主要讨论了反问题及其贝叶斯求解方法。
1.2 反问题的定义下面我们从数学的角度来理解反问题的定义。
定义1.2.1(Banach 空间)如果赋范线性空间的度量空间是完备的,即任何柯西列在其中都收敛,则称这个赋范线性空间为Banach 空间。
记X 和Y 为两个Banach 空间,分别称X 为“输入空间”,Y 为“输出空间”,假定有一个算子F :Y X F →:将“输入空间X ”映射到“输出空间Y ”,即Y y Fx ∈=,则由给定的输出Y y ∈来确定输入X x ∈或者算子F 的问题就构成一个反问题。
统计学研究中的贝叶斯分析方法

统计学研究中的贝叶斯分析方法统计学是一门研究数据收集、分析和解释的学科。
在统计学中,贝叶斯分析方法是一种重要的统计推断方法,它基于贝叶斯概率理论,通过先验知识和实证数据来更新对未知参数的推断。
贝叶斯分析方法在各个领域中广泛应用,包括医学、经济学、生态学等。
在传统的统计学中,我们通常使用频率学派方法来进行统计推断。
频率学派方法主要依赖于大样本理论,通过观察到的数据来推断参数的真实值。
但是在实际中,样本往往是有限的,这就带来了一定的不确定性。
而贝叶斯分析方法可以在不完全信息下提供更精确的推断结果。
贝叶斯分析方法的一个重要概念是贝叶斯定理,即后验概率等于似然函数与先验概率的乘积除以边缘似然函数。
这个定理的核心思想是在观察到数据之后,我们可以通过将之前的知识和观察到的数据结合起来来更新对未知参数的推断。
贝叶斯分析方法的另一个关键概念是先验分布和后验分布。
先验分布是对未知参数的预先假设分布,它反映了我们对未知参数的先前知识或信念。
而后验分布则是在观察到数据后,根据贝叶斯定理计算得到的未知参数的概率分布。
通过后验分布,我们可以得到对未知参数的点估计、区间估计和预测。
贝叶斯分析方法的优点在于它能够利用先验信息来提供更准确的推断结果。
这在小样本情况下特别有用,因为先验信息可以帮助我们更好地缩小参数空间,减少不确定性。
而传统的频率学派方法在小样本情况下通常会产生较大的不确定性。
贝叶斯分析方法也可以应用于模型比较和选择。
在贝叶斯框架中,我们可以使用贝叶斯因子或边际似然来比较不同的模型。
这样我们可以选择最优的模型,从而提供最准确的预测和解释。
贝叶斯分析方法还可以与其他统计方法结合使用,如蒙特卡洛方法和马尔可夫链蒙特卡洛方法。
蒙特卡洛方法通过模拟伪随机数来近似计算复杂的概率积分,从而得到未知参数的分布。
而马尔可夫链蒙特卡洛方法则通过构建一个马尔可夫链,从而生成服从未知参数分布的样本。
这些方法可以帮助我们更好地处理高维参数空间和复杂的模型。
生物信息学中的多组学数据分析方法介绍

生物信息学中的多组学数据分析方法介绍随着高通量测序技术的快速发展,生物学家们可以获得大量的基因组、转录组、蛋白质组和代谢组等多组学数据。
这些多组学数据的分析对于揭示生物体内复杂的分子网络以及研究疾病发生机制具有重要意义。
为了更好地挖掘这些数据中的信息,生物信息学领域发展了一系列多组学数据分析方法。
本文将介绍几种常见的多组学数据分析方法,并探讨其在生物信息学中的应用。
1. 差异分析方法差异分析方法是多组学数据分析中最常用的方法之一,用于发现多组学数据中的差异性。
这些方法可以用于基因表达差异分析 (DEG)、蛋白质表达差异分析 (DAP)、代谢物差异分析(DMA) 等。
其中,最常用的差异分析方法之一是表达差异分析 (Differential Expression Analysis)。
该方法通过比较不同条件和组间的基因或蛋白质表达水平,筛选出差异表达的基因或蛋白质。
常用的差异分析方法有t检验、方差分析(ANOVA)、贝叶斯模型等。
2. 聚类分析方法聚类分析方法可以将多组学数据中的样本或基因按照相似性进行聚类,从而揭示它们之间的关系。
聚类方法常用的有层次聚类、K-means聚类和模糊聚类等。
层次聚类将样本或基因分为树状结构,通过计算样本或基因间的相似性确定最佳的聚类结果。
K-means聚类方法将样本或基因划分为固定的簇数,通过迭代计算寻找最佳的聚类结果。
而模糊聚类方法则是基于样本或基因隶属于不同聚类中心的程度进行分类。
3. 功能富集分析方法功能富集分析方法是将差异表达基因或蛋白质映射到功能注释数据库,以确定富集在特定功能类别或通路中的基因或蛋白质。
这些功能注释数据库包括Gene Ontology (GO)、Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG)等。
功能富集分析方法可帮助我们了解差异表达基因或蛋白质的生物学功能,并通过富集分析结果进一步推断其可能的疾病机制。
贝叶斯优化的bpnn模型python代码-概述说明以及解释

贝叶斯优化的bpnn模型python代码-概述说明以及解释1.引言1.1 概述在这个部分,你可以描述贝叶斯优化和BP神经网络模型的基本概念和背景。
可以简要介绍贝叶斯优化是一种基于概率和贝叶斯理论的优化方法,用于在给定的限制条件下寻找最优解。
同时也可以介绍BP神经网络是一种常用的人工神经网络模型,用于解决分类和回归等问题。
你可以讨论贝叶斯优化和BP神经网络在不同领域的应用,以及它们之间结合起来的潜在优势。
可以指出这种结合可以帮助优化神经网络的超参数,提高训练效率和准确性。
最后,可以强调本文旨在探讨如何使用贝叶斯优化优化BP神经网络的参数,以提高其性能和应用范围。
1.2文章结构1.2 文章结构本文主要分为引言、正文和结论三部分。
具体结构安排如下:引言部分将会首先概述贝叶斯优化和BP神经网络,并介绍本文的研究目的。
正文部分主要分为三个小节。
首先是贝叶斯优化简介,介绍这一优化方法的原理和应用场景;接着是BP神经网络模型概述,解释BP神经网络的基本原理和结构;最后是结合贝叶斯优化和BP神经网络的优势,探讨将两者结合应用的好处和可行性。
结论部分将总结贝叶斯优化在BP神经网络中的应用情况,展望未来研究方向,并对整个文章进行总结概括。
1.3 目的:本文旨在探讨贝叶斯优化在BP神经网络中的应用,并分析结合两者的优势。
通过对贝叶斯优化和BP神经网络的简介,以及它们各自的优势进行论述,旨在为读者提供一个全面的了解和认识。
同时,本文也将总结贝叶斯优化在BP神经网络中的实际应用和未来研究方向,为相关领域的研究者和从业者提供参考和启发。
通过本文的阐述,希望能够为贝叶斯优化和BP神经网络的进一步研究和应用提供一定的指导和帮助。
2.正文2.1 贝叶斯优化简介:贝叶斯优化是一种通过在可能的目标函数空间中建立高斯过程来优化目标函数的方法。
其主要思想是在探索和利用之间进行权衡,通过不断地试验目标函数来找到最优解。
贝叶斯优化通常用于处理黑箱函数,即目标函数的具体形式未知,只能通过输入输出的对应关系进行观测。
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1.1 层次贝叶斯模型
经典的推断分析模型、空间回归模型、空间面板模型有一个共同的特点:这些模型的求解完全依赖所采集的样本信息。
然而,在业务实践中,在收集样本之前,研究者往往会对研究对象的变化或分布规律有一定的认识。
这些认识或是来自长期积累的经验,也可能来自合理的假设。
由于这些认识没有经过样本的检验,所以我们可以称之为先验知识。
比如我们要研究某地某疾病月发病人数的概率分布。
即使没有进行统计调查,我们根据一些定理和合理假设,也可以知道发病数服从泊松分布。
甚至根据医院日常接诊的经验,可以推算出发病人数大概在哪个区间。
这种情况下,对于发病人数分布形态和大致区间的认识,属于先验知识。
先验知识对我们探索研究对象的变化规律会有很大的帮助。
而经典的推断分析模型、空间回归模型、空间面板模型都没有利用先验知识,导致了信息利用的不充分。
而本节所要谈到的层次贝叶斯模型,会结合先验知识和样本信息,对数据进行推断分析。
由于层次贝叶斯模型能有效利用先验知识和样本信息,因此可以提高推断的准确度或降低抽样的成本。
(1)贝叶斯统计原理简介
在介绍层次贝叶斯模型之前,有必要首先简单阐述一下贝叶斯统计的基本原理。
贝叶斯统计的基础是贝叶斯定理:
(|)()
(|)()P B A P A P A B P B = (1)
其中: ()P A 是事件A 的先验概率(例如,某专家通过经验或之前的研究得出乙肝发病率为10%,这就是一个先验概率),()P B 是事件B 发生的概率,且()0P B ≠,(|)P A B 是给出事件B 后事件A 的后验概率。
(|)/()P B A P B 是事件A 发生对事件B 的支持程度,即似然函数。
对(|)/()P B A P B 可以有如下的理解:设(|)/()P B A P B n =,则在事件A 发生的条件下,事件B 发生的概率是不知A 是否发生的条件下的n 倍。
使用贝叶斯方法的一个重要目的,就在于得出随机变量的概率分布及各因素对分布的影响。
要实现这一目的,首先按如下公式进行参数反演:
(|)(|)()f D Cf D f θθθ= (2)
其中,θ是待估参数,D 为观测数据()f θ为θ的先验概率密度函数,(|)f D θ为已知数据D 时,参数θ的似然函数,C 为归一化常数。
(|)f D θ是参数θ的后验概率密度函数。
通过(|)f D θ可以分析因素对参数分布的影响。
例1:设~(,1)X N θ,通过某批样本的样本信息和先验信息,得出:~(13,1)N t θ+。
其中t 是时间。
那么~(13,1)N t θ+就反映了时间对X 的某种影响规律,比如从期望意义上说,时间没推进一个单位,X 就要增长3个单位。
式(2)反映出贝叶斯统计的一个重要特征,即分布的参数不再是固定值,而是随机变量,服从某种分布。
得出(|D)f θ后,便可以根据如下公式得出随机变量X 的密度函数()X f x :
()(|)(|)X X f x f D p x d θθθθ∈Θ=⎰ (3)
其中,(|)X p x θ为θ给定的条件下X 的概率密度函数,Θ为参数空间。
例2:承接例1,当0t =时,有:
2
(1)(|)]
2f D θθ-=- (4) 2
()(|)]
2X x p x θθ-=- (5) ()(|)(|)X X f x f D p x d θθθ+∞
-∞
=⎰ (6) 注意:θ未必是一维的数,有可能是多维的参数向量。
比如若将例1中的X
的分布改为:2~(,)X N μσ,则参数向量(,)θμσ=。
当待研究总体可以分为互相存在异质性的多个子总体时,就可以构建层次贝叶斯模型,对变量在更高层次上的统计特征进行描述。
在层次贝叶斯模型中,一个参数的先验分布也包含着待估参数,这样的参数被称为超参数。
比如,在例1中,若θ的先验分布中没有待估参数(比如~(0,10)U θ),则模型中没有超参数,模型为非层次的贝叶斯模型。
若θ的先验分布中有待估参数,比如~(,)U a b θ,则a ,b 为超参数,模型为层次贝叶斯模型。
对于不同的子总体,其参数θ的先
验分布类型可以是相同的,并用超参数描述。
但每个子总体的参数的分布参数未必相同,需要结合样本信息进行估计。
(2)层次贝叶斯模型的构造与举例
在时空数据中,每个时空子集内的子总体,可能有着各自不同的统计特征,并且各子总体之间还可能存在着相关性。
这时可以通过层次贝叶斯模型分析待研究总体的统计特征和变化规律。
层次贝叶斯模型是一种特殊的层次贝叶斯模型,这种模型考虑了数据在空间或时间(或两者兼有)上的相关性和异质性。
层次贝叶斯模型的一个基本架构如下:
()A it i t it B ϕθαδ=+++ (7)
其中,i 为空间标记,t 为时间标记,it θ为空间中i 处,t 时刻的待估参数值,ϕ为某种变换(如恒等变换或对数变换),α为截距项。
i i i A u v =+,描述空间效应,其中i u 为空间相关性,i v 为空间异质性。
t B 为时间效应,也可以分为相关性t r 和异质性两部分t s ,即t t t B r s =+。
it δ为时空交互效应。
当有些效应不明显时,可以在模型中排除相应的项。
在这一基本模型之上,还可以考虑不同时空尺度的影响,以及其他协变量的影响。
在模型中的诸项,都需要为其指定先验分布。
先验分布的指定,依赖于已知的信息和各种模型。
例3:一个简单的层次贝叶斯模型。
设i Z 是某地区i 患有某种疾病的人数。
i Z 的先验分布是参数为i λ的泊松分布。
其中i i i E r λ=,i E 为地区i 总人口期望值,i r 为地区i 该种疾病的发生率。
i r 的先验分布为对数正态分布,参数为i μ和2i σ,即2ln ~(,)i i i r N μσ。
构建层次贝叶斯模型:
lnr i i i u v α=++ (8)
其中,α为截距项,先验分布为(0,1)U 。
i v 描述空间相关性。
其先验分布指定如下:
2~(0,)i u N κ (9)
21
1
1|~(,
)n ij j
j i j n n ij ij
j j w u u u N w w κ===∑∑∑ (10) 其中,ij w 为空间权重矩阵因子。
这里使用了条件自回归(Conditional Auto Regressive ,CAR )模型。
i v 描述空间异质性,先验分布为2(0,)N σ。
21/κ,21/σ的先验分布都是(0.001,0.001)Gamma 。
例4:具有不同空间尺度的层次贝叶斯模型。
设:
11~()it it X Poisson θ,22~()jt jt X Poisson θ
其中,i ,j 为地点标记,t 为时间标记,下标1表示较小的空间尺度(如区县),简称水平1。
下标2表示较大的空间尺度(如地市),简称水平2。
两种不同的空间尺度之间存在嵌套关系,即对于任意区域i ,总存在区域j ,使i 是j 的一部分。
构建层次贝叶斯模型:
1112112ln it i j t it jt i j i j
A A
B θαδδ∈∈=+++++ (11)
22222ln jt j t jt A B θαδ=+++ (12)
其中,1α和2α为截距项,1i A 和2j A 分别是水平1和水平2的空间效应。
111i i i A u v =+,222j j j A u v =+。
1i u 和2j u 分别是水平1和水平2的空间相关性,1i v 和2j v 分别是水平1和水平2的空间的空间异质性。
2j i j
A ∈是水平2作用在水平1
上的空间背景效应。
222j j j i j i j i j A u v ∈∈∈=+,2j i j u ∈和2j i j
v ∈分别是水平2作用在水平1上的空
间相关性和空间异质性。
1t B 和2t B 分别是水平1和水平2的时间效应。
1it δ和2jt δ分别是水平1和水平2上的时空交互效应。
222jt jt jt i j i j i j u u δ∈∈∈=+,2jt i j u ∈和2jt i j
u ∈分别是水
平2作用于水平1的随时间变化的空间相关性和异质性。
各变量的的先验分布如下:
空间相关性和时空交互项的先验分布:。