实用生物信息技术课程第3次作业UniProt数据库高级检索及数据条目
生物信息学 第三章 生物信息数据库及其信息检索 ppt课件
核酸序列数据库 GenBank（ ） EMBL（ ） DDBJ （ ） 三个数据库每天互相交换数据 GenBank可通过NCBI的检索系统Entrez获取， Entrez集成来自主要DNA和蛋白
序列数据库的数据，包括物种、基因组、定位、蛋白结构和结构域等信息 其他各种专业核酸数据库 A.非冗余参考序列数据库RefSeq B.密码子使用数据库Codon Usage Database CUTG C.基因可变剪接数据库ASDB D.转录因子数据库TRANSFAC
生物信息学数 据库类型
序列数据库 结构数据库 功能数据库 其ws、Linux或 Mac等操作系统
肤浅的百姓工具
一、序列数据库
主要收录核酸和蛋白质序列的数据库，包括由基因组计划产生的基因组及其表达 序列，由基因组序列所推测的编码和非编码核酸和蛋白质序列，以及个别生物 学实验中测序获得的核酸和蛋白质序列。
生物信息学 第三章 生物信息数据库 及其信息检索
第三章 生物信息数据库及其信息检索
本章主要内容
▪ 生物信息学数据库类型 ▪ 序列数据库 ▪ 结构数据库 ▪ 功能数据库 ▪ 其它专业数据库
▪ 生物信息学数据库的检索 ▪ 检索方法概述 ▪ 检索实践和案例
生物信息学数据库的地位和作用
经典生物医学实验
elegans
Borrelia burgorferi
Plasmodium falciparum
Borrelia burgorferi
Aquifex aeolicus
Neisseria meningitidis Z2491
Mycobacteriu m tuberculosis
Genome sizes in nucleotide pairs (base-pairs)
uniprot 数据库格式介绍
一、Uniprot 数据库简介Uniprot 数据库是一个重要的蛋白质序列数据库，提供了丰富的蛋白质及其功能信息。
Uniprot 数据库由三个不同的部分组成，分别是UniprotKB、Uniparc 和Uniref。
UniprotKB 是最为广泛应用的部分，包含了蛋白质的序列及其相关的注释信息。
Uniparc 是一个备份数据库，存储了由不同来源提供的蛋白质序列。
Uniref 则是对UniprotKB 中的相似蛋白进行了聚类和注释，提供了更加全面和详细的信息。
二、Uniprot 数据库的格式介绍1. UniprotIDUniprotID 是Uniprot 数据库中用来唯一标识一个蛋白质的一组字母和数字。
每一个UniprotID 对应着一个蛋白质的基本信息和功能注释。
用户可以通过UniprotID 来快速查找感兴趣的蛋白质，获取其相关信息。
2. Entry nameEntry name 是Uniprot 数据库中的另一种标识蛋白质的方式。
每一个Entry name 对应着一个蛋白质的通用名，方便用户进行简单的查询和浏览。
3. Protein nameProtein name 是Uniprot 数据库中对蛋白质的命名，包括了其组成成分和功能。
Protein name 的格式通常是由多个部分组成，包括了蛋白质的家族、亚家族、结构域和功能等信息。
4. Gene namesGene names 是Uniprot 数据库中记录的蛋白质对应的基因名称。
每一个蛋白质都可以由一个或多个基因进行编码，因此在Uniprot 数据库中也会提供蛋白质对应的基因名称。
5. OrganismOrganism 记录了蛋白质来源的生物种属信息。
在Uniprot 数据库中，蛋白质来源于不同的生物种类，因此Organism 字段可以帮助用户区分不同来源的蛋白质。
6. SequenceSequence 是Uniprot 数据库中记录蛋白质序列的部分。
uniprot数据库名词解释
uniprot数据库名词解释
uniprot数据库名词解释形式可以采用以下方式进行：
1. 通俗易懂的形式，用简单易懂的语言解释名词的意义。
例如：UniProt数据库是一个全球公认的蛋白质信息库，包括大量蛋白质的序列、结构、功能等信息。
2. 专业术语表达形式，使用专业术语解释名词的含义。
例如：Uniprot数据库是一种生物信息学数据库，为研究人员提供了蛋白质序列、组成、功能及相互作用等信息。
3. 举例说明形式，通过实际案例展示名词所代表的含义。
例如：Uniprot数据库中包括了各种生物物种的蛋白质信息，例如P53蛋白等。
总的来说，uniprot数据库名词解释形式需要简明扼要，准确清晰，便于读者理解。
Uniprot数据库介绍及信息检索下载指南
UniProt数据库一、UniProt数据库简介蛋白质组常用数据库——UniProt数据库，是信息最丰富、资源最广的蛋白质数据库。
它由Swiss-Prot、TrEMBL 和PIR-PSD三大数据库的数据整合而成，数据主要来自于基因组测序项目完成后，后续获得的蛋白质序列，并包含了大量来自文献的蛋白质生物功能的信息。
一般蛋白质组搜库首选数据库也是UniProt，所以对于通过UniProt库搜库的组学数据，可以在此网站中进行蛋白功能查询。
UniProt数据库可以提供的信息包括蛋白功能描述、GO条目、细胞定位、组织特异性表达情况、生理病理情况描述、互作蛋白、Domain、翻译后修饰位点等信息。
蛋白的信息描述段落均会标出引用文章，并且可以跳转到PubMed界面进行浏览。
UniProt 数据库由UniProt 知识库（UniProtKB ）、UniProt 档案（UniParc ）、UniProt 参考资料库（UniRef）以及UniProt元基因组学与环境微生物序列数据库（UniMES）构成。
UniProtKB全称 UniProt Knowledgebase（UniProt知识库）它是经过专家校验的数据集，主要由两部分组成：UniProtKB/Swiss-Prot (包含检查过的、手工注释的条目) 和 UniProtKB/TrEMBL (包含未校验的、自动注释的条目)。
Swiss-Prot 数据库特点高质量的、手工注释的、非冗余的数据集；主要来自文献中的研究成果和E-value校验过计算分析结果。
有质量保证的数据才被加入该数据库！TrEMBL数据集包含高质量的计算分析结果，一般都在自动注释中富集，主要应对基因组项目获得的大量数据流以人工校验在时间上和人力上的不足。
它能注释所有可用的蛋白序列。
在三大核酸数据库（EMBL-Bank/GenBank/DDBJ）中注释的编码序列都被自动翻译并加入该数据库中。
它也有来自PDB数据库的序列，以及Ensembl、Refeq和CCDS基因预测的序列。
uniprot使用方法
uniprot使用方法一、什么是UniProt？UniProt（Universal Protein Resource）是一个全球性的蛋白质数据库，致力于提供蛋白质序列、结构、功能和概述相关信息的公共资源。
UniProt 由三个组件组成：UniProtKB、UniRef和UniParc。
其中，UniProtKB是最主要的组件，它包含了三个子数据库：Swiss-Prot、TrEMBL和PROSITE。
1. Swiss-Prot：Swiss-Prot是一个经过人工注释和校正的蛋白质序列数据库，提供了详细的蛋白质功能和注释信息。
2. TrEMBL：TrEMBL是一个基于计算的蛋白质序列数据库，它包含了从未经过详细注释的Swiss-Prot数据集中的序列。
这些序列待进一步注释和校正后会被转移到Swiss-Prot数据库中。
3. PROSITE：PROSITE是一个用于识别蛋白质序列中保守结构域和模体的数据库。
它提供了一系列的蛋白质域和模体的特征模式和描述。
UniRef是一个聚类蛋白质序列数据库，用于提高蛋白质注释效率，减少重复注释。
UniParc是一个蛋白质数据库，用于记录已知和未知蛋白质序列的标识符。
二、使用UniProt的步骤使用UniProt数据库可以帮助研究者快速获取蛋白质信息，查找已知蛋白质、发现新的蛋白质序列和结构等。
以下是使用UniProt的步骤：1. 访问UniProt官方网站，地址为2. 在搜索框中输入要查询的蛋白质名称、序列或标识符等关键词，并选择搜索类型。
3. 点击“搜索”按钮进行搜索。
4. UniProt将会显示与搜索关键词相关的蛋白质信息列表。
用户可以根据需求筛选蛋白质数据库（如Swiss-Prot或TrEMBL）或其他过滤条件，以缩小搜索范围。
5. 点击感兴趣的蛋白质条目，将显示该蛋白质的详细信息页面。
用户可以阅读蛋白质的注释信息、功能描述、序列特征、结构域、文献引用等内容。
6. 若需要进一步了解蛋白质的结构、亚细胞定位等信息，用户可以点击相关链接或标签，以跳转到其他相关数据库或工具。
生物信息学实训报告总结
一、实训背景随着生命科学和信息技术的飞速发展，生物信息学作为一门新兴的交叉学科，越来越受到广泛关注。
为了提高我们对生物信息学理论知识的理解和实际应用能力，学校组织了为期两周的生物信息学实训课程。
本次实训旨在通过实践操作，使我们掌握生物信息学的基本原理、方法和工具，提高我们的科研素养和团队协作能力。
二、实训内容本次实训主要围绕以下几个方面展开：1. 生物信息学基础理论实训期间，我们学习了生物信息学的基本概念、发展历程、研究方法和应用领域。
通过讲解和讨论，我们对生物信息学有了更为全面和深入的了解。
2. 生物信息学工具使用实训过程中，我们学习了多种生物信息学工具的使用，如BLAST、Clustal Omega、MAFFT、MEGA等。
这些工具在生物序列比对、基因预测、蛋白质结构分析等方面发挥着重要作用。
3. 生物信息学数据库查询实训中，我们学会了如何使用NCBI、GenBank、UniProt等生物信息学数据库进行查询。
通过查询，我们可以获取大量的生物学数据，为后续研究提供有力支持。
4. 生物信息学项目实践实训期间，我们以小组为单位，完成了两个生物信息学项目。
项目一：利用BLAST进行基因序列比对，分析基因的功能和进化关系；项目二：利用MEGA进行系统发育分析，探讨物种间的进化历程。
三、实训收获1. 理论知识与实践相结合通过本次实训，我们深刻体会到理论知识与实践操作的重要性。
在实训过程中，我们不仅学习了生物信息学的基本理论，还掌握了多种实用工具和方法，为今后的学习和研究打下了坚实基础。
2. 提高科研素养实训过程中，我们学会了如何查阅文献、设计实验、分析数据，提高了自己的科研素养。
同时，我们还学会了如何与他人合作，培养了自己的团队协作能力。
3. 拓宽知识面实训期间，我们接触到了许多生物信息学领域的最新研究成果，拓宽了自己的知识面。
这有助于我们更好地了解生物信息学的发展趋势，为今后的学习和研究提供方向。
4. 增强动手能力实训过程中，我们亲自操作生物信息学工具，分析生物学数据，增强了动手能力。
UniProt数据库检索及数据条目注释信息
UniProt 数据库检索及数据条目注释信息姓名 陈耿佳 学号 1301214752 组号 G01C1. UniProt 蛋白质序列数据库1) 参阅Swiss-Prot 和TrEMBL 统计报表（Release Statistics ），列表说明这两个子库的总数据量，以及不同蛋白质证据（Protein Existence ）的数据条目数。
数据库 Swiss-Prot TrEMBL 总数据量 545388100%56010222100% 蛋白水平证据 8270215.2%267700.05% 转录水平证据 6249011.5%854251 1.53% 同源预测 38243670.1%1432210025.57% 其他预测 158712.9%4080710172.86% 不确定 18890.3%00.00%2) 列表说明Swiss-Prot 和TrEMBL 中数据条目数列前10位的物种，包括中文名、英文名和拉丁文学名。
Swiss-Prot ：排名 条目数 中文名 英文名 拉丁文学名1 20264 人类 Human Homo sapiens2 16669 小鼠 Mouse Mus musculus3 12851 拟南芥 Mouse-ear cress Arabidopsis thaliana4 7897 大鼠 RatRattus norvegicus 5 6621 酿酒酵母 Baker's yeast Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)6 5984 家牛 Bovine Bos taurus7 5103 裂殖酵母 Fission yeast Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843)8 4431 大肠杆菌Colibacillus Escherichia coli (strain K12) 9 4185 枯草杆菌 hay bacillus Bacillus subtilis (strain 168)10 4127 盘基网柄菌 Slime moldDictyostelium discoideumTrEMBL ：排名 条目数 中文名英文名 拉丁文学名1 590031 人类免疫缺陷病毒 Human immunodeficiency virus 1 --2 352018 海洋沉积物宏基因组marine sediment metagenome --3 217903 非培养细菌 uncultured bacterium --4 115939人类 Human Homo sapiens 5 105994 小麦 Wheat Triticum aestivum6 96773 粳稻 Rice Oryza sativa subsp. japonica7 92711 丙型肝炎病毒 Hepatitis C virus --8 81523 乙型肝炎病毒Hepatitis B virus -- 9 73928 大豆Soybean Glycine max 10 73055 矿山排水宏基因组 mine drainage metagenome --3) 列表说明以下已基本完成基因组测序的重要模式生物数据条目数总数N 、已审阅序列条目数Nr 、具有蛋白质证据的序列条目数Np 、在参考序列数据库RefSeq 中具有mRNA 序列的序列条目数Nm 、在蛋白质结构数据库PDB 中具有结构的序列条目数Nb 。
uniprot查属种的蛋白数目方法
uniprot查属种的蛋白数目方法在生物学研究中，了解特定属种的蛋白质数量是很重要的。
Uniprot是一个广泛使用的蛋白质数据库，提供了大量关于蛋白质的信息。
下面将介绍使用Uniprot查找特定属种的蛋白质数量的方法。
首先，打开Uniprot网站，并点击页面顶部的"搜索"选项卡。
在搜索框内输入你想要查找的属种名称，例如"人类"。
在下拉菜单中选择"Organism"作为搜索字段。
按下"搜索"按钮后，Uniprot将会显示与该属种相关的蛋白质信息列表。
在此列表中，你可以获得关于每种蛋白质的详细信息，包括蛋白质名称、序列、功能等。
要获取该属种的蛋白数目，可以在页面顶部的搜索结果摘要中查找包含"Reviewed (Swiss-Prot)"或"Unreviewed (TrEMBL)"标签的条目。
这些标签表示经过评审的蛋白质（Reviewed）或未经评审的蛋白质（Unreviewed）。
计算蛋白数目时，只需注意这些评审状态并统计相应标签下的条目数即可。
可以使用浏览器的查找功能（通常是按下键盘上的"Ctrl+F"键）来找到包含这些标签的条目数。
总结来说，使用Uniprot查找特定属种的蛋白数目方法为：在Uniprot网站上搜索该属种名称并选择"Organism"作为搜索字段，找到评审状态为"Reviewed"和"Unreviewed"的蛋白质条目，并统计它们的数量。
这样，你就能获取特定属种的蛋白数目信息了。
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实用生物信息技术课程第3次作业
1
序列比对
姓名________ 学号______________ 编号_________ 日期__________
1. 从UniProt 数据库中提取人、小鼠、大鼠血红蛋白alpha 亚基蛋白质序列，进行全局比
对，选择默认计分矩阵BLOSUM62和空位罚分，将比对结果填入表1。
分析比对结果，说明得到上述结果的原因和进一步分析思路。
表1 人、小鼠、大鼠血红蛋白alpha 亚基蛋白质序列比对结果 物种 Species 登录号 Accession
得分 Score 相同氨基酸 Identity
相同和相似氨基酸
Similarity
空位 Gaps 人/小鼠 / 人/大鼠 / 小鼠/大鼠
/
2. 从RefSeq 数据库中提取人、小鼠、大鼠血红蛋白alpha 亚基编码区序列，进行全局比
对，将结果填入表2。
选择不同计分矩阵和空位罚分，分析比对结果。
表2 人、小鼠、大鼠血红蛋白alpha 亚基mRNA 编码区序列比对结果 物种 Species 登录号 Accession
得分 Score 相同核苷酸 Identity
相同和相似核苷酸
Similarity
空位 Gaps 人/小鼠 / 人/大鼠 / 小鼠/大鼠
/
3. 从UniProt 数据库中检索并提取人血红蛋白alpha 亚基和胞红蛋白（Cytoglobin ）序列，
分别进行全局比对和局部比对，将比对结果填入表3。
分析比对结果，说明全局比对和局部比对的差别。
表3 人血红蛋白alpha 亚基和beta 亚基蛋白质序列比对结果
比对方法 长度 得分 相同氨基酸 相同和相似氨基酸 空位 Needle Water 4. 将上述数据库检索、序列比对、结果分析的方法、思路、策略用于和你研究课题相关或
你熟悉的蛋白质及其编码序列，分析比对结果，说明原因。