UniProt数据库高级检索及数据条目注释信息
uniprot
uniprot全球蛋白资源数据库UniProt 收藏UniProt 是一个集中收录蛋白质资源并能与其它资源相互联系的数据库，也是目前为止收录蛋白质序列目录最广泛、功能注释最全面的一个数据库。
UniProt 是由欧洲生物信息学研究所（European Bioinformatics Institute）、美国蛋白质信息资源（Prontein Information Resource）以及瑞士生物信息研究所（Swiss Institute of Bioinformatics）等机构共同组成的UniProt协会（UniProt Consortium）编辑、制作的一个信息资源，旨在为从事现代生物研究的科研人员提供一个有关蛋白质序列及其相关功能方面的广泛的、高质量的并可免费使用的共享数据库。
UniProt 是一个向所有使用者免费开放的数据库，全球科研人员都可以登陆网站/doc/3d6064972.html, 浏览并下载这些资料。
借助它，科研人员可以对目的蛋白进行交互式分析或特定的分析。
1 UniProt数据库的构成UniProt 数据库由UniProt 知识库（UniProtKB ）、UniProt 档案（UniParc ）、UniProt 参考资料库（UniRef）以及UniProt元基因组学与环境微生物序列数据库（UniMES）构成。
1.1 UniProt知识库（UniProtKB）UniProt 知识库是一个专家级的数据库，它可以通过与其它资源进行交互查找的方式为用户提供一个有关目的蛋白质的全面的综合信息。
UniProtKB包括两个组成部分：UniProtKB/Swiss-Prot与UniProtKB/TrEMBL。
1.1.1 UniProtKB/Swiss-ProtUniProtKB/Swiss-Prot 主要收录人工注释的序列及其相关文献信息和经过计算机辅助分析的序列。
这些注释都是由专业的生物学家给出的，准确性无需置疑。
uniprot数据库名词解释
uniprot数据库名词解释
uniprot数据库名词解释形式可以采用以下方式进行：
1. 通俗易懂的形式，用简单易懂的语言解释名词的意义。
例如：UniProt数据库是一个全球公认的蛋白质信息库，包括大量蛋白质的序列、结构、功能等信息。
2. 专业术语表达形式，使用专业术语解释名词的含义。
例如：Uniprot数据库是一种生物信息学数据库，为研究人员提供了蛋白质序列、组成、功能及相互作用等信息。
3. 举例说明形式，通过实际案例展示名词所代表的含义。
例如：Uniprot数据库中包括了各种生物物种的蛋白质信息，例如P53蛋白等。
总的来说，uniprot数据库名词解释形式需要简明扼要，准确清晰，便于读者理解。
Uniprot数据库介绍及信息检索下载指南
UniProt数据库一、UniProt数据库简介蛋白质组常用数据库——UniProt数据库，是信息最丰富、资源最广的蛋白质数据库。
它由Swiss-Prot、TrEMBL 和PIR-PSD三大数据库的数据整合而成，数据主要来自于基因组测序项目完成后，后续获得的蛋白质序列，并包含了大量来自文献的蛋白质生物功能的信息。
一般蛋白质组搜库首选数据库也是UniProt，所以对于通过UniProt库搜库的组学数据，可以在此网站中进行蛋白功能查询。
UniProt数据库可以提供的信息包括蛋白功能描述、GO条目、细胞定位、组织特异性表达情况、生理病理情况描述、互作蛋白、Domain、翻译后修饰位点等信息。
蛋白的信息描述段落均会标出引用文章，并且可以跳转到PubMed界面进行浏览。
UniProt 数据库由UniProt 知识库（UniProtKB ）、UniProt 档案（UniParc ）、UniProt 参考资料库（UniRef）以及UniProt元基因组学与环境微生物序列数据库（UniMES）构成。
UniProtKB全称 UniProt Knowledgebase（UniProt知识库）它是经过专家校验的数据集，主要由两部分组成：UniProtKB/Swiss-Prot (包含检查过的、手工注释的条目) 和 UniProtKB/TrEMBL (包含未校验的、自动注释的条目)。
Swiss-Prot 数据库特点高质量的、手工注释的、非冗余的数据集；主要来自文献中的研究成果和E-value校验过计算分析结果。
有质量保证的数据才被加入该数据库！TrEMBL数据集包含高质量的计算分析结果，一般都在自动注释中富集，主要应对基因组项目获得的大量数据流以人工校验在时间上和人力上的不足。
它能注释所有可用的蛋白序列。
在三大核酸数据库（EMBL-Bank/GenBank/DDBJ）中注释的编码序列都被自动翻译并加入该数据库中。
它也有来自PDB数据库的序列，以及Ensembl、Refeq和CCDS基因预测的序列。
uniprot基因组功能注释
文章标题：解读Uniprot基因组功能注释：深度解析和个人观点1. 引言在生物信息学和基因组学领域，Uniprot数据库是一个重要的资源，它包含了大量关于蛋白质序列和功能的信息。
其中，Uniprot基因组功能注释是指对基因组中每个基因所编码蛋白质的功能进行详细描述和注解。
本文将深入解读Uniprot基因组功能注释，并结合个人观点进行探讨。
2. Uniprot基因组功能注释的概念Uniprot是一个综合性的蛋白质数据库，它包括了各种生物种类的蛋白质序列、结构、功能和相关信息。
在Uniprot中，基因组功能注释是通过对基因对应的蛋白质序列进行实验和计算分析，从而确定其功能、结构和相互作用等信息，从而为研究人员提供了重要的生物信息学资源。
3. 深度评估Uniprot基因组功能注释的价值Uniprot基因组功能注释为研究人员提供了丰富的蛋白质功能信息，便于研究人员对基因组中蛋白质的功能进行深入了解和分析。
通过Uniprot的功能注释，研究人员可以更好地理解蛋白质与生物学过程和疾病的关联，为基因功能研究、生物医学研究以及新药研发提供了重要的数据支持。
4. 广度评估Uniprot基因组功能注释的实际应用在生物信息学领域，Uniprot基因组功能注释广泛应用于基因本体学、蛋白质相互作用、基因突变功能预测等研究领域。
研究人员可以通过Uniprot的功能注释数据，结合其他生物信息学工具和数据库，开展蛋白质结构预测、功能预测、基因组比较等研究，从而深入了解基因组中蛋白质的功能和相互关系。
5. 总结与回顾Uniprot基因组功能注释作为生物信息学领域重要的研究资源，对于理解基因组和蛋白质功能具有重要意义。
通过深度和广度的评估，我们可以更好地认识到Uniprot的功能注释对于生物学研究和应用具有深远影响。
在未来的研究中，可以进一步扩展Uniprot功能注释的内容和应用范围，使其成为更加综合和完善的生物信息学资源。
6. 个人观点与理解作为文章写手，我认为Uniprot基因组功能注释是非常重要的生物信息学资源，它为研究人员提供了丰富的蛋白质功能信息，有力推动了基因功能研究和生物学研究的发展。
uniprot使用方法
uniprot使用方法一、什么是UniProt？UniProt（Universal Protein Resource）是一个全球性的蛋白质数据库，致力于提供蛋白质序列、结构、功能和概述相关信息的公共资源。
UniProt 由三个组件组成：UniProtKB、UniRef和UniParc。
其中，UniProtKB是最主要的组件，它包含了三个子数据库：Swiss-Prot、TrEMBL和PROSITE。
1. Swiss-Prot：Swiss-Prot是一个经过人工注释和校正的蛋白质序列数据库，提供了详细的蛋白质功能和注释信息。
2. TrEMBL：TrEMBL是一个基于计算的蛋白质序列数据库，它包含了从未经过详细注释的Swiss-Prot数据集中的序列。
这些序列待进一步注释和校正后会被转移到Swiss-Prot数据库中。
3. PROSITE：PROSITE是一个用于识别蛋白质序列中保守结构域和模体的数据库。
它提供了一系列的蛋白质域和模体的特征模式和描述。
UniRef是一个聚类蛋白质序列数据库，用于提高蛋白质注释效率，减少重复注释。
UniParc是一个蛋白质数据库，用于记录已知和未知蛋白质序列的标识符。
二、使用UniProt的步骤使用UniProt数据库可以帮助研究者快速获取蛋白质信息，查找已知蛋白质、发现新的蛋白质序列和结构等。
以下是使用UniProt的步骤：1. 访问UniProt官方网站，地址为2. 在搜索框中输入要查询的蛋白质名称、序列或标识符等关键词，并选择搜索类型。
3. 点击“搜索”按钮进行搜索。
4. UniProt将会显示与搜索关键词相关的蛋白质信息列表。
用户可以根据需求筛选蛋白质数据库（如Swiss-Prot或TrEMBL）或其他过滤条件，以缩小搜索范围。
5. 点击感兴趣的蛋白质条目，将显示该蛋白质的详细信息页面。
用户可以阅读蛋白质的注释信息、功能描述、序列特征、结构域、文献引用等内容。
6. 若需要进一步了解蛋白质的结构、亚细胞定位等信息，用户可以点击相关链接或标签，以跳转到其他相关数据库或工具。
联合目录数据库检索指南
联合目录数据库检索指南联合目录数据库检索的目的主要解决依据文摘记录中提供的文献出处索取全文问题。
通过联合目录数据库查询我们可以知道某条文摘所在期刊的收藏单位，以便向其提取全（原文）。
同时也可做文献检索。
一．CALIS联合书目数据库（中、外文期刊、图书及会议文献收藏单位均可查询）CALIS(China Academic Library & Information System：中国高等教育文献保障体系)联合书目数据库是全国“211工程”100所高校图书馆馆藏联合目录数据库，是CALIS在“九五”期间重点建设的数据库之一。
它的主要任务是建立多语种书刊联合目录数据库和联机合作编目、资源共享系统，为全国高校的教学科研提供书刊文献资源网络公共查询。
(opac：online public access catalogue) 1．登录网站：/advanceSearch.do检索中文期刊或其它出版物馆藏信息检索外文期刊或其它出版物馆藏信息2．选择字段：如果查询期刊文献馆藏信息，选择“题名”或“ISSN”字段，在对话框内输入期刊名称（中、英文均可）或ISSN（国际标准刊号）；如果查询会议文献馆藏信息，可选择“会议名称”字段；如果查询图书文献馆藏信息，可选择“题名”在对话框内输入会议题名（中、英文均可）。
3．选择检索词匹配程度：英文期刊通常选择“包含”，中文期刊通常选择“精确匹配”。
4．选择语种：在“数据库”后的选项内选择所查期刊或会议出版物的语种。
系统提供：全部、中文、西文、日文、俄文5个选项。
5．输入检索词：如果查询期刊文献馆藏信息，选择“期刊题名”或“ISSN”字段，在对话框内输入期刊名称（中、英文均可）或ISSN（国际标准刊号）；如果查询会议文献馆藏信息，可选择“会议名称”字段，在对话框内输入会议题名（中、英文均可）。
尽量输入检索词全称，常用缩写词也可以识别。
例如：输入的中文期刊名称为：《机械制造》，语种选择：“中文”；输入的英文期刊名称为：international journal, manufacturing, technology，语种选择：“西文”6．检索词逻辑组配关系：通常选择“AND”。
Uniprot蛋白数据库
Uniprot蛋白数据库
e Columns: 这个可以让您定制蛋白数据列信息，就是自己定制显示哪些列信息，这个内容非常多，包括名称和分类学 信息，序列信息（氨基酸长度，分子量，SNP等），功能信息（EC number, 信号通路，活性位点，各种结合位点等）， 相互作用信息，表达信息，亚细胞定位信息， 翻译后修饰，结构，家族及结构域信息， 序列信息.........太多了，感兴趣 的自己进去看吧！ b Add to basket: 这个按钮的功能是可以随时将你感兴趣的蛋白质条目加入购物篮以备后期使用，最多可以加400条数 据，呵呵，这个不是超市的购物篮，是不收费的
1、在PDB数据库。 2、通过直接蛋白质测序实验获得的序列，通过Edman降解或MS / MS实验并提交给 UniProtKB / Swiss-Prot。只有约5％的UniProtKB / Swiss-Prot条目包含通过直接蛋 白质测序获得的序列数据（具有关键字的条目列表'Direct protein sequencing'）。 3、从文献（ig PRF或其他期刊扫描项目）扫描的序列。 4、从基因预测，没有提交的序列EMBL-Bank / GenBank登录/ DDBJ。 5、序列来源于内部基因预测，在非常特殊的情况下。
首先sp表示，Swiss-Prot数据库是注释精炼的蛋白序列库，它的所有序列都经过了科学家的查阅文献核实(reviewed, manually annotated) 。 P02769是蛋白在uniprot上的ID号，即蛋白的身份证号。 ALBU_BOVIN是蛋白在uniprot上的登录名，跟P02769是一个作用。 Serum albumin是蛋白名称，即蛋白的姓名啦。 OS表示Organism，也就是物种名称，数据库中的物种名称一般为拉丁名称，牛血清白蛋白Bostaurus当然是牛的拉丁。 GN表示gene name,即基因名称 PE表示ProteinExistence，即蛋白的可靠性，PE=1、2、3、4、5分别对应如下，可以看出数字越小可靠性越高： 1. Experimental evidence at protein level 蛋白质水平实验证据 2. Experimental evidence at tran level 转录水平实验证据 3. Protein inferred from homology 从同源蛋白质推断 4. Protein predicted 蛋白质预测 5. Protein uncertain 蛋白质不确定 SV表示SequenceVersion，即序列版本，即蛋白的身份证第二代，第三代…… 这里需要指出的是，除了sp，有时还会出现TR。
UniProt数据库检索方法及其应用
实用生物信息技术课程第2次作业UniProt数据库检索方法及其应用姓名________ 学号______________ 组号_____ 座位号_____________年___月___日1.UniProt蛋白质序列数据库由哪几部分组成？各有什么特点？2.认真阅读UniProt数据库SwissProt和TrEMBL统计报表（Release Statistics）1)列表说明这两个子库的总数据量，以及不同蛋白质证据（Protein Existence）的数据条目数。
2)列表说明这两个子库中数据条目数列前10位的物种。
3)说明这两个子库中序列长度分布特征。
3.以人血红蛋白alpha亚基（HBA_HUMAN）为例，说明SwissProt注释信息主要包括哪几部分4.以人血红蛋白alpha亚基（HBA_HUMAN）为例，说明SwissProt一般注释信息（GeneralAnnotation）主要包括哪些内容。
5.以人血红蛋白alpha亚基（HBA_HUMAN）为例，说明SwissProt序列注释信息（SequenceAnnotation）主要包括哪些内容。
6.以人血红蛋白alpha亚基（HBA_HUMAN）为例，说明SwissProt数据库交叉链接（CrossReference）主要包括哪些数据库。
7.简述如何利用高级检索（Advanced Search）功能，从SwissProt数据库中检索人珠蛋白家族12个亚基，进行多序列比对，说明其序列相似性异同。
8.简述如何利用高级检索（Advanced Search）功能，从SwissProt数据库中检索你课题相关蛋白质家族，进行多序列比对，说明其序列相似性异同。
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UniProt数据库高级检索及数据条目注释信息
姓名________ 学号______________ 编号_____ 日期________
1.人珠蛋白家族检索
1)写出从UniProt数据库中检索已审阅的人珠蛋白（globin）家族12个亚基的步骤。
2)列表说明这12个珠蛋白的登录号、蛋白质名称、和序列长度。
3)与血红蛋白alpha亚基差异最大的序列是哪个？相同位点百分比？
4)与血红蛋白beta亚基差异最小的序列是哪个？差异位点共多少个？
3.列表说明从UniProt数据库中检索以下序列条目的步骤和结果：
1)所有拟南芥序列
2)已审阅拟南芥序列
3)已审阅拟南芥序列中具有蛋白质证据的序列
4)已审阅拟南芥序列中具有蛋白质证据、且具有跨膜螺旋的序列
5)已审阅拟南芥序列中具有蛋白质证据、具有跨膜螺旋和信号肽的序列
6)已审阅拟南芥序列中具有蛋白质证据、具有跨膜螺旋和信号肽、并具有二硫键的序
列
7)已审阅拟南芥序列中具有蛋白质证据、具有跨膜螺旋、信号肽、二硫键，且已经测
定三维结构的序列
3.课题相关蛋白检索
1)UniProt数据库中与你研究课题相关的物种共有多少序列条目
2)其中已审阅的序列条目有多少
3)上述已审阅的序列条目中具有蛋白质证据的有多少
4)上述具有蛋白质证据的条目中与你们实验室研究方向相关的有多少
5)上述具有与你们实验室研究方向相关的序列中与你课题相关的有多少
4.血红蛋白注释信息（请在认真查看注释信息基础上用中文总结，不要用屏幕拷贝）
1)以人血红蛋白alpha亚基为例，说明该序列条目包括几类相关文献。
2)以人血红蛋白alpha亚基为例，说明该序列条目包括几类注释信息。
3)以人血红蛋白alpha亚基为例，说明该序列条目包括哪些特征位点信息。
4)以人血红蛋白alpha亚基为例，说明该序列条目包括哪几类数据库交叉链接，其中
你最感兴趣的有哪些数据库。
5.豌豆内膜蛋白注释信息（请在认真查看注释信息基础上用中文总结，不要用屏幕拷贝）
1)以豌豆内膜蛋白PPF1_PEA为例，说明该序列条目包括哪些注释信息。
2)通过注释信息或高级检索，查找拟南芥中与PPF1_PEA属于同一家族的内膜蛋白。
3)通过查看注释信息和多序列比对，找出拟南芥中PPF1_PEA的直系同源蛋白
ALB3_ARA TH。
4)查看ALB3_ARATH的注释信息，特别是拟南芥专门数据库AraPort和TAIR，并与
PPF1_PEA的注释信息进行比较，说明如何将模式生物研究结果用于非模式生物。
6.课题相关蛋白注释信息（请在认真查看注释信息基础上用中文总结，不要用屏幕拷贝）
1)以研究课题相关或你感兴趣的蛋白质为例，说明该序列条目包括几类相关文献。
2)以研究课题相关或你感兴趣的蛋白质为例，说明该序列条目包括几类注释信息。
3)以研究课题相关或你感兴趣的蛋白质为例，说明该序列条目包括哪些特征位点信
息。
4)以研究课题相关或你感兴趣的蛋白质为例，说明该序列条目包括哪几类数据库交叉
链接，其中你最感兴趣的有哪些数据库。
5)。