基因检测数据分析表(样表)
基因检测实验室遗传疾病筛查结果判读及上报流程
基因检测实验室遗传疾病筛查结果判读及上报流程本文档旨在介绍基因检测实验室的遗传疾病筛查结果判读及上报的流程。
以下是详细的步骤和注意事项：1. 实验室遗传疾病筛查结果判读1.1 确认样本信息：在开始判读之前，请仔细核对样本的相关信息，包括受检者姓名、出生日期、性别等。
确保信息的准确性对于后续的判读工作至关重要。
1.2 遗传疾病基因检测结果分析：将基因检测得到的结果进行分析。
根据所采用的遗传疾病筛查方法（如全外显子测序、SNP芯片等），分析检测结果中的遗传变异信息。
1.3 判读遗传疾病风险：根据遗传变异的类型和已知相关疾病的数据库，判读受检者的遗传疾病风险。
可以使用在线遗传疾病数据库、专业软件或遗传疾病专家的指导进行判读工作。
1.4 确定遗传疾病筛查结果：在进行遗传疾病风险分析之后，根据判读结果确定受检者所携带的遗传疾病风险。
结果可以分为阳性（具有遗传疾病风险）、阴性（无遗传疾病风险）或者无法确定（需进一步验证或分析）等。
2. 遗传疾病筛查结果上报流程2.1 书面报告编制：将遗传疾病筛查结果整理成书面报告。
报告应包括受检者信息、实验室检测方法、遗传疾病风险判读结果等内容。
2.2 报告审核：由专业人员对编制好的书面报告进行审核，确保报告准确、完整并符合相关法律、行业标准。
2.3 报告发送：将审核通过的书面报告发送给遗传疾病筛查的申请单位或个人。
可以通过邮寄、电子邮件等方式发送报告。
2.4 保密与隐私保护：在整个上报流程中，要保证受检者的个人信息及遗传疾病数据的保密和隐私保护。
严格遵守相关法律法规，并采取技术和管理措施确保数据的安全性。
请注意，本文档旨在提供一般性的指导，具体的实验室遗传疾病筛查结果判读及上报流程可能因实际情况而有所不同。
在操作过程中应遵循相关的法律法规及实验室内部的操作流程。
细菌ngs基因检测解读
细菌ngs基因检测解读NGS (Next-Generation Sequencing)是一种快速高效的基因检测技术，可以帮助研究者快速鉴定和分析菌种及其基因组信息，具有广泛的应用前景。
下面将介绍细菌NGS基因检测解读相关知识。
一、细菌NGS基因检测的流程1. DNA提取：首先需要从细菌样品中提取DNA。
2. DNA文库的制备：提取到的DNA需要被打断为相对等长的小片段，然后将这些小片段进行连接和标记，形成DNA文库。
3. 高通量测序：将DNA文库装载到高通量测序仪上进行测序，获得数百万个DNA片段的序列信息。
4. 数据分析：对测序获得的序列数据进行分析，包括序列比对、变异检测、序列注释等步骤。
1. 菌株鉴定：可以通过比对测序获得的序列数据和菌株数据库中的数据进行比对，快速鉴定细菌菌种。
2. 基因组分析：可以对测序获得的序列数据进行组装，还原出细菌基因组信息并进行分析，深入研究其基因组结构、代谢途径、毒力因子等基因信息。
3. 耐药性和药物靶标分析：通过测序获得的序列信息可以分析细菌对于抗生素的耐药性和特定药物靶标位点的基因信息。
4. 疫苗设计：对于研究细菌致病机理和免疫保护机制有着重要意义，有助于疫苗的设计及疾病预防控制。
4. 疫苗设计：针对致病机制的研究可寻找与疾病相关的潜在靶标（抗原），筛选出具有辨识病原体并有效刺激免疫系统的抗原，为疫苗的研发提供参考依据。
随着NGS技术不断发展，细菌NGS基因检测技术将越来越成熟和普及。
这将帮助研究人员和医疗健康机构更好地了解细菌病原体的生物学特性、耐药性和毒力，为临床治疗和疫苗研发提供重要的参考。
而且，NGS技术的应用也将帮助我们更快更准确地发现新的细菌菌株和新的疾病特征。
BRCA1 2基因检测报告
Genetic Test Report Of BRCA1/2 genes
委 托 人：_______________________ 样本编号：_______________________ 接收日期：_______________________ 报告日期：_______________________
2. 如果 BRCA1/2 基因检测结果为致病性突变，说明与一般人群相比，您在基因水平上患乳 腺癌、卵巢癌或 BRCA1/2 基因相关疾病风险较高，但并不代表您一定会患相关疾病；若 结果显示您未带有致病性突变，并不代表您一定不会患乳腺癌、卵巢癌或 BRCA1/2 基因 相关疾病。
3. 对于临床意义未知的突变结果，肿瘤患病风险应根据您个人及家族肿瘤史进行评估。您 的肿瘤患病风险仍有升高的可能性，这主要是由于：不排除您的突变可引起遗传性乳腺 癌和卵巢癌；其他非遗传性因素（如环境）；现有技术水平未能检测的 BRCA1/BRCA2 基因突变。
高通量测序结果
生物学功能
一代测序验证结果
通过基因检测，发现了位于 BRCA2 外显子 11 c.5722_5723delCT（p.Leu1908Argfs）突 变。2 个碱基的缺失会导致 BRCA2 基因开放阅读框移码，使其编码的蛋白质提前终止，产 生截短的蛋白产物。在 BIC 数据库中被认为是致病性突变。
6. Graeser, M.K., et al., Contralateral breast cancer risk in BRCA1 and BRCA2 mutation carriers. J Clin Oncol, 2009. 27(35): p. 5887-92.
7. Metcalfe, K.A., et al., The risk of ovarian cancer after breast cancer in BRCA1 and BRCA2 carriers. Gynecol Oncol, 2005. 96(1): p. 222-6.
基因测序仪_实验报告(3篇)
第1篇一、实验目的1. 了解基因测序仪的基本原理和操作流程。
2. 掌握基因测序的基本操作步骤。
3. 熟悉基因测序仪在实际科研中的应用。
二、实验原理基因测序仪是一种用于测定生物体DNA或RNA序列的仪器。
通过分析DNA或RNA分子中的碱基排列顺序，可以了解生物体的遗传信息。
目前，常见的基因测序技术主要有Sanger测序、Illumina测序和纳米孔测序等。
本实验采用Illumina测序技术，该技术具有高通量、高准确度、操作简便等优点。
Illumina测序原理基于Sanger测序技术，通过PCR扩增目的基因，然后将扩增产物进行文库构建，最后利用测序仪对文库进行测序。
三、实验材料与仪器1. 材料：目的基因DNA模板、引物、dNTPs、PCR酶、Illumina测序试剂盒等。
2. 仪器：PCR仪、基因测序仪、凝胶成像系统、移液器、离心机等。
四、实验步骤1. DNA提取：根据实验室常规方法提取目的基因DNA。
2. PCR扩增：设计特异性引物，进行PCR扩增目的基因。
3. 文库构建：将PCR扩增产物进行文库构建，包括末端修复、接头连接、PCR扩增等步骤。
4. 测序：将构建好的文库上机进行测序。
5. 数据分析：利用测序仪自带的分析软件或第三方分析软件对测序数据进行质控、比对、组装等分析。
五、实验结果与分析1. PCR扩增：通过凝胶成像系统观察PCR扩增结果，判断扩增是否成功。
2. 文库构建：通过PCR扩增结果和测序结果判断文库构建是否成功。
3. 测序：通过测序仪自带的分析软件对测序数据进行质控、比对、组装等分析，得到目的基因的序列。
4. 数据分析：将测序结果与参考序列进行比对，分析目的基因的结构和功能。
六、实验讨论1. 影响PCR扩增的因素：引物设计、模板DNA质量、PCR酶活性等。
2. 影响文库构建的因素：末端修复、接头连接、PCR扩增等步骤。
3. 影响测序的因素：测序仪参数设置、测序深度等。
4. 数据分析过程中需要注意的问题：比对准确性、组装质量等。
2023年NGS检测数据分析及基因检测报告解读考核试题
NGS检测数据分析及基因检测报告解读一、选择题1下列哪些突变属于智因东方评级中的2级突变（）［单选题］A、错义突变且预测有害√B、错义突变且预测无害C、外显子缺失D s CNV2、非经典剪切位点突变预测可能影响剪切属于智因东方评级中的哪一级（）［单选题］A、1级B、2级√C、3级D s4级3、UTR区的突变属于智因东方评级中的几级突变（）［单选题］A、2级B、3级√C、4级D s5级4、以下哪项家系筛查不符合基因型-表型共分离模式？（先证者是患者，父母为无表型正常人）［单选题］A、AD遗传：先证者（杂合）-父亲（野生型）-母亲（野生型）B、AD遗传：先证者（杂合）-父亲（纯合）-母亲（野生型）√C、XR遗传：先证者（半合子）-父亲（野生型）-母亲（杂合）D s AR遗传：先证者（纯合）-父亲（杂合）-母亲（杂合）答案解析：共分离是指家系中患者与非患者基因型的共分离，即患者携带致病的基因型，非患者携带不致病的基因型，四个选项中只有BD符合。
5、以下哪项家系筛查符合基因型-表型共分离模式？（母亲与先证者有相似临床表型）［单选题］A s AD遗传：先证者（杂合）-父亲（杂合）-母亲（野生型）B、AR遗传：先证者（纯合）-父亲（野生型）-母亲（杂合）C、XD遗传：先证者（杂合）-父亲（野生型）-母亲（杂合）√D s AD遗传：先证者（纯合）-父亲（杂合）-母亲（杂合）答案解析：共分离是指家系中患者与非患者基因型的共分离，即患者携带致病的基因型，非患者携带不致病的基因型，四个选项中只有BD符合。
6、临床上表型为智力低下、发育迟缓合并自闭症的患者，最适合推荐哪种检测方案（）［单选题］A s NTO1B、NT01F+NCNVF√C、NT02D s神经系统异常NNtO1答案解析：此种疾病即可能是点突变，中型变异，也可能是CNV导致，因此全外家系及NCNV家系均需要检测。
7、关于基因变异的三要素分析，下列说法正确的是（）［单选题］A、若检测到的基因变异关联疾病的表型与受检者非常符合，即为阳性结果B、若检测到的基因变异的遗传方式符合家系共分离，即为阳性结果U若检测到一个基因变异的生物危害性是致病性的，即为阳性结果D、若检测到一个基因变异，生物危害性+遗传学意义+临床特征均符合，即为阳性结果√答案解析：怎样判断基因变异是否是患儿的真正病因？我们在业内首先提出来三要素的诊断原则，这也是一个公理性的原则，那就是变异满足生物、遗传、临床三个要素都支持致病性。
不同基因型地中海贫血的血液指标分析
临床探索不同基因型地中海贫血的血液指标分析杨鑫城 （重庆医科大学附属第二医院，重庆 400010）摘要：目的：比较不同类型地中海贫血患者在血液学指标方面的差异。
方法：地中海贫血基因检测采用PCR体外扩增结合其他分子诊断技术。
血液指标参数采用BC-6800全自动血细胞分析仪进行检测。
结果：检出静止型α-地中海贫血10例，分别为αQSα/αα 2例、–α4.2/αα 1例、–α3.7/αα7例；标准型α-地中海贫血检出基因型全部为—SEA/αα。
β0地中海贫血主要基因型为CD17/N；β+地中海贫血基因型全部为IVS-Ⅱ-654/N。
与对照组相比，研究组的HGB、MCV、MCH、MCHC均降低，RDW-CV均升高，差异有统计意义（P＜0.05）。
结论：重庆医科大学附属第二医院片区α-地中海贫血中以标准型α-地中海贫血为主，基因型—SEA/αα检出率最高。
β-地中海贫血以β0地中海贫血居多，主要检出基因型为CD41-42/N和CD17/N 。
RBC、MCV、MCH、MCHC、RDW-CV等血液学指标可以作为地中海贫血的初筛指标。
关键词：地中海贫血；基因突变类型；血液学指标地中海贫血，简称地贫，又称海洋性贫血，最早发现于地中海区域，是由于人体遗传的珠蛋白基因突变或缺失，导致其指导合成的珠蛋白链合成缺如或者不足的慢性溶血性贫血[1~3]。
目前，基因诊断是地中海贫血确诊的金标准，但是基因诊断方法耗时长且昂贵，很多基层医院无法开展，因此很有必要建立一个针对地中海贫血患者血液学指标的筛查策略。
本研究以重庆医科大学附属第二医院（下称附二院）地中海贫血基因检测阳性的患者为对象，具体分析地中海贫血的基因型、构成比和血液指标，探讨血常规参数在地中海贫血初筛中的意义。
1资料与方法1.1 研究对象收集2019年8月~2020年3月就诊于本院的地中海贫血患者71例，对照组为地中海贫血基因检测结果为正常健康体检者30例。
1.2 血常规检测采用迈瑞B C-6800血细胞分析仪对红细胞数R B C（×1012 /L）、血红蛋白量HGB （g/L）、平均红细胞血红蛋白量MCH（pg）、平均红细胞体积MCV（f l）、平均红细胞血红蛋白浓度MCHC（g/L）、红细胞分布宽度变异系数RDW-CV（%）这五项血常规参数进行检测。
基因芯片及其数据分析
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2.基因芯片发展历史
Southern & Northern Blot
Dot Blot
Macroarray
Microarray
3.基因芯片癿杂交原理
如图，在一块基片表面固定了序列已知癿八核苷酸癿探针。当溶液中带有荧 光标记癿核酸序列TATGCAATCTAG，不基因芯片上对应位置癿核酸探针产 生互补匹配时，通过确定荧光强度最强癿探针位置，获得一组序列完全互补 癿探针序列。据此可重组出靶核酸癿序列。
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5.制备基因芯片癿固定方法
目前已有多种方法可以将寡核苷酸或短肽固定到固相支持 物上。这些方法总体上有两种，即原位合成（ in situ synthesis ）不合成点样两种。支持物有多种如玻璃片、 硅片、聚丙烯膜、硝酸纤维素膜、尼龙膜等，但需经特殊 处理。 作原位合成癿支持物在聚合反应前要先使其表面衍生出羟 基或氨基（视所要固定癿分子为核酸或寡肽而定）幵不保 护基建立共价连接；作点样用癿支持物为使其表面带上正 电荷以吸附带负电荷癿探针分子，通常需包被以氨基硅烷 或多聚赖氨酸等。
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6.基因芯片癿合成原理
基因芯片在片合成原理图 美国Affymetrix公司制备癿基因芯片产品在1.28*1.28cm2表面上可包含 300,000个20至25mer寡核苷酸探针，每个探针单元癿大小为10um X 10um。 其实验室芯片癿阵列数已超过到1,000,000个探针。
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光纤微珠芯片癿组装
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光纤微珠芯片癿优点
光纤微珠芯片是利用独特癿微珠阵列(BeadArray)技术生产 癿芯片，具有高密度、高重复性、高灵敏度、低上样量、 定制灵活等特点，兊服了传统芯片癿多个技术瓶颈，丌仅 检测筛选速度很高，也显著降低了研究成本。光纤微珠芯 片有可能成为以后基因芯片癿发展方向。
如何解读一份基因检测报告
体细胞变异在不同癌种中对应的药物敏感性证据分为四个等级：A 级，美国食品药品监督管理局（Food and Drug Administration，FDA）批准或专业临床指南推荐；业届指南中定义的特定肿瘤的诊断/预后因子；B 级，经具有足够统计学效能的临床研究证实、获得该领域专家共识；经具有足够统计学效能的临床研究证实其诊断/预后价值；C 级，其他癌种中的A 级证据（跨适应证用药，即其他癌种用药）、或已作为临床试验的入组标准；多项小型研究支持其诊断/预后价值；5、肿瘤负荷突变肿瘤突变负荷 （tumor mutation burden，TMB）即肿瘤基因组编码区包含的非同义突变的数量或密度（突变数/Mb），是肿瘤新抗原负荷的替代指标，简单理解为 患者肿瘤组织中具有多少个基因变异，突变的基因越多，越有可能产生更多异常的蛋白，越有可能被免疫系统识破。
目前基于 NGS 大panel检测的TMB 已可达到与WES （全外显子组测序）的高度相关并在大量免疫治疗临床研究中证实其对疗效的预测价值。
目前，对组织 TMB检测有几点共识：①编码区覆盖大于 1 Mb（大概相当于 300 个以上基因的全外显子区域）；②基于经过验证的可靠生物信息分析算法。
对 TMB的准确评估（无论基于组织或血浆cfDNA样本）建立在样本满足一定肿瘤占比的基础上，肿瘤占比过低将导致 TMB的严重低估。
当我们看到 TMB 数值时，如果所选择的 panel太小，是无法准确测算TMB的，除此之外还需要通过TMB绝对值以及该数值在已检测的肿瘤样本中的相对排序等，综合评估 TMB水平及其可信度。
理论上TMB水平低，可能预示靶向效果相对较好，TMB水平高，可能预示免疫治疗获03案例分析案例一男性，肺腺癌，EGFR 21 L858R,一线凯美纳半年，肺部病灶稳定，少量胸水，cea从20涨到30，基于担心耐药，做了血液单一t790m的基因检测，为t790m阳性，是否需要立即更换三代EGFR靶向药物呢？分析：有理由直接更换，但基于主病灶稳定、少量胸水可控的情况下，众所周知治疗根据基因检测提示，EGFR t790m消失，EGFR 19DEL还在，MET扩增消失，提示克唑替尼/卡马替尼（inc280）等一型MET抑制剂已经耐药，需要更换二型MET抑制剂如卡博替尼/梅沙替尼。