代谢组学及其在微生物领域的研究进展
代谢组学技术在基础医学研究中的应用
代谢组学技术在基础医学研究中的应用代谢组学技术是一种集成生物信息学、生物化学和统计学的高通量分析技术，该技术通过同时检测和分析生物体内数千种小分子代谢物，以评估生物体内代谢网络的变化。
自从20世纪发现肥胖症和糖尿病等代谢疾病与代谢紊乱相关后，人们意识到代谢组学技术在医学研究中的应用前景。
1. 代谢组学技术在早期疾病检测中的应用代谢组学技术可应用于早期疾病的检测和预测，其强大的分析能力可以揭示生物体内代谢网络的变化、生物体状态的转变以及发生的疾病情况。
例如通过代谢组学技术分析脑脊液代谢物可鉴别不同神经系统疾病，并且可以识别早期阶段的阿尔茨海默病。
另外代谢组学技术在胰腺癌、乳腺癌、肺癌等多种癌症的早期筛查中，也有着广泛的应用和巨大的前景。
2. 代谢组学技术在基因组学研究中的应用代谢组学技术可以揭示基因对代谢变化的影响，与基因组学、转录组学、蛋白组学等技术相结合可以全面了解生物命运的变化和生物学特征。
与小鼠模型的研究相比，通过代谢组学技术可以更好地了解人类体内代谢网络的变化。
配合转录组学研究，可以更好地评估不同组织或群体的代谢变化。
3. 代谢组学技术在药物开发中的应用新药研究开发是一个漫长且繁琐的过程，抑制或增强代谢物和小分子的生物学作用是许多药物的目标。
通过对代谢物的定量检测和定性分析，代谢组学技术可以在新药研制前期帮助筛选潜在药物成分。
在新药研发后期，代谢组学技术也可以帮助了解药物的代谢途径以及药物副作用的发生机理。
4. 代谢组学技术在营养学研究中的应用代谢组学技术可以评估食物对人体代谢网络的调节效应，以及饮食习惯和营养素的摄入与人体健康的关系。
如在肠道微生物研究中，代谢组学技术可以研究单个微生物种属或群体对宿主代谢的影响，揭示肠道微生物生物学的重要性。
通过代谢组学技术分析不同群体（例如老人、儿童等）的代谢谱，可以了解人体不同年龄段的代谢变化，包括食物吸收、能量消耗和生理特征等。
总结代谢组学技术在医学研究中的应用可谓方方面面，不仅在早期疾病诊断、药物开发中具有重要价值，也可以在营养学研究、肠道微生物研究、基因组学研究等领域得到广泛应用。
细胞代谢组学的研究方法和应用
细胞代谢组学的研究方法和应用细胞代谢组学是一门研究细胞内代谢物质的高通量分析科学，通过系统性地分析代谢组学信息，可以深入探索关于多种疾病的发病机制，诊断和治疗策略的研究。
细胞代谢组学研究方法和应用相当广泛，下面我们来一起了解一下其主要内容。
一、微定量技术细胞代谢组学的研究离不开定量技术，其中微定量技术是代谢组分析的重要手段。
微定量技术能够对细胞代谢产物进行高效、高灵敏度的分析，可以涵盖从有机物到大分子等复杂化合物的定量测量。
据研究，应用微定量技术进行细胞代谢组分析，可在更小的时间和精力投入下提高研究效益。
二、质谱分析技术质谱技术是细胞代谢组学研究的重要手段之一，能够在较短时间和较少样品数量下进行全面和准确的代谢组分析。
质谱分析技术利用强烈的电荷对化合物进行分离，同时鉴定样品中每个化合物的质量和数量。
利用这些技术，我们可以更好地研究代谢途径中产生并累积的化合物。
三、核磁共振技术核磁共振技术是一种非破坏性的磁共振方法，能够定量分析具有磁性质的代谢产物。
这种技术可以实现对复杂样品的无损组成分析，所以在细胞代谢组学研究中十分重要。
当前，核磁共振技术已广泛应用于代谢组学的不同研究领域，例如遗传学和化学。
四、基因芯片技术基因芯片技术可以在不到一天的时间内高通量检测数以千计的基因表达情况，这一技术被称为是现代分子生物学的重要突破之一。
可以实时、可视测试基因在发育、细胞周期、细胞信号传导和代谢组学等生物学过程中的表达。
基因芯片技术的广泛使用可促使代谢组学研究更加高效和全面。
五、应用细胞代谢组学的研究对人类生理学和疾病学研究中发挥着重要作用。
这些研究结果可以直接应用于人类疾病的诊断和治疗，同时还有助于开展针对前瞻性干预和替代性治疗的创新策略。
尤其是在临床医学和制药行业中，细胞代谢组学发布了大量的创新决策，以更好地预防、控制或治愈特定疾病。
该领域目前还在快速发展中，未来仍有极大的应用潜力。
六、发展趋势细胞代谢组学的发展越来越关注疾病诊断和治疗策略的研究。
炎症性肠病(IBD)中肠道微生物基因组学和代谢组学研究进展
炎症性肠病（IBD）中肠道微生物基因组学和代谢组学研究进展肠道内微生物种群与炎症性肠病发生和治疗效果关系密切。
肠道中的粘附于上皮细胞表面的细菌可以调控宿主T淋巴细胞，并影响机体免疫功能。
此外，肠道微生物的某些发酵产物如短链脂肪酸和鞘磷脂等产物也可以发挥调控宿主免疫力的功能。
近年来，随着宏基因组学技术和和微生物代谢组学技术的发展，使得我们有可能深入研究肠道微生物在IBD中所扮演的角色，为临床治疗IBD 疾病提供理论支持。
肠道微生物在人类健康中扮演重要的色，可以影响宿主各种免疫细胞的分化成熟以及固有层淋巴细胞的应答，抵抗肠道中病原微生物的定植等。
而肠道微生物种群的变化可能会影响肠道黏膜细胞神经递质合成，并直接影响肠道内环境的稳态和黏膜免疫屏障功能，以及先天和适应性免疫应答。
大量研究发现，肠道微生物可以通过其代谢产物影响多种疾病，包括IBD、动脉粥样硬化、哮喘和1型糖尿病等，但目前大部分疾病与肠道微生物之间的关系仍未完全明晰。
IBD包括克罗恩病（CD）和溃疡性结肠炎（UC），是目前研究最多的一种与肠道微生物相关的疾病。
现已发现IBD疾病的代谢中至少有200个与免疫学通路有关的关键检查点，包括天然的免疫、免疫应答和自噬。
自上世纪50年代开始，IBD西方国家中的发病率急剧升高，90年代后IBD的发病率已经趋于稳定，但整个病人数量仍很高，在西方国家的发病率高于0.3%。
此外，逐渐西方化和城市化的新近工业化国家的IBD发病率也在逐年提高。
这表明IBD的发生除与宿主遗传基因相关外还有个人生活习惯密切相关。
环境和肠道微生物能够调控宿主免疫应答并直接影响IBD的发生和发展。
患者个人体重指数、血糖水平、高密度脂蛋白以及胆固醇等对肠道微生物种群的塑造也发挥着不可忽略的作用。
其他影响IBD疾病发展的特定因素包括吸烟、饮食、药物治疗、生物钟和压力。
尤其是儿童时期长期使用抗生素会显著增加IBD的发病率。
并且上述影响因素与CD和UC的关系并不相同，表明IBD的发病机制我们并未完全了解。
微生物学研究中的代谢组学技术
微生物学研究中的代谢组学技术微生物在生物圈中占据着重要的地位，它们分布在各种环境中，对整个生态系统发挥着至关重要的作用。
微生物是自然界最早的生命形式，成为许多生物物种的祖先，也给人类带来了巨大的贡献。
微生物的代谢组学技术越来越成为微生物学研究中的热点，本文将从代谢组学的基本概念、技术手段、代谢组学在微生物研究中的应用几个方面来介绍微生物学研究中的代谢组学技术。
一. 代谢组学的基本概念代谢组学是一种综合性分析方法，其涉及从生物样本中获得尽可能多的代谢产物信息。
代谢产物包括代谢途径中产生的化合物，如蛋白质、核酸和多糖等化学物质，以及代谢触发的生理变化，如能量代谢、脂肪酸代谢、糖代谢和氨基酸代谢等。
代谢组学的主要目的是识别潜在的生物标志物或生物学过程，以明确不同的生理和疾病状态之间的差异。
二. 代谢组学技术手段代谢组学技术是从样品中提取代谢产物，并对其进行化学分析、光谱分析和质谱分析。
常见的代谢组学技术手段包括核磁共振（NMR）技术、高效液相色谱质谱联用分析（LC-MS）和气质联用质谱（GC-MS）等。
这些技术手段的优缺点不同，应根据不同的研究目的和样品性质进行选择。
同时，应在具有严格的质量控制和标准化的分析流程中进行分析，以获得可重复和可比性的结果。
三. 代谢组学在微生物学研究中的应用代谢组学技术在微生物学研究中的应用广泛，是微生物学研究的重要工具之一。
其应用包括但不限于以下方面：1. 明确微生物代谢途径及其调控机制代谢组学技术可以揭示微生物代谢途径和调控机制，为更深入研究微生物代谢提供了基础信息。
通过代谢组学技术分析微生物活动产生的代谢产物，可以推断微生物的代谢途径和代谢途径中涉及的反应酶。
同时，代谢组学技术还可以探究代谢途径的调控机制，如糖代谢、脂肪酸代谢和氨基酸代谢等。
2. 识别微生物毒素生成机制及其抑制方法代谢组学技术还可以通过检测微生物生长过程中的代谢产物，识别微生物毒素生成的机制及其不同阶段的代谢特征，以开发微生物毒素的防治等应用均有前景。
代谢组学和微生物组学
代谢组学和微生物组学摘要：一、代谢组学与微生物组学概述1.代谢组学定义及应用2.微生物组学定义及应用二、代谢组学与微生物组学的关系1.微生物组代谢活性分析2.肠道微生物对宿主生物学的影响三、斯坦福大学sonnenburg实验室的研究1.开发聚焦微生物组代谢产物的代谢组学工作流程2.建立包含800多种真菌和细菌代谢标准的质谱参考库四、代谢组学与微生物组学的实际应用1.解析复杂生物样本中的微生物代谢产物2.揭示微生物群落结构与功能的关系正文：代谢组学和微生物组学是两个广泛应用于生命科学研究领域的学科。
它们在探索生物系统的奥秘，特别是在解析微生物与宿主之间的相互作用方面具有重要意义。
代谢组学是研究生物体内所有代谢物及其相互作用的科学。
代谢物是生物体在生长、发育、繁殖等过程中产生的化学物质。
代谢组学通过高通量分析技术对代谢物进行定性和定量分析，以揭示生物体在不同生理和病理状态下的代谢规律。
代谢组学应用广泛，涉及医学、农业、工业等领域。
微生物组学则是研究微生物群落的组成、结构和功能的学科。
微生物广泛存在于自然界和生物体内，与宿主共同演化。
微生物组学通过高通量测序技术分析微生物群落的多样性，探索微生物在宿主生理和病理过程中的作用及机制。
微生物组学在医学、生态学、环境科学等领域具有重要应用价值。
代谢组学与微生物组学密切相关。
微生物在生长过程中会产生多种代谢产物，这些产物对宿主的生理和病理过程产生影响。
通过代谢组学技术，可以分析微生物产生的代谢活性物质，揭示其对宿主生物学的影响。
近年来，代谢组学在微生物组研究中的应用逐渐增多，为解析微生物与宿主之间的相互作用提供了新思路。
斯坦福大学sonnenburg实验室专注于微生物组代谢产物的研究。
他们开发了一个聚焦于微生物组代谢产物的代谢组学工作流程，以解析肠道微生物的代谢活性及其对宿主生物学的影响。
该流程包括建立一个包含800多种真菌和细菌代谢标准的质谱参考库，为代谢组学数据分析提供了有力支持。
基因组学和代谢组学在微生物学上的研究
基因组学和代谢组学在微生物学上的研究微生物学是研究微生物的结构、生理、生态和分类等方面的科学。
随着现代生物技术的发展，微生物学的研究发现越来越多的新物种和新功能。
基因组学和代谢组学是现在微生物学研究中非常重要的工具。
本篇文章将介绍基因组学和代谢组学在微生物学上的研究。
一、基因组学在微生物学上的研究基因组学是研究基因组的结构、组成和功能的学科。
在微生物学中，基因组学是研究微生物的基因组结构、编码基因和非编码基因等方面的学科。
随着现代DNA测序技术的发展，我们可以方便地测序一个微生物的基因组序列。
基因组学的研究成果不仅可以用于微生物物种的分类，还可以研究微生物的遗传特性和代谢通路等。
例如，我们可以通过基因组测序的方式，鉴定和描述一些具有重要代谢功能的微生物。
从转录组角度分析基因表达情况，可了解到微生物的代谢通路。
基因组学也可以用于研究微生物的生态环境，最常见的是通过研究微生物所在的环境中的基因组来揭示微生物的特性。
基因组学的研究不仅仅是基因序列的测定，还包括了创建微生物基因组数据库和利用碱基突变来研究微生物种群结构等领域，因此基因组学对微生物学的研究有着广泛的需求和应用。
二、代谢组学在微生物学上的研究代谢组学是通过对组织、细胞或生物的代谢产物进行分析，来研究细胞代谢特性的学科。
在微生物学中，代谢组学是研究微生物代谢产物的组成、分布、特性以及在生命过程中的作用。
因为代谢通路是微生物的生长和代谢的基础，所以代谢组学成为探寻微生物的代谢机制以及微生物特定代谢物质的生产等方面特别重要的工具之一。
代谢组学的研究通常基于质谱和色谱技术。
对于代谢产物组成的解析和鉴定，质谱技术是不可或缺的。
色谱技术主要用于对分离出的代谢产物进行分离和净化。
在微生物代谢物分析研究中，色谱技术特别重要。
微生物代谢产物的分析研究还包括挖掘鉴定新的微生物代谢产物。
例如为了寻找新的抗生素，研究人员就可以在微生物代谢产物中寻找潜在的天然化合物，并寻找途径以优化产物产率。
代谢指纹分析及其在微生物研究中的应用
代谢指纹分析及其在微生物研究中的应用摘要：代谢指纹分析是新兴的代谢组学的主要研究方法之一，本文综述了代谢指纹分析的研究方法及其在微生物领域的研究应用进展。
关键词：代谢组学；代谢指纹分析；微生物代谢组学是20世纪90年代中期发展起来的一门对生物体或细胞等所有小相对分子质量代谢产物进行定量和定性分析的新技术。
这门新兴的学科凭借其整体论优势在最近几年得到了迅速的发展，广泛地应用到了功能基因组学、生物医学、微生物学等领域。
1.代谢组学简介代谢组学（Metabonomics或Mmetabolomics）是通过考察生物体系受刺激或扰动后(某个特定的基因变异或环境变化)其代谢产物的变化或随时间的变化，是研究生物体系代谢途径的新技术[1]。
Nicholson最初给出的定义是：定量测量生物体因病理生理刺激或基因改变引起的代谢应答变化[2]，系统性的代谢组学概念应将机体的代谢过程与微生物代谢以及外源环境因子的相互作用因素综合起来[3]。
研究过程中，逐步提出了一些相关概念，如代谢物靶目标分析(Metabolite target analysis)、代谢轮廓(谱)分析(Metabolic profiling analysis)和代谢指纹分析(Metabolic fingerprinting analysis)等。
2.代谢指纹分析的产生及原理20世纪80年代初，美国BIOLOG公司开发了一种新的微生物鉴定方法-代谢指纹法，并将其应用于微生物的自动化检测。
其原理是根据细菌对碳源（或氮源）利用的差异来区别和鉴定细菌，不同的细菌会利用不同碳源（或氮源）进入新陈代谢过程（称为呼吸），而对其他一些碳源（或氮源）则无法利用，将每种细菌能利用和不能利用的一系列碳源（或氮源）进行排列组合，就构成了该种细菌特定的代谢指纹，由于细菌在利用碳源进行呼吸时，会发生一系列的氧化-还原反应，产生电子，TTC（四唑紫，2,3,5-TriphenylTetrazoliumChloride）在呼收电子后，会由无色的氧化型转变为紫色的还原型，通过肉眼观察或计算机控制的读数仪，将反应结果同数据库中的指纹进行比对，从而得到细菌的鉴定结果。
微生物基因组学与代谢组学分析
微生物基因组学与代谢组学分析微生物是指肉眼无法看到的微小生物，它们广泛存在于自然界中的各种环境中，包括土壤、水体、空气以及其他生物体表面和内部等，并且在人体内，微生物也身体活跃。
微生物的基因组学和代谢组学研究所得的信息，将对微生物的分类、鉴定、功能以及工业应用提供有益的信息。
本文将从两个方面来介绍微生物基因组学与代谢组学的分析。
微生物基因组学分析微生物基因组学是运用遗传学、分子生物学、生物信息学等技术，研究微生物基因组的分布、组成、表达及其功能的一门科学。
对于微生物基因组学的分析，主要包括两个方面：第一方面是基因组测序。
通过测定微生物基因组的DNA序列，可以了解微生物的基因、调节区、编码蛋白质及RNA等信息。
经过基因注释和编码基因区域的分析，可以了解微生物的分类、系统进化、代谢及生理功能等。
基因组测序还可以为基因工程和生物信息学等提供有益信息，为人类的用途提供基础支持。
第二方面是基因组比较分析。
基因组比较分析是通过对多个不同微生物的基因组的比较，确定基因组之间的相似度，从而了解在进化过程中，哪些基因是保守的，哪些基因可能是新进的，对于生物体的生存和繁殖都十分重要。
基因组比较的也可以为基因家族的功能类型推断、代谢途径和重要生物功能等提供信息。
微生物代谢组学分析微生物代谢组学是运用生化学，分析微生物在代谢过程中所涉及到的化学反应等，旨在了解微生物代谢途径和其相关的底物和产物等，这有助于进一步推测微生物的生态位、代谢能力及其在生物输变化过程中所发挥的作用。
为了更好的实现微生物代谢组学的分析，现有的技术可以分为三类：第一类是代谢组学初步测序。
通过从代表性微生物中提取代谢物数据，结合其基因组信息，可以初步了解其代谢能力及其代谢途径。
第二类是代谢物指纹图谱。
这是一种基于色谱和质谱技术的分析方法，旨在对生物样品或代谢物进行定性和定量分析。
通过通过比较代谢物指纹图谱可以确定微生物的类型、分类、代谢途径和关键酶或代表性代谢物。
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代谢组学及其在微生物领域的研究进展
摘要：代谢组学是效仿基因组学和蛋白质组学的研究思想,对生物体内所有代谢物进行定量分析,并寻找代谢物与生理病理变化的相对关系的研究方式。
本文在介绍代谢组学基本含义的基础之上，对代谢组学的研究方法及其在环境微生物领域的研究进展进行了评述。
关键词：代谢组学环境微生物评述
一、代谢微生物概述
代谢组学(metabonomics/ metabolomics) 是效仿基因组学和蛋白质组学的研究思想,对生物体内所有代谢物进行定量分析,并寻找代谢物与生理病理变化的相对关系的研究方式,是系统生物学的组成部分。
其研究对象大都是相对分子质量1000以内的小分子物质。
先进分析检测技术结合模式识别和专家系统等计算分析方法是代谢组学研究的基本方法。
化学分析技术中最常用的是1h核磁共振(1hnmr)以及色谱(毛细管电泳)-质谱联用(x-ms)。
目前代谢组数据处理的主要方法是:应用主成分分析(pca) 等将从原始图谱信息或预处理后的信息进行归类,并采用相应的可视化技术直观地表达出来;建立类别间的数学模型,使各类样品间达到最大的分离,并利用建立的多参数模型对未知的样本进行预测;最终建立可利用的该领域的应用数据库和专家系统。
应用代谢组学可进行疾病诊断、对药物进行毒性评价和研究植物细胞代谢等。
二、代谢组学的研究方法
代谢物组学分析中,对于不同类型的代谢产物,往往要采取不同
的分析方法进行研究。
目前,代谢物组学通常采用红外光谱法
( infraredspectroscopy , ir) 、核磁共振( nuclear magneticresonance , nmr)、质谱(mass spectrometry , ms) 、高效液相色谱( high performance liquidchromatography , hplc) 以及各种技术的耦联,如气象色谱耦联质谱( gas chromatography2mass spectrometry,gc/ms)和液相色谱耦联质谱(liquid chromatography2mass spectrometry,lc/ms)来分析研究代谢物并为其绘制图谱。
这些技术的耦联可以提高对样品的分辨率、敏感性及选择度,有利于对更多的生物体系内的代谢物绘制图谱。
一般来说,选择代谢物组学分析方法时,其原则是要同时考虑仪器和技术的检测速度、选择性和灵敏度,找到一种最适合目标化合物的方法。
三、代谢组学在微生物领域的研究进展
(一)微生物分类,突变体筛选以及功能基因研究
经典的微生物分类方法多根据微生物形态学以及对不同底物的
代谢情况进行表型分类。
最近,随着分子生物学的突飞猛进,基因型分类方法如16srdna测序,dna杂交以及pcr指纹图谱等方法得到了广泛应用。
然而,某些菌株按照基因型与表型两类方法分类会得出不同的结果。
因此,根据不同的分类目的联合应用这两类方法已成为一种趋势。
biolog等方法在表型分类中应用较为广泛,但是,代谢谱分析方法(metabolic p rofiling)异军突起,逐渐成为一种快速、
高通量,全面的表型分类方法。
采用代谢组分类时,可以通过检测胞外代谢物来加以鉴别。
常用的胞外代谢物检测方法为样品衍生化后进行gc2ms分析、薄层层析或hplc2ms分析,最后通过特征峰比对进行分类。
bundy等采用nmr分析代谢谱成功地区分开临床病理来源以及实验室来源的不同杆菌(bacillus cereus)。
除了表型分类外,代谢组学数据可以应用于突变体的筛选。
在传统研究中的沉默突变体(即未发生明显的表型变化的突变体)内,突变基因可能导致了某些代谢途径发生变化,通过代谢快照(metabolic snap shot)可以发现该突变体并研究相应基因的功能。
(二)发酵工艺的监控和优化
发酵工艺的监控和优化需要检测大量的参数,利用代谢组学研究工具可以减少实验数量,提高检测通量,并有助于揭示发酵过程的生化网络机制,从而有利于理性优化工艺过程。
buchholz等采用连续采样的方法研究了大肠杆菌在发酵过程中的代谢网络的动力学变化。
他们在葡萄糖缺乏的培养液培养的大肠杆菌中加入葡萄糖,并迅速混匀,按每秒4～5次的频率连续取样。
利用酶学分析、hplc/lc2ms等手段监测样品中多达30种以上的代谢物、核苷以及辅酶,从而解析了葡萄糖以及甘油的代谢途径和底物摄取体系。
通过统计学分析建模,发现在接触葡萄糖底物后的15～25s范围内,大肠杆菌体内发生的葡萄糖代谢物变化与经典生化途径相符,但随后的过程则与经典途径不符,推测可能存在新的未知调控步骤。
takors认为,通过上述代谢动力学研究,掌握代谢途径及网络中的
关键参数,将直接有利于代谢工程的优化,包括菌株的理性优化以及发酵参数的调控。
(三)环境微生物研究
微生物降解是环境中去除污染物的主要途径。
深入了解污染物在微生物内的代谢途径,将有助于人们优化生物降解的条件,从而实现快速的生物修复。
这些代谢中间体大都通过萃取、分析方法进行逐个研究,并借助专家经验拟合出代谢途径,其动力学过程亦很少触及。
代谢组学方法的采用有可能改变这一现状。
boersma等采用代谢组学方法研究氟代酚的微生物降解途径。
氟代化合物具有特殊的19f核磁共振属性,19f的核磁共振灵敏度与1h核相近;由于生物体内无内源性19f核磁信号,因而无本底干扰。
所有19f核磁信号均可归结于异生素及其代谢物。
19f核的化学位移值宽,约为
700ppm(1h为15ppm,13c为250ppm)。
较宽的化学位移导致19 f在不同取代物的峰图不易产生重叠。
因此,借助核磁共振技术可以更方便地研究含氟化合物的代谢中间体。
boersma等根据总代谢物的核磁共振图谱,推测出红球菌内羟化酶在不同的取代位(1,2,3三种不同的取代数量)羟基化氟代酚,然后再通过儿茶酚内位双加氧酶开环形成氟代粘糠酸的代谢过程。
此外,他们还首次检测到开环后的下游代谢物,即通过氯粘糠酸异构酶生成氟代粘糠酸内酯以及氟代马来酸等中间代谢物。
根际(rhizosphere)空间在植物2微生物相互作用中发挥着重要的作用。
narasimhan等利用根际代谢物组(rhizosphere metabolomics)方法,阐释了植物分泌物对根际微生
物降解多氯代酚( pcb)的作用机制。
然而,在采用拟南芥突变体(产生较少的phenylp ropanoids)的对照组中,降解菌的数量较低,降解率也仅达50%。
结果表明植物根际分泌的次级代谢物促进降解菌的繁衍增殖,从而促进了污染物的降解。
此外,微生物代谢组学还应研究如何改进样品的制备方法。
例如,在代谢组研究中,为了中止细胞代谢反应采用冷淬火(cold quenching)方法,将细胞样品迅速置于低温(液氮或-70℃甲醇中),这会导致许多微生物发生冷休克(cold2shock) ,释放出大量的胞内物质,引起代谢组学定量研究发生偏差。
参考文献：
[1]周宏伟,谭凤仪,钟音,栾天罡.代谢组学及其在微生物领域的研究进展[j].分析化学.2007(2).
[2]郑卉,李良智,葛志强,元英进.代谢物组学及其在微生物研究中的应用[j].中国生物工程杂志.2005,25(5).
[3]金伟,牟颖,金钦汉.金属组学、代谢组学及其它[j].理化检验.化学分册,2005,(04).。