代谢组学综述

合集下载

he4 代谢组学

he4 代谢组学

代谢组学是研究生物体被扰动后(如基因改变或环境变化),其代谢产物(内源性代谢物质)种类、数量及其变化规律的科学。

具体来说,这门学科着重研究的是生物整体、器官或组织的内源性代谢物质的代谢途径及其所受内在或者外在因素的影响及随时间变化的规律。

它采用质谱法来鉴别特定的代谢物,研究对象大多是分子量在1000Da以下的小分子物质,如糖、有机酸、脂质、氨基酸、芳香烃等。

同时,代谢组学与基因组、转录组、蛋白组是系统生物学的重要组成部分,四大组学为我们从微观到宏观层面充分了解一个生命体架起了一座桥梁,解释了生命体从微观DNA分子到分泌小分子代谢物的整个变化过程。

前沿代谢组学研究综述

前沿代谢组学研究综述

前沿代谢组学研究综述近年来,随着生物技术的快速发展,代谢组学技术的应用越来越广泛。

代谢组学研究是通过对生物体内代谢产物的分析,探索人体健康和疾病的机制以及代谢的变化规律,是系统生物学领域中的一个重要分支。

它可以同时定量分析数千种代谢物,研究复杂疾病的通路及其调控机制,从而为新药研发和临床诊断提供重要参考。

代谢组学的研究方法主要包括质谱分析、核磁共振、色谱分析等技术。

其中液相色谱-质谱联用技术(LC-MS)能够同时实现高灵敏度和高分辨率的代谢物定量分析,已成为代谢组学研究的主要方法之一。

此外,还有气相色谱-质谱联用技术(GC-MS)等技术也被广泛应用在代谢组学研究中。

代谢组学研究的主要对象包括人体组织、细胞、血液、尿液、糖尿病患者、癌症患者等。

对于不同对象的代谢组学研究,其研究重点也会不同。

例如,对于癌症的代谢组学研究,主要关注癌细胞与正常细胞之间的代谢差异,寻找新的治疗靶标;对于糖尿病患者的代谢组学研究,则主要聚焦代谢异常的病理生理机制,挖掘潜在的治疗方法。

在代谢组学研究中,代谢物注释是一个重点和难点。

代谢物注释可以为疾病的机制研究提供方向,并推进药物开发。

然而,当前注释代谢物的数据库覆盖率较低,且不同的数据库存在着注释结果的偏差。

为了解决这一问题,国际上出现了一些数据库整合平台,如MetaboAnalyst、XCMS Online等,将多个代谢物数据库整合在一起,提供更为全面的注释信息,有力地推动了代谢物注释的进展。

近年来,基于组学数据的机器学习方法成为代谢组学研究中的一个热点。

机器学习可以挖掘数据中的潜在关联性,并帮助找到新的疾病标志物和治疗策略。

例如,通过数据挖掘方法,已经发现了多种与糖尿病相关的代谢通路,并发现了多个潜在的治疗靶点。

随着基因组学、蛋白质组学等多组学数据的继续积累,基于组学数据挖掘的方法也会更加广泛地应用于代谢组学研究中。

总之,代谢组学研究已经成为了生命科学领域中的一个重要分支,具有广阔的研究前景。

代谢组学研究的最新进展

代谢组学研究的最新进展

代谢组学研究的最新进展近年来,代谢组学研究成为了生命科学领域中备受关注的新兴研究领域。

代谢物组成是细胞、组织和生物体内最基本的生物化学过程之一,它涉及到生物体对能量、物质和信息的处理、转化和调控等过程,在生物学、医学和营养学等方面具有广泛的应用前景。

本文将综述代谢组学研究的最新进展和成果。

一、代谢组学研究的基础代谢组学研究的核心技术是代谢组分析,它是以质谱和核磁共振(NMR)等技术为基础,对生物体内代谢物进行高通量和高灵敏度的检测和定量。

代谢组分析能够同时检测和鉴定数千种代谢物,为代谢组和生物体系研究提供重要技术支持。

代谢组学研究需要结合生物信息学、统计学和化学等多学科交叉,需要对代谢组分析数据进行预处理、质量控制、统计分析、生信注释和数据挖掘等工作。

随着计算机技术的飞速发展,代谢组学研究在数据采集和分析方面的技术不断提升,为代谢组学研究提供了更广阔的发展空间。

二、代谢组学研究的应用1、代谢组学在疾病诊断和治疗方面的应用代谢组学作为一种高通量代谢物组分析技术,在疾病的早期诊断、研究和治疗中具有很大的应用潜力。

例如,代谢组分析可以在个体水平检测临床标志物,帮助医生更准确地诊断和区分不同类型的疾病。

代谢组学可以在糖尿病、肝癌、冠心病、乳腺癌等疾病的早期诊断中发挥重要作用。

此外,代谢组学还可以用于分析药物代谢和毒性,帮助药物研发公司更好地评估药物的药效和安全性。

代谢组学在肝脏病理、肾脏病理、神经退行性疾病和肿瘤等领域的研究中也发挥着越来越重要的作用。

2、代谢组学在营养与健康领域的应用代谢组学作为一种研究营养与健康的新兴技术,可以帮助人们更好地了解人体代谢在不同生命状态下的情况。

代谢组学可以评估人体的营养状态,揭示营养素代谢途径和相关代谢物,为人们提供更科学和个性化的营养指导。

代谢组学还可以用于分析食物中的代谢产物,探索食物与健康之间的关系。

代谢组学在营养与健康领域的最新研究成果表明,食物中的特定代谢物(如白藜芦醇、咖啡因等)能够与健康相关联,提供了关于人类健康更深刻的认识。

代谢组学概述

代谢组学概述

代谢组学概述代谢组学是一门综合性的生物学研究领域,通过分析生物体内代谢产物的变化,揭示生物体内代谢网络的调控机制和代谢异常与疾病之间的关系。

代谢组学在生命科学研究、医学诊断与治疗、食品安全等领域具有重要的应用价值。

代谢组学的研究对象主要是代谢产物,包括代谢物、代谢酶和代谢途径等。

代谢产物是生物体代谢活动的结果,通过分析代谢产物的种类和含量,可以了解生物体的代谢状态和变化。

代谢酶是催化代谢反应的关键蛋白质,通过研究代谢酶的活性和表达水平,可以揭示代谢途径的调控机制。

代谢途径是一系列相互关联的化学反应,通过研究代谢途径的变化,可以了解生物体的代谢网络和调控机制。

代谢组学的研究方法主要包括代谢物分析、代谢酶活性测定和代谢途径研究等。

代谢物分析是代谢组学的核心技术,目前常用的代谢物分析方法包括质谱技术、核磁共振技术和高效液相色谱技术等。

质谱技术可以用于代谢物的定性和定量分析,核磁共振技术可以用于代谢物的结构鉴定,高效液相色谱技术可以用于代谢物的分离和纯化。

代谢酶活性测定是研究代谢酶功能的重要方法,通过测定代谢酶的催化反应速率,可以了解代谢酶的活性和调控机制。

代谢途径研究是研究代谢途径调控机制的关键方法,通过构建代谢途径模型,可以揭示代谢途径的结构和调控机制。

代谢组学在生命科学研究中具有广泛的应用价值。

通过代谢组学的研究,可以了解生物体在不同生理状态下的代谢特征和代谢网络的调控机制,揭示疾病发生发展的分子机制,为疾病的预防和治疗提供理论依据。

代谢组学在医学诊断与治疗中也有重要的应用,通过分析生物体的代谢产物,可以进行疾病的早期诊断、疾病的分型和预后评估,并为个体化治疗提供依据。

此外,代谢组学还可以用于食品安全的检测和评估,通过分析食品中的代谢产物,可以了解食品的质量和安全性。

代谢组学是一门综合性的生物学研究领域,通过分析生物体内代谢产物的变化,揭示生物体内代谢网络的调控机制和代谢异常与疾病之间的关系。

代谢组学在生命科学研究、医学诊断与治疗、食品安全等领域具有重要的应用价值。

药代动力学^^关于代谢组学的概述

药代动力学^^关于代谢组学的概述

药代动⼒学^^关于代谢组学的概述代谢组学在中药研究中的应⽤前⾔代谢组学(metabonomics/metabolomics)是继基因组学和蛋⽩质组学之后,在20世纪90年代中期发展起来的⼀门新学科,是系统⽣物学的重要组成部分。

代谢组学的概念来源于代谢组,代谢组是指某⼀⽣物或细胞在⼀特定⽣理时期内所有的低分⼦量代谢产物,代谢组学则是对其低分⼦量代谢产物同时进⾏定性和定量分析的⼀门新学科。

随着药物研发⽔平的提⾼,外源化合物也⽇渐增多,传统的毒性筛选⽅法已不能满⾜当前药物毒理学研究的需求。

现代⽣物学研究表明,⼤多数病理过程是在基因调控下进⾏的(迅速坏死除外)。

药物往往会直接或间接地引起基因表达的改变,特定基因表达的差异在代谢物⽔平上被进⼀步放⼤。

代谢组学是利⽤⾼通量检测技术在代谢物的整体⽔平上检测机体在药物暴露后的各种⽣理⽣化指标,结合传统的病理学终点,可以对药物的毒性作⽤机制进⾏深⼊的了解。

多年来,中药多成分、多靶点和作⽤的多样性,给其作⽤机制研究、安全性研究和传统理论与现代医学理论的结合认识,以及中医治疗疾病的整体观念的理解等具有相当的困难。

⽽代谢组学是反应机体状况的分⼦集合与其功能之间的关系,所有对机体健康影响的因素均可反映在代谢组中,即代谢组学具有明显的整体反应性的特点。

这⼀特点与中医治疗疾病的整体观念⼗分吻合。

因此认为应⽤代谢组学⽅法研究中药的作⽤物质基础、作⽤机制,甚⾄安全性都是值得探索的。

本世纪以来,代谢组学的飞速发展和其应⽤领域的不断扩展,为中药研究提供了新的研究理念和研究⽅法。

1、代谢组学的发展代谢组学(metabolomics)的出现是⽣命科学研究的必然。

在20世纪90年代中期发展起来的代谢组学,是对某⼀⽣物或细胞中相对分⼦量⼩于1,000的⼩分⼦代谢产物进⾏定性和定量分析的⼀门新学科。

代谢组作为系统⽣物学的重要组成部分,在医药领域具有⼴泛的应⽤前景。

代谢组学的出现是效仿基因组学和蛋⽩质组学的研究思想。

opa1 代谢组学

opa1 代谢组学

opa1 代谢组学OPA1代谢组学引言OPA1(Optic Atrophy 1)是一种负责线粒体融合的蛋白质,其突变会导致线粒体功能丧失和细胞凋亡,进而引发多种疾病。

近年来,随着代谢组学技术的发展,研究者们开始利用代谢组学方法来探索OPA1的功能和调控机制,以期从代谢角度揭示其与疾病的关联。

本文将就OPA1代谢组学研究的进展进行综述。

OPA1代谢组学技术代谢组学是一种研究生物体在特定条件下代谢产物的全面分析方法。

在OPA1代谢组学研究中,研究者们采用质谱和核磁共振等技术,分析OPA1突变体和野生型样本的代谢产物差异,以发现与OPA1功能和调控相关的代谢通路和关键分子。

OPA1代谢组学的应用OPA1突变与多种疾病的发生发展密切相关,如遗传性视神经病变等。

通过代谢组学研究,研究者们发现OPA1突变会导致线粒体能量代谢异常,包括氨基酸代谢、脂质代谢和糖代谢等。

此外,OPA1突变还与氧化应激和线粒体DNA损伤等生物学过程相关。

这些研究揭示了OPA1突变对细胞代谢的影响,为揭示其与疾病的关联提供了重要线索。

OPA1代谢组学研究的进展近年来,研究者们在OPA1代谢组学研究中取得了一系列重要进展。

首先,他们发现OPA1突变会导致线粒体膜电位下降和ATP合成减少,从而影响细胞能量代谢。

其次,他们发现OPA1突变会导致氨基酸代谢紊乱,特别是谷氨酸代谢异常。

此外,研究者们还揭示了OPA1突变与脂质代谢异常的关联,包括甘油磷脂和胆固醇代谢紊乱。

最后,他们还发现OPA1突变会导致糖代谢异常,包括葡萄糖、乳酸和丙酮酸等代谢物的积累。

OPA1代谢组学的意义和展望OPA1代谢组学研究为我们深入了解OPA1功能和调控的分子机制提供了重要线索。

通过揭示OPA1突变对细胞代谢的影响,我们可以进一步理解OPA1与疾病的关联,并探索新的治疗策略。

未来,我们可以进一步整合代谢组学与其他组学技术,如基因组学和蛋白质组学,以全面解析OPA1的功能和调控网络,为相关疾病的诊断和治疗提供新的思路。

代谢组学及其分析技术

代谢组学及其分析技术

代谢组学及其分析技术一、本文概述代谢组学,作为系统生物学的重要分支,专注于生物体系内所有低分子量代谢物的定性和定量分析。

这些代谢物是生物体在特定时间点或特定生理状态下,基因组、转录组和蛋白质组相互作用的最终体现,因此,代谢组学对于全面理解生物体的生理和病理过程具有重要意义。

本文将对代谢组学的基本概念、研究内容、分析方法及其在各领域的应用进行全面的阐述和深入的探讨。

我们将介绍代谢组学的基本定义和研究范围,阐述其与基因组学、转录组学和蛋白质组学的关系与区别。

接着,我们将详细介绍代谢组学的主要分析方法,包括样品制备、数据处理和代谢物鉴定等关键技术,并探讨这些技术在不同生物样本(如血液、尿液、组织等)中的应用及其优缺点。

我们还将重点介绍代谢组学在疾病诊断、药物研发、营养学、环境科学等领域的应用实例,展示其在生命科学研究中的巨大潜力和广阔前景。

通过本文的阅读,读者将对代谢组学及其分析技术有更加全面和深入的理解,为相关领域的研究和实践提供有益的参考和启示。

二、代谢组学的研究内容代谢组学,作为系统生物学的一个重要分支,主要研究生物体系内所有小分子代谢物的动态变化。

这些小分子代谢物包括氨基酸、碳水化合物、有机酸、核苷酸、脂质等,它们在生物体内参与各种生物化学反应,是生命活动不可或缺的一部分。

代谢组学的研究内容涵盖了从代谢物的鉴定、定量,到代谢网络的构建,再到代谢途径的分析等多个方面。

代谢组学的研究需要对生物样本中的代谢物进行全面的鉴定和定量。

这通常涉及到各种先进的分析技术,如核磁共振(NMR)、质谱(MS)等。

通过这些技术,研究人员可以精确地确定样本中代谢物的种类和数量,从而获取生物体系的代谢轮廓。

代谢组学的研究还需要构建代谢网络,以揭示代谢物之间的相互关系。

代谢网络是一个复杂的网络系统,其中每个代谢物都是网络的一个节点,而代谢物之间的转化关系则构成了网络的边。

通过构建代谢网络,研究人员可以更好地理解生物体内的代谢过程,揭示代谢途径的调控机制。

代谢组学概述范文

代谢组学概述范文

代谢组学概述范文代谢组学是一门研究生物体在特定环境下代谢产物的全面分析的科学领域。

它是基因组学、蛋白质组学和转录组学之后新兴的“组学”领域之一、代谢组学通过测量和分析生物体内各种代谢产物的水平和变化,提供了对生物体内代谢过程的全面了解和描述。

代谢组学的主要目的是揭示生物体在特定环境下的代谢反应,解释其对生物体生理状态的影响,并为疾病诊断和预后提供新的分子标志物。

代谢组学的方法包括质谱分析、核磁共振技术等。

其中,质谱分析是最主要的分析工具之一,可以高效地检测和定量代谢产物。

核磁共振技术则可以提供代谢产物的结构信息。

代谢组学的研究内容包括代谢产物的鉴定和定量、代谢通路的分析、代谢物之间的相关性研究以及代谢物与其他“组学”数据之间的整合分析。

通过这些研究,可以揭示生物体与环境之间的相互作用,了解它们在不同生理、病理状态下的代谢调节机制。

代谢组学在医学研究中的应用非常广泛。

通过对患者的生物体液(如血液、尿液)进行代谢组学分析,可以发现与疾病相关的代谢异常,为早期疾病诊断和预后评估提供新的生物标志物。

例如,在癌症研究中,代谢组学可以揭示肿瘤与正常组织之间的代谢差异,为早期肿瘤诊断和疗效评估提供新的指标。

此外,代谢组学还可以用于研究药物的代谢途径和副作用,指导个体化用药。

除了医学领域,代谢组学在农业、食品科学、环境科学等领域也有重要应用。

在农业领域,代谢组学可以研究作物的代谢途径和调控机制,提高作物的产量和品质。

在食品科学中,代谢组学可以用于研究食品中的化学成分和食品加工过程中的代谢产物变化,为食品的安全性评估和质量控制提供依据。

在环境科学中,代谢组学可以用于研究生物体对环境污染物的代谢响应,为环境污染的监测和评估提供新的方法。

总的来说,代谢组学是一门研究生物体代谢状态的全面分析科学,它为理解生物体与环境之间的相互作用、开展疾病诊断和预后评估、优化农业生产和食品安全、环境污染监测等方面提供了新的研究手段和思路。

  1. 1、下载文档前请自行甄别文档内容的完整性,平台不提供额外的编辑、内容补充、找答案等附加服务。
  2. 2、"仅部分预览"的文档,不可在线预览部分如存在完整性等问题,可反馈申请退款(可完整预览的文档不适用该条件!)。
  3. 3、如文档侵犯您的权益,请联系客服反馈,我们会尽快为您处理(人工客服工作时间:9:00-18:30)。

代谢组学综述摘要:代谢组学是20世纪90年代中期发展起来的对某一生物或细胞所有低相对分子质量代谢产物进行定性和定量分析的一门新学科,由于其广泛的应用前景,目前已成为系统生物学的重要组成部分。

现简要介绍了代谢组学的含义、代谢组学研究的历史沿革、当前代谢组学研究中的分析技术、数据解析方法,综述了代谢组学在药物毒理学研究、疾病诊断、植物和中药等领域的应用情况,并对当前代谢组学研究中存在的问题及发展趋势进行探讨。

关键词:代谢组学研究技术随着人类基因组计划等重大科学项目的实施,基因组学、转录组学及蛋白质组学在研究人类生命科学的过程中发挥了重要的作用, 与此同时, 代谢组学(metabolomics)在20世纪90年代中期产生并迅速地发展起来, 与基因组学、转录组学、蛋白质组学共同组成系统生物学。

基因组学、转录组学、蛋白质组学和代谢组学等各种组学0在生命科学领域中发挥了重要的作用, 它们分别从调控生命过程的不同层面进行研究, 使人们能够从分子水平研究生命现象, 探讨生命的本质, 逐步系统地认识生命发展的规律。

这些组学手段加上生物信息学, 成为系统生物学的重要组成部分。

代谢组学的出现和发展是必要的, 同时也是必须的。

对于基因组学和蛋白质组学在生命科学研究中的缺点和不足, 代谢组学正好可以进行弥补。

代谢组学研究的是生命个体对外源性物质(药物或毒物)的刺激、环境变化或遗传修饰所做出的所有代谢应答, 并且检测这种应答的全貌及其动态变化。

代谢组学方法为生命科学的发展提供了有力的现代化实验技术手段, 同时也为新药临床前安全性评价与实践提供了新的技术支持与保障。

1 代谢组学的概念及发展代谢组学最初是由英国帝国理工大学Jeremy N icholson教授提出的, 他认为代谢组学是将人体作为一个完整的系统, 机体的生理病理过程作为一个动态的系统来研究, 并且将代谢组学定义为生物体对病理生理或基因修饰等刺激产生的代谢物质动态应答的定量测定。

2000年, 德国马普所的Fiehn等提出了代谢组学的概念, 但是与N icholson提出的代谢组学不同, 他是将代谢组学定位为一个静态的过程, 也可以称为/代谢物组学, 即对限定条件下的特定生物样品中所有代谢产物的定性定量分析。

同时Fiehn还将代谢组学按照研究目的的不同分为4类: 代谢物靶标分析, 代谢轮廓(谱)分析, 代谢组学, 代谢指纹分析。

现在代谢组学在国内外的研究都在迅速地发展, 科学家们对代谢组学这一概念也进行了完善, 作出了科学的定义: 代谢组学是对一个生物系统的细胞在给定时间和条件下所有小分子代谢物质的定性定量分析, 从而定量描述生物内源性代谢物质的整体及其对内因和外因变化应答规律的科学。

与基因组学、转录组学、蛋白质组学相同, 代谢组学的主要研究思想是全局观点。

与传统的代谢研究相比, 代谢组学融合了物理学、生物学及分析化学等多学科知识, 利用现代化的先进的仪器联用分析技术对机体在特定的条件下整个代谢产物谱的变化进行检测, 并通过特殊的多元统计分析方法研究整体的生物学功能状况。

由于代谢组学的研究对象是人体或动物体的所有代谢产物, 而这些代谢产物的产生都是由机体的内源性物质发生反应生成的, 因此, 代谢产物的变化也就揭示了内源性物质或是基因水平的变化, 这使研究对象从微观的基因变为宏观的代谢物, 宏观代谢表型的研究使得科学研究的对象范围缩小而且更加直观, 易于理解, 这点也是代谢组学研究的优势之一。

代谢组学的优势主要包括: 对机体损伤小, 所得到的信息量大, 相对于基因组学和蛋白质组学检测更加容易。

由于代谢组学发展的时间较短, 并且由于代谢组学的分析对象是无偏向性的样品中所有的小分子物质, 因此对分析手段的要求比较高, 在数据处理和模式识别上也不成熟, 存在一些不足之处。

同时生物体代谢物组变化快, 稳定性较难控制, 当机体的生理和药理效应超敏时, 受试物即使没有相关毒性, 也可能引起明显的代谢变化, 导致假阳性结果。

代谢组学应用领域大致可以分为以下7个方面:( 1)植物功能基因组研究, 主要以拟南芥为研究模型, 也包括一些转基因作物的研究。

( 2) 疾病诊断, 根据代谢物特征图谱诊断肿瘤、糖尿病等疾病。

( 3)制药业即新药临床前安全性评价, 主要通过高通量比对预测药物的毒性和有效性, 通过全面分析来发现新的生物指示剂。

( 4)微生物领域。

( 5)毒理学研究, 包括利用代谢组学平台研究环境毒理及药物毒理。

( 6)食品及营养学, 即研究食品中进入体内的营养成分及其与体内代谢物的相互作用。

( 7 )在中药现代化及其机理上的研究。

2 代谢组学的研究方法代谢组学的研究过程一般包括代谢组数据的采集、数据预处理、多变量数据分析、标记物识别和途径分析等步骤。

首先, 采集生物样品(如尿液、血液、组织、细胞和培养液等), 对其进行生物反应灭活、预处理。

再运用先进的分析手段如核磁共振、质谱或色谱等检测样品中所有代谢物的种类、含量、状态, 从而得到原始的大量的反映生物样品信息的实验数据, 而后使用多变量数据分析方法对获得的多维复杂数据进行降维和信息挖掘, 从这些复杂大量的信息中筛选出最主要的最能反映代谢物变化的主要成分, 再通过模式识别将其与标准的代谢物谱进行比对, 或是根据代谢物谱在时程上的变化来寻找生物标记物, 研究相关代谢物变化涉及的代谢途径和变化规律, 以阐述生物体对相应刺激的响应机制。

同时由于不同分析手段各有其特点, 在不同应用领域使用的分析方法也是有所不同的。

2.1 核磁共振技术核磁共振( nuclearmagnetic resonance, NMR )是有机结构测定的四大谱学之一, 作为一种分析物质的手段, 由于其可深入物质内部而不破坏样品, 并具有迅速、准确、分辨率高等优点而得以迅速发展和广泛应用。

在代谢组学发展的早期, NMR 技术被广泛应用在毒性代谢组学的研究中。

NMR 的优势在于能够对样品实现无创性、无偏向的检测, 具有良好的客观性和重现性, 样品不需要烦琐处理, 具有较高的通量和较低的单位样品检测成本。

此外, 1H -NMR对含氢化合物均有响应, 能完成样品中大多数化合物的检测, 满足代谢组学中的对尽可能多的化合物进行检测的目标。

NMR虽然可对复杂样品如尿液、血液等进行非破坏性分析, 与质谱法相比, 它的缺点是检测灵敏度相对较低(采用现有成熟的超低温探头技术, 其检测灵敏度在纳克级水平)、动态范围有限, 很难同时测定生物体系中共存的浓度相差较大的代谢产物;同时, 购置仪器所需的投资也较大。

为了改进NMR检测灵敏度较低的缺点, 可采用高分辨核磁共振技术或使用多维核磁共振技术和液相色谱- 核磁共振联用(LC-NMR)。

魔角旋转(magicangle spinning,MAS)核磁共振技术是20世纪90 年代初发展起来的一种新型的核磁共振技术, 在代谢组学的研究中,魔角旋转核磁共振波谱技术已被成功地应用到研究生物组织上, 因为生物组织在核磁共振实验中会由于磁化率不均匀、分子运动受限等因素而引起谱线增宽。

这些因素利用固体核磁共振中的MAS方法可以消除。

例如大鼠肝脏、哺乳动物肾脏以及大鼠睾丸组织等。

2.2 质谱联用技术GC—MS是代谢组学常用的方法,原先主要应用于植物组学研究,随着代}工程和分析技术的快速发展,其在微生物代谢组学的应用越来越引起关注。

GC—MS的分离效率高,易于使用且较为经济,特别是采用标准的电子轰击(EI)模式后,其使用范围和重复性都进一步提高。

但是GC—MS需要对挥发性较低的代谢物进行衍生化预处理,这一步骤会耗费额外的时间,甚至引起样品的变化。

受此限制,GC—MS无法分析热不稳定性的物质和分子量较大的代谢产物。

近来,多维分离技术如二级气相色谱飞行时间质谱(GC—GC—TOF—MS),检测范围更广,但由于实际应用困难和花费较高等问题使其并未普遍使用。

第1篇关于微生物代谢组学的文献报道了应用3种不同的GC—MS技术,分析肠系膜明串珠菌发酵生产葡聚糖过程中脂肪酸、氨基酸和糖类以监测微生物污染。

LC—MS无需进行样品的衍生化处理,检测范围广,可以作为GC—MS的补充,非常适合于生物样本中低挥发性或非挥发性、热稳定性差的代谢物。

LC与电喷雾(ESI)质谱连用可以分析大部分极性代谢物,此外,离子配对(IP)LC—MS、亲水相互作用液相色谱HILIC—MS、反相LC—MSI等可以进行不同种类代谢物的及时定量分析。

Brerau等利用HILIC—MS获得了大肠杆菌和酿酒酵母饥饿胁迫应答的代谢指纹图谱,测出68种胞内代谢物的浓度发生了改变。

LC—ESI—MS—MS分析被用于测量葡萄糖冲击下的酿酒酵母的糖分解和三羧酸循环中间代谢产物。

CE—MS分离样品效率比普通的色谱质谱联用要高得多,仅需要极少的进液量(nL),而且其测试时问短,试剂成本低。

CE—MS在微生物代谢组领域发挥着越来越重要的作用。

Ohashi等[221通过CE—TOF—MS对大肠杆菌的阴离子和阳离子代谢产物进行了全面分析和定量,鉴别出主要代谢物中的375个亲水性中问体,并对其中的198个代谢物进行了定量。

Harada等运用反相电渗流(EOF)CE—MS高效分离了辅酶A、有机酸、核苷酸和磷酸糖。

Soga等用CE—MS 系统研究了枯草杆菌在芽孢发生过程中的代谢谱的变化过程,识别出1692种代谢物,并鉴别出其中的150种。

3 代谢组学的研究流程代谢组学研究的技术平台一般流程包括样品制备、代谢产物的检测和分析鉴定、数据分析与模型建立。

下图为代谢组学的流程图1 样品制备微生物代谢物样品的制备一般分为微生物培养、淬灭和代谢产物的提取。

根据研究对象、目的和采用的分析技术不同,所需的样品提取和预处理方法各异,不存在一种普适性的标准化方法。

在样品淬灭和代谢物的提取过程中,应遵循的原则是:(1)淬灭工艺最好可以立即冻结细胞代谢。

(2)在淬灭过程中要求细胞膜无明显损伤,以免胞内代谢物外泄。

(3)提取过程中应该尽可能多的提取胞内代物。

(4)代谢产物不应该遇到任何物理或化学修饰。

(5)得到的样品基质应与所选择的分析方法相容。

冷甲醇和液氮是最常用的淬灭方法,而在提取方面由于特定的提取条件往往仅适合某些类化合物,目前尚无一种能够适合所有代谢产物的提取方法。

应该根据不同的化合物选择不同的提取方法,并对提取条件进行优化。

2 代谢产物的分析鉴定生命科学领域的巨大进步与先进分析技术密不可分,进行代谢组学研究首要解决的是分析方法上的理论和技术问题。

传统的酶法定量胞内外代谢物只能分析一个样品中的一个或几个代谢物,且需要的样品体积大。

而胞内代谢物’浓度一般很低,在淬灭或提取过程中又会被稀释,所得的样品体积一般很少,这些都将严重影响酶法定量的可靠性。

相关文档
最新文档