细菌分类方法
细菌真菌的分类
细菌真菌的分类
细菌的分类主要基于其形态，通常分为三种类型：球形菌（如球菌）、杆形菌（如杆菌）和螺旋形菌（如螺旋菌）。
细菌的基本结构包括细胞壁、细胞膜、细胞质、DNA（没有成形的细胞核）以及可能存在的荚膜和鞭毛。
细菌是异养生物，可以通过寄生或腐生方式生活，并在生态系统中担任分解者的角色。
它们的生殖方式主要是分裂生殖，并且可以形成芽孢作为休眠体，对不良环境具有较强的抵抗能力。
真菌的分类则基于其形态结构和生殖方式。
真菌细胞具有细胞核，并且其形态多样，包括单细胞真菌（如酵母菌，生殖方式为出芽生殖）和多细胞真菌（如霉菌，包括青霉和曲霉）。
此外，还存在大型食用真菌，如香菇、木耳、灵芝和牛肝菌等。
大多数真菌通过孢子生殖方式进行繁殖。
细菌的分类及命名
细菌分类学包括分类，命名和鉴定
一．细菌分类：根据细菌各自的特征，并按照亲缘关系分类，以 不同等级编排系统。分类有两种：
1. 细菌的生理生化分类法，包括有传统分类法和数值分类法。 细菌核酸、蛋白质结构的同源程度进行分类法，称种系分类或自然分类。
细菌命名：在分类基础上，给每种细菌一个科学名
01
称，便于交流并保证所有的科研工作者给予同样名
○ 学名用拉丁文，遵循“双名法”。 ○ 每一种细菌的拉丁文名称由属名和种名两部分组成如：产气荚膜梭菌
（Clostridium perfringens） ○ 属名在前，字首字母要大写，其余小写 ○ 整个属名及种名在出版物中应排成斜体 ○ 中文译名，种名在前，属名在后
二．分类学文献中的细菌拉丁文学名， 属名和种名之后，往往还要加上首次 定名人（加括号）、现名定名人和现 名定名年份，这些均用正体排字。
○ 如 Micrococcus sp.表示微球菌属的一个种， ○ Micrococcus spp. 表示微球菌属的一些种。
如果是新种，在新种的 拉丁文学名之后还要加 上“sp.nov。”，nov 是novel的缩写。
例如Lawsonia intracellularis gen．Nov. sp . Nov.， 译为：胞内劳森菌，新 属新种。
○ 一般兽医学及医学微生物学文献中，属名和 种名之后的部分均予省略。
○ 如：Escherichia coli
例如
大肠埃希菌的学名全名是：Escherichia coli(Migula) Castellani et Chalmers l919 指的是Migula于1895年命名此菌为Bacillu coli， Castellani及Chalmers于1919年改为现名。
细菌的分类命名总结
（一）细菌分类学细菌分类学是指对细菌进行分类、命名与鉴定的一门学科。
它是在全面了解细菌生物学特征的基础上，研究它们的种类，探索其起源、演化以及与其他类群之间的亲缘关系，进而提出能反映自然发展的分类系统，并将细菌加以分门别类。
1．基本概念（1）细菌的分类①以细菌的形态和生理生化特性为依据的表型特征分类法，包括有传统分类法和数值分类法；②用化学分析和核酸分析，以细菌大分子物质（核酸、蛋白质）结构的同源程度进行分类称种系分类或自然分类。
（2）细菌的命名在分类基础上，给予每种细菌一个科学名称。
按照细菌命名的法规，能保证所有的科研工作者以同样方式给予细菌命名。
（3）细菌的鉴定将未知细菌按分类原则放入系统中某一适当位置和已知细菌比较其相似性，用对比分析方法确定细菌的分类地位。
2．分类等级细菌的分类等级与其他生物相同，依次为界（kingdom）、门（division）、纲（class）、目（order）、科（family）、属（genus）、种（species）。
（1）种和型种是细菌分类的基本单位。
将生物学性状基本相同的细菌群体归成一个菌种；同一菌种的各个细菌，在某些方面仍有一定的差异，可再分成亚种，亚种以下的分类等级为型，以区别某些特殊的特征，如血清型、噬菌体型、细菌素型、生物型等。
（2）属和科性状相近、关系密切的若干菌种组成一个菌属；相近的属归为一科。
（3）标准菌株由不同来源分离的同一种、同一亚种或同一型的细菌，称为株；具有某种细菌典型特征的菌株称为模式菌或标准菌株，它是该种菌株的参比菌株，在细菌的分类、鉴定和命名时以模式菌为依据，也可作为质量控制的标准。
3．细菌命名法《国际细菌命名法典》1990年修订本（1992年ASM出版）是目前公认的命名法典，细菌科学名称（学名：拉丁文）的生物双名式（双名法），具备拉丁化文字的形式和明确分类等级的两个特点，即有一个属名和一个种名构成。
属名在前，是名词，首字母大写；种名在后，是形容词，不论是否为人名或地名均须小写；两者均用斜体表示。
菌种的分类
菌种的分类
菌种可以根据不同的分类方法进行分类。
以下是几种常见的分类方法：
1. 根据营养方式分类：
- 光合菌：能够通过光合作用合成有机物，如蓝藻菌种。
- 化学合成菌：可以通过化学反应合成有机物，如硫杆菌等。
- 胶原分解菌：可以通过分解有机物质获得能量，如霉菌。
2. 根据生殖方式分类：
- 无性生殖菌：可以通过无性生殖方式繁殖，如酵母菌。
- 有性生殖菌：可以通过有性生殖方式繁殖，如黑曲菌等。
3. 根据形态和结构分类：
- 真菌：如担子菌类、子囊菌类等。
- 真细菌：如球菌、杆菌、螺旋菌等。
4. 根据生活环境分类：
- 环境菌种：生活在土壤、水体等自然环境中，如放线菌等。
- 寄生菌种：寄生于其他生物体上，如病原菌。
这些只是一些常见的分类方法，实际上菌种的分类非常复杂，涉及到多个领域的研究和分类方法。
classification of strains can be done based on their mode of nutrition, reproductive methods, morphology and structure, and their habitat.。
细菌分类方法
1.细菌分类是根据每种细菌各自的特征，并按照它们的亲缘关系分门别
类，以不同等级编排成系统。分类有两种：①以细菌的形态和生理生化特性为依据的表型特征分类法，包括有传统分类法（classical classification）和数值分类法(numericalclassification)；②用化学分析和核酸分析，以细菌大分子物质（核酸、蛋白质）结构的同源程度进行分类称种系分类（phylogenetic classification）或自然分类（natural classfication）。
二、遗传学分类法
遗传学分类是以细菌的核酸、蛋白质等在组成的同源程度分类。该分类法具有下述的优点：（1）对细菌的“种”有一个较为一致的概念；（2）使分类不会出现经常性或根本性的变化；（3）可制定可靠的细菌鉴定方案；（4）有利于了解细菌的进化和原始亲缘关系。
目前较稳定的基因型细菌分类法有如下几种。
（一）DNA G+C mol/%测定
一按表型特征分类法细菌的形态染色以及细菌的特殊结构是最早和最基本的分类依据众多的理化特征如细菌生长条件营养要求需氧或厌氧抵抗力菌体成分能否利用某些糖类和有机酸蛋白质氨基酸代谢途径代谢产生呼吸酸毒性酶毒素致病力等也一直作为分类依据
细菌分类方法
细菌分类学（taxonomy）是指对细菌进行分类、命名与鉴定的一门学科。它的任务是在全面了解细菌的生物学特征的基础上，研究它们的种类，探索其起源、演化以及与其他类群之间的亲缘关系，进而提出能反映自然发展的分类系统，并将细菌加以分门别类。它包括三个方面：分类（classification）、命名（nomenclature）和鉴定（identification）。
DNA分子两条链上4种碱基的总分子量为100，测定其中G+G或A+T摩尔百分比，能反映出细菌间DNA分子同源程度，习惯上以G+C作为细菌分类标记。不同菌属间的G+Cmol%范围很大，在25%~75%之间，但同一种细菌G+Cmol%相当稳定，不受菌龄、培养条件和其他外界因素影响，亲缘关系越近的细菌，它们G+Cmol/%越相近。目前测定的技术多用加热变性法。加热变性的DNA由于双链DNA分开，使A260紫外吸收度增加。紫外吸收度的增加与解链程度成正比。用Tm表示DNA分子中50%解链时的温度，Tm随G+Cmol%的含量线性增加。在通常条件下，G+Cmol%为40的DNA其Tm约为87℃，每增加1%G+Cmol含量，Tm约增加0.4℃，因而通过Tm可测出G+Cmol%含量。
细菌的分类与命名
细菌的分类方法
传统分类法是临床细菌学检验的基础和依据。这种分
类法的参考书是：
Bergey’s manual of systemic bacteriology
Manual of clinical microbiology
世界畅销书
Diagnostic microbiology
全国临床检验操作规程
中文教科书
标准菌株的用处
(1)标准菌株的典型特征是实验室菌株分 类和鉴定的依据，其种名也是实验室菌 株命名的依据。 (2)标准菌株是临床细菌学检验质量控制 的标准。 (3)在科研中，如涉及细菌，必须使用标 准菌株作为参考菌株或直接使用标准菌 株作为实验材料，否则论文不能公开发 表或不能参加科研成果评定。
2．细菌的命名
(2)数值分类法：分类标记不分主次，而是同等重要看
待（等重要原则）。一般要选用50项以上的生物学特
征作为分类的依据，此分类法是细菌鉴定仪器化、自
动化、电算化的基础和原则，此法称数值分类法。
2．遗传学分类法：CDC分类系统
(1)DNAG+Cmol%测定：用加热变性法测定 两株菌G+Cmol%鉴别 1)不同属:两株菌DNAG+Cmol%相差1015%及以上 2)同属:两株菌DNAG+Cmol%之差<10-15% 3)同种不同亚种:两株菌DNAG+Cmol%之差 ≤4-5% 4)同种同亚种:两株菌DNAG+Cmol%之差 <2%
因为细菌的分类常使用科、属、种、型等分类单位，
细菌的科、属、种、型的数量大，为满足细菌分类需
要，常要求对细菌的科、属、种等进行命名，如
沙门
福氏志贺菌
志贺菌属 鲍特志贺菌
细菌的分类与命名-微生物命名规则
细菌的分类与命名-微生物命名规则细菌的分类与命名细菌分类学细菌分类学 (taxonomy)就是指对细菌进行分类、命名与判定的一门学科。
它的任务就是在全面认识细菌的生物学特色的基础上,研究它们的种类 ,探究其发源、演化以及与其她类群之间的亲缘关系,从而提出能反应自然发展的分类系统,并将细菌加以分门别类。
它包含三个方面:分类 (classification)、命名 (nomenclature)与鉴定 (identification) 。
一、基本观点1、细菌分类就是依据每种细菌各自的特色,并依照它们的亲缘关系分门别类 ,以不一样样级编排成系统。
分类有两种 :①以细菌的形态与生理生化特征为依照的表型特色分类法 ,包含有传统分类法 (classical classification)与数值分类法(numerical classification);②用化学剖析与核酸剖析,以细菌大分子物质 (核酸、蛋白质 )构造的同源程度进行分类称种系分类 (phylogenetic classification)或自然分类(natural classfication)。
2、细菌命名在分类基础上 ,赐予每种细菌一个科学名称,使之在生产实践、临床实践与科学研究工作中互相沟通成为可能。
依照细菌命名的法例,能保证全部的科研工作者以相同方式赐予细菌命名。
3、细菌判定将未知细菌按分类原则放入系统中某一适合地点与已知细菌比较其相像性 ,用对照剖析方法确立细菌的分类地位。
若与已知细菌相同即采纳已知菌的名称 ,不一样者则按命名原则确立一个新名称。
二、分类等级细菌的分类等级与其她生物相同,挨次为界 (kingdom)、门(division) 、纲 (class)、目(order)、科 (family) 、属 (genus)、种 (species)。
细菌属于原核生物界 (procaryotae),包含有细菌、放线菌、支原体、衣原体、立克次体与螺旋体。
细菌的分类和鉴定
（一）生理学与生化学分类法
主要以细菌的形态、染色以及细菌的特 殊结条件等等。 主要有两种方法 1、传统分类法
2、数值分类法
1、传统分类法
主要以细菌的形态、生理特征为分类基 础，选择一些较稳定的生物学性状如细菌的 形态结构、染色性、培养特性、生化反应、 抗原性等作为依据，然后按主次顺序逐级区 分。
（二）生理生化特征
包括营养类型、与氧的关系、对温度的适应 性、碳水化合物的代谢试验、蛋白质和氨基酸的 代谢试验及的碳源和氮源利用试验、各种酶类试 验、抑菌试验等等。 生理生化特征特点： 对微生物生理生化特征的比较也是对微生物 基因组的间接比较； 测定生理生化特征比直接分析基因组要容易；
六、微生物分类鉴定的依据
根据微生物分类学中使用的技术和方法，可 把它们分成四个不同的水平：
①细胞形态和行为水平； ②细胞组分水平； ③蛋白质水平； ④基因组水平。
在微生物分类学发展的早期，主要的分类鉴 定指标是以在细胞形态和习性为主，可称为经典 的分类鉴定法
七、细菌的分类方法
生物分类的传统指标
1、DNA G+C mol%测定
DNA分子两条链上4种碱基的总分子量 为100，测定其中G+C或A+T摩尔百分比， 能反应出细菌间DNA分子的同源程度，习惯 上以G+C 作为细菌的分类标记。 不同菌属间的G+C mol%范围很大，在 25%~75%之间，但同一种细菌G+C mol% 相当稳定，不受菌龄、培养条件和其它外界 因素影响，亲缘关系越近的细菌，它们G+C mol%越接近（但并非G+C mol%越接近， 亲缘关系就越近？？？）。
细菌的命名依据“国际细菌命名法规” 的规 定，学名用拉丁文，遵循“双名法”。即每一种 细菌的拉丁文名称由属名和种名两部分构成，属
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细菌的分类等级和其他生物相同，依次为界（kingdom）、门（division）、纲（class）、目（order）、科（family）、属（genus）、种（species）。细菌属于原核生物界（procaryotae），包括有细菌、放线菌、支原体、衣原体、立克次体和螺旋体。
分类等级拉丁字尾比较固定，表示方法如下：目-ales、亚目-ineae、科-aceae、亚科-oideaae、族-eae、亚族-inae。
细菌种属鉴定一般采用形态学观察作初步鉴定，包括革兰氏染色、夹膜、鞭毛、运动性观察等。
然后进行生理生化实验做进一步鉴定，包括厌氧、好氧实验，完全培养基和基本培养基培养实验，降解性实验等系统的生理生化实验研究。
最后进行16sRNA序列扩增测序，将测到的序列与GENEBANK中已知的细菌序列相比较，根据亲缘关系远近最终确定种属。一般来说，90％以上的同源性就可以确定到属，确定到种的可能性很小。
细菌分类方法
细菌分类学（taxonomy）是指对细菌进行分类、命名与鉴定的一门学科。它的任务是在全面了解细菌的生物学特征的基础上，研究它们的种类，探索其起源、演化以及与其他类群之间的亲缘关系，进而提出能反映自然发展的分类系统，并将细菌加以分门别类。它包括三个方面：分类（classification）、命名（nomencla细菌的分类是在对细菌的大量分类标记进行鉴定和综合分析的基础上进行的。用作细菌的分类标记有形态学、生理生化学、免疫化学和遗传学等方面的性状。近年来，应用各种现代化技术和设备研究细胞的化学结构和化学组成，分析它们的来源关系，为发展细菌分类学开拓了前景。
一、按表型特征分类法
细菌的形态、染色以及细菌的特殊结构是最早和最基本的分类依据，众多的理化特征如细菌生长条件、营养要求、需氧或厌氧、抵抗力、菌体成分、能否利用某些糖类和有机酸、蛋白质、氨基酸、代谢途径、代谢产生、呼吸酸、毒性酶、毒素、致病力等也一直作为分类依据。目前，以生理生化学作为细菌分类方法有两种，即传统分类法和数值分类法。
种是细菌分类的基本单位，将生物学性状基本相同的细菌群体归成一个菌种；性状相近、关系密切的若干菌种组成一个菌属；相近的属归为一科；依次类推。在两个等级之间，可添加次要的分类单位，如亚门、亚纲、亚属和亚种等。群和组不是正式分类等级，是泛指具有某种共同特性的某个集体，任何等级都可借用。
同一菌种的各个细菌，在某些方面仍有一定的差异，可再分成亚种（subspecies），亚种以下的分类等级为型（type），以区别某些特殊的特征。例如抗原结构不同而分的血清型（serotype）；对噬菌体敏感性不同的噬菌体型（phagetype）；对细菌素敏感性不同的细菌素型（bacteriocin-type），生化反应和某些生物学性状不同的生物型（biotype）。
二、遗传学分类法
遗传学分类是以细菌的核酸、蛋白质等在组成的同源程度分类。该分类法具有下述的优点：（1）对细菌的“种”有一个较为一致的概念；（2）使分类不会出现经常性或根本性的变化；（3）可制定可靠的细菌鉴定方案；（4）有利于了解细菌的进化和原始亲缘关系。
目前较稳定的基因型细菌分类法有如下几种。
（一）DNA G+C mol/%测定
（一）传统分类法
19世纪以来，以细菌的形态、生理特征为依据的分类奠定了传统的分类基础，它选择一些较为稳定的生物学性状，如细菌的形态结构、染色性、培养特性、生化反应、抗原性作为分类依据，然后按主次顺序逐级区分。这种方法使用方便，分类亦较为明确，但往往带有一定程度的盲目性。
（二）数值分类法
20世纪60年代，随计算机的应用而发展的细菌分类方法。它对细菌的各种生物学性状按“等重要原则”进行分类，一般需选用50项以上的生理、生化指标逐一进行比较，通过计算机分析各菌间相似度，划分细菌的属和种，并确定它们的亲缘关系。
DNA分子两条链上4种碱基的总分子量为100，测定其中G+G或A+T摩尔百分比，能反映出细菌间DNA分子同源程度，习惯上以G+C作为细菌分类标记。不同菌属间的G+Cmol%范围很大，在25%~75%之间，但同一种细菌G+Cmol%相当稳定，不受菌龄、培养条件和其他外界因素影响，亲缘关系越近的细菌，它们G+Cmol/%越相近。目前测定的技术多用加热变性法。加热变性的DNA由于双链DNA分开，使A260紫外吸收度增加。紫外吸收度的增加与解链程度成正比。用Tm表示DNA分子中50%解链时的温度，Tm随G+Cmol%的含量线性增加。在通常条件下，G+Cmol%为40的DNA其Tm约为87℃，每增加1%G+Cmol含量，Tm约增加0.4℃，因而通过Tm可测出G+Cmol%含量。
由不同来源分离的同一种、同一亚种或同一型的细菌，称为株（strain）。株的建立是从一次单独分离物的单个原始菌落传代的纯培养物，例如从10个肺结核患者的痰液中分离出的10株结核分枝杆菌。具有某种细菌典型特征的菌株称为模式菌（typical strain）或标准菌株（standardstrain），它是该种菌株的参比菌株。在细菌的分类、鉴定和命名时以模式菌为依据，也可作为质量控制的标准。
（三）核蛋白体RNA碱基序列测定
细菌核蛋白体RNA序列比较保守，其变化十分缓慢。分离提取细菌16SrRNA，用T1核酸酶消化，分析寡核苷酸的碱基序列可测出rRNA的相关性。绘制各类群关系和树状谱，从而确定种系的发生关系。另一种研究核蛋白体RNA碱基序列的方法是rRNA-DNA杂交，其基本原理和DNA-DNA杂交方法相同，只是最后的结果表示方法不同，常用于两个有差距的微生物间测定，例如用rRNA-DNA杂交将假单胞菌属至少可分成5群rRNA同源群。
一、基本概念
1.细菌分类是根据每种细菌各自的特征，并按照它们的亲缘关系分门别
类，以不同等级编排成系统。分类有两种：①以细菌的形态和生理生化特性为依据的表型特征分类法，包括有传统分类法（classical classification）和数值分类法(numericalclassification)；②用化学分析和核酸分析，以细菌大分子物质（核酸、蛋白质）结构的同源程度进行分类称种系分类（phylogenetic classification）或自然分类（natural classfication）。
2.细菌命名在分类基础上，给予每种细菌一个科学名称，使之在生产实践、临床实践和科学研究工作中相互交流成为可能。按照细菌命名的法规，能保证所有的科研工作者以同样方式给予细菌命名。
3.细菌鉴定将未知细菌按分类原则放入系统中某一适当位置和已知细菌比较其相似性，用对比分析方法确定细菌的分类地位。若与已知细菌相同即采用已知菌的名称，不同者则按命名原则确定一个新名称。
（二）核酸同源值测定
同一种细菌的G+Cmol%固然应该相同，但G+Cmol%相同的却并不一定是同一细菌。因为G+Cmol%不能反映其碱基的序列。精确的办法是利用DNA分子杂交技术测定DNA分子的相似度。其基本步骤均是先提取菌株的DNA，加热变性解链，然后将两种变性的DNA（其中一种为标记DNA或rRNA）混合液在一定的温度下保温复性，重新得到杂交的双螺旋DNA分子，鉴定其双螺旋结合率。结合率的大小反映了DNA碱基序列的相似程度和菌种之间的亲缘关系的亲疏。DNA/DNA杂交时，同一菌的结合率为100%，80%~90%的同源为同一种内、同一亚种的细菌，60%~70%的同源性为同一种内不同亚种的细菌，20%~60%则认为是同一属中的不同菌种。