Macs2 操作手册与介绍
MACSII软件安装说明书
MACS II 装机方法一、总则1.安装顺序：首先安装WIN NT操作系统，然后安装ServerPack,在格式化硬盘，安装驱动程序，网络，再装ServerPack，最后安装工具及其公司软件即可。
2.MACSⅡ系统运行环境：服务器站：NT4.0Server+PACK6A工程师站、操作员站：NT4.0WorkStation+PACK6A3.MACSⅡ软件包括：服务器站：①MACSⅡ服务器程序②Ser-u ③cuteftp工程师站：①MACS离线组态②SQL anywhere ③Office 2000 ④IE5操作员站：①MACS操作员站程序②Ser-u ③Office2000 ④IE54.硬盘划分为四个区：C：NT系统文件及辅助软件D：MACS系统工作盘E：工程备份F：NT系统备份文件盘建议：最好为服务器历史库分配一个独立的硬盘，如果没有独立的硬盘，也需要将其指定到一个独立的磁盘分区。
该分区使用NTFS。
如果条件允许，推荐使用SCSI硬盘。
二、硬盘的分区、格式化及文件存放1.分区及格式化磁盘分区时，因该考虑历史库的存储要求即，将历史库分配尽可能多一点。
40G硬盘C：4G D：10G E：10G F：16G 全部格式化为NTFS格式80G硬盘C:4G D:20G E: 20G F: 36G全部格式化为NTFS格式2.文件存放①服务器站C：\Winnt 存放NT系统文件，\Program Files 存放工具等程序文件，\Temp 为系统临时文件夹D：\服务器程序存放MACS服务器程序文件E：\i386 存放NT的i386文件，以便装机使用F：\ 历史库存档目录（一般是外加一块36G SCSI硬盘）②操作员站C：\Winnt C：\Program Files C：\Temp 与服务器站相同D：\操作员站程序用于存放MACS操作员站程序③工程师站C：\Winnt C：\Program Files C：\Temp 与服务器站相同\Sqlany\Sybtools 存放SQL Any where 文件D：\MACS组态软件存放MACS离线组态软件E：\MACS安装盘存放MACS安装文件，子目录为MACSII V2.3.0等\工程文件夹存放工程组态文件，以“工程名+备份时间”的格式给子目录取名\工程文档存放所有工程文档，如测试记录、测点清单、往来文件、工程图纸等F：\i386 存放NT的i386文件，以便装机使用三、工程师站软件安装1．在工程师站上安装WINDOWS NT WORKSTATION 4.0软件：（1）用WINDOWS NT WORKSTATION 4.0引导启动，在未分区空间上创建一个新的磁盘分区，使用NTFS格式格式化该磁盘分区，创建磁盘分区大小为（单位MB）：4096。
MACSV系统知识串讲
点击‘动态特性快捷定义‘进入如下图24
图24
将上图弹出窗口中的蓝色部分的点名修改为要加入的点名，如图25
图25
修改完后点击‘关闭’。画面上的点就改为了你所要加入的点。如下图26
图26
图形上的工作也做完了。然后我们要将修改后的程序及画面更新到服务器和操作员站里去。
打开’MACSV组态软件’中的‘工程师在线下装’点击进入如下图27
2 进入‘MACSV组态软件’中‘控制器算法组态’登陆到控制器中，进行下载，更新控制器（重复图10到图17）
3 进入‘MACSV组态软件’中‘工程师在线下装’，下装服务器及操作员站（重复图27到图28）
至此工程恢复就做完了。
图15
IP地址选好后，点击上图13中的登录，系统就会登陆到控制器中，在登录过程中，会弹出窗口，内容是图16或是图17的内容
图16
图17
如果弹出的是图16的窗口，意思是说此次下载只会影响修改的程序，对其它程序不会有影响。
如果弹出的事图17的窗口，意思是说所有程序都恢复为初始值。如果设备正常运行，进行了图17的初始化下装所有设备恢复到初始值。
接着我们进入‘操作员在线’软件，重复图18，图19的步骤，就这样，在设备正常运行的情况下，我们就可以吧增加的点先临时引入到‘操作员在线’里来看了。待到检修设备停机以后，再重数据库总控中将增加的点彻底的增加近程序。
修改一般在停车的时候进行，正常开车后应尽可能避免修改，以避免影响正常生产。
系统投运正常后，一般由系统本身引发的故障及少，故障多发于现场侧。下面就常见故障现象的处理总结归纳如下，供参考。
图27
输入用户名:superman口令：macsv确认进入如下图28
图28
选中该项目的工程名，‘确定’进入如下图29
Macs2 操作手册与介绍
Using MACS - setup
• cd /home/work/public • mkdir macsout_<user ID>
– <user ID> : e.g. ‘spheikki’ for me – each student MUST have their own folder!!
• to avoid overlapping MACS outputs
ChIP-seq analysis with MACS2
Tips and tricks
Sami Heikkinen, PhD Docent in Molecular Bioinformatics Institute of Biomedicine, UEF
ChIP-Seq simplified
Where?
• checks on seq files
– ls –l seq – head seq/*
• check that macs2 works
– macs2 callpeak
callpeak - Options
Various options to indicate/control input, output, peak modelling and peak calling macs2 callpeak usage: macs2 callpeak [-h] -t TFILE [TFILE ...] [-c [CFILE [CFILE ...]]] [-f {AUTO,BAM,SAM,BED,ELAND,ELANDMULTI,ELANDEXPORT,BOWTIE, BAMPE}] [-g GSIZE] [--keep-dup KEEPDUPLICATES] [--buffer-size BUFFER_SIZE] [--outdir OUTDIR] [-n NAME] [-B] [--verbose VERBOSE] [--trackline] [--SPMR] [-s TSIZE] [--bw BW] [-m MFOLD MFOLD] [--fix-bimodal] [--nomodel] [--shift SHIFT] [--extsize EXTSIZE] [-q QVALUE] [-p PVALUE] [--to-large] [--ratio RATIO] [--down-sample] [--seed SEED] [--nolambda] [--slocal SMALLLOCAL] [--llocal LARGELOCAL] [--broad] [--broad-cutoff BROADCUTOFF] [--call-summits]
Mac、移动端、平板电脑端用户指南说明书
目录账户注册 (3)手机号码验证 (4)未成年用户 (5)账户登录、预约及支付系统 (6)预约练习 (7)订单与支付 (10)银行卡支付 (11)兑换券支付 (13)准备工作 (15)参加练习 (16)练习变更 (21)取消预约和退款 (24)服务台 (26)账户注册如您尚未注册账户，请登录，进入 SpeakUP 预约及支付门户网站，然后点击“Register”按钮进行账户注册。
请依次填写您的手机号码，设置登录密码并选择您所在的地区及出生日期。
手机号码验证选择您所在的国家代码并输入手机号码，然后点击“Send Code”按钮获取验证码。
此外，您还需要进行安全验证，向右拖动滑块完成拼图。
顺利通过验证后，您会收到系统发送的短信验证码。
请注意，验证码有效时间为2 分钟。
如果您1分钟内未收到短信验证码，可点击“resend”按钮请求重新发送。
未成年用户系统要求账户所有者须年满18周岁，如您未满18周岁，请您的父母或监护人代为注册。
请在正式注册完成前，阅读隐私条款并勾选“I have read and accepted”确认框。
账户登录、预约及支付系统您可以选择以下两种方式进行登录：•手机号+短信验证码•手机号+密码点击下方相应链接切换登录方式（短信验证码或密码）。
如果您忘记登录密码，请点击“Forget Password”按钮，通过手机找回密码。
预约练习在正式预约之前，请先设置您所处的时区。
请选择您要参加练习的时间并预约练习时段。
点击“Book”按钮后，您需要依次输入您本人或未成年用户的全名、出生日期以及第一语言。
如您未满18周岁，出于保护未成年人安全的目的，您还需要输入父母或监护人的联系信息。
XXX全部确认完后，请点击“Next”按钮进行下一步操作。
在用户须知栏内，您可查阅SpeakUP 相关条款细则。
确认信息无误后，请点击“Submit Order”按钮。
XXX订单与支付订单提交成功后，您有30分钟的时间进行付款。
Mac操纵说明完全指南1.01张宁博
双指开合缩放 用用拇指和任一一手手指轻 轻开合，即可缩放显 示示照片片和⺴网网⻚页。
轻扫导航 翻阅⺴网网⻚页、文文档和 更多内容，就像翻 书一一样流畅自自如。
• Magic Mouse 鼠鼠标 Multi-Touch 触控区覆盖了 Magic Mouse 的上表面面，鼠鼠标本身身就是按键。使用用单指向任意方方向滚动，双指轻扫浏览⺴网网⻚页和照片片，可随
45W 适用于 MacBook Air
60W适用于 MacBook Pro13
85W适用于MacBook Pro15 /17
MagSafe2 电源适配器插头比 MagSafe更加小巧，同时电源适配 器电源线借助磁性固定到位，如果 有人绊到线缆，它能够干净利落地 断开，从而确保你的 MacBook 安 然无恙。
*适用于具有内置红外线 (IR) 接 收器的 Apple 产品
Apple 电池充电器
它针对 Apple 提供的电池进 行了优化，也适用于其他公 司的 AA 镍氢电池
Apple USB SuperDrive 光驱
通过 USB 接口与你的 Retina MacBook Pro、iMac、MacBook Air 或 Mac mini 连接
在登陆OS X之前需要了解Mac操作中的手手势
• Multi-Touch 触控板 每台 Mac 笔记本上的 Multi-Touch 触控板都可让你以全新的方方式与文文档、图像和应用用软件进行行互动，所有操作都变得更直观、更直接。 使用用双指借助弹性滚动功能流畅地上下移动⻚页面面。双指轻扫可翻阅⺴网网⻚页、文文档和更多内容。三指轻扫可翻阅全屏应用用软件。用用双指连续轻 点触控板两下，即可快速放大大⺴网网⻚页，或者通过双指开合更准确地缩放照片片和⺴网网⻚页。用用指尖来旋转图片片。使用用三指轻扫，可在 Mac 的 Mission Control 中查看每个打开的窗口口。
MACSV系统手册
本手册的目的
本手册用于帮助用户理解 MACS V 系统的整体概貌、基本功能和特性，以及主要技术指标； 运行本系统需要的软件环境，硬件环境以及系统的各项功能。
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目录 第一章 系统概述.............................................................................................................................8
1.1. 概述...........................................................................................................................8 1.2. 系统能力...................................................................................................................9 1.3. MACSV 系统的实时数据流..................................................................................10 1.4. 系统各部分的主要功能......................................................................................... 11
Mac 使用教程(基础篇)
Mac 使用教程（基础篇）如果您是计算机新手，或只是需要一些教学课程，帮助您将 Mac 的功能发挥到淋漓尽致，那么您就来对地方了。
我们将带领您以最有效率的方式使用 Mac。
无论您想知道如何操作使用Mac 桌面（或只是要知道什么是桌面）、找出连接打印机、iPod、数字相机或其他设备的方式、搜寻电子邮件和 Internet、认识各种功能的操作方式、学习如何使用 Mac 随附的软件，或在无法得心应手地操作时需要协助指点，这种种问题的答案，我们都为您准备好了。
准备好了吗？请把您的问题告诉我们：第一课：Mac 基础操作如果您是初次接触计算机，才刚开始学习各项操作技巧，不用紧张，其实操作 Mac 不过就是靠一连串的点选动作。
这一课将为您介绍与计算机界面互动的基本方式，也会教您如何在 Mac 上完成一些基本工作。
让我们进入课程内容吧！INCLUDE-PICTURE "/support/mac101/work/images/work01-1.jpg" \* MERGEFORMATINET第一次使用 Mac 吗？那就从学习 Mac 基础操作开始吧！点点选选轻松操作如果您对 Mac 桌面和 Finder 视窗的操作不是很熟练，建议您从这里开始学起，如果已经很熟悉了，可以直接跳到“建立帐号”那部分。
我们先来谈谈计算机操作的基本技巧。
移动鼠标时（iBook 或PowerBook 的使用者是以手指在触控式轨迹板上滑动），您会看到有个箭头（即光标）在屏幕上四处游移。
您可以利用这个箭头选取或操作屏幕上的项目，像是选取档案、按下按钮、拖移滑杆等等。
有时候在执行不同的操作或应用程式时，箭头会变成手、十字型、I 型或其他图像。
举例来说，如果您用 Safari 来浏览这个网页，并在网页上移动箭头，您会发现，当箭头移到文字或文字栏位（如 Google 文字框或 URL 栏位）上的时候，它会变成 I 型光标（有点像字母 "I" 的形状），通常这表示您可以与文字或栏位有所互动（例如输入或拷贝文字）。
Mac 使用教程
Mac 使用教程（基础篇）如果您是计算机新手，或只是需要一些教学课程，帮助您将 Mac 的功能发挥到淋漓尽致，那么您就来对地方了。
我们将带领您以最有效率的方式使用 Mac。
无论您想知道如何操作使用 Mac 桌面（或只是要知道什么是桌面）、找出连接打印机、iPod、数字相机或其他设备的方式、搜寻电子邮件和 Internet、认识各种功能的操作方式、学习如何使用 Mac 随附的软件，或在无法得心应手地操作时需要协助指点，这种种问题的答案，我们都为您准备好了。
准备好了吗？请把您的问题告诉我们：第一课：Mac 基础操作如果您是初次接触计算机，才刚开始学习各项操作技巧，不用紧张，其实操作 Mac 不过就是靠一连串的点选动作。
这一课将为您介绍与计算机界面互动的基本方式，也会教您如何在 Mac 上完成一些基本工作。
让我们进入课程内容吧！第一次使用 Mac 吗？那就从学习 Mac 基础操作开始吧！点点选选轻松操作如果您对 Mac 桌面和 Finder 视窗的操作不是很熟练，建议您从这里开始学起，如果已经很熟悉了，可以直接跳到“建立帐号”那部分。
我们先来谈谈计算机操作的基本技巧。
移动鼠标时（iBook 或PowerBook 的使用者是以手指在触控式轨迹板上滑动），您会看到有个箭头（即光标）在屏幕上四处游移。
您可以利用这个箭头选取或操作屏幕上的项目，像是选取档案、按下按钮、拖移滑杆等等。
有时候在执行不同的操作或应用程式时，箭头会变成手、十字型、I 型或其他图像。
举例来说，如果您用 Safari 来浏览这个网页，并在网页上移动箭头，您会发现，当箭头移到文字或文字栏位（如 Google 文字框或 URL 栏位）上的时候，它会变成 I 型光标（有点像字母 "I" 的形状），通常这表示您可以与文字或栏位有所互动（例如输入或拷贝文字）。
当箭头移到按钮或链接上，它会变成手的形状，告诉您这个项目可以点选。
有时候 Mac 忙于工作时，箭头会暂时变成旋转中的彩色圆盘（有的 Mac 使用者称之为海滩球或风车），这代表某项工作正在执行中。
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-t/--treatment FILENAME
This is the only REQUIRED parameter for MACS.
Using MACS – connect to server
• Open the SSH client
– at Win –> All programs –> SSH Secure shell –> Secure shell client
the lab of X. Shirley Liu at the Dana-Farber Cancer Institute, Boston
– Genome Biology 2008, 9:R137 – now at version 2.1.0.20140616, developed and maintained by Tao
• Usage tip: use up/down arrow keys to move in command history • ls
– “Quick connect”
• connection : intron.uef.fi • username : <your user ID> • password: <your password>
Hale Waihona Puke Unix 101• pwd
– show Present Working Directory
• cd
– Change Directory – e.g. ‘cd /home/work/public’ to get to the folder we use today (from wherever
you are) – or, to get back to your home directory: ‘cd $HOME’ – or, back one step ‘cd ..’, or two steps ‘cd ../../’
predictd
OUTPUT FILEs
peaks.xls peaks.narrowPeak
summits.bed model.r model.pdf
treat_pileup.bdg control_lambda.bdg
pileup
refinepeaks
bdgpeakcall bdgbroadcall
[-g GSIZE] [--keep-dup KEEPDUPLICATES] [--buffer-size BUFFER_SIZE] [--outdir OUTDIR] [-n NAME] [-B] [--verbose VERBOSE] [--trackline] [--SPMR] [-s TSIZE] [--bw BW] [-m MFOLD MFOLD] [--fix-bimodal] [--nomodel] [--shift SHIFT] [--extsize EXTSIZE] [-q QVALUE] [-p PVALUE] [--to-large] [--ratio RATIO] [--down-sample] [--seed SEED] [--nolambda] [--slocal SMALLLOCAL] [--llocal LARGELOCAL] [--broad] [--broad-cutoff BROADCUTOFF] [--call-summits]
Liu at https:///taoliu/MACS/ – https:///taoliu/MACS/blob/macs_v1/README.rst
• Package of command line programs to call peaks in ChIPseq data
• Much improved since v1.x!!!
MACS2 – program(s)
INPUT DATA: aligned sequence reads
ChIPed sample “treat”
Input/IgG “control”
filterdup randsample
callpeak
Park, Nat Rev Genetics, 2009
Schmidt et al, Methods, 2009
From binding to binding sites
ChIP-seq
Control sample: “Input” or “IgG” - Input: sonicated chromatin
ChIP-seq analysis with MACS2
Tips and tricks
Sami Heikkinen, PhD Docent in Molecular Bioinformatics
Institute of Biomedicine, UEF
ChIP-Seq simplified
Where?
bdgcmp bdgdiff diffpeak
pileup.bdg refinepeak.bed
OUTPUT
callpeak - Options
Various options to indicate/control input, output, peak modelling and peak calling
macs2 callpeak usage: macs2 callpeak [-h] -t TFILE [TFILE ...] [-c [CFILE [CFILE ...]]]
[-f {AUTO,BAM,SAM,BED,ELAND,ELANDMULTI,ELANDEXPORT,BOWTIE, BAMPE}]
without immunoprecipitation - IgG: “unspecific” IP
~200 bp
36-50 bp
Typically millions of reads per sample
Park, Nat Rev Genetics, 2009
MACS2
• Model-based Analysis of ChIP-Seq • Original version published by Yong Zhang and Tao Liu from