ICSNPathway 讲解
18传导路(王)
内囊后肢
中央后回中、上部
中央旁小叶后部
2. 头面部痛温觉、触压觉传导路
第一级神经元：胞体位于三叉神经节内。
周围突组成三叉神经的感觉支； 中枢突入脑桥，痛、温觉纤维止于三叉神经脊束核， 触压觉纤维止于三叉神经脑桥核。 第二级神经元：胞体位于三叉神经脊束核、三叉神经脑桥核。
▲
轴突交叉至对侧→三叉丘系。
③同侧半深、浅感觉障碍。
⑤同侧鼻侧、对侧颞侧偏盲。 3、简述瞳孔对光反射途径。
④对侧半深、浅感觉障碍。
⑥同侧颞侧、对侧鼻侧偏盲。
额叶、顶叶 背侧丘脑 （腹前核、腹外侧核） 新纹状体
黑质
苍白球
皮质—纹状体系示意图
皮质—脑桥—小脑系简图
额叶
皮质运动区
额桥束经 内囊前肢
顶、枕、颞叶
顶、枕、颞桥束经 内囊后肢 交叉至对侧，经小脑中脚
假单极神经元的周围突随脊神经分布，其中枢突经后根入脊髓至后索上升
构成薄束与楔束，薄束与楔束上升至延髓的薄束核与楔束核。 第二级神经元发出的二级纤维构成内侧丘系交叉，交叉至对侧，然后上升 构成内侧丘系，向上经过延髓、脑桥、中脑，至背侧丘脑的腹后外侧核。 第三级神经元发出的三级纤维构成丘脑中央辐射（central thalamic
上运动神经元
损伤部位
下运动神经元
锥体细胞及其轴突（锥体 脑神经运动核、脊髓前角细胞 束） 及脑神经、脊神经（脊髓前角细 （脊髓前角细胞、脑神经 胞、脑神经运动核以下的锥体系） 运动核以上的锥体系） 增高 亢进 减弱或消失 出现 痉挛性瘫痪（硬瘫) 降低 消失 消失 不出现 迟缓性瘫痪（软瘫）
肌张力 深反射 浅反射 病理反射：如 Babinski征 瘫痪特点
脑干内的脑神经运动核（下运动神经元）发出的纤维参与构成脑神经。 核上瘫（supranuclear paralysis）：对侧睑裂以下面肌、对侧舌肌瘫痪。 核下瘫（infranuclear paralysis） ：面神经损伤、舌下神经损伤，同侧瘫痪。 2. 皮质脊髓束（corticospinal tract） 其具体途径： 中央前回上2/3、中央旁小叶前部发出皮质脊髓束--→内囊后肢--→ 大脑脚底中3/5 --→脑桥基底部--→延髓锥体--→锥体交叉(pyramidal decussation) 约75%~90%的纤维交叉至对侧--→皮质脊髓侧束--→前角细胞--→ --→ 脊神经--→同侧上、下肢肌 小部分纤维不交叉--→在同侧下行构成皮质脊髓前束（仅达胸节） --→发出纤维止于双侧前角细胞 →主要支配双侧躯干肌 支配躯干、四肢骨骼肌的随意运动 ▼
Section 3 THE NERVOUS PATHWAYS (神经传导路)
rod cells (视杆细胞 cone cells (视锥细胞
bipolar c.
I
Effectors sphincter pupillae
ganglion cell (节细胞) Optic n. (视n) 鼻侧
(双极细胞) Optic chiasma (视交叉)
II
ciliary Short ciliary nn ganglion (睫短神经) 睫状N节
I
II
内 视辐射(膝距束) optic tract (视束) 囊 后 CEREBRAL CENTERS 肢 banks of the calcarine sulcus 后部 ( lingual gyrus & cuneus)
III
(距状沟两侧皮质) (舌回和楔叶)
Systematic Anatomy Dept of Anatomy, Medical College, Qingdao University 13
Section 3 THE NERVOUS PATHWAYS (神经传导路)
A. The Sensory (Ascending) Pathways (感觉传导通路)
B. The Visual and Pupillary Reflexes Pathways (视觉传导通路和瞳孔对光反射通路) C. The Acoustic Pathway (听觉传导通路) D. The Equilibratory Pathway (平衡觉传导通路) E. The Motor (Descending) Pathways (运动传导 通路)
Receptors muscle spindles (脊N) tendon spindles Pacini’s corpuscles (肌梭,腱梭,P小体)
果蝇信号通路总结解剖
当配体特异性地结合到细胞膜或细胞内 的受体后，在细胞内的信号又是如何传 递的呢？
细胞内各种不同的生化反应途径都是由一系列 不同的蛋白组成的，执行着不同的生理生化功 能。各个信号通路中上游蛋白对下游蛋白活性 的调节（包括激活或抑制作用）主要是通过添 加或去除磷酸基团，从而改变下游蛋白的立体 构象完成的。所以，构成信号通路的主要成员 是蛋白激酶和磷酸酶，它们能够快速改变和恢
JAK蛋白家族共包括4个成员：JAK1、JAK2、JAK3以及 Tyk2，它们在结构上有7个JAK同源结构域 （JAK homology domain，JH），其中JH1结构域为激酶区、 JH2结构域是“假”激酶区、JH6和JH7是受体结合区 域。
• 转录因子STAT（signal transducer and activator of transcription）
1.3.2.2 磷脂酰肌醇途径
• 在磷脂酰肌醇信号通路中胞外信号分子与细胞表 面G蛋白耦联型受体结合，激活质膜上的磷脂酶C （PLC-β），使质膜上4，5-二磷酸磷脂酰肌醇 （PIP2）水解成1，4，5-三磷酸肌醇（IP3）和二 酰基甘油（DG）两个第二信使，胞外信号转换为 胞内信号（图8-21），这一信号系统又称为“双 信使系统”（double messenger system）。
复下游蛋白的构象。
从细胞受体接收外界信号到最后做出综合性应
答，不仅是一个信号转导过程，更重要的是将 外界信号进行逐步放大的过程。受体蛋白将细 胞外信号转变为细胞内信号，经信号级联放大、 分散和调节，最终产生一系列综合性的细胞应 答，包括下游基因表达的调节、细胞内酶活性 的变化、细胞骨架构型和DNA合成的改变等。
在信号转导和转录激活 上发挥了关键性的作 用。
PathwayAnalysis讨论及基因富集分析软件（GSEA）使用实战
PathwayAnalysis讨论及基因富集分析软件（GSEA）使用实战在所有物是人非的景色里，我最中意你。
背景：聊一聊 Pathway Analysis本文衔接高通量测序处理学习记录，通过Htseq得到read counts matrix之后，下游使用Deseq2处理得到差异基因。
太多文章介介绍Deseq2的使用了，此处予以推荐hoptop的基因表达分析，上手简单，深入浅出当然所有数据处理的Destination都应该是为实验服务，所以这里主要还是想学习一下后期的一个pathway analysis PLOS CB2012年的一篇文章总结了十年来数据分析方法的进化历程，存有三个方法学上的改进，依次为Over-representation analysis, Functional Class Scoring, Pathway Topology, 每种方法都有着其与时代相适应的能力与特质同时又迭代进步，最早使用的Over-representation analysis 到目前也还是会有使用journal.pcbi.1002375.g001.pngFirst Generation: Over-Representation Analysis曾经的一段时间内，micro array技术的风靡产生了对下游分析的极大需求，这里 over-representation analysis (ORA)应运而生，从一系列基因里根据阈值提取出部分基因进行显著性分析，也就是统计学常见的“2X2 交叉表格法”，对每个pathway进行统计分析，常见tests都建立在hypergeometric distribution、chi-square、binomial distribution等方法上。
limitations：1.只考虑了差异基因列表，并不考虑差异基因的表达情况2.只检验了通过设定阈值筛选标准的基因，对差异微弱的基因并未考虑，但实际上会造成bias3.每个基因会作为独立存在事件考虑，未加入相互影响干扰因素4.Pathway也是作为独立存在事件考虑我们日常分析中最常见的GO/KEGG 分析就是基于这种原理，虽然老旧但实用Second Generation: Functional Class Scoring (FCS) ApproachesFunctional Class Scoring(FCA)的推测设想认为虽然强烈的单个基因的改变可以影响到pathways，但是微弱的相互协同的功能相关基因的变化也可以拥有这种影响，所以这种方法的输入数据是一个基因水平的统计数据（标准化后食用更佳），随后把gene-level的数据输入到pathway-level进行统计，现有方法包括Kolmogorov-Smirnov statistic, sum, mean, or median of gene-level statistic, the Wilcoxon rank sum, and the maxmean statistic等，最后再做一个显著性检验。
kegg pathway通路一级分类注释
kegg pathway通路一级分类注释
KEGG通路一级分类注释主要包括以下几类：
1. Reference pathway：这是一类根据已有的知识绘制的、概括的、详尽
的具有一般参考意义的代谢图。
通路图中的小框都是白色，方便个性化填充颜色。
在KEGG中，这类通路图的名字以“map”开头，节点代表某一基因、该基因编码的酶及这个酶参与的反应，比如map00010。
2. species-specific pathway：这是一类物种特有代谢通路图。
绿色小框代表该物种特有的基因或酶，只有这些绿色的框有更详细的信息。
在KEGG中，这类通路图的名字为特定物种种属英文缩写，比如人的糖酵解通路图，
hsa00010。
3. 以ko/ec/rn开头的Reference pathway：这是另外一类通路图，其中
ko通路中的节点只代表基因；ec通路中的节点只代表相关的酶；rn通路中的节点只表示该点参与的某个反应、反应物及反应类型。
这类通路图的底色以蓝色表示。
以上内容仅供参考，如需更多信息，建议访问KEGG官网或查阅相关文献资料。
kegg pathway通路一级分类注释
kegg pathway通路一级分类注释全文共四篇示例，供读者参考第一篇示例：KEGG Pathway是一种生物信息学工具，用于研究生物体内代谢通路的组织和功能。
KEGG Pathway提供了多种生物体的代谢通路图和相关信息，帮助研究人员了解生物体内不同生物化学反应之间的关联，促进对生物体代谢网络的研究和探索。
在KEGG Pathway中，通路被分为不同级别，其中一级分类是对通路的整体功能进行总结和归类的描述。
下面我们就来详细了解一下KEGG Pathway通路一级分类的注释。
KEGG Pathway通路一级分类的注释是对不同类型的生物通路进行综合分类和描述。
在KEGG数据库中，通路被分为代谢通路、遗传信息处理通路和细胞过程通路三大类。
代谢通路主要涉及生物体内的代谢过程，包括糖酵解、脂肪酸代谢、核苷酸代谢等；遗传信息处理通路包括DNA修复、RNA合成、蛋白质合成等生物过程；而细胞过程通路则涉及细胞的各种功能和复杂的信号传导网络。
在代谢通路的一级分类中，KEGG Pathway提供了多种代谢通路的分类，包括碳水化合物代谢、氮代谢、脂类代谢、能量代谢等。
碳水化合物代谢通路涉及糖类物质在生物体内的代谢过程，包括糖酵解、糖异生、戊二酸循环等；氮代谢通路涉及氮元素在生物体内的运转和利用，包括氨基酸代谢、尿素循环等；脂类代谢通路包括脂肪酸代谢、甘油磷酸代谢、胆固醇代谢等；能量代谢通路涉及生物体内能量的产生和利用，包括糖原分解、氧化磷酸化等。
在遗传信息处理通路的一级分类中，KEGG Pathway提供了DNA 修复、转录、翻译等遗传信息处理过程的分类。
DNA修复通路涉及DNA分子在生物体内的修复和维护，包括直接损害修复、错配修复、双链断裂修复等；转录通路涉及RNA合成和RNA后期修饰等生物过程；翻译通路涉及蛋白质的合成和后期修饰，如蛋白质折叠、修饰和降解等。
在细胞过程通路的一级分类中，KEGG Pathway提供了多种细胞过程的分类，包括信号转导、细胞周期、囊泡运输等。
pathway通路类型
Pathway通路类型指的是生物体内信号转导的途径，即信号从一个分子传递到另一个分子的过程。
在生物信号转导中，通路类型通常可以分为以下几种：
1.激素信号通路：由激素与受体结合，传递信号到靶细胞或组织。
2.生长因子信号通路：由生长因子与受体结合，激活一系列信号传递蛋白，传递
信号到细胞核内，调控基因表达。
3.神经递质信号通路：由神经递质与突触后膜上的受体结合，引起突触后膜电位
变化，传递信号到靶细胞或组织。
4.细胞因子信号通路：由细胞因子与细胞表面受体结合，传递信号到靶细胞或组
织，影响细胞生长、分化、代谢等生物学过程。
5.胞内第二信使信号通路：由胞内第二信使（如cAMP、Ca2+、cGMP等）调
节细胞内信号转导过程，传递信号到靶细胞或组织。
这些通路类型在生物体内发挥着重要的作用，参与了多种生物学过程，如生长发育、代谢调节、免疫反应等。
澳洲留学pathway和master课程
澳洲留学pathway和master课程
留学澳洲有很多的途径，其中pathway和master就是其中之二，当然，也还有其他的途径，而今天，小编要聊的就是澳洲留学pathway和master课程了，接下来，小编讲重点介绍两个课程之间的对比，也希望能为各位带来帮助。
pathway是一个预科的课程，有academic和language的课程，当完成pathway的课程后，才能进行Master课程的学习。
澳洲pathway课程特点：
• 全日制、12个月的课程，将综合英语语言课与经济学和数学的学分课程相结合
• 着重于说、读、写和听的英语课
• 大学学术预备课程和澳大利亚文化课程
• 贯穿整个课程的语言支持• 可使用英语语言中心的学习中心和发音矫正诊所
• 学分课程的学术指导。
澳洲master课程情况：
在澳洲master主要有两种教育形式，一个是做research，主要是导师给一个课题，在规定的时间内(1-2年)完成研究任务。
这个难度根据不同学校，不同导师差别比较大，不过research by master一般要求都不会很高，做的东西也不会很深，大部分都是能按时毕业的。
另一种就是大部分国人入读的coursework了，这个是以上课为主，但如果是2年的课程，一般有至少一学期以上的时间用于一些比较浅的研究。
以上就是小编为各位整理的相关资讯了，希望能为各位带来帮助。
mapk signaling pathway的表型-概述说明以及解释
mapk signaling pathway的表型-概述说明以及解释1.引言1.1 概述Mapk (Mitogen-activated protein kinase)信号通路是一种重要的细胞信号传导途径，能够调节细胞的生长、分化、存活以及细胞的代谢等过程。
通过一系列的激酶级联反应，Mapk信号通路可以将外部的刺激转化为细胞内的生物学响应。
这种信号通路在许多生命过程中发挥着关键作用，例如发育、组织再生、免疫应答以及细胞的应激反应等。
在Mapk信号通路中，MAPK激酶被磷酸化激活，并通过磷酸化下游靶点分子来传递信号。
其中包括ERK (Extracellular signal-regulated kinase)、JNK (c-Jun NH2-terminal kinase)以及p38 MAPK等重要的成员。
这些成员可以被细胞表面的受体激活，以及其他的内部信号分子的激活。
Mapk信号通路在细胞发育和生理过程中发挥着重要的调控作用。
它参与细胞增殖、分化和凋亡的调节，对于组织发育以及器官形成具有重要作用。
此外，Mapk信号通路还参与细胞代谢、细胞周期调控以及基因表达等多个生物学过程。
除了在正常生理过程中的重要作用外，Mapk信号通路在疾病中也扮演着重要角色。
它在多种疾病的发生和发展过程中起到关键性的调控作用。
例如，某些突变体或过度激活的Mapk信号通路成员可能导致细胞的恶性转化、肿瘤形成以及侵袭转移等。
此外，Mapk信号通路还与中风、炎症和神经退行性疾病等疾病的发生密切相关。
总而言之，Mapk信号通路在生命过程中扮演着重要角色。
它参与调节细胞的生长、分化和存活，并在疾病的发生和发展中发挥关键作用。
对于深入了解Mapk信号通路的功能及其在疾病中的作用机制，可以为疾病的治疗和预防提供重要的理论基础。
未来的研究将重点关注Mapk信号通路的调控网络、相互作用以及其潜在的药物靶点，以期为疾病治疗的开发提供新的途径。
文章结构部分主要介绍整篇文章的组织结构和各个章节的主要内容。
VisualPathway
National Laboratory of Pattern Recognition
Institute of Automation, Chinese Academy of Sciences
模式识别国家重点实验室
中国科学院自动化研究所
视网膜结构
1. 光感受体：包括视锥细胞和视杆细胞。作用是将光信号 转换为电脉冲信号。 2. 中间层：构成视觉信息传输的直接和间接通道。 3. 神经节细胞层：视觉信息在这里形成纤维束,离开人眼。 光线
大脑视觉皮层
National Laboratory of Pattern Recognition
模式识别国家重点实验室
中国科学院自动化研究所 Institute of Automation, Chinese Academy of Sciences This figure is modified from Figure 21.14 of Nicholls et al. From neuron to brain.
视觉通路 （visual pathway)
胡占义 中国科学院自动化研究所
National Laboratory of Pattern Recognition
Institute of Automation, Chinese Academy of Sciences
模式识别国家重点实验室
中国科学院自动化研究所
视束交叉
R2 R1
L2 L1
外侧膝状体
• •
颞侧的一半视神经纤维投射到同侧，鼻侧的一半投射到对侧。 右侧的视觉信息投射到左脑，左侧的视觉信息投射到右脑。
National Laboratory of Pattern Recognition
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关的代谢通路（ SNP → gene → pathway ）
作为一个开放的网络分析平台，ICSNPathway为相关的研究者提供免费的服务， 帮助研究者对GWAS数据进行深入诠释，产生从SNP到基因再到通路的假说， 架起了GWAS与疾病机理研究的桥梁
二. ICSNPathway
中国科学院心理健康重点实验室王晶和张昆林等开发了网络分析平台 ICSNPathway（Identify candidate Causal SNPs and Pathways），用
四. ICSNPathway 的使用
系统开发
1
2
四. ICSNPathway 的使用
数据来源
LD：HapMap 数据库 SNP功能注释： Ensembl 61 数据库、 PolyPhen-2、SIFT和SNPsD Pathway数据库：KEGG、BioCarta、GO和 MSigDB
四. ICSNPathway 的使用
于在一个分析框架下对GWAS数据进行深入分析和综合诠释。该平台
的特色在于将连锁不平衡分析和功能SNP注释与基于通路的分析方 法 相结合，有效地利用GWAS数据鉴定出与复杂疾病/表型相关的致病 SNPs（causal SNPs）及Pathway，为后续的生物机制研究提供合理 的假说和依据。
二. ICSNPathway
ICSNPathway：
GWAS研究中用于候选SNP和 Pathway分析的网络服务平台
时间：2012年10月11日
目录
关于GWAS
ICSNPathway
ICSNPathway 概览
ICSNPathway 的使用 讨论
一 .关于GWASFra bibliotek简介全基因组关联研究（Genome-Wide Association Studies， GWAS）是指在全基因组层面上，开展多中心、大样本、反复验证 的基因与疾病的关联研究，全面揭示疾病发生、发展与治疗相关的 遗传基因。GWAS为全面系统研究复杂疾病的遗传因素掀开了新的 一页，为我们了解人类复杂疾病的发病机制提供了更多的线索。目 前，科学家已经在阿尔茨海默、乳腺癌、糖尿病、冠心病、肺癌、 前列腺癌、肥胖、胃癌等一系列复杂疾病中进行了GWAS并找到疾 病相关的易感基因。 我国科学家，如安徽医科大学张学军研究团队就处于GWAS研究的 领先水平。 本院赵书红、樊斌老师也在使用GWAS进行猪遗传的研究。
页面截图
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二. ICSNPathway
PBA
在此之前的相关分析只能将SNPs注释到基因。但是基因作用可以有很 多的通路，有不同的机制。复杂疾病可以有很多的机制，例如多基因 效应 PBA（Pathway based analysis）通过大的Pathway数据库（如 KEGG）来获得所有的GWAS的SNPs，而不仅仅是显著性高的SNPs 所以PBA的主要目的是分析Pathway和性状的关联
三. ICSNPathway 概览
ICSNPathway 的PAB算法
i-GSEA（ improved-gene set enrichment analysis ）， 用于计算SNPs的P值 ①定位SNP（Ensembl 61 database），计算t值 ②Pathway的ES （enrichment score） ③ES 转换成SPES (significant proportion based enrichment score) ④ 得到SPES的分布，并校正基因变异和pathway变异 ⑤基于所有SPES 的分布，计算标称P值和FDR
运行示意
四. ICSNPathway 的使用
输入数据
四. ICSNPathway 的使用
运行过程
四. ICSNPathway 的使用
结果
四. ICSNPathway 的使用
示例（RA） 操作
结果：两条候选pathway。 ① ②
五. 讨论
本服务可输出候选SNPs以及Pathway，并提 出SNP → gene → pathway 的假设
三. ICSNPathway 概览
两阶段分析：① 基于 GWAS中最显著的SNPs， 通过LD分析和功能SNP注 释来初步筛选候选SNPs； ②通过PBA注释以上候选 SNPs的生物机制
两个概念：①LD分析； ②功能SNPs：SNP可 能改变蛋白质、基因表 达或者因此通路的改变
ICSNPathway
在此前无此服务，比其它的网络服务更 有优势 本软件的可用，建立在HapMap LD数据库中 SNPs的显著性和Ensembl中LD信息可用的基 础上。数据会不断更新，前景广阔
THANK YOU
一 .关于GWAS
简介
2005年，Science杂志报道了第一篇GWAS研究----年龄相关性黄 斑变性，之后陆续出现了有关冠心病、肥胖、Ⅱ型糖尿病等的研究 报道
GWAS最近几年处于蓬 勃发展期，是研究热点 （如图所示）
一 .关于GWAS
一 .关于GWAS
GWAS芯片
目前主要商用的是Illumina公司和Affymetrix 公司的全基因组芯片 例如Illumina平台，猪 SNP60 基因分型芯 片是通过 Illumina 的 iSelect 项目与国际领 先研究协会合作开发。它包含超过 60000 个SNP位点，以步长平均每 40kb 有一个标 记，覆盖猪的基因组。 此12样本芯片整合了多种猪的基因差异， 包括杜洛克猪，长白猪，皮特兰猪和大白 猪，其性价比高，能提供足够的 SNP 密度， 可应用与全基因组关联研究或其他研究中， 如：全基因组选择、测定遗传指数、鉴定 数量性状位点、比较基因研究。
一 .关于GWAS
GWAS实验技术流程
基于芯片的GWAS
二. ICSNPathway
GWAS庞大的数据量为GWAS数据的解析和诠释带来了诸多问题。目前的 GWAS研究大多只关注统计显著性最强的一些SNPs，而缺少代表生物机制的通 路信息的支持。基于通路的分析方法（Pathway-based analysis，PBA）弥补了 这一不足，但现有的方法忽略了SNPs的功能性，造成对致病因子的诠释不足 ICSNPathway 通过整合连锁不平衡分析、功能SNP注释及基于通路的分析方法， 实现了对SNP功能的进一步挖掘和有效利用，从而鉴定出候选致病SNPs以及相