家养动植物基因组进化的特征和机制
动植物进化过程中基因突变的分子机制
动植物进化过程中基因突变的分子机制进化是一个自然界普遍存在的现象，其主要表现形式是物种的适应性演化，即物种在长期的演化过程中，通过一系列的选择和适应，对环境进行调整和适应，以求生存和繁衍。
而进化的左右手，是基因的突变和变异。
基因突变是指DNA序列的改变，其可产生新的基因型和表型，从而为进化提供了物质基础。
本文旨在阐述动植物进化过程中基因突变的分子机制。
首先，我们需要了解一些基因突变的基本概念。
1. 基因突变的概念基因突变是指DNA序列的改变，可包括点突变、插入突变和缺失突变等类型。
点突变是最为常见的一种突变类型，其指单个碱基的改变。
插入突变是指某一段DNA序列的插入，而缺失突变则是指某一段DNA序列的缺失。
这些突变都是随机发生的，并无明显的规律。
2. 基因突变的分类基因突变可以按照其影响范围和类型进行分类。
根据影响范围可将其分为点突变和结构突变；根据类型可将其分为错义突变、无义突变和沉默突变等。
3. 基因突变的致因因素基因突变有很多致因因素，包括化学物质、辐射、细胞代谢和遗传因素等。
其中化学物质和辐射是较为常见的致因因素，因为它们可导致DNA的损伤和突变。
4. 基因突变的遗传方式基因突变可随着顺式遗传方式遗传给后代，也可随着突变的前后位置影响其功能表达。
在有性生殖中，基因突变会以游离态的方式分配给后代，在无性生殖中则会直接传给子代。
了解了基本概念后，我们就可以深入探究基因突变在动植物进化过程中发挥的作用和分子机制。
1. 基因突变的进化作用基因突变是进化的原动力，是物种适应环境和进化的不断推动力。
在自然选择中，那些具有有利基因型和表型的生物会有更高的存活和繁殖几率，而这些有利基因型和表型正是由基因突变所产生的。
同时，基因突变也会导致一些突变体具有新的生物学功能和生命特征，从而促进物种的进化和变异。
例如黑熊和极地狐狸的毛皮颜色，正是由基因突变所导致的。
2. 基因突变与自然选择的关系基因突变和自然选择是相互作用的。
动植物进化的遗传机制
动植物进化的遗传机制随着科学技术的发展，人们对进化的认识也发生了很大的变化。
动植物进化的遗传机制，一直是生物学领域的研究方向，可以说是进化生物学研究的核心问题。
本文将从变异、基因流、基因漂变、自然选择和性选择等角度阐述动植物进化的遗传机制。
一、变异生物的变异是基因的体现，也是进化的源泉。
基因是人们对生物遗传信息的概念，是构成生命的基本单位。
基因通过编码蛋白质的方式表达，进而决定了生物的性状和行为特征。
然而，由于环境、基因突变等因素的影响，基因会发生变异。
这种变异可能是有害的、无害的或有益的，有益的变异有助于生物的适应性和更好地适应环境。
随着时间的推移，有益的基因会逐渐在种群中扩散，从而推动物种的进化。
因此，变异是动植物进化的第一步，也是生命多样性的重要保证。
二、基因流基因流指的是生物体内遗传物质的流动，在进化中起到了巨大的作用。
基因流是指在不同种群之间，由于交配、迁徙等因素而导致的基因物质的交换。
当不同种群之间的基因流量较大时，这些群体在产生新基因、推进物种进化方面具有共性和加速作用。
例如，当两个不同群体间有大量的基因流量时，这些群体间的基因差异会被大大降低，这就使得进化发生得更为平衡。
三、基因漂变基因漂变是指产生于小种群中的随机变异现象。
当一个小型种群受到环境影响，随机变异现象也就会增加，随机扰动越大，其产生的基因漂变也就越明显。
如果基因漂变有助于物种的进化，那么便会在整个种群中分化形成新的群体。
基因漂变是物种进化中重要的机制之一，它通过随机的影响来扰动群体中各个基因的频率，使得进化受到命运的改变。
无论是基因流还是基因漂变，都对物种进化起到了推动和促进作用。
四、自然选择自然选择，也就是“达尔文的自然选择”，是由英国科学家达尔文提出的一种进化机制，也是物种进化过程中的核心概念之一。
自然选择是指，在生物个体之间存在差异时，具备某种有利特征的机体能够适应环境，从而存活下来，产生后代，并将这种特征遗传给后代。
动植物的进化途径
动植物的进化途径进化是生物学领域中一个重要的概念，它涉及到生物种群的遗传变化和适应性的改变。
动植物的进化途径是多样的，涉及到基因突变、自然选择、基因交流等一系列机制。
本文将探讨动植物在进化过程中所采取的不同途径。
一、基因突变基因突变是动植物进化的基础。
它指的是基因序列发生改变，导致个体的性状发生变异。
基因突变可以是点突变、插入或缺失突变等多种形式。
这些突变可以通过遗传方式传递给后代，从而改变种群的遗传构成。
基因突变为进化提供了新的遗传变异，使得动植物能够适应环境的变化。
二、自然选择自然选择是进化过程中的重要机制。
它由英国生物学家达尔文提出，主要包括适者生存和优胜劣汰两个方面。
适者生存指的是环境中较适应的个体能够生存下来，而不适应的个体则被淘汰。
优胜劣汰则是指适应性较强的个体能够繁殖后代，而适应性较差的个体则无法繁殖。
通过自然选择，适应性较强的特征逐渐在种群中传递下去，从而改变整个物种的特征。
三、基因交流基因交流是进化中的重要途径之一。
它主要发生在不同个体或不同种群之间。
基因交流可以通过有性生殖和无性生殖来实现。
有性生殖通过交配、受精等过程，使得不同个体之间的基因得以混合，产生新的遗传组合。
无性生殖则是指个体通过自我复制或无性繁殖方式繁殖后代。
基因交流可以促进物种间的遗传多样性，并加速进化的速度。
四、基因重组基因重组是进化过程中的另一重要途径。
它主要发生在有性生殖中，通过染色体的相互交换、断裂再连接等过程，使得遗传物质重新组合。
基因重组导致了新的基因型的产生，这些新的基因型可能具有更好的适应性，并在进化中得以传递。
基因重组是动植物进化中遗传变异的重要来源之一。
五、生态位利用生态位是一个物种在生态系统中所占据的角色和功能。
动植物可以通过改变自身的生态位来适应环境的变化。
例如，在资源匮乏的环境中，某些动物可能会发展出节省能量的行为模式，以适应环境的需求。
植物则可以发展出更长的根系以获取更多的水和养分。
植物和动物的遗传变异和进化机制的研究
植物和动物的遗传变异和进化机制的研究从古至今，生命在地球上不断演化。
植物和动物遗传变异和进化机制是研究的重点。
近年来，科学家通过不断的实验和研究，逐渐揭开了这个谜团。
一、植物的遗传变异和进化机制1. 遗传信息的传递植物遗传信息的传递主要靠染色体的作用。
植物染色体数量的变化和结构的改变是植物遗传变异和进化的基础。
例如，萎缩菜根据其染色体结构可以将其分为两种类型，依此可以探索它们的进化历史。
2. 单倍型多样性植物的遗传变异还表现出单倍型多样性。
同一种植物的不同单倍型代表了植物在不同地理分布区内的进化和适应能力。
例如，黄山杜鹃在不同的地理分布区内形态差异很大。
3. 多倍性植物的多倍性也是一种遗传变异。
多倍性的产生可以通过杂交、无性繁殖和基因突变等方式。
多倍化的植物生长速度和抗病能力明显提高。
如家庭兰大量多倍化后可以产生更多花和更加鲜艳的颜色。
二、动物的遗传变异和进化机制1. 性选择和物种的选择性选择是一种进化机制，它通过偏好选择内在/外在特征来促进物种进化。
例如，雄性孔雀的尾巴长度取决于其繁殖能力，所以雌性孔雀选择尾巴较长的雄性进行繁殖。
物种选择则是自然环境对生物种群进行的适应性选择。
通过组成适应性较强的物种的更多后代，这种选择可以使物种获得更高的生存率。
2. 基因突变基因突变是动物遗传变异和进化的基础，它是由这种物种的个体中随机发生的基因改变所引起的。
在一定的环境条件下，合适的基因重组可以产生一些新的适应性更强的物种。
3. 基因流和遗传漂变基因流和遗传漂变是生态系统中最常见的遗传演化方式。
基因流是指两个或更多物种的基因池混合，而遗传漂变则表示小种群内基因的频率因偶然因素而发生变化。
这两种力量加起来对生物进行了灵活的进化适应。
三、植物和动物的共同遗传变异和进化机制1. 逆境诱导生物在逆境下生存的能力是物种进化的一个重要因素。
它可以通过引起基因表达模式的改变来适应环境变化。
例如，沙漠环境中活动的狐狸具有更大范围的前脚和耳边毛，以减少水分散失。
植物基因组的结构和进化研究
植物基因组的结构和进化研究植物是地球上最为重要的生物之一，其基因组研究对于揭示生命的奥秘具有重要意义。
近年来，随着高通量测序技术的发展和数据处理能力的提高，植物基因组的结构和进化研究变得越来越深入和全面。
一、植物基因组的结构植物基因组通常由DNA序列构成，其中包括编码基因、非编码基因、反义基因、剪切异构体等。
而植物基因组的大小和复杂度往往远大于动物基因组，例如植物玉米的基因组大小就是人类基因组的五倍。
1.编码基因编码基因是指能够编码蛋白质序列的DNA片段，它们是构成生命的基本单位。
植物的编码基因数量和大小非常不同，且植物的插入DNA和复制序列是编码基因的重要组成部分。
2.非编码基因非编码基因是指不能直接编码蛋白质的DNA序列，它们也可以叫做功能RNA或功能DNA。
植物中非编码RNA的功能种类也非常多，包括mRNA的不同剪切形式、miRNA等。
3.反义基因反义基因是指两个互为反向互补DNA链上编码同一蛋白质的DNA序列，它们的形成是双链RNA的反向互补配对，大部分不是由基因框架序列编码而来的。
二、植物基因组的进化植物基因组的进化是指植物长期演化过程中顺应环境的基因变化。
这种进化过程涉及到各种植物基因组的变异和重组，如单倍化、重复、插入、剪刀、复制和逆转录等。
1. 单倍化植物基因组的单倍化是指基因组整倍体化的现象，即某些物种的基因组中含有多个同源染色体组（n）组，而与此相对应的是其它物种只含有一个同源染色体组（n）。
2. 重复重复是指由同一个DNA序列多次重复构成的现象。
植物基因组中有大量重复序列，其中大大小小的转座子常常扮演着决定植物结构与功能的重要角色。
3. 插入插入是指在现有基因组中插入新的DNA序列的现象，比如转座子插入和硬蓟插入等。
它们通常都是从外部源或者其它基因组来源于被插入体内。
4. 剪刀剪刀是指基因组中两个区域之间的切断和连接过程，一般由线性分子重新连接形成一个环状粘性干扰体。
剪刀对于植物基因组的修复和变异都有非常重要的意义。
植物的进化机制和进化遗传
植物的进化机制和进化遗传植物是地球上最古老的生物之一，经过数亿年的进化，它们适应了各种不同的环境和条件。
植物的进化机制和进化遗传是使它们能够在不断变化的环境中存活和繁衍的关键。
本文将探讨植物的进化机制以及进化遗传的重要性。
一、进化机制1. 适应性进化适应性进化是植物根据环境的变化而改变的过程。
植物通过适应环境的方式来提高自己的生存能力。
例如，苔藓植物可以在干旱环境中存活，它们通过吸收大量水分来保持自身的湿度。
而沙漠植物则发展出了长长的根系来获取地下水。
2. 共同进化植物与它们周围的生物相互依存，它们之间通过共同进化来维持彼此的平衡。
植物和它们的传粉者是一个典型的例子。
植物通过花朵的颜色、香味和形状来吸引传粉者，而传粉者则通过传播植物的花粉来获得食物和种子。
3. 放射进化放射进化是植物从一个共同的祖先中产生多个不同的物种的过程。
这些物种可能在外观、生长方式和生态角色上有所不同。
例如，当面对不同的环境压力时，植物可能会产生不同类型的叶片，如针叶和阔叶。
二、进化遗传1. 基因突变基因突变是进化遗传的主要驱动力之一。
它们是基因组发生变化的结果，可以通过遗传中的错误复制、环境压力和化学物质的作用来产生。
基因突变可能导致植物的性状发生改变，使其能够在新的环境中生存下去。
2. 杂交杂交是指不同物种之间的交配，产生具有两个或更多物种性状的后代。
杂交可以增加植物的遗传多样性，并为植物的进化提供新的机会。
一些重要的作物，如小麦和玉米，就是通过杂交得到的。
3. 多倍体多倍体是指具有多个染色体组的个体。
植物可以通过多倍体的形式进化，从而增加自身的适应性。
例如，一些野生植物由于其多倍体特性能够在污染环境中生存下来。
三、进化遗传的重要性1. 适应性进化遗传使得植物能够适应不同的环境和生态角色。
通过遗传变异，植物能够改变其形态、生长方式和生理特性来适应新的环境。
这使得植物能够在各种不同的生活区域中生存下来。
2. 生态平衡进化遗传有助于维持植物与其他生物之间的生态平衡。
植物的遗传变异和进化机制
植物的遗传变异和进化机制植物是地球上最早出现的生物之一，在漫长的进化历程中，它们经历了各种遗传变异和进化过程。
植物的遗传变异和进化机制是由植物的基因组结构、染色体重组以及自然选择等因素共同作用所导致的。
本文将从遗传变异和进化的角度来探讨植物的进化机制。
一、遗传变异的来源遗传变异是植物进化的基础，它广泛存在于植物的基因组中。
遗传变异的来源主要有以下几个方面：1. 突变：突变是指在DNA分子中发生的一种突发性基因改变，它可以导致某个基因的序列发生突变，从而改变植物的表型特征。
突变可以通过内源性因素（如DNA复制错误）或外源性因素（如化学物质或辐射）引起。
2. 基因互换：基因互换是指染色体间或染色单体间的DNA段互换，它可以导致染色体的重组结构发生改变，从而增加基因组的多样性。
3. 同源染色体重组：同源染色体重组是指两个同源染色体之间的交换或重组，它可以导致基因的重组，从而改变植物的遗传信息。
二、自然选择的作用自然选择是植物进化的主要驱动力之一，它通过对植物个体和种群之间的差异进行筛选和选择，促进了适应环境的有益变异的积累。
1. 适应环境的选择：植物在不同的环境中会面临不同的选择压力，只有适应环境的个体才能生存和繁殖。
通过适应环境的选择，有益的遗传变异可以得到保留和传递，从而促进植物种群的进化。
2. 优胜劣汰：自然选择是一种优胜劣汰的过程，适应环境的个体能够获得更多的资源和生存条件，进而具有更高的生存和繁殖能力。
相反，不适应环境的个体则会面临生存的挑战，其遗传信息很难传递给下一代。
三、物种分化和适应植物进化中的一个重要过程是物种分化，它指的是一个物种分裂为两个或多个独立的种群，逐渐演化成为不同的物种。
物种分化的产生主要由于以下几个因素：1. 地理隔离：地理隔离是物种分化的重要原因之一，它可以使物种免于基因交流，从而导致遗传变异的积累和物种的分化。
2. 生态隔离：不同的环境条件和生态位的分化也是物种分化的重要原因之一。
植物基因组的结构和进化历程
植物基因组的结构和进化历程植物基因组是指植物细胞中所拥有的全部基因组成的总称。
探究植物基因组的结构和进化历程不仅有益于我们对植物生命的理解，也对我们认识生命系统的演化有着重要的作用。
一、植物基因组的结构植物基因组的结构通常被分为两个部分：核基因组和线粒体基因组。
核基因组是指存储在植物细胞核中的DNA序列。
而线粒体基因组则是指存储在植物线粒体中的DNA的序列。
1. 核基因组的结构植物的核基因组大体上是由DNA和蛋白质组成的。
一个典型的植物细胞中核基因组的数量和大小会因不同物种而略有不同。
例如，豌豆的每个核基因组有14亿个碱基对，而拟南芥则有12亿个。
此外，即使是同一物种内，核基因组的大小也可能会发生变化。
在植物基因组中，DNA被组成的染色体上进行非常复杂的折叠，形成一系列的结构体系。
这些结构通常是由DNA的反向回卷和压缩形成的，具体形式有环状结构和线状结构等。
此外，植物基因组还存在一些位于DNA序列间的调控元件，如启动子、转录因子结合位点、剪接位点等。
因为这些调控元件在基因的表达调控中发挥着重要的作用，因此它们的存在非常关键。
2. 线粒体基因组的结构线粒体基因组是一个环状DNA分子，位于线粒体内部。
不同于核基因组，线粒体基因组在不同的植物细胞中的数量和大小是相同的。
线粒体基因组通常由37个基因组成，其中包括大部分细胞呼吸相关的基因。
线粒体基因组也具有一些独特的特征，例如，其中的一些基因会产生大量的RNA，但不会翻译成蛋白质。
此外，线粒体基因组还存在一个叫做控制区域的区域，它在调控组成线粒体的基因方面具有至关重要的作用。
二、植物基因组的进化历程植物基因组的进化历程是非常复杂的。
然而，我们可以追溯到植物基因组进化的最初时期，比如，从近期的叶绿体基因组测序的结果来看。
1. 原叶绿体的乳房竿藻是植物叶绿体进化的关键物种乳房竿藻是一种非常古老的蓝藻，被认为是植物叶绿体基因组进化的关键物种之一。
此外，绿藻、红藻和黄藻都与它的进化路径有紧密关联。
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家养动植物基因组进化的特征和机制提名奖种：自然科学奖二等奖提名者：云南省提名意见：家养动植物是人类社会赖以生存和发展的重要基础，是人工选择的结果，然而人们对家养条件下动植物快速变异的遗传机制仍知之甚少。
该项目在国家973项目及云南省科技厅相关科技计划的资助下，以家养的水稻、家蚕、山羊及绵羊等动植物为对象，在家养动植物基因组进化的特征和机制研究中取得重要研究成果：从基因组变异角度揭示了水稻驯化特征及独立起源事件；首次发现旱稻陆生适应性的遗传机制；提供了当时最为全面的水稻基因组多态性数据及基因资源；创新性的建立了研究人工选择机制的理论技术方法，包括多样性降低（ROD）和优良品种标签位点（ETAS）分析方法；首次从全基因组单碱基水平，刻画了水稻、家蚕的表观遗传组学特征，并发掘出在驯化过程可能受人工选择的基因位点；家蚕甲基化组研究澄清了长期以来对昆虫DNA甲基化的模糊认识，开创了昆虫表观遗传组学研究的先河；通过山羊和绵羊参考基因组破译及比较基因组学分析，揭示了反刍类家养动物瘤胃及羊毛、羊脂产生的分子机制；首次利用了光学图谱组装方法而不依赖于遗传图谱将大型基因组山羊基因组组装到染色体水平；该项目研究成果分别发表在Nat Biotechnol （3篇）、Science （1篇）、Nat Commu （1篇）等学术期刊，平均影响因子25.214，合计引用903次，其中他引次数843次，最高单篇他引次数高达289次。
成果发表后产生了广泛国际影响。
同意提名该项目为国家自然科学奖二等奖。
项目简介：家养动植物是人类社会赖以存在和发展的重要基础，是一万多年来不断人工选择的结果。
尽管早在1859年达尔文的旷世巨著《物种起源》及1868年的巨著《动植物在家养条件下的变异》详细论述了物种在强烈人工选择下能快速产生大量的形态和生理变异，然而在这之后的150年至今，人类对家养动植物进化的遗传和基因组变异基础的了解甚至比对自然物种还少。
在“973前沿科学项目”及“云南省科技计划项目”支持下，该项目的研究团队对家养动植物的基因组进化特征和机制进行了研究。
截止2014年底，该项目在水稻、家蚕、山羊和绵羊的基因组进化方面取得了如下重要科学发现：1. 该项目以水稻及其野生近缘种为对象，首先构建了当时最为全面的栽培稻-野生稻基因组多态性图谱，发现栽培品种的多态性显著地低于野生品种，且基本包含在野生品种中，说明人工选择更多的是对已有的多态性进行选择，而新突变概率较低。
两种栽培稻进化格局差异显著，独立地起源于两种野生稻，其中粳稻更有可能近期起源于中国长江流域。
第二，首次在优良陆稻品种中发掘出促进侧根发育的陆生适应性基因——脱落酸代谢途径中限速酶基因Nced，为陆稻适应性机制提供重要遗传依据。
第三，技术方法上，本项目开创性的开发出选择信号筛选方法（ROD）及优良品种标签位点分析（ETAS），为研究家养动植物基因组进化提供了重要方法论依据。
第四，首次从单碱基表观遗传组学水平对水稻表观组特征系统刻画，发现转录终止位点甲基化水平对基因表达的调控。
第五，发现一些独立于序列差异的甲基化变异，与栽培稻-野生稻基因表达差异相关，进而从全基因组水平表明人工选择可能作用于表观遗传学位点，为后续的植物表观组学研究奠定了重要基础，为水稻重要农艺性状相关遗传机制的探索提供崭新思路和素材。
上述研究成果发表在Nat Bioltechnol、Nat Commun、BMC Plant Biol、BMC Genomics等学术期刊。
2. 该项目以家蚕为昆虫类家养动物为对象，从表观遗传学视角探索人工选择机制，首先构建了第一张昆虫的表观遗传组--丝腺DNA甲基化组，发现昆虫DNA甲基化格局与植物及哺乳类不同，水平很低，然而基因内部甲基化与表达呈显著正相关，证明了其功能重要性。
第二，开展了家蚕-野蚕甲基化组比较，鉴定出人工选择信号区域内唯一的表观遗传学差异位点，与表达差异相关。
第三，从昆虫类家养动物模型中，提出人工选择可能作用于表观遗传学位点并在驯化过程中调控基因表达。
该研究开创了昆虫表观遗传组学研究的先河。
上述研究成果发表在Nat Bioltechnol、BMC Genomics等学术期刊。
3. 该项目以山羊、绵羊反刍类及哺乳类家养动物为对象，通过参考基因组结合转录组解析，首先在山羊中鉴定出与免疫、取食及乳汁分泌等相关的快速进化及扩张基因。
第二，通过微量转录组分析鉴定了50多个与山羊绒形成密切相关的基因。
第三，在绵羊中发掘出反刍类家养动物瘤胃，羊特有羊绒、羊脂形成的基因机制。
第四，在技术上，山羊基因组的解析采用当时最新的DNA单分子光学作图（Optical Mapping）技术，成为首个不依赖于遗传图谱而组装到染色体水平的大型基因组。
山羊和绵羊的基因组的破译，不仅解析这两种小型反刍家养动物的一些生物学特性谜题，也为研究山羊绵羊在人工选择下进化的遗传机制，推动山羊、绵羊经济形状基因的奠定和高效育种奠定了重要基础。
上述研究成果表在Nat Biotechnol、Science等学术期刊。
客观评价：本项目取得了一系列重大研究成果，共发表代表性研究论文8篇，其中在Nat Biotechnol发表3篇，Science发表1篇，Nat commu 发表1篇。
论文合计引用次数达903次，其中他引次数843次，最高单篇他引次数高达289次。
成果发表后产生了广泛国际影响。
水稻驯化机制研究成果单篇引用次数高达289次。
被Nat Biotechol、Nat Genetics、Nat Commun、PNAS等重要期刊论文，并被Trends系列、Frontiers系列等综述论文多次引用。
该研究开发出的多样性降低（ROD）方法，在后续一系列研究人工选择下基因变异机制的研究论文，如Science、Nat Genetics等等论文多次引用，成为重要的方法范例之一。
该成果发表后，被Nature旗下重要学术网站Nature China作为研究亮点进行了题为“Rice genetics: Quality genes” 的特别报道，报道指出，“这项研究提供了有史以来规模最大的水稻变异目录和一个非常有用的农业工具。
这一发现可能有助于水稻遗传多样性的保护，有助于提高水稻这一世界上最重要粮食作物的产量和品质。
”水稻甲基化组研究论文他引次数达81次，其中包括Trents in Plant Biol、Annu Rev Genet等期刊综述论文及包括PNAS、MBE、Ecology Letters等高水平研究论文数篇。
家蚕甲基化组论文发表后，Nature Asia-Pacific 网站将该文作为研究亮点进行了题为“Threading together a map of silkworm DNA modifications”的亮点报道。
Nature China 网站对该文发表题为“Epigenetics, few and far between”评论文章，指出由于昆虫DNA甲基化水平相对很低，刻画甲基化谱有一定的挑战性。
该研究的完成，为从表观遗传学角度了解昆虫的进化提供了可能，研究结果为探讨表观遗传学对家蚕驯化的影响提供了宝贵的数据”。
该论文发表至今已被至少三本英文专著引用。
被Nature Rev Genet等期刊综述论文及Cell、PNAS、Curr Biol等重要期刊研究论文引用。
发表在Ann Rev Entomol题为“Advances in Silkworm Studies Accelerated by the Genome Sequencing of Bombyx mori”的综述中，将该项目的研究作为一个独立的进展进行综述，指出该成果应该开启家蚕表观遗传学研究。
发表在Trends in Genetics “Insects as innovative models for functional studies of DNA methylation”着重讨论了该项目的研究工作，认为家蚕与赤拟谷盗甲基化格局的差异是非常“intriguing”的发现。
山羊基因组论文发表后，国际知名学术网站Science Daily 进行了报道，认为该项工作为小型反刍类动物研究提供了第一个参考基因组，将有助于揭示反刍类与非反刍类动物基因组特点的差异，同时该项工作也为未来复杂基因组的从头组装提供了一个非常有参考价值的一个成功范例。
光学图谱方法在后续一系列Nat Biotechol、Nat Genet等重要期刊论文广泛引用。
绵羊的参考基因组解析工作发表后，著名期刊Science、Nat Biotechnol均撰文进行了高度评价，认为该项工作“提供了家畜生产相关的重要资源”（Science），“本研究最突出的亮点，正是控制瘤胃和皮肤发育的基因，揭示了这两个重要的生物学过程”（Nat Bioltech）。
Nat Genet撰文推此项工作进行了系统描述。
国内期刊《中国科学》也对该工作进行了亮点报道。
山羊和绵羊基因组的解析，标志着以中科院昆明动物所谓代表的中国研究团队在国际羊基因组学研究领域中的领衔地位。
王文，第一完成人，研究员，工作单位：西北工业大学，完成单位：中国科学院昆明动物研究所。
本项目总体设计和组织者，全面负责组织实施水稻进化基因组学及优良基因发掘，家蚕及水稻表观遗传组学研究，山羊绵羊基因组解析研究。
提出研究工作总体思路，总体研究方案，跟进实施，参与撰写及深度修改指导研究论文。
是所有研究论文的通讯或共同通讯作者。
对第1，2，3项科学发现有贡献。
胡凤益，第二完成人，研究员，工作单位：云南大学，完成单位：云南省农业科学院粮食作物研究所。
负责水稻相关项目研究思路的设计和组织实施、研究成果论文的深度修改。
是代表性论文1，4的共同第一作者，代表性论文2，3的共同通讯作者。
对第1项科学发现有贡献。
姜雨，第三完成人，教授，工作单位：西北农林科技大学，完成单位：中国科学院昆明动物研究所。
解析绵羊参考基因组研究，同时是山羊基因组进化研究的重要参加者。
是本项目代表性论文8的第一作者，代表性论文7共同第一作者。
对第3项科学发现有贡献。
相辉，第四完成人，教授，工作单位：华南师范大学，完成单位：中国科学院昆明动物研究所。
负责开展家蚕表观遗传学研究。
是代表性论文5，6的第一作者，代表性论文4的参与作者。
对第2项科学发现有贡献。
徐讯，第五完成人，教授，工作单位：深圳华大基因研究院，完成单位：中国科学院昆明动物研究所。
完成水稻基因组进化研究、参与家蚕甲基化组研究。
是代表性论文1的第一作者，代表性论文7，8的共同通讯作者，代表性论文6的共同第一作者。
对第1，2，3项科学发现有贡献。
完成人合作关系：2007.1-2014.6 第一完成人王文与第二完成人胡凤益就水稻基因组进化、陆稻陆生适应性及水稻表观遗传组研究开展深入系统的合作，共同发表代表性论文1，2，3，4，对第1项科学发现有重要贡献。