生物常用软件学习
生物学常用软件简介
AC
accession number giving origin of sequence
DT
dates of entry and modification
KW
key cross-reference words for lookup up this entry
OS, OC source organism
RN, RP, RX, RA, RT, RL literature reference or source
DR
i. d. In other databases
CC
Description of biological function
பைடு நூலகம்
FH, FT information about sequence by base position or range of positiions
生物学常用软件简介
前言
生物信息学是一门新兴的交叉学科，它将数 学和计算机知识应用于生物学，以获取、 加工、存储、分类、检索与分析生物大分 子的信息，从而理解这些信息的生物学意 义。
上面是狭义的生物信息学含义,也是现阶段生 物信息学的基本工作.
内容概要
一 生物信息学软件的主要功能简介
1.数据的基本处理 2.序列的比对 3.基因/基因组的注释 4.Snp分析 5.进化分析 6.基因表达分析 7.蛋白质结构预测
2.序列的比对 序列比对（alignment）：为确定两个或多个序列
之间的相似性以至于同源性，而将它们按照一定 的规律排列。
将两个或多个序列排列在一起，标明其相似之处。 序列中可以插入间隔（通常用短横线“-”表示）。 对应的相同或相似的符号（在核酸中是A, T（或 U）, C, G，在蛋白质中是氨基酸残基的单字母表 示）排列在同一列上。
常用生物软件
常用生物软件常用生物软件（Windows 版）一、基因芯片1、基因芯片综合分析软件。
ArrayVision 7.0 一种功能强大的商业版基因芯片分析软件，不仅可以进行图像分析，还可以进行数据处理，方便protocol的管理功能强大，商业版正式版：6900美元。
Arraypro 4.0 Media Cybernetics公司的产品，该公司的gelpro, imagepro一直以精确成为同类产品中的佼佼者，相信arraypro也不会差。
phoretix™ Array Nonlinear Dynamics公司的基因片综合分析软件。
J-express 挪威Bergen大学编写，是一个用JAVA语言写的应用程序，界面清晰漂亮，用来分析微矩阵（microarray）实验获得的基因表达数据，需要下载安装JAVA运行环境JRE1.2后(5.1M)后，才能运行。
2、基因芯片阅读图像分析软件ScanAlyze 2.44 ，斯坦福的基因芯片基因芯片阅读软件，进行微矩阵荧光图像分析，包括半自动定义格栅与像素点分析。
输出为分隔的文本格式，可很容易地转化为任何数据库。
3、基因芯片数据分析软件Cluster 斯坦福的对大量微矩阵数据组进行各种簇（Cluster）分析与其它各种处理的软件。
SAM Significance Analysis of Microarrays 的缩写，微矩阵显著性分析软件，EXCEL软件的插件，由Stanford大学编制。
4．基因芯片聚类图形显示TreeView 1.5 斯坦福开发的用来显示Cluster软件分析的图形化结果。
现已和Cluster成为了基因芯片处理的标准软件。
FreeView 是基于JAVA语言的系统树生成软件，接收Cluster生成的数据，比Treeview增强了某些功能。
5．基因芯片引物设计Array Designer 2.00 DNA微矩阵（microarray）软件，批量设计DNA和寡核苷酸引物工具二、RNA二级结构RNA Structure 3.5 RNA Sturcture 根据最小自由能原理，将Zuker的根据RNA一级序列预测RNA二级结构的算法在软件上实现。
生物学软件_大全(二)
引言概述：生物学软件在现代科学研究中扮演着重要的角色，它们为生物学家们提供了数据分析、模拟实验等功能，帮助他们更好地理解生命的复杂性。
本文将为大家介绍一系列生物学软件，帮助生物学家们在研究中更高效地工作。
正文内容：1.生物信息学软件1.1基本基因序列分析软件1.1.1BLAST：用于序列比对和相似性搜索，帮助确定生物序列的功能和结构。
1.1.2ClustalOmega：用于多序列比对的工具，帮助研究人员查找序列间的共同特征。
1.1.3EMBOSS：一套开源的生物信息学软件，包含各种工具用于序列分析、蛋白质结构分析等。
1.2基因组数据分析软件1.2.1GATK：广泛用于基因组重测序数据的分析和变异检测。
1.2.2BEDTools：用于处理基因组坐标的工具，帮助研究人员在基因组中定位感兴趣的特定区域。
1.2.3HMMER：用于比对蛋白质序列和荧光探针序列的隐马尔可夫模型工具。
2.结构生物学软件2.1Rosetta：一套用于结构预测和蛋白质构象优化的软件，帮助研究人员研究蛋白质的结构和功能。
2.2PyMOL：一种用于可视化分子结构的工具，它可以高质量的分子图像，并为研究人员提供结构分析的功能。
2.3Coot：用于蛋白质结构分析和模型建立的软件，可帮助研究人员在解析蛋白质结构时进行手动操作和调整。
2.4CCP4：一个用于蛋白质晶体学的软件套件，用于解析晶体结构和进行结构决策。
2.5SwissPdbViewer：一种用于蛋白质结构可视化和分析的软件，具有多种功能和工具。
3.蛋白质互作软件3.1STRING：综合性的蛋白质互作数据库和分析工具，帮助研究人员理解蛋白质之间的相互作用关系。
3.2Cytoscape：一个用于细胞网络分析和可视化的软件，可用于研究蛋白质之间的相互作用网络。
3.3ClusPro：一种用于蛋白质蛋白质和蛋白质配体互作的软件，可用于预测互作模型和分析互作强度。
3.4InterProSurf：一种用于预测和分析蛋白质间相互作用界面的工具，可以帮助研究人员理解蛋白质互作的机制。
生物信息学软件 (2)
生物信息学软件
生物信息学软件是一类专门用于处理、分析和解释生物学
数据的软件工具。
这些软件通常用于基因组学、蛋白质组学、转录组学和代谢组学研究中。
以下是一些常用的生物
信息学软件：
1. BLAST：用于快速在数据库中搜索相似序列的工具，对
于序列比对和亲缘关系分析非常有用。
2. ClustalW：用于多序列比对的软件，可以比较多个序列
之间的相似性和差异。
3. GROMACS：用于分子动力学模拟和分子力学计算的软件，可以模拟蛋白质、核酸等生物分子的结构和动态行为。
4. PHYLIP：用于构建进化树和系统发育分析的软件，可以根据序列的差异性推断出生物物种之间的进化关系。
5. R：一种统计软件，提供了广泛的生物信息学功能和数据处理方法。
6. Cytoscape：用于网络分析和可视化的软件，可以分析和可视化基因调控网络、蛋白质相互作用网络等。
7. NCBI工具包：由美国国家生物技术信息中心（NCBI）开发的一组工具，包括BLAST、Entrez等，用于生物序列和文献检索。
8. Galaxy：一个基于云计算的生物信息学分析平台，提供了大量的工具和工作流，方便生物学家进行数据分析和可视化。
9. MetaboAnalyst：用于代谢组学数据分析的软件，可以进行代谢物注释、统计分析、通路分析等。
10. Geneious：用于序列分析和比对、系统发育分析、基因预测等多种生物信息学任务的集成软件。
以上只是一小部分常用的生物信息学软件，随着科学研究的进展，新的软件工具不断涌现。
初中生物软件知识点归纳总结
初中生物软件知识点归纳总结软件在生物学的研究中扮演着重要角色，它们为科学家和学生提供了学习、研究和实践的工具。
在初中生物学的学习中，了解常用的生物软件知识点是非常重要的。
本文将对初中生物软件知识点进行归纳总结，帮助初中生更好地理解和运用这些软件。
1. 基因编辑软件基因编辑软件是帮助科学家编辑基因序列的工具，其中最著名的软件是CRISPR-Cas9。
CRISPR-Cas9软件可以帮助科学家准确地定位和编辑基因组中的特定基因，可以用于研究基因功能、治疗疾病等等。
初中生可以了解到CRISPR-Cas9软件的基本应用和原理，了解基因编辑的概念和意义。
2. 生物信息学软件生物信息学软件是处理和分析生物学数据的工具，其中一些最常用的软件有BLAST、NCBI、DNAStar等。
BLAST软件可以用于比对和分析DNA、蛋白质序列，帮助科学家找到相似的序列并进行进一步的研究。
NCBI是一个包含大量生物学数据库的在线平台，可以帮助科学家在数据库中搜索并浏览生物学信息。
DNAStar是一款用于DNA序列分析的软件，可以进行DNA序列的比对、注释和可视化等。
3. 模拟和建模软件初中生可以了解一些常用的生物模拟和建模软件，如Stellarium、BIOZONE和Stem cells等。
Stellarium是天文学软件，可以模拟出夜空中的星星和行星运动情况，帮助初中生了解天文学知识。
BIOZONE是一款模拟生物学实验的软件，可以帮助初中生进行虚拟实验并观察实验现象。
Stem cells软件则是帮助初中生学习干细胞的分化和发育过程。
4. 数据可视化软件数据可视化软件可以将生物学实验结果和数据转化为图表或图形，帮助科学家更好地理解和展示数据。
在初中生物学中，初中生可以了解一些简单的数据可视化软件，如Excel和GraphPad Prism。
Excel软件可以用于绘制图表、创建数据表格和计算简单统计量。
GraphPad Prism软件则更专业，可以进行复杂的数据分析、绘制高质量的图表和进行统计检验等。
八年级上生物知识点app
八年级上生物知识点app在八年级生物学课程中，学生需要掌握各种生物知识点，包括细胞、遗传、进化等方面的知识。
然而，学生们有时会遇到难以理解或记忆的知识点，这时候一个好的生物知识点APP可以帮助他们快速掌握所学内容。
本文章将介绍一些值得推荐的八年级生物知识点APP。
一、iCelliCell是一个非常受欢迎的细胞学习工具，它提供了一系列细胞图片和3D模型。
学生可以轻松了解各种细胞的结构和功能，包括人类、动物和植物细胞。
此外，它还提供了一系列动画和互动模拟，使学生更加深入了解细胞学习。
二、Biology DictionaryBiology Dictionary是一个生物学术语学习工具，它提供了全面的生物学术语和定义，学生可以随时查阅需要的知识点。
此外，该应用程序还具有一些实用工具，例如单位转换器和常见计算器，可以帮助学生更好地理解一些实验数据和结果。
三、Genius BiologyGenius Biology是一个集学习和测试于一体的应用程序，它提供了六大主题，包括细胞学习、基因组学、进化学习等。
学生可以通过学习内容，构建自己的知识图谱，并通过专门的测试了解自己的掌握情况。
此外，该应用程序还提供了一些实用工具，例如实验室技能指南和常见问题解答，以帮助学生更好地应对实验和作业。
四、QuizletQuizlet是一个使用最广泛的学习应用程序之一，它提供了数百万种主题，包括生物学。
学生可以通过自我测试、卡片、游戏和练习，提高对各种生物学知识点的掌握能力，并轻松记忆复杂的生物学术语和定义。
并且，Quizlet还支持多种学习方式，例如语音识别和拼写练习等，使学习更加便捷。
五、Life SciencesLife Sciences是一个针对中学生的生物学应用程序学习工具，其内容覆盖了遗传、微生物、动植物等方面。
该应用程序通过深入和清晰的图像和文字来帮助学生更好地理解各种生物学知识点，同时还支持学生进行在线问答和专门测试。
生物学习计划软件推荐
生物学习计划软件推荐一、生物学习计划软件推荐1. 生物百科生物百科是一款集生物学知识、实验技能、虚拟实验于一体的生物学习软件。
它以丰富的生物知识资源和生动的实验场景为特色，为学生提供了一个全方位的生物学习环境。
生物百科的内容丰富多样，包括了生物学的基础知识、生物实验的基本技能、以及生物实验的操作流程等内容。
通过这款软件，学生可以系统地学习生物学知识，培养实验技能，提高实验操作的熟练度。
生物百科提供了丰富的生物知识资源，包括了基因工程、细胞生物学、生物技术等多个方面的知识，可以帮助学生更好地掌握生物学知识。
2. 生物之窗生物之窗是一款以生物图谱为核心的生物学学习软件。
它通过多媒体技术和生物概念图谱的形式，将复杂的生物学概念清晰地表达出来，让学生更容易理解。
生物之窗提供了大量的生物概念图谱，包括了生物原理、分子生物学、细胞生物学等多个方面的知识，学生可以通过这些图谱清晰地理解生物学的知识体系。
此外，生物之窗还提供了生物学习的测验功能，让学生可以通过测试来检验自己的学习成果。
生物之窗的知识点覆盖面广，内容生动直观，是一款非常适合生物学学习的软件。
3. 易学生物易学生物是一款以生物学学习任务为导向的生物学学习软件。
它以学习任务为核心，通过生物学习的任务设置，引导学生完成对生物知识的学习。
易学生物提供了丰富的学习任务，包括了生物学基础知识、科学实验技能、科学探究任务等多个方面的任务。
学生可以通过这些任务，系统地学习生物知识，培养科学实验技能，提高科学探究的能力。
易学生物还提供了学习任务的评价功能，可以帮助学生及时了解自己的学习情况，提高学习效率。
易学生物以学习任务为导向，内容丰富多样，是一款非常有价值的生物学学习软件。
二、生物学习计划软件的优缺点分析1. 生物百科优点：生物百科提供了丰富的生物知识资源，内容涵盖了生物学的多个方面，可以帮助学生系统地学习生物知识。
此外，生物百科还提供了生物实验的操作流程，让学生可以实时感受到实验的过程，培养实验技能。
常用生物信息学软件
常用生物信息学软件一、基因芯片1、基因芯片综合分析软件。
ArrayVision 7.0 一种功能强大的商业版基因芯片分析软件，不仅可以进行图像分析，还可以进行数据处理，方便protocol的管理功能强大，商业版正式版：6900美元。
Arraypro 4.0 Media Cybernetics公司的产品，该公司的gelpro, imagepro一直以精确成为同类产品中的佼佼者，相信arraypro也不会差。
phoretix™ Array Nonlinear Dynamics公司的基因片综合分析软件。
J-express 挪威Bergen大学编写，是一个用JA V A语言写的应用程序，界面清晰漂亮，用来分析微矩阵（microarray）实验获得的基因表达数据，需要下载安装JA V A运行环境JRE1.2后(5.1M)后，才能运行。
2、基因芯片阅读图像分析软件ScanAlyze 2.44 ，斯坦福的基因芯片基因芯片阅读软件，进行微矩阵荧光图像分析，包括半自动定义格栅与像素点分析。
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3、基因芯片数据分析软件Cluster 斯坦福的对大量微矩阵数据组进行各种簇（Cluster）分析与其它各种处理的软件。
SAM Significance Analysis of Microarrays 的缩写，微矩阵显著性分析软件，EXCEL软件的插件，由Stanford大学编制。
4．基因芯片聚类图形显示TreeView 1.5 斯坦福开发的用来显示Cluster软件分析的图形化结果。
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FreeView 是基于JA V A语言的系统树生成软件，接收Cluster生成的数据，比Treeview 增强了某些功能。
5．基因芯片引物设计Array Designer 2.00 DNA微矩阵（microarray）软件，批量设计DNA和寡核苷酸引物工具三、序列综合分析V ector NTI Suite 8.0 不喜欢装备各种专业性强的软件，而希望用一个综合性的软件代替的同志可以选择本软件。
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Excel 提速12招生物谷网站Excel是一个全能的电子表格，它功能强大、操作方便，除了可以快速地生成、格式化各种表格外，还可以对表格中的数据完成很多数据库的功能。
下面向您介绍几个快速使用Excel的方法技巧。
1、快速启动Excel。
若您日常工作中要经常使用Excel，可以在启动Windows时启动它，设置方法：（1）启动“我的电脑”进入Windows目录，依照路径“Start Menu\Programs\启动”来打开“启动”文件夹；（2）打开Excel 所在的文件夹，用鼠标将Excel图标拖到“启动”文件夹，这时Excel的快捷方式就被复制到“启动”文件夹中，下次启动Windows就可快速启动Excel了。
若Windows已启动，您可用以下方法快速启动Excel。
方法一：双击“开始”菜单中的“文档”命令里的任一Excel工作簿即可。
方法二：用鼠标从“我的电脑”中将Excel应用程序拖到桌面上，然后从快捷菜单中选择“在当前位置创建快捷方式”以创建它的快捷方式，启动时只需双击其快捷方式即可。
2、快速获取帮助。
对于工具栏或屏幕区，您只需按组合键Shift＋F1，然后用鼠标单击工具栏按钮或屏幕区，它就会弹出一个帮助窗口，上面会告诉该元素的详细帮助信息。
3、快速移动或复制单元格。
先选定单元格，然后移动鼠标指针到单元格边框上，按下鼠标左键并拖动到新位置，然后释放按键即可移动。
若要复制单元格，则在释放鼠标之前按下Ctrl即可。
4、快速查找工作簿。
您可以利用在工作表中的任何文字进行搜寻，方法为：(1)单击工具栏中的“打开”按钮，在“打开”对话框里，输入文件的全名或部分名，可以用通配符代替；(2)在“文本属性”编辑框中，输入想要搜寻的文字，最好是您认为是唯一的单词或短语，以便搜寻更容易成功；(3)选择“开始查找”即可。
在找到满足条件的文件前，“打开”对话框的状态栏都会显示“找到了0个文件”的信息，您应该耐心等待，只有当“打开”按钮由灰化状态变成可用状态时，才表明搜寻结束。
5、快速打印工作表。
若选择“文件”菜单中“打印”命令来打印，会出现“打印”对话框让您选择，程序繁琐。
若要跳过该对话框，您可以单击“常用”工具栏上的“打印”按钮或者按下Shift键并单击“打印预览”按钮，Excel将使用“选定工作表”选项打印。
6、快速切换工作表。
按Ctrl＋PageUp组合键可激活前一个工作表，按Ctrl＋PageDown组合键可激活后一个工作表。
您还可用鼠标去控制工作表底部的标签滚动按钮快速地移动工作表的名字，然后单击工作表进行切换。
7、快速切换工作簿。
对于较少工作簿切换，可单击工作簿所在窗口。
要对多个窗口下的多个工作进行切换，用“窗口”菜单最方便。
“窗口”菜单的底部列出了已打开了工作簿的名字，要直接切换到一个工作簿，从“窗口”菜单选择它的名字即可。
“窗口”菜单最多能列出9个工作簿，若多于9个，“窗口”菜单则包含一个名为“多窗口”的命令，选用该命令，则出现一个按字母顺序列出所有已打开的工作簿名字的对话框，只需单击其中需要的名字即可。
8、快速插入Word表格。
Excel可以处理Word表格中列出的数据，您可用以下方法快速插入Word表格：(1)打开Word表格所在的文件；(2)打开要处理Word表格的Excel文件，并调整好两窗口的位置，以便能看见表格和要插入表格的区域；(3)选中Word中的表格；(4)按住鼠标左键，将表格拖到Excel窗口中，松开鼠标左键将表格放在需要的位置即可。
9、快速链接网上的数据。
您可以用以下方法快速建立与网上工作簿中数据的链接：(1)打开Internet上含有需要链接数据的工作簿，并在工作簿选定数据，然后单击“编辑”菜单的“复制”命令；(2)打开需要创建链接的Excel工作簿，在需要显示链接数据的区域中，单击左上角单元格；(3)单击“编辑”菜单中的“选择性粘贴”命令，在“选择性粘贴”对话框中，选择“粘贴链接”按钮即可。
若您想在创建链接时不打开Internet工作簿，可单击需要链接处的单元格，然后键入(=)和URL地址及工作簿位置，如：=/[filel.xls]。
10、快速创建工具栏。
通过工具栏您可以快捷地访问常用的命令或自定义的宏，您可以根据需要快速创建自己的工具栏。
方法为：单击“工具”菜单中的“自定义”命令，选择“工具栏”选项卡，单击“新建”按钮，输入“新建工具栏”名称，然后单击“确定”。
这时新建工具栏出现在窗口，您就可以用鼠标把其他工具栏中的按钮拖到新建工具栏中，该按钮就会在此“落户”。
若在拖动时按着Ctrl键，则会将按钮复制过来。
注意：不能将按钮拖到“自定义”对话框或工作表中，否则该按钮将会被删除。
11、利用模板创建工作簿。
模板是一用来作为创建其它工作簿的框架形式，利用它可以快速地创建相似的工作簿。
创建模板方法为：(1)打开一个要作为模板的工作簿；(2)选择“文件”菜单中“另存为”命令，打开“另存为”对话框；(3)在“文件名”框中输入模板的名字，从“保存类型”列表中选定“模板(＊.xlt)”选项，这时“保存位置”会自动切换到默认的模板文件夹Templates文件夹；(4)在“保存位置”中选择“电子表格模板”文件夹，单击“保存”即可。
这样，您就可以根据该模板快速创建新工作簿了。
12、用“超级连接”快速跳转到其它文件。
用超级链接在各个位置之间跳转十分方便，若您要切换到其它文件，只需用鼠标指向带有下划线的蓝色超级链接文件，然后单击鼠标即可跳转到超级链接所指向的子位置上去，看完后若要返回，只需单击“Web”工具栏上的“返回”按钮即可。
用好Word 2003的比较功能生物谷网站新一代办公应用软件Office Word 2003新增了一些比较实用的功能，因此备受用户的喜爱，笔者仅就其中的比较功能与朋友们交流。
一、并排比较文档有时在阅读文档的同时你可能还需要与其他文档进行比较，在以前Word版本中要比较两篇文档是比较困难的，但现在如果你用的是Word 2003，只需单击“窗口”菜单中的“与文件名并排比较”命令，就可以使打开的两个Word文档左右排开，您甚至还可以同时滚动两篇文档来辨别两篇文档间的差别，具体使用方法如下：打开两篇需要比较的文档，然后单击“窗口”菜单中的“与文件名并排比较”命令，窗口会自动以平铺方式排列，同时显示出并排比较工具条，上面有三个按钮，如图1所示。
图1 并排比较对话框第一个是同步滚动按钮：可以控制一篇文档在滚动时，与之比较的另一文档是否同时滚动。
另一个是重置窗口位置按钮：当窗口位置发生变化时，单击它，可以恢复到并排比较时的初始状态。
第三个是“关闭并排比较”按钮，单击它会退出文档比较状态。
我们还可以用“并排比较”功能来比较一篇文档的不同版本：单击菜单“窗口→新建窗口”命令，为当前文档新增一个窗口，然后执行“并排比较”命令，再改变其中一个窗口的版本，就可以对这篇文档的不同版本进行比较了。
编辑提示：该功能在Office 2003 其他子程序中有相同的用法分子生物学实验人员软件解决方案2004-8-26 11:23:00信息来源：生命经纬分子生物学实验人员软件解决方案生物谷网站在互联网上，有很多软件可以解决对单个基因进行研究的分子生物学实验人员从立项到最后写论文的实际问题。
本文提供了对相同作用的很多软件进行比较后推荐给一线实验人员使用的Windows应用软件。
一、资料收集整理阶段。
本阶段需要查找某个项目专题的文章,并写出对该专题的综述,以便对自己所要做的课题的现状有一个基本的了解。
推荐软件：Reference Manager 9.0同类参考软件：Endnote 3.1.2二、序列分析、实验设计模拟阶段。
1.综合性软件。
这类软件要求对本阶段上述的大部分功能均具备，而且这类软件在一些专项分析上仍有绝对优势。
推荐软件：DNASTAR 4.03同类参考软件：Vector NTI Suite 6.0,Omiga 2.0、DNASIS 2.5,DNATools 5.12.制酶分析。
可能是最简单的功能了，用普通的文本搜索也能找出相应的序列位点。
正因如此，我们希望软件在结果输出上有更完美的表现。
另外几乎所有的软件都没有考虑在酶切位点前应该有保护碱基，所以该分析通过，并不能在实验中总能通过。
推荐软件：DNAssist 1.0同类参考软件：Primer Premier 5.0,Vector NTI Suite 6.0和其他多种软件3.引物设计。
引物设计一般包括用于检测和用于进一步分子操作的引物。
其中用于分子操作的在原来序列上设计，加上接头和保护碱基。
但几乎所有软件都没有考虑接头和保护碱基的设计。
因此能否对假定的引物进行各种属性的分析，参考各种结果，最后找到合适的引物序列便成为选择软件的最关键。
推荐软件：Primer3同类参考软件：Primer Premier 5.0,Vector NTI Suite 6.0,DNAClub,Oligo 5.04.序列比对。
序列比对包括部分完全相同序列查找和序列相似性排列两类。
与限制酶分析相似，由于这类软件的算法没有多大变化，内核大都是相同的，所以其结果输出和易用性也成了更重要的标准。
推荐软件: GeneDoc 3.2，MagAlign 4.03（Lasergene Suite）同类参考软件：Vector NTI Suite 6.0等5.质粒作图。
这也是最常用的序列显示功能。
我们要求软件能对已知序列自动作图，对未知序列但关键部位位置清楚的质粒也能作图。
主要是标示各种酶切位点、基因序列、特定结构域序列。
推荐软件：Gene Construction Kit 2.0参考软件：Winplas 2.6 pDRAW32 1.0.33等6.结构域（motif）查找。
与限制酶的分析相似，这也是一个文本查找的内容，关键在于以何种方式显示查询结果。
推荐软件：Primer Premier 5.07.序列查找下载工具。
推荐软件：Vector NTI Suite 6.0: PubMed-Entrez Searching参考软件：Network Entrez8.RNA二级结构预测及分析。
似乎人们在二级结构预测方面没有什么明确的模型。
因此，对这类软件只能以参考参考的心态来使用了，不能报任何希望。
推荐软件：RNAdraw 1.1b2参考软件：RNAStructure 3.59.蛋白二级结构分析。
不要指望软件能给你带来一个有三维结构的蛋白，所谓的分析只能给你一个蛋白某些片段有形成什么结构的趋向。
结果判定还是要靠人本身。
推荐软件：Vector NTI Suite 6.0 ：Bioplot参考软件：Antheprot 4.510.克隆策略图谱。
几乎所有人都用手工或用绘图软件来画出整个克隆过程，各种位点只能大概估计，与核酸的序列之间的关系当然无从谈起。