ChemScript使用方法详解

ChemScript使用方法详解
ChemScript是一个化学信息学软件开发工具包（SDK），它包含的编程算法在珀金埃尔默产品中较为常见。

本文将讲解如何在ChemBioOffice中的ChemScript申请创建自己的脚本文件，更多精彩教程见图片链接。

ChemScript的所有脚本文件范例都可以在Python和C#/.NET中获取。

如果你熟悉这些语言，你会发现这些脚本很容易理解。

但是如果你刚刚接触C#/.NET或Python，我们建议你参考相关的网站和书籍。

ChemScript在Python和C#/.NET都可用，而在本教程中我们将使用Python解释ChemScript。

Python是一种非专有的广泛使用的编程语言。

1.为什么要用ChemScript？
ChemScript增加了管理化学数据的强大功能。

使用ChemScript，你可以修改、查看和使自定义将数据进行转移。

以下是几个常见的使用术语：
（1）盐裂和剥离：在绘制结构中识别和移除盐的碎片并记录纯化合物。

（2）规范代码：创建一组结构规范的代码，并用它在你的数据中找到摹本。

（3）文件格式转换：将结构或反应文件转化成另一种格式
（4）生成特性：执行结构=名称或在ChemBioDraw中产生的物理性能特征。

（5）常见的支架定位：实施基于一个公共子结构建立取向结构的标准取向。

（6）二维结构图生成（SDG）和清理：从连接表生成新的不带坐标的二维结构，并使用ChemBioDraw算法清理现有的二维结构。

2.ChemScript如何工作
ChemScript最基本的使用是从一个来源读取数据，然后使用一个脚本修改数据，并把修改后的数据写到另一个位置（如下图）。

你可以从任意一个数据库、文件或应用程序中检索数据。

ChemScript如何工作
修改数据由脚本决定。

脚本可以删除、计算和添加新数据，也可以编辑现有的数据。

数据可以是文本、结构或两者并存。

和其他Python脚本和网络项目相似，您可以在ChemScript中使用Windows 命令或任意开发环境来执行脚本。

（1）开始：
默认情况下，在您的本地计算机上安装ChemBioOffice时，ChemScript和Python 3.2会同时安装。

软件安装后，建议您按照这一节中以下的的简单练习来熟悉ChemScript。

为了编辑ChemScript文件，我们建议您选用一个可用的编程工具。

其中的IDLE，是Python 附带安装程序之一。

查看在线帮助主菜单可以了解更多IDLE信息。

（2）开始IDLE：
在开始菜单中，打开所有程序-> Python 3.2->IDLE(Python GUI)。

Python启动后，DLE中会打开一个Python shell 和表明Python和IDLE版本的标题，也将会出现一个：“>>>”提示。

合集下载

ChemSketch软件及ISISdraw(化学绘图)的使用

1 ChemSketch 软件（化学绘图）的使用ACD/ChemSketch 是高级化学发展有限公司(ACD)设计的用于化学画图用软件包，该软件包可单独使用或与其他软件共同使用。

这是一个非常实用和功能强大的化学图形绘图软件，它是绘制化学分子结构式、化学反应式、化学装置示意图和相关的化学论文或演讲设计图等的综合软件包。

ACD/ChemSketch 有如下主要功能：结构模式：用于画化学结构和计算它们的性质。

画图模式：用于文本和图象处理分子性质模式：对以下性质进行估算：分子量、百分组成、摩尔折射率、摩尔体积、等张比容、折射率、表面张力、密度、单一同位素质量、标称分子量和平均分子质量。

1.1窗口界面ChemSketch 有两种窗口界面，结构模式界面和绘图模式界面，两种界面可以通过左上角编辑工具栏中的按钮进行切换。

Structure Mode 窗口界面如图1-1所示，可分为主菜单栏、常用工具栏、原子工具栏、参考结构式工具栏、状态栏、工作区和颜色面板。

Draw Mode 窗口界面如图1-2所示，分为主菜单栏、常用工具栏、状态栏、绘图工具栏、工作区和颜色面板。

原子工具栏状态栏参考结构栏图1-1 Structure 模式界面图1.2 绘制化学分子结构式示例(1) 使用结构模板绘制结构简式绘制步骤：（1）在结构模式下的常用工具栏右边上选取结构模板，弹出结构模板窗口，如图1-3所示。

用鼠标点取所需结构模板(如三苯基磷结构)。

（2）在工作区适当位置单击鼠标，则该结构式出现在工作区。

将其保存，其后辍名为*.sk2 。

也可将其复制于粘贴板上，可复制于其它文档如WORD 文档中。

如图1-4所示。

(2) 立体结构式的绘制步骤：完成上述结构式绘制步骤后，在主菜单栏的ACD/Labs 菜单中选取3D Viewer ，则工作窗口切换到3D 状态，可以用编辑工具栏工具使其成为所期侍的立体图形和角度, 如图1-5所示。

将其保存，后辍名为*.s3d ，同样也可复制粘贴板上用于其它文档的素材。

Lcsolution外标使用方法

用Lcsolution软件做外标曲线的方法
1.打开色谱数据再解析，点击屏幕左侧辅助栏中的“LC数据分析”图标，然后点击“打
开”按钮，打开一个标准样品数据文件，观察待分析物质的保留时间。

2.编辑化合物表
点击“数据分析”----“分析”
·选择好“积分”项中的参数。

·再点击“识别”。

·再点击“定量”。

定量方法选择“外标法”；计算依据—“面积”；标准曲线级别---“3”；校准曲线类型—“线性”；零点----“未强制”。

·点击“化合物表视图”
点击“编辑”，写入化合物名称、保留时间、浓度。

·保存方法
点击助手栏中的“批处理”，写入类型、数据文件、方法文件、级别好
保存批处理表，运行。

4.打开批处理表中已经处理过的样品数据文件。

即可观察结果。

5.点击“报告文件”，进行打印操作。

点击“打开”，选择要采用的报告模板。

Chem3D常用功能使用教程讲解学习

27
显示氢及孤对电子
28
不显示氢及孤对电子的环己烷
原子名称及序数 29
选择工具，双击原子，按顺序改变原子序号
30
居中移动到色彩调节显示元素符号显示元素编号显示实心球显示点阵表面
调整键长破坏键调整键级就近结合添加质心颠倒调整矩阵
隐藏所选部分隐藏非选部分显示所有原子显示邻近原子显示背面定义基团
11
12
建立3D模型 1. 利用键工具建立模型
选择【单键】工具，在模型窗口向右按动
圆柱键模型
13
线状模型
14
棒状模型
15
球棍模型
16
比例模型
17
X、Y轴旋转指示
选择【轨迹球】工具，使分子模型
在模型窗口沿X、Y轴旋转
18
Z轴旋转指示
选择【轨迹球】工具并按“Alt”键，使分子模型在模型窗口沿Z轴旋转
102
103
放大、缩小
播放、暂停、录制
滑动块
104
105
复制粘贴到 ChemDraw中
63
计算功能演示
（1）查找原子的范德瓦尔斯半径 • 【View】【Atom Types.TBL】窗口，
找到各种元素在不同环境的半径
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（2）观察分子的大小 • 建立苯模型。执行【View】【Connolly
Molecular】弹出Suface对话框；【solid】选项可以选择分子表面的类型；【Resolution】滑动到右边，其值为100
Wire Frame Sticks Ball-Sticks Cylindrical Bonds
9
带状模型常用于生物分子

chemdraw使用说明使用方法

套索实键双键虚键切割键切割楔键黑体键黑体楔键空心楔键波浪键表格长链环丙烷环环戊烷环环庚烷环环己烷椅式环戊二烯环
蓬罩(选取框) 橡皮文本笔箭头轨道绘图元素基元化学符号弧形质询工具模板环丁烷环环己烷环环辛烷环环己烷椅式苯环
主工具图标板
注：红色为8.0 版本新增工具
套索结构透视
实键双键虚键切割键切割楔键黑体键黑体楔键空心楔键波浪键表格长链环丙烷环环戊烷环环庚烷环环己烷椅式环戊二烯环
蓬罩(选取框) 质谱碎片橡皮文本笔箭头轨道绘图元素基元化学符号质询工具 TLC工具模板环丁烷环环己烷环环辛烷环环己烷椅式苯环
ChemDraw 起始界面
常用术语
点位：移动鼠标直到鼠标的光标放到所要进行操作的位置，如果选择的位置在图形结构中的键、原子、线等的上面，一般出现黑方块，称之为光标块、选择块、操作块。
光标块
常用术语
拖动：由三部分动作组成——按下鼠标左键选择对象，移动鼠标，将被选的对象移动到指定位置后抬起鼠标；
“特殊键＋单击”：按下特殊键和单击鼠标左键同时进行。如，“Shift＋单击” 的意思是按下”Shift”键和单击鼠标键；
“特殊键＋拖动”：按下特殊键和鼠标左键，移动鼠标。如，“Shift＋拖动”的意思是按下”Shift”键和拖动鼠标光状态/信息栏
滚动栏
主工具图标板
主工具图标板
键工具
箭轨道工具头工具
模板工具17类
基元
画
工具
图
工
具
弧形工具
符号工具
原子反应工具
模板工具

ChemSketch基础操纵[整理版]

第一节简单的结构画法1.1 基本功能1．画原子, 化学键(单键, 双键, 三键, 共价键, 等等), 和标签.2．翻转分子结构式.3．选择, 旋转和扩大与缩小结构图4．将结构式输出至文件夹, 文件及打印机.5．清理屏幕.在结构模式下进行以下操作:1.2 使用常用画图工具1．常用画图工具是默认的。

画直鏈和分支结构，画周期表中指定的原子。

2．在画图模式(Draw Mode)下,从原子工具条选择碳原子。

3．单击空白处，画出CH4。

4．单击CH4增加一CH3集团，以标准键长连接。

双击同一个碳原子，画出CH3CH3CH3。

5．单击Set Bond Vertically, 将从上一步得到的结构旋转至CH3CH3CH3。

6．单击结构工具栏中常用画图工具。

7．单击最右边的碳原子，画出CH 3CH 33。

8．重复以上步骤，画出一些结构CH 3CH 3CH 3,CH 3CH 3CH 3和CH 3C H 3CH 3。

(1) 双键和三键1．在上面的第7步中的最后一个单键上再次单击获得双键: C H 3CH 2CH 32．再次在双键上单击获得三键:CH 3CHCH 33．再次在三键上点击将重新得到单键.(2) 逐个去除原子1．点击Delete 键. 在以上的分子结构上进行逐一去除原子的练习.(3) 恢复键(Undo)1.单击Undo 键。

这会将ChemSketch 的界面恢复到以前的设置.注意: 点击 Undo 键将会击活重做(Redo)键. Undo 键可以连续点击50次.2.多次单击恢复(Undo)键,直到将其恢复至以下结构:C H 3CH 3CH 3(4) 改变原子1．单击元素周期表( Periodic Table)键,打开周期表( Periodic Table of Elements):2．单击元素周期表中的键3．单击最左边的碳(Carbon), 用氟原子替代碳原子: CH 3FCH 3注意: 当你选择了元素周期表中的某个元素时, 相应的元素键将自动加到原子工具条中。

ChemSketch使用(新)

2）选择F单击右侧CH3三次
3）激活
选择三个F后清理结构
F H3C F
F
Department of material and applied Chemistry, University of ChuZhou. 3/18/2015
绘制简单结构
化学键水平和翻转
化学键垂直和翻转
选择化学键翻转
上下翻转
垂直翻转
Department of material and applied Chemistry, University of ChuZhou. 3/18/2015
，选择某
绘பைடு நூலகம்复杂结构
设置离子电荷 Markush键 1）选择多个键和原子后 2）按相应按钮
CH3
CH3
Br
[+79.9]
绘制不定域键
H3C
CH3 CH3
CH3 H3C CH3
CH3 H3C CH3
1. 点击一个空处，以画出CH4。 2. 点击CH以增加一个CH集团，并以标准键长连接。再双击同一个碳原子，画出异丁烷。 3. 点击结构工具栏中设定垂直键按钮，再点击结构中任一键使其旋转。 4. 点击结构工具栏中常用绘图工具。 5. 点击最右边的碳原子，画出最终结构。
Department of material and applied Chemistry, University of ChuZhou. 3/18/2015
绘制简单结构
重复以上步骤，画出如下一些结构
H3C CH3 CH3
H3C CH3
F CH3
CH3
常用绘图工具开启时单击键进行各类型键切换
CH3
F F CH3
H3C

chemsketch教程

目录1.引言 ........................................................................................................................... 错误!未定义书签。

1.1什么是ACD/ChemSketch .................................................................. 错误!未定义书签。

1.2新增内容............................................................................................ 错误!未定义书签。

1.1.1. 3.5版→4.0版.............................................................................. 错误!未定义书签。

1.2.1 2.5版→3.5版.............................................................................. 错误!未定义书签。

1.2.2与其他软件完全兼容................................................................ 错误!未定义书签。

1.2.3ChemSketch 界面中新增加的内容 .......................................... 错误!未定义书签。

1.3关于本指南........................................................................................ 错误!未定义书签。

ChemSketch运用方法

3. 计算分子的基本性质
选中所绘制的分子结构，从“tools”菜单中选择“Calculate”，可从其子菜单中选择要计算的分子性质，比如选择“All properties”，结果如下
4. 利用化学结构词典查找结构
在结构绘制窗口下，点击窗口右侧的化学词典按钮，可打开化学词典窗口（商业版），输入有机化合物的名称可显示其相应的化学结构式。点击“OK”按钮可将显示的结构复制到编辑工作区中进行编辑。ChemSketch10.0商业版的化学结构词典包含多达120000个不同种类的化合物的化学结构可供查阅。
鼠标指向不同的化学位移峰，则在对应的结构式上显示该位移对应的含碳基团类型。选定在ChemSketch中绘制好的化学结构式，从“ACD/Labs”菜单中选择“ACD/HNMR”可启动该程序计算选定化学结构式的1D 1H NMR谱。
鼠标指向不同的化学位移峰，则在对应的结构式上显示该位移对应的含氢基团类型。
CH3 H3C
下面是结构绘制窗口的主要工具栏
如果想让分子以某个键为基准改变位置，如让某一键处于垂直状态，可点击工具栏上的按钮，然后点击某一键，即可使分子旋转至该键处理垂直的位置：
H3C CH3 H3C
H3C
CH3 CH3
按钮可使分子旋转至某一键处于水平位置，按钮可使分子以某一键为轴反转，按钮使分子垂直反转，按钮则使分子水平反转。当结构中包含有长短不一的双键时，比如苯分子结构，可利用按钮改变双键的位置和类型，如是处于内侧还是处于外侧，是长短不一的双键，还是等长的双键。利用画链工具通过拖动鼠标，可画出指定长度的碳链，拖动鼠标时，光标显示碳链中碳原子的个数。在结构式绘制状态下，鼠标点击某个键可使其变为双键，再次点击则变为叁键，点击叁键则又变为单键。

第01章ChemSketch5.0的使用(2012-2-14)

第一章 ChemSketch的使用第一章 ChemSketch5.0的使用§1.1 ChemSketch概述1.1.1 ChemSketch的主要功能ACD/ChemSketch 是ACD公司(A dvanced C hemistry D evelopment Inc )设计的用于化学画图用软件包，该软件包可单独使用或与其他软件共同使用。

该软件可用于画化学结构、反应和图形。

也可用于设计与化学相关的报告和演讲材料，还可以作为画图软件包单独使用，更可作为其他ACD软件的终端使用，如NMR预测软件。

ChemSketch 有如下主要功能：结构模式：用于画化学结构和计算它们的性质。

画图模式：用于文本和图象处理分子性质模式：对以下性质进行估算：分子量百分组成摩尔折射率摩尔体积等张比容折射率表面张力密度标称分子量介电常数极性单一同位素质量平均分子质量ChemSketch其它附加软件可通过单击其界面上相应的功能键启动，它们也是独立的软件。

包括十多个专门软件，详细情况请参阅软件帮助文件。

1.1.2 ChemSketch的安装与启动一般按缺省值安装，安装完毕后双击图标即可启动，启动界面如下。

1.1.3 设定可兼容的文件类型第一次启动时, 将出现可兼容的文件类型(File Associations)对话框。

这些可兼容的文件类型包括CS ChemDraw(*.CHM), REACCSRxnfiles (*.RXN), ISIS/Sketch (*.SKC), 若选择了这些文件类型，则可在ChemSketch 中打开这类文件. 具体做法是在选项前的方框内点上对号, 再点击YES键即可。

若不知道ChemSketch将打开的文件的扩展名,可不选任何选项, 然后点击NO键。

接下来将跳出今日诀窍(Tip of the Day)窗口，可在阅读结束后关闭。

1.1.4 结构模式和绘图模式结构模式：以下是软件在结构模式下的界面图（2）画图模式：以下是软件在画图模式下的界面图1.1.5 退出按以下步骤退出:（1）在屏幕右上脚点击.或者在ACD/Labs菜单中选择Close All. 这将退出所有ACD软件。