基于线粒体Cyt b基因的雅鲁藏布江中游短尾高原鳅遗传多样性研究
基于线粒体Cytb基因的江淮下游6个湖泊翘嘴鲌群体遗传多样性分析
基于线粒体Cytb基因的江淮下游6个湖泊翘嘴鲌群体遗传多样性分析李大命;杨子萍;刘燕山;唐晟凯;谷先坤;殷稼雯【期刊名称】《江苏农业科学》【年(卷),期】2024(52)3【摘要】以线粒体Cytb基因作为分子标记对长江、淮河下游6个湖泊翘嘴鲌群体共262尾个体的遗传多样性、遗传分化及历史动态进行分析。
结果显示,翘嘴鲌Cytb基因序列全长为1141 bp,碱基A+T的含量(55.9%)高于G+C含量(44.1%)。
262条Cytb基因序列检出42个变异位点,定义46个单倍型,总群体单倍型和核苷酸多样性分别为0.916±0.010和0.00256±0.00008;6个群体的单倍型多样性为(0.798±0.059)~(0.927±0.019),核苷酸多样性为(0.00204±0.00027)~(0.00285±0.00018),表明翘嘴鲌遗传多样性属于高Hd和低Pi模式。
基于单倍型构建的系统发育树和进化网络图显示,6个群体的单倍型未形成明显的地理格局。
分子方差分析(AMOVA)显示,遗传变异主要来自于群体内部(91.64%),群体间遗传分化系数(F_(st))为0.08362(P<0.01);6个群体间的F_(st)为-0.00427~0.15529,其中,长江群体和淮河群体间均具有显著中度或高度遗传分化(P<0.05)。
中性检验结果显示,Tajima’s D和Fu’s F_(s)均为负值(P<0.05),核苷酸不配对分布曲线呈现单峰型,表明翘嘴鲌群体在历史上经历过显著的种群扩张。
整体来看,江淮下游湖泊的翘嘴鲌野生种质资源遗传多样性较低,长江水系群体和淮河水系群体间有显著的遗传分化,应采取措施恢复翘嘴鲌资源量及提高其遗传多样性,并将长江流域和淮河流域湖泊群体划分为不同的管理单元进行保护。
【总页数】8页(P213-220)【作者】李大命;杨子萍;刘燕山;唐晟凯;谷先坤;殷稼雯【作者单位】江苏省淡水水产研究所/江苏省内陆水域渔业资源重点实验室;南京师范大学海洋科学与工程学院【正文语种】中文【中图分类】S917【相关文献】1.基于线粒体D-loop基因的珠江翘嘴鲌遗传多样性与遗传分化研究2.基于COI 基因分析长江下游典型水域翘嘴鲌的遗传多样性3.基于线粒体COⅡ基因序列的长江下游翘嘴鲌群体遗传多样性分析4.基于线粒体COI序列的江淮下游湖泊鲢群体遗传多样性和遗传结构分析5.基于线粒体Cyt b基因的洪泽湖翘嘴鲌群体遗传多样性分析因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。
基于线粒体Ctyb_基因的滆湖3_种黄颡鱼遗传多样性分析
黄 颡 鱼 属 ( Pelteobagrus) 为 鲇 形 目 ( Siluriformes) 鲿 科
Abstract In order to understand the wild resources’ genetic situations of three species of Pelteobagrus, the genetic diversity and evolution
history dynamics of Pelteobagrus fulvidraco, Pelteobagrus nitidus and Pelteobagrus eupogon were studied based on the mitochondrial Cytb gene
作者简介 李大命(1981—) ,男,河南汝南人,研究员,博士,从事渔业
资源监测和保护方面的研究。
收稿日期 2022-11-16
粒体具有 DNA 分子小、结构简单、进化速度快、母系遗传、重
组率低等特点,使其成为分子标记在鱼类进化遗传学、群体
遗传结构、分子生态学和保护生物学等研究领域的理想分子
标记[6-7] 。 其中,细胞色素 b(cytochrome b,Cytb) 基因进化速
长须黄颡鱼的遗传多样性及进化历史,以期为滆湖 3 种黄颡
鱼的野生种质资源保护及合理利用提供科学依据。
1 材料与方法
ing,NJ) 构建 3 种黄颡鱼单倍型的分子系统发育树。 利用
量(haplotype number,N),计算单倍型多样性(haplotype diver-
基于形态学特征和线粒体Cyt_b_序列的横带髭鲷野生与养殖群体比较
in the wild population. The haplotype network diagram and phylogenetic tree based on mitochondrial Cyt b fragment of H. analis did not reveal
域。 它以小型鱼类及甲壳类为食,是常见于礁区海域的底
1 材料与方法
栖鱼种,其肉质鲜美、体色鲜艳,不仅具有食用价值,而且也
1. 1 样品采集 横带髭鲷来自舟山近海海域,共 94 尾。 其
是名贵的海水观赏鱼类,是我国重要的经济鱼类之一 [2] 。
由于横带髭鲷的野生资源总量偏少,捕捞量不大,近年来我
DNA 裂解液、10 μL 蛋白酶 K 在 50 ℃ 下烘干至肌肉完全溶
解。 向离心管中加入 500 μL Tris 饱和酚,10 min 摇匀后,
12 000 r / min、4 ℃ 下离心 7 min;离心结束后液体分层,吸取
上层 DNA 溶液置于新离心管中,加入混合试剂[ Tris 饱和酚
混合液 ∶氯仿 ∶异戊醇 = 25 ∶24 ∶1(体积比)],10 min 摇匀后以
安徽农业科学,J. Anhui Agric. Sci. 2023,51(5) :70-73
基于形态学特征和线粒体 Cyt b 序列的横带髭鲷野生与养殖群体比较
刘灏宇1 ,宋日雨1 ,郑昀亚1 ,冯啉晓1 ,刘 璐2 ,杨天燕1 ,高天翔1∗
基于线粒体Cytb基因序列探讨花斑鳅三亚种的分类地位
基于线粒体Cytb基因序列探讨花斑鳅三亚种的分类地位陈咏霞;梁娜;李秀;潘晓睿;武大勇【期刊名称】《天津师范大学学报（自然科学版）》【年(卷),期】2015(035)003【摘要】以线粒体DNA细胞色素b(Cytb)基因的全序列作为遗传标记,探讨花斑鳅3亚种(指名亚种Cobitis melanoleucame lanole uca、北方鳅亚种C.m.granoei和格氏鳅亚种C.m.gladkovi)的分类地位.基于Kimura双参数法计算河北花斑鳅指名亚种个体间的遗传距离为0.2％～1.1％,俄罗斯花斑鳅指名亚种、北方鳅亚种和格氏鳅亚种之间的平均遗传距离为0.1％～1.5％,而河北花斑鳅指名亚种与俄罗斯花斑鳅3个亚种之间的平均遗传距离为1.7％～2.6％.分子系统树显示,花斑鳅分为两大分支:分支Ⅰ为河北花斑鳅指名亚种8个单倍型类群,分支Ⅱ含俄罗斯花斑鳅指名亚种、北方鳅亚种和格氏鳅亚种以及辽宁北方鳅亚种.结合已有研究结果得出:花斑鳅指名亚种仅分布于中国,而俄罗斯也仅有北方鳅亚种1个物种,两者的分化时间约为2.50～3.09百万年.【总页数】6页(P1-6)【作者】陈咏霞;梁娜;李秀;潘晓睿;武大勇【作者单位】河北大学生命科学学院,河北保定 071002;河北大学生命科学学院,河北保定 071002;河北大学生命科学学院,河北保定 071002;河北大学生命科学学院,河北保定 071002;衡水学院生命科学系,河北衡水 053000【正文语种】中文【中图分类】Q959.4【相关文献】1.基于线粒体细胞色素b基因序列探讨红喉姬鹟两亚种的分类地位 [J], 李伟;张雁云2.基于线粒体Cytb基因序列探讨中国斑翅蝗科部分种类的系统发育关系 [J], 叶海燕;黄原3.基于线粒体Cytb基因序列的内蒙古居延海大鳍鼓鳔鳅群体遗传结构分析 [J], 杨丽文;杨艳平;罗旭光4.基于线粒体Cytb基因序列的内蒙古居延海大鳍鼓鳔鳅群体遗传结构分析 [J], 杨丽文;杨艳平;罗旭光5.基于线粒体cytb片段探索小麂新亚种——江口亚种(Muntiacus reevesi jiangkouensis subsp.nov.)的分类地位 [J], 袁小爱;田东;朱玉婷;肖羽因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。
基于线粒体Cyt_b_基因序列的4_个黄尾鲴养殖群体遗传多样性分析
江苏农业学报(ＪｉａｎｇｓｕＪ.ｏｆＡｇｒ.Ｓｃｉ.)ꎬ２０２４ꎬ４０(２):３４２￣３４７ｈｔｔｐ://ｊｓｎｙｘｂ.ｊａａｓ.ａｃ.ｃｎ刘士力ꎬ陈大伟ꎬ朱鹏灿ꎬ等.基于线粒体Ｃｙｔｂ基因序列的４个黄尾鲴养殖群体遗传多样性分析[Ｊ].江苏农业学报ꎬ２０２４ꎬ４０(２):３４２￣３４７.ｄｏｉ:１０.３９６９/ｊ.ｉｓｓｎ.１０００￣４４４０.２０２４.０２.０１６基于线粒体Ｃｙｔｂ基因序列的４个黄尾鲴养殖群体遗传多样性分析刘士力１ꎬ㊀陈大伟１ꎬ２ꎬ㊀朱鹏灿３ꎬ㊀郑建波１ꎬ㊀夏冯博１ꎬ㊀程㊀顺１ꎬ㊀蒋文枰１ꎬ㊀迟美丽１ꎬ㊀杭小英１ꎬ㊀李㊀飞１(１.浙江省淡水水产研究所农业农村部淡水渔业健康养殖重点实验室/浙江省淡水水产遗传育种重点实验室ꎬ浙江湖州３１３００１ꎻ２.上海海洋大学农业农村部淡水水产种质资源重点实验室ꎬ上海２０１３０６ꎻ３.湖州融晟渔业科技有限公司ꎬ浙江湖州３１３１０５)收稿日期:２０２３￣０４￣２３基金项目:浙江省财政专项(２０２４ＣＺＺＸ０２)ꎻ国家淡水水产种质资源库项目(ＦＧＲＣ１８５３７)作者简介:刘士力(１９８５－)ꎬ男ꎬ湖北洪湖人ꎬ博士研究生ꎬ助理研究员ꎬ研究方向为水生动物遗传育种ꎮ(Ｅ￣ｍａｉｌ)ｌｉｕｓｈｉｌｉ１２１２＠１２６.ｃｏｍ通讯作者:李㊀飞ꎬ(Ｅ￣ｍａｉｌ)ｌｉｆｅｉｂｅｓｔ１０２２＠１６３.ｃｏｍ㊀㊀摘要:㊀黄尾鲴(Ｘｅｎｏｃｙｐｒｉｓｄａｖｉｄｉ)是浙江省自然水域增殖放流的主要鱼类ꎬ为了解人工繁育对黄尾鲴遗传多样性的影响ꎬ利用线粒体ＤＮＡ细胞色素ｂ基因(Ｃｙｔｂ)对４个养殖群体的遗传多样性进行研究ꎬ旨在为黄尾鲴增殖放流策略制定和实施提供基础数据ꎮ结果显示ꎬ在编码Ｃｙｔｂ的１１４０ｂｐ序列中ꎬ检测到１５７个变异位点ꎬ界定了２１种单倍型ꎬ其中长兴㊁双浦㊁八里店和醴陵群体的单倍型数目分别为１０个㊁１１个㊁７个和２个ꎬ单倍型多样性介于０.２２６~０ ７９４ꎬ核苷酸多样性介于０.００６１４~０.０２３８６ꎮ除醴陵群体遗传多样性较低外ꎬ其余３个养殖群体的遗传多样性具有高单倍型数和高核苷酸多样性的特点ꎮ４个黄尾鲴养殖群体间的遗传距离为０.０１８７４~０.０９２７４ꎬ遗传分化指数为０.８０８６３(Ｐ<０ ０１)ꎬ其中长兴和八里店群体的分化程度较低ꎬ双浦和醴陵群体的分化程度较高ꎬ且遗传变异主要发生在群体间ꎮ本研究结果可从分子水平为黄尾鲴的资源保护和人工增殖放流提供参考依据ꎮ关键词:㊀黄尾鲴ꎻ养殖群体ꎻＣｙｔｂ基因ꎻ遗传多样性中图分类号:㊀Ｓ９６５.１２４ꎻＱ７５㊀㊀㊀文献标识码:㊀Ａ㊀㊀㊀文章编号:㊀１０００￣４４４０(２０２４)０２￣０３４２￣０６ＧｅｎｅｔｉｃｄｉｖｅｒｓｉｔｙａｎａｌｙｓｉｓｏｆｆｏｕｒｃｕｌｔｕｒｅｄＸｅｎｏｃｙｐｒｉｓｄａｖｉｄｉｐｏｐｕｌａｔｉｏｎｓｂａｓｅｄｏｎｍｉｔｏｃｈｏｎｄｒｉａｌＣｙｔｂｇｅｎｅｓｅｑｕｅｎｃｅＬＩＵＳｈｉ￣ｌｉ１ꎬ㊀ＣＨＥＮＤａ￣ｗｅｉ１ꎬ２ꎬ㊀ＺＨＵＰｅｎｇ￣ｃａｎ３ꎬ㊀ＺＨＥＮＧＪｉａｎ￣ｂｏ１ꎬ㊀ＸＩＡＦｅｎｇ￣ｂｏ１ꎬ㊀ＣＨＥＮＧＳｈｕｎ１ꎬ㊀ＪＩＡＮＧＷｅｎ￣ｐｉｎｇ１ꎬ㊀ＣＨＩＭｅｉ￣ｌｉ１ꎬ㊀ＨＡＮＧＸｉａｏ￣ｙｉｎｇ１ꎬ㊀ＬＩＦｅｉ１(１.ＫｅｙＬａｂｏｒａｔｏｒｙｏｆＨｅａｌｔｈｙＦｒｅｓｈｗａｔｅｒＡｑｕａｃｕｌｔｕｒｅꎬＭｉｎｉｓｔｒｙｏｆＡｇｒｉｃｕｌｔｕｒｅａｎｄＲｕｒａｌＡｆｆａｉｒｓ/ＫｅｙＬａｂｏｒａｔｏｒｙｏｆＦｒｅｓｈｗａｔｅｒＡｑｕａｔｉｃＡｎｉｍａｌＧｅｎｅｔｉｃａｎｄＢｒｅｅｄｉｎｇｏｆＺｈｅｊｉａｎｇＰｒｏｖｉｎｃｅꎬＺｈｅｊｉａｎｇＩｎｓｔｉｔｕｔｅｏｆＦｒｅｓｈｗａｔｅｒＦｉｓｈｅｒｉｅｓꎬＨｕｚｈｏｕ３１３００１ꎬＣｈｉｎａꎻ２.ＫｅｙＬａｂｏｒａｔｏｒｙｏｆＥｘｐｌｏｒａｔｉｏｎａｎｄＵｔｉｌｉｚａｔｉｏｎｏｆＡ￣ｑｕａｔｉｃＧｅｎｅｔｉｃＲｅｓｏｕｒｃｅｓꎬＭｉｎｉｓｔｒｙｏｆＡｇｒｉｃｕｌｔｕｒｅａｎｄＲｕｒａｌＡｆｆａｉｒｓꎬＳｈａｎｇｈａｉＯｃｅａｎＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙꎬＳｈａｎｇｈａｉ２０１３０６ꎬＣｈｉｎａꎻ３.ＨｕｚｈｏｕＲｏｎｇｓｈｅｎｇＦｉｓｈｅｒｙＴｅｃｈｎｏｌｏｇｙＣｏ.ꎬＬｔｄ.ꎬＨｕｚｈｏｕ３１３１０５ꎬＣｈｉｎａ)㊀㊀Ａｂｓｔｒａｃｔ:㊀ＸｅｎｏｃｙｐｒｉｓｄａｖｉｄｉｉｓｏｎｅｏｆｔｈｅｍａｉｎｆｉｓｈｓｐｅｃｉｅｓｔｈａｔａｒｅｐｒｏｌｉｆｅｒａｔｅｄａｎｄｒｅｌｅａｓｅｄｉｎｔｏｔｈｅｎａｔｕｒａｌｗａｔｅｒｓｏｆＺｈｅｊｉａｎｇｐｒｏｖｉｎｃｅ.ＴｏｕｎｄｅｒｓｔａｎｄｔｈｅｉｍｐａｃｔｏｆａｒｔｉｆｉｃｉａｌｂｒｅｅｄｉｎｇｏｎｔｈｅｇｅｎｅｔｉｃｄｉｖｅｒｓｉｔｙｏｆＸ.ｄａｖｉｄｉａｎｄｐｒｏｖｉｄｅｂａｓｉｃｄａｔａｆｏｒｆｏｒｍｕｌａｔｉｏｎａｎｄｉｍｐｌｅｍｅｎｔａｔｉｏｎｏｆｐｒｏｌｉｆｅｒａ￣ｔｉｎｇａｎｄｒｅｌｅａｓｉｎｇｓｔｒａｔｅｇｉｅｓｆｏｒＸ.ｄａｖｉｄｉꎬｔｈｅｍｉｔｏｃｈｏｎｄｒｉ￣ａｌＤＮＡｃｙｔｏｃｈｒｏｍｅｂ(Ｃｙｔｂ)ｇｅｎｅｗａｓｕｓｅｄｔｏｓｔｕｄｙｔｈｅｇｅｎｅｔｉｃｄｉｖｅｒｓｉｔｙｏｆｆｏｕｒｃｕｌｔｕｒｅｄｐｏｐｕｌａｔｉｏｎｓ.Ｔｈｅｒｅｓｕｌｔｓｓｈｏｗｅｄｔｈａｔ１５７ｖａｒｉａｔｉｏｎｓｉｔｅｓｗｅｒｅｄｅｔｅｃｔｅｄｉｎｔｈｅ１１４０２４３ｂｐｓｅｑｕｅｎｃｅｔｈａｔｅｎｃｏｄｅｄｔｈｅＣｙｔｂｇｅｎｅꎬａｎｄ２１ｈａｐｌｏｔｙｐｅｓｗｅｒｅｄｅｆｉｎｅｄ.ＡｍｏｎｇｔｈｅｍꎬｔｈｅｈａｐｌｏｔｙｐｅｎｕｍｂｅｒｓｉｎＣｈａｎｇｘ￣ｉｎｇꎬＳｈｕａｎｇｐｕꎬＢａｌｉｄｉａｎａｎｄＬｉｌｉｎｇｐｏｐｕｌａｔｉｏｎｓｗｅｒｅ１０ꎬ１１ꎬ７ａｎｄ２ꎬｒｅｓｐｅｃｔｉｖｅｌｙ.Ｔｈｅｈａｐｌｏｔｙｐｅｄｉｖｅｒｓｉｔｙｒａｎｇｅｄｆｒｏｍ０ ２２６ｔｏ０ ７９４ꎬａｎｄｔｈｅｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｄｉｖｅｒｓｉｔｙｒａｎｇｅｄｆｒｏｍ０.００６１４ｔｏ０.０２３８６.ＴｈｅＬｉｌｉｎｇｐｏｐｕｌａｔｉｏｎｈａｄｌｏｗｇｅｎｅｔｉｃｄｉ￣ｖｅｒｓｉｔｙꎬｗｈｉｌｅｔｈｅｏｔｈｅｒｔｈｒｅｅｃｕｌｔｕｒｅｄｐｏｐｕｌａｔｉｏｎｓｗｅｒｅｃｈａｒａｃｔｅｒｉｚｅｄｂｙｇｅｎｅｔｉｃｄｉｖｅｒｓｉｔｙｗｉｔｈｌａｒｇｅｈａｐｌｏｔｙｐｅｎｕｍｂｅｒａｎｄｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｄｉｖｅｒｓｉｔｙ.ＴｈｅｇｅｎｅｔｉｃｄｉｓｔａｎｃｅｓａｍｏｎｇｆｏｕｒｃｕｌｔｕｒｅｄｐｏｐｕｌａｔｉｏｎｓｏｆＸ.ｄａｖｉｄｉｒａｎｇｅｄｆｒｏｍ０.０１８７４ｔｏ０.０９２７４ꎬａｎｄｔｈｅｇｅｎｅｔｉｃｄｉｆｆｅｒｅｎｔｉａｔｉｏｎｉｎｄｅｘｗａｓ０.８０８６３(Ｐ<０ ０１)ꎬａｍｏｎｇｗｈｉｃｈｔｈｅｇｅｎｅｔｉｃｄｉｆｆｅｒｅｎｔｉａｔｉｏｎｄｅｇｒｅｅｓｂｅｔｗｅｅｎＣｈａｎｇｘｉｎｇａｎｄＢａｌｉｄｉａｎｐｏｐｕｌａｔｉｏｎｓｗｅｒｅｌｏｗꎬａｎｄｔｈｅｇｅｎｅｔｉｃｄｉｆｆｅｒｅｎｔｉａｔｉｏｎｄｅｇｒｅｅｓｂｅｔｗｅｅｎＳｈｕａｎｇｐｕａｎｄＬｉｌｉｎｇｐｏｐｕｌａ￣ｔｉｏｎｓｗｅｒｅｈｉｇｈ.Ｍｏｒｅｏｖｅｒꎬｇｅｎｅｔｉｃｄｉｆｆｅｒｅｎｔｉａｔｉｏｎｍａｉｎｌｙｏｃｃｕｒｒｅｄｂｅｔｗｅｅｎｐｏｐｕｌａｔｉｏｎｓ.Ｔｈｅｓｔｕｄｙｒｅｓｕｌｔｓｃａｎｐｒｏｖｉｄｅｒｅｆｅｒ￣ｅｎｃｅｆｏｒｒｅｓｏｕｒｃｅｐｒｏｔｅｃｔｉｏｎａｎｄａｒｔｉｆｉｃｉａｌｐｒｏｌｉｆｅｒａｔｉｏｎａｎｄｒｅｌｅａｓｉｎｇｏｆＸ.ｄａｖｉｄｉａｔｍｏｌｅｃｕｌａｒｌｅｖｅｌ.Ｋｅｙｗｏｒｄｓ:㊀ＸｅｎｏｃｙｐｒｉｓｄａｖｉｄｉꎻｃｕｌｔｕｒｅｄｐｏｐｕｌａｔｉｏｎꎻＣｙｔｂｇｅｎｅꎻｇｅｎｅｔｉｃｄｉｖｅｒｓｉｔｙ㊀㊀黄尾鲴隶属于鲤科(Ｃｙｐｒｉｎｉｄａｅ)鲴亚科(Ｘｅｎｏ￣ｃｙｐｒｉｎａｅ)鲴属(Ｘｅｎｏｃｙｐｒｉｓ)[１￣２]ꎬ是一种分布于中国黄河㊁长江㊁闽江㊁珠江等流域的中小型淡水经济鱼类ꎮ黄尾鲴食性较广ꎬ以藻类及植物碎片㊁有机物碎屑为饵料ꎬ兼食浮游动物和底栖动物ꎬ能够净化水质ꎬ具有很高的经济价值和生态功能价值[３]ꎮ目前ꎬ黄尾鲴已被列为浙江省主要增殖放流的鱼类之一ꎮ当前ꎬ有关黄尾鲴的研究报道主要与黄尾鲴的生物学参数㊁生长特性以及繁育㊁养殖技术等有关ꎮ线粒体ＤＮＡ细胞色素ｂ基因(Ｃｙｔｂ)进化速率适中ꎬ替换㊁缺失和插入等突变能够稳定持续遗传ꎬ适用于种间㊁种内的遗传分析[４]ꎬ被广泛应用于水生动物遗传多样性分析[５￣１０]ꎮ刘士力等[７]以Ｃｙｔｂ基因序列作为分子标记ꎬ对马口鱼(Ｏｐｓａｒｉｉｃｈｔｈｙｓｂｉ￣ｄｅｎｓ)瓯江㊁钱塘江野生群体和八里店养殖群体进行了研究ꎬ为其种质资源的保护和利用提供了数据支持ꎮＷｕ等[８]利用Ｃｙｔｂ序列对太平洋中部８个大眼金枪鱼(Ｔｈｕｎｎｕｓｏｂｅｓｕｓ)群体进行分析ꎬ结果表明ꎬ大眼金枪鱼的遗传变异主要发生在群体内ꎬ并且可能在１１万年前出现过一次明显的种群扩张ꎮ赵文浩等[９]利用线粒体Ｃｙｔｂ序列对车尔臣河和渭干河的８个地理群体共１７４尾叶尔羌高原鳅(Ｔｒｉｐｌｏ￣ｐｈｙｓａｙａｒｋａｎｄｅｎｓｉｓ)进行了遗传学多样性和遗传结构分析ꎬ结果表明ꎬ塔里木河２条支流的叶尔羌高原鳅的群体内部遗传变异占整个遗传变异的９６ ５７％ꎬ存在显著的群体间基因交流现象ꎬ可将这８个叶尔羌高原鳅群体归为一个保护管理单元进行资源保护ꎮ李大命等[１０]利用Ｃｙｔｂ基因序列对太湖流域大银鱼(Ｐｒｏｔｏｓａｌａｎｘｃｈｉｎｅｎｓｉｓ)野生群体的遗传多样性进行了分析ꎬ结果表明ꎬ太湖大银鱼种群的遗传多样性较高ꎬ有较高的适应生存环境㊁进化潜能以及较高的遗传育种改良潜力ꎮ关于黄尾鲴遗传资源的分子研究还不多ꎮ张峻德等[１１]利用线粒体ＣＯＩ基因序列对千岛湖３个码头的４８尾黄尾鲴的遗传资源状况进行了分析ꎬ共发现４个单倍型ꎬ且富文和临岐２个码头的黄尾鲴群体遗传分化显著ꎮ张宏等[１２]利用线粒体ＣＯＩ基因进行遗传多样性分析得出ꎬ千岛湖黄尾鲴群体和泾县㊁南昌县群体的遗传分化显著ꎮ郭爱环等[１３]基于微卫星标记对钱塘江上游黄尾鲴增殖放流效果进行了评估ꎬ研究结果为浙江省内陆水域水生生物的增殖放流活动提供了数据和技术支持ꎮＸｉａｏ等[１４]利用线粒体Ｃｙｔｂ序列分析了鲴亚科的黄尾鲴和其他６个种的进化关系ꎮ李琳等[１]利用Ｃｙｔｂ和ＣＯＩ序列评估了黄尾鲴与其他鲴亚科各物种的系统发育关系和分化时间ꎮ黄尾鲴具有较高的生态价值与经济价值ꎬ目前采用Ｃｙｔｂ基因序列对黄尾鲴进行群体遗传多样性的研究还不多ꎮ因此ꎬ通过线粒体Ｃｙｔｂ基因序列研究黄尾鲴群体的种群结构及遗传多样性状况ꎬ分析其遗传变异ꎬ可为其种群的保护提供参考ꎮ本研究拟对４个黄尾鲴养殖群体的线粒体细胞色素ｂ基因全长进行扩增ꎬ对这４个群体的遗传结构进行分析ꎬ以期为黄尾鲴的人工增殖放流策略的制定和实施㊁资源保护与合理开发提供基础数据和依据ꎮ同时ꎬ本研究拟获得的黄尾鲴线粒体Ｃｙｔｂ基因序列ꎬ可为其他黄尾鲴群体Ｃｙｔｂ基因序列的研究提供参考数据ꎮ１㊀材料与方法１.１㊀试验材料本研究所用黄尾鲴于２０２２年采自浙江长兴㊁双浦㊁八里店和湖南醴陵的４个黄尾鲴养殖基地ꎬ每个群体随机选取３２尾ꎬ共计１２８尾ꎮ剪取适量黄尾鲴尾鳍ꎬ用无水乙醇固定ꎬ储存于４ħ冰箱中ꎬ用于后３４３刘士力等:基于线粒体Ｃｙｔｂ基因序列的４个黄尾鲴养殖群体遗传多样性分析续的群体遗传学分析ꎮ１.２㊀试验方法１.２.１㊀ＤＮＡ提取、基因扩增与测序㊀使用苯酚￣三氯甲烷抽取法提取黄尾鲴尾鳍组织的ＤＮＡꎬ用１％琼脂糖凝胶电泳检测其完整性ꎮ参照黄尾鲴线粒体基因组序列(登录号:ＫＦ０３９７１８)应用ＰｒｉｍｅｒＰｒｅｍｉ￣ｅｒ６.０软件设计Ｃｙｔｂ扩增和测序的引物Ｃｙｔｂ￣Ｆ和Ｃｙｔｂ￣ＲꎮＣｙｔｂ￣Ｆ:５ᶄ￣ＧＡＣＴＴＧＡＡＧＡＡＣＣＡＣＣＧＴＴＧ￣３ᶄꎻＣｙｔｂ￣Ｒ:５ᶄ￣ＣＴＣＣＧＡＴＣＴＴＣＧＧＡＴＴＡＣＡＡＧＡＣ￣３ᶄꎬ引物由生工生物工程(上海)股份有限公司合成ꎮＰＣＲ反应体系和反应条件参照文献[１５]ꎮＰＣＲ扩增产物用１％琼脂糖凝胶进行电泳检测ꎬ合格后送生工生物工程(上海)股份有限公司采用上下游引物进行双向测序ꎮ１.２.２㊀序列分析㊀利用ＢｉｏＥｄｉｔ７.０软件进行序列比对ꎬ并对照原始序列峰图进行人工校对ꎮ应用Ｍｅｇａ７.０软件对碱基的含量进行计算ꎬ并采用邻接法基于Ｋｉｍｕｒａ ｓ２￣Ｐａｒａｍｅｔｅｒ模型建立系统进化树ꎮ运用ＤｎａＳＰ５.０软件计算单倍型多样性指数(ｈ)㊁单倍型数㊁变异位点数和核苷酸多样性指数(π)ꎮ在ＴＣＳ１.２１中用最大简约法构建单倍型网络图ꎮ通过ＤｎａＳＰ５.０软件分组计算并保存成ａｒｐ格式后ꎬ采用Ａｒｌｅｑｕｉｎ３.１软件进行分子方差分析(ＡＭＯＶＡ)ꎬ计算各群体间的遗传分化指数(Ｆｓｔ)ꎮ２㊀结果与分析２.１㊀黄尾鲴Ｃｙｔｂ基因碱基组成与变异分析本研究对４个黄尾鲴养殖群体１２８个样本的Ｃｙｔｂ基因进行了扩增和测序ꎬ得到了１２８条长度为１１５４ｂｐ的同源序列ꎬ提交ＧｅｎＢａｎｋ后获得登录序列号:ＯＱ５９９６０５~ＯＱ５９９７３２ꎮ选择其中１１４０ｂｐ编码Ｃｙｔｂ的序列用于下一步分析ꎮ结果显示ꎬ在１１４０个位点中存在变异位点１５７个ꎬ简约信息位点１５６个ꎬ分别占分析位点的１３ ８％和１３ ７％ꎮ碱基平均发生转换的概率(Ｔｓ)与发生颠换的概率(Ｔｖ)的比值(Ｔｓ/Ｔｖ)为７ ９６ꎮ４种碱基在１２８条序列中平均含量为２９ ２％(Ａ)㊁１４ ６％(Ｇ)㊁２７ ８％(Ｔ)和２８ ４％(Ｃ)ꎬ其中Ｇ的含量最低ꎬＡ＋Ｔ的含量为５７ ０％ꎬ明显高于Ｃ＋Ｇ的含量ꎮ醴陵黄尾鲴养殖群体碱基含量和其他３个浙江养殖群体有一定差异(表１)ꎮ㊀㊀在１２８个样本中发现了２１个单倍型(Ｈ１~Ｈ２１)ꎬ双浦黄尾鲴养殖群体具有１１个单倍型ꎬ其中９个单倍型是该群体独有的ꎬ另外２个单倍型分别与长兴和八里店黄尾鲴养殖群体共享ꎮ长兴和八里店黄尾鲴养殖群体的单倍型数目分别为１０个和７个ꎬ其中长兴黄尾鲴养殖群体包含八里店黄尾鲴养殖群体的所有单倍型ꎬ且另外３种单倍型为其特有单倍型ꎮ醴陵黄尾鲴养殖群体仅有２个单倍型ꎬ且是该群体独有的(表２)ꎮ表１㊀黄尾鲴４个养殖群体Ｃｙｔｂ基因序列的碱基组成Ｔａｂｌｅ１㊀ＮｕｃｌｅｏｔｉｄｅｃｏｍｐｏｓｉｔｉｏｎｏｆＣｙｔｂｇｅｎｅｓｅｑｕｅｎｃｅｉｎｆｏｕｒｃｕｌ￣ｔｕｒｅｄｐｏｐｕｌａｔｉｏｎｓｏｆＸｅｎｏｃｙｐｒｉｓｄａｖｉｄｉ群体㊀㊀碱基含量(％)ＡＧＴＣＡ＋ＴＣ＋Ｇ长兴２９.１１４.４２８.０２８.５５７.１４２.９双浦２９.２１４.７２８.０２８.１５７.２４２.８八里店２９.１１４.５２８.０２８.４５７.１４２.９醴陵２９.６１４.７２７.１２８.６５６.７４３.３平均２９.３１４.６２７.８２８.４５７.０４３.０表２㊀４个黄尾鲴养殖群体Ｃｙｔｂ基因序列的单倍型分布情况Ｔａｂｌｅ２㊀ＤｉｓｔｒｉｂｕｔｉｏｎｏｆｈａｐｌｏｔｙｐｅｓｉｎＣｙｔｂｓｅｑｕｅｎｃｅｓｉｎｆｏｕｒｃｕｌ￣ｔｕｒｅｄｐｏｐｕｌａｔｉｏｎｓｏｆＸｅｎｏｃｙｐｒｉｓｄａｖｉｄｉ单倍型数量(个)长兴双浦八里店醴陵总计Ｈ１３０１５０１８Ｈ２１４０１０１５Ｈ３２０４０６Ｈ４２０００２Ｈ５１０００１Ｈ６４０００４Ｈ７３１５０９Ｈ８１１１０３Ｈ９１０３０４Ｈ１０１０３０４Ｈ１１０３００３Ｈ１２０３００３Ｈ１３０１４００１４Ｈ１４０２００２Ｈ１５０３００３Ｈ１６０１００１Ｈ１７０１００１Ｈ１８０２００２Ｈ１９０１００１Ｈ２００００４４Ｈ２１０００２８２８４４３江苏农业学报㊀２０２４年第４０卷第２期２.２㊀黄尾鲴Ｃｙｔｂ基因遗传结构分析使用ＤｎａＳＰ(ｖｅｒｓｉｏｎ５.０)软件计算黄尾鲴４个养殖群体的遗传多样性参数ꎬ结果(表３)显示ꎬ４个群体的单倍型(０.２２６~０ ７９４)和核苷酸(０.００６１４~０.０２３８６)的多样性程度具有明显分化ꎮ醴陵群体只有２个单倍型ꎬ单倍型多样性(ｈ)和核苷酸多样性(π)分别仅为０ ２２６㊁０.００６１４ꎻ双浦群体的单倍型数最多ꎬ有１１个ꎻ八里店群体π最高ꎬ达０.０２３８６ꎮ表３㊀黄尾鲴４个养殖群体Ｃｙｔｂ基因序列的遗传多样性参数Ｔａｂｌｅ３㊀ＧｅｎｅｔｉｃｄｉｖｅｒｓｉｔｙｐａｒａｍｅｔｅｒｓｏｆＣｙｔｂｇｅｎｅｓｅｑｕｅｎｃｅｓｉｎｆｏｕｒｃｕｌｔｕｒｅｄｐｏｐｕｌａｔｉｏｎｓｏｆＸｅｎｏｃｙｐｒｉｓｄａｖｉｄｉ群体样本数(个)变异位点(个)单倍型数(个)单倍型多样性(ｈ)核苷酸多样性(π)长兴３２８９１００.７８８０.００９９１双浦３２８９１１０.７９４０.０１００５八里店３２８８７０.７４４０.０２３８６醴陵３２３１２０.２２６０.００６１４总体１２８１５７２１０.８９９０.０５２３８㊀㊀利用分子方差分析(ＡＭＯＶＡ)法对４个黄尾鲴养殖群体Ｃｙｔｂ基因序列的遗传差异进行分析ꎬ结果表明ꎬ黄尾鲴养殖群体间的Ｆｓｔ为０.８０８６３(Ｐ<０ ０１)ꎬ有８０ ８６％的遗传变异来自群体间ꎬ其余的遗传变异来自群体内(１９ １４％)ꎮ２.３㊀各群体遗传距离分析利用Ｍｅｇａ６.０软件计算４个黄尾鲴养殖群体的遗传距离ꎮ由表４可知ꎬ各黄尾鲴养殖群体间遗传距离为０.０１８７４~０.０９２７４ꎬ遗传距离差距较大ꎮ其中长兴与八里店黄尾鲴养殖群体的遗传距离最近ꎬ为０.０１８７４ꎻ双浦和醴陵黄尾鲴养殖群体的遗传距离最远ꎬ为０.０９２７４(图１)ꎮ运用Ａｒｌｅｑｕｉｎ计算各黄尾鲴养殖群体间的ＦｓｔꎬＦｓｔ为０.０４０１８~０.９０５０１ꎮ除了长兴与八里店黄尾鲴养殖群体之间的遗传分化指数较低外ꎬ其他任意２个黄尾鲴养殖群体间的遗传分化指数均在０.５００００以上ꎮ黄尾鲴养殖群体的单倍型网络关系(图２)显示ꎬ所研究的４个黄尾鲴养殖群体的单倍型具有一定的分化ꎮ醴陵㊁长兴㊁双浦和八里店黄尾鲴养殖群体的单倍型大致形成了３个部分ꎮ单倍型Ｈ１~Ｈ８形成了第一部分ꎬ以长兴和八里店黄尾鲴养殖群体的个体为主ꎮ第二部包括Ｈ９~Ｈ１９ꎬ双浦黄尾鲴养殖群体中的个体主要集中于这一部分ꎮ醴陵黄尾鲴养殖群体中的个体均属于第三部分ꎮ表４㊀黄尾鲴４个养殖群体群体间的遗传距离(对角线下方)和遗传分化指数(对角线上方)Ｔａｂｌｅ４㊀Ｇｅｎｅｔｉｃｄｉｓｔａｎｃｅ(ｂｅｌｏｗｄｉａｇｏｎａｌｌｉｎｅ)ａｎｄｇｅｎｅｔｉｃｄｉｆｆｅｒ￣ｅｎｔｉａｔｉｏｎｉｎｄｅｘ(ａｂｏｖｅｄｉａｇｏｎａｌｌｉｎｅ)ａｍｏｎｇｆｏｕｒｃｕｌｔｕｒｅｄｐｏｐｕｌａｔｉｏｎｓｏｆＸｅｎｏｃｙｐｒｉｓｄａｖｉｄｉ群体长兴双浦八里店醴陵长兴－０.８４３０６０.０４０１８０.９０４６４双浦０.０６８０８－０.６９９６２０.９０５０１八里店０.０１８７４０.０６０４６－０.８２２６７醴陵０.０９１１２０.０９２７４０.０９１６９－图１㊀基于黄尾鲴Ｃｙｔｂ单倍型构建的邻接系统树Ｆｉｇ.１㊀Ｎｅｉｇｈｂｏｕｒ￣ｊｏｉｎｉｎｇｄｅｎｄｒｏｇｒａｍｂａｓｅｄｏｎＣｙｔｂｈａｐｌｏｔｙｐｅｏｆＸｅｎｏｃｙｐｒｉｓｄａｖｉｄｉ３㊀讨论线粒体ＤＮＡ因其分子量小㊁结构简单㊁进化速度快㊁母性遗传等特征ꎬ已成为鱼类群体遗传结构和系统演化关系分析的重要工具[１６￣１７]ꎮ其中ꎬ线粒体Ｃｙｔｂ基因在线粒体ＤＮＡ中进化速度适中ꎬ作为重要的蛋白质编码基因被广泛应用于遗传结构分析中ꎮ本研究中获得的１２８个样本的Ｃｙｔｂ基因核苷酸分析结果显示ꎬＡ＋Ｔ的含量(５７ ０％)高于Ｇ＋Ｃ的含量(４３ ０％)ꎬ４种碱基中Ｇ的含量最低(１４ ６％)ꎮ这与大银鱼(Ｐｒｏｔｏｓａｌａｎｘｈｙａｌｏｃｒａｎｉｕｓ)[１８]和棘头梅童鱼(Ｃｏｌｌｉｃｈｔｈｙｓｌｕｃｉｄｕｓ)[１９]Ｃｙｔｂ基因序列中的研究结果一致ꎬ在这２种鱼中ꎬＡ＋Ｔ的含量均高于Ｇ＋Ｃ的含量ꎬ且Ｇ的含量最低ꎮ长兴黄尾鲴养殖群体种源来自于八里店ꎬ但其亲本是由历年多次采购的苗种培育而成ꎮＣｙｔｂ序列分析结果表明ꎬ长兴与八里店黄尾鲴养殖群体碱基组成更为接近ꎬ长兴黄尾鲴养殖群体包含了八里店黄尾鲴养殖群体的所有单倍型ꎬ遗传距离也是各黄尾鲴养殖群体之间最小的ꎬ两群体间仅存在轻度５４３刘士力等:基于线粒体Ｃｙｔｂ基因序列的４个黄尾鲴养殖群体遗传多样性分析图２㊀黄尾鲴４个养殖群体Ｃｙｔｂ基因单倍型的网络关系Ｆｉｇ.２㊀Ｍｅｄｉａｎ￣ｊｏｉｎｉｎｇｎｅｔｗｏｒｋｆｏｒｈａｐｌｏｔｙｐｅｓｏｆＣｙｔｂｇｅｎｅｉｎｆｏｕｒｃｕｌｔｕｒｅｄｐｏｐｕｌａｔｉｏｎｓｏｆＸｅｎｏｃｙｐｒｉｓｄａｖｉｄｉ遗传分化ꎬ这与实际情况一致ꎮ而醴陵黄尾鲴养殖群体明显具有不同的苗种来源ꎬ其与另外３个黄尾鲴养殖群体间的遗传距离较远且遗传分化指数较高ꎮ通过分析发现醴陵黄尾鲴养殖群体遗传多样性相对较低ꎬ仅有２种单倍型ꎬ且绝大部分的个体属于其中１种单倍型ꎮ提示该批次黄尾鲴养殖群体可能由少量母系个体繁殖而来ꎬ逃逸至天然水域ꎬ容易对自然群体种质的遗传多样性造成影响ꎮ㊀㊀在本研究中ꎬ醴陵黄尾鲴养殖群体ｈ值(０ ２２６)低于０ ５００ꎬπ值(０ ００６１４)略高于０ ００５００ꎬ根据Ｇｒａｎｔ等[２０]的标准ꎬ群体符合鱼类第２种单倍型与核苷酸多样性组合ꎬ即低ｈ和高π类型ꎮ造成这个结果的原因可能是群体由于瓶颈效应后的快速扩增和变异的积累ꎮ其他３个群体属于高ｈ和高π类型ꎮ黄尾鲴绝对怀卵量为１ ２ˑ１０５~１ ７ˑ１０５粒/尾ꎬ人工繁殖技术水平已经获得突破ꎮ人工繁殖采用的亲本数量受到订单需求的影响ꎬ有采用较少亲本进行繁殖的可能ꎮ在避免人工养殖群体逃逸对野生资源产生影响的同时ꎬ制定科学的繁育策略预防群体遗传多样性降低也是非常重要的ꎮ㊀㊀评估群体分化的主要指标有群体间的遗传距离和遗传分化指数ꎮ根据Ｓｈａｋｌｅｅ等[２１]的研究结果ꎬ鱼类种群间遗传距离为０ ００２~０ ０６５ꎬ平均遗传距离为０ ０５０ꎬ本研究中部分群体间的遗传距离高于０ ０６５ꎮ这一方面可能是由于Ｓｈａｋｌｅｅ等[２１]提出的这个标准是基于蛋白质电泳分析结果ꎬ其所包含的多态性位点较少ꎻ另一方面说明本研究所分析的部分黄尾鲴养殖群体间存在显著的遗传分化ꎮ６４３江苏农业学报㊀２０２４年第４０卷第２期Ｗｒｉｇｈｔ[２２]采用遗传分化指数(Ｆｓｔ)作为衡量群体间遗传分化程度的标准ꎬ得出长兴和八里店群体间遗传分化指数小于０ ０５ꎬ表明存在轻度分化ꎮ本研究中其他任意２个群体间的遗传分化指数均大于０ ５ꎬ属于极高度分化ꎮ本研究中ꎬ种群间的遗传距离分析与Ｆｓｔ的分析结果相符ꎮ不同养殖群体间存在极高度分化ꎬ表明在放流时选择合适的种苗来源是比较重要的ꎮ张峻德等[１１]利用线粒体ＣＯＩ基因序列对千岛湖水库３个码头共４８尾黄尾鲴的遗传多样性进行了分析ꎬ仅发现４种单倍型ꎬＣＯＩ序列核苷酸和单倍型多样性均低于本研究中除醴陵外的其他３个黄尾鲴养殖群体ꎮ这说明Ｃｙｔｂ基因序列具有更高的序列多样性ꎮ因此ꎬ采用Ｃｙｔｂ基因序列进行遗传多样性分析可以作为ＣＯＩ基因序列分析的重要补充ꎬ为黄尾鲴的增殖放流及种质资源保护提供技术支持ꎮ目前ＧｅｎＢａｎｋ中黄尾鲴Ｃｙｔｂ基因序列数量较少ꎬ本研究获得的４个养殖群体的Ｃｙｔｂ数据是黄尾鲴种质数据的重要补充ꎮ本研究结果为黄尾鲴的种质资源放流评估㊁种群关系研究㊁保护和利用提供了重要参考依据ꎮ参考文献:[１]㊀李㊀琳ꎬ陈蔚涛ꎬ汤永涛ꎬ等.鲴亚科分子系统学研究[Ｊ].水生生物学报ꎬ２０２３ꎬ４７(４):６２８￣３６３.[２]㊀ＢＡＫＥＲＨＫꎬＨＡＮＫＩＮＳＤＣꎬＳＨＵＲＩＮＪＢ.Ｉｎｔｒｏｇｒｅｓｓｉｖｅｈｙｂｒｉｄ￣ｉｚａｔｉｏｎｅｒｏｄｅｓｍｏｒｐｈｏｌｏｇｉｃａｌｄｉｖｅｒｇｅｎｃｅｂｅｔｗｅｅｎｌｅｎｔｉｃａｎｄｌｏｔｉｃｈａｂｉｔａｔｓｉｎａｎｅｎｄａｎｇｅｒｅｄｍｉｎｎｏｗ[Ｊ].ＥｃｏｌｏｇｙａｎｄＥｖｏｌｕｔｉｏｎꎬ２０２１ꎬ１１(１９):１３５９３￣１３６００.[３]㊀张燕萍ꎬ章海鑫ꎬ傅义龙ꎬ等.黄尾鲴的胚胎发育[Ｊ].江苏农业科学ꎬ２０１９ꎬ４７(１６):１７４￣１７８.[４]㊀ＺＡＲＤＯＹＡＲꎬＭＥＹＥＲＡ.Ｐｈｙｌｏｇｅｎｅｔｉｃｐｅｒｆｏｒｍａｎｃｅｏｆｍｉｔｏｃｈｏｎ￣ｄｒｉａｌｐｒｏｔｅｉｎ￣ｃｏｄｉｎｇｇｅｎｅｓｉｎｒｅｓｏｌｖｉｎｇｒｅｌａｔｉｏｎｓｈｉｐｓａｍｏｎｇｖｅｒｔｅ￣ｂｒａｔｅｓ[Ｊ].ＭｏｌｅｃｕｌａｒＢｉｏｌｏｇｙａｎｄＥｖｏｌｕｔｉｏｎꎬ１９９６ꎬ１３(７):９３３￣９４２.[５]㊀杨慧兰ꎬ王银肖ꎬ谭慧敏ꎬ等.白洋淀流域宽鳍鱲遗传多样性及种群历史动态[Ｊ].上海海洋大学学报ꎬ２０２１ꎬ３０(５):８３７￣８４６. 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高原鳅属鱼类线粒体全基因组序列结构特征及其系统发育信息
烟台大学学报(自然科学与工程版)Journal of Yantai University ( Natural Science and Engineering Edition)第34卷第1期2021年1月Vol. 34 No. 1oln ．0201文章编号：1024-8820 (2221) 21-0094-27卩•氥5研究简报j0・<>・<> ・<>・<>•"dU ：12.13451/j. 3)0 37T213/n. 202222高原鍬属鱼类线粒体全基因组序列结构特征及其系统发育信息李瑶瑶22,刘云国2,刘凌霄7,韩庆典2,马 超2,全先庆2,张海光2,张如华2(/临沂大学生命科学学院，山东临沂276025；.山东大学(威海)海洋学院，山东威海22-209；.临沂 市农业科学院，山东临沂276-12)摘要：为了深入开展高原鳅属(Triplophysa )鱼类的分类鉴定、系统进化等研究，利用生物 信息学的方法分析了 -6种高原鳅属鱼类的线粒体全基因组序列及系统发育信息。
通过 Clustal X 对线粒体DNA(mtUNA )全基因组序列进行对比，然后用MEGA6分析mtUNA 的序列差异，并用邻接法生成系统进化树。
结果发现：(2)高原鳅属鱼类线粒体基因组的全长在12 562 -12 682 bp 之间，其基因组结构和基因排列顺序与其他硬骨鱼类的线粒体 基因组特征相同；(2)在所有编码基因中，ND2基因的序列变异程度最大(52.5%),且Kimura 双参数(K2P )遗传距离最大(0.234),而16S rRNA 的变异程度最小(19. 9%) ,2S rRNA 基因的K2P 遗传距离最小(0.034) ；(3)系统进化树显示高原鳅属中除叶尔羌高原 M( Triplophysa yarRandensia 外，绝大多数物种能够聚为一支，未描述种(T. sp.)、玫瑰高 原鳅(T. rosa)和湘西盲高原鳅(T. xiangxpnsiii 聚为一支并处于该属的基部位置。
基于线粒体Cyt b基因序列变异的克孜河塔里木裂腹鱼和斑重唇鱼遗传多样性
基于线粒体Cyt b基因序列变异的克孜河塔里木裂腹鱼和斑重唇鱼遗传多样性阎雪岚;杨金权;唐文乔;王丽卿;阿达来提.尔迪【期刊名称】《动物学杂志》【年(卷),期】2009(44)5【摘要】采用线粒体细胞色素b基因(Cyt b)序列,分析了采自新疆克孜河3个群体(斯木哈纳SM、牙师YS、卡拉贝利KL)的塔里木裂腹鱼(Schizothoraxbiddulphi)41尾个体及1个斑重唇鱼(Diptychus maculates)群体(斯木哈纳)23尾个体的种群遗传多样性和遗传结构。
结果显示,塔里木裂腹鱼检测到6个碱基变异位点,定义了4种单倍型,平均单倍型多样性指数及核苷酸多样性指数分别为0.525 4和0.001 16。
分子变异分析(AMOVA)结果提示,塔里木裂腹鱼的遗传变异全部发生于群体内部;群体间Kimura-2-parameter遗传距离、分化指数(Fst<0.085 25)和基因流(Nm>3.18)都显示3个群体没有种群分化,属于单一种群。
斑重唇鱼检测出7个变异位点,定义了8个单倍型,平均单倍型多样性指数与核苷酸多样性指数分别为0.830 1和0.001 13。
研究表明,克孜河的塔里木裂腹鱼和斑重唇鱼均处于很低的遗传多样性水平,物种维持力较弱。
【总页数】6页(P8-13)【关键词】塔里木裂腹鱼;斑重唇鱼;Cyt;b;遗传多样性;克孜勒苏河;新疆【作者】阎雪岚;杨金权;唐文乔;王丽卿;阿达来提.尔迪【作者单位】水产种质资源发掘与利用教育部重点实验室上海海洋大学鱼类研究室【正文语种】中文【中图分类】Q951【相关文献】1.基于线粒体DNA细胞色素b基因部分序列的新疆裸重唇鱼遗传多样性分析 [J], 郭飏;胡文革;莫超;武菲;王翠华;马得草;何园;2.基于线粒体COI和Cytb基因序列对新疆两水系斑重唇鱼遗传结构的分析 [J], 杨天燕;孟玮;马燕武;蔡林钢;郭焱3.基于线粒体控制区序列的塔里木裂腹鱼遗传多样性及种群分化分析 [J], 海萨·艾也力汗;郭焱;孟玮;杨天燕;阿达可白克·可尔江4.扁吻鱼和塔里木裂腹鱼线粒体COI基因片段的比较研究 [J], 杨天燕;张人铭;郭焱;孟玮;海萨;马燕武5.基于Cyt b基因的雅鲁藏布江下游墨脱江段及察隅河墨脱裂腹鱼的遗传多样性及种群历史动态分析 [J], 俞丹; 张智; 张健; 林鹏程; 熊淑蓉; 唐芬莲; 刘焕章因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。
华南沿海西部美丽小条鳅基于线粒体控制区的种群遗传变异及亲缘地理格局
华南沿海西部美丽小条鳅基于线粒体控制区的种群遗传变异及亲缘地理格局庆宁;丘城锋;廖伟群;马天峰;梁晓旭;列金妮【摘要】为研究其种群遗传变异和亲缘地理格局,分析了 107尾采自华南西部和海南岛的12条水系的美丽小条鳅(Micronoemacheiluspulcher Nichols)控制区934-938 bp的序列,其中有79个核苷酸变异位点.分子变异分析(AMOVA)表明,种群间的遗传变异占46.88%,种群内的遗传变异占55.06%.基于36个单倍型的系统树显示,12条水系的种群聚成两支.其中,广西沿海诸独立水系(防城河、峒中河、北仑河、南流江)和西江水系与广东漠阳江和潭江水系关系密切,而海南岛万泉河和南渡江与广东鉴江水系关系密切.根据嵌套进化枝系地理分析(NCPA)推测,防城河周边地区可能是美丽小条鳅的扩散中心,该物种可由此区域通过两条途径扩散:(1)沿西江水系向广西沿海独市水系至广东漠阳江和潭江水系扩散;(2)向海南岛诸水系再至雷州半岛的鉴江水系扩散.在演化过程中,曾发生片断化事件、长距离建群和持续的分布区扩张.【期刊名称】《生态学报》【年(卷),期】2010(030)001【总页数】7页(P258-264)【关键词】美丽小条鳅;线粒体控制区;种群遗传变异;亲缘地理;华南西部和海南岛【作者】庆宁;丘城锋;廖伟群;马天峰;梁晓旭;列金妮【作者单位】华南师范大学生命科学学院,广东省高等学校生态与环境科学重点实验室,广州,510631rn;华南师范大学生命科学学院,广东省高等学校生态与环境科学重点实验室,广州,510631rn;华南师范大学地理科学学院,广州,510631;华南师范大学生命科学学院,广东省高等学校生态与环境科学重点实验室,广州,510631rn;华南师范大学生命科学学院,广东省高等学校生态与环境科学重点实验室,广州,510631rn;华南师范大学生命科学学院,广东省高等学校生态与环境科学重点实验室,广州,510631【正文语种】中文初级淡水鱼类的分布因受江河湖泊水系的限制，无法跨越海洋与高山的障碍，地理隔离广泛存在。
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基于线粒体Cyt b基因的雅鲁藏布江中游短尾高原鳅遗传多
样性研究
巩政;刘艳超;马聪敏;李小兵
【期刊名称】《淡水渔业》
【年(卷),期】2022(52)4
【摘要】以线粒体Cyt b基因作为分子标记对雅鲁藏布江中游10条支流中短尾高原鳅(Triplophysa brevicauda)的遗传多样性、遗传分化及种群历史动态进行分析。
结果显示:125尾个体中共检测到52个单倍型,各群体的单倍型多样性
(0.600~0.900)与核苷酸多样性(0.00187~0.01965)普遍处于较高水平。
基于单倍
型构建的系统发育树和进化网络图显示所有单倍型可被划分为5支谱系,各单倍型
多为单一群体独享,群体间共享单倍型极少;不同谱系内各地理群体所属单倍型混杂
分布,不符合群体的地理分布格局。
群体间遗传分化指数检验结果表明多数地理群
体间存在高度分化;分子方差分析显示组群间的遗传变异占总变异的39.51%,遗传
分化水平为极显著。
中性检验和错配分析表明短尾高原鳅总体和部分支流群体历史上发生过种群扩张。
贝叶斯天际图进一步推断出短尾高原鳅总体在较近的历史时期(约1.12 kya)经历过快速的种群扩张和收缩,推测其种群动态受到了全新世以来青
藏高原南部气候波动及水系变迁的影响。
【总页数】9页(P31-39)
【作者】巩政;刘艳超;马聪敏;李小兵
【作者单位】枣庄学院生命科学学院;水利部中国科学院水工程生态研究所水利部水工程生态效应与生态修复重点实验室;西藏自治区高原生物研究所;西南大学水产学院
【正文语种】中文
【中图分类】S917.4
【相关文献】
1.基于线粒体cox1和Cyt b基因对四川地区多头带绦虫的种群遗传多样性研究
2.北江大刺鳅(Mastacembelus armatus)的核型分析及线粒体Cyt b基因和D-loop 的遗传多样性
3.基于Cyt b基因的雅鲁藏布江下游墨脱江段及察隅河墨脱裂腹鱼的遗传多样性及种群历史动态分析
4.基于线粒体Cyt b基因序列的长江中上游草鱼野生和养殖群体遗传多样性比较研究
5.基于线粒体D-loop区和Cyt b基因序列的四川裂腹鱼养殖群体遗传多样性
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