LI-6400光合仪使用
光合仪模式使用说明
LI-6400便携式光合仪的使用说明1. 仪器使用功能LI-6400并非单一用于研究植物光合作用，他同时包括光合、呼吸（分为植物呼吸和土壤呼吸）、蒸腾、荧光等多项测量功能，多项功能的完全集成使得LI-6400成为生态学研究领域上重要的必不可少的基础研究设备。
其测量参数包括：净光合速率（Pn）、气孔导度（Gs）、蒸腾速率（Ts）、细胞间隙CO2浓度（Ci）、大气CO2浓度（Ca）、光量子通量密度（PFD）、叶温（TL）、相对空气湿度（RH）。
如果配备6400-40叶绿素荧光叶室，可测试以下参数：最大荧光（Fm）、初始荧光（Fo）、可变荧光（Fv）、光化学猝灭（qP）、非化学猝灭（qN）。
此外，进行自动测量的基础上还可以进一步计算饱和点、补偿点等多项重要生理生态指标。
表1 LI-6400参数表（主机显示屏测量菜单显示的参数说明，A-L是行号）3. 仪器使用流程3.1仪器安装连接，并连接好进气管缓冲瓶。
3.2打开位于主机右侧的电源开关。
3.3仪器在启动后将显示“Is the IRGA connected?(Y/N)”选择Y3.4叶室配置选择：选择目前安装的叶室配置，如已经安装了标准叶室，请选择Factory default，然后回车。
如果安装了荧光叶室，请选择6400-40 Default Flurometer，然后回车。
如果安装了土壤叶室，请选择6400-09 soil Chamber，然后回车。
其他叶室方法相同，只需要选择不同的叶室就可以了。
3.5调零向SCRUB方向拧紧碱石灰管和干燥管上端的螺母。
关闭叶室，即压下黑色手柄，并旋紧固定螺丝即可。
在主菜单按F3按钮选“Calib Menu”项①选“Flow Meter Zero”项（调气流量为零），回车等待流速的电压读数基本稳定，用F1、F2上下调节，至读数基本稳定，且在-0.5—0.5范围内，按EXIT按钮退出。
②选“IRGA Zero”（红外线气体分析仪探头调零），回车等待CO2浓度和H2O浓度的下降，至读数基本稳定（一般在20分钟左右），按F3“Auto All ”进行自动调节，结束后“Exit ”退出。
LI-6400系列光合仪使用说明书
Ci/Ca
胞间 CO 2 浓度与 空气 CO 2压亏缺
kPa
D
VpdA BLC_mol
基于气温的 蒸气压亏缺 叶片边界层总导度
kPa mol m -2 s-1 G
三、状态参数（加上行号） 缩写
参数
Program CHPWMf CO 2 H 2O flow fan
自动测量程序的状态 状态指示 CO 2 分析器的状态 H 2O 分析器的状态 流量控制器的状态 样本室风扇的速度
μ
mol
-2
ms
-1
G
ParOut μ m 叶室外光照强度
μ
mol
-2
ms
-1
Tblock ℃
冷却器温度
℃
Tair℃
叶室空气温度
℃
H
Tleaf ℃
叶片温度
℃
HH:MM:SS Battery
时钟 电池电压
I V
二、计算参数 缩写
参数
单位
行号
参比室与样本室 △CO 2_μ ml
的 CO 2 浓度差
△H 2O_μ ml Photo
使用手册将进一步提高其应用水平。
第一章 光合作用测量的理论基础
绿色植物吸收阳光的能量，同化 机物质主要是糖类，贮藏着能量。
CO 2 和水，制造有机物并释放氧的过程，称为光合作用。光合作用所产生的有
一、光合作用的重要性 1、把无机物转变成有机物 绿色植物合成的有机物质， 可直接或间接作为人类或全部动物界的食物 （如粮、 油、糖等和牧草饲料、鱼饵等） ，
二、光合作用的测量方法 光合作用的整个过程可表示为：
CO 2 + H 2O → （CH 2O） + O 2
LI-6400便携式光合仪操作使用规程
LI-6400便携式光合仪操作使用规程仪器使用范围：植物单叶或群体光合速度、蒸腾速率、气孔导度、光饱和点和补偿点、二氧化碳饱和点和补偿点等。
1、开机：打开位于主机右侧的电源开关。
仪器在启动后将显示“Is the IRGA connected? (Y/N)”选择Y2、叶室配置选择：选择Factory default（常规）或他叶室（6400-02B红蓝光源），然后回车自动进主菜单。
3、手动测量：按F4“New Measurements”菜单进入测量菜单。
①设定文件：按F1“Open Logfile”建立新文件。
回车后输入自己设定的文件名。
当显示屏出现提示“Enter Remark”时，输入需要的标记(英文，用于标记样地、植物种类、样品号等)。
继续回车，文件设置结束。
在夹入叶片之前如果ΔCO2大于0.5或小于-0.5，按F5“Match”进行匹配。
②测量：选取需要测量的植物叶片(3-5次重复)。
测量时间尽量选择在晴朗的上午10：00-11：30间最好。
③向Bypass方向拧紧碱石灰管和干燥管上端的螺母。
夹上叶片(尽量让叶片充满整个叶室空间，面积为6cm2，小叶片需测量面积，并在测量菜单状态下按数字“3”后按F1来修改叶面积值，关闭叶室，旋紧固定螺丝至适度位置。
④等待C行PHOTO读数稳定（小数点后最后一位数字的波动在2左右）后即可记录 (按F1“LOG”按钮或者按分析仪手柄上的黑色按钮2秒即可记录一组数据。
⑤换叶片进行下一次测量。
重复②--④步骤。
4、自动测量与环境条件控制LI-6400可以控制的环境条件包括温度、CO2浓度、光强等。
一般而言，需要控制环境条件的实验有两种情况。
一种是环境变化剧烈，无法准确进行同等环境条件的测量。
另一种情况是进行光曲线和ACI曲线测量。
环境控制只需要在手动测量时，按数字来切换菜单。
具体各菜单情况如下图所示。
温度控制：按数字2，按F4控制温度(输入需要的温度回车即可，注意温度控制范围是环境温度的±6℃)。
LI-6400便携式光合作用测定仪使用说明
LI-6400便携式光合作用测定仪使用说明连接（气管连接黑色对应）并关闭IRGA叶室，确定叶室密闭合适(叶室上下刚刚接触到，再张开叶室，调紧螺丝半圈)。
接上电池(电源)，开机。
当显示：“Is the IRGA connected?(Y/N)”Press “Y”正确连接并放置缓冲瓶，预热二十分钟以上。
1、调零：选“Calib Menu”(Open F3)项：①选“Flow Meter Zero”项（流量计调零）当读数基本稳定，且在±1mv范围内，按F5 退出②红外分析仪调零“I RGA Zero”旋紧碱石灰管和干燥管上端的调节螺母指向Full SCRUB方向，即全虑除状态→清空并关闭叶室(叶室上下刚刚接触到，再张开叶室，调紧螺丝半圈。
)。
确定CO2R or CO2S 的最大波动范围在0.1，稳定，则按F1 (AutoCO2)，这时，CO2R or CO2S均在“0”附近；确定H2OR or H2OS 的最大波动范围在0.01 ，稳定，且等待至少一刻钟以上，然后，按F2 (AutoH2O)，这时，H2OR or H2OS均在“0”附近；如果是希望对CO2和H2O 都同时调零，则，这时按F3 (AutoAll).按F5(Quit)退出。
进入“View, Store Zero_Span”,按F1 “ Store ”,保存本次校准数据。
2．安装LED光源选“Config Menu ”项（主菜单F2）——选“Light Source Control”项；-——选取“Pick Source”；——选取人工光源“Lightsource=6400-02B……”，Press F5 “Done”——进入“Config Menu ”第一项“Config Status”, 选择F3 “saveAs”,保存光源设置。
按“escape”进入主菜单( O pen )。
3．测量(1)不使用CO2钢瓶的操作：主菜单选F4 “New Msmnts”项，打开碱石灰管和干燥管上的螺母至全旁路(ByPass)位置(注意：此时不使用CO2注入系统)。
LI-6400便携式光合仪使用流程说明(简明版)
LI-6400便携式光合仪使用流程说明一、仪器连接安装1、加装化学药品①蓝色干燥剂在正面主机外面，白色苏打在内面；②换药时先拧开底盖并且填充量低于螺线1cm，将盖帽旋紧，注意密封圈；③两个化学管在不测时调在中间，调零时全Scrub，测控制环境时苏打和干燥管完全scrub，非控制环境两个管完全-bypass；（注意螺丝不要旋得太紧，以免脱扣）④白色苏打不能重复利用且不变色，而干燥剂可重复利用，吸水后变红色，需在210℃烘90min，变成蓝色，当出现粉末时将其倒掉；（注意：干燥剂：当化学管中2/3的干燥剂变红后即需要更换药品；苏打：将旋钮旋转至完全Scrub，等CO2_R的值降至最低，向进气口吹气，观察CO2_R读数，如果波动大于2umol/mol，则需要更换碱石灰。
2、连接硬件①将25针的连接器一端插入标有［IRGA］的插座中，另一端插入标有［CHAMBER］插座中，宽面(长边)朝上，且拧紧螺丝钉（注意不要拧得太紧，否则螺丝钉将被折断）；②将末端有黑色标记的软管与操作台右端标有［SAMPLE］的端口（有黑色皮垫）连接，另外一个软管（无黑色标记）与标有［REF］的端口（无黑色皮垫）连接；③标有［INLET］的端口（套有绿色软管）是空气的入口，连接缓冲瓶（悬挂在空中2~3 m，空气流动相对稳定处，以防止污物进入主机，同时在测量过程中可减少空气流动对测量结果的影响）；④连接电缆与IRGA头部圆形IRGA端口上的红色圆点和IRGA分析器上的红色选点对齐时插进，且能听到响声，注意：插头一定要推到底，不能留有空隙；⑤安装CO2钢瓶（测光合和CO2响应曲线时才安装，或实验必需）将CO2小钢瓶装入套筒，顺时针旋转，直到感觉保护罩接触到了小钢瓶，稍微加力便导致钢瓶被刺穿，这时需要快速旋紧，防止CO2泄露，注意：O形圈后将套筒旋紧，每用完1盒（25个钢瓶）更换1次油滤；⑥切记分析器各部件：光量子传感器，紫色插头处，叶温热电偶，2个黄色：匹配阀，如果使用CF卡存数据，则插入主机后面固定小槽内。
LI-6400简易使用手册(带功能行和参数行说明)
LI-6400便携式光合仪的使用说明1. 仪器使用功能LI-6400并非单一用于研究植物光合作用，他同时包括光合、呼吸(分为植物呼吸和土壤呼吸)、蒸腾、荧光等多项测量功能，多项功能的完全集成使得LI-6400成为生态学研究领域上重要的、必不可少的基础研究设备。
其测量参数包括：净光合速率(Pn)、气孔导度(Gs)、蒸腾速率(Ts)、细胞间隙CO2浓度(Ci)、大气CO2浓度(Ca)、光量子通量密度(PFD)、叶温(TL)、相对空气湿度(RH)。
如果配备6400-40叶绿素荧光叶室，可测试以下参数：最大荧光(Fm)、初始荧光(Fo)、可变荧光(Fv)、光化学猝灭(qP)、非化学猝灭(qN)。
此外，进行自动测量的基础上还可以进一步计算光饱和点、光补偿点、CO2饱和点、CO2补偿点等多项重要生理生态指标。
表1 LI-6400参数表(2. 硬件组成与存放正确的硬件连接与存放对于使用和维护来说是至关重要的。
关于仪器的连接请与培训人员联系学习。
图1 仪器在主机箱内的安放位置与名称(请注意安放的方式)3. 仪器使用流程3.1仪器安装连接：正确连接仪器管线，并连接好进气管缓冲瓶(注意样品室、参照室管路连接，信号线红色Mark 标记要相对，除去外置光量子传感器红色盖帽)。
3.2开机：打开位于主机右侧的电源开关。
3.3仪器在启动后将显示“Is the IRGA connected?(Y/N)” 选择Y 3.4叶室配置选择：选择目前安装的叶室配置，如果安装的是标准叶室，请选择Factory default ，然后回车。
如果安装了荧光叶室，请选择6400-40 Default Flurometer ，然后回车。
如果安装了土壤叶室，请选择6400-09 soil Chamber ，然后回车。
其他叶室方法相同，只需要选择不同的叶室就可以了。
3.5调零向SCRUB 方向拧紧碱石灰管 和干燥管上端的螺母。
关闭叶室(压下黑色手柄)，并旋紧固定螺丝即可。
6400简易手册
LI-6400简易使用手册LI-6400系列便携式光合作用测量系统是国内外研究植物光合生理生态的权威仪器，广泛应用于植物生理学、农学、林学、分子生物学、污染生态学、全球气候变化生态学等领域的研究中。
基因有限公司农业环境仪器部是LI-COR产品在中国大陆（包括香港）的独家代理商，全面负责LI-COR产品的推广和服务。
目前，LI-6400便携式光合作用测量系统在中国大陆的用户达100多家，主要集中于中国科学院、农业部、教育部、国家林业局、大学和研究所等。
为了便于广大客户更好的使用LI-6400，公司组织专业人员编写了本使用手册。
LI-6400系列便携式光合作用测定仪的操作主要包括仪器连接、OPEN程序加载、仪器校正、数据测量、数据下载等。
一、仪器连接LI-6400系列便携式光合作用测定仪主要由IRGA分析器、操作控制台和两者之间的连接电缆三部分组成。
1、将连接电缆与操作控制台连接空气进口、电子连接器（electrical connectors）都位于操作控制台的右端。
将25针的雌连接器插入标有IRGA的receptacle（插座）中，将25针的雄连接器插入标有CHAMBER的receptacle（插座）中，并且拧紧连接器上的螺丝钉，注意要非常小心，但不能够拧得太紧。
如果螺丝钉被拧得太紧，些将容易被折断。
将末端有黑色标记的软管与操作台右端标有SAMPLE的端口连接，另外一个软管与标有REF 的断口连接。
标有INLET的端口（套有红色软管）是空气的入口。
如果在测量过程中利用空气中的CO2浓度，为了保证空气CO2浓度的稳定性，最好在空气进口处连接一塑料管，然后塑料管和悬挂在空中2～3m处的缓冲瓶连接。
2、将连接电缆与IRGA头部连接注意：26针D连接器的螺丝钉不能拧的太紧。
圆形IRGA CONNECTOR上的红色圆点和IRGA分析器上的红色选点对齐时才能顺利插进，并且能听到响声。
将末端有黑色标记的软管与IRGA头部末端有黑色标记的软管连接，另外一个软管与没有黑色标记的软管连接。
LI-6400便携式光合测定仪操作说明
LI-6400便携式光合测定仪操作说明一、仪器连接1. 将标准叶室安装上。
2. 将连接电缆与操作控制台连接将25针的雌连接器插入标有IRGA的receptacle（插座）中，将25针的雄连接器插入标有CHAMBER的receptacle（插座）中，并且拧紧连接器上的螺丝钉，注意要非常小心，但不能够拧得太紧。
如果螺丝钉被拧得太紧容易被折断。
将末端有黑色标记的软管与操作台右端标有SAMPLE的端口连接，另外一个软管与标有REF的断口连接。
标有INLET的端口是空气的入口将塑料管（缓冲瓶）连接于此。
如果在测量过程中利用空气中的CO2浓度，为了保证空气CO2浓度的稳定性，将缓冲瓶置于2～3m高处空气流动相对稳定（没风）的地方。
3. 将连接电缆与IRGA头部连接注意：26针D连接器的螺丝钉不能拧的太紧。
圆形IRGA CONNECTOR上的红色圆点和IRGA分析器上的红色选点对齐时才能顺利插进，并且能听到响声。
将末端有黑色标记的软管与IRGA头部末端有黑色标记的软管连接，另外一个软管与没有黑色标记的软管连接。
二、开机校正1. LI-6400电源开关在右侧。
在开机前，将两块电池放入电池仓中，并且将电源输出口插入到操作控制台的接口中。
2. 程序打开需要10秒左右，选择Factory Default配置，按Enter。
屏幕显示Is the chamber/IRGA connected?(Y/N)，输入Y，此时IRGA开始预热。
3. IRGA通常需预热20分钟。
然后进行仪器校正。
3.1流量校正。
关闭空叶室（调节叶室上方旋钮使叶室闭合，不留缝隙，但不宜太紧），将碱石灰管和干燥剂管旋钮均扭到“Scrab”位置，进入“Calib Menu”（按F3）中，选择“Flow Meter Zero”，按Enter校正自动进行，等待大约5分钟，参比室和样品室CO2和H2O会降到零附近。
如果CO2读数在±5微摩尔以内，H2O在±0.5毫摩尔每摩尔以内，说明零点正常，不需要校准。
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植物学通报刊996，13（增刊）：72-76Chinese Bulletin of BotanyLI-6400光合作用测定系统：原理、性能、基本操作与常见故障的排除蒋高明（中国科学院植物研究所，北京100093）LI-6400 PORTABLE PHOTOSYNTHESES SYSTEM：PRINCIPLE，FUNCTION，BASIC OPERATIONAND MAIN PROBLEMS AND SOLUTIONSDURING MEASUREMENTJiang Gao-ming(Institute fo Bolany,Academia Sinica,Beijing 100093)LI-6400光合作用系统（LI-COR,1995）是美国拉哥公司在已有的LI-6200（LI-COR,1990）光合作用系统基础上改进而来。
LI-6200为封闭型光合作用测定装置，在测定过程中叶室内的CO2浓度不断减少或升高，仪器根据一定时间内CO2浓度的变化以及气体流速、温度、大气压等环境参数计算光合作用或呼吸作用速率.这种设计的主要缺陷是；在光合作用测定过程中，叶室封闭，CO2、水分、温度等变化很大，影响植物正常的气体交换。
鉴于此，拉哥公司新近推出了LI-6400开放型光合作用系统，于 1995年2月份上市.作者在美国哥伦比亚大学生物圈二号研究中心工作期间，利用这种仪器在该中心内进行了半年的光合作用测试，取得了一定经验.鉴于我国植物生理生态工作者可能在不久将接触此仪器，加上该仪器的英文说明书为专业人员所写，涉及仪器工作原理内容较多，某些操作步骤介绍过繁，而另一些步骤则过简或不提及，可能使初用者感到困惑；另外，我们在美国使用该仪器过程中发现的问题，可直接与拉哥公司联系解决，这在国内难以做到.因此；特将该仪器主要原理、性能、基本操作步骤、常见故障分析等问题，总结出来，以期对我国有关科研人员使用此仪器时有所帮助。
原理在LI-6200的基础上，LI-6400光合作用系统在两个方面作了明显的改进：第一，气路为开放式，即从进气口进入仪器主机的气体经主机内部流速测定计后一分为二，25％进入参考气体红外分析仪；75％进入样品气体红外分析仪，然后气体各自排出仪器，气路开放.除这种方式外，仪器在自动平衡（Automatch，是测定过程中重要的步骤，下面还要介绍），从样品气体红外分析仪排出的气体进入参考气体红外分析仪再排出机外。
第二，CO2与H2O的红外分析部位在探头上，与叶室紧紧相联，这样缩短了气体流动过程中气路过长产生的误差。
在光合作用测定过程中，有两种光源可供选择：一是自然光，用透明叶室；二是自动光源（为红光），此时将叶室的透明部分换成含产生光的部分（用自动光源时需事先设定程序）.用自动光源测定时可测定植物的最大光合作用（Amax，即达到光饱和点时的光合作用）以及光合作用／光照强度曲线。
测定时，仪器根据参考气体与叶室气体CO2浓度差、气体流速、叶面积等参数计算光合作用或呼吸作用速率；根据参考气体与叶室气体H2O浓度差、气体流通、叶面积等参数计算蒸腾速率；根据参考气体H2O与叶室H2O浓度与蒸腾速率计算叶面水分总导度；又据此以叶片两面的气孔密度比率计算水分气孔导度即气孔导度（其倒数即为气孔阻力）；根据气孔水分导度、叶片两面气孔密度比率、叶面边界层阻力计算气孔对CO2的导度；最后，据气孔CO2导度、蒸腾速率、参考气体CO2浓度、光合速率计算间CO2浓度（Ci）。
有运算均由内部计算机系统完成，可在仪器的荧光屏上直接读数.故LI-6400能够测定的植物光合与水分生理指标有：净光合（呼吸）速率、蒸腾速率、总气孔导度、气孔导度或气孔阻力、胞间CO2浓度等.另外，叶室内装有温度与湿度探头；外有光照强度探头.在测定过程中能够自动记录的重要环境参数有：大气CO2浓度、大气湿度、叶面温度、大气温度、光照强度等.上述植物生理指标与环境参数测定可在数秒内完成。
仪器自动存储在电脑部位.除此之外，其他参数如叶面水汽压降、叶面相对湿度、叶面积、叶室CO2浓度、叶至H2O浓度等，以及仪器工作状态参数如电池寿命、记录时间、气体脉冲信号等连同上述实测与计算的数据与参数共有70项，一并记录于电脑中，供研究者分析数据时参考。
性能从上述的介绍可以看出， LI-6400功能非常完备，且测定迅速.但是，所获数据尤其是计算数据的可靠性完全有赖于操作者对仪器性能的了解、测定前仪器的标定、仪器工作状态，更重要的是使用者的经验及其植物生理生态学基础.在数秒内测定的70种数据与参数在什么时候贮存，要求操作者有非常好的经验.否则，仪器记录的数据可能是错误的。
但是，只要仪器标定好并进入工作状态后，仪器测定的数据是非常精确的.另外，该仪器在光合作用生理研究方面具有两种独特的程序是LI-6200或一般光合作用测定系统所不具备的.即光合作用／光照强度曲线和光合作用／胞间CO2曲线.前一条曲线的测定要求自动光源、充气塑料袋（约20L）和气泵，在恒定的CO2浓度、气温和相对湿度下测定.后一条曲线的测定要求辅助的CO2混合器（CO2Mixer），由拉哥公司研制，于1996年2月上市，能够产生一系列的CO2浓度.从光合作用／光照强度曲线上可以得知植物的光补偿点和光饱和点以及光能利用效率等；从光合作用／胞间CO2浓度曲线上可以得知植物的CO2补偿点和饱和点、羧化效率与RuBP（l，5-二磷酸核酮糖）核化酶活性等.这两条曲线的研究是当今全球变化生态学研究中的植物生理生态学的重要内容.可直接在屏幕上显示曲线并存储数据。
而用其他光合作用仪器测定时则费时费力，另外数据的变异性大。
LI-6400主要性能指标有：工作温度0-50C，相对湿度10-90%（>92%时仪器拒绝工作或停机）；CO2红外分析仪测定范围0-3000µmol mol-1,分辨率0.1µmol mol-1，在0-1500µmol mol-1之间误差为±5µmol mol-1,1500-3000之间为±10µmol mol-1；H2O红外分析仪测定范围为0-7kPa或露点温度（Dew point）40C，分辨率0.001kPa，误差＜0.006kPa；光感应器测定范围为0-3000µmol –2S-1,分辨率＜lµmol m-2pm。
lm”s-1，误差±.7%。
该仪器的特点也是缺陷之一是能够测定的叶面积很小，标准仅为6cm2，因而当测定的数据放大（即用每平方米每秒表示光合速率或呼吸速率）时，对叶面积的要求很严.优点是对叶面积＜6cm2的叶如针叶、鳞叶或小型条状叶等也可测定，只要采集叶标本，用叶面积仪测定出叶面积后即可再次对数据计算（仪器记录当时的一切参数，输入新的叶面积后可得确切的数据；同理，因海拔高度改变引起的大气压等参数变化也可改变后重新计算）。
基本操作要点（一）仪器标定LI-6400在使用前必须标定，约需1小时完成.如一天内连续测定，早晨标定一次即可。
标定需用标准CO2气体（浓度高于被测环境CO2浓度）和湿度发生器.湿度发生器可与LI-6400同时购置，拉哥公司具LI-610露点湿度发生器（LI-COR，1993）.该仪器为仪器标定过程所必需，缺乏则无法完成仪器标定，故购置LI-6400时宜同时购买LI-610露点湿度发生器.标定要点如下：l.开机预热 20分钟。
同时打开LI-610露点湿度发生器预热。
2.进入Open（开机）状态，按f3键，进入Calibration（标定）状态。
3.将CO2去除剂（碱石灰）和水分干燥剂（均在主机左侧）上方的开关彻底打开（逆时针方向），这样气流经CO2去除剂和水分干燥剂后，变成无CO2和H2O的空气进入红外分析部位。
4.选择Flow Rate Zero（流速调零），调气体流速为0，以电信号±1mVmin-1为准.用荧屏左右的上下红色箭头键调节（下同）。
5.选择IRGA Zero（红外气体分析仪调零）.首先调C O。
为零，再调H2 O为零，用f1，f2，f3功能键调之.要求CO2达到±0.15µmol mol-1，H2O±0.01mmol mol-1。
6.完成上述步骤后，将CO2去除剂和H2O干燥剂开关彻底关闭（顺时针方向，说明书上未提及此步骤）.然后将探头上进入样品分析室的塑料管（带黑色环者）打开，并与标准CO2钢瓶塑料管连接。
7.选择IRGA Span(红外气体分析仪调跨度)，然后分别调CO2-A和CO2-B（参考气体和样品气体CO2红外分析仪，下同），用上下箭头调节，直至与标准气体CO2浓度相差±1µmol mol-1以内。
8.将上述打开处与LI-610露点湿度发生器连接.在LI-610随带的室温、相对湿度与露点温度关系图上查出在标定工作环境温度下希望得到的相对湿度（应以测定地点的环境湿度为准），并在职LI-610上设置该温度.在IRGA Span状态下，选择H2O-A和H2O-B（参考气体和样品红外H2O红外分析仪，下同），并以LI-610标定之，以露点温度相差外0.01C为准。
9.完成上述标定后，选择STORE flow Rate（流速调零存盘）和Sore Zero & Span Information(红外分析仪调零、调跨度存盘)存储标定参数，这样仪器即可在标定的状态下工作。
（二）测定10.在Open状态下，按f4键，进入New Measurement(测定)状态。
11.打开叶室，夹住被测植物叶片，使叶在叶室内的方向与其着生方向一致（用自动光源时不必作此要求）.若被测叶片面积＜6cm2，则应准备塑料袋采集新鲜标本，待野外测定完成后回室内测定叶面积，或来不及测定时可暂存冰箱内待测。
12.待荧屏上CO2-A、CO2-B、H2O-A、H2O-B、光合作用、蒸腾作用等显示的数据基本稳定后（约需3分钟），按数字6，进入Autolog(自动存储)状态.测定过程中，LI-6400有三种数据存储命令，另两种为Log（存储）和Std File Dialog（以文件形式的数据存储），三种方式比较起来以Autolog 易操作。
13.在Autolog状态，给定文件名，输入测定次数（3-4次即可）、时间间隔（8-10秒即可）、仪器自动平衡（Automatch）的次数(2次即可)，Automatch非常重要，LI-6400在此命令下能够自动调整CO2-A、CO2-B或H2O-A、H。
0-B，使它们对同一气体浓度读数一致。
因为LI-6400根据两套红外分析仪的CO2和H2O浓度差计算光合作用和蒸腾作用，若它们对同一气体的浓度读数不一致，难以保证数据质量。