λ噬菌体的基因调控

λ噬菌体的基因调控λ噬菌体是一种感染大肠杆菌的温和噬菌体，侵染E.coli后既能进行复制和造成细菌裂解死亡，又能整合进入E. coli基因组并随着宿主基因组进行复制，进行溶源态生存。

溶源发育尽管十分稳定，但是仍然可以通过一些损害宿主细胞的诱导剂使之诱导进入裂解感染。

λ噬菌体的裂解发育、溶源发育和溶源发育到裂解发育的诱导是研究生物分子调节优异的模型。

经过四十多年的研究，在这个模型中已经发现了众多的正调节因子和负调节因子在转录水平或转录后调节基因的表达。

I．两种发育途径简介λ噬菌体在裂解发育中的繁殖过程为吸附宿主、向宿主注射核酸物质、基因的复制和蛋白质的表达、宿主细胞的裂解和子代噬菌体的释放。

裂解发育通过使噬菌体的基因按照一定的顺序表达而完成，这样就保证了每种成分在生命周期适宜的时间表达。

裂解周期可以分为两个主要的阶段：早期感染—从噬菌体DNA进入宿主到开始复制的这一段时期，主要合成与DNA 复制有关的酶类，如参与DNA复制、重组和修饰的酶；晚期感染—从复制开始到最后细胞裂解释放出子代噬菌体颗粒的过程，主要合成噬菌体颗粒的蛋白质外壳，由于噬菌体需要许多不同的蛋白质外科组建成衣壳和尾，因此基因组的绝大部分是用于执行晚期功能的。

噬菌体基因表达的早期阶段只有少数基因表达，并且严重依赖宿主的转录机构，例如RNA聚合酶和σ因子。

这些基因被成为早早期基因（immediate early gene）。

第二类基因称为迟早期基因（delayed early gene）。

裂解周期受到正调控作用，即每组基因只有受到恰当的信号刺激时才能启动表达。

因此，早早期基因的表达编码了迟早期基因的调控蛋白，这种调控蛋白对于迟早期基因的表达是必需的。

当噬菌体DNA开始复制时，晚期基因（late gene）开始表达。

晚期基因的表达需要早早期或迟早期基因的编码产物作为信号，在λ噬菌体中，这种调控信号是一种抗终止因子。

因此，裂解性感染通常分为三个时期：第一个时期由宿主RNA聚合酶转录噬菌体早期的转录调控因子；第二个时期的基因在前一阶段表达的调控因子的作用下进行转录，此阶段表达的基因大多数为噬菌体复制所必须；第三个时期由编码噬菌体成分的基因组成，他们能够在第二个时期合成的调控因子的指导下转录。

每个时期的基因都含有编码下一套基因表达所必须的转录因子基因，而本时期的基因表达也必然要受到上一阶段表达的转录因子的调控，这样裂解发育过程就形成了一种级联反应控制过程。

在级联反应中，上一阶段编码的转录调控因子对下一阶段的调控作用有几种不同的机制，调控因子可能是一种新的RNA聚合酶，或者是产生一种新的σ因子，从而使得RNA聚合酶在本阶段识别不同的启动子并与之结合，开启不同的基因转录；调控因子也可以是一种抗终止因子，由于抗终止过程，是的RNA聚合酶不仅能够转录原来的基因片段，而且能够越过终止子通读随后的序列。

在λ噬菌体中，控制早早期基因向迟早期基因表达的调控因子主要是通过抗终止子起作用的。

事实上，当λ噬菌体侵入细胞后，裂解和溶源途径是以同样的方式开始的，二者都需要早早期和迟早期基因的表达，之后两种途径产生分歧：若晚期基因得到表达，则启动裂解过程；若晚期基因受到抑制，则启动溶源发育。

II.调控发育途径的分子基础λ噬菌体的基因组为环状结构，其中与转录调节有关的基因有：P L, P R, O L, O R,t L 1, tR1, cI, cro, nutR, nutL, cII, cIII, tR2, PRM, PRE等，各基因详细的功能将在下文叙述。

1.两种途径共同的早期基因表达途径λ噬菌体早早期基因只有两个N基因和cro基因，他们都是有宿主的RNA聚合酶编码的。

N基因编码一种抗终止因子，它能够作用与nut位点，使得转录进入迟早期基因；cro基因的转录产物具有双重功能，既能阻止阻抑物的合成，也能关闭早早期基因的表达。

迟早期基因具有两条用于复制的基因，7条用于重组的基因和3条用于编码的基因，其中调控基因中cII和cIII是合成阻抑物所必需的，调控因子Q是使宿主RNA聚合酶转录晚期基因的抗终止因子。

当λ噬菌体进入感染细胞后启动早早期基因的转录。

宿主的RNA聚合酶结合左向和右向的启动子PL 和PR结合并启动向左和向右的转录。

向左转录终止于第一个终止子tL1，表达一种蛋白质pN；向右的转录终止于右侧的第一个终止子tR1，表达产物为Cro蛋白。

两种表达产物都是一种转录调节蛋白。

pN能够阻止终止子tL1和tR1的作用，使得转录越过这两个终止子而进入迟早期基因。

迟早期基因表达导致蛋白质cII、cIII和Q的产生（基因Q是右向迟早期基因的最后一个，当基因Q产物不存在时，转录一段很短的序列就终止于一个终止子tR3；当pQ 存在时，pQ能够抑制tR3的终止作用，使得RNA聚合酶越过tR3而进一步表达晚期基因）。

在此，噬菌体可以走不同的分支途径：裂解发育或溶源发育。

2.溶源发育中基因的相互作用阻抑物由cI基因编码。

cI通过与cI基因两侧的操纵子OL 和OR的结合而阻止RNA聚合酶起始转录。

λ噬菌体具有复杂的调控区当阻抑物cI与PL/QL和PR/QR结合，则抑制了早期基因的转录；否则早期基因得到转录和表达cI与OL 结合，阻止了RNA聚合酶从PL处起始转录，从而停止N基因的表达。

由于所有的左向基因都使用启动子PL，所以cI阻止了所有左向基因的表达；cI与O R 的结合除了能够阻止右向的基因表达之外，还能够激活RNA聚合酶自PRM向左启动转录，从而表达cI基因，这样阻抑物和cI基因建立起一个自主调控的正回路（又被成为阻抑物维持回路），这就解释了溶源态稳定存在的原因：只要阻抑物cI含量充分，cI基因就能够继续表达，结果就造成OL 和OR长期被阻抑，使原噬菌体维持溶源状态。

阻抑物的存在也解释了免疫现象的产生：如果有第二个噬菌体的DNA侵入溶源细胞，已存在的阻抑物立即与新基因组中的OL 和OR结合，阻止了第二个噬菌体进入裂解周期。

此外，高浓度的cI能够负调节自身，其机理是高浓度的阻抑物能够与OR 3结合，阻止了PRM开始的转录。

O R 和OL的分区OR分为三个区：OR1, OR2, OR3; OL也分为三个区：OL1, OL2, OL3。

P RM 与OR3有重叠，所以cI与OR3的结合能够阻止从PRM处转录。

cII和cIII的存在对于溶源状态也是必需的。

当λ噬菌体刚刚侵入时，由于没有阻抑物帮助细菌的RNA聚合酶结合到PRM，噬菌体（更精确说是细菌）不能合成cI。

因此λ噬菌体干扰细菌时的第一件事是转录基因N和cro，此后pN使转录继续延伸，在左方，它使得cIII和其他基因转录；在右方，它使得cII转录。

cII和cIII的存在使得cI的合成—“无中生有”—成为可能。

Cro和cII基因间存在另一个启动子PRE ，PRE只有在cII存在的情况下才能被RNA聚合酶识别并向左转录，转录出的mRNA能够十分有效的翻译出cI，一定浓度的cI就可以启动自身和cI基因的自主调控的正回路，产生更多的cI。

上述为cII启动溶源途径的一种机制，另一种机制为：cII引起了位于Q基因内的启动子PantiQ的转录，形成Q基因的mRNA的反义链，通过与mRNA杂交而阻止Q蛋白的翻译。

前文已经讲过，Q蛋白的合成对于裂解也是必须的。

说明：有关cI调控PR 、PL和PRM更深入的研究cI调控PR 、PL和PRM的过程涉及到多种水平的协同效应，这些协同效应使得调节因子的调控更为高效。

溶源化的建立早期基因得到转录，N和Cro蛋白产生；N蛋白发挥抗终止作用，产生cII和cIII; cII和cIII导致cI被表达；cI协助建立溶源态（详细内容见正文）总结λ噬菌体侵染细菌后，由于P L/O L和P R/O R上没有阻抑物cI的结合，所以细菌RNA聚合酶自PL 和PR出开始转录并形成N蛋白和cro蛋白，转录终止于左右两侧的第一个启动子tL1和tR1；N蛋白发挥抗终止作用，使得转录越过左右两个终止子而转录cII和cIII；cII对于cI的产生是必需的，cII导致细菌的RNA聚合酶识别PRE启动子而向左转录，从而表达cI；“无中生有”的cI之后启动正调节回路，从PRM 开始转录产生更多的cI，cI也结合到OL和OR，阻止N蛋白和cro的继续表达，从而维持溶源发育。

3.裂解途径的建立Cro基因对于λ噬菌体进入裂解周期具有关键做作用，其编码产物Cro蛋白能够阻止阻抑物的合成，从而消除了建立溶源状态的可能性。

Cro蛋白形成小的二聚体，作用于免疫区，它能够通过维持回路阻止阻抑物的合成，也就是阻止经由P RM 的转录，也能够抑制早期基因从PR和PL的表达，即当噬菌体进入裂解途径时，Cro蛋白负责阻止阻抑物的合成和抑制早期基因的表达。

Cro蛋白具有和阻抑物类似的螺旋—转角—螺旋（helix-turn-helix），因此，而这能够识别并结合相同的区域。

以Cro蛋白与右向OR /PR的相互作用为例：Cro蛋白对OR3的亲和力要比对OR2和O R 1的亲和力更强，所以它首先与OR3结合，这个结合抑制了RNA聚合酶与PRM的结合，所以Cro蛋白的第一个作用就是阻止溶源维持回路的运行。

此后Cro蛋白与OR 2或OR1结合，阻止RNA聚合酶利用PR，并进而停止产生早期功能产物，包括Cro蛋白本身。

由于cII蛋白不稳定，PRE的作用也被停止，因此，Cro蛋白的这两种作用完全阻断了阻抑物的合成。

由pQ激活晚期基因表达，这样噬菌体进入裂解途径4.溶源和裂解的平衡建立溶源态的起始时间是Cro蛋白在OL 1和OR1处的结合。

第二个位点的结合伴随这阻抑物二聚体在OL 2和OR2处的协同结合，结果关闭了Cro蛋白的合成，并开始经由PRM进行阻抑物的合成。

进入裂解周期的起始事件是Cro蛋白在OR 3出的结合，这就停止了PRM处开始的溶源维持回路。

Cro蛋白必须和OR 1或OR2，以及OL1或OL2结合，以下调基因表达。

通过停止合成cII和cIII蛋白，导致从PRE停止合成阻抑物；当不稳定的cII蛋白和cIII蛋白降解时，阻抑物回路就被关闭。

因此，实现溶源和裂解间转变的关键是cII蛋白：如果cII蛋白是有活性的，经由PRE启动阻抑物合成是有效的，结果阻抑物占据操纵基因（cII也通过组织Q蛋白翻译而阻止后期基因表达）；如果cII蛋白没有活性，则不能合成阻抑物，Cro蛋白结合操纵基因。

据认为，在宿主生理状态比较好，即营养条件比较适合，菌体代谢旺盛的情况下，cII蛋白没有活性，噬菌体倾向于进行裂解发育；而宿主生理状态不是很理想的状态下，cII蛋白有活性，能够启动溶源态的建立。

综合以上信息，噬菌体的基因调控途径为：噬菌体侵入后，立即从PL 1和PR1开始转录，形成N蛋白和Cro蛋白；N蛋白是抗终止因子，导致cII和cIII的表达；cII开启从PRE开始的cI合成，从而建立阻抑物维持回路，噬菌体进入溶源状态；如果Cro蛋白与OR3结合，那么就能够切断阻抑物维持回路，并阻止早期基因表达，最终因为cII消失而进入裂解状态。