DNA甲基化
dna甲基化的概念
dna甲基化的概念
DNA甲基化是一种生物化学过程，其中甲基基团（CH3）加在DNA分子中的脱氧核苷酸上。
这个过程是通过DNA甲基转移酶酶催化的。
DNA甲基化在基因组稳定性和基因表达调控中起着重要作用。
它能够影响基因的表达模式，并且对细胞命运决定也有影响。
DNA甲基化通常发生在CpG双核苷酸的序列上，即DNA链上紧邻着一个胞嘧啶（C）核苷酸和一个鸟嘌呤（G）核苷酸组成的序列。
这些区域通常被称为CpG岛。
DNA甲基化可以导致基因的沉默和基因组稳定性，通过两种途径影响基因表达：一是通过直接阻碍转录因子与DNA结合，从而抑制基因的转录活性；二是通过招募甲基化相关蛋白质如甲基结合蛋白(MBD)来改变染色质的结构和组装方式，导致基因区域不稳定并更容易被染色质调控。
此外，DNA甲基化在胚胎发育、细胞分化，以及致病性疾病的发生等过程中也发挥着重要的调节功能。
DNA甲基化可以被环境因素和生物学过程所影响，并且在许多疾病中也具有重要作用，包括癌症、神经系统疾病和心血管疾病等。
因此，研究DNA甲基化在基因表达和疾病发生中的作用对于理解基因组调控和疾病机制非常重要。
DNA甲基化
DNA甲基化DNA甲基化（DNA methylation）是最早发现的修饰途径之一，大量研究表明，DNA 甲基化能引起染色质结构、DNA构象、DNA稳定性及DNA与蛋白质相互作用方式的改变，从而控制基因表达。
含义：在甲基转移酶的催化下,DNA的CG两个核苷酸的胞嘧啶被选择性地添加甲基,形成5－甲基胞嘧啶，这常见于基因的5'—CG-3'序列.大多数脊椎动物基因组DNA都有少量的甲基化胞嘧啶，主要集中在基因5’端的非编码区，并成簇存在。
甲基化位点可随DNA 的复制而遗传，因为DNA复制后,甲基化酶可将新合成的未甲基化的位点进行甲基化。
DNA的甲基化可引起基因的失活,DNA甲基化导致某些区域DNA构象变化，从而影响了蛋白质与DNA的相互作用,甲基化达到一定程度时会发生从常规的B—DNA向Z-DNA的过渡，由于Z-DNA结构收缩，螺旋加深，使许多蛋白质因子赖以结合的原件缩入大沟而不利于转录的起始，导致基因失活。
另外,序列特异性甲基化结合蛋白（MBD/MeCP）可与启动子区的甲基化CpG岛结合,阻止转录因子与启动子作用,从而阻抑基因转录过程。
DNA甲基化主要形成5－甲基胞嘧啶（5—mC)和少量的N6-甲基腺嘌呤（N6-mA）及7－甲基鸟嘌呤（7-mG）结构基因：含有很多CpG 结构,2CpG 和2GPC 中两个胞嘧啶的5 位碳原子通常被甲基化,且两个甲基集团在DNA 双链大沟中呈特定三维结构。
基因组中60％~ 90% 的CpG 都被甲基化，未甲基化的CpG 成簇地组成CpG 岛，位于结构基因启动子的核心序列和转录起始点。
有实验证明超甲基化阻遏转录的进行。
DNA 甲基化可引起基因组中相应区域染色质结构变化，使DNA 失去核酶ö；限制性内切酶的切割位点，以及DNA 酶的敏感位点，使染色质高度螺旋化,凝缩成团，失去转录活性。
5 位C 甲基化的胞嘧啶脱氨基生成胸腺嘧啶（C—T转换），由此可能导致基因置换突变，发生碱基错配，如果在细胞分裂过程中不被纠正，就会诱发遗传病或癌症。
dna甲基化检测方法
dna甲基化检测方法
DNA甲基化检测是研究基因组表观遗传调控的重要方法之一，常用于癌症、神经系统疾病、发育障碍等研究。
常见的DNA甲基化检测方法包括：
1. 甲基化特异性限制酶消化（Methylation-Specific Restriction Enzyme Digestion）：通过使用甲基化特异性限制酶，可以选择性地切割未甲基化或甲基化的DNA片段，从而区分甲基化和未甲基化的DNA区域。
2. 亲和富集（Methyl-CpG binding domn-based Pull-down Assay）：通过亲和层析方法，利用DNA结合域能够结合甲基化的CpG位点的蛋白质，将甲基化的DNA片段富集出来，再通过测序或PCR等方法进行分析。
3. 甲基化特异性PCR（Methylation-Specific PCR，MSP）：通过使用甲基化特异性引物，在Bisulfite处理后的DNA上进行PCR，从而区分甲基化和未甲基化的DNA 片段。
4. 甲基化敏感限制酶消化和PCR（Methylation-Sensitive Restriction Enzyme Digestion and PCR）：通过使用甲基化敏感限制酶和甲基化特异性引物，在Bisulfite处理后的DNA上进行PCR，可以区分不同的甲基化状态。
5. 甲基化芯片技术（Methylation Array）：采用芯片技术，可以同时检测大量的DNA甲基化位点，进行全基因组水平的甲基化分析。
以上方法各有优缺点，研究人员可以根据具体实验目的和
需求选择合适的方法进行DNA甲基化检测。
DNA甲基化检测方法
DNA甲基化检测方法DNA甲基化检测方法主要包括基于测序的方法和基于非测序的方法。
基于测序的方法包括甲基化指纹测序 (Methylome Sequencing) 和全基因组甲基化分析 (Whole Genome Bisulfite Sequencing, WGBS)。
基于非测序的方法包括限制性片段长度多态性 (Restriction Fragment Length Polymorphism, RFLP) 和甲基化特异性PCR (Methylation-Specific PCR, MSP)。
下面分别介绍这些方法的原理和应用。
全基因组甲基化分析是一种基于测序的DNA甲基化检测方法。
它通过对全基因组进行测序，得到每个碱基的甲基化状态。
首先，将DNA进行亚硫酸盐处理，将未甲基化的胞嘧啶转化为脱氧尿嘧啶，再进行测序。
然后，通过比对测序结果和参考基因组，可以得到每个位置的甲基化状态。
限制性片段长度多态性是一种基于非测序的DNA甲基化检测方法。
它通过酶切DNA后，观察酶切位点是否发生改变来判断甲基化的差异。
该方法利用了限制酶对于未甲基化的CpG位点酶切敏感，而对于甲基化的CpG位点酶切不敏感的特性。
首先，将DNA进行酶切，然后使用凝胶电泳等方法，观察DNA片段的长度差异。
甲基化特异性PCR是一种基于非测序的DNA甲基化检测方法。
它通过PCR扩增甲基化和未甲基化的DNA片段来检测甲基化的差异。
首先，将DNA进行亚硫酸盐处理，将未甲基化的胞嘧啶转化为脱氧尿嘧啶。
然后，设计特异性引物，选择甲基化和未甲基化的DNA片段进行PCR扩增。
最后，通过凝胶电泳等方法观察PCR产物，确定甲基化的差异。
DNA甲基化检测方法在许多领域广泛应用。
在癌症研究中，可以通过甲基化指纹测序和全基因组甲基化分析来鉴定癌细胞和正常细胞之间的甲基化差异，进一步了解癌症发生发展的机制。
在遗传学研究中，可以通过DNA甲基化检测来鉴定父母遗传给子代的甲基化模式，进一步研究甲基化在遗传变异中的作用。
DNA甲基化与表观遗传学
DNA甲基化与表观遗传学DNA甲基化和表观遗传学是近年来备受研究者关注的热门领域，它们在生物体发育、细胞功能调控以及疾病发生等方面起到重要作用。
本文将从DNA甲基化的机制、表观遗传学的定义和功能以及两者之间的相互关系等几个方面进行论述。
一、DNA甲基化的机制DNA甲基化是指在DNA分子中，通过将一个或多个甲基（CH3）基团添加到胞嘧啶（C）碱基上，形成甲基化胞嘧啶。
DNA甲基化主要发生在CpG二核苷酸上，即脱氧鸟嘌呤和脱氧胞嘧啶之间的磷酸二酯键连接的C和G上。
DNA甲基化的过程主要依赖于DNA甲基转移酶，它能够将甲基基团从S-腺苷甲硫氨酸（SAM）转移到DNA分子中的胞嘧啶上。
DNA甲基化通常发生在基因的启动子区域，通过甲基化可以影响基因的转录和表达。
甲基化的胞嘧啶在原则上是通过DNA复制和维持过程传递给子代细胞的。
二、表观遗传学的定义和功能表观遗传学是研究细胞在不改变DNA序列的情况下，通过DNA甲基化、组蛋白修饰和非编码RNA等方式对基因表达进行调控的一门学科。
与经典的遗传学研究不同，表观遗传学关注的是基因表达的多样性和可塑性。
表观遗传学在生物体发育、细胞分化以及环境适应等过程中起到重要作用。
通过改变DNA甲基化水平和特定蛋白质修饰模式，细胞可以调控基因的转录和表达，从而实现细胞命运的选择和功能的发挥。
表观遗传学的异常调控常常与多种疾病的发生和发展密切相关。
三、DNA甲基化与表观遗传学的相互关系DNA甲基化是表观遗传学研究的一个重要内容，两者密切相关。
首先，DNA甲基化是表观遗传学的一种主要机制之一。
通过改变DNA 甲基化水平和模式，细胞可以实现基因的正常表达和细胞功能的调控。
其次，表观遗传学的研究也揭示了DNA甲基化的调控机制。
例如，组蛋白修饰可以影响DNA甲基化酶的结合能力，从而影响DNA甲基化的发生和维持。
此外，非编码RNA通过与DNA甲基化酶相互作用，也能够影响DNA甲基化的过程。
最后，异常的DNA甲基化与表观遗传学的紊乱常常与疾病的发生和发展密切相关。
DNA甲基化与CpG岛
• 引言 • DNA甲基化的功能 • CpG岛的特性与分布 • DNA甲基化与CpG岛的关系 • DNA甲基化与CpG岛的研究方法 • DNA甲基化与CpG岛的前景与展望
01
引言
DNA甲基化的定义
DNA甲基化是指在DNA序列中，CpG位点的胞嘧啶被甲基所 修饰的过程。这种修饰是一种重要的表观遗传学标记，对基 因表达和细胞分化等生物学过程具有重要影响。
甲基化与失活
在X染色体失活过程中，DNA甲基化在X染色体上广泛发生，导致相关基因沉默 和X染色体整体失活。这种甲基化模式有助于维持X染色体失活的稳定性和遗传性 。
03
CpG岛的特性与分布
CpG岛的识别标准
01
CpG密度高
CpG岛内CpG位点的密度显著高于 周围序列。
启动子关联
CpG岛通常与基因的启动子区域相 关联。
该方法使用特异性抗体富集甲基化的DNA片段， 然后进行高通量测序，以识别甲基化位点。
该方法使用甲基化结合蛋白（MBD蛋白）富集甲 基化的DNA片段，然后进行高通量测序，以识别 甲基化的CpG岛。
06
DNA甲基化与CpG岛的前景与展望
在疾病诊断和治疗中的应用
肿瘤甲基化检测
通过检测肿瘤组织中DNA的甲基化状态 ，有助于肿瘤的早期诊断和预后评估。
在基因组印记和X染色体失活过程中， DNA甲基化起到关键作用，通过甲基 化特定基因或基因组区域，使这些基 因或区域沉默，不参与基因表达。
基因组印记
印记基因
基因组印记是指某些基因在不同细胞类型中的表达存在差异，这些差异由DNA 甲基化水平决定。印记基因通常在发育过程中由父本或母本来源的等位基因选 择性表达。
亚硫酸氢盐测序
dna甲基化的生物学意义
dna甲基化的生物学意义DNA甲基化是生物体中一种常见的基因表达调控方式，是指DNA分子上甲基基团的加入。
DNA甲基化的过程发生在基因组DNA链的胞嘧啶（C）上，当胞嘧啶被甲基化时，就会转化为5-甲基胞嘧啶（5mC）。
DNA甲基化起到了基因表达的调节和维护染色体稳定性的作用。
DNA甲基化参与了多个不同的生物学过程，以下是其重要的生物学意义：1. 基因表达的调控DNA甲基化是基因表达调控的一个关键因素。
绝大多数的DNA甲基化发生在基因的启动子区域，这些区域包含着调控基因转录的序列。
一旦DNA被甲基化，那么其对应的基因就会被抑制，从而无法正常启动转录。
因此，DNA甲基化是一种可以影响基因表达的遗传学调节机制。
相反，如果基因启动子处的甲基化水平降低，那么就会导致基因转录和表达增加。
2. 维护染色体稳定性DNA甲基化还参与了染色体稳定性的维护。
由于生物体中的基因组非常庞大，而且细胞的生命周期非常长，为了维持基因组的完整性和稳定性，细胞必须对基因组进行一定的保护和防御。
DNA甲基化帮助保护染色体中的基因组免受损伤，因为它可以在DNA分子上形成一层保护层，避免其他化合物的进入。
此外，DNA甲基化还可以防止基因重组或异染色质的形成，避免错误的基因表达产生，并确保生物体遗传信息的传递的准确性。
3. 在生命过程中的发育和老化中发挥重要作用DNA甲基化在生命周期的不同阶段发挥了重要作用。
在胚胎形成和发育的早期阶段，DNA甲基化被广泛应用于基因表达的调控，以帮助生物体进行胚胎发育和器官形成。
在成年阶段，DNA甲基化的水平会随着年龄的增长而发生变化。
例如，老年人体内的DNA甲基化水平比年轻人低，这可能导致基因表达的改变和年龄相关的疾病的发生。
总结DNA甲基化在生物体的发育、生长和衰老过程中都扮演着不可或缺的角色。
它能够影响基因的表达，并对染色体的稳定性进行保护，从而确保生物遗传信息的传递的准确性。
此外，DNA甲基化还参与了许多生物学过程，包括细胞分化、细胞增殖和免疫反应等。
dna甲基化名词解释
DNA甲基化名词解释什么是DNA甲基化？DNA甲基化是指在DNA分子中加入甲基基团（CH3）的过程。
甲基基团可以与DNA 中的胞嘧啶碱基（Cytosine，C）相连，形成5-甲基胞嘧啶（5-Methylcytosine，5mC）。
为什么DNA甲基化重要？DNA甲基化在生物体中起着重要的调控作用。
它可以影响DNA的稳定性、基因的表达和细胞的功能。
DNA甲基化在个体发育过程中起着关键的作用，也与许多疾病的发生和发展密切相关。
DNA稳定性维护DNA甲基化可以稳定DNA分子的结构，防止DNA双链解旋和酶切。
在DNA复制和修复过程中，甲基化可以保护DNA不受到不必要的修复或降解。
基因表达调控DNA甲基化可以直接或间接地影响基因的转录和翻译过程，从而调节基因的表达。
在一些基因的启动子区域，高度甲基化可以阻止转录因子结合，从而抑制基因的转录。
相反，低度甲基化可以促进基因的转录。
细胞功能调节DNA甲基化在细胞的分化和功能调控中起着关键的作用。
在多细胞生物中，不同细胞类型的DNA甲基化模式是不同的，这有助于维持细胞的特异性和功能。
DNA甲基化还可以调节细胞的增殖、凋亡和分化等过程。
DNA甲基化的调控机制DNA甲基化的形成和去甲基化是通过一系列酶的催化下进行的。
在哺乳动物细胞中，DNA甲基转移酶（DNA methyltransferase）可以将甲基基团添加到DNA上，而DNA 去甲基化酶（DNA demethylase）可以将甲基基团从DNA上去除。
DNA甲基化与疾病的关联DNA甲基化异常与多种疾病的发生和发展密切相关。
以下是一些与DNA甲基化异常相关的疾病：1.癌症：DNA甲基化异常在多种癌症中广泛存在。
甲基化模式的改变可以导致关键基因的失活或过度表达，从而促进癌细胞的生长和侵袭。
2.免疫系统疾病：某些自身免疫性疾病，如系统性红斑狼疮和类风湿性关节炎，与DNA甲基化异常有关。
这些异常可以导致免疫系统的功能紊乱。
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第二章
DNA甲基化
Epigenetic differences： monozygotic twins
简单地把DNA甲基化理解为“一把锁”，凡是被 DNA甲基化标记的部分，大都是需要被“尘封”“监 禁”的基因，比如基因组的“捣蛋鬼”—转座子，就 是被甲基化这把“锁”管制着，失去管制或管制不严， 这些“捣蛋鬼”会在基因组里跳来跳去，把基因组搞 得一团糟，会引起很多问题，如肿瘤、精神疾病等。
CpG岛的甲基化(1)
1. CpG岛：富含CpG区域，长度500~1000bp，GC含量超 过55% 2. 非随机出现：~60%的编码基因的5’UTR区域（转录起 始区域）含有CpG岛。 3. CpG的含量： (1) CG出现的期望值（百分比）：1/16 = 6.25% (2) 观察值：很少（~1%） (3) 原因：CG具有很高的突变率 4. C-T转换率是其他碱基对转换率的10-40倍以上 5. 例如：人类肿瘤细胞中的p53基因，50%的点突变都发 生在CpG上。
C––> 5mC ––> T?
Deamination 去氨基化反应
基因组甲基化的特点：
可逆性——许多甲基化位点可以根据细胞活性的要 求重新甲基化或去甲基化； 组织特异性——不同的组织细胞具有不同的甲基化 模式，为基因表达设定程序。
异常的甲基化可分为高甲基化和低甲基化 ，前 者指正常组织中不发生甲基化的位点被甲基化 ，后 者是指在正常组织中发生甲基化的位点去甲基化。
DNA甲基转移酶：系统发育分析
哺乳动物的DNA甲基转移酶
DNMT1: maintenance methyltransferases DNMT3A & DNMT3B: de novo methyltransferases–胚胎移植过程中高表达
DNA甲基化与去甲基化
DNA甲基化的维持：两种模型
PCNA:在染 色体上滑动
Active DNA demethylation
1. 5-甲基胞嘧啶去甲基化酶将5-甲基胞嘧啶水解 成胞嘧啶和水 2. 5-甲基胞嘧啶/DNA糖基化酶将5-甲基胞嘧啶 从磷酸二脂键骨架中切除，然后通过内切酶修复
5-甲基胞嘧啶去甲基化酶
5-甲基胞嘧啶/DNA糖基化酶
5-甲基胞嘧啶去甲基化酶
1. 1999年，A549细胞中提取，MBD2； 2. 需要很高的能量：使O-H键和C-C键断裂之后，再形成 C-O键和C-H键 3. 从热动力学上可行
内容纲要
一、DNA的甲基化 二、真核生物的DNA甲基转移酶 三、DNA去甲基化 四、DNA甲基转移酶抑制剂
一、DNA甲基化(1)
1. DNA甲基化：在DNA甲基转移酶(DNA methyltransferase,DNMTs) 的作用下，将一个甲基添加的胞 嘧啶的5’-碳分子上，形成5-甲基化胞嘧啶(5-methylcytosine) 2.胞嘧啶甲基化后产生5-甲基化胞嘧啶能够自发的脱氨基形成 胸腺嘧啶(Thymine)：5mC -> T 3. 哺乳动物中，~1%的DNA碱基能够发生甲基化修饰 4. DNA甲基化的分布： (1)转座子 (2) 逆转录病毒衍生的重复序列 (3) 大多数功能基因的编码区
一、DNA甲基化(2)
1. DNA甲基化的模式： (1) 线虫：无甲基化的胞嘧啶 (2) 果蝇：极少量的甲基化胞嘧啶，识别模式CpT (主要) vs. CpG (极少) (3) 哺乳动物：CpG (~70%)或者CpNpG 2. CpG– Cytosine phosphate Guanine 3. 镶嵌的甲基化(mosaic methylation): 基因组中，高 度甲基化的部分DNA序列被大的非甲基化DNA序 列所分隔开 4. 难以被DNA修复系统所识别： CG→TG是可遗传 的
酵母与果蝇基因组中未能检测到任何甲 基化CpG，这两种生物并不依赖DNA甲基化 的方式来控制基因活性，它们采用其它的机 制来达到同一目的。
脊椎动物与高等植物普遍利用DNA甲基 化作为重要的调控机制。
DNA甲基化的分子机理
指在 DNA 甲基转移酶 (DNMTs)的作用下， 以 S -腺苷甲硫氨酸 ( SAM )为甲基供体，将 甲基添加在 DNA分子中的碱基上。 常见的 DNA 甲基化发生在 DNA 链上的胞 嘧啶第 5位碳原子和甲基间的共价结合，胞 嘧啶由此被修饰为5甲基胞嘧啶 ( 5mC) 。
高效毛细管电泳法
这是一种利用窄孔熔融石英毛细管来从 复合物中分离不同化学组分的技术。其基 础是在强电场下不同分子的由于其所带电 荷，大小，结构以及疏水性等不同而相互 分开。用HPCE方法处理DNA水解产物来 确定5mC水平，简便，经济且敏感性高。
重亚硫酸盐测序法
该方法首先用重亚硫酸盐使DNA中未发生甲基 化的胞嘧啶脱氨基转变成尿嘧啶,而甲基化的胞嘧 啶保持不变，PCR扩增所需片段,则尿嘧啶全部转 化成胸腺嘧啶，最后,对PCR产物进行测序并且与 未经处理的序列比较,判断是否CpG位点发生甲基 化。此方法是精确度很高，能明确目的片段中每 一个CpG位点的甲基化状态，但需要大量的克隆测 序,过程较为繁琐、昂贵。
DNA甲基化的通路：拟南芥
1. 拟南芥中大多数全新甲基化由siRNA介导 2. DRM2: de novo; MET1:Maintenance
DNA甲基化：哺乳动物VS植物
DNA甲基化的通路：粗糙脉孢菌
1. RIP: repeat-induced point mutation
Dnmt 1
1. Dnmt1chip/-: Dnmt1的 表达量为正常小鼠的 10%； 2. 低甲基化 3. Dnmt1chip/-小鼠出生 体重为正常的70% 4. 80%的小鼠4-8个月内 产生淋巴瘤 5. 癌基因c-myc表达量异 常增高
UHRF1： 特异性的与 半甲基化位 点结合
表观遗传修饰的重编程
配子形成 胚 胎植入前的发育
DNA甲基化：Cell Memory
DNA甲基转移酶的功能
DNA甲基化的通路：哺乳动物
启动子的甲基化
(a) 未知蛋白质因子X 失去，DNMT结合， 促使启动子甲基化 (b) 聚合酶失去， DNMT结合->甲基化 (c) 某些转录因子招募 DNMT到启动子区 域，促使甲基化 (d) 组蛋白甲基转移酶 (HMT)招募 DNMT…
Dnmt3a & Dnmt3b
对哺乳动物的发育至关重要
三、DNA去甲基化
1. DNA去甲基化(DNA demethylation): 5甲 基胞嘧啶(5mC) 替代成胞嘧啶的过程 2. 两种方式 (1) 主动去甲基化(Active DNA demethylation) A. Bona fide demethylation B. Indirect demethylation (2) 复制相关的去甲基化(Replicationcoupled DNA demethylation)
DNA甲基化的检测
A．基因组甲基化水平(Methylation Content)的分析
1. 2. 1. 2. 3. 4. 5. 6. 高效液相色谱 高效毛细管电泳法 甲基化敏感性限制性内切酶-PCR/Southern法 重亚硫酸盐测序法 甲基化特异性的PCR 甲基化荧光法(MethyLight) 焦磷酸测序 结合重亚硫酸盐的限制性内切酶法
1. CpG在重复片段以及基因的3’UTR区域能够发生 甲基化 2. CpG岛通常不被甲基化 3. 哺乳动物中：26,000-45,000 CpG岛。常分布在持 家基因和一些组织表达特异性基因的启动子区域 4. CpG岛：可以被HpaII酶(C|CGG)切成小片段，因 此也叫HTF岛
CpG岛的甲基化(2)
DNA甲基化抑制基因转录的机制
Long-term silencing
直接干扰机制(1)
直接干扰机制(2)
间接机制
The methyl-CpGbinding proteins MeCP1 and MeCP2能 够与甲基化的DNA 结合 MeCP2能够招募 Sin3a,HDACs，形成 复合物，阻遏转录
DNA 甲基化位点鉴定的方法
DNA甲基化的功能
1.DNA甲基化可以引起基因组中相应区域的染色 质结构变化，使DNA失去பைடு நூலகம்NA酶的敏感位点和 限制性内切酶的切割位点。 2.DNA甲基化可使染色质高度螺旋化，凝结成团， 失去转录活性。 宿主防御模型(The Host Defence Model)
基因调控模型(The Gene Regulation Model)
B．候选基因(Candidate Gene)甲基化分析
C. 基因组范围的DNA甲基化模式与甲基化谱分析
1.
2. 3. 4. 5. 6.
限制性标记基因组扫描
甲基化间区位点扩增 甲基化CpG岛扩增 差异甲基化杂交 由连接子介导PCR出的HpaII小片断富集分析 甲基化DNA免疫沉淀法
高效液相色谱
HPLC是一种比较传统的方法，是根据DNA或蛋白分子 量和构象的不同而使其加以分离。由于在动态相和静态相 下分子的光吸收度并不相同而加以定量。随着系统的压强 的增加，其分辨率增高。故而能够定量测定基因组整体水 平DNA甲基化水平。该方法由Kuo等1980 年首次报道。过 程是将DNA样品先经盐酸或氢氟酸水解成碱基，水解产物 通过色谱柱，结果与标准品比较，用紫外光测定吸收峰值 及其量，计算5 mC/(5mC+5C)的积分面积就得到基因组整 体的甲基化水平。这是一种检测DNA甲基化水平的标准方 法。
Dnmt3b
1. 小鼠胚胎纤维原细胞 中的Dnmt3b失活导 致DNA的低甲基化 (Hypomethylation)， 染色体不稳定，使癌 症细胞永生化 2. 形成有丝分裂染色体 桥 3. 转入Dnmt3b能够恢 复表型
Dnmt3a & Dnmt3b
表达特异性： Dnmt3a: ubiquitous普遍存在 Dnmt3b: 前额，眼睛