3.2.5.质谱谱图数据库
各类化合物的质谱
5. 酰胺类化合物 1分子离子峰较强& 2 α 裂解； γ-氢重排
6. 氨基酸与氨基酸酯
小结：
羰基化合物中 各类化合物的 麦氏重排峰
醛、酮：58+14 n 酯： 74+14 n 酸： 60+14 n 酰胺： 59+14 n
§7 质谱图中常见碎片离子及其可能来源
质谱图的解析
§1 质谱图解析的方法和步骤
6.尽可能推测结构单元和分子结构 7.对质谱的校对、指认
§2 质谱解析实例
1. 请写出下列化合物质谱中基峰离子的形成过程&
① 1;4-二氧环己烷
基峰离子 m/z 28 可能的形成过程为：
② 2-巯基丙酸甲酯 基峰离子 m/z 61 可能的形成过程为：
③ E-1-氯-1-己烯 基峰离子 m/z 56 可能的形成过程为：
34H2S+的峰&
2.硫醚 1硫醚的分子离子峰较相应的硫醇强& 2 α 断裂、碳－硫 σ 键裂解生成 CnH2n+1S+ 系列含硫的
碎片离子&
§4 胺类化合物
1.脂肪胺 1分子离子峰很弱；往往不出现& 2主要裂解方式为 α 断裂和经过四元环过渡态的氢重排& 3出现 30、44、58、72…系列 30＋14 n 的含氮特征碎片离子峰&
m/z = 101
C2H4
CH3CH OH m /z =45
CH3
CH3
H C OH
(2)
C4H9 C OH
C2H5
α
C2H5
C HCΒιβλιοθήκη HC2H5m/z = 101
C4H9 rH
CH3CH OH
化学行业免费的谱图数据库18个
化学专业免费的谱图数据库18个1、【名称】ChemExper化学品目录CDD (包括MSDS、5000张红外谱图）【资源简介】The database contains currently more than 70 000 chemicals, 16000 MSDS, 5000 IR spectra and more than 20 suppliers. It is the only chemical database that lets you SUBMIT your own data! 【检索途径】You can find a chemical by its molecular formula, IUPAC name, common name, CAS number, catalog number, substructure or physical characteristics【地址】http://www.chemexper.be/【名称】 (NMR谱图数据库及NMR谱图预测)【资源简介】This is a web-based approach implementing a new java applet that enables to assign a chemical structure to the corresponding NMR spectrum by simply drawing lines between atoms and automatically characterized signals.This NMR predictor allows to predict the spectrum from the chemical structure based on Spinus (Structure-based Predictions In NUclear magnetic resonance Spectroscopy), which is an on-going project for the development of structure-based tools for fast prediction of NMR spectra developed by Gasteiger (http://www2.chemie.uni-erlangen.de/services/spinus/index.html). SPINUS - WEB currently accepts molecular structures via a Java molecular editor, and estimates 1H NMR chemical shifts.【地址】/2、【名称】BioMagResBank (BMRB): 多肽、蛋白质、核酸等的核磁共振数据存储库【资源简介】IntroductionBioMagResBank (BMRB) is the publicly-accessible depository for NMR results from peptides, proteins, and nucleic acids recognized by the International Society of Magnetic Resonance and by the IUPAC-IUBMB-IUPAB Inter-Union Task Group on the Standardization of Data Bases of Protein and Nucleic Acid Structures Determined by NMR Spectroscopy. In addition, BMRB provides reference information and maintains a collection of NMR pulse sequences and computer software for biomolecular NMR. Access to data in BMRB is free directly from its web site (URL ) and ftp site () and will remain so as public funding permits. The concept of a biomolecular NMR data bank developed under a five-year research grant awarded to the University of Wisconsin-Madison from the National Library of Medicine, National Institutes of Health. This grant was phased out after that period, and a Request for Applications was issued by the NIH for future support of this activity. BMRB at t he University of Wisconsin-Madison won this competition, has been supported since 1 September 1996 by the National Library of Medicine, NIH under grant 1 P41 LM05799. The current award for five years expires on 31 August 2004.AimsIn collaboration with the Protein Data Bank (PDB, Brookhaven National Laboratories) and Nucleic Acid Data Bank (NDB, Rutgers University), BMRB aims to develop into the collection site for structural NMR data in proteins and nucleic acids. Steps are being taken at BMRB to achieve this capability, which will include transmission of all relevant data to the PDB and NDB collections. In addition, BMRB has the goal of archiving NMR-specific data including assigned chemical shifts, J-couplings, relaxation rates, and chemical information derived from NMR investigations (for example, hydrogen exchange rates and pKa values). In developing these collections BMRB intends to be responsive to the needs and priorities of the scientific community. The operating policy at BMRB is monitored and shaped by its Advisory Board which meets once each year to review progress and set priorities. The Advisory Board is composed ofrepresentatives from laboratories that originate and/or use data within the BMRB p urview.【地址】/3、【名称】NIST Chemistry WebBook【资源简介】The November 1998 release of The NIST WebBook is the fifth edition of the NIST Chemistry WebBook. It contains thermochemical data for over 5000 organic and small inorganic compounds, reaction thermochemistry data for over 8000 reactions, IR spectra for over 5000 compounds, mass spectra for over 10,000 compounds, electronic / vibrational spectra for over 3000 compounds, constants ofdiatomic molecules (spectroscopic data) for over 600 compounds, Ion energetics data for over 14,000 compounds, and thermophysical property data for 16 fluids There are many avenues for searching the database. Structures are given for most species, as well as common and commercial names.【检索途径】Formula NamePartial formulaCAS registry numberStructure basedIon energeticsVibrational and electronic spectraMolecular weightAuthor【地址】/chemistry4、【名称】粉末衍射模式数据库PowBase (Powder Patterns Database)【资源简介】PowBase is a "minimum database" of constant wavelength powder patterns. The data files (zipped) contain either a CIF file or a .dat file (the latter can be viewed by WinPLOTR, option INSTRM=0).The search output produces entry numbers with hyperlink to the raw data (zipped files), the formula, wavelength, a comment, and a reference with email address. Some pertinent hyperlinks may be added, and also a VRML 3D view, sometimes.【地址】http://sdpd.univ-lemans.fr/powbase/5、【名称】上海有机化学所:化学数据库【资源简介】上海有机化学研究所的化学专业数据库由多个数据库组成，注册后可免费使用。
化学类相关专业数据库资源
• 查询化合物性质的网站h ttp:/// • 有机化合物数据 库 /chemistry/cmp/cmp.html http://www.aist.go.jp/RIODB/SDBS/cgibin/cre_index.cgi • 经典有机化学反 应 /organicreacti ons.htm • 有机合 成 /orgsyn/default.asp?formg roup=basenpe_form_group&dataaction=db&dbnam e=orgsyn
化学类相关专业数据库资源
国内的网站：
• 化学文献网 /
• 查询国内化学期刊资料的网站：中国期刊 网 • 重庆维普中文科技期刊全文 库 • 万方数字化全文期 刊
中科院化学专业数据库介绍
• 中科院化学专业数据库，由上海有机所建 设，网站地址 http://202.127.145.134/scdb http://202.127.145.134/default.htm。 网站需要注册，注册后即可免费使用所有 数据库。 • 化学专业数据库目前已经建设完成19个方 面的数据内容与技术。
• 欧洲专利、PCT及世界各国专利数据库 （ /） • Derwent专利数据库（http：//）
• 收录了共16,000多家国内化学化工产品供应
厂商，以及共67,000多条化工产品信息。检
索途径为，供应厂商检索，产品检索以及
组合检索，可获取产品厂商，产品物化性 质，以及产品价格等信息。
毒性化合物数据库
• 收录了大约150,000个毒性化合物，检索途
径为化合物名称检索，化合物分子式检索，
CA登录号检索，主要包括了化合物物化性
者名检索，期刊名检索，发行机构名检索
质谱谱图解析
3. 根据分子离子峰的同位素丰度，未知物含有2-3个O及5-6个C，分子 量为126的合理化学式只有三个：C5H2O4，C6H6O3，C7H10O2，由以 上判断，最有可能的化学式为C6H6O3
4. 根据C6H6O3计算环加双键值为4
至此，可排出可能的ห้องสมุดไป่ตู้构为呋喃甲酸甲酯，但无法确定是哪个异构体。 这两个异构体都能产生谱图中的重要峰
若有高分辨质谱数据，即可直接获得m/z 67，m/z 95的元素组成，使 解析大为简化
最后，还要合成这两个异构体，再根据这两个异构体的质谱图和色谱 保留时间最终确定未知物结构
两种异构体产生谱图中重要峰的途径如下：
例 12
这是一张由植物中提取的一种成分的质谱图，应用化学电离技术获得分 子量为151，由同位素丰度得到该分子元素组成为C9H13NO
7. 未知物化学式比色酮和香豆素多了一个O，即多一个羟基
8. 天然的色酮及香豆素衍生物类化合物中，取代基多位于A环：
9. 由香豆素及色酮的质谱图可看到两者都发生消除反应，失去[CO]，产生 [M-28]碎片离子，但只有色酮发生失去乙炔的消除反应，产生[M-26]碎片 离子，而香豆素不发生这种反应
10. 未知物的谱图中只有[M-28]的碎片峰（m/z 118），而没有[M-26]的 碎片峰（m/z 120），因此排除了羟基色酮的可能
1. 未知物谱图中质量数最高的峰是m/z 254（偶数），与m/z 226相差28 u，为失去合理中性物，因此认定m/z 254为分子离子峰
2. 由m/z 254离子的元素组成C15H10O4计算其环加双键值为11 3. 分子离子峰为基峰环加双键值为11可产生[M-28]+显著碎片峰，具有
nist标准质谱数据库
nist标准质谱数据库NIST标准质谱数据库。
NIST标准质谱数据库（NIST MS库）是由美国国家标准与技术研究院（NIST）开发的一套用于质谱数据分析的标准参考库。
该数据库收集了大量化合物的质谱数据，为科学家、化学家、药学家和环境科学家等提供了重要的参考信息。
NIST MS 库的建立旨在帮助用户识别和鉴定未知化合物，推动科学研究和工业应用的发展。
NIST MS库包含了各种类型的质谱数据，涵盖了不同化合物的碎片图谱、质谱谱图和质谱库等信息。
用户可以通过查询该数据库来获取化合物的质谱信息，从而进行化合物的鉴定和结构分析。
此外，NIST MS库还提供了丰富的质谱数据比对工具，帮助用户快速准确地分析和解释实验数据。
NIST MS库的应用领域非常广泛，主要包括但不限于以下几个方面：1. 化合物鉴定与结构分析，科学家可以通过NIST MS库快速准确地识别未知化合物的质谱信息，从而确定其分子结构和化学性质。
2. 药物研发与药物分析，药学家可以利用NIST MS库对药物进行质谱分析，帮助药物研发和药物质量控制。
3. 环境污染物分析，环境科学家可以利用NIST MS库对环境样品中的有机污染物进行质谱鉴定和定量分析，从而评估环境污染程度和影响。
4. 食品安全与质量控制，食品科学家可以利用NIST MS库对食品中的添加剂、农药残留和食品成分进行质谱分析，保障食品安全和质量。
总的来说，NIST MS库是一套非常重要的质谱数据库，为科学研究和工业应用提供了强大的支持。
通过利用NIST MS库，用户可以快速准确地获取化合物的质谱信息，推动科学研究和技术创新的发展。
希望NIST MS库能够继续完善和更新，为广大用户提供更加全面和可靠的质谱数据服务。
质谱介绍及质谱图的解析（来源小木虫）
1 质谱介绍及质谱图的解析来源小木虫质谱法是将被测物质离子化按离子的质荷比分离测量各种离子谱峰的强度而实现分析目的的一种分析方法。
质量是物质的固有特征之一不同的物质有不同的质量谱——质谱利用这一性质可以进行定性分析包括分子质量和相关结构信息谱峰强度也与它代表的化合物含量有关可以用于定量分析。
质谱仪一般由四部分组成进样系统——按电离方式的需要将样品送入离子源的适当部位离子源——用来使样品分子电离生成离子并使生成的离子会聚成有一定能量和几何形状的离子束质量分析器——利用电磁场包括磁场、磁场和电场的组合、高频电场、和高频脉冲电场等的作用将来自离子源的离子束中不同质荷比的离子按空间位置时间先后或运动轨道稳定与否等形式进行分离检测器——用来接受、检测和记录被分离后的离子信号。
一般情况下进样系统将待测物在不破坏系统真空的情况下导入离子源10-610-8mmHg离子化后由质量分析器分离再检测计算机系统对仪器进行控制、采集和处理数据并可将质谱图与数据库中的谱图进行比较。
一、进样系统和接口技术将样品导入质谱仪可分为直接进样和通过接口两种方式实现。
1. 直接进样在室温和常压下气态或液态样品可通过一个可调喷口装置以中性流的形式导入离子源。
吸附在固体上或溶解在液体中的挥发性物质可通过顶空分析器进行富集利用吸附柱捕集再采用程序升温的方式使之解吸经毛细管导入质谱仪。
对于固体样品常用进样杆直接导入。
将样品置于进样杆顶部的小坩埚中通过在离子源附近的真空环境中加热的方式导入样品或者可通过在离子化室中将样品从一可迅速加热的金属丝上解吸或者使用激光辅助解吸的方式进行。
这种方法可与电子轰击电离、化学电离以及场电离结合适用于热稳定性差或者难挥发物的分析。
目前质谱进样系统发展较快的是多种液相色谱/质谱联用的接口技术用以将色谱流出物导入质谱经离子化后供质谱分析。
主要技术包括各种喷雾技术电喷雾热喷雾和离子喷雾传送装置粒子束和粒子诱导解吸快原子轰击等。
质谱解析基础 ppt课件
（2）诱导断裂
• 酮类也经常会发生下面的i-断裂
•卤素有很强的i断裂反应的趋势
如1－溴丁烷发生i-断裂 产生的碎片（C4H9+, 57） 是丰度最大的基峰
•醛、酮、羧酸、酯、酰胺、碳酸酯、磷酸酯、肟、 腙、烯、炔以及烷基苯等的含有γ-H的有机化合物 很容易发生麦氏重排
以长链羧酸甲酯为例，裂解过程如下：
（2）逆迪尔斯－阿尔德重排(retro Diels-Alder fragmentation,
三、EI有机化合物裂解的一般规律
（一）、影响有机化合物在质谱仪中裂解的主要因素 • 1．裂解产物（包括碎片离子、中性分子、自由基）的稳
定性以及产生这一稳定碎片离子所需要能量的高低。碎片 离子的稳定性越大，其相对强度越高。 • 2．电荷自由基定域理论（Charge Localization）
假定电离后，在分子离子上的电荷或自由基被认为是 定域在分子离子中的某一特定位置上，由它通过转移一个 电子或两个电子而使裂解反应发生。 • 3．键断裂的难易程度，键越弱越容易断裂。 • 4．产生五、六元环过渡态的难易程度。一般形成五元或 六元环的过渡态，随后消除一个中性分子的裂解反应较易 发生。 • 5．丢失最大烃基规则（Loss of Largest Alkyl Group）
三、EI有机化合物裂解的一般规律
• EI质谱除分子离子峰外，可观察到极丰富的碎片 离子
• 碎片离子峰的相对丰度，与分子中键的相对强度、 断裂产物的稳定性及原子或基团的空间排列有关， 其中裂解产物的稳定性是主要因素
• 由于碎片离子峰，特别是相对丰度大的碎片离子 峰，与化合物的分子结构有密切的关系，因此研 究分子离子的裂解规律和裂解机理有助于推测和 解析化合物的结构
探秘蛋白质测序技术原理与流程
探秘蛋白质测序技术原理与流程1. 蛋白质测序技术概述蛋白质测序技术是指确定蛋白质的氨基酸序列的方法。
它可以帮助我们了解蛋白质的结构、功能和相互作用，从而推动药物研发、疾病诊断和治疗等领域的发展。
目前常用的蛋白质测序技术主要包括质谱法和测序法两大类。
1.1 质谱法质谱法是一种基于质量-电荷比的测序技术，主要包括质谱仪器和质谱数据分析两个步骤。
质谱仪器可以将蛋白质分子转化为离子，并通过质谱分析得到离子的质量-电荷比。
质谱数据分析则利用计算方法将离子质谱图转化为蛋白质的氨基酸序列。
1.2 测序法测序法是一种直接测定蛋白质氨基酸序列的技术，主要包括Sanger测序和高通量测序两种方法。
Sanger测序是一种经典的测序技术，通过DNA合成反应逐个测定蛋白质的氨基酸序列。
高通量测序则利用并行测序技术，可以同时测定多个蛋白质的序列。
2. 质谱法的原理和流程质谱法是目前应用最广泛的蛋白质测序技术之一，其原理和流程如下：2.1 原理质谱法基于质量-电荷比的原理，通过将蛋白质分子转化为离子，并在质谱仪器中进行分析，得到离子的质量-电荷比。
根据离子的质量-电荷比，可以推断出蛋白质的氨基酸序列。
2.2 流程质谱法的流程主要包括样品制备、质谱仪器分析和数据分析三个步骤。
2.2.1 样品制备样品制备是质谱法的关键步骤，它要求样品纯度高、浓度适宜，并且需要进行前处理步骤，如蛋白质的消化、分离和纯化等。
2.2.2 质谱仪器分析质谱仪器分析是质谱法的核心步骤，它包括离子化、质谱分析和离子检测等过程。
离子化可以通过电喷雾、MALDI等方法实现，质谱分析则利用质谱仪器对离子进行分析，离子检测则将质谱信号转化为电信号。
2.2.3 数据分析数据分析是质谱法的最后一步，它包括质谱图的解析和蛋白质序列的推断。
质谱图的解析可以通过计算方法和数据库比对等手段实现，蛋白质序列的推断则是根据质谱图中离子的质量-电荷比进行推断。
3. 测序法的原理和流程测序法是一种直接测定蛋白质氨基酸序列的技术，其原理和流程如下：3.1 原理测序法通过直接测定蛋白质的氨基酸序列来揭示蛋白质的组成和结构。
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3.2.5.质谱谱图数据库
服务介绍：
可获取化合物质谱谱图，物化性质等信息。
本数据库的质谱谱图用java applet显示，请用户的浏览器不要禁用java。
检索方式与示例：
可以通过谱峰数据来检索相似谱图，检索途径为质荷比、丰度组合。
也可根据化合物的名称、CAS号、分子式。
注：由于谱图匹配算法还在继续开发中，目前还不能很好的匹配谱图形状，系统将对此功能进一步完善。
3.2.5.1质谱谱图检索
基本原理用户手动通过输入提问谱图中一定数目的质谱峰数据（质荷比、丰度），在数据库中进行匹配，获得与提问谱相似的谱图。
第一步：先指定待输入的谱峰的数目。
输入的数字，不得少于输入谱峰的数目，但可以多于输入谱峰的数目。
如本例中要输入5个谱峰，可以输入数字“10”，如图3.2.5.1所示（例1）。
点按钮峰数确认，开始输入具体数据，进入第二步。
图3.2.5.1 质谱谱图检索的第一步：输入谱峰数目（例1）
第二步：输入每个谱峰的具体数据并设置匹配条件。
注意，每个谱峰都必须输入质荷比(M/E)，但丰度(Abundance)可以为空。
如某个谱峰只输入丰度(Abundance)而没有输入质荷比(M/E)，则该峰的数据无效。
如图3.2.5.2所示，每个谱峰质荷比前的勾选框被选择，表示该谱峰被选中。
图3.2.5.2 质谱谱图检索的第二步：输入谱峰的质荷比(M/E)（例1）
谱峰数据输入完成后，需要在下方选择附加条件，意为在检出的质谱图中要求：
1）包含所有选中的质荷比（默认选择），如果去掉选择表示不要求含有所有选中的质荷比。
2）最大质荷比相近：+-后的数据默认为0，并勾选此项（默认选择），表示检出谱图的最大
质荷比必须与输入的最大质荷比完全相同（本例中即242）。
如果输入一个非零的数字，例如2，
则表示检出谱图的最大质荷比与输入的最大质荷比可以相差2，即在240-244之间均可。
如去
掉勾选，则表示不限制检出谱图的最大质荷比。
3）检出谱图的峰总数，可指定一个峰总数的范围。
如果不勾选此项，则表示不限制峰总数。
4）显示结果数和每页记录数，默认为仅取前面100条结果。
用户可根据需要自行指定，方
便显示。
第三步：检索并查看比较结果。
完成第二步后，点开始检索，即可获得结果，列表如图3.2.5.3。
图3.2.5.3 检索结果列表（例1）
结果列表包括比较勾选框、化合物名、最大质荷比、峰的总数和详细信息的链接。
用户点击最后一栏的详细信息的链接，即可查看化合物的结构与质谱谱图，如图3.2.5.4。
质谱谱图用java applet显示，鼠标移到谱线上可查看该谱峰的质荷比与相对丰度。
图3.2.5.4 化合物结构与谱图（例1）
比较勾选框，是为进行多个谱图之间的比较而专门设置的。
如图3.2.5.5所示，选择2个谱图之后，点击表格下方的按钮质谱谱图比较，则可将2个谱图显示在同一个页面上，方便用户查看比较。
如图3.2.5.6。
谱图比较的功能没有数目限制，可同时显示多个谱图。
图3.2.5.5 选择2个谱图进行比较（例1）
图3.2.5.6 选择2个谱图进行比较（例1）
3.2.5.2化合物检索
基本原理用户输入化合物的英文名称、CAS号或者分子式，选择精确检索或者模糊检索。
系统根据用户输入的关键词检索该化合物的质谱谱图并列表显示。
通过化合物的名称检索质谱图
图3.2.5.7 通过名称精确检索质谱图（例2）
图3.2.5.8 通过名称精确检索质谱图的结果（例2）
用户可输入化合物的关键词，例如英文名称的精确检索如图3.2.5.7，表示检索化合物名称为“ethanol”的化合物的谱图，检索结果列表如图3.2.5.8（例2）。
在表中点最后一栏详细信息的链接，即可看到该化合物的结构与质谱图。
乙醇的结构和质谱图如3.2.5.9所示。
图3.2.5.9 乙醇的结构和质谱图（例2）
通过化合物的CAS号检索质谱图
输入化合物CAS号时有无短划线均可，例如“94-41-7”或者“94417”，分别如图3.2.5.10和图3.2.5.11所示。
这两种输入方法的检索结果相同，见图3.2.5.12（例3）。
图3.2.5.10 CAS号的输入1
图3.2.5.11 CAS号的输入2
图3.2.5.12 通过CAS号检索质谱图的结果（例3）
输入化合物的分子式
输入化合物的分子式（化学元素符号按C、H顺序，其他元素按字母顺序排列）。
为方便查询时的输入操作，输入元素符号不区分大小写，数字不考虑上下标，如图3.2.5.13和图3.2.5.14，其效果完全相同。
检索结果见图3.2.5.15（例4）。
由于C2H6O存在2个同分异构体，乙醇和甲醚。
每个化合物都有自己的一个列表，方便用户区分。
图3.2.5.13 分子式的输入1
图3.2.5.14 分子式的输入2
图3.2.5.15 通过分子式检索质谱图（例4）。