1_诺禾致源数字PCR 仪
215501265_肉苁蓉及其有效成分调节抗生素所致小鼠肠道菌群失调
肉苁蓉及其有效成分调节抗生素所致小鼠肠道菌群失调韩天雨，杨 栋，周树青，乔亚梅，尹 静，金 敏，李君文△（军事科学院军事医学研究院环境医学与作业医学研究所，天津３０００５０）【摘要】 目的：研究肉苁蓉及其有效成分肉苁蓉多糖和松果菊苷对抗生素相关性腹泻（ＡＡＤ）小鼠肠道菌群的影响。
方法：４８只Ｂａｌｂ／ｃ小鼠随机分为对照（ＣＯＮ）组、ＡＡＤ组、菊粉（ＩＮＵ）组、肉苁蓉（ＲＣＲ）组、肉苁蓉多糖（ＲＣＲＤＴ）组和松果菊苷（ＥＣＨ）组，每组８只，连续７ｄ灌胃盐酸林可霉（３ｇ／ｋｇ）造小鼠腹泻模型，随后灌胃ＩＮＵ（５ｇ／ｋｇ）、ＲＣＲ（５ｇ／ｋｇ）、ＲＣＲＤＴ（２００ｍｇ／ｋｇ）和ＥＣＨ（６０ｍｇ／ｋｇ）各０．２ｍｌ，１次／日，治疗７ｄ，ＣＯＮ组和ＡＡＤ组小鼠灌胃同体积的生理盐水。
通过观察小鼠一般体征、结肠ＨＥ染色、６ＳｒＤＮＡ高通量测序分析，综合评价肉苁蓉及其有效成分肉苁蓉多糖和松果菊苷对抗生素所致小鼠肠道菌群失调的作用。
结果：与ＣＯＮ组相比，ＡＡＤ组小鼠体重减轻，出现明显腹泻症状，结肠组织出现炎性改变，肠道菌群多样性降低（Ｐ＜０．０５），说明造模成功。
与ＡＡＤ组相比，ＩＮＵ组、ＲＣＲ组、ＲＣＲＤＴ组和ＥＣＨ组小鼠体重恢复，腹泻症状明显改善；ＥＣＨ组小鼠结肠病理恢复至正常水平；与ＡＡＤ组相比，ＲＣＲ组、ＲＣＲＤＴ组和ＥＣＨ组小鼠肠道厚壁菌门含量明显减少，Ｂｌａｕｔｉａ和Ｌａｃｈｎｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ含量增加，Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ＿ｓｅｎｓｕ＿ｓｔｒｉｃｔｏ＿１含量减少（Ｐ＜０．０５），此外，ＥＣＨ组小鼠肠道菌群丰度和多样性恢复至正常水平，肠道菌群结构得到良性调整，拟杆菌属、Ｆｌａｖｏｎｉｆｒａｃｔｏｒ、Ａｇａｔｈｏｂａｃｔｅｒ、Ｌａｃｈｎｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ９等含量增加（Ｐ＜０．０１）。
结论：肉苁蓉及其有效成分肉苁蓉多糖和松果菊苷均可以调节抗生素所致肠道菌群失调，改善ＡＡＤ症状，其中松果菊苷的作用更明显。
诺禾致源2014产品手册
CONTENTS
建库测序
06 建库测序服务
基因组测序
08 动植物基因组测序 10 基因组特征评估 11 基因组de novo测序 14 泛基因组测序（pan-genome） 16 动植物重测序 17 变异检测（基于全基因组重测序） 19 变异检测（基于简化基因组测序） 21 单个性状定位 24 遗传图谱（基于全基因组重测序） 26 遗传图谱（基于简化基因组测序） 28 群体进化（基于全基因组重测序） 30 群体进化（基于简化基因组测序）
[2] Zhi X Y, Yao J C, Li H W, et al. Genome-wide identification, domain architectures and phylogenetic analysis provide new insights into the early evolution of shikimate pathway in prokaryotes[J]. Molecular phylogenetics and evolution, 2014, 75: 154-164.
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四种常见PCR仪的区别及运用-科邦实验室-2020.6.24
四种常见PCR仪的区别及运用PCR扩增仪（俗称PCR仪）PCR：PCR（聚合酶链式反应）是利用DNA在体外摄氏95°高温时变性会变成单链，低温（经常是60°C左右）时引物与单链按碱基互补配对的原则结合，再调温度至DNA聚合酶最适反应温度（72°C左右），DNA聚合酶沿着磷酸到五碳糖(5'-3')的方向合成互补链。
PCR仪实际就是一个温控设备，能在95℃，55℃，72℃之间很好地进行温度控制。
PCR扩增仪又称为PCR基因扩增仪、PCR核酸扩增仪、聚合酶链反应核酸扩增仪，是利用PCR(Polymerase chain reaction，聚合酶链反应)技术对特定DNA扩增的一种仪器设备，被广泛运用于医学、生物学实验室中，例如用于判断检体中是否会表现某遗传疾病的图谱、传染病的诊断、基因复制以及亲子鉴定等。
根据DNA扩增的目的和检测的标准，可以将PCR仪分为普通PCR仪，梯度PCR 仪，原位PCR仪，实时荧光定量PCR仪四类。
1). 普通PCR仪（2万以下，赛默飞、伯乐、大龙，艾本德）一次PCR扩增只能运行一个特定退火温度的PCR仪称作传统PCR仪，也叫普通PCR仪。
如果要做不同的退火温度需要多次运行。
主要是用于简单的、对目的基因退火温度的扩增。
该仪器主要应用于科学研究、教学、医学临床、检验检疫等机构。
如:启步BSW-2P,BSW-3P,BSW-6P-I/II ,ABI 2720型2). 梯度PCR仪（2万-8万，赛默飞、伯乐、大龙，艾本德）一次性PCR扩增可以设置一系列不同的退火温度条件（温度梯度，通常有12种温度梯度）的PCR仪称作梯度PCR仪。
因为被扩增的不同DNA片段，其最适退火温度是不同的，通过设置一系列的梯度退火温度进行扩增，从而一次性PCR 扩增，就可以筛选出表达量高的最适退火温度，进行有效的扩增。
用于研究未知DNA退火温度的扩增，这样节约成本的同时也节约了时间。
Illumina MiSeq高通量测序分析核桃内生细菌多样性
Illumina MiSeq高通量测序分析核桃内生细菌多样性陈泽斌;李冰;王定康;余磊;徐胜光;任禛;靳松;张永福;彭声静【摘要】In this study, the species abundance and alpha diversity of walnut endophytic bacteria were analyzed by Illumina MiSeq high-throughput sequencing of the 16S rDNA-V4 region. Softwares such as Uparse, Flash, and Qiime were employed to sort and calculate the number of sequences and operational taxonomic units ( OTUs) . The numbers of effective sequences and OTUs for each sample were 63183 and 103, respectively. The rarefaction curves showed that adequate sampling was achieved, and the number of OTUs was close to saturation. Majority of the endophytic bacteria belonged to Sphingomonas ( 27. 27%) , Halomonas ( 27. 27%) and Agrobacterium ( 45. 45%) which were therefore the dominant bacterial families in walnut. Illumi-na MiSeq high-throughput sequencing technology provided more accurate and scientific data resources for the study of endophytic bacteria.%应用Illumina MiSeq高通量测序技术测定核桃内生细菌的16S rDNA-V4变异区序列,使用Uparse等软件整理和统计样品序列数目和操作分类单元( OTUs)数量,分析内生细菌的丰度和a-多样性。
数字PCR仪技术规格
10.每次运行都会保存可导出的运行日志，以便日后参考
11.微滴生成后，微滴扩增无需外接高压空气瓶或空气压缩机维持微滴稳定，带“动态温度”梯度功能；可同时优化8个不同的温度
12.扩增仪最高升温和降温速率为：≥5℃/s
13.微滴生成后-96个样品，必须能兼容96孔板检测，全自动检测，无需人工干预
15.适用于Taqman探针，既可对DNA进行绝对定量，又可对RNA进行一步法RT-dPCR直接定量分析台
17.可检测的荧光标记物：FAM/HEX(VIC)/CY5/CY5.5/ROX/ATTO590标记的探针，亦可兼容染料EvaGreen检测
30.软件功能2：可对多个样品（技术重复）的平均值和总误差进行统计分析，又可合并多个样品（技术重复）的微滴总数进行统计分析，既能给出泊松误差，又能显示随机误差。
31.软件功能3：阈值线可自动也可手动，每个样本可单独设定阈值线；具有一维图、二维图、直方图
32.软件功能4：自动识别复杂微滴分簇支持多至12重自动分析以及drop-off检测功能
18. 6个检测通道，可实现≥12个靶标的检测
19.检测样品类型：DNA/RNA
20.反应体系：20µl
21.ቤተ መጻሕፍቲ ባይዱ源：6个不同的LED灯
22.检测器：配备6个带滤光片的灵敏度和单光子分辨率最高的硅光子计数器(MPCC)，灵敏度和分辨率优于CCD和CMOS,可同时激发/检测每个微滴的6种颜色荧光信号
23.检测模式：流式微滴分析技术，对扩增完成后的每个微滴进行逐滴检测，无需加入额外的荧光素识别微滴。且具有后台实时微滴质控机制，自动记录并剔除质量不合格的微滴，保证检测结果的可靠性
5.微滴扩增通量：1-96个样品/次实验
微流控核酸及蛋白检测解决方案
出色的实际表现，高质量的数据
准确性 重现性
分辨率
灵敏度
LabChip 应用于SSR分析
植物隐性不育基因SSR分析：
红色：250bp阳性；蓝色：260bp阴性 250bp与260bp的loci被非常清楚的分辨与自动标识 不同批次，乃至来自不同实验室的数据可以被平行比较、筛选
LabChip 应用于病原体检测
• 只适用于核酸（DNA，RNA） • 最大批处理通量384
LabChip GXII Touch 24
• 适用于核酸（DNA，RNA）及蛋白 • 最大批处理通量24
LabChip GXII Touch HT
• 适用于核酸（DNA，RNA）及蛋白 • 最大批处理通量384
Who Will Buy LabChip GX Touch？ For What Reason？
MFT Product tion
李佳琦
20180710
© 2016 PerkinElmer
什么是MFT？
MFT = MicroFluidic Lab-on-Chip Technology（微流控芯片技术） 定义：是把生物、化学、医学分析过程的样品制备、反应、分离、检测等 基本操作单元集成到一块微米尺度的芯片上， 自动完成分析全过程。
Determination of antibody charge heterogeneity pI range 7-9.5 68-110 seconds per well
Release and labeling of glycans 50 seconds per well Release and labeling in 96 well format
9家国内外数字PCR技术领军企业
9 家国内外数字PCR技术领军企业自从1985年美国科学家Kary Mullis发明PCR方法以来，该方法已经成为生命科学研究领域中最常规的实验方法之一。
PCR是一种用于放大扩增特定的DNA 片段的分子生物学技术，它可看作是生物体外的特殊DNA复制，PCR的最大特点，是能将微量的DNA 大幅增加。
利用这一特性，可以将样本中微量DNA进行大量扩增(如血液，唾液，病原体等) ，用于下游多种应用，如克隆表达、芯片杂交、突变检测、测序等等。
最传统的PCR采用琼脂糖电泳的方式对PCR产物进行分析，但存在着操作繁琐、只适用于定性研究、交叉污染风险大等不足。
为了避免上述传统PCR的缺陷，并对基因的表达水平进行定量分析，1992 年诞生了荧光定量实时PCR。
定量PCR (Quantification PCR)在PCR扩增的同时对反应体系中的荧光信号进行实时收集，通过三个参数间(荧光信号-Cq 值-靶基因的起始浓度)的关系，最终确定靶基因的拷贝数或基因的表达水平。
由于定量PCR的分析最终结果依赖于Cq值，2009年The MIQE Guides(Clinical Chemistry 55 :4 611-622)的发表明确了定量实验整个流程标准化的重要性，否则就会出现实验结果无法重复，甚至结果互相矛盾的状况。
更重要的该文献还给出了如何规范定量PCR流程的checklist，其核心目的就是在规范的实验流程、统一的设计思路下，得到的结果才具有可重复性，也具有可比性。
但依赖于Cq 值仍然是目前定量PCR最大的技术瓶颈，在这个意义上所谓的“定量”也只是相对的。
而且在低拷贝靶分子、模板浓度差异细微的条件下，其检测的灵敏度、精确度都受到了限制。
1999年霍普金斯大学的Bert Vogelstein教授以Digital PCR为题发表的文章被视为最早的采用数字PCR概念进行研究的文献。
数字PCR原理实例由于液体活检技术已在肿瘤、产前诊断、器官移植等疾病领域广泛被应用，产业的发展和应用需求激增，使得数字PCR应用市场钱景广阔，更多的国内基因科技公司，把目标投向了数字PCR仪。
诺禾致源资料
CONTENTS
目录
建库测序
06 建库测序服务
基因组测序
08 动植物基因组测序 10 基因组特征评估 11 基因组de novo测序 14 泛基因组测序（pan-genome） 17 动植物重测序 18 变异检测（基于全基因组重测序） 20 变异检测（基于简化基因组测序） 22 单个性状定位 25 遗传图谱（基于全基因组重测序） 27 遗传图谱（基于RAD-seq简化基因组技术） 29 遗传图谱（基于GBS简化基因组技术） 31 群体进化（基于全基因组重测序） 33 群体进化（基于简化基因组测序）
测序策略
每台仪器数据产出
最低测序量
Q30
项目周期
建
PE300
13Gb data / 1 Run 13Gb data (1 Run)
微生物
55 16S/18S/ITS等扩增子测序 58 宏基因组测序 61 细菌基因组测序 64 真菌基因组测序 67 小基因组测序
1
诺禾致源 北京诺禾致源生物信息科技有限公司于2011年3月15日在北京中关村生命科学 园注册成立，以基因组学研究与应用开发为发展方向，致力于成为全球领先的基因组学研究解决方案提供者。专 注于开拓生物学、计算机科学和信息技术在动植物研究以及人类健康领域的应用。
[4] Li M, Tian S, Jin L, et al. Genomic analyses identify distinct patterns of selection in domesticated pigs and Tibetan wild boars[J]. Nature genetics, 2013, 45(12): 1431-1438.
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微滴发生仪 微滴转移
孔板热封仪 扩增仪
微滴检测
02
仪器对比
03
Novogene 总结
04
常见问题
Q：在3D数字PCR系统中，微孔体积变化会如何影响数据? A：在低拷贝条件下，对数据没有影响。在高拷贝(> 2000拷贝
/µL)有轻微的影响。使用泊松加算法将校正井间的体积变化。
Q：在分析软件V3.0中，有没有办法从3D芯片中获取原始荧光
尺寸： 约24×14×21cm
类型： 有源产品
说明： 二类医疗器械——已拿证。
01
Novogene 3D 系统组成
仪器配套——数据分析软件
用途： 将阅读仪读取的.eds数据进行分析处理，
并可出具报告。
通量： 1～n chip data/run
尺寸： 约15×10×2cm
类型： 光盘
说明： 阅读仪附件，随机器发送。
02
对比 Bio-rad QX 200
QX ddPCR系统由微滴发生仪、热封仪、扩增仪和微滴检测仪组成。原理是将反应体系制成油包水结构 后，经过PCR仪进行扩增，再经过微滴检测油路，由检测仪检测每个微滴中的荧光信号值。
微滴发生仪：将体系制备为油 包水结构的微滴
热封仪：对PCR板进行热封膜 操作
扩增仪：对PCR体系进行扩增
串样，保证实验结果的正确。
3.将混合好的扩增体系滴加到刷头上
4.仪器自动将样品刷入微流控芯片 的20,000个微孔中。
01
Novogene 3D 操作流程
5.向芯片中滴加浸液，完全覆盖芯片表面； 6.关闭摇臂，保持15秒以盖上芯片盖 7.向芯片中滴加密封油，并密封芯片
优势3：您有几个样品，就做 几块芯片进行实验，完全不用 担心样品太少而浪费试剂和耗 材。
8.在PCR中进行扩增
优势4：扩增完全后不再打开芯片和 移液操作，直接拍照检测。速度快， 无交叉污染的风险。芯片可以保存 和复建。
9.在芯片阅读仪中进行数据采集
01
FAM positive: mut detected
Novogene 3D 结果图
FAM+VIC positive: wt and mut detected
02
Chip loader 扩增仪
芯片阅读仪
系统对比
Novogene 3D： 系统由3台设备组成，只需简单清洁，不 需要管路清洗及定期维护。 仪器体积小巧，全套仪器仅需要半张试验 台即可。 自带中文操作界面，避免误操作。
Bio-rad QX200： 系统共四台设备，其中微滴发生仪和微滴 检测仪都需要及时清洗管路以避免堵塞。 增加一台设备，增加维护难度。 存在死体积。
芯片阅读仪：用于阅读芯片 中的荧光信号
01
Novogene 3D 系统组成
仪器配套——chip loader
用途： 将已配成体系加入到芯片中，并将芯片
密封压制完成。
通量： 1 chip/run
尺寸： 约40×15×7cm
类型： 有源产品
说明： 不属于医疗器械，无需注册证，不需校准。
01
Novogene 3D 系统组成
数据？
A：是的，在分析软件V3.0的导出选项卡上有一个选项，可以
将芯片数据导出为.xml
仪器配套——扩增仪
用途： 将已制成芯片进行PCR扩增。
通量： 1～12 chip(s)/run
尺寸： 约40×25×25cm
类型： 有源产品
说明： 二类医疗器械：将于8月份拿证。
01
Novogene 3D 系统组成
仪器配套——芯片阅读仪
用途： 将已PCR完成芯片进行读取
通量： 1 chip/run
01
Novogene 3D 系统原理
芯片表面为疏水材质，微孔内 部为亲水材质，可以保证微体系全部存 在于微孔内部，不会溢出或孔间串样。 由CCD对整张芯片进行拍照，对目标基 因进行无标曲的绝对定量。
01
Novogene 3D 系统组成
Novogene 3D数字PCR系统由Chip loader、扩增仪和芯片阅读仪组成。
Novogene 3D 数字PCR仪
CONTENTS
Novogene 3D特性介绍
01
对比 Bio-rad QX 200
02
总结
03
常见问题
04
2018-8-14
2
01
Novogene 3D 系统原理
Ø 将混有样品和探针的PCR反应体系均匀分散至一张含有2万个微孔的芯片上，形成2万个相互独立的微反应体系； Ø 每个微孔均进行独立的PCR扩增； Ø 扫描芯片，检测荧光信号； Ø 利用柏松分布的数学模型计算目标片段拷贝数。
ROX positive: passive dye, wt and mut not detected
VIC positive: wt detected, mut not detected
3D拥有三个检测通道，分别 对FAM、VIC和ROX信号进行 检测。 在案例中，FAM探针检测阳性 （突白微孔，进行结果 校准。
01
Novogene 3D 操作流程
优势1：只有一步人工加样的步骤。 每片芯片单独制作并且严格密封， 完全避免样品间的交叉污染。
1.将芯片和芯片盖安装在Chip loader对
2.将刷头安装在Chip loader上
应的卡槽中
优势2：芯片上拥有20,000个微孔， 以物理方式隔绝每一个DNA分子， 不会发生油包水破裂造成分子间的
手动加样；
Bio-rad QX 200 需要多次移液操作
手动移液；
仪器移液
02
Novogene 3D
检测原理对比
Bio-rad QX 200
整张芯片直接拍照，软件根据不同微滴的荧光 信号区分阴性和阳性模板。检测速度快，数据 分析准确，避免检测误差。 芯片可以低温保存，以便进行复检。
逐个微滴检测，对每个微滴进行单独激发和信 号检测。速度较慢，存在交叉污染的风险。每 次运行前都需要清洗管路。 样品检测后即丢弃，无法对存疑的样品进行复 检。
02
Novogene 3D vs Bio-rad QX 200 流程对比
Novogene 3D：只需4步操作，1次手动加样，避免交叉污染。
手动移液
体系制备与加样
微滴生成
Bio-rad QX200：6步操作，3次加样/移液，极易交叉污染。
加热封膜
循环扩增
微滴检测
02
操作对比
Novogene 3D
只需一次手动加样； 不需要移液操作
Chip loader：用于微流控芯片的制备
扩增仪：用于对反应体系进行扩增
Ø 采用微流控芯片技术，样本均匀分配至20000个单独的反应孔中； Ø 样本之间保持完全隔离，避免样品交叉污染； Ø 减少移液过程，简化操作步骤，降低实验误差； Ø 芯片式设计避免了微滴式系统可能面临的管路堵塞问题； Ø 有医疗器械注册证。
检测仪：对每个微滴进行荧 光信号检测
02
QX 200系统缺陷
1、体系脆弱，油包水系统对样品粘度和表面活性要求高，容易造成油滴破裂和串样，引起假阳性。 2、操作繁琐，需要多次移液，对实验操作手法要求高；极易造成气溶胶污染。 3、每次制备8个样品，样品数量不足时，必须使用缓冲液补充。 4、设备数量多，仪器复杂，管路易堵塞，需要日常维护。 5、管路多，死体积大于30%。