MEGA软件——系统发育树构建方法
MEGA5使用说明
MEGA软件——系统发育树构建方法（图文讲解）
2012年12月02日⁄Evolution⁄字号小中大⁄评论 3 条⁄阅读 3,872 次[点击加入在线收藏夹]
一、序列文本的准备
构树之前先将目标基因序列都分别保存为txt文本文件中（或者把所有序列保存在同一个txt文本中,可以用“>基因名称”作为第一行，然后重起一行编辑基因序列），序列只包含序列字母（ATCG或氨基酸简写字母）。
文件名名称可以已经您的想法随意编辑。
二、序列导入到Mega 5软件
（1）打开Mega 5软件，界面如下
（2）导入需要构建系统发育树的目的序列
OK
选择分析序列类型（如果是DNA序列，点击DNA，如果是蛋白序列，点击Protein）
出现新的对话框，创建新的数据文件
选择序列类型
导入序列
导入序列成功。
（3）序列比对分析
点击工具栏中“W”工具，进行比对分析，比对结束后删除两端不能够完全对齐碱基
（4）系统发育分析
关闭窗口，选择保存文件路径，自定义文件名称
三、系统发育树构建
根据不同分析目的，选择相应的分析算法，本例子以N—J算法为例
Bootstrap 选择1000，点击Compute，开始计算
计算完毕后，生成系统发育树。
根据不同目的，导出分析结果，进行简单的修饰，保存
本方法来自网络，经小编microibs编辑，修改补充，如果转载请注明PLoB出处。
Mega的使用以及进化树的绘制
1.MEGA构建系统进化树的步骤2.CLUSTALX进行序列比对1.MEGA构建系统进化树的步骤1. 将要用于构建系统进化树的所有序列合并到同一个fasta格式文件，注意：所有序列的方向都要保持一致( 5’-3’)。
如图：2. 打开MEGA软件，选择"Alignment" - "Alignment Explorer/CLUSTAL"，在对话框中选择Retrieve sequences from a file, 然后点OK，找到准备好的序列文件并打开，如图：。
3. 在打开的窗口中选择”Alignment”-“Align by ClustalX” 进行对齐，对齐过程需要一段时间，对齐完成后，最好将序列两端切齐，选择两端不齐的部分，单击右键，选择delete即可，如图：。
4. 关闭当前窗口，关闭的时候会提示两次否保存，第一次无所谓，保存不保存都可以，第二次一定要保存，保存的文件格式是.meg。
根据提示输入Title，然后会出现一个对话框询问是否是Protein-coding nucleotide sequence data, 根据情况选择Yes或No。
最后出现一个对话框询问是否打开，选择Yes，如图：。
5. 回到MEGA主窗口，在菜单栏中选择”Phylogeny”-“Bootstrap Test of Phylogeny” -“Neighbor-joining”，打开一个窗口，里面有很多参数可以设置，如何设置这些参数请参考详细的MEGA说明书，不会设置就暂且使用默认值，不要修改，点击下面的Compute按钮，系统进化树就画出来了，如图：在菜单栏中选择”Phylogeny”-“Bootstrap Test of Phylogeny” –“Minimun-evolution”,如图：在菜单栏中选择”Phylogeny”-“Bootstrap Test of Phylogeny” –“Maximun-parsimony”,如图：在菜单栏中选择”Phylogeny”-“Bootstrap Test of Phylogeny” –“UPGMA”，如图：6. 最后，使用TreeExplorer窗口中提供的一些功能可以对生成的系统进化树进行调整和美化。
利用MEGA-X选择模型及构建美化进化树
利⽤MEGA-X选择模型及构建美化进化树今天主要介绍的是在MEGA-X图形界⾯下构建系统发育树并且对发育树进⾏美化。
下载安装好MEGA-X后，⾸先打开软件。
此处我们以⼀株细菌的16S rRNA序列为⽬标序列，⾸先在NCBI中进⾏Blast⽐对，下载将要⼀起⽐对建树的菌株序列。
在NCBI中输⼊序列或者上传⽂件，选择数据库时可以选择「Nucleotide collection(nr/nt)」或者「16S ribosomal RNA sequences」数据库，⼀般来说nr/nt库信息⽐较全⾯。
我们选择了10个不同种的16S rRNA序列进⾏下载。
另外，此处还可以⽐对下载2-3条⼤肠杆菌（Escherichia coli）和沙门⽒杆菌（Salmonella）的16S rRNA序列作为外类群（在Organism选项中进⾏物种限定），后⾯推断进化时间的时候可以⽤到。
将所有下载的序列整理在⼀个⽂件中，为了⽅便后⾯的建树可以将菌株名称后⾯多余的信息在这⾥替换删除掉（只是名称上的信息，不要改动碱基序列），然后将⽂件的扩展名改为.fasta。
在MEGA-X⾸页选择DATA，点击Open a File/Session，选择刚才的⽂件。
打开⽂件时询问「Analyze or Align File?」，此处点击Align。
序列中可能会出现混合碱基符号，混合碱基符号指两种或多种碱基(核苷)混合物的表⽰符号，或未完全确定可能属于某两种或多种碱基(核苷)的符号：R表⽰A+G；Y表⽰C+T；M表⽰A+C；K表⽰G+T；S表⽰C+G；W 表⽰A+T；H表⽰A+C+T；B表⽰C+G+T；V表⽰A+C+G；D表⽰A+G+T；N表⽰A+C+G+T。
接下来选择序列⽐对的⽅法：Muscle或者ClustalW。
ClustalW的基本原理是⾸先做序列的两两⽐对，根据该两两⽐对计算两两距离矩阵，是⼀种经典的⽐对⽅法，使⽤范围也⽐较⼴泛。
Muscle的功能仅限于多序列⽐对，它的最⼤优势是速度，⽐ClustalW的速度快⼏个数量级，⽽且序列数越多速度的差别越⼤。
MEGA 软件——系统发育树构建方法
• 双击图标
，
• 下载下来的序列片段保存文件为FASTA格式，打开方式为TXT格式。 • 将Blast对比后所Download的序列筛选后，构建系统发育进化树。 • 构建系统发育树需要测序所得序列1个，Blast对比得出序列5-10个， 构建出的为单枝系统发育进化树。通过这个对比可以确定出所测 定的序列最相似物种，当相似度为99%甚至100%时，基本可以确 定所测定的基因序列所属物种。
ME待测PCR产物送测序后，一个星期左右会得到生物 公司发的邮件，里面包含测序结果的附件，下载后得到文件压缩 包 ，将文件包解压，可以看到文件夹里有文件
• 测序公司会提供一款解读软件Chromas，免安装类型，能够直接 打开测序结果并通过软件直接进入NCBI数据库进行Blast搜索。
• 可培养真菌可以选定对比物种种属后构建大型系统发育进化树， 不可培养真菌则可直接构建系统发育进化树。
• 双击
后打开MEGA软件
手把手教你构建系统进化树
9、要学生做的事，教职员躬亲共做； 要学生 学的知 识，教 职员躬 亲共学 ；要学 生守的 规则， 教职员 躬亲共 守。2021/6/292021/6/29Tuesday, June 29, 2021
10、阅读一切好书如同和过去最杰出 的人谈 话。2021/6/292021/6/292021/6/296/29/2021 8:10:36 AM
以外米缀蛾的cds为例，点击cdsTA格式，如何保 存见下图
一般情况下点
击该页的右上 角有send 图标， 选择后点击 create file 即 可下载。Txt可 以打开。
该图显示的是
序列全长的 FASTA格式下 载。
因为我采取基于氨
17、儿童是中心，教育的措施便围绕 他们而 组织起 来。2021/6/292021/6/292021/6/292021/6/29
2、Our destiny offers not only the cup of despair, but the chalice of opportunity. (Richard Nixon, American President )命运给予我们的不是失望之酒，而是机会之杯。二〇二一年六月十七日2021年6月17日星期四 3、Patience is bitter, but its fruit is sweet. (Jean Jacques Rousseau , French thinker)忍耐是痛苦的，但它的果实是甜蜜的。10:516.17.202110:516.17.202110:5110:51:196.17.202110:516.17.2021 4、All that you do, do with your might; things done by halves are never done right. ----R.H. Stoddard, American poet做一切事都应尽力而为，半途而废永远不行6.17.20216.17.202110:5110:5110:51:1910:51:19 5、You have to believe in yourself. That's the secret of success. ----Charles Chaplin人必须相信自己，这是成功的秘诀。-Thursday, June 17, 2021June 21Thursday, June 17, 20216/17/2021
MEGA软件——系统发育树构建方法
MEGA软件——系统发育树构建方法1)序列文本构树之前先将每个样品的序列都分别保存为txt文本文件中，序列只包含序列字母（ATCG或氨基酸简写字母）。
文件名名称可以已经您的想法随意编辑。
2)序列导入MEGA 5首先打开MEGA 5软件，界面如下：然后，导入需要构建系统进化树的序列：点击OK出现新的对话框，创建新的数据文件导入成功3)序列比对分析点击W，开始比对。
比对完成后删除序列两端不能完全对其的碱基。
系统分析然后，关闭该窗口，在弹出的对话框中选择保存文件，文件名随便去，比如保存为1。
4)系统发育树构建以NJ为例Bootstrap选择1000，点Computer，开始计算计算完毕后，生成系统发育树。
以下“系统发育树树的修饰”方法沿用斑竹brightfuture01的方法5)树的修饰建好树之后，往往需要对树做一些美化。
这个工作完全可以在word中完成，达到发表文章的要求。
点击image，copy to clipboard。
新建一个word文档，选择粘贴。
见下图：在图上点击右键-编辑图片，就可以对文字的字体大小，倾斜等做出修饰。
见下图：这个时候可以通过Adobe professional 对其进行图像导出：先将此word文档打印成PDF，见下图：将打印出来的PDF保存在桌面上，打开，如下图：此时，点击工具，高级编辑工具，裁剪工具，如下图所示：选择需要的区域以删除周围的空白区，双击发育树，会出现下图：点击确定，出现下图(把空边切掉了)：点击文件，另存为，在保存类型一栏中选择TIFF格式，点击确定后会生成下面这个图片，所生成图片绝对可以满足文章的发表：OK，结束了，自己玩一把吧。
MEGA-系统发育树-快速入门
系统发育树
1.软件准备
DNAman、MEGA
2.序列文件转换格式
2.1先准备一个txt记事本文件，在序列的上一行添加字符>和名称（如>R31-ITS1），然后用MEGA打
开seq格式的序列文件，复制序列到名称下一行
2.2将所需要的比对的所有序列以相同方式写入同一个txt文件中
2.3在MEGA中用ALIGN功能打开准备好的txt文件，选择create a new alignment，数据类型选DNA，
然后从编辑edit中导入新的序列文件（即txt文本）即可导入所需序列
2.4删除无关序列后，先对序列进行分析然后再把序列对齐，类型选DNA，参数默认
颜色一致即为对齐，不一致的就是突变的位点。
然后通常需要把首尾两端没有对齐的序列删掉（只处理首尾两端未对其的序列）
对齐部分
未对齐的删掉
2.5处理完后保存文件并关闭当前窗口，如果不是连续使用的话，切换不同功能时一般点close date
关闭之前的数据
3.构建系统发育树
3.1邻接法构建系统发育树。
MEGA
Search 菜单： 用来快捷查找序列中的标记未定或者目的碱基或残基。 Find motif：选择后出现如左图对话框： 输入你想要查看的一小段序列。找到后会以黄色标出； Find next：在序列的下游查找目的序列片段； Find preious：在序列的上有查找目的序列片段； Find marked sites：查找标记位点； Highlight motif：突出标记已经选择的位点。
Web 菜单 这个菜单提供一个链接 Genbank 的入口，可以在网上直接做Blast 搜索。当 手上没有准备好要比对的序列时，可以直接去网上搜索。 Query gene banks：开启NCBI 的主页； Do blast search:开启NCBI BLAST 主页； Show browser：开启网页浏览器。 Sequencer 菜单 此菜单下只有一个子菜单：edit sequencer file，用来打开一个打开文件对话 框，此对话框可以打开一个sequencer data file，一旦打开，这个文件就在trace data file viewer/editor 的对话框中展示出来。这个编辑窗口允许你查看和编辑automatd DNA sequencer 产生的trace data。它可以阅读和编辑ABI 和Staden 格式文件并 且序列可以直接被导入到序列比对窗口或被上传到网页浏览器做blast 搜索。
氨基酸序列是与DNA序列对应的翻译蛋白的序列，如果DNA序列是非编码的，则氨 基酸序列标签可以忽略。
Undo：撤销上一步操作； Copy：复制；cut：剪切；Paste：粘贴；前面三个操作都可以只针对一个碱 基或氨基酸残基也可以是一段甚至是整个序列； Delete：从比对表格中删除一段序列； Delete gaps：去掉序列中的空缺； Insert blank sequence：重新插入一空行；标签和序列都是空的； Insert sequence from file：从已保存的文件中插入新的序列； Select sites：选择一列序列，与点击比对表上方的灰白空格作用类似； Select sequence：选择一行序列，与点击比对表格左侧的标签名作用类似； Select all：全选； Allow base editing：只读保护，只有选择后才能对序列进行编辑操作，否则 所以的序列为只读格式，不能进行任何编辑操作。
- 1、下载文档前请自行甄别文档内容的完整性，平台不提供额外的编辑、内容补充、找答案等附加服务。
- 2、"仅部分预览"的文档,不可在线预览部分如存在完整性等问题,可反馈申请退款(可完整预览的文档不适用该条件!)。
- 3、如文档侵犯您的权益，请联系客服反馈,我们会尽快为您处理(人工客服工作时间：9:00-18:30)。
MEGA软件——系统发育树构建方法
1)序列文本
构树之前先将每个样品的序列都分别保存为txt文本文件中，序列只包含序列字母（ATCG或氨基酸简写字母）。
文件名名称可以已经您的想法随意编辑。
2)序列导入MEGA 5
首先打开MEGA 5软件，界面如下：
然后，导入需要构建系统进化树的序列：
点击OK
出现新的对话框，创建新的数据文件
导入成功 3)序列比对分析
点击W，开始比对。
比对完成后删除序列两端不能完全对其的碱基。
系统分析 然后，关闭该窗口，在弹出的对话框中选择保存文件，文件名随便去，比如保存为1。
4)系统发育树构建
以NJ为例
Bootstrap选择1000，点Computer，开始计算
计算完毕后，生成系统发育树。
以下“系统发育树树的修饰”方法沿用斑竹brightfuture01的方法
5)树的修饰
建好树之后，往往需要对树做一些美化。
这个工作完全可以在word中完成，达到发表文章的要求。
点击image，copy to clipboard。
新建一个word文档，选择粘贴。
见下图：
在图上点击右键-编辑图片，就可以对文字的字体大小，倾斜等做出修饰。
见下图：
成PDF，见下图：
将打印出来的PDF保存在桌面上，打开，如下图：
此时，点击工具，高级编辑工具，裁剪工具，如下图所示：
选择需要的区域以删除周围的空白区，双击发育树，会出现下图：
点击确定，出现下图(把空边切掉了)：
个图片，所生成图片绝对可以满足文章的发表：
OK，结束了，自己玩一把吧。