Linux简介与vasp_初步

mv 移动文件
• 用法：mv 源文件 目标文件 • 例： mv file1 file2 #当前目录下将file1移动到file2 cp file1 /tmp #移动当前目录下的file1 /tmp目录下
rm 删除文件
用法：rm 文件名 例： rm file1 #删除当前路径下file1 rm –rf test #强制删除test目录
ps –aux #查看进程
kill 进程编号 #结束进程
Sh脚本的写法 详细请参见 http://www.linuxdiyf.com/viewarticle.php?id=20338
Linux压缩与减压
数据传输
1.与windows主机的数据传输 sz：下载linux数据到windows主机下，默认目录
k-points along high symmetry lines 40 #K点的个数 Line-mode #产生方法 cart 0.0 0.0 0.0 # 1.000000 0.0 0.0 表示沿 kx 方向产生40个K点
ICHARG = 11 #表示 从CHGCAR中读入电荷分布， 并且在计算中保持不变
Linux简介与vasp 初步
王锐 重庆大学物理学院物理系
2011.05.09
目录
• Linux 简介
http://linux.chinaitlab.com/special/linuxcom/
• Vasp 初步 • 1. 概述
• • • • 2. 单个原子的计算（H原子） 3. 晶格常数的优化 4. 计算前的验证 5. 能带计算(单层石墨graphen)
Linux使用简介
登陆方式 1. Windows 登录方式
远程登录主要有Secure Shell (SSH)的登陆方式。在 Windows系统下需要安装支持SSH的终端模拟器软件（如 SecureCRT、Mindterm等)。
2. Linux 登录方式 若采用Linux终端，也可以登录远程主机，登录方式如下；
KPOINTS
atuo 0 Monk 13 13 13 0.0 0.0 0.0
POTCAR
zcat /share/apps/vasp/bin/pot/paw/potpaw_PBE/H/POTCAR.Z>POTCAR
POSCAR 用这样一个循环脚本代替
chmod +x loop
nohup ./loop > out 2>&1 &
INCAR
SYSTEM = Fe ENCUT = 450 ISTART = 0; ICHARG = 2 ISMEAR = -5 NSW = 0; IBRION = -1 ISIF = 2 ISPIN = 2 EDIFF = 1.0E-5; PREC = Accurate LWAVE =.FALSE. LCHARG =.FALES.
查看输出
输出文件OUTCAR中包含所有信息 cat OUTCAR
氢原子基态能量
EG=-1.11423109-12.48858249= -13.6028
3. 计算前的验证
K-POINT验证
KPOINTS 用脚本loop代替
截断能的验证
INCAR 用脚本loop代替
4. 晶格常数的计算 （以Fe为例子）
POTCAR 文件 路径： /share/apps/vasp/bin/pot/
zcat /share/apps/vasp/bin/pot/paw/potpaw_PBE/H/POTCAR.Z>POTCAR
已经有四个文件
执行VASP
前台运行：$ vasp-p 后台运行：nohup vasp-p > out 2>&1 & (推荐使用)
本服务器信息
[wangrui@phy-cluster bin]$ cat vasp-p #!/bin/sh source /opt/intel/impi/4.0.0.027/bin64/mpivars.sh which mpdboot mpdboot mpiexec -n 1 /share/apps/vasp/bin/vasp52_impi4.0.0.027_mkl10.2.5.035
SYSTEM=H ISTART=0 ICHARG=2 ENCUT=300 ISPIN=2
#注释行 #表示新的计算 #表示原子 #切断能 #考虑自旋
Htom 15 1.0 0.0 0.0 0.0 1.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1 Cart 0.0 0.0 0.0
#注释行 #晶格常数
#晶格基矢量 # 原胞内的原子 #笛卡尔坐标 #原子的初始坐标
~\SecureCRT\download
rz：上传windows文件到linux主机下，自己选择目录
2.Linux系统之间的数据传输 在普通用户下$ scp –r usrname@10.253.112.***:~direction/filename ./
Vasp 初步
1. 概述
软件主要功能： l 采用周期性边界条件（或超原胞模型）处理原子、分子、团簇、纳米线 （或管）、 薄膜、晶体、准晶和无定性材料，以及表面体系和固体 l 计算材料的结构参数（键长、键角、晶格常数、原子位置等）和构型 l 计算材料的状态方程和力学性质（体弹性模量和弹性常数） l 计算材料的电子结构（能级、电荷密度分布、能带、电子态密度和ELF） l 计算材料的光学性质 l 计算材料的磁学性质 l 计算材料的晶格动力学性质（声子谱等） l 表面体系的模拟（重构、表面态和STM模拟） l 从头分子动力学模拟 l 计算材料的激发态（GW准粒子修正）
ls：查看目录内容
用法：ls 选项 例： ls ls –a ls –l
#查看当前目录内容 #查看所有的文件 #查看文件详细信息，如显示了文件创建的日期、 它的大 小、所有者、权限等等 . ls *.exe #显示扩展名为exe的文件
mkdir 创建目录 （文件夹）
用法：mkdir 路径+目录名 例： mkdir mydir #在当前路径下创建mydir mkdir /tmp/dir #在/tmp目录下创建dir
vi 建文件文与本编辑器
用法：vi 文件名 进入vi后命令： i – 光标前插入 文件操作按Esc， 打 “：” 出现命令提示： q － 退出 wq－存盘退出 q！－ 不保存退出
cat：显示文件内容
• 用法：cat 文件名
cp 复制文件
用法：cp 源文件 目标文件 例： cp file1 file2 #当前目录下复制file1到 file2 cp file1 /tmp #复制当前目录下的file1到/tmp目录下
POTCAR文件 zcat /share/apps/vasp/bin/pot/potpaw-gga/C/POTCAR.Z>POTCAR 运行 qsub /home/shfwang/queue.pbs
2).在固定电子密度的情况下，得到选取K点的能量本征值。
修改INCAR INCAR 文件 SYSTEM = C PREC =accurat ISTART = 0 ICHARG = 11 EDIFF = 0.1E-03 NSW = 0 IBRION = 2 ISIF = 2
运行程序
查看能带 cat EEIGENVAL
Tight binding By vasp
谢谢大家！
POSCAR文件
C 2.45944 # 晶格常数 1.000 0.000 0.000 0.500 0.866 0.000 0.000 0.000 15.000 #层间距取得大 2 #表示复式格子 Cartesian 0.000000 0.000000 0.000000 0.500000 0.288667 0.000000 #第二个原子位置
cd： 改变所在目录
使用方式 : cd [dirName] 例： cd /home/test #进入/home/test目录 cd .. #回到上一级目录 cd #回到你的登录目录 cd test #进入当前目录下的test目录
pwd：显示你的当前路径
用法：pwd 例： cd /share/apps/vasp pwd /share/apps/vasp
KPOINTS 文件
Atuo #注释行 0 #0表示自动产生 Monk #产生方法 1 1 1 #1*1*1,网络尺寸 0.0 0.0 0.0 #k点相对于原点平移
For atoms and molecules, the Bloch theorem does not apply, hence there is no need to use more than one single k-point. When more k-points are used, only the interaction between the atoms (which should be zero) is described more accurately.
在同一个目录下准备好四个文件： INCAR POSCAR (POSITION +CAR) KPOINTS POTCAR (类似于分子动力学中势场文件， 但信息更多)
2. 单个原子能量计算（H原子）
氢原子的能量为-13.6eV在这一节中，我们用VASP计算H 原子的能量
百度文库
INCAR 文件
POSCAR 文件
8.00 8.05
8.10 8.15
8.20 8.25
2.70
2.75
2.80
2.85
2.90
2.95
3.00
a=
Experimental value: 2.86 A
2.83478
5.能带计算（单层石墨）
1).自洽计算产生正确的基态电子密度
INCAR 文件 SYSTEM = C PREC =accurat #medium, high low ISTART = 0 # job : 0-new 1-cont 2-samecut ICHARG = 2 # charge: 1-file 2-atom 10-const EDIFF = 0.1E-03 # stopping-criterion for ELM NSW = 0 # number of steps for IOM IBRION = 2 # ionic relax: 0-MD 1-quasi-New 2-CG ISIF = 2 #stress and relaxation KPOINTS文件: Auto 0 Monkhorst Pack 555 00 0