Linux简介与vasp_初步
SYSTEM=H ISTART=0 ICHARG=2 ENCUT=300 ISPIN=2
#注释行 #表示新的计算 #表示原子 #切断能 #考虑自旋
Htom 15 1.0 0.0 0.0 0.0 1.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1 Cart 0.0 0.0 0.0
#注释行 #晶格常数
#晶格基矢量 # 原胞内的原子 #笛卡尔坐标 #原子的初始坐标
本服务器信息
[wangrui@phy-cluster bin]$ cat vasp-p #!/bin/sh source /opt/intel/impi/4.0.0.027/bin64/mpivars.sh which mpdboot mpdboot mpiexec -n 1 /share/apps/vasp/bin/vasp52_impi4.0.0.027_mkl10.2.5.035
~\SecureCRT\download
rz：上传windows文件到linux主机下，自己选择目录
2.Linux系统之间的数据传输 在普通用户下$ scp –r usrname@10.253.112.***:~direction/filename ./
Vasp 初步
1. 概述
软件主要功能： l 采用周期性边界条件（或超原胞模型）处理原子、分子、团簇、纳米线 （或管）、 薄膜、晶体、准晶和无定性材料，以及表面体系和固体 l 计算材料的结构参数（键长、键角、晶格常数、原子位置等）和构型 l 计算材料的状态方程和力学性质（体弹性模量和弹性常数） l 计算材料的电子结构（能级、电荷密度分布、能带、电子态密度和ELF） l 计算材料的光学性质 l 计算材料的磁学性质 l 计算材料的晶格动力学性质（声子谱等） l 表面体系的模拟（重构、表面态和STM模拟） l 从头分子动力学模拟 l 计算材料的激发态（GW准粒子修正）
POTCAR 文件 路径： /share/apps/vasp/bin/pot/
zcat /share/apps/vasp/bin/pot/paw/potpaw_PBE/H/POTCAR.Z>POTCAR
已经有四个文件
执行VASP
前台运行：$ vasp-p 后台运行：nohup vasp-p > out 2>&1 & (推荐使用)
mv 移动文件
• 用法：mv 源文件 目标文件 • 例： mv file1 file2 #当前目录下将file1移动到file2 cp file1 /tmp #移动当前目录下的file1 /tmp目录下
rm 删除文件
用法：rm 文件名 例： rm file1 #删除当前路径下file1 rm –rf test #强制删除test目录
KPOINTS
atuo 0 Monk 13 13 13 0.0 0.0 0.0
POTCAR
zcat /share/apps/vasp/bin/pot/paw/potpaw_PBE/H/POTCAR.Z>POTCAR
POSCAR 用这样一个循环脚本代替
chmod +x loop
nohup ./loop > out 2>&1 &
INCAR
SYSTEM = Fe ENCUT = 450 ISTART = 0; ICHARG = 2 ISMEAR = -5 NSW = 0; IBRION = -1 ISIF = 2 ISPIN = 2 EDIFF = 1.0E-5; PREC = Accurate LWAVE =.FALSE. LCHARG =.FALES.
cd： 改变所在目录
使用方式 : cd [dirName] 例： cd /home/test #进入/home/test目录 cd .. #回到上一级目录 cd #回到你的登录目录 cd test #进入当前目录下的test目录
pwd：显示你的当前路径
用法：pwd 例： cd /share/apps/vasp pwd /share/apps/vasp
vi 建文件文与本编辑器
用法：vi 文件名 进入vi后命令： i – 光标前插入 文件操作按Esc， 打 “：” 出现命令提示： q － 退出 wq－存盘退出 q！－ 不保存退出
cat：显示文件内容
• 用法：cat 文件名
cp 复制文件
用法：cp 源文件 目标文件 例： cp file1 file2 #当前目录下复制file1到 file2 cp file1 /tmp #复制当前目录下的file1到/tmp目录下
ls：查看目录内容
用法：ls 选项 例： ls ls –a ls –l
#查看当前目录内容 #查看所有的文件 #查看文件详细信息，如显示了文件创建的日期、 它的大 小、所有者、权限等等 . ls *.exe #显示扩展名为exe的文件
mkdir 创建目录 （文件夹）
用法：mkdir 路径+目录名 例： mkdir mydir #在当前路径下创建mydir mkdir /tmp/dir #在/tmp目录下创建dir
运行程序
查看能带 cat EEIGENVAL
Tight binding By vasp
谢谢大家！
查看输出
输出文件OUTCAR中包含所有信息 cat OUTCAR
氢原子基态能量
EG=-1.11423109-12.48858249= -13.6028
3. 计算前的验证
K-POINT验证
KPOINTS 用脚本loop代替
截断能的验证
INCAR 用脚本loop代替
4. 晶格常数的计算 （以Fe为例子）
ps –aux #查看进程
kill 进程编号 #结束进程
Sh脚本的写法 详细请参见 /viewarticle.php?id=20338
Linux压缩与减压
数据传输
1.与windows主机的数据传输 sz：下载linux数据到windows主机下，默认目录
POSCAR文件
C 2.45944 # 晶格常数 1.000 0.000 0.000 0.500 0.866 0.000 0.000 0.000 15.000 #层间距取得大 2 #表示复式格子 Cartesian 0.000000 0.000000 0.000000 0.500000 0.288667 0.000000 式 1. Windows 登录方式
远程登录主要有Secure Shell (SSH)的登陆方式。在 Windows系统下需要安装支持SSH的终端模拟器软件（如 SecureCRT、Mindterm等)。
2. Linux 登录方式 若采用Linux终端，也可以登录远程主机，登录方式如下；
POTCAR文件 zcat /share/apps/vasp/bin/pot/potpaw-gga/C/POTCAR.Z>POTCAR 运行 qsub /home/shfwang/queue.pbs
2).在固定电子密度的情况下，得到选取K点的能量本征值。
修改INCAR INCAR 文件 SYSTEM = C PREC =accurat ISTART = 0 ICHARG = 11 EDIFF = 0.1E-03 NSW = 0 IBRION = 2 ISIF = 2
Linux简介与vasp 初步
王锐 重庆大学物理学院物理系
2011.05.09
目录
• Linux 简介
/special/linuxcom/
• Vasp 初步 • 1. 概述
• • • • 2. 单个原子的计算（H原子） 3. 晶格常数的优化 4. 计算前的验证 5. 能带计算(单层石墨graphen)
KPOINTS 文件
Atuo #注释行 0 #0表示自动产生 Monk #产生方法 1 1 1 #1*1*1,网络尺寸 0.0 0.0 0.0 #k点相对于原点平移
For atoms and molecules, the Bloch theorem does not apply, hence there is no need to use more than one single k-point. When more k-points are used, only the interaction between the atoms (which should be zero) is described more accurately.
在同一个目录下准备好四个文件： INCAR POSCAR (POSITION +CAR) KPOINTS POTCAR (类似于分子动力学中势场文件， 但信息更多)
2. 单个原子能量计算（H原子）
氢原子的能量为-13.6eV在这一节中，我们用VASP计算H 原子的能量
INCAR 文件
POSCAR 文件
8.00 8.05
8.10 8.15
8.20 8.25
2.70
2.75
2.80
2.85
2.90
2.95
3.00
a=
Experimental value: 2.86 A
2.83478
5.能带计算（单层石墨）
1).自洽计算产生正确的基态电子密度
INCAR 文件 SYSTEM = C PREC =accurat #medium, high low ISTART = 0 # job : 0-new 1-cont 2-samecut ICHARG = 2 # charge: 1-file 2-atom 10-const EDIFF = 0.1E-03 # stopping-criterion for ELM NSW = 0 # number of steps for IOM IBRION = 2 # ionic relax: 0-MD 1-quasi-New 2-CG ISIF = 2 #stress and relaxation KPOINTS文件: Auto 0 Monkhorst Pack 555 00 0
vasp介绍
vasp介绍(转帖)V ASP (V AMP)主页：http://cms.mpi.univie.ac.at/vasp/简介：V ASP是使用赝势和平面波基组，进行从头量子力学分子动力学计算的软件包，它基于CASTEP 1989版开发。
V AMP/V ASP中的方法基于有限温度下的局域密度近似（用自由能作为变量）以及对每一MD步骤用有效矩阵对角方案和有效Pulay混合求解瞬时电子基态。
这些技术可以避免原始的Car-Parrinello方法存在的一切问题，而后者是基于电子、离子运动方程同时积分的方法。
离子和电子的相互作用超缓V anderbilt赝势(US-PP)或投影扩充波(PA W)方法描述。
两种技术都可以相当程度地减少过渡金属或第一行元素的每个原子所必需的平面波数量。
力与张量可以用V AMP/V ASP很容易地计算，用于把原子衰减到其瞬时基态中。
功能：FeaturesSelf-consistent density functional method with plane wave basisAll-electron projector-augmented-wave (PA W) potentials covering all atoms of the periodic table Local density approximation (LDA) and generalized gradient approximation (GGA)Spin restricted and spin-polarizedSemi-relativistic and full spin-orbit relativisticNon-collinear magnetismLDA (GGA)+U for correlated systemsApplicable to bulk systems, surfaces, interfaces, and molecules (in supercell geometry)Total energies, forces, and the full stress tensorConcurrent relaxation of lattice parameters and atomic positionsAb initio molecular dynamicsGeneration of Monkhorst-Pack special k-pointsIntegration in k-space with smearing or tetrahedron method (with Blöchl correction)Band structure (spin restricted and spin polarized)Site, spin and partial-wave projected densities of statesPartial densities of states at Fermi levelCharge densities Spin densitiesUltra-soft pseudopotentials are offered for comparison平台：UNIX/LINUX相关软件：1. p4vasp主页：http://cms.mpi.univie.ac.at/odubay/p4vasp_site/news.php说明：处理V ASP xml格式输出文件的免费图形环境工具。
Linux操作系统基础教程
Linux操作系统基础教程Linux操作系统基础教程1.简介：1.1 什么是Linux操作系统1.2 Linux的历史1.3 Linux操作系统的优势2.安装Linux操作系统：2.1 准备安装环境2.2 Linux发行版2.3 制作启动盘2.4 安装Linux操作系统2.5 安装后的配置3.Linux基本命令：3.1 文件和目录操作：3.1.1 ls - 列出文件和目录3.1.2 cd - 切换目录3.1.3 mkdir - 创建目录3.1.4 cp - 复制文件和目录3.1.5 rm - 删除文件和目录3.1.6 mv - 移动文件和目录3.1.7 pwd - 显示当前目录3.2 文件内容查看和编辑：3.2.1 cat - 查看文件内容3.2.2 less - 分页查看文件内容3.2.3 vim - 文本编辑器的使用3.3 系统操作和管理：3.3.1 shutdown - 关机3.3.2 reboot - 重启3.3.3 ps - 查看进程信息3.3.4 top - 动态监控运行中的进程 3.3.5 su - 切换用户3.4 网络相关命令：3.4.1 ping - 测试网络连接3.4.2 ifconfig - 配置和显示网络接口信息3.4.3 netstat - 显示网络连接、路由表和接口统计4.Linux文件系统：4.1 文件系统简介4.2 Linux文件系统结构4.3 常见的文件系统类型4.4 文件权限和所有权4.5 文件系统相关命令5.Linux用户和权限管理：5.1 用户和组5.2 创建和管理用户5.3 用户组管理5.4 文件权限管理5.5 特殊权限和文件属性6.Shell脚本编程：6.1 Shell脚本语言简介6.2 运行Shell脚本6.3 Shell脚本的基本语法6.4 Shell脚本编程示例7.系统安全和日志管理：7.1 用户账户安全7.2 防火墙配置7.3 SELinux安全策略7.4 安全更新和漏洞修复7.5 日志管理8.常用服务器搭建：8.1 HTTP服务器搭建8.2 FTP服务器搭建8.3 SSH服务器搭建8.4 DNS服务器搭建8.5 邮件服务器搭建9.常见的故障处理：9.1 硬件故障处理9.2 网络故障处理9.3 系统崩溃和故障排查9.4 应用程序故障排查10.附件：附件1：Linux常用命令表附件2：Linux文件系统类型列表附件3：Shell脚本编程示例法律名词及注释：- GPL（General Public License）：通用公共许可协议，是自由软件基金会（FSF）发布的一种自由软件协议。
《linux概述》课件
软件仓库
APT使用软件仓库来存储和管理软件包。用户可以通过配 置软件仓库来添加或删除软件源，以便获取最新的软件包 版本。
安全性和稳定性
APT软件源经过严格审查，确保安全性和稳定性。同时， APT会自动处理软件包的数字签名，验证软件包的完整性 和来源。
Red Hat系列的YUM/DNF软件包管理
YUM/DNF简介
和自动补全功能，提高命
令行效率。
命令行基本操作
介绍如何在命令行中输入 命令、查看命令帮助、执 行命令等。
Linux的常用命令
01 文件操作命令
介绍如`ls`、`cp`、`mv`、 `rm`等常用文件操作命令 及其参数。
03 系统信息命令
介绍如`uname`、`df`、
`du`等获取系统信息的命
令。
06
Linux网络配置与管理
网络基础知识
IP地址
IP地址是网络中计算机的唯一标识，分为IPv4和IPv6两种 。
01
子网掩码
用于划分IP地址的网络部分和主机部分 。
02
03
默认网关
指明数据包应发送到的下一个路由器 。
常用网络命令
ping
测试与目标主机的连接状态。
ifconfig
查看和配置网络接口信息。
桌面领域
Linux桌面操作系统如Ubuntu、 Fedora等，为用户提供了一个稳定、 安全和个性化的使用环境。
物联网与嵌入式系统
Linux的小型化和定制化特性使其在 物联网设备和嵌入式系统中得到广泛 应用。
02
Linux系统基础
Linux的文件系统
01
文件类型
详细解释Linux中的文件类型， 如普通文件、目录、符号链接、 设备文件等。
个人非常好的VASP学习与总结
精析V ASP目录第一章LINUX命令11.1 常用命令11.1.1 浏览目录11.1.2 浏览文件11.1.3 目录操作11.1.4 文件操作11.1.5 系统信息1第二章SSH软件使用22.1 软件界面22.2 SSH transfer的应用32.2.1 文件传输32.2.2 简单应用3第三章VASP的四个输入文件33.1 INCAR 33.2 KPOINTS 43.3 POSCAR 43.4 POTCAR 5第四章实例54.1 模型的构建54.2 VASP计算84.2.1 参数测试（VASP）参数设置这里给出了赝势、ENCUF、K点、SIMGA一共四个参数。
是都要验证吗？还是只要验证其中一些？84.2.2 晶胞优化(Cu) 134.2.3 Cu(100)表面的能量144.2.4 吸附分子CO、H、CHO的结构优化154.2.5 CO吸附于Cu100表面H位174.2.6 H吸附于Cu100表面H位184.2.7 CHO吸附于Cu100表面B位194.2.8 CO和H共吸附于Cu100表面204.2.9 过渡态计算21第一章Linux命令1.1 常用命令1.1.1 浏览目录cd: 进入某个目录。
如：cd /home/songluzhi/vasp/CH4 cd .. 上一层目录；cd / 根目录；ls: 显示目录下的文件。
注：输入目录名时，可只输入前3个字母，按Tab键补全。
1.1.2 浏览文件cat：显示文件内容。
如：cat INCAR如果文件较大，可用：cat INCAR | more (可以按上下键查看) 合并文件：cat A B > C (A和B的内容合并，A在前，B在后) 1.1.3 目录操作mkdir：建立目录；rmdir：删除目录。
如：mkdir T-CH3-Rh1111.1.4 文件操作rm：删除文件；vi：编辑文件；cp：拷贝文件mv：移动文件；pwd：显示当前路径。
如：rm INCAR rm a* (删除以a开头的所有文件)rm -rf abc (强制删除文件abc)tar：解压缩文件。
VASP软件介绍解读
0S.0I0G0M00A00=000.010000000 0.5000000000000000 0.4589585899816485
0#.5I0S0I0F00=02000000000 0.0000000000000000 0.9589585899816486
0I.5A0L0G00O00=04080000000 0.0000000000000000 0.5410414100183514
POTCAR输入文件: 赝势文件
Si 的一种势函数的部分内容
US Si 4.00000000000000000 parameters from PSCTR are: VRHFIN =Si: s2p2 LEXCH = CA EATOM = 115.7612 eV, 8.5082 Ry GGA = -1.4125 -1.4408 .0293 -.9884 eV
First-principles electronic structure calculations
• 简介 • 基本任务 • 输入文件 • 输出文件 • 程序举例 • 操作界面
简介—VASP是什么
• 全称Vienna Ab-inito Simulation Package • 是一个采用平面波赝势(或缀加投影波)方法进行
0.5000000000000000 0.0000000000000000 0.7500000000000000
(2). 优化晶格参数
• 运行VASP，从输出文件CONTCAR中查看优化之后的晶格 常数。
（3）固定晶格常数静态计算，得到后面计算要用到的电荷 密度。
TiO2
1S.0Y0S0T0E00M00=0T00iO0020
# ISIF = 3 IALGO = 48 NELMDL = -5
太原理工大学--VASP--讲解
V ASP 学习教程太原理工大学量子化学课题组2012/5/25 太原目录第一章LINUX命令 (1)1.1 常用命令 (1)1.1.1 浏览目录 (1)1.1.2 浏览文件 (1)1.1.3 目录操作 (1)1.1.4 文件操作 (1)1.1.5 系统信息 (1)第二章SSH软件使用 (2)2.1 软件界面 (2)2.2 SSH transfer的应用 (3)2.2.1 文件传输 (3)2.2.2 简单应用 (3)第三章VASP的四个输入文件 (3)3.1 INCAR (3)3.2 KPOINTS (4)3.3 POSCAR (4)3.4 POTCAR (5)第四章实例 (5)4.1 模型的构建 (5)4.2 VASP计算 (8)4.2.1 参数测试 (8)4.2.2 晶胞优化(Cu) (13)4.2.3 Cu(100)表面的能量 (2)4.2.4 吸附分子CO、H、CHO的结构优化 (2)4.2.5 CO吸附于Cu100表面H位 (4)4.2.6 H吸附于Cu100表面H位 (5)4.2.7 CHO吸附于Cu100表面B位 (6)4.2.8 CO和H共吸附于Cu100表面 (7)4.2.9 过渡态计算 (8)第一章Linux命令1.1 常用命令1.1.1 浏览目录cd: 进入某个目录。
如：cd /home/songluzhi/vasp/CH4 cd .. 上一层目录；cd / 跟目录；ls: 显示目录下的文件。
注：输入目录名时，可只输入前3个字母，按Tab键补全。
1.1.2 浏览文件cat：显示文件内容。
如：cat INCAR如果文件较大，可用：cat INCAR | more (可以按上下键查看) 合并文件：cat A B > C (A和B的内容合并，A在前，B在后) 1.1.3 目录操作mkdir：建立目录；rmdir：删除目录。
如：mkdir T-CH3-Rh1111.1.4 文件操作rm：删除文件；vi：编辑文件；cp：拷贝文件mv：移动文件；pwd：显示当前路径。
简单组建linux集群及并行编译vasp过程
简单组建linux集群及并行编译vasp过程我们现在主要是用做高性能计算，下面就是我的集群的组建过程。
集群的硬件环境：做一个集群，节点机器的硬件最好相同，这样计算的效率就会高很多，同时组建集群也相对容易。
以下是我的机器的配置情况（全新，组装）另外要说的是，我们的节点机没有配置显示器，全部工作由服务器完成。
连接就是通过交换机连接，和一般局域网连接相同。
服务器：P4 3.2，内存2 G ，硬盘：160G ，显示器，网卡：2个千兆网卡（money：8千多）节点（10台）： P4 3.2，内存：2 G，硬盘：80G ，网卡：千兆网卡（5千多每台）华为24口千兆交换机（4千多）集群软件环境：建一个简单的集群，其实并不难，主要配置nis，nfs，rsh，mpi 就好了。
推荐大家看一本书《微机集群组建、优化和管理》车静光著，机械工业出版社。
我的集群，采用suse9.3，操作系统其实也很重要，这次试了很多操作系统，redhat9，rhas4无法识别网卡，rocks无法安装，如果硬件没有什么问题，建议大家可以试下rocks cluster这个集群系统，rocks集操作系统和集群于一体，安装完成并行环境就已经建立，而且还配备了pbs管理软件，非常简单，容易上手，只是我的硬件不太兼容，本来是想装rocks的，无奈，只有自己动手了。
Suse配置nis，nfs非常简单，因为suse强大的yast，就像window一样方便，只要鼠标轻点几下就ok。
1．Linux系统的安装，suse安装也非常简单，在此不想详细讲太多，主要是在分区的时候要注意，最要自己手动分区，对于服务器来说，最好能分一个独立的分区/home，因为节点机器要通过nfs共享服务器的/home。
注意的是一下几个软件包一定要安装nfs（nfs－utils），nis（ypbind），rsh（rsh－server）。
2．基本的网络配置（通过yast的网卡配置）服务器的：192.168.1.253 hostname：node0 域名：node0.cluster节点机器：192.168.1－192.168.1.10 hostname：node1－node10 域名：node*.cluser掩码：255.255.255.03.服务器的配置3.1．Nfs设置NFS（NetWork File System）是一种使用比较多的网络文件系统，它以它的安装容易，使用方便得到很多Linux爱好者的使用。
Linux入门基础教程
Linux⼊门基础教程转载⾃：1. 1 Linux操作系统简介Linux是⼀套免费使⽤和⾃由传播的类Unix操作系统，是⼀个基于POSIX和UNIX的多⽤户、多任务、⽀持多线程和多CPU的操作系统。
它能运⾏主要的UNIX⼯具软件、应⽤程序和⽹络协议。
它⽀持32位和64位硬件。
Linux继承了Unix以⽹络为核⼼的设计思想，是⼀个性能稳定的多⽤户⽹络操作系统。
1991年的10⽉5⽇，Linux创始⼈林纳斯·托⽡兹（Linus Torvalds）在comp.os.minix新闻组上发布消息，正式向外宣布Linux内核的诞⽣，1994年3⽉，Linux 1.0发布，代码量17万⾏，当时是按照完全⾃由免费的协议发布，随后正式采⽤GPL（General Public License的缩写，是⼀份GNU通⽤公共授权）协议。
Linux具有如下优点：Ø 稳定、免费或者花费少Ø 安全性⾼Ø 多任务，多⽤户Ø 耗资源少Ø 由于内核⼩，所以它可以⽀持多种电⼦产品，如：Android⼿机、PDA等。
1. 2 Linux发展趋势随着IT产业的不断发展，⽤户对⽹站体验要求也越来越⾼，⽽⽬前主流⽹站后端承载系统都是Linux系统，⽬前Android⼿机全部基于Linux内核研发。
企业⼤数据、云存储、虚拟化等先进技术都是基于Linux系统。
2010年据有关权威部门统计：将来⼏年内我国软件⾏业的从业机会⼗分庞⼤，中国每年对软件⼈才的需求将达到50万⼈左右。
⽽对于Linux 专业⼈才的就业前景，更是⼴阔；据悉在未来5-10年内 Linux 专业⼈才的需求将达到 120 万+！尤其是有经验的资深的Linux⼯程师⽬前⾮常的缺乏，薪资也是⾮常诱⼈，平均⽉薪都是15-20K，能⼒强的薪资更⾼。
所以机会对每个⼈都是公平的，关键是我们每个⼈如何去⾏动，选择⼤于努⼒。
1. 3 Linux系统安装在安装Linux系统之前，先来了解windows系统结构，windows系统⼀般是安装在C盘系统盘，同样Linux也有类似的系统盘（/根分区），Linux通常分区为（根分区/、swap分区），Linux系统以⽂件的存储⽅式，所有的⽂件都是存储在某个⽬录下的，类似于windows的⽂件夹。
VASP软件介绍ppt课件
0.00000000000000000 9.518838639V6A3S40P2提63供的
Monkhorst Pack
各种POTCAR
444
0I.0B0R0I0O0N00=00-01000000 0.0000000000000000000 0.2089585899816485
0I.5S0M00E0A0R00=000000000 0.5000000000000000 0.7089585899816486
First-principles electronic structure calculations
• 简介 • 基本任务 • 输入文件 • 输出文件 • 程序举例 • 操作界面
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简介—VASP是什么
• 全称Vienna Ab-inito Simulation Package • 是一个采用平面波赝势(或缀加投影波)方法进行
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POSCAR输入文件：描述体系结构
例:SiC体系的POSCAR文件
Cubic SiC 3.57 0.0 0.5 0.5 0.5 0.0 0.5 0.5 0.5 0.0 11 Direct 0.00 0.00 0.00 0.25 0.25 0.25
设置体系的名称 晶格常数或缩放系数
原胞(或晶胞)的基矢
0.0000000000000000 0.5000000000000000 0.0410414100183514
0.5000000000000000 0.5000000000000000 0.2910414100183515 将CONTCAR
0.0000000000000000 0.0000000000000000 0.7910414100183514 0.0000000000000000 0.0000000000000000 0.0000000000000000 0.5000000000000000 0.5000000000000000 0.5000000000000000 0.0000000000000000 0.5000000000000000 0.2500000000000000
Linux简介与vasp_初步
ps –aux #查看进程
kill 进程编号 #结束进程
Sh脚本的写法 详细请参见 /viewarticle.php?id=20338
Linux压缩与减压
数据传输
1.与windows主机的数据传输 sz：下载linux数据到windows主机下，默认目录
Linux简介与vasp 初步
王锐 重庆大学物理学院物理系
2011.05.09
目录
• Linux 简介
/special/linuxcom/
• Vasp 初步 • 1. 概述
• • • • 2. 单个原子的计算（H原子） 3. 晶格常数的优化 4. 计算前的验证 5. 能带计算(单层石墨graphen)
INCAR
SYSTEM = Fe ENCUT = 450 ISTART = 0; ICHARG = 2 ISMEAR = -5 NSW = 0; IBRION = -1 ISIF = 2 ISPIN = 2 EDIFF = 1.0E-5; PREC = Accurate LWAVE =.FALSE. LCHARG =.FALES.
POSCAR文件
C 2.45944 # 晶格常数 1.000 0.000 0.000 0.500 0.866 0.000 0.000 0.000 15.000 #层间距取得大 2 #表示复式格子 Cartesian 0.000000 0.000000 0.000000 0.500000 0.288667 0.000000 #第二个原子位置
KPOINTS 文件
Atuo #注释行 0 #0表示自动产生 Monk #产生方法 1 1 1 #1*1*1,网络尺寸 0.0 0.0 0.0 #k点相对于原点平移