MedicalImage13医学图像分类

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医学图像的分割

医学图像的分割

第六章医学图像分割医学图像分割是医学图像处理和分析的关键步骤,也是其它高级医学图像分析和解释系统的核心组成部分。

医学图像的分割为目标分离、特征提取和参数的定量测量提供了基础和前提条件,使得更高层的医学图像理解和诊断成为可能。

本章首先对医学图像分割的意义、概念、分类及其研究现状进行了概述,然后分别对基于阈值、基于边缘、基于区域和基于模式识别原理的各种常见医学图像分割方法作了详尽而系统的介绍,接着在对图像分割过程中经常用到的二值图像数学形态学基本运算作了简单叙述之后,较为详细地讨论了医学图像分割效果和分割算法性能的常用评价方法。

第一节医学图像分割的意义、概念、分类和研究现状医学图像分割在医学研究、临床诊断、病理分析、手术计划、影像信息处理、计算机辅助手术等医学研究与实践领域中有着广泛的应用和研究价值,具体表现为以下几个方面:(1) 用于感兴趣区域提取,便于医学图像的分析和识别。

如不同形式或来源的医学图像配准与融合,解剖结构的定量度量、细胞的识别与计数、器官的运动跟踪及同步等;(2)用于人体器官、组织或病灶的尺寸、体积或容积的测量。

在治疗前后进行相关影像学指标的定量测量和分析,将有助于医生诊断、随访或修订对病人的治疗方案; (3)用于医学图像的三维重建和可视化。

这有助于外科手术方案的制定和仿真、解剖教学参考及放疗计划中的三维定位等;(4)用于在保持关键信息的前提下进行数据压缩和传输。

这在远程医疗中对实现医学图像的高效传输具有重要的价值;(5)用于基于内容的医学图像数据库检索研究。

通过建立医学图像数据库,可对医学图像数据进行语义学意义上的存取和查找。

所谓医学图像分割,就是根据医学图像的某种相似性特征(如亮度、颜色、纹理、面积、形状、位置、局部统计特征或频谱特征等)将医学图像划分为若干个互不相交的“连通”的区域的过程,相关特征在同一区域内表现出一致性或相似性,而在不同区域间表现出明显的不同,也就是说在区域边界上的像素存在某种不连续性。

MedicalImage8医学图像分割(阈值分割)

MedicalImage8医学图像分割(阈值分割)
P(Z)
目标
背景
Z T T+△T
5
4.4.1 阈值分割法原理
最简单的利用取阈值方法来分割灰度图像的步 骤如下。首先对1幅灰度取值在gmin和gmax之间的 图像确定一个灰度阈值T(gmin < T < gmax),然 后将图像中每个象素的灰度值与阈值T相比较, 并将对应的象素根据比较结果(分割)划为2类: 象素的灰度值大于阈值的为1类,象素的灰度值 小于阈值的为另1类。这2类象素一般对应图像 中的2类区域。

28

灰度值和梯度值散射图(2-D直方图)见下图。1个轴是 灰度值轴,1个轴是梯度值轴。散射图中一般会有2个接 近灰度值轴(低梯度值)但沿灰度值轴又互相分开一些 的大聚类,它们分别对应目标和背景内部的象素。散射 图中还会有较少的对应目标和背景边界上象素的点。这 些点的位置沿灰度值轴处于前2个聚类中间,但由于有较 大的梯度值而与灰度值轴有一定的距离。
f '(x)
边界象素 背景象素 0 目标象素 f (x)
29
作业

1、一幅图像背景部分的均值为25,方差为 625,在背景上分布着一些互不重叠的均值 为150,方差为400的小目标。设所有目标合 起来约占图像总面积的20%,提出1个基于 取阈值的分割算法将这些目标分割出来。
返回
30

2、Suppose that an image has the gray-level probability density function shown as following. Here P1(z) corresponds to objects and P2(z) corresponds to the background. Assume that P1=P2 and find the optimal threshold between object and background pixel.

第5章医学图像分类

第5章医学图像分类

要实现这样的功能,在网络输出层神经元之间建立侧方向的反馈联接。左下图 是带有侧反馈的一维网络结构,右下图是带有侧反馈的二维网络结构。
侧反馈的大小和类型(激活或抑制)体现在联接侧反馈的权系数上。权系数是 网络格点中神经元之间几何距离的函数。
如何确定这些权系数才能获得预期的效果呢?让我们效仿生物系统的神经元 的相互作用关系。
仍用 x表示输入向量:
x x1, x2,, xp T
对应输出层神经元j的权向量 wj 可以写作:
wj wj1, wj2,, wjp T j 1,2,, N
获胜单元的确定权向量 wj 与输入向量 x 匹配最佳的输出神经元。前面已经介绍, 有两种方法可以完成这个任务。
第5章 医学图像分类
医学图像分类(Classification)与分割(Segmentation) 二者具有相近含义,有时很难严格区分。
本书把它们作为两个独立的章节介绍是考虑到 “分割”一词更强调几何形态方面的操作,而分类往 往还给出明确的解剖标识。
因此,第4章的内容偏重在图像几何形态处理的算 子和算法,第5章则介绍一些面向医学应用的实用算法。 在以下的叙述中,我们并不刻意对“分割”与“分类” 加以区分,因为大多数文献对二者也是经常混用的。 只是在强调解剖标识时才使用“分类”一词。
表5.1 五种组织在各分类图中所占像素数与总像素数的百分比
Background
参考分类
40.62%
T1-T2分类
40.86%
Pd-T1分类
44.86%
Pd-T2分类
51.34%
Pd-T1-T2分类
44.20%
加权Pd-T1-T2分类 42.70%
C.S.F Graymatter Whitematter 3.51% 27.96% 22.18% 1.52% 31.22% 20.55% 18.78% 12.00% 18.53% 1.73% 17.52% 27.19% 1.87% 27.53% 20.64% 1.69% 28.17% 21.69%

image医学上意思

image医学上意思

在医学上,"image" 通常指的是医学影像,是指通过各种医学成像技术获得的人体内部结构和功能的图像。

这些图像可以帮助医生诊断疾病、制定治疗计划和监测治疗效果。

医学影像包括X 射线、CT、MRI、超声、核医学等多种技术。

每种技术都有其独特的优势和适用范围,可以根据不同的病情和诊断需求选择合适的影像技术。

医学影像在现代医学中发挥着重要的作用,它可以帮助医生更准确地诊断疾病,提高治疗效果,减少误诊和漏诊的风险。

同时,医学影像也为医学研究提供了重要的工具,有助于深入了解人体结构和功能,推动医学的发展。

医学影像分类

医学影像分类

医学影像分类介绍医学影像分类是指利用机器学习和人工智能技术对医学影像进行分类和识别,从而帮助医生做出准确的诊断和治疗方案。

医学影像包括X射线、CT、MRI等不同类型的影像,通过对医学影像进行分类,可以实现早期疾病的发现和定量分析,提高医疗效率和准确性。

医学影像分类的意义医学影像分类在临床医学中具有重要意义。

传统的医学影像诊断主要依赖于医生的经验和直觉,但这种方式存在主观性和误判的风险。

通过借助机器学习和人工智能技术,可以实现对医学影像的自动化分析和分类。

这些技术能够从庞大的医学影像数据库中学习,建立准确的分类模型,协助医生进行疾病诊断和治疗决策。

医学影像分类的方法医学影像分类的方法有很多种,下面介绍几种常用的方法。

1. 特征提取特征提取是医学影像分类的关键步骤。

医学影像通常包含大量的复杂信息,如纹理、形状、灰度等。

通过提取这些特征,可以将医学影像转化为更易于分析和处理的形式。

常用的特征提取方法包括基于统计学的方法、基于滤波器的方法和基于图像处理的方法。

2. 机器学习算法机器学习算法是医学影像分类的核心。

常用的机器学习算法包括支持向量机(SVM)、随机森林(Random Forest)、神经网络(Neural Network)等。

这些算法通过学习医学影像的特征和标签之间的关系,建立准确的分类模型。

通过对新的医学影像进行分类,可以实现自动化的疾病诊断。

3. 深度学习深度学习是一种基于神经网络的机器学习方法,近年来在医学影像分类中取得了显著的成果。

深度学习通过多层次的神经网络模型,能够对医学影像进行高级特征提取和抽象,并实现准确的分类。

深度学习方法在医学影像分类中广泛应用,如肺癌诊断、乳腺癌诊断等。

医学影像分类的应用医学影像分类在临床医学中有广泛的应用。

1. 疾病诊断医学影像分类可以用于辅助疾病的早期诊断。

通过对大量的医学影像数据进行学习和分析,可以实现对疾病的准确分类和诊断。

例如,通过对乳腺X射线照片进行分类,可以实现早期乳腺癌的诊断,提高治疗的成功率。

医学图像分割算法分类及特点

医学图像分割算法分类及特点

图像类型或不同的分割定义方式进行分类 依据图像灰度值 的不连续 设定若干个种子点或种子区域 .再按 照一定 的生长准 则对邻 域像 素点
性和相似性及处理策略的不同 ,将分割技术分为 :并行边界类 、串行边 进行判断 、归并 ,重复上述过程 ,直至完成所有像素点 的判 断。该 算法
界类 、并行区域类和串行区域类 四种 。本文从具体方法 出发将现有 的 的关键是初 始种子点的选择 .生长准则 、生长顺 序以及终止条件 的设
于各种场合 ,如组织容积的定量分析 、解剖结构的研究 、计算机辅助诊 征 。基于 区域的分割方法有 阈值法 、区域生长和分裂合并法 、数学形态
断 、治疗规划 、功 能成像 数据 的局部效应 校正和计算机 引导手术 。因 学方法 、聚类法等
此 .对 医学 图像分 割方法 的研究具有 重要的理论价值 和广泛应用前 1.2.1 阈值法
景 。
阈值分 割是 一种并行 的直接检测 区域 的分割方法 .具有计算 方
1 医学 图 像 分 割技 术分 类
便 、实用性强 的优点 根据图像中的 目标个数可分 为单 阈值 分割和多 阈值分割 由于阈值的设定容易受噪声 和光亮度 的影 响.所 以阈值选
医学图像分割是图像 分割在 医学领域 的应用 .准确的分割可 以辅 择具有一定 的难度 阈值分割常用 作医学 图像 的预处理 .通常结 合其 助 医生判 断病情 、量 化分析病灶 区域 .为正确 的疾病诊 断提供可靠 的 它分割方法进行后处理完成分割 ,如 cT图像 中皮肤 、骨骼 的分割 。
前研究最多 、应用最广的方法 该方法 的主要优点是能够直接产生 闭 分 割是一种有监督 的统计方法 .需要手动分 割得 到样 本集作为后续图
pathology research.As the complexity of human anatomic stru cture,the abnormity of tissue shape and the difference among individuals,the commonly image segmentation methods is not fit for the medical image. rhe availability method must be found to resolve the problem.

医学图像的处理及三维重建

医学图像的处理及三维重建

面绘制方法的优缺点
优点:可以采用传统图形学的绘制方法 和现有的交互算法、图形硬件和图形设 备,计算量小,运行速度快。
缺点:可能会丢失三维数据场中的一些 细节信息,从而降低结果的保真性。
体绘制
体绘制技术的中心思想是为每一个体素指 定一个不透明度(Opacity),由光线穿过整 个数据场,并考虑每一个体素对光线的透 射、发射和反射作用,这里体素就是将三 维图像中的每一像素看成是空间中的一个 六面体单元。体绘制的步骤原则上可分为 投射、消隐、渲染和合成等4个步骤。
面绘制的方法
边界轮廓线表示法:首先通过分割对二维断 层图像提取轮廓线,然后把各层对应的轮廓 线拼接在一起表示感兴趣物体的表面边界。
表面曲面表示法:基于表面曲面的表示方法 是由轮廓重建物体的表面,用三角形或多边 形的小平面(或曲面)在相邻的边界轮廓线间 通过特定的算法填充形成物体的表面。
经典算法
体绘制的方法
空间域方法:直接对原始的体数据进 行处理显示
变换域方法:是将体数据变换到变换 域,然后再进行处理显示
经典算法
基于空间域的经典方法:光线跟踪法(Ray Casting),抛雪球法(Splatting),错切一形 变法(Shear-Warp)等。
基于变换域的方法:频域体绘制法 (Frequency Domain Volume Rendering),基于 小波的体绘制法(Wavelet.Based Volume Rendering)等。
表面曲面表示法经典的算法: 立方块法(Cuberille), 移动立方体法(Marching Cubes), 剖分立方体法(Dividing Cubes)等
面绘制示例
面绘制步骤
重建数据的采集 边界轮廓曲线表面绘制 设置图像的颜色及阴影效果 设置图像光照效果 设置图像的显示效果

medmnist用法 示例 -回复

medmnist用法 示例 -回复

medmnist用法示例-回复MedMNIST用法示例引言:在医学领域,图像分类是一项重要的任务,可以用来辅助医生判断疾病、做出诊断和制定治疗计划。

然而,医学图像数据集的获取和标注是一项复杂且费时的过程。

为了解决这一问题,研究人员开发了MedMNIST数据集,从传统的MNIST数据集中选择了一些代表医学图像的子集。

本文将向读者介绍MedMNIST的使用方法,并提供一些示例。

一、MedMNIST数据集1. MedMNIST数据集是什么?MedMNIST数据集是一个基于传统的MNIST数据集构建的医学图像数据集。

与MNIST数据集中的手写数字不同,MedMNIST数据集包含了常见的医学图像,例如X射线、乳腺病理切片和皮肤病图像等。

每个子集包含数千张图片,并以类似MNIST数据集的图像-标签对的形式进行组织。

2. MedMNIST数据集提供了哪些子集?MedMNIST数据集提供了十个子集,分别是:胸部X射线、腹部CT、头部CT、手部X射线、乳腺病理切片、胃肠道X射线、脑部MRI、脑部PET、眼底OCT和皮肤病图像。

二、MedMNIST的使用方法1. 下载数据集要使用MedMNIST数据集,首先需要下载数据集。

可以通过项目的GitHub页面(2. 导入数据集在Python中,可以使用常见的机器学习和深度学习框架来导入MedMNIST数据集。

例如,对于PyTorch框架,可以使用以下代码导入乳腺病理切片子集:pythonimport torchvisionfrom torchvision.datasets import MedMNISTfrom torchvision.transforms import ToTensortrain_data = MedMNIST(root='./data', split='train',transform=ToTensor(), download=True)test_data = MedMNIST(root='./data', split='test',transform=ToTensor(), download=True)3. 数据集分割导入数据集后,可以将其分成训练集和测试集。

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加权距离公式:
k) 2 (k ) 2 (k ) 2 Dk WPd (GPd M ( ) W ( G M ) W ( G M T1 T1 T1 T2 T2 T2 ) Pd
K=1,2,…,5
16
6.4 聚类分割技术


6.4.1 C均值聚类 6.4.2 模糊C均值聚类法 6.4.3 ISODATA算法
2
l 1,2, N i
i 1
M
其中Cj是被识别对象的第j个特征值,Clj是第l个样本的第j个 特征值。
10
6.2.2 基于灰度和纹理参数的组织分类 K-近邻分类法
3、将dl按从小到大的顺序排列,并选取前n个距离值;
4、分析这n个距离值中各有多少个距离分别属于L1,
L2,…,LM 类
5、若属于Li类的距离值最多,则被识别象素属于Li类。
医学图像处理
信自学院生医系
1
第六章 医学图像分类
6.1 医学图像分类概述
6.2 单谱图像分类 6.3 多谱图像分类 6.4 模糊聚类分割
2
6.1 医学图像分类概述

图像分析技术分类的三种基本范畴

低级处理:图像获取、预处理,不需要智能

中级处理:图像分割、表示与描述,需要智 能
高级处理:图像识别、解释,缺少理论,为 降低难度,设计得更专用。

3
6.1 医学图像分类概述

图像分析技术分类的三种基本范畴
分割
预处理
问题 图像获取 低级处理
表达与描述
中级处理
知识库
识别 与 解释
高级处理
结果
4
6.1 医学图像分类概述

分类:根据被识别对象的某些特征判明其 属于已知类别中的哪一类。
匹配:确定被识别对象和一个已知对象在 某个方面是否相同或相似,以及相似的程 度。 MRI分类:脑灰质、脑白质、脑脊液、大脑 皮层、背景

若取n=1来进行判断,则称为最近邻法。
11
6.2.3 基于松弛迭代法的分类

对边界处象素的分类,根据被识别象素的邻域中各 象素的概率迭代更新该象素的概率。
算法: 1、初始分类:根据Bayes准则对各类组织计算初始概 率Pi0(λ) (n=0);

2、计算相容系数r
i, i+δ (λ,
λ’ ) ;
该类算法的特点是赋予每个数据点一个用来表明该数据点对各个类隶 属程度的概率值,而不是像“硬”聚类那样,认为每点只能属于某一 特定类 。

23
6.4.2 模糊C均值聚类法



模糊c均值聚类算法中m表示模糊隶属度的加权指 数,m值越大,对应划分的模糊性越强。模糊参 数m可以取大于或等于1的任何值。 当m=1时,模糊聚类就退化为硬c均值聚类; 当m→∞时,所有对象聚类的隶属度倾向于c的倒 数1/c,此时的划分是最模糊的; m的最佳选择范围为 [1.5,2.5],通常m=2是比较 理想的取值。
3、根据8邻域中的象素概率r i, i+δ (λ, λ’ )重新计算Pin+1 (λ); 4、重复(3),直至Pin (λ)= Pin+1 (λ); 5、 Pin (λ)最大则被识别象素属于λ类。
12
6.3 多谱MR图像分类

6.3.1 基本概念
多谱图像:同一时间获取的同一个人相同解剖结构的Pd、T1、T2加权象。
xj
c
m
组织类别数 隶属度的加权指数,决定模糊程度
19
6.4.2 模糊C均值聚类法

二、算法步骤
(P=1)1、确定C、m及容许误差εmax (P=1)2、确定初始聚类中心 (P=1)3、计算隶属度U jl j=1, …n,l=1,…,C (P=P+1)4、修正Vl(P+1),l=1,…,C
C x v l j u jl 1 k 1 x j vk k l

第4步:计算各类的参数: (1)聚合中心 1 m j y, j 1,2,C N y j (2)类内平均距离 D j
1 Nj
y j
ym
j
, j 1,2,C
C 1 (3)类内总平均距离 D N j D j N j 1
第5步:若是偶数次迭代或分类数 C 的2倍,转向第8步。


26
具体算法如下 :设有N个样本组成的样本集 ,
Hale Waihona Puke 第1步:给定以下控制参数:
K
是期望得到的聚类数;
N
是一个聚类中的最少样本数; 是类间合并参数;
S
是标准偏差参数;
C
L
是每次迭代允许合并的最大聚类对数;
I
是允许迭代的次数。同时设定初始聚类数
C
以及初始聚类中心
mi , i 1,2,, c
25
ISODATA 算法基本步骤:

(1)设置聚类分析控制参数; (2)将准备分类的样本值读人; (3)初始化分类,按照与聚类中心距离最小的原则将各样本分类;

(4)类分裂,如果在同一类中样本分布太过密 集或者类的数目太过少,这说明 在这一空间上一定 还存在不止一个的集群中心,从而需要将该类进行分裂操 作,具体来说,就是设置类内各样本分布标准差上限,如果同类中样本距离 超过此限度将被分裂,否则保留,然后再次转到第二步; (5)类合并,如果两类相隔太近,说明这两类中的样本分类的必要性不充分, 根据一定条件将其合并,具体来说,就是设置类与类之间的距离下限,如果 低于此下限则合并两类,或者是某一类中的样本数目过于少而不足以成为一 类时,也可以考虑将该类合并到其他类中去,然后再次转到第二步; (6)如此往复的进行分类、判断、分裂或合并操作,如果达到了预计的分类效 果,或者操作次数已经达到一定数目,则完成算法。
,其中
第2步:按照最近邻准则将所有样本分到各个不同聚类中去,即若
y m j y mi
y j
i 1,2,, c, i j
,则

j
是第
j
个聚类,其中心为
mj 。
27
第3步:若有任何一个
j
,其基数(即属于该类的样本个数)
N j N
,则舍去
j
,并令 C C 1
2
2
1 / m 1

1
vl
m ( u ) jl x j j 1
n
(u )
j 1 jl
n
m
20
6.4.2 模糊C均值聚类法

二、算法步骤
5、计算误差ε 6、若
vk ( p 1) vk ( p)
k 1
,则算法结束;否则转向3
17
6.4.1 C均值聚类法
18
6.4.2 模糊C均值聚类法

一、原理
求使代价函数
J FCM u jk x j vk
m j k 1
c
2
达到最小的
u jk

vk

u jk
象素点的集合(共有n个象素) 第j个象素点属于第k类组织的隶属度 第k类组织的中心灰度 第j个象素点的灰度
vk
C
2
ε<ε
max
7、算法结束后对象素进行分类
方法一:若 ujl > ujk
,则Xj归入l类
方法二:若 || x j - vl ||2 || x j - vk ||2
,则Xj归入l类
21
6.4.2 模糊C均值聚类法
三、FCM(Fuzzy C—mean,模糊C均值)算法总结
由MR成像设备获取的图像具有内在的不确定性或模糊性, 这种不确定性的程度依赖于许多因素,如:热/电噪声, 磁场的不均匀性,生物组织的多样性,不同个体之间的差 异性以及部分容积效应(partial volume effect)等。这些因素 造成了MR图像组织之间的混迭,在不同的组织之间难以找 到清晰的边界,这给分割磁共振图像带来了很大的困难。 经典的聚类算法将每一个辨识对象严格地划分为属于某一 类。但是在实际上某些对象并不具有严格的属性,它们可 能位于两类之间,这时采用模糊聚类可以获得更好的效果。
22
6.4.2 模糊C均值聚类法
三、FCM(Fuzzy C—mean,模糊C均值)算法总结

模糊聚类分析是非监督模式识别的主要技术之一。在各种聚类算法中, 模糊C一均值(FCM)聚类算法的应用较为广泛。FCM 用于图像分割时 是一种非监督模糊聚类过程,应用时可以减少人为干预,非常适合于 灰度图像中存在不确定性和模糊性的特点,而且对噪声不太敏感。 MR成像设备获取的图像具有内在的不确定性或模糊性,因此模糊C一 均值(FCM)聚类算法也非常适合于核磁共振图像。作为一种模糊聚类 算法,该算法是通过模糊目标函数的最优化来实现聚类,因而一般要 迭代求解。
7
6.2.1 单谱图像分类原理

利用单谱图像的灰度和某一特征参量进行分类, 例如:
纹 理 特 征
灰度 二维特征空间
8
6.2.2 基于灰度和纹理参数的组织分类
1、选取聚类中心(灰度,纹理参数)的值, N类组织共有N个中心; 2、计算被识别象素到各中心的欧式距离,与 哪一类中心的距离最近就归为该类(或用K 近邻法); 3、重新计算各类组织的聚类中心值; 4、若收敛则对被识别象素进行归类,否则至 2继续。


5
6.2 单谱图像分类

6.2.1 单谱图像分类原理 6.2.2 基于灰度和纹理参数的组织分类 6.2.3 基于松弛迭代法的分类
6
6.2.1 单谱图像分类原理

单谱图像:单一模式、单通道的医学图像。 MRI图像中,脑灰质、脑白质、脑脊液、大脑 皮层、背景五类分布函数间相互覆盖,所以不 能用简单的阈值进行分类。
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