外文医学文献检索工具Pubmed、SCI模板157页PPT
合集下载
pubmed文献检索PPT课件
编辑版
77
2. PubMed的主题词检索是其最具特色的 功能之一，能保证较好的查准率及查准 率。主题词组配副主题词使检索结果更 为专指，限定在主要主题词检索能使结 果更准确。
编辑版
78
3.但是主题词检索也有一些固有的缺陷， 比如很多专指的概念没有相应的主题词， 一些新出现的概念要几年后才收录为主 题词这种情况下，不宜采用主题词检索， 采用字段限定检索等方法也能得到较好 的查准率。此外，主题词检索还可能会 漏掉一些最新的文献（in process citations），这也是需要注意的。
编辑版
69
Clinical Queries临床咨询
研究范畴:一般疾病的病因学、预后、
诊断、预防以及治疗 Finding Systematic Reviews：提供系统 评价、meta分析、临床试验综述临床指 南等循证医学文献信息的查找
Medical Genetics Searches
编辑版
70
编辑版
编辑版
59
4）应用MeSH主题词的Major Topic（主 要主题词）检索：
可以使检索结果更加准确。
点选Restrictions Search to Major Topic headings only，
限定检索结果为主要主题词。
编辑版
60
建立检索式
如果有多个主题词， 可以先分别对每个主题词进行检索， 再在高级检索的Search History中用检索 序号进行布尔逻辑运算； 也可以通过主题词检索页面的PubMed search 直接建立检索式
形变异词。 ▪ 截词功能只限于单词，对词组无效
编辑版
30
布尔检索
布尔运算符AND，OR，NOT必须大 写 从左至右进行布尔运算 以通过加圆括符改变运算顺序
新版PubMed文献检索ppt课件
NCBI成立的主要任务为： 提供生物医学的分析与计算工具，协助研究人员了解生物的语言-DNA在健康与疾病中所扮演的角色 发展新技术协助了解调控健康与疾病的基本分子与遗传过程， 包 括建立储存与分析分子生物、生化与遗传学知识的自动系统；促 进研究与医学社群使用数据库与软件；协调生物技术信息的传递 与 管理；执行以计算机为基础的进阶信息分析过程，用以分析生 物重要分子的结构与功能。
BLAST是一个NCBI开发的序列相似搜索程序，还可作为鉴别 基因和遗传特点的手段。BLAST能够在小于15秒的时间内对整 个DNA数据库执行序列搜索。NCBI提供的附加的软件工具有： 开放阅读框寻觅器（ORF Finder），电子PCR，和序列提交工 具，Sequin和BankIt。所有的NCBI数据库和软件工具可以从 HTTP或FTP来获得。
与分子生物社群互动，利用计算与理论方法提 高实验研究质量。
NCBI组织架构
Information Engineering Branch（IEB）
进行数据表现与分析的应用研究，包括在分子生物、遗 传学与生物化学的计算机储存、管理与检索系统。
设计各种呈现分子生物信息的数据库架构与规格书，包 括核酸、蛋白质与结构信息。
Entrez可以检索的数据库
Books 出版社提供之数字生医图书与医生参考书籍数据库 Cancer Chromosomes 美国国立癌症研究所的Mitelman Database of
Chromosome Aberrations in Cancer数据库里已经整合好的cytogenetic、 临床与文献相关数据 Conserved Domain Database（CDD），蛋白质功能区块保留序列数据库 3D Domains，蛋白质功能区块立体结构数据 Gene，包含许多物种的基因数据库 Genome，包含超过800种物种的基因组数据库 GENSAT，小鼠中枢神经系统基因表现图谱 GEO Datasets，基因表现实验与生物芯片数值结果数据 GEO Profiles，基因表现图谱 HomoloGene，同源基因批注数据库 Journals，期刊文献（包含PubMed） MeSH，医学主题词数据库 NCBI Web Site，所有NCBI网页 NLM Catalog，美国国立医学图书馆馆藏书目、期刊、视听数据目录 Nucleotide sequence database，核酸序列数据库（包含GenBank、 RefSeq和PDB等三大序列数据库）
BLAST是一个NCBI开发的序列相似搜索程序，还可作为鉴别 基因和遗传特点的手段。BLAST能够在小于15秒的时间内对整 个DNA数据库执行序列搜索。NCBI提供的附加的软件工具有： 开放阅读框寻觅器（ORF Finder），电子PCR，和序列提交工 具，Sequin和BankIt。所有的NCBI数据库和软件工具可以从 HTTP或FTP来获得。
与分子生物社群互动，利用计算与理论方法提 高实验研究质量。
NCBI组织架构
Information Engineering Branch（IEB）
进行数据表现与分析的应用研究，包括在分子生物、遗 传学与生物化学的计算机储存、管理与检索系统。
设计各种呈现分子生物信息的数据库架构与规格书，包 括核酸、蛋白质与结构信息。
Entrez可以检索的数据库
Books 出版社提供之数字生医图书与医生参考书籍数据库 Cancer Chromosomes 美国国立癌症研究所的Mitelman Database of
Chromosome Aberrations in Cancer数据库里已经整合好的cytogenetic、 临床与文献相关数据 Conserved Domain Database（CDD），蛋白质功能区块保留序列数据库 3D Domains，蛋白质功能区块立体结构数据 Gene，包含许多物种的基因数据库 Genome，包含超过800种物种的基因组数据库 GENSAT，小鼠中枢神经系统基因表现图谱 GEO Datasets，基因表现实验与生物芯片数值结果数据 GEO Profiles，基因表现图谱 HomoloGene，同源基因批注数据库 Journals，期刊文献（包含PubMed） MeSH，医学主题词数据库 NCBI Web Site，所有NCBI网页 NLM Catalog，美国国立医学图书馆馆藏书目、期刊、视听数据目录 Nucleotide sequence database，核酸序列数据库（包含GenBank、 RefSeq和PDB等三大序列数据库）
pubmed数据库检索ppt课件
Web of Science
学科覆盖面较广，不仅限于医学 领域，还涵盖了工程技术、物理 、化学、社会科学等众多领域， 提供引文追踪和分析功能；
Google Scholar
搜索引擎性质，可以搜索到各种 类型的文献，包括学术论文、专 利、会议论文等，覆盖面广泛。
06
PubMed数据库检索应用案 例
临床疾病研究检索案例
总结词
临床疾病研究检索案例
详细描述
PubMed数据库在临床疾病研究方面具有广泛的应用，例如检索关于糖尿病、心 血管疾病、癌症等领域的最新研究成果。通过关键词、主题词、作者等检索条件 ，研究人员可以快速获取相关文献，为临床实践和研究提供科学依据。
药物研发检索案例
总结词
药物研发检索案例
详细描述
在药物研发过程中，PubMed数据库也发挥了重要作用。研究人员可以利用PubMed数据库检索新药 研发相关的文献，了解药物的作用机制、药效学和药代动力学等方面的信息。这有助于加速药物研发 进程，提高新药的成功率和效益。
基础医学研究检索案例
总结词
基础医学研究检索案例
详细描述
基础医学研究是医学领域的重要组成部分，而PubMed数据库在基础医学研究检索方面 也有广泛应用。例如，研究人员可以利用PubMed数据库检索基因、蛋白质、细胞等方 面的最新研究成果，了解生命科学领域的最新进展，为进一步的基础医学研究提供思路
和方向。
提供多种检索方式，支持 关键词、作者、标题等字 段的检索，同时支持高级 检索和模糊检索。
数据库发展历程
01
02
03
04
1996年
美国国家医学图书馆（NLM） 建立PubMed数据库，最初只 收录MEDLINE数据库中的文献。
pumedPPT课件
18
胡虹zz1019@
词语自动转换匹配
Phrase List
❖ 该表中的短语来自MeSH、含有同义词或不同英文词汇书写形式的统 一医学语言系统（UMLS: Unified Medical Language System） 和补充概念（物质）名称表[Supplementary Concept (Substance) Name]。
20
检索方法——基本检索
梦游（sleep walking）的病因
Sleep walking causes
13
胡虹zz1019@
检索方法——基本检索
14
胡虹zz1019@
Search Details
15
胡虹zz1019@
MeSH Translation Table
as supplied by publisher] ➢ Old Medline（ -1965）
6
胡虹胡z虹zz1z0110199@@oom
❖ 特点：
➢ 每天更新，时差短 ➢ 操作简便、快捷 ➢ 提供检索词自动转换匹配 ➢ 免费提供题录、文摘及部分全文 ➢ 提供原文链接(部分可免费获取） ➢ 提供与NCBI其他数据库的链接
OR "somnambulism"[All Fields]
OR ("sleep"[All Fields] AND "walking"[All
OR "sleep walking"[All Fields])
ANFDie(l"dest]i)ology"[SubheadingO] R "etiology"[All Fields] OR "causes"[All Fields]
pubmed检索教程(课堂PPT)
stroke[ti] thrombolysis[ti]
16
2020/8/8
三、PubMed 基本检索规则
著者检索：姓全称在前，名首字母在后，[au]。 如: smith ab[au] “paulsen e”[au]
思考题：中国学者的名字该如何转换呢？ 如： 闻玉梅 卢正宏
17
2020/8/8
三、PubMed 基本检索规则
国际标准期刊号
美国立医学图书馆识别号
20
期刊全称
2020/8/8
最后修订日期
规范词表词
规范词确立日期
系统组织的文摘
版权拥有者
题录提供机构的识别号
病史相关与原始记录
据库检索。
PubMed等文献数据。
10
2020/8/8
（二） PubMed的特点
广域网免费提供题录和文摘 提供与原文的网址链接(部分免费获取） 提供检索词智能转换匹配 界面简洁，操作简便(须IE7.0以上版本)
11
2020/8/8
（三） PubMed收录数据
MEDLINE Indexed
促进全世界范围内生物技术信息收集的合作。
8
2020/8/8
NCBI网站
9
2020/8/8
NCBI提供的数据库
检索大分子生物学数据
获取GenBank, EMBL等数据库的核酸序列；
获 取 Swiss-port,PIR,PRF,PDB 等 蛋 白 质 序 列 ， 从核酸序列翻译到蛋白质的序列；
获取基因和染色体图谱；蛋白质三维结构数据 及大分子模式（MMDB）等其他生物信息数
7
2020/8/8
一、 PubMed简介
开发机构：
外文医学文献检索工具Pubmed、SCI模板
1.1 什么是PubMed？
❖ 创建机构：美国国立医学图书馆（NLM）下设的美国生物技 术信息中心（NCBI）
❖ 摘要型(Abstract)的数据库, 提供文献的线索 ❖ 特色：免费、收录广、内容全、检索途径多、检索体系完备
、文摘库、部分文献可以免费获得全文 ❖ 整合在NCBI的统一检索平台Entrez上，与该平台其他数据库
• 用户利用一个MeSH词能找出所有有关该主题的文献 – 不同拼写：leukemia(s), leukaemia(s)→leukemia – 同义词： cancer(s), tumor(s), tumour(s), neoplasm(s) →neoplasms
3.3 MESH主题词检索
➢ 一篇文章可有多个MeSH词 ➢ 主题词可以组配相应的副主题词 ➢ 主题词的树状结构表：系统默认对含有下位概念的主题词进
2.3 期刊检索
二是利用期刊字段限定检索，其输入规则是：在刊名之后 加上刊名字段符。 例如：Cancer RES[TA]。
三是通过“Advanced”中的“Journal”，可以检索该刊 发表的文献。
四是通过“Journals in NCBI Databases”，查找到该刊 后，再选定该刊，发送到检索框进行期刊检索。
2.4 短语精确检索
❖对检索词加上双引号（英文状态）进行强制检索 ❖短语精确精确检索时，Pubmed关闭自动词语匹配功能 ❖例如：检索框中输入“traditional Chinese medicine”， PubMed将“traditional Chinese medicine”作为一个不可 分割的短语在数据库的所有可检索字段中进行检索。
➢ 如果单词数量大于600，则PubMed自动提示延长词干。 ➢ 截词功能只限于单词，对词组无效。
PubMedPPT课件
1133
医学医文学献文检献索检索
基本检索—截词检索
❖使用无限通配符“*”，可实现截词检索。 ❖PubMed会关闭自动词语匹配功能，在所有字段中执行检索。 ❖各检索词间为逻辑OR关系。
在所有字段检索前缀为 acupunctur的检索词
1144
医学医文学献文检献索检索
基本检索—字段限定检索
❖ 在检索词后输入检索字段标识可进行字段限定检索，以提高查准率。 ❖ 输入格式为：检索词[字段标识]。如检索标题中含Diabetes（糖尿病）
44
医学医文学献文检献索检索
检索方法
主界面 常用检索途径
检索方法 检索结果显示和输出
检索实例
55
医学医文学献文检献索检索
数据库选择
66
检检索索方输式入、帮框助
检索、清除
检索区
主题检索 期刊检索
PubMed 功能服务区索
77
医学医文学献文检献索检索
基本检索 (search) 高级检索(Advanced search) 限定检索 (Limits) 主题检索 (MeSH Database) 期刊检索 (Journals Database) 其他检索功能
❖ NOTEDLINE NIH资助的研究人员的手稿、向PubMedCentral提交全文的 生命科学期刊论文、及接受NLM评审的文献，这些记录均不被MEDLINE 收录，末尾标注为[PubMed]。
注意：许多出版商通过电子期刊平台发布最新的文献信息，这些先于印刷版
期刊发表的电子期刊文献加标[Epub ahead of print]标识。
❖ PreMEDLINE 临时存放尚未标引MeSH主题词、文献类型的最新数据，待 数据完成标引后再转入MEDLINE，记录末尾标有[PubMed-in Process]。
4.外文医学全文检索数据库.ppt
Niels H. de Bohr Physics
第尔斯(发现双烯合成) Otto P. Diels Chemistry
弗里德曼 (证明庞加莱猜想) Michael Freedman Mathematics
1904
1921
爱因斯坦(相对论)
Albert Einstein Physics
1922
1944
0.全文电子期刊的服务方式：
全文数据库的格式一般为Portable Document Format（PDF）或HTML格 式，PDF格式显示的全文能完全再现印刷 版全文原貌，读起来更直观。而HTML格 式的全文中包含有大量的超链接点，可链 接引文、图表、图像等多媒体信息。
1.SpringerLink全文数据库
Springer学术期刊生物医学类
8. Health Care Sciences & Services Health and Quality of Life Outcomes 3.200 4/62 9. Integrative & Complementary Medicine ALTEX-ALTERNATIVEN ZU TIEREXPERIMENTEN 1.309 8/14 ADVANCES IN ANATOMY EMBRYOLOGY AND CELL BIOLOGY 1.778
6/17 ANATOMY AND EMBRYOLOGY 1.390 10/17 3. Cardiac & Cardiovascular Systems BASIC RESEARCH IN CARDIOLOGY 5.407 7/78 4. Critical Care Medicine INTENSIVE CARE MEDICINE 5.055 3/21 5. Endocrinology内分泌学 & Metabolism DIABETOLOGIA 6.418 10/46 6. Geriatrics老年病学 & Gerontology老人病学 AGE 5.105 4/36 7. Respiratory System RESPIRATORY RESEARCH 3.874 7/40
第尔斯(发现双烯合成) Otto P. Diels Chemistry
弗里德曼 (证明庞加莱猜想) Michael Freedman Mathematics
1904
1921
爱因斯坦(相对论)
Albert Einstein Physics
1922
1944
0.全文电子期刊的服务方式：
全文数据库的格式一般为Portable Document Format（PDF）或HTML格 式，PDF格式显示的全文能完全再现印刷 版全文原貌，读起来更直观。而HTML格 式的全文中包含有大量的超链接点，可链 接引文、图表、图像等多媒体信息。
1.SpringerLink全文数据库
Springer学术期刊生物医学类
8. Health Care Sciences & Services Health and Quality of Life Outcomes 3.200 4/62 9. Integrative & Complementary Medicine ALTEX-ALTERNATIVEN ZU TIEREXPERIMENTEN 1.309 8/14 ADVANCES IN ANATOMY EMBRYOLOGY AND CELL BIOLOGY 1.778
6/17 ANATOMY AND EMBRYOLOGY 1.390 10/17 3. Cardiac & Cardiovascular Systems BASIC RESEARCH IN CARDIOLOGY 5.407 7/78 4. Critical Care Medicine INTENSIVE CARE MEDICINE 5.055 3/21 5. Endocrinology内分泌学 & Metabolism DIABETOLOGIA 6.418 10/46 6. Geriatrics老年病学 & Gerontology老人病学 AGE 5.105 4/36 7. Respiratory System RESPIRATORY RESEARCH 3.874 7/40