nano measurer1.2_imagetool3.0和imagej粒径面积图像分析软件使用方法分布计算的测量方法
imagej粒度分析
1、打开imagej软件
2、File——open，打开图片
3、设置阈值。
Image——adjust——threshold——若分析内容为空洞，则点击一次apply；若
分析内容为凸起，则点击两次apply。
使要分析的部位变为深色。
4、进行标尺设定。
Analyse——setscale，软件会自动判断图中标尺中像素个数，在known
distance中设定自己图片标尺的长度，并且将unit of length中的单位设定为自己标尺的单位。
如图，known distance设为5，unit of length设为μm。
5、分析并输出结果。
Analyze——analyze particles,在show中选取outlines，并点选display
result和exclude on edges，或可根据自己的需要选择不同选项。
最后点击ok，即可得到
结果，可把结果复制到excel中分析。
6、设置输出选项。
在analyze—analyze measurements
中设置输出选项，得到自己想要的结果。
比如周长、面
积、灰度值等。
imagej用户使用手册第三部分
imagej用户使用手册第三部分摘要：一、ImageJ软件简介二、ImageJ 3D可视化技巧1.三维重建2.体积测量3.表面可视化4.透明度调整三、ImageJ实用技巧——常见问题汇总1.图像处理与分析2.插件安装与使用3.系统优化与调整四、结论与展望正文：imageJ用户使用手册第三部分一、ImageJ软件简介ImageJ是一款广泛应用于生物医学图像分析的开放源软件。
它具有强大的图像处理和分析功能，可以满足科研人员在实验研究中的需求。
本部分将为您介绍ImageJ的基本操作和实用技巧，帮助您更好地应用这款软件。
二、ImageJ 3D可视化技巧1.三维重建在ImageJ中，可以使用三维重建功能对扫描获得的立体图像进行可视化。
通过调整视角和光照，可以获得更为直观的三维效果。
此外，还可以对重建结果进行定量分析，为科研工作提供有力支持。
2.体积测量借助ImageJ的体积测量功能，用户可以对三维图像中的物体进行精确测量。
例如，在细胞成像研究中，可以测量细胞的大小、形状以及细胞内结构的体积变化等。
3.表面可视化表面可视化是另一种三维可视化技术，可以直观地展示物体表面的形态特征。
在ImageJ中，通过对图像进行表面重建，可以实现物体表面的可视化。
4.透明度调整在三维可视化过程中，可以通过调整图像的透明度来实现不同组织或结构之间的区分。
这对于观察透明或半透明的样品（如细胞和细胞器）非常有用。
三、ImageJ实用技巧——常见问题汇总1.图像处理与分析在ImageJ中，可以利用各种图像处理工具对图像进行预处理，如平滑、锐化、滤波等。
此外，还可以使用测量工具、ROI（感兴趣区域）工具等进行图像分析。
2.插件安装与使用ImageJ具有丰富的插件资源，用户可以根据需要安装和使用这些插件。
安装完成后，插件会自动集成到ImageJ软件中，方便用户进行相关操作。
3.系统优化与调整为了获得更好的图像处理和分析效果，可以对ImageJ系统进行优化和调整。
ImageJ实用技巧——面积测量综述
ImageJ实用技巧——面积测量综述面积测量，是ImageJ中最常用的功能之一，之前的教程中没有对这一功能进行过多的说明。
而越来越多的同学在使用ImageJ测量面积时，出现了各式各样的问题。
这一篇稳重会对怎样利用ImageJ进行面积测量作更的全面叙述，包括手动、半自动和自动框选等类型，旨在让大家对面积测量有更深入的理解，掌握更多面积检测的方法，同时根据所举出的例子，找到适合自己的测量方法。
面积测量的Workflow很简单，只需要两步：1、选出感兴趣的区域（ROI）——即图像分割2、Measure面积测量的本质其实就是图像的分割，图像分割的好坏直接决定了结果的好坏。
区域的框选又可以分为三种类型：1、自动框选（Threshold、Analyze Particles、Color Threshold）2、半自动框选（魔法棒工具、Trainable Weka Segmentation）3、手动框选（矩形、圆形、Free hand工具等）下面会对这三种类型逐一说明并举例：第一步：告诉ImageJ你要测面积这一参数（Analyze -> Set Measurements）在Set Measurements界面勾选Area。
情景一：自动框选（Threshold、Analyze Particles、Color Threshold）1、整体面积（Image -> Adjust -> Threshold）图像转为8-bit后，通过调整阈值，框选出细胞，然后Measure 得到整体的面积。
要求所选区域的灰度值，与周围区域有明显的差别。
2、单个细胞面积（Analyze -> Analyze Particles）图像转为8-bit后，通过调整阈值，框选出细胞。
如果细胞之间有重叠，还需要进行细胞分割。
然后Analyze Particles，得到单个细胞的面积。
可参考这篇文章：Treasure琛：ImageJ实用技巧——单个细胞平均荧光强度自动检测(定量分析篇)3、RGB彩色图像面积（Image -> Adjust -> Color Threshold）对于RGB图像，通过颜色、饱和度、亮度等参数的调节，可以选取到颜色统一的区域。
imagej diameterj使用方法
imagej diameterj使用方法ImageJ和DiameterJ是用于图像处理和分析的软件工具。
ImageJ由美国国立卫生研究院开发，可用于在各种研究领域中，包括生物学、医学和材料科学等快速、准确地进行图像分析。
DiameterJ是ImageJ 的一个插件，可用于测量图像中的物体的直径。
ImageJ的使用方法：第一步，下载和安装ImageJ软件。
ImageJ支持Windows、Linux和Mac平台，可以从其官方网站下载。
第二步，导入需要分析的图像。
可以通过点击“File”菜单，从计算机上导入图像，或通过拖放图像文件到ImageJ窗口中打开它。
第三步，选择想测量的区域。
在ImageJ工具栏中选择适合的选择工具，例如矩形选择工具或椭圆选择工具，从图像中选择想测量的区域。
第四步，测量区域的大小。
在ImageJ的“Analyze”菜单中，选择“Measure”选项，ImageJ将计算区域的大小并将其显示在一个结果表格中。
DiameterJ的使用方法：第一步，下载和安装ImageJ软件。
DiameterJ是ImageJ的一个插件，需要先安装ImageJ才能使用DiameterJ。
第二步，打开图像。
使用ImageJ打开需要测量的图像。
第三步，选择测量对象。
在ImageJ的工具栏中选择DiameterJ工具栏，选择适合的测量对象。
第四步，设置测量参数。
可以设置测量线的颜色、粗细等参数。
第五步，测量直径。
将测量线从一个端点延伸到另一个端点，点击DiameterJ工具栏中的“Measure”按钮，测量直径的结果将显示在结果表格中。
总之，ImageJ和DiameterJ是功能强大的图像处理和分析工具，可用于许多学科领域中的研究。
对于使用这些软件的人来说，了解这些工具的使用方法非常重要，可以大大提高他们的工作效率和准确性。
如何用ImageJ和Origin,轻松测量纳米粒粒径及做粒径分布图
如何用ImageJ和Origin，轻松测量纳米粒粒径及做粒径分布
图
介绍
制剂的电镜图，是我们在论文或者实验中经常见到的图。
所以，我们今天的教程是如何使用ImageJ对电镜图中的纳米粒进行粒径的整体测量，以及如何使用Origin对其进行作图。
软件
ImageJ
Origin 2019b
图文教程
此教程分为两个部分，首先使用ImageJ进行粒径的测量，然后使用Origin 进行作图。
ImageJ粒径测量1. 使用ImageJ打开图片
2. 使用直线工具，标记标尺
3. 设定标尺：菜单栏-Analyze-Set scale
4. 只需要写上右下角的标尺的单位，点击OK，就会发现图片上方变化了
5. 然后点击ROI manger
6. 然后我们在粒子的直径上画一个横线，点击add it。
可以点击显示
全部和标记，这样标记了的就可以显示出来，避免二次标记，这里我选择20个用来演示。
7. 点击测量
8. 所有的长度就显示出来了
Origin作图1. 打开origin，复制进来所有所测量的粒径数据
2. 选中数据，点击作图(选择分布图)
3. 我们来看一下形成的基础图
4. 对其美化一下
5. 最后，我们可以将两幅图组合在一起。
利用ImageJ图像处理软件进行小麦籽粒计数的方法研究
信息技术利用ImageJ图像处理软件进行小麦籽粒 计数的方法研究文/张世刚(山东省泰安市第一中学）摘要：作物的籽粒数目是作物的重要产量要素之一。
小麦育种、栽培过程中，单株、单穗和群体籽粒数的计 量是基础数据。
在实际工作中，小麦籽粒计数的样品众多，工作量巨大，一般采用人工方式，耗时长，错误率 高。
本研究的目的是利用开放式图像处理软件ImageJ,快速测定小麦籽粒数目。
本研究利用不同来源的小麦单 穗、单株和群体籽粒，通过规模化成像、下载安装软件、标准化参数设置和批量数据输出，进行籽粒计量。
结果表明，本方法能准确地计量不同来源的籽粒数目，卡方结果表明，与人工计量相比，差异极小，能够替代人 工计量。
此外，本系统所利用IimgeJ软件具备较多功能，在进行籽粒计数的基础上，还可以提供籽粒大小等数 据；通过改变参数，还可以将本方法应用于玉米、水稻、花生等作物的籽粒计数。
本文研究的方法简化了小麦 籽粒的测定方式，减少了人为的误差，在实际工作中具有一定应用价值。
关键词：ImageJ软件；图形处理；籽粒计数；小麦Study on Grain-counting Method in Wheat Using ImageJ Image Processing SoftwareZHANG Shigang(The First Middle School of Taian City )Abstract：Grain number of crops is one of the important yield factors. In the process of wheat breeding and cultivation, the grain number measurement of single plant, single panicle and population are the basic data. In practical work, the wheat grain-counting samples are numerous and the workload is huge. Manual way to count grain is time-consuming with higher error rate. The purpose of this study was to rapidly determine the number of wheat grains using an open image processing software, Image^J. In this study wheat grain 什〇171different sources，including single spike, single plant and population were measured by scale imaging, software downloading and installation, standardized parameter setting and batch data out puting. The results showed that this method could accurately measure the grain numbers from different sources, and the chi-square test results showed that compared with manual measurement, the new method had minimal differences, and could replace manual measurement. In addition, the ImageJ software has many additional functions. On the basis of grain-counting, it can also provide the data of grain size etc. By changing parameters,the method can be applied to the grain-counting of corn, rice, peanut and other crops. This method can simplify the determination of wheat grain and reduce the artificial error with certain application value in crop practise.Key words ：ImageJ software; graphic processing; grain counting; wheat第258期NO.258 十二月December 2017 Agriculture Network Information |农业网络信息19I信息技术Technology作物籽粒数目是作物产量的基本要素，也是作物 农艺性状的基本数据。
tem统计粒径计算方法
tem统计粒径计算方法
TEM（透射电子显微镜）是一种非常重要的材料表征技术，可以用于观察材料的微观结构和成分。
在TEM中，粒径计算是一项常见的任务，用于确定样品中颗粒或晶体的大小。
粒径计算方法通常基于图像处理和分析。
以下是一些常用的TEM粒径计算方法：
1. 直接测量法：通过在TEM图像中测量颗粒的直径来计算粒径。
这可以使用像素尺度和已知放大倍数将像素大小转换为实际长度。
然后，可以使用直线或圆形拟合等方法来确定颗粒的直径。
2. 全息法：全息法是一种利用TEM图像的干涉模式来计算粒径的方法。
这种方法需要对干涉模式进行数字处理，以获得粒子的尺寸信息。
3. 统计方法：统计方法基于对TEM图像中颗粒数目和分布的统计分析。
这些方法可以根据颗粒的形状和密度等参数来推断粒径分布。
4. 傅里叶变换方法：傅里叶变换方法利用TEM图像中的频率信息来计算粒径。
这种方法基于颗粒的散射模式，通过将图像转换到频域，并进行傅里叶变换来获取粒径信息。
需要注意的是，不同的粒径计算方法适用于不同类型和形状的颗粒。
选择合适的方法需要综合考虑样品的特点和实验条件。
此外，还有一些商业化的软件和开源软件可用于TEM粒径计算，如ImageJ、Gwyddion等。
这些软件提供了各种功能和工具，可以帮助科研人员进行粒径计算和分析。
软件Image J使用教程
作图软件：Image J介绍：该软件可以计算选定区域内分析对象的一系列几何特征，分析指标包括：长度，角度，周长，面积，长轴，短轴，圆度等。
参考：解螺旋-套路课01-第三章-第3节两种应用：免疫组化定量分析，计数免疫组化定量分析3种方法：手动、自动1、自动2【1】手动定量1.打开图片File –open –找到图片2.选择完所有阳性结果后，再同一进行计算Analyze –tools –ROI manger（感兴趣区域）然后标签栏选择第3个标签（以任意形状选取感兴趣区域）【2】自动定量11. 打开图片File –open –找到图片2. 彩图转换为8bit灰度图Image –type –8-bit3. 设定阈值Image –adjust –threshold系统会自动设定一个阈值，并将阈值之上的面积进行统计，此时打开免疫组化原始图片，手动调节阈值大小，当我们设定的阈值能够比价好的反应免疫组化的生物学意义时，就使用此时的阈值统计4. 统计Analyze –measure得到4个参数：area(阳性区域总面积)，mean(平均光密度)，min(最小光密度)，max(最大光密度)，后续作图用。
【3】自动定量21. 打开图片File –open –找到图片2. 彩图转换为RGBImage –type –RGB stack在得到的图片中，通过拖动下方的进度条，选取对比度最显著的那张3. 设定阈值Image –adjust –threshold系统会自动设定一个阈值，并将阈值之上的面积进行统计，此时打开免疫组化原始图片，手动调节阈值大小，当我们设定的阈值能够比价好的反应免疫组化的生物学意义时，就使用此时的阈值统计4. 统计Analyze –measure得到4个参数：area(阳性区域总面积)，mean(平均光密度)，min(最小光密度)，max(最大光密度)，后续作图用。
计数例如：克隆形成实验定量分析两种方法：手动计数、自动计数【1】手动计数1. 打开图片File –open –找到图片2. 点击工具栏第7个按钮“多点计数工具”在每个克隆上进行点击，每点一下，图上就会多一个软件加上的点3. 所有的点都选上之后，点击analyze –measure软件会生成一个结果图拉到最下面，就可以看到一共有多少点【2】自动计数1. 打开图片File –open –找到图片2. 彩图转换为8bit灰度图Image –type –8-bit3. 设定本张图中最大克隆和最小克隆设置最大克隆：点击工具栏第3个按钮，然后圈出本图中最大的克隆，再analyze –measure，看这个克隆的面积，例如area = 276设置最小克隆：点击工具栏第3个按钮，然后圈出本图中最小的克隆，再analyze –measure，看这个克隆的面积，例如area = 544. 设定阈值Image –adjust –threshold系统会自动设定一个阈值，并将阈值之上的面积全部用红色标记如果不合适，可手动调节因为阴影的存在，软件把这些阴影也识别为阳性结果，我们需要通过对克隆大小的限定，从而将阴影排除在阳性结果之外5. 通过对克隆大小的限定，从而将阴影排除Analyze –analyze particles在size（pixel^2）处填入克隆的大小范围，结合第3步的结果设置：30---300，点击“OK”这样，阴影就被排除了6. 拉到最低，便可以看到克隆的数量。
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Nano Measurer 1.2；ImageTool (IT) 3.0 ；imageJ，统计粒径、孔径、孔面积，孔的总面积，角度等三款图像分析软件使用方法
一、Nano Measurer 1.2 粒径分布计算
1.文件/打开图像文件
2.对照拍照时的标尺画出一根同样长度的线(图中红线)/设置/标尺
3.对话框中输入实际长度100，单位um/确定
4.用鼠标在所需测量的孔上划距离，得到有序号的标记
5.点击报告/查看报告/跳出统计报告和柱状图
6.点击图中下方“统计报告到出…，得到下方数据，ok！！！！
******************Nano Measurer 1.2.5*******************
********************************************************
==================Basic report==================
Total 35
Max./um 29.50
Min./um 1.69
Mean/um 15.14
No. Particle size/um
1 22.02
2 21.04
3 12.67
4 13.71
5 24.12
6 23.83
7 17.05
8 29.50
9 13.05
10 24.53
11 13.59
12 22.75
13 20.25
14 11.90
15 18.01
16 22.56
17 14.35
18 16.36
19 1.88
20 16.07
21 18.21
22 12.51
23 24.28
24 17.36
25 21.25
26 13.09
27 18.84
28 1.69
29 4.21
30 3.37
31 2.66
32 5.06
33 16.03
二、ImageTool (IT) 3.0 统计粒径、孔径、孔面积，孔的总
面积，角度等
ImageTool (IT) 3.0版是一个免费的科学用途的图像处理与分析软件，可以显示、编辑、分析、处理、压缩、打印灰度图形或彩色图形。
可打开超过22中图像格式。
在生物领域，它的用途便是各种电泳胶图的分析了。
只要有扫描仪，便能利用IT完成胶图的各种处理，包括注释、透光率扫描等工作。
孔径（长度）
1.文件/打开图像文件
2. 设置/校准空间量度/对照拍照时的标尺画出一根同样长度的线(图中兰线)/
3./对照拍照时的标尺画出一根同样长度的线(图中兰线)/对话框中输入实际长度100，单位um/确定
4.分析/距离（也可点击快捷菜单“尺子“图标）或面积(鼠标圈出孔周长)/ 分别用鼠标在所需测量的孔上划距离（不足之处是每次都要点击”距离“再去划孔直
径距离，麻烦）。
5.结果是点击左下角表格缩略图标，
6.跳出表格，可看结果，平均数，标准偏差和每个长度值。
统计图中沟槽孔等的面积
单个孔面积在4.中介绍，但是不规则大面积的沟槽孔无法勾勒出来，可采用下面方法。
以上图为例：
1.处理/阈值/手动(也可直接点击下图中的黑白方形快捷键)/
2．跳出选择框：拉动“滑块”调节对比度/确定。
（图中“滑块”被拉到中间，范围是”0-131”，记住这个数值，在分析不同样品时，必须选择相同的0-131,.这样才有可比性！）
3.得到下图，沟槽和孔基本包括在内了
4.分析/ count blak/ pixels
可换算出实际面积。
三、imageJ测量统计粒径、孔径、孔面积，孔的总面积，角度等
图片中样本长度的方法.
mageJ 软件是美国国家健康协会的Wayne Rasband用Java语言开发的图像处理和分析软件,其本身具备许多图像处理和分析功能,该软件为免费软件.
对比以上两款软件，功能多和复杂，操作麻烦些，如果只要以上简单的统计，建议选用前面两款比较好。
以下参考网上整理。
1.打开所需图片/选择直线工具(主工具栏straight line),/ 对照拍照时的标尺画出一根同样长度的线,如果需要精确,可以按ctrl+增大图.像.
2.打开主菜单的analyze–>set scale / 在打开的窗口中设置known distance为标尺长度,如
上图输入2.5,在unit of length输入单位,如um(默认是cm),在下面可以看到具体的像素
单位比例.
3.开始测量具体位置,关闭设置窗口后,利用直线工具划出具体要测量的部位,/
并按键盘M键,/在打开的results窗口会自动记录长度,area数值表示具体像素值,最后的length既是换算
后的长度,多个位置可以重复划线,按M记录,3次读数就划三次.最后results窗口save as保
存为excel文件进行后续处理.
Imagej快速的提取目标物外部轮廓的方法。
1．简单图片的图象处理
对于简单的图片比如字，它的边缘提取非常简便，过程如下打开图片——选择菜单process ——binary make binary ——再选择outlines即可得到轮廓图片。
2．较复杂图片的图象处理
对于复杂的图片处理，比如说一粒矿石的彩色图片处理，就比较困难。
因为光线、折射、阴影以及物体本身的一些物理特性等的影响，大大增加了图象处理的难度。
用一般方法我们对图片进行图象增强，图象二值化、图象滤波、边缘提取操作，可是这种方法对这种复杂图象的处理不是很理想，处理到图B这一步就很难走下去。
3.去背景
图片是彩色的，为了不损失图片信息我们先在彩色图象上进行图象处理。
抛开一般过程，不在一开始就进行调整亮度对比度、二值化、阈值选取等，而是
通过减背景来去除噪声和部分阴影的影响。
所以打开原图后第一步进行减背景操作，菜单Process——Subtract Background…
4高斯模糊
第二步使用高斯模糊。
首先了解一下高斯模糊的原理，所有的颜色不过都是数字，各种模糊不过都是算法。
把要模糊的像素色值统计，用数学上加权平均的计算方法（高斯函数）得到色值，对范围、半径等进行模糊，就是高斯模糊。
高斯模糊是一种利用高撕函数作平滑处理的滤波器。
像ImageJ中所有卷积运算一样，高斯模糊采取外部象素等于最近边缘象素值的方法，更重视边缘象素而不是内部象素，拐角象素而不是非拐角象素。
因而采用较大的模糊半径时，模糊效果由边缘象素尤其是拐角象素决定。
为了提高计算的速度，特别是当选择的模糊半径较小时，计算速度会更慢。
所以计算前要先将每行或每列压缩，计算完后再将其恢复到原来的长度。
具体操作为process ——filters——Gaussian Blur... （sigma=15）, 效果如图C。
5.二值化
Imagej中的Make Binary这一命令是通过自动选取阈值的方法实现二值的自动化的。
自动选取阈值并将图象分割为目标和背景。
其实现是通过一个自动选取阈值函数，该函数取一检验（测试）阈值并计算所有大于阈值象素的平均值和所有小于阈值象素的平均值，再计算二者的平均，增大阈值重复上面的操作，直到所得阈值大于复合平均。
即
threshold = (average background + average objects)/2
ImageJ调用imageProcesse类中的getAutoThreshold()函数来实现这一功能的。
具体操作为process ——Binary——Make Binary
6.分析并提取边缘
Imagej中的Analyze Particles...命令是用来提取目标物边缘、统计并测量目标物的形状位置等参数的。
它通过扫描整个图象或选区寻找图象边缘的，利用Measure命令计算目标物形状位置参数。
可以通过Set Measurements...命令选取你要测量的参数。
具体操作为Analyze——Analyze Particles... （选择show=Outlines display 勾选exclude 和summarize）。
其最终效果如图D和数据记录于表1。
表1 参数
以上操作可以通过写一个宏命令使整个过程自动化。
写好之后将文件名命名为“StartupMacros”。
通过Plugins——Macros——Install...安装之后，下次再运行Imagej时该操作就会自动加载，以一个命令按扭形式存在。
Imagej还可以处理简单重叠问题，使用腐蚀、膨胀、开运算、闭运算等方法解决，但是对于复杂图的重叠问题的解决还需要继续的探讨和研究。
三款软件都是共享软件，网上可以下到，如需要可以留言信箱，如果对你有帮助别忘了顶，给好评哦！
Jcguo
2011-12-12。