SSR分子标记简介
SSR分子标记
SSR分子标记的步骤 分子标记的步骤
第一步：DNA 提取：
提取DNA并用0.8%琼脂糖凝胶电泳检测DNA质量。
第二步：PCR :
PCR体系： 模板DNA 引物 氯化镁 4种dNTP混合物 PCR缓冲液 TaqDNA 聚合酶
PCR反应程序 ： 变性94 ℃ → 复性（或退火）5062℃ → 延伸72 ℃，一般30-35个循环
SSR分子标记引物设计 SSR分子标记引物设计 分子标记
一
从有关数据库（GenBank, EMBL DDBJ等）或文章中 查询
引物 设计
二
使用#39;锚定 锚定PCR 分离 分离SSR标记 锚定 标记
SSR标记原理示意图 标记原理示意图
SSR分子标记的优势 SSR分子标记的优势
SSR在真核生物基因组中分布广 SSR在真核生物基因组中分布广 多态性丰富 其产物进行测序胶电泳分离时单碱基分辨 率高、 率高、遗传信息量大 SSR通常为共显性标记， SSR通常为共显性标记，呈孟德尔式遗传 通常为共显性标记 具有很好的稳定性和多态性 DNA用量少 DNA用量少 PCR扩增的可重复性高 PCR扩增的可重复性高
SSR分子标记 SSR分子标记
胡玉龙 M110107260
SSR分子标记
1
Байду номын сангаас
SSR标记的简介及原理
2 SSR标记的步骤及分析 3 SSR标记引物设计
SSR标记的简介
SSR （simple sequence repeat）
简单重复序列（Simple Sequence Repeat ， SSR），指的是基因组中由1-6个核苷酸组成 的基本单位重复多次构成的一段DNA，广泛分 布于基因组的不同位置，长度一般在200bp以 下。
《分子标记SSR标记》课件
contents
目录
• SSR标记介绍 • SSR标记技术原理 • SSR标记实验操作 • SSR标记在遗传育种中的应用 • SSR标记研究展望
01
SSR标记介绍
SSR标记定义
SSR标记，即简单序列重复标 记，是一种基于PCR技术的 DNA分子标记。
它由2-6个碱基组成的重复单位 串联而成，具有高度多态性， 可应用于基因组遗传分析。
04
分子标记辅助选择
通过SSR标记与目标性状关联，实 现分子标记辅助选择，加速育种
进程。
SSR标记在动物遗传育种中的应用
动物资源保护与利用
SSR标记用于评估动物的遗传多样性， 有助于动物资源的保护和合理利用。
基因定位与疾病关联研究
SSR标记用于基因定位和疾病关联研 究，为动物疾病防控和动物育种提供
疾病易感性分析
02
通过SSR标记分析某些疾病的易感性，有助于疾病的预防和早期
干预。
个体识别与亲子鉴定
03
SSR标记还可用于个体识别和亲子鉴定，为法医学和人类学等领
域提供技术支持。
05
SSR标记研究展望
SSR标记技术的发展趋势
自动化与高通量
随着技术的发展，SSR标记将更加自动化和高通量，提高检测效 率和准确性。
基因组DNA提取
从生物样本中提取基因组DNA 。
PCR扩增
使用设计的引物进行PCR扩增 ，得到SSR片段。
数据分析
对电泳结果进行统计分析，评 估遗传差异和多样性。
SSR标记技术优缺点
01 优点
02 操作简便，检测结果稳定可靠。
03
可用于检测微卫星序列的长度多态性，反映基因组
ssr分子标记原理
ssr分子标记原理SSR分子标记原理引言：SSR分子标记（SSR molecular tagging）是一种用于分析和鉴定生物体内特定分子的技术。
它基于分子生物学和生物化学的原理，通过特定的标记物，可以在细胞、组织或体液中准确地检测和定位目标分子。
本文将介绍SSR分子标记的原理及其在科研和医学领域的应用。
一、SSR分子标记的原理SSR分子标记是一种基于DNA序列多态性的分子标记技术。
它利用了DNA序列中的简单重复序列（simple sequence repeat, SSR），即由1-6个碱基重复组成的核酸序列。
SSR序列在基因组中广泛存在，具有高度变异性和遗传稳定性，因此可以作为DNA分子标记的候选序列。
SSR分子标记的原理可以简单概括为以下几个步骤：1. DNA提取：从样品（如细胞、组织或体液）中提取总DNA。
2. SSR标记物设计：根据目标分子的序列信息，设计特异性引物，引物的两端分别包含互补的SSR序列。
3. PCR扩增：利用PCR技术，使用设计好的引物对DNA进行扩增，扩增产物中包含了目标分子的序列和SSR序列。
4. 电泳分析：将PCR扩增产物进行电泳分析，根据SSR序列的长度变异性，可以将不同样品中的目标分子进行定性和定量分析。
二、SSR分子标记的应用SSR分子标记技术在科研和医学领域具有广泛的应用价值，以下是几个典型的应用案例：1. 遗传多样性研究：SSR分子标记可以用于研究不同物种或不同个体间的遗传多样性。
通过对多个基因座进行SSR分子标记，可以获得物种或个体的遗传背景信息，进而推断种群结构、基因流动和进化关系等。
2. 基因定位和图谱构建：SSR分子标记可以用于构建遗传图谱，帮助研究人员定位和克隆感兴趣的基因。
通过SSR标记物在遗传图谱上的位置，可以确定目标基因的大致区域，为后续的克隆工作提供有力的指导。
3. 疾病诊断和预后评估：SSR分子标记在医学诊断中的应用也日益广泛。
通过对特定基因的SSR序列进行分子标记，可以检测和鉴定与疾病相关的突变或多态性。
ssr分子标记原理
ssr分子标记原微卫星DNA又叫简单重复序列，指的是基因组中由1～6个核苷酸组成的基本单位重复多次构成的一段DNA，广泛分布于基因组的不同位置，长度一般在200bp以下。
研究表明，微卫星在真核生物的基因组中的含量非常丰富，而且常常是随机分布于核DNA中。
微卫星中重复单位的数目存在高度变异，这些变异表现为微卫星数目的整倍性变异或重复单位序列中的序列有可能不完全相同，因而造成多个位点的多态性。
如果能够将这些变异揭示出来，就能发现不同的SSR 在不同的种甚至不同个体间的多态性，基于这一想法，人们发展起了SSR标记。
SSR标记又称为sequence tagged microsatellite site,简写为STMS，是目前最常用的微卫星标记之一。
由于基因组中某一特定的微卫星的侧翼序列通常都是保守性较强的单一序列，因而可以将微卫星侧翼的DNA片段克隆、测序，然后根据微卫星的侧翼序列就可以人工合成引物进行PCR扩增，从而将单个微卫星位点扩增出来。
由于单个微卫星位点重复单元在数量上的变异，个体的扩增产物在长度上的变化就产生长度的多态性，这一多态性称为简单序列重复长度多态性(SSLP)，每一扩增位点就代表了这一位点的一对等位基因。
由于SSR重复数目变化很大，所以SSR标记能揭示比RFLP高得多的多态性，这就是SSR 标记的原理。
RAPD 技术是建立在PCR (Polymerase Chain Reaction)基础之上的一种可对整个未知序列的基因组进行多态性分析的分子技术。
其以基因组DNA为模板, 以单个人工合成的随机多态核苷酸序列( 通常为10 个碱基对) 为引物, 在热稳定的DNA 聚合酶( Taq 酶) 作用下, 进行PCR 扩增。
扩增产物经琼脂糖或聚丙烯酰胺电泳分离、溴化乙锭染色后,在紫外透视仪上检测多态性。
扩增产物的多态性反映了基因组的多态性。
/////////////////////////////////////////////生物的基因组中，特别是高等生物的基因组中含有大量的重复序列〔14〕，根据重复序列在基因组中的分布形式可将其分为串联重复序列和散布重复序列。
简单重复序列标记名词解释
简单重复序列标记（Simple Sequence Repeat，SSR）是一种基于PCR技术的分子标记技术，用于检测DNA序列中的重复序列。
这些重复序列通常由几个到几十个核苷酸组成，并且在基因组中以串联的形式重复出现。
SSR标记的原理是利用PCR技术扩增这些重复序列，并通过凝胶电泳或毛细管电泳检测扩增产物的大小，从而确定不同个体或种群之间的遗传多样性。
SSR标记具有多态性高、重复性好、共显性等优点，因此在遗传学、基因组学、进化生物学和遗传育种等领域得到了广泛应用。
例如，SSR标记可以用于研究物种的遗传多样性、亲缘关系和系统发育，也可以用于基因定位和分子标记辅助育种。
在SSR标记的应用中，通常需要设计特定的引物来扩增特定的重复序列。
这些引物可以通过已知的基因组序列或EST序列来设计，也可以通过生物信息学的方法来预测和设计。
在PCR扩增后，可以通过凝胶电泳或毛细管电泳来分离扩增产物，并通过一些特定的软件来分析扩增产物的大小和数量，从而确定不同个体或种群之间的遗传多样性。
此外，SSR标记还可以用于法医鉴定、亲子鉴定和人类遗传学研究等领域。
例如，通过检测犯罪现场遗留的DNA样本中的SSR标记，可以确定犯罪嫌疑人的身份或亲缘关系。
在人类遗传学研究中，SSR标记可以用于研究人类基因组的遗传多样性和进化历程。
总之，简单重复序列标记是一种重要的分子标记技术，在多个领域得到了广泛应用。
随着技术的不断发展和完善，SSR标记的应用前景将更加广阔。
ssr分子标记技术存在的问题
ssr分子标记技术存在的问题SSR分子标记技术是一种广泛应用于植物遗传研究中的分子标记技术。
它具有高度多态性、遗传稳定性和易于扩增等优点，因此被广泛应用于植物遗传多样性和基因定位等领域。
然而，SSR分子标记技术在应用过程中也存在一些问题，主要包括以下几个方面。
一、样品处理问题SSR分子标记技术需要从植物组织中提取DNA，因此样品处理是影响技术稳定性和可重复性的重要因素。
样品处理不当会导致DNA质量下降，从而影响PCR扩增效果和分析结果。
因此，在样品处理过程中需要注意细节，如避免样品受到污染、避免DNA降解等。
二、PCR扩增问题SSR分子标记技术需要通过PCR扩增来扩增目标序列，因此PCR扩增是影响技术稳定性和可重复性的另一个重要因素。
PCR扩增过程中需要考虑多种因素，如反应体系、扩增条件、引物设计等。
如果PCR扩增条件不合适，会导致扩增效率低下、扩增产物不清晰等问题，从而影响分析结果。
三、数据分析问题SSR分子标记技术需要通过数据分析来解读分析结果，因此数据分析是影响技术稳定性和可重复性的另一个重要因素。
数据分析需要考虑多种因素，如数据质量、数据处理方法、数据统计方法等。
如果数据分析不当，会导致分析结果不准确、分析效率低下等问题，从而影响研究结论的可靠性。
四、标记选择问题SSR分子标记技术需要选择合适的标记来进行研究，因此标记选择是影响技术稳定性和可重复性的另一个重要因素。
标记选择需要考虑多种因素，如标记多态性、标记分布、标记稳定性等。
如果标记选择不当，会导致研究结果不准确、研究效率低下等问题，从而影响研究结论的可靠性。
综上所述，SSR分子标记技术在应用过程中存在一些问题，需要在样品处理、PCR扩增、数据分析和标记选择等方面加以注意。
只有在技术操作规范、数据分析准确、标记选择合理的情况下，才能保证SSR 分子标记技术的稳定性和可重复性，从而为植物遗传研究提供可靠的分子标记技术支持。
SSR分子标记技术简述
SSR标记
SSR 标记是当今流行的分子标记技术之 一。尽管 SSR 分布于基 因组的不同位置，但其两端多是保守 的单拷贝序列，因此可以根 据两端的序列设计一对特异引 物，通过 PCR 技术将其扩增出来， 利用电泳分析技术获得长 度多态性， 即 SSR 标记。
SSR分子标记的优势
SSR在真核生物基因组中分布广
SSR标记的基本原理：根据微卫星序列两端互补序列设计引物，通过PCR反应 扩增微卫星片段，由于核心序列串联重复数目不同，因而能够用PCR的方法扩 增出不同长度的PCR产物，将扩增产物进行凝胶电泳，根据分离片段的大小决 定基因型并计算等位基因频率。
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多态性丰富
其产物进行测序胶电泳分离时单碱基分辨率 高、遗传信息量大
SSR通常为显性标记，呈孟德尔式遗传
具有很好的稳定性和多态性 DNA用量少 技术要求低，成本低廉 PCR扩增的可重复性高
SSR标记的劣势
开发和合成新的SSR引物投入高、难度大 现有的SSR标记数量有限，不能标记所有的功 能基因 SSR多态性的检测和应用很大程度上依赖PCR 扩增的效果 SSR座位突变率高，对变异反应非常敏感等等
SSR标记的原理Байду номын сангаас
微卫星中重复单位的数目存在高度变异，这些变异表现为微卫星 数目的整倍性变异或重复单位序列中的序列有可能不完全相同， 因而造成多个位点的多态性。如果能够将这些变异揭示出来，就 能发现不同的SSR在不同的种甚至不同个体间的多态性，基于这 一想法，人们发展起了SSR标记。
由于基因组中某一特定的微卫星的侧翼序列通常都是保 守性较强的单一序列，因而可以将微卫星侧翼的DNA片 段克隆、测序，然后根据微卫星的侧翼序列就可以人工 合成引物进行PCR扩增，从而将单个微卫星位点扩增出 来。由于单个微卫星位点重复单元在数量上的变异，个 体的扩增产物在长度上的变化就产生长度的多态性，这 一多态性称为简单序列重复长度多态性(SSLP)，每一扩 增位点就代表了这一位点的一对等位基因。由于SSR重 复数目变化很大，所以SSR标记能揭示比RFLP高得多 的多态性，这就是SSR标记的原理
SSR分子标记
SSR座位突变率高，对变异反应非常敏感等等。
SSR分子标记的步骤
第一步：DNA 提取： 第二步：PCR :
PCR体系（15微升）：45纳克模板DNA 2.25微摩尔/升引物 11.5毫摩尔/升 氯化镁 各625微摩尔/升 4种dNTP 10X PCR缓冲液 1.5U Taq DNA 聚合酶 PCR反应程序 ： 变性94 摄氏度 3min 30次循环：94摄氏度 25s ，50-60摄氏度 25s ，72摄氏度 45s 最后72摄氏度延伸 10min
根据两端序列的保守性，设计引物；进行PCR， 电泳分离，染色显带以检测、分析微卫星序列多 态性；并确定基因排布序列及表型，最终达到成 功鉴定的目的。 简而言之，就是通过对样本DNA多态性的分析， 从而来得到样本DNA序列以及在遗传性状上的调 控和差异。
SSR标记原理示意图
SSR分子标记的优势
SSR标记
SSR标记是一种通过直接分析遗传物质的多态性来鉴别生物内 在的核苷酸排布及其外在状态表现规律的技术
SSR分子标记的分子学基础
微卫星在真核生物的基因组中的含量非常丰 富，而且常常是随机分布于核DNA中。在植 物中通过对拟南芥、玉米、水稻、小麦等的 研究表明微卫星在植物中也很丰富，均匀分 布于整个植物基因组中，但不同植物中微卫 星出现的频率变化是非常大的 常见的二核苷酸重复单位：（AC)n、 （GA)n、（AT)n 常见的三核苷酸重复单位： （AAG)n、 （AAT)n
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微卫星DNA标记技术及其在遗传多样性研究中的应用摘要微卫星DNA的高突变率、中性、共显性及其在真核基因组中的普遍性，使其成为居群遗传学研究、种质资源鉴定、亲缘关系分析和图谱构建的优越的分子标记。
本研究系统介绍了微卫星DNA在结构和功能上的特点，并对微卫星DNA标记技术应用的遗传学机理和一般方法进行了扼要的阐述。
另外，本研究还探讨了微卫星DNA标记技术在遗传多样性研究中的应用现状，并进一步提出其发展前景。
关键词：微卫星DNA；微卫星DNA标记；遗传多样性大量重复序列的存在是真核生物基因组的主要特点之一，而且这些重复序列的拷贝数可高达百万份以上。
真核生物的基因组中，重复序列占有很大比重（＞50%）。
按照重复序列在染色体上的分布方式，分为散布重复和串联重复（VNTR）两种类型。
散布重复序列的拷贝数很多，在重复单位之间彼此常有序列的变化，难以用做分子标记。
串联重复序列根据重复单元数目的大小又分为卫星序列(satellites)、小卫星序列(mini-satellites)和微卫星序列(microsatellites)3种类型。
其中，卫星序列的重复单元大，一般分布在染色体的异染色质区，采用分子标记系统来揭示其多态性有一定的困难；小卫星序列主要存在于染色体近端粒处，通常以15~75个核苷酸为核心序列，长度从几十到几千个碱基不等；微卫星序列一般较短，属于以1~6个核苷酸为基本单元的简单串联重复。
微卫星DNA是真核生物基因组重复序列中的主要组成部分。
微卫星DNA也称简单串联重复序列（SSRs）或简单串联重复序列多态性（STRP）。
这些位点由非常短的串联重复DNA 片段（1-5个碱基）组成。
微卫星DNA 最早是在人类基因组研究中发现的，它极其丰富，分布在整个基因组中[1] 。
人类基因组最普遍的微卫星是那些含有A、AC、AAAN、AAN 或AG（这里N 代表G、C或T）的序列。
这5组重复序列大约占到人类基因组微卫星总量的75%。
微卫星DNA 序列在大多数的其它动、植物基因组中也先后被发现，并且通过聚合酶链式反应可以确定其类型[2] 。
（AT）n和（ATT）n 是首先于大豆中发现的在不同的株系中长度有所不同的重复序列，它们也是第一个被定位的植物微卫星座位。
Wang等[3]发现微卫星序列中所有的单、双和四核苷酸重复序列都分布在DNA非编码区，而含G-C 碱基对的三核苷酸重复序列有57%位于编码区。
微卫星重复序列在植物中出现的几率比动物中少得多。
在植物中，约29kb中有20bp的微卫星序列[4]，例如鹰嘴豆中（TAA）n、（GA）n和（CA）n 序列在平均60kb的长度中出现于12000个位点上[5]；而动物中，约每6kb中就有20bp的微卫星重复序列。
另外，研究还发现植物中最丰富的微卫星是（A）n，其次是（AT）n，再次是（GA）n。
Weber[6]将微卫星分为3类：完全重复（无间隔）、不完全重复（有非重复单位的碱基间隔）和复合重复（2个或更多重复单位彼此毗邻连续出现）。
这些小的、串联排列的重复序列经常是通过核苷酸链的滑动错配或者其他未知的过程来改变它们的长度，从而导致微卫星在数量上的差异[7]。
微卫星的突变率高：每代每个配子的每个位点有2.5×10-5~1×10-2突变，因此造成了它们的多态性。
但微卫星周围的单拷贝序列一般不受其影响。
Davierwala等对水稻及其近缘种利用（GATA）n和（AC）n微卫星两侧的序列合成的引物进行PCR扩增，再通过克隆、测序获得了大小不等的8个等位基因。
测序分析的结果表明，不同等位基因的大小变异是由于微卫星重复数目的变异和微卫星两侧区域的序列的变异。
尽管目前对这些重复序列的功能和起源还不清楚，但许多研究已经证明，重复序列可以作为种或基因组水平的遗传标记，是分子水平上研究遗传多样性的一个有力工具。
微卫星序列的重复单位小，而且这些重复单位的序列差异和数目变化能够形成丰富的多态性，因此得到了广泛的应用。
微卫星通常是复等位的，代表每个微卫星位点的等位基因数目高度可变。
微卫星寡聚核苷酸的重复次数在同一物种的不同基因型间差异很大。
另一方面，在每个微卫星DNA两端的序列多是相对保守的单拷贝序列，尤其在亲缘关系相近的物种间是保守的，因此可根据两端的序列设计一对特异的引物，然后利用PCR扩增每个位点的微卫星序列，经电泳比较扩增产物的长短变化，即可显示不同基因型的个体在每个微卫星DNA位点的多态性。
进一步研究还发现，微卫星DNA是中性的，而且微卫星DNA标记呈共显性的孟德尔式遗传。
它具有比其它分子标记（如等位酶、RFLP、RAPD等）更多的可检测等位基因，能够提供更细致的基因变化分析范围。
该方法在居群遗传学研究中表现出很大的潜力。
微卫星DNA具有高度多态性，同一遗传位点数目变化很大，并能在群体中形成多达几十种的等位基因，这是其他遗传标记所不能比拟的；此外，PCR技术的利用使微卫星标记技术实现操作自动化。
微卫星作为遗传标记已使人类基因组的遗传制图和连锁分析发生了革命性的变化。
至今，所建立的遗传图谱中已含有6000多个以微卫星DNA为主体的遗传标记，其平均分辨率为0.7cmol/L（里摩尔根），即2个位点之间有0.7%的几率可以重组。
目前，微卫星标记系统是基因定位中研究最多的标记系统。
2微卫星标记DNA技术的实践方法及发展通过PCR扩增并使用凝胶电泳分离产生大量含有微卫星DNA片段的方法有3种：（1）用在3’端或5’端被放射性标记的微卫星DNA引物做PCR；（2）用微卫星DNA两端的保守序列做PCR；（3）用被放射性标记的微卫星DNA引物和RAPD随机引物共同扩增含微卫星DNA 的序列和随机序列。
其中第2种方法最为普遍，它一般可分成4个步骤。
①微卫星序列通常有2种途径：一是从基因组文库中获得含有微卫星的阳性克隆；一是通过检索Genbank、EMBL 和DDBJ等DNA序列数据库，从互联网上获得含有微卫星的序列。
前者获得微卫星DNA标记需要建立、筛选基因组文库和克隆测序等一系列实验，消耗大，工作量也大。
而通过后者可以直接快速的获得微卫星标记，是对上一种途径的有效补充。
②微卫星引物微卫星两侧的序列对于同一物种高度保守，因此可以使用与两侧保守的DNA 序列相互补的方式设计特定的寡聚核苷酸引物。
实验室中通常采用两种方式得到所需微卫星引物：可以通过检索所研究物种GeneBank等数据库查找带简单重复的DNA序列，用Primer0.5及MacVector 6.0 等软件设计引物；另外，也可以直接应用若干已发表的微卫星标记引物。
在基因组内具有高度专一性的微卫星引物一般为18-24个核苷酸，（G+C）% 含量接近50%-60%（Tm值为60℃左右），退火温度常在55℃-72℃下进行。
研究表明提高退火温度可以增加引物与模板结合的特异性。
特别在最初几次循环中采用严谨的退火温度，有助于PCR特异性扩增。
其次，为了避免引物内二级结构的产生及某个核苷酸的连续出现，3’末端最好富含GC。
③微卫星PCR扩增由于是特异性扩增，所以其重现性和稳定性相对较好。
但是随着每对引物（G+C）%含量的不同和扩增片段长度的不同，与每对引物相对应的合适的扩增条件也不同。
通常采用改变退火温度、缓冲液中Mg2+ 浓度及循环数等来获得清晰可靠的条带。
④微卫星扩增产物检测微卫星经过PCR扩增所得产物在100~300bps之间，而且基因型间的差异仅为几个bps。
因此一般采用3种方法进行分离：（1）高浓度（3%-4%）的琼脂糖凝胶电泳，利用溴化乙锭染色；（2）非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳，利用银染法来检测，分辨率较高；（3）将PCR产物进行荧光标记(如FAM、TET、HEX 等) ，然后经高温变性，在PE Applied Biosystems 310 等遗传分析仪上利用毛细管电泳分离，并通过GeneScan和Geno Typer 等软件进行分析。
3 微卫星DNA标记在遗传多样性研究中的应用保护生物多样性的核心内容就是保护生物的遗传多样性。
遗传多样性是一个需要用种、变种、亚种或品种的遗传变异来衡量其内部变异性的概念。
遗传多样性为物种和个体的适应及进化提供原材料。
遗传多样性的保护实质上就是在基因和基因组水平上的保护。
如果动植物的遗传多样性得不到应有的保护，一个物种的灭绝就意味着将有难以数计的遗传多样性的消失。
伴着人类对自然资源的开发利用，自然生态系统被大面积破坏，加之环境污染等，使得物种灭绝的速度加快。
物种多样性是人类赖以生存和发展的基础，评估物种受威胁程度以及是否已摆脱受威胁的状态必须建立在遗传多样性研究的基础上。
建立濒危物种有效保护策略的一个首要条件就是在未受到广泛干扰前获得有关其遗传结构的知识。
DNA是生物体内的遗传物质，因而它能更加直接的反映群体内及群体间的相关性。
利用DNA分子标记技术可以有助于从本质上揭示物种遗传变异及其变异规律，预测物种的命运，从而制定相应的管理措施。
Wyman和White于1980年提出了DNA 指纹的概念，自此，DNA 指纹分析成为遗传分子标记中的主要方法。
而微卫星DNA标记技术是DNA指纹技术中极具潜力的分子标记，是目前最为先进的遗传标记系统之一。
同时，对于植物种以下水平的研究，一方面要了解其中的遗传多样性水平和居群间的相互关系，另一方面还要统计分析居群的遗传结构、等位基因频率以及居群间的遗传分化等。
因此，必须选择灵敏的分子标记，从而能够提供足够多的遗传信息，更重要的是所获得的信息要重复性好、可比性高、稳定可靠，且结果便于分析。
微卫星DNA标记即是符合了这些要求的分子标记之一。
由于微卫星DNA在1个位点上重复单位的数量在居群内和居群间可以产生有意义的改变，所以微卫星DNA标记技术受到居群遗传学家的普遍关注。
在缺乏其它自然变异的特征时，微卫星等位基因频率的数据可以用来探讨解决亲缘关系、同源概率和居群结构等问题。
微卫星标记在遗传多样性研究中，特别是在居群遗传学中的广泛使用已经形成了一个较为完整的体系。
然而对于微卫星遗传分化的量化方法目前具有争议。
在遗传多样性研究中通常使用统计学方法如遗传距离、聚类分析、PIC值、基因多样性等来做进一步分析和讨论。
同时，为了提高对微卫星DNA标记量化分析的效率，还可以采用多对引物反应或多次点样的办法。
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