SSR分子标记在作物遗传育种中的应用_罗冉
《2024年基于SSR标记的小豆品种鉴定体系建立及应用》范文
《基于SSR标记的小豆品种鉴定体系建立及应用》篇一一、引言小豆作为我国重要的粮食作物之一，其品种繁多，品质差异大。
为了准确鉴定小豆品种，保障农业生产及市场流通的顺利进行，建立一套高效、准确的小豆品种鉴定体系显得尤为重要。
本文旨在介绍基于SSR（Simple Sequence Repeat）标记的小豆品种鉴定体系的建立及其应用。
二、SSR标记技术简介SSR标记，即简单重复序列标记，是一种基于DNA多态性的分子标记技术。
其优点在于操作简便、重复性好、信息量大等，因此在作物品种鉴定、遗传图谱构建等方面得到了广泛应用。
SSR标记通过分析特定基因座上的重复序列的变异情况，可实现作物品种的快速、准确鉴定。
三、小豆品种鉴定体系的建立1. 样品采集与DNA提取：从各地收集小豆品种样品，采用合适的DNA提取方法获取高质量的DNA。
2. SSR引物设计：根据小豆基因组信息，设计特异性高、多态性好的SSR引物。
3. PCR扩增及数据分析：以提取的DNA为模板，进行PCR 扩增，通过电泳、测序等方法获取SSR标记的基因型数据。
4. 品种鉴定模型的构建：利用统计软件对基因型数据进行处理，建立小豆品种鉴定模型。
四、小豆品种鉴定体系的应用1. 品种纯度鉴定：通过SSR标记技术，可快速鉴定小豆种子的纯度，为种子质量检测提供依据。
2. 品种资源保护：利用SSR标记技术对小豆种质资源进行鉴定，为种质资源的保护和利用提供支持。
3. 遗传育种研究：SSR标记技术可用于小豆遗传图谱的构建，为小豆遗传育种研究提供有力工具。
4. 农业执法与市场监管：通过SSR标记技术，可对市场上的小豆品种进行快速、准确的鉴定，为农业执法与市场监管提供支持。
五、结论本文建立了基于SSR标记的小豆品种鉴定体系，通过样品采集、DNA提取、SSR引物设计、PCR扩增及数据分析等步骤，成功构建了小豆品种鉴定模型。
该体系具有操作简便、重复性好、信息量大等优点，可广泛应用于小豆品种的纯度鉴定、资源保护、遗传育种研究以及农业执法与市场监管等领域。
SSR标记在植物遗传育种中的应用
Ｓ Ｒ标记 具 有 的主 要优 点 ：① 数 量丰 富 ，均 匀 、随机 、广 泛地 分布 于植 物基 因组 中 ， Ｓ
覆 盖整 个基 因组 ；② 每个 位 点均 有许 多等 位形 式 ， 多态性 丰 富 ，信息 含量 高 ；③ 以孟 德
尔方 式 遗传 ，呈共 显 性 ，能够 鉴别 出纯合 基 因型和 杂 合基 因型 。揭示 等位 位 点的差 异 ，
遗 传 学家 Ｉｔ１Ｊｔ研 究 了几个 Ｓ Ｒ 位 点上 的ｌ个 等位 基 因 时发 现 ，这 些序 列 中有 ３个 ｉ￣ Ｉ ｙ ｔ ］ｕ Ｓ ２
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（ ＡＡＴ 或４ （ ）ｎ 个 ＡＧＡ ）ｎ 核苷 酸 重复 的序 列 ， Ｔ 并将其 命 名 为Ｍｉｒｓｔｌｔ即微 卫星 。 Ｓ ｃ０ａｅｌｅ ｉ ＳＲ 这一 技 术一 经 问世 ，便 很 快在 动植 物 的遗 传分 析 中得到 广 泛应用 。 １ ２ Ｓ Ｒ标 记 的原 理 ． Ｓ 由于基 因组 中某一 特 定 的微卫 星 的侧 翼序 列通 常都 是保 守性 较 强 的单一 序列 ，因而 可 以将 微 卫 星侧 翼 的 ＤＮ 片段 克 隆 、测序 ，然后 根据 微卫 星 的侧 翼序列 就 可 以人工 合 Ａ 成 引物 进 行 Ｐ Ｒ扩增 ，从而 将 单个微 卫 星位 点扩 增 出来 。由于单 个微 卫星 位 点重 复单 元 Ｃ
由于 Ｓ Ｒ标记 具 有诸 多优 点 ， Ｓ 使得 其在 构 建植物 遗 传 图谱 、 传 多样性 、 因定位 、 遗 基 抗病 基 因的筛 选 等方 面广 泛 应用 。 ２ １ 建 遗 传图 谱 ．构
Ｓ Ｒ是共 显 性标 记 ，多态 性 高 ，适宜 构 建 高密 度 的遗 传 图谱 。 白 Ｒ ｄｒ “ 发 表 了 Ｓ ｏｅ 等
16分水稻实验材料的群体结构分析
水稻供试实验材料的群体结构分析摘要：利用全基因组的相互间不连锁的60个微卫星标记（simple sequence repeat，SSR），对实验室中的16分水稻材料进行全基因组扫描，利用STRUCRE软件估算群体结构。
基于模型的群体结构SSR分子标记数据的遗传距离聚类和模型分析发现，该群体科划分为2个亚群体。
关键词：水稻；群体结构；SSR；前言由于群体结构会增加染色体间的连锁不平衡，使目的性状与不相关的基因座间表现出关联，即造成假关联，这可能会导致定位错误【Flint-Garcia 2005】。
Cardond等认为群体结构是引起假阳性的最主要因素。
所以在进行关联分析时，群体的结构是必需予以考虑和解决的。
群体结构分析是指遗传变异在群体内和群体间的分布形式及其在时间上的变化。
运用独立遗传标记（如SSR、SNP、RFLP 或AFLP）可以分析群体结构。
SSR (Simple Sequence Repeat) 标记技术以其共显性、多态性高、重复性好、稳定可靠、操作简单等优点成为重要的研究方法之一，目前SSR标记主要在遗传多样性、群体结构、DNA指纹库、遗传图谱构建和基因定位、品种和纯度鉴定等方面具有较大的优势[SSR 分子标记及其在农作物育种中的应用、SSR分子标记在作物遗传育种中的应用]，已广泛应用于育种等农业科研工作。
水稻是世界最重要的栽培粮食作物，养活了世界近一半的人口。
水稻种质资源丰富，分布广泛，对其群体结构情况研究清楚，对新品种的选育具有重要的参考价值。
采用SSR分子标记对水稻的群体结构进行分析，可为水稻品种改良以及抗病育种工作提供新的依据。
1 材料与方法1.1 实验材料供试品种：日本晴、9311、杨辐糯4号、鸭血糯、黄壳糯、苏御糯、明恢63、赣晚籼30、武育粳3号、越光、146B、古426、桂朝2号（F）、桂朝2号、IR36(F)、IR36，共计16个品种。
表1 实验材料及其编号编号名称编号名称编号名称x2 IR36(R) x16 越光x21 桂朝2号（R)x3 146B x17 武育粳3号x22 日本晴x9 黄壳糯x18 古426 x23 赣晚籼30x11 IR36(F) x19 鸭血糯x24 9311x13 苏御糯x20 明恢63 x25 扬辐糯4号x15 桂朝2号（T)1.2 实验方法1.2.1 DNA提取实验采用SDS法提取水稻DNA。
不同抽薹性萝卜遗传多样性的SSR分子标记分析
不同抽薹性萝卜遗传多样性的SSR分子标记分析关键词：萝卜;抽薹;SSR标记;遗传多样性萝卜（RaphanuativuL.）在世界各地均有种植，其中欧美国家主要栽培小型四季萝卜，亚洲国家则主要栽培大型萝卜[1]。
萝卜是我国重要的十字花科蔬菜作物，年种植面积在120万hm2左右，位居全国各类蔬菜种植面积第3位，在蔬菜生产和供应上起到了重要作用[2]。
在生产上，萝卜比较容易发生“未熟抽薹”或“先期抽薹”現象，即萝卜肉质根在未完全膨大时就抽薹，从而降低或失去商品价值，造成经济损失。
我国拥有众多萝卜种质资源，但开始耐抽薹品种选育的研究较晚，导致日本和韩国的耐抽薹品种大量进入国内，占据主要市场。
因此，加强对耐抽薹萝卜种质资源的研究，不断培育新的种质资源，是加快耐抽薹萝卜育种进程的重要途径。
简单序列重复（impleequencerepeat，SSR）通常又称为微卫星或者STMS（equence-taggedmicroatellite），是基于PCR的分子标记，普遍分布于真核生物基因组中，具有信息含量高、稳定性好、多态性高、操作和分析简单等优点，现被广泛用于蔬菜种质资源遗传多样性分析[3]及种质资源鉴定[4]等研究。
近几年以萝卜为材料利用SSR标记进行的研究，主要包括图谱构建[5-7]、基因组学[8]、转录组学[9]、表观遗传学[10]、纯度鉴定[11-12]、育性鉴定[13]和肉质根色[14]等方面。
本研究对57份不同抽薹性萝卜材料进行SSR分析，旨在从分子水平上研究各材料遗传背景和亲缘关系，为选育耐抽薹萝卜品种提供理论依据，以期实现分子标记辅助育种。
1材料与方法1.1材料1.2方法1.2.1DNA提取2022年2月26日，在蔬菜种质与品种创新四川省重点实验室进行萝卜穴盘育苗，待幼苗长至3张真叶时采嫩叶，用天根生化科技（北京）有限公司生产的高效植物基因组DNA提取试剂盒提取基因组DNA，微量分光光度计（NanoDrop2000）检测DNA浓度和质量，将DNA浓度调至10ng/μL，-20℃冰箱（海尔医用低温保存箱）保存备用。
利用SSR标记筛选水稻富γ-氨基丁酸后代材料
利用SSR标记筛选水稻富γ-氨基丁酸后代材料SSR标记是一种常用的分子标记技术，可以用来筛选水稻富含γ-氨基丁酸（GABA）的后代材料。
GABA是一种非常重要的生物活性物质，具有许多医疗和保健功能，如抗氧化、抗老化和抗糖尿病等。
培育富含GABA的水稻品种对于提高水稻的营养价值和经济效益具有重要意义。
为了利用SSR标记筛选富含GABA的水稻后代材料，我们首先需要了解水稻的基因组结构和GABA合成相关基因的位置。
然后，通过SSR技术测定水稻后代材料中的特定区域的基因多态性。
具体步骤如下：1. DNA提取：从水稻后代材料中提取DNA。
可以利用商业化的DNA提取试剂盒进行提取，遵循相应的操作步骤。
2. 设计引物：根据已知的水稻基因组序列和GABA合成相关基因的信息，设计能够特异性扩增目标基因区域的引物。
确保引物的特异性和合适的引物长度。
3. PCR扩增：将设计好的引物与提取出的DNA样品进行PCR扩增反应。
PCR反应体系和反应条件根据具体实验条件进行优化，确保扩增反应的特异性和效率。
4. 扩增产物分析：将PCR扩增产物进行电泳分析。
可以选择使用琼脂糖凝胶电泳或聚丙烯酰胺凝胶电泳。
根据不同PCR产物的大小和浓度，选择合适的电泳条件。
5. 数据分析：根据电泳结果，分析每个样品在特定区域的扩增产物条带情况。
通过比对扩增产物的大小和浓度，筛选出富含GABA的后代材料。
通过以上步骤，我们可以筛选出富含GABA的水稻后代材料。
在筛选过程中，可以根据需要选择不同的引物和扩增条件，以提高筛选的准确性和效率。
也可以通过扩大样品数量和进行重复实验，进一步验证筛选结果的可靠性。
这种利用SSR标记筛选富含GABA的水稻后代材料的方法，可以为水稻育种提供重要的参考和指导，为培育高品质、高营养价值的水稻品种奠定基础。
SSR分子标记在水稻品种鉴定和遗传育种中的应用
SSR分子标记在水稻品种鉴定和遗传育种中的应用作者：管敏来源：《硅谷》2014年第17期摘要我国最早的引入分子标记技术是在20世纪的80年代，经过近几十年的不断发展，分子标记法也取得了较快进步，不仅应用领域在不断拓展，应用成果也非常显著。
作为世界上最重要粮食作物之一的水稻，对于人类的生存与发展起到了十分关键性的作用，而如何更好的运用生物技术全面提高水稻亩产量，提升水稻品质已经成为了国际社会共同关注的焦点话题。
经过多年的技术研究和发展，遗传标记在识别生物群体的多态性的过程中逐渐充当着重要的角色，通过形态标记可以对生物的形态差异进行比较，分子标记直接检测出生物DNA分子结构上的变化，进而更好的将好的品种和遗传特性保留下来。
在这种情况下，对于SSR分子标记在水稻品种鉴定和遗传育种中的应用进行分析和研究具有重要的现实意义。
关键词 SSR分子标记；水稻；品种鉴定；遗传育种；应用中图分类号：S336 文献标识码：A 文章编号：1671-7597（2014）17-0071-02在水稻品种鉴定和遗传育种以及水稻的遗传作图中，SSR分子标记一直都充当着重要的角色。
以往的育种主要依赖的是植株的表现型进行品种的鉴定和选择的，这对于育种者的经验具有很高的要求，而且需要进行多次技术测定，不仅耗时而且费力，因此需要在此基础上去寻求更好更加准确的标记方式，以此来提高项目育种的质量和效率。
而自从SSR分子标记的出现和发展，对于水稻育种工作和品种的鉴定具有重要的促进作用。
和普通的标记方法相比，SSR 标记是不受到周围的环境条件以及相关的因素影响的，因此具有很好的发展前景。
本文也将从SSR标记的基本原理出发，对于SSR分子标记在水稻品种鉴定和遗传育种中的应用进行了分析和论述，希望给读者一定的启示。
1 SSR标记的基本原理分析无论是水稻还是其他的生物作物都是由特定的基因组组成的，但是由于每一个SSR序列的存在单元存在一定的差异性，因此基因的座位也存在多态性。
SSR和ISSR分子标记及其在植物遗传育种研究中的应用
文章编号:1000-1573(2002)01-0090-05SSR 和ISSR 分子标记及其在植物遗传育种研究中的应用张立荣,徐大庆,刘大群(河北农业大学植保学院,河北保定071001)摘要:SSR(Si mple Seq uence Repeat)和ISSR (Inter-Si mple Seq uence Repeat)技术是在PCR 基础上发展起来的两种DNA 多态性检测技术,已开始应用于基因组研究的各个领域。
概述了SSR 、ISSR 反应的原理、特点,总结了其在植物亲缘关系和遗传多态性研究、DNA 指纹库的建立、遗传图谱的构建和基因定位及分子标记辅助育种等方面的应用,并肯定了SSR 、ISSR 在植物遗传育种领域的广阔应用前景。
关键词:SSR;ISSR;分子标记;遗传育种中图分类号:S 435 文献标识码:ASSR marker,ISSR marker and their applicationto plant genetics and breedingZHAN G L -i rong,XU Da -qing,LIU Da -qun(College of Plant Protection,Agricultural University of Hebei,Baoding 071001,China)Abstract:Simple sequence repeats (SSR)and Inter-simple sequence repeats (ISSR)are two kinds of DNA markers based on the polymerase chain reaction (PCR).They have been applied in many aspects of genome re -search.This paper has clarified the theories and characteristics of SSR as well as ISSR.The authers also sum -marized their applications in genetic polymorphisim and genetic relationship,establishment of DNA fingerprinting pool,construction of genetic map,gene localization and marker-aided selection.The two methods of DNA ec -ular marker open up broad prospec ts for the studies of plant genetics and breeding.Key words:SSR;ISSR;molecular marker;genetics breeding近年来,分子标记的研究与利用得到了迅速的发展。
SSR分子标记在作物种质资源鉴定中的应用
SSR分子标记在作物种质资源鉴定中的应用山东农业科学2012，44（10）：11 18Shandong Agricultural Sciences收稿日期：2012－04－27基金项目：国家自然科学基金项目（30971546）；山东省科技发展计划项目（2012GNC1101）作者简介：王燕龙（1988－），女，在读硕士研究生，研究方向：分子遗传学。
E －mail ：wangyanlong0000@/doc/ac92eece8bd63186b cebbc66.html *通讯作者：单雷，博士，研究员，研究方向：植物分子生物学。
E －mail ：shlei1025@/doc/ac92eece8bd63186bcebbc66. htmlSSR 分子标记在作物种质资源鉴定中的应用王燕龙1，2，姜言生3，曲志才1，单雷2*（1.曲阜师范大学生命科学学院，山东曲阜273165；2.山东省农业科学院高新技术研究中心/山东省作物与畜禽遗传改良重点实验室，山东济南250100；3.潍坊市农业科学院，山东潍坊261031）摘要：介绍了SSR 分子标记的特点及其在作物种质资源鉴定中的应用，主要包括亲缘关系鉴定、品种鉴定、真实性鉴定及纯度鉴定；提出了改进方法，并对其应用前景作了展望。
关键词：SSR 标记；作物；指纹图谱；种质鉴定中图分类号：Q599；S338文献标识号：A文章编号：1001－4942（2012）10－0011－08Application of SSR Markers in Crop Germplasm Identification Wang YanLong 1，2，Jiang YanSheng 3，Qu ZhiCai 1，Shan Lei 2*（1．College of Life Science ，Qufu Normal University ，Qufu 273165，China ；2．Hi －Tech Research Center ，Shandong Academy of Agricultural Sciences /Key Laboratory for Genetic Improvement of Crop ，Animal and Poultry of Shandong Province ，Jinan 250100，China ；3．Weifang Academy of Agricultural Sciences ，Weifang 261031，China ）Abstract The characterizations of SSR markers were introduced and its application in crop germplasm i-dentification was also reviewed ，which included the relation evaluation of different germplasms ，variety identi-fication ，authenticity and purity identification of varieties．In addition ，the improving methods for SSR were put forward and its application prospect was discussed in this paper．Key wordsSSR analysis ；Crop ；Fingerprinting map ；Germplasm identification种质资源鉴定是作物育种的重要基础，国内外已从形态学、细胞学以及生理生化等方面进行了大量的研究。
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基因组学与应用生物学，2010年，第29卷，第1期，第137－143页Genomics and Applied Biology,2010,Vol.29,No.1,137－143评述与展望Review and ProgressSSR 分子标记在作物遗传育种中的应用罗冉吴委林张旸李玉花*黑龙江哈尔滨东北林业大学生命科学学院,哈尔滨,150040*通讯作者,lyhshen@摘要SSR (simple sequence repeat)是建立在PCR 技术上的一种广泛应用的分子标记，具有含量丰富、多态性高、共显性等优点。
本文简要介绍了SSR 分子标记技术的原理和特点，重点介绍了SSR 分子标记技术在作物遗传育种中的应用，主要在作物遗传多样性、基因定位、分子辅助标记、遗传图谱构建、品种鉴定和纯度鉴定等方面进行阐述。
关键词SSR,分子标记,作物,遗传育种SSR Marker and its Application to Crop Genetics and BreedingLuo Ran Wu WeilinZhang Yang Li Yuhua *Heilongjiang Harbin College of Life Sciences of Northeast Forestry University,Harbin,150040*Corresponding author,lyhshen@ DOI:/10.3969/gab.029.000137Abstract SSR (simple sequence repeat)is a classic technique for molecular marker based on PCR technique,which had many advantages,such as abundance,high polymorphism,co-dominance etc.This paper has clarified the concept and characteristics of SSR marker,then presents emphatically its application to plant genetics and breeding,and focus on genetic diversity,gene mapping,marker assistant selection,construction of genetic map,varietal identification,purity identification and so on.Keywords SSR (simple sequence repeat),Molecular markers,Crop,Genetics and breeding /doi/10.3969/gab.029.000137基金项目：本研究由国家科技部863项目(2008AA10Z156)和国家自然基金重点项目(30730078)共同资助遗传标记(genetic marker)是指在遗传分析上用作标记的基因，也称为标记基因。
它可追踪染色体、染色体的某一节段或某一个基因座在家系中传递的任何一种遗传特性。
目前，应用较为广泛的遗传标记主要有形态标记(morphological maker)、细胞标记(cytological maker)、生化标记(biochemical maker)和分子标记(molecular maker)。
前3类遗传标记都是对基因的间接表达，并且标记位点少，多态性差，容易受到环境因素、季节变化等影响，因此发展比较缓慢。
分子标记是继形态标记、细胞标记和生化标记之后发展起来的一种较为理想的遗传标记形式，它以蛋白质、核酸分子的突变为基础，检测生物遗传结构及其变异。
分子标记技术从本质上讲都是以检测生物个体在基因或基因型上所产生的变异来反映生物个体之间的差异。
广义的分子标记是指可遗传的并可检测的DNA 序列或蛋白质，狭义的分子标记指能反映生物个体或种群间基因组中某种差异的特异性DNA 片段。
目前广泛应用的DNA 分子标记有三代，分别为第一代的限制性片段长度多态性(RFLP)，随机扩增多态性DNA (RAPD)，第二代的扩增酶切片段长度多态性(AFLP)，简单序列重复长度多态性(SSR)，第三代的单核苷酸多态性(SNP)等。
本文主要对SSR 分子标记技术的原理、特点以及在作物遗传育种中的应用进行概述。
1SSR 分子标记技术的原理和特点SSR 也称为微卫星DNA (microsatellite DNA)、短串联重复(tendom-repeats)或简单序列长度多态性(simple sequence length porlymorphism)，它通常是指以2~5个核甘酸为单位多次串联重复的DNA 序列，基因组学与应用生物学Genomics and Applied Biology也有少数以1~6个核甘酸为串联重复单位。
串联重复次数一般为10~50次，如(A)n、(TC)n、(TAT)n、(GA-TA)n、(GA)n、(AC)n以及(GAA)n等。
同一类微卫星DNA可分布在基因组的不同位置上，长度一般在100bp以下。
由于重复次数不同，从而造成了每个位点的多态性(Akkaya et al.,1992;Wang et al.,1994;向道权等,2001)。
每个SSR两端的序列一般是相对保守的单拷贝序列，通过这段序列可以设计一段互补寡聚核苷酸引物，对SSR进行PCR扩增，由于SSR 多态性多由简单序列重复次数的差异引起，通常表现为共显性。
SSR扩增产物通常采用高浓度的琼脂糖胶或聚丙烯酰胺凝胶电泳检测。
目前，在所应用的标记中，RFLP标记所需DNA 量较大，步骤较多，周期长，制备探针及检测中要用到放射性同位素，成本高(邢晋祎和帅素容,2001)；RAPD标记因使用的引物比较短，对反应条件极为敏感，稍有改变便影响扩增产物的重现，重复性较差，稳定性不好。
另外，RAPD是显性标记，不能区分纯合基因型与杂合基因型，无法直接用于基因型分析(刘世涛等,2003)；AFLP标记费用比较昂贵，且方法需经多步操作，统计分析困难，对DNA的纯度和内切酶的质量要求很高(姚红伟等,2009)；SNP提供的信息较少，且费用较高(李伟等,2009)。
相比之下SSR标记具有了以下优点：(1)数量丰富，覆盖整个基因组，揭示的多态性高。
(2)具有多等位基因的特性，提供的信息量高。
(3)共显性遗传，不易被自然选择和人工选择所淘汰，符合孟德尔遗传定律(David and Michael.,1994;Devey et al.,1996)。
(4)易于利用PCR 技术分析，对DNA质量要求低，用量少，不需使用同位素，即使是部分降解的样品也可进行分析。
(5)每个位点由设计的引物顺序决定，便于不同的实验室相互交流合作开发引物。
2SSR分子标记技术在遗传多样性中的应用遗传多样性是生物多样性的重要组成部分，蕴藏在各种生物的基因组中。
在作物育种过程中，无论采用选择或杂交等常规手段，还是依靠细胞杂交、原生质体融合和转基因等生物技术辅助手段改良作物的遗传特性，都离不开对遗传资源进行系统化的遗传多样性的研究。
利用SSR标记的高多态性，结合相关分析、聚类分析等数量遗传分析手段，可以对不同亲缘物种进行分类，判断其亲缘关系，评价不同品种的异质性，并进而划分杂交优势群。
Manifesto等(1999)对阿根廷的105份小麦品种用位于不同染色体上的探针检测后发现亲缘关系越近的品种，指纹谱的相关系数越高。
Zhang等(2006)用30个SSR标记对来自阿曼的6个小麦品种间的遗传联系和多样性水平的调查表明,3个硬质小麦总的遗传多样性高于3个面包小麦，聚类分析还发现阿曼面包小麦不同于其它品种，然而2个巴基斯坦品种有点接近阿曼品种，可能存在某种未知的联系。
在小麦遗传多样性变化动态研究中，Wang等(2007)利用206对SSR引物检测中国西部三省小麦的遗传多样性，通过遗传距离以及聚类分析显示发现云南与西藏小麦品种亲缘关系比云南与新疆以及西藏与新疆的都要近。
王利锋等(2009)利用表型和SSR标记基因型，对88份有代表性的河南省玉米地方品种进行遗传多样性分析，发现这些地方品种农艺性状表现出较大差异，表型聚类将其划分为7个类群，大部分品种聚在一个类群内，但仍有部分品种独立成群。
吕广磊等(2009)采用64个SSR标记对96份云南水稻(Oryza sativa)地方品种和选育品种的遗传多样性进行比较分析，结果表明SSR标记能较好地区分云南栽培稻品种，且云南水稻地方品种遗传多样性丰富，存在大量的优质性状可供育种实践选择。
徐静静等(2009)用FastPCR软件在大豆疫霉全基因组中搜索到1234个含2~4个重复基元精确SSRs。
选择260个SSRs设计引物，经对大豆疫霉5个分离物的基因组DNA检测，有212对(81.5%)有效扩增出SSR特征条带，112对(52.8%)扩增多态性。
用18对多态性SSR引物分析了来自美国、中国黑龙江省和福建省大豆疫霉分离物的遗传多样性，发现黑龙江省和福建省分离物的遗传距离最近，美国和福建省分离物的遗传距离最远，大豆疫霉中国分离物与美国分离物可能具有共同的祖先，中国分离物可能为外来种。
中棉所陈光和杜雄明(2006)人利用SSR分子标记对20世纪50年代我国引入海岛棉以来培育的45个国内品种(系)及8个国外品种的遗传多样性进行研究，结果53个品种被分为两大类，与系谱来源一致。
3SSR分子标记技术在基因定位及分子辅助标记中的应用3.1基因定位SSR技术是寻找与目标基因紧密连锁的分子标记为遗传育种早期选择提供不受环境影响的遗传标DOI:10.3969/gab.029.000137138记。
同时对目标基因进行精确的定位，也是进一步分离、克隆和导入目标基因的前提。
唐媛等(2008)以感白粉病小麦品种中国春与101－3杂交后代F2为材料，用65对6B染色体上和9对6A染色体上小麦微卫星引物，进行连锁分析，发现小麦微卫星标记Xgwm570与PmX有(9.72±2.40)cM的遗传距离，该结果表明，PmX位于小麦染色体6BL上。
陈立军等(2009)针对中国大豆灰斑病1号生理小种，以抗所有生理小种的品系东农40566为母本，以感所有生理小种的品种东农410为父本配制杂交组合，杂交得到F2代后连续自交3代得到F5代群体。
该群体经人工接种灰斑病1号生理小种后，利用BSA法对500个SSR标记进行筛选，其中3个标记Satt565、SOYGPATR和Satt396在抗、感池间表现出稳定的多态性，并且在F2代个体中表现出抗性与多态性协同分离的趋势。