质谱在蛋白质组学中的应用
蛋白质组学 质谱
蛋白质组学质谱蛋白质组学是一种以蛋白质为研究对象，通过对蛋白质的种类、性质、表达量等进行研究，揭示生物体内蛋白质的分布、功能和调控规律的一门学科。
而质谱技术则是蛋白质组学研究中一种非常重要的分析手段，具有高灵敏度、高分辨率和高准确性等特点，被广泛应用于蛋白质鉴定、修饰蛋白质鉴定、蛋白质表达分析、蛋白质互作分析、蛋白质代谢研究、生物标志物发现、疾病诊断与预后、药物靶点发现与药物研发等多个方面。
1.蛋白质质谱鉴定蛋白质质谱鉴定是通过质谱技术对蛋白质进行鉴定和分析的一种方法。
通过对蛋白质的质荷比进行测量和分析，可以确定蛋白质的分子量、序列和结构等信息。
蛋白质质谱鉴定常用于生物样品中未知蛋白质的鉴定和研究。
2.修饰蛋白质鉴定蛋白质修饰是生物体内一种重要的调节机制，包括磷酸化、糖基化、羟基化、甲基化等多种类型。
修饰蛋白质鉴定是通过质谱技术对修饰蛋白质进行分析和鉴定的一种方法，可以确定修饰位点、修饰类型和修饰程度等信息，对于研究蛋白质的调节机制和信号转导具有重要意义。
3.蛋白质表达分析蛋白质表达分析是通过质谱技术对生物样品中蛋白质的表达量和表达趋势进行分析的一种方法。
通过对不同样品中蛋白质的表达量进行比较和分析，可以揭示生物体内不同组织或不同条件下的表达差异，对于研究生物调控机制和疾病发生发展具有重要意义。
4.蛋白质互作分析蛋白质互作是指蛋白质之间相互作用形成复合物的现象。
蛋白质互作分析是通过质谱技术对蛋白质互作现象进行分析和鉴定的一种方法，可以确定互作蛋白的种类和结合方式等信息，对于研究生物体内信号转导和调控机制具有重要意义。
5.蛋白质代谢研究蛋白质代谢是生物体内一种重要的生命活动，包括合成和降解两个过程。
蛋白质代谢研究是通过质谱技术对生物样品中蛋白质的合成和降解过程进行分析和研究的一种方法，可以揭示生物体内蛋白质代谢的规律和调节机制，对于研究疾病发生发展和药物研发具有重要意义。
6.生物标志物发现生物标志物是指生物体内一种可检测和可量化的指标，可以用于疾病诊断、预后判断和治疗监测等。
基于质谱的蛋白质组学技术及其应用
基于质谱的蛋白质组学技术及其应用随着生物学和医学的发展，人们对于分子水平上的机制和变化的认识越来越深入。
蛋白质作为生物体内的重要分子，不仅携带着生命的基本遗传信息，也参与着多种具有重要生理功能的生物过程。
因此，研究蛋白质及其相互作用、修饰等生物学特性，对于深入理解生命活动机理以及药物发展和疾病诊疗具有重要意义。
而现代分子生物学研究的发展趋势之一便是基于质谱的蛋白质组学技术。
一、基于质谱的蛋白质组学技术1. 质谱仪质谱是一种可以对分子或原子进行准确质量分析的技术。
因此在蛋白质组学技术中，质谱仪是必不可少的仪器之一。
质谱仪的一个典型的操作流程是：首先对于蛋白质样品进行消化/裂解, 再利用质谱仪对于消化产物进行分析。
质谱分析则涉及到了碎片离子、电子荷质比（m/z）和强度等等。
2. 蛋白质样品前处理除了表征确定、质量分析外，蛋白质样品前处理也至关重要。
样品处理的目的是：减少干扰，增加信号强度，丰富信号（可以选择一定的富集策略）。
3. 选择特定反应例如氢-去交换反应以及关键氨基酸标记等等。
这些反应有助于增加信号的特异性并提高质谱数据质量。
二、基于质谱的蛋白质组学技术的应用1. 蛋白质鉴定质谱分析是鉴定蛋白质的重要手段之一。
蛋白质分析的流程中，常常是从蛋白质的氨基酸序列上入手，对于蛋白质的氨基酸组成、序列、修饰等进行研究，然后再利用所得信息进行比对和数据库检索，从而得到蛋白质的各种生物学活性信息以及功能和结构。
2. 蛋白质修饰蛋白质修饰是涉及蛋白质在生物体（包括人体）内的活动和作用的很重要的一部分。
质谱分析可以发现与鉴定蛋白质修饰有关的和其他关键生物学变化的各种特征，如修饰位置、修饰类型和修饰度等。
通过对于这些信息的研究，可以研究疾病相关的生物学变化并开发符合临床要求的药物，也可以为其他科学领域和工业领域提供实用的研究工具。
3. 生物类似药物蛋白质药物（比如生物类似药物）的开发是现代药品研发的重要趋势之一。
质谱技术在生物医学中的应用研究
质谱技术在生物医学中的应用研究质谱技术作为分析化学领域中的重要技术，由于其高灵敏度、高分辨率、高通量以及无需事先知道分析物化学性质等优点，被广泛应用于生物医学领域。
本文将介绍质谱技术在生物医学中的应用研究，探讨其在蛋白质组学、代谢组学、药物代谢动力学等领域的应用，最后展望未来的发展方向。
一、蛋白质组学蛋白质组学是研究生命体系中所有蛋白质的结构、功能和相互作用的领域。
大规模蛋白质组学研究需要高通量、高分辨、高灵敏的技术支持，质谱技术应运而生。
对于蛋白质的定量分析，液相色谱-质谱联用技术是最常用的方法。
其原理是通过液相色谱将样品中的蛋白质分离成一系列峰，再通过质谱分析对其进行定量。
其中，同位素标记是一种广泛使用的方法，利用同位素标记前后的谱峰强度的比值进行分析，从而实现定量。
另外，已经发展出了多种定量方法，如多反应监测定量（Multiple reaction monitoring，MRM）、平行反应监测定量（Parallel reaction monitoring，PRM）等。
这些方法通过不同手段实现对蛋白质的定量分析，使蛋白质组学研究实现了更高的效率和准确性。
二、代谢组学代谢组学是研究生物体内所有代谢产物的变化规律和相互关系的学科。
它可以帮助我们了解代谢物在不同疾病状态下的变化，从而寻找针对性的治疗方法。
质谱技术可以对生物样品中的代谢产物进行高通量、高分辨的分析。
其中，液相色谱-质谱联用技术（LC-MS）是最常用的方法。
利用液相色谱将样品中的代谢产物分离，再通过质谱技术对其进行鉴定和定量分析。
近年来，代谢组学的应用已经涵盖了多种疾病领域，比如肿瘤学、心血管疾病、神经系统疾病等，并在疾病诊断、治疗和预后判断等方面发挥了重要作用。
三、药物代谢动力学药物代谢动力学是研究药物在生物体内的代谢和药效学关系的学科。
药物在体内的吸收、分布、代谢、排泄等过程是影响药效的重要因素，因此对药物代谢动力学的深入研究对于药物研发和临床药理学有着重要意义。
生物质谱技术在蛋白质组学中的应用
生物质谱技术在蛋白质组学中的应用随着科技的不断发展，蛋白质组学领域的研究也在不断深入。
而生物质谱技术作为蛋白质组学研究的关键技术之一，对于研究蛋白质的结构、功能和变化等方面提供了重要的帮助。
下面将从生物质谱技术在蛋白质的定量分析、结构鉴定和功能研究等方面的应用，探讨它在蛋白质组学中的重要作用。
一、生物质谱技术在蛋白质的定量分析中的应用对于大量、复杂的蛋白质样品，生物质谱技术可以利用质谱图谱进行高通量的鉴定和定量分析。
其中，质谱定量分析技术主要包括同位素标记定量和区域积分定量。
同位素标记定量技术需要在不同状态下使用化学标签，例如ICAT（同位素标记反向标记试剂）、TMT（同位素标记标记试剂）等。
这些标记试剂可以标记样品中的不同组分，在质谱图上进行定量。
然而，这些标记试剂的数量有限，导致质谱定量的覆盖率不高。
此外，同位素标记定量技术在鉴定样品中未知蛋白质时性能较差。
相反，区域积分定量技术通过测量样品中蛋白质荷质比峰面积来进行直接定量，而不需要额外的标记试剂。
这种技术可用于定量低丰度蛋白质和鉴定未知的蛋白质，获得的定量结果更加准确和高覆盖率。
二、生物质谱技术在蛋白质的结构鉴定中的应用对于未知蛋白质样品，为了进行结构鉴定和功能研究，需要了解其氨基酸序列、翻译后修饰以及三级结构等信息。
生物质谱技术在这方面也提供了强大的支持。
质谱技术在测量样本时将重要的信息转换为荷质比，然后可以根据这些数据计算出蛋白质质量和序列中每个氨基酸的质量。
其中，两种主要的质谱技术是Q-TOF和LC-MS/MS。
Q-TOF是液体色谱-四极杆飞行时间质谱的缩写，是一种高分辨率、精确质量测量的质谱技术。
LC-MS/MS作为一种高通量技术，可以对复杂的样品进行快速、准确的鉴定和结构分析。
三、生物质谱技术在蛋白质的功能研究中的应用生物质谱技术可以用来很好地理解蛋白质分子的表面性质和与其他分子的相互作用。
例如，蛋白质的亲和性可通过质谱扫描技术进行测量。
质谱仪在生物医学研究领域中的应用
质谱仪在生物医学研究领域中的应用引言：质谱仪作为一种高效、精确的分析仪器，在生物医学研究领域中扮演着重要的角色。
它能够对生物样品中的分子进行精确的检测和鉴定，为科学家们提供了宝贵的数据和信息。
本文将详细介绍质谱仪在生物医学研究中的应用，并探讨其在蛋白质组学、代谢组学和药物研发等方面的重要作用。
一、质谱仪在蛋白质组学研究中的应用1. 蛋白质鉴定和定量蛋白质是生物体内重要的功能分子，研究蛋白质的鉴定和定量对于理解生物体的功能和疾病机制至关重要。
质谱仪通过质量分析技术，可以快速且准确地鉴定样品中的蛋白质，并实现对其定量。
从而帮助科学家们在疾病相关蛋白的筛选和生物标志物的发现方面取得突破性进展。
2. 磷酸化和糖基化蛋白质的分析磷酸化和糖基化等修饰在蛋白质功能调控中起着至关重要的作用。
质谱仪可以通过磷酸化和糖基化特异性的质量分析技术，对蛋白质样品中的修饰位点进行鉴定，以揭示其功能和调控机制。
这为疾病的筛选和治疗提供了重要的线索。
二、质谱仪在代谢组学研究中的应用1. 代谢物的鉴定和定量代谢物是生物体内代谢过程的产物，对代谢物的鉴定和定量能够帮助科学家们深入了解代谢通路和生物体的生理状态。
质谱仪通过对代谢物进行质量分析，可以快速、高效地鉴定和定量代谢物，为代谢通路的研究和生物医学研究提供重要的信息。
2. 叶酸代谢的研究叶酸代谢在细胞分裂、DNA合成和蛋白质合成等生理过程中起着重要的作用。
质谱仪可以通过分析代谢物样品中的叶酸代谢产物，揭示叶酸代谢通路的变化，从而帮助科学家们了解叶酸代谢与疾病的关系，并为相关疾病的诊断和治疗提供重要依据。
三、质谱仪在药物研发中的应用1. 药物代谢动力学研究药物代谢动力学研究是药物研发过程中十分重要的环节之一。
质谱仪可以通过对生物体内药物及其代谢产物的质量分析，帮助科学家们了解药物在体内的代谢速率、代谢位点和代谢产物等信息，为药物的剂型设计和给药方案提供指导。
2. 药物残留的检测药物残留的检测对于确保食品和饮用水的安全至关重要。
质谱分析在蛋白质组研究中的应用
质谱分析在蛋白质组研究中的应用蛋白质组学是以高通量技术为基础的研究生物体内所有蛋白质的种类、结构、功能和相互作用等方面的学科。
其中蛋白质组的定量分析是其中的重要研究方向之一。
质谱技术的发展和应用，使得蛋白质组学研究对蛋白质及其组分的定性、定量及质量雷达分析能力有了很大突破。
本文将对质谱分析在蛋白质组研究中的应用进行整理和介绍。
定性分析质谱分析可通过分析蛋白质化学成分、氨基酸序列以及蛋白质的结构信息等方面，实现蛋白质的定性分析。
其中，质谱分析在分析蛋白质翻译后修饰以及亚位点分析等方面表现出突出的优势。
例如，蛋白翻译后修饰是人们对蛋白质的一个重要关注点。
基于质谱分析的修饰特异性及位置信息定量可以对蛋白质进行有效的鉴定和分析。
这可以通过分析某些修饰化学反应后，所产生的质谱图来确定修饰类型和位置信息。
此外，质谱分析还可以实现蛋白质亚位点的分析，通过对蛋白质内部不同区域的工作作用分析，为分子生物学提供更精确的分子表达方式。
定量分析质谱分析可以测量样品中蛋白质的绝对或相对量，从而实现蛋白质的定量。
相对定量和绝对定量是质谱定量的两种主流方法。
在相对定量中，通过仪器检测并比较一组样品中蛋白质组分的丰度，可以得到相对的表达水平。
常用的LC-MS / MS和二维凝胶电泳联用方法，通过质谱技术分别测量样品中蛋白质含量并将数据进行比较，这种方法分辨率很高，对于样品数量较多、大量比较的高通量筛选非常有效。
在绝对定量方面，常用技术为同位素标记技术。
同位素标记化学乘法和四色标记化学乘法用于仪器检测样品中不同蛋白质的相对量。
质谱放射免疫分析法可以通过直接检测同位素标记化学成分来计算蛋白质的相对数量，因此它也是一种常用的同位素标记技术。
质量谱高分辨质谱是质谱分析的一种重要手段。
利用质谱仪与分离技术相结合，可以检测简单受体，多肽，大蛋白质和在细胞或体内的蛋白质组分。
现在的高分辨质谱仪通常具有高的质量分辨率、灵敏度和准确度，可以检测蛋白质的几乎所有特征。
色谱质谱技术在蛋白质组学中的应用
色谱质谱技术在蛋白质组学中的应用随着人类基因组计划的完成，人们对于生命体内各种蛋白的结构、功能及意义日益明确，尤其是蛋白质组学领域。
蛋白质组学是通过对生物体中所有蛋白质的组成、结构、功能、调控及互作关系进行系统的研究，最终确定生物体的蛋白质组成和表达情况的学科。
在研究中，色谱质谱技术成为了蛋白质组学领域中不可缺少的一部分。
一、蛋白质的提取和纯化在进行蛋白质组学实验前，需要对所研究的生物体或组织进行蛋白质的提取和纯化。
在这个过程中，色谱技术发挥了重要的作用。
比如，使用离子交换层析色谱技术，可以将带电荷的蛋白质从其他分子中分离出来。
二、质谱技术的应用1. 质谱技术可以定量分析蛋白质的表达量质谱技术可以通过测量蛋白质的质量和数量，来分析蛋白质的表达量。
通过将样品制备成肽段，然后在质谱仪中对其进行测量，可以得到该肽段的质量和强度，从而推断出蛋白质的表达量。
这种方法比传统的蛋白质识别方法更加准确和快速。
2. 质谱技术可以确定蛋白质的结构和序列蛋白质的结构和序列是蛋白质在生理功能上起作用的基础，因此，通过质谱技术对蛋白质的结构和序列进行分析，可以更好地理解蛋白质的生理机制。
质谱技术可以通过比对蛋白质数据库中的序列，来确定蛋白质的序列，从而更好地了解它的结构和功能。
3. 质谱技术可以分析蛋白质之间的相互作用蛋白质之间的相互作用对于生物体内各种生理过程具有重要的作用。
通过质谱技术可以分析蛋白质之间的相互作用，如蛋白质-蛋白质相互作用或蛋白质-小分子相互作用，从而了解它们在生理机制中的作用。
三、结论总之，色谱质谱技术在蛋白质组学中的应用十分广泛，可以帮助研究人员更加深入地了解蛋白质的结构和功能，并且有助于研究人员更好地理解生理过程与疾病的发生机制，为研究新药物和治疗疾病提供有力的理论和实验支持。
质谱分析在蛋白质组学研究中的应用
质谱分析在蛋白质组学研究中的应用【摘要】：随着蛋白质组学的发展，各种研究技术层出不穷，现如今主要就有两种蛋白质研究技术，即二维电泳和质谱。
但这两种方法还可以和其他方法联用已取得更好的研究结果。
本文就质谱分析技术的特点、方法及其在蛋白质分析中的应用作了简要综述。
关键词：质谱分析，蛋白质，质谱测序蛋白质是生命的物质基础，没有蛋白质就没有生命。
因此，它是与生命及与各种形式的生命活动紧密联系在一起的物质。
机体中的每一个细胞和所有重要组成部分都有蛋白质参与。
蛋白质占人体重量的16%~20%，即一个60kg重的成年人其体内约有蛋白质9.6~12kg。
人体内蛋白质的种类很多，性质、功能各异，但都是由20多种氨基酸按不同比例组合而成的，并在体内不断进行代谢与更新。
自约翰.芬恩和田中耕一发明了对生物大分子进行确认和结构分析的方法及发明了对生物大分子的质谱分析法以来，随着生命科学及生物技术的迅速发展，生物质谱目前已成为有机质谱中最活跃、最富生命力的前沿研究领域之一[1]。
它的发展强有力地推动了人类基因组计划及其后基因组计划的提前完成和有力实施。
质谱法已成为研究生物大分子特别是蛋白质研究的主要支撑技术之一，在对蛋白质结构分析的研究中占据了重要地位[2]。
1．质谱分析的特点及方法质谱分析用于蛋白质等生物活性分子的研究具有如下优点：很高的灵敏度能为亚微克级试样提供信息，能最有效地与色谱联用，适用于复杂体系中痕量物质的鉴定或结构测定，同时具有准确性、易操作性、快速性及很好的普适性。
近年来涌现出较成功地用于生物大分子质谱分析的软电离技术主要有下列几种：1)电喷雾电离质谱；2)基质辅助激光解吸电离质谱；3)快原子轰击质谱；4)离子喷雾电离质谱；5)大气压电离质谱。
在这些软电离技术中，以前面三种近年来研究得最多，应用得也最广泛[3]。
2．蛋白质的质谱分析蛋自质是一条或多条肽链以特殊方式组合的生物大分子，复杂结构主要包括以肽链为基础的肽链线型序列及由肽链卷曲折叠而形成三维结构。
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3.2 Thermo蛋白质组学解决方案——目标蛋白质 定量
发现生物标记物
Slow, lower-throughput High-resolution, information-rich data
Sample Preparation
Patient Samples
LC-MS/MS
LC-MS/MS Intelligent SRM
1.1 蛋白质组学基本概念
蛋白质组 • 基因组表达的所有蛋白质，即一种细 蛋胞白、质组织学或生物体所拥有的全部蛋白 • 质以一种细胞、组织或生物体所拥有的
全部蛋白质为研究对象的学科
1.2 蛋白质组学的分类和研究对象
➢ 表达蛋白质组学
• 采用高通量的蛋白质组学研究技术分析细胞、组织和生 物体内尽可能多乃至于接近所有的蛋白质，对这些蛋白 质进行分离、识别、定量、定位，从而构建某个细胞、 组织或生物体全蛋白质的表达谱
1460.4
y
+1 9
1180.5
b
+1 13
25
1067.5
1389.3
20
y
+1 7
b
+1 10
y
+1 11
821.4
1014.3
1251.6
15
b
+1 6
10
y
+2 8
616.2
484.2
5
b
+2 6
y
+1 3
b
+1 5
308.2 410.3 501.3
0
y
+2 16
b
+1 9
901.5
883.2
Align Frame Identify
得到结果：
• 特征鉴定 • 半定量信息 • 具有统计学意义 • 提供趋势变化信息
适用于：肽段，蛋白质，小分子
3.2.1.4 生物标记物的发现
例子：谱图保留时间校正
Before alignment
After alignment
3.2.1.4 生物标记物的发现
95 90 85 80 75 10070 65 60 55 50 45 40 35 30 25 20 15 10 5 0
1041.0171 z=2 1041.5186 z=2
1038.5087 1038.0074z=2
z=2
1039.0102 z=2
1039.5125 z=2
AEDNADTLALVFEAPNQEK*
酶解
蛋白质定量
肽段混合物 色谱分离
质谱鉴定
蛋白质软件
2.2 蛋白质组学的研究方法
蛋白质 提取
蛋白质 分离
质谱 鉴定
2.3 生物质谱解析蛋白质组学基本流程
2.3 生物质谱解析蛋白质组学基本流程——酶 解
Trypsin 胰蛋白酶
Mass determination of the resulting peptides： Peptide Mass Fingerprint
质谱在蛋白质组学中的应用
• 蛋主白要质内组容学基本概念、分类和研究对象
• 应用于蛋白质组学的生物质谱技术 • 各类蛋白质组学研究方法 • Thermo蛋白质组学全面解决方案简介
1. 蛋白质组学基础
1.1 蛋白质组学基本概念
什么是蛋白质？
1.1 蛋白质组学基本概念
蛋白质是一切生命的物质基础，是生命活动的主要承担者
3.2.1 相对定量
3.2.1.1 体外同位素标记
• 一系列具有相同化学结构的用同位素标记的MS/MS标签，可 与氨基发生反应
Tandem Mass Tags - TMT
Thompson, A., et al. Tandem mass tags: a novel quantification strategy for comparative analysis of complex protein mixtures by MS/MS. Anal. Chem. 2003, 75(8), 1895-1904. Dayon, L., et al. Relative quantification of proteins in human cerebrospinal fluids by MS/MS using 6-plex isobaric tags. Anal. Chem. 2008, 80(8), 2921 -2931.
蛋白质检测
电泳& 染色 免疫检测 蛋白质测定
样品制备
细胞裂解 透析和除盐 质谱前样品处理
免疫检测
Affinity bioreagents Endogen
Pathway tools 二级抗体
3.1 Thermo蛋白质组学解决方案
Thermo Scientific 生物质谱系列
蛋白质发现和鉴定
蛋白质组学软件
3.1 蛋白质的高通量分离和鉴定
3.1 Thermo蛋白质组学解决方案
样品制备
LC-MS/MS 分离鉴定
The Most Successful Labs and Companies
软件分析
3.1 Thermo蛋白质组学解决方案
蛋白质功能
亲和纯化 抗体
蛋白质表达 蛋白质相互作用
蛋白质修饰 蛋白质结构
2.3 生物质谱解析蛋白质组学基本流程——裂 解
MS
MS/MS
2.3 生物质谱解析蛋白质组学基本流程——裂 解
➢CID、ECD、ETD裂解方式示意图
➢多肽串级质谱碎片离子示意图
2.3 生物质谱解析蛋白质组学基本流程——裂
解
R 1
H HO
R 3
HH
肽Hale Waihona Puke ： H 2 N C C N C C N C C N C C O O H
3.2.1.1 体外同位素标记
TMT标记用于蛋白质相对定量
3.2.1.1 体外同位素标记
定量信息
肽段的氨基酸序列信息
3.2.1.2 体内同位素标记
SILAC技术用于蛋白质相对定量
Ligh:t Heavy 1H : 2H 12C : 13C 14N : 15N 16O : 18O
Relative Abundance Relative Abundance
➢ 功能蛋白质组学
• 以某种特定细胞、组织或生物体为对象，研究蛋白质的 翻译后修饰、蛋白质结构、蛋白质的定位及表达水平差 异与功能之间的关系，研究蛋白质之间的相互作用及其 意义，构建蛋白质功能网络
➢ 结构蛋白质组学 ➢ 生物信息学
1.3 蛋白质组学的应用和发展趋势
➢ 研究对象：
• 原核微生物、真核微生物、植物和动物等
3.2 生物质谱应用于定量蛋白质组学
• 非标记相对定量：峰面积 • 同位素标记相对定量
ICAT： Isotope-coded affinity tag ( ICAT) 同位素代码标记技术应用一种含与蛋白质反应基 团、乙烯甘油结合区和生物素标记的试剂，这项技术目前主要由美国ABI公司推动。 目前, 商品化的ICAT试剂可专与蛋白质或肽段的L2半胱氨酸的巯基反应, 所带的同位素标记为含8 个氢原子的(d0) 轻试剂和8 个氘原子的( d8 ) 重试剂 （体外标记） iTRAQ： ABI公司推出的质谱定量方法,可以同时标记四个不同的样品(现在有最新的可同时 标记八个不同的样品的iTRAQ试剂)。其原理是使用非聚合同重标签标记肽段,该标签含有一 个报告基团(分子量分别为114 ,115 ,116 ,117)、一个平衡基团(分子量分别为31,30 ,29 ,28) 和一个肽反应基团,不同的报告基团分别与相应的平衡基团相配,保证总分子量为145。肽反 应基团将iTRAQ标签与肽段的N-端基团和每个赖氨酸侧链相连,可标记所有酶解肽段（体外 标记） TMT：Thermo Fisher Scientific （体外标记） SILAC： 在培养介质中加入稳定同位素标记的必需氨基酸，如赖氨酸(Lys)、亮氨酸(Leu) 、苯丙氨酸(Phe)等，主要用于高等动物细胞中蛋白质的鉴定及定量（体内标记） • 绝对定量 ：峰面积定量（SRM、MRM、SIM）
• TMT
• SILAC
• iTRAQ
• Dimethylated SILAC
• ICPL
• ICPL
• O16/O18
3.2.1.4 非标记相对定量
SIEVE——无标记定量分析软件
State 1 raw file
State 2 raw file
State … raw file
SIEVE Workflow
Differential Expression Analysis
List of candidate biomarkers
为医疗诊断提供目标蛋 白质定量分析方法
Fast, high-throughput Sensitive, specific, targeted Robust, reproducible Cost-effective
• 分离：凝胶电泳、多维液相色谱、其它 • 鉴定：生物质谱
➢ 定量蛋白质组学
• 同位素标记：ICAT，ITRAQ，TMT，SILAC • 无标记：质谱峰面积，质谱数（Spectral Counts）
➢ 翻译后修饰蛋白质组学
• 磷酸化蛋白质分离及鉴定 • 糖基化蛋白质分离及鉴定 • 其它翻译后修饰
➢Top Down蛋白质组学
SIEVE的非标记（Lable Free）定量结果
• SEQUEST for protein/peptides • ChemSpider for small molecules
#6252-6252 RT:73.33-73.33 NL: 1.22E4 100