基于质谱的蛋白质组学分析
基于质谱的蛋白质组学技术及其应用
基于质谱的蛋白质组学技术及其应用随着生物学和医学的发展，人们对于分子水平上的机制和变化的认识越来越深入。
蛋白质作为生物体内的重要分子，不仅携带着生命的基本遗传信息，也参与着多种具有重要生理功能的生物过程。
因此，研究蛋白质及其相互作用、修饰等生物学特性，对于深入理解生命活动机理以及药物发展和疾病诊疗具有重要意义。
而现代分子生物学研究的发展趋势之一便是基于质谱的蛋白质组学技术。
一、基于质谱的蛋白质组学技术1. 质谱仪质谱是一种可以对分子或原子进行准确质量分析的技术。
因此在蛋白质组学技术中，质谱仪是必不可少的仪器之一。
质谱仪的一个典型的操作流程是：首先对于蛋白质样品进行消化/裂解, 再利用质谱仪对于消化产物进行分析。
质谱分析则涉及到了碎片离子、电子荷质比（m/z）和强度等等。
2. 蛋白质样品前处理除了表征确定、质量分析外，蛋白质样品前处理也至关重要。
样品处理的目的是：减少干扰，增加信号强度，丰富信号（可以选择一定的富集策略）。
3. 选择特定反应例如氢-去交换反应以及关键氨基酸标记等等。
这些反应有助于增加信号的特异性并提高质谱数据质量。
二、基于质谱的蛋白质组学技术的应用1. 蛋白质鉴定质谱分析是鉴定蛋白质的重要手段之一。
蛋白质分析的流程中，常常是从蛋白质的氨基酸序列上入手，对于蛋白质的氨基酸组成、序列、修饰等进行研究，然后再利用所得信息进行比对和数据库检索，从而得到蛋白质的各种生物学活性信息以及功能和结构。
2. 蛋白质修饰蛋白质修饰是涉及蛋白质在生物体（包括人体）内的活动和作用的很重要的一部分。
质谱分析可以发现与鉴定蛋白质修饰有关的和其他关键生物学变化的各种特征，如修饰位置、修饰类型和修饰度等。
通过对于这些信息的研究，可以研究疾病相关的生物学变化并开发符合临床要求的药物，也可以为其他科学领域和工业领域提供实用的研究工具。
3. 生物类似药物蛋白质药物（比如生物类似药物）的开发是现代药品研发的重要趋势之一。
生物质谱技术在蛋白质组学中的应用
生物质谱技术在蛋白质组学中的应用随着科技的不断发展，蛋白质组学领域的研究也在不断深入。
而生物质谱技术作为蛋白质组学研究的关键技术之一，对于研究蛋白质的结构、功能和变化等方面提供了重要的帮助。
下面将从生物质谱技术在蛋白质的定量分析、结构鉴定和功能研究等方面的应用，探讨它在蛋白质组学中的重要作用。
一、生物质谱技术在蛋白质的定量分析中的应用对于大量、复杂的蛋白质样品，生物质谱技术可以利用质谱图谱进行高通量的鉴定和定量分析。
其中，质谱定量分析技术主要包括同位素标记定量和区域积分定量。
同位素标记定量技术需要在不同状态下使用化学标签，例如ICAT（同位素标记反向标记试剂）、TMT（同位素标记标记试剂）等。
这些标记试剂可以标记样品中的不同组分，在质谱图上进行定量。
然而，这些标记试剂的数量有限，导致质谱定量的覆盖率不高。
此外，同位素标记定量技术在鉴定样品中未知蛋白质时性能较差。
相反，区域积分定量技术通过测量样品中蛋白质荷质比峰面积来进行直接定量，而不需要额外的标记试剂。
这种技术可用于定量低丰度蛋白质和鉴定未知的蛋白质，获得的定量结果更加准确和高覆盖率。
二、生物质谱技术在蛋白质的结构鉴定中的应用对于未知蛋白质样品，为了进行结构鉴定和功能研究，需要了解其氨基酸序列、翻译后修饰以及三级结构等信息。
生物质谱技术在这方面也提供了强大的支持。
质谱技术在测量样本时将重要的信息转换为荷质比，然后可以根据这些数据计算出蛋白质质量和序列中每个氨基酸的质量。
其中，两种主要的质谱技术是Q-TOF和LC-MS/MS。
Q-TOF是液体色谱-四极杆飞行时间质谱的缩写，是一种高分辨率、精确质量测量的质谱技术。
LC-MS/MS作为一种高通量技术，可以对复杂的样品进行快速、准确的鉴定和结构分析。
三、生物质谱技术在蛋白质的功能研究中的应用生物质谱技术可以用来很好地理解蛋白质分子的表面性质和与其他分子的相互作用。
例如，蛋白质的亲和性可通过质谱扫描技术进行测量。
质谱分析在蛋白质组研究中的应用
质谱分析在蛋白质组研究中的应用蛋白质组学是以高通量技术为基础的研究生物体内所有蛋白质的种类、结构、功能和相互作用等方面的学科。
其中蛋白质组的定量分析是其中的重要研究方向之一。
质谱技术的发展和应用，使得蛋白质组学研究对蛋白质及其组分的定性、定量及质量雷达分析能力有了很大突破。
本文将对质谱分析在蛋白质组研究中的应用进行整理和介绍。
定性分析质谱分析可通过分析蛋白质化学成分、氨基酸序列以及蛋白质的结构信息等方面，实现蛋白质的定性分析。
其中，质谱分析在分析蛋白质翻译后修饰以及亚位点分析等方面表现出突出的优势。
例如，蛋白翻译后修饰是人们对蛋白质的一个重要关注点。
基于质谱分析的修饰特异性及位置信息定量可以对蛋白质进行有效的鉴定和分析。
这可以通过分析某些修饰化学反应后，所产生的质谱图来确定修饰类型和位置信息。
此外，质谱分析还可以实现蛋白质亚位点的分析，通过对蛋白质内部不同区域的工作作用分析，为分子生物学提供更精确的分子表达方式。
定量分析质谱分析可以测量样品中蛋白质的绝对或相对量，从而实现蛋白质的定量。
相对定量和绝对定量是质谱定量的两种主流方法。
在相对定量中，通过仪器检测并比较一组样品中蛋白质组分的丰度，可以得到相对的表达水平。
常用的LC-MS / MS和二维凝胶电泳联用方法，通过质谱技术分别测量样品中蛋白质含量并将数据进行比较，这种方法分辨率很高，对于样品数量较多、大量比较的高通量筛选非常有效。
在绝对定量方面，常用技术为同位素标记技术。
同位素标记化学乘法和四色标记化学乘法用于仪器检测样品中不同蛋白质的相对量。
质谱放射免疫分析法可以通过直接检测同位素标记化学成分来计算蛋白质的相对数量，因此它也是一种常用的同位素标记技术。
质量谱高分辨质谱是质谱分析的一种重要手段。
利用质谱仪与分离技术相结合，可以检测简单受体，多肽，大蛋白质和在细胞或体内的蛋白质组分。
现在的高分辨质谱仪通常具有高的质量分辨率、灵敏度和准确度，可以检测蛋白质的几乎所有特征。
使用质谱仪进行蛋白质组学研究的实验流程与建议
使用质谱仪进行蛋白质组学研究的实验流程与建议蛋白质组学是一门研究生物体内蛋白质的种类、结构和功能的重要科学领域。
质谱仪作为蛋白质组学研究的重要工具，能够通过分析蛋白质样本中的质谱数据，揭示蛋白质的组成和特性。
本文将介绍使用质谱仪进行蛋白质组学研究的实验流程，并提出一些建议。
1. 样品制备样品制备是蛋白质组学研究的第一步，其质量直接影响后续实验结果的准确性和可靠性。
在样品制备过程中，需要注意以下几点：a. 样品的来源：样品可以是细胞、组织或生物体液等，根据研究目的选择合适的样品来源。
b. 蛋白质提取：选择合适的蛋白质提取方法，确保提取得到高质量的蛋白质。
c. 蛋白质浓度测定：使用合适的方法测定蛋白质的浓度，以确保实验中使用的样品浓度一致。
2. 蛋白质分离蛋白质分离是质谱分析的关键步骤之一，常用的方法包括凝胶电泳、液相色谱等。
在进行蛋白质分离时，需要注意以下几点：a. 样品预处理：根据样品的特性选择合适的预处理方法，如还原、脱氧核糖核酸酶处理等。
b. 分离条件优化：根据样品的特性和研究目的，优化分离条件，如凝胶电泳的电压、电流和染色剂的选择等。
c. 蛋白质纯化：对分离得到的蛋白质进行纯化，去除杂质，提高质谱分析的准确性。
3. 质谱分析质谱分析是蛋白质组学研究的核心内容，包括质谱仪的选择、样品的制备和质谱数据的解析等。
在进行质谱分析时，需要注意以下几点：a. 质谱仪的选择：根据研究目的和实验需求选择合适的质谱仪，如质谱仪的分辨率、灵敏度和质谱图的分析软件等。
b. 样品的制备：根据质谱仪的要求，对样品进行适当的处理，如蛋白质的消化、衍生化等。
c. 质谱数据的解析：对质谱数据进行解析和鉴定，确定蛋白质的氨基酸序列、翻译后修饰等信息。
4. 数据分析与解释质谱数据的分析与解释是蛋白质组学研究的最后一步，它对于揭示蛋白质的功能和生物学意义至关重要。
在进行数据分析与解释时，需要注意以下几点：a. 数据的统计学分析：对质谱数据进行统计学分析，确定差异表达的蛋白质，寻找潜在的生物标志物。
蛋白组学质谱检测原理
蛋白组学质谱检测原理
蛋白质组学质谱检测是一种高效的蛋白质分析技术，它基于质谱仪仪器的原理和方法。
质谱仪通常使用两种主要的技术：质量/电荷比（m/z）的测量和离子化技术。
在蛋白组学质谱检测中，蛋白质样品首先经过消化，例如使用酶进行蛋白水解产生肽段。
然后，这些肽段通过液相色谱分离，并根据其亲和性和电化学性质进行物质分离。
此步骤能够提高蛋白质的分离度和背景干扰的消除。
接下来，这些肽段进入质谱仪进行离子化。
最常用的离子化方法是电喷雾离子化（ESI）和基质辅助激光解吸电离（MALDI）。
在ESI中，肽段在电场中被带电，并产生带电
气溶胶。
在MALDI中，肽段被嵌入在基质中，并被激光辐射
激发。
离子化后的肽段进入质谱仪的质量分析区域。
质谱仪中的质谱仪仪器根据离子的质量/电荷比（m/z）将其分离。
对于肽段，
这涉及到它们的质量测量，并使用不同的扇形（如四极和时间飞行）进行操控和分离。
最后，分离出的离子通过离子检测器进行检测和记录。
离子检测器可以测量离子的丰度并生成质谱图。
这些质谱图可以用来确定肽段的序列，以及确定存在的蛋白质。
蛋白质组学质谱检测原理基于质谱仪仪器的使用，结合了消化、
液相色谱分离、离子化、质谱分离和离子检测等步骤。
通过这些步骤，可以对蛋白质样品进行快速、高效和准确的分析。
TMT蛋白组学
TMT蛋白组学
TMT是一种化学标记技术，主要结合质谱应用于定量蛋白质组学的研究。
百泰派克生物科技提供基于质谱的TMT定量蛋白组学分析服务。
TMT蛋白组学
TMT蛋白组学，主要是指利用TMT技术对蛋白质组进行定量分析。
TMT(Tandem Mass Tags)技术是美国Thermo Fisher公司研发的一种化学标记技术，用于基于质谱（MS）的生物大分子（例如蛋白质、多肽和核酸）的定量和鉴定。
TMT属于被称为等压质量标签的试剂家族，它们提供了基于凝胶或抗体的定量方法的替代方法。
除了有助于蛋白质组定量分析外，TMT标签还可在RPLC-MS分析中提高某些高亲水性分析物（如磷酸肽）的检测灵敏度。
TMT蛋白组定量分析原理
TMT采用多个稳定同位素标签，特异性标记多肽的氨基基团后进行串联质谱分析，能够同时比较多达10种不同样本中蛋白质的相对含量。
TMT所有标签的化学结构均相同，由报告基团、平衡基团以及肽反应基团组成，但每个标签都包含在不同位置取代的同位素，因此报告基团和平衡集团在每个标签中具有不同的分子质量。
基团合并则具有相同的总分子量和结构，因此在色谱或电泳分离过程中，以及在单一MS模式下，用不同标签标记的分子是无法区分的。
在MS / MS模式下对标记分子进行片段化后，可从片段化离子获得序列信息，同时从标签的片段化可获取定量数据，从而实现蛋白组定量分析。
TMT蛋白组学。
质谱分析在蛋白质组学研究中的应用
质谱分析在蛋白质组学研究中的应用【摘要】：随着蛋白质组学的发展，各种研究技术层出不穷，现如今主要就有两种蛋白质研究技术，即二维电泳和质谱。
但这两种方法还可以和其他方法联用已取得更好的研究结果。
本文就质谱分析技术的特点、方法及其在蛋白质分析中的应用作了简要综述。
关键词：质谱分析，蛋白质，质谱测序蛋白质是生命的物质基础，没有蛋白质就没有生命。
因此，它是与生命及与各种形式的生命活动紧密联系在一起的物质。
机体中的每一个细胞和所有重要组成部分都有蛋白质参与。
蛋白质占人体重量的16%~20%，即一个60kg重的成年人其体内约有蛋白质9.6~12kg。
人体内蛋白质的种类很多，性质、功能各异，但都是由20多种氨基酸按不同比例组合而成的，并在体内不断进行代谢与更新。
自约翰.芬恩和田中耕一发明了对生物大分子进行确认和结构分析的方法及发明了对生物大分子的质谱分析法以来，随着生命科学及生物技术的迅速发展，生物质谱目前已成为有机质谱中最活跃、最富生命力的前沿研究领域之一[1]。
它的发展强有力地推动了人类基因组计划及其后基因组计划的提前完成和有力实施。
质谱法已成为研究生物大分子特别是蛋白质研究的主要支撑技术之一，在对蛋白质结构分析的研究中占据了重要地位[2]。
1．质谱分析的特点及方法质谱分析用于蛋白质等生物活性分子的研究具有如下优点：很高的灵敏度能为亚微克级试样提供信息，能最有效地与色谱联用，适用于复杂体系中痕量物质的鉴定或结构测定，同时具有准确性、易操作性、快速性及很好的普适性。
近年来涌现出较成功地用于生物大分子质谱分析的软电离技术主要有下列几种：1)电喷雾电离质谱；2)基质辅助激光解吸电离质谱；3)快原子轰击质谱；4)离子喷雾电离质谱；5)大气压电离质谱。
在这些软电离技术中，以前面三种近年来研究得最多，应用得也最广泛[3]。
2．蛋白质的质谱分析蛋自质是一条或多条肽链以特殊方式组合的生物大分子，复杂结构主要包括以肽链为基础的肽链线型序列及由肽链卷曲折叠而形成三维结构。
hcp 质谱表征
HCP质谱表征一、HCP质谱表征概述HCP质谱表征（High-Confidence Peptide Sequencing）是一种基于质谱技术的蛋白质组学研究方法。
它通过对蛋白质进行酶切消化，生成一系列具有特定序列的肽段，然后利用质谱技术对这些肽段进行定性和定量分析，从而获取蛋白质的详细信息。
HCP质谱表征具有高灵敏度、高分辨率和高准确性等优点，被广泛应用于蛋白质组学、药物研发和生物医学研究等领域。
二、HCP质谱表征原理1.质谱分析原理质谱是一种基于离子质量和电荷比值的测量技术，通过测量离子在电场和磁场中的运动轨迹，可以确定离子的质量和电荷比值。
在质谱分析中，样品分子经过电离源产生离子，然后在电场和磁场中运动，通过检测器记录离子运动轨迹和能量损失，从而确定离子的质量和电荷比值。
2.HCP质谱表征原理HCP质谱表征的基本原理是将蛋白质酶切消化生成的肽段作为样品，通过质谱技术对其进行定性和定量分析。
在酶切消化过程中，蛋白质被切割成多个肽段，这些肽段具有特定的序列和长度。
然后，这些肽段被离子化并进入质谱仪进行分析。
在质谱仪中，肽段离子经过电场和磁场的作用，产生特定的运动轨迹和能量损失，从而被检测器记录。
通过对这些记录的数据进行分析和处理，可以确定肽段的序列和相对丰度，从而获取蛋白质的详细信息。
三、HCP质谱表征方法1.直接质谱法直接质谱法是一种直接对样品进行质谱分析的方法。
在直接质谱法中，样品不需要进行任何预处理或分离，直接进入质谱仪进行分析。
这种方法具有较高的灵敏度和分辨率，但需要较长的分析时间和较高的成本。
2.间接质谱法间接质谱法是一种先对样品进行分离或预处理，然后再进行质谱分析的方法。
在间接质谱法中，样品先经过分离或预处理步骤，如色谱分离、富集等，然后再进入质谱仪进行分析。
这种方法可以提高分析的特异性和灵敏度，但需要较长的预处理时间和较高的成本。
四、HCP质谱表征步骤1.样品制备在进行HCP质谱表征之前，需要对样品进行适当的制备。
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基于质谱分析的蛋白质组学在21世纪，生命科学的研究进入了后基因组时代，蛋白质组学作为其中的一个重要分支于20世纪90年代中期应运而生。
由于蛋白质的复杂性，传统的蛋白质鉴定方法如末端测序等已无法满足蛋白质组学研究中的一系列需要。
因此，质谱技术作为蛋白质组学研究的一项强有力的工具日趋成熟，并作为样品制备和数据分析的信息学工具被广泛地应用。
质谱技术具有灵敏度、准确度、自动化程度高的优点，能准确测量肽和蛋白质的相对分子质量，氨基酸序列及翻译后修饰、蛋白质间相互作用的检测[1]，因此质谱分析无可争议地成为蛋白质组学研究的必然选择。
1.蛋白质组学蛋白质组学（proteomics）是从整体水平上研究细胞内蛋白质的组成、活动规律及蛋白质与蛋白质的相互作用，是功能基因组学时代一门新的科学。
包括鉴定蛋白质的表达、修饰形式、结构、功能和相互作用等。
根据研究目的，蛋白质组学可以分为表达蛋白质组学、结构蛋白质组学和功能蛋白质组学。
表达蛋白质组学用于细胞内蛋白样品表达的定量研究。
以绘制出蛋白复合物的结构或存在于一个特殊的细胞器中的蛋白为研究目的的蛋白质组学称为结构蛋白质组学，用于建立细胞内信号转导的网络图谱并解释某些特定蛋白的表达对细胞的作用[2]。
功能蛋白质组学以细胞内蛋白质的功能及蛋白质之间的相互作用为研究目的，通过对选定的蛋白质组进行研究和分析，能够提供有关蛋白质的磷酸化、糖基化等重要信息。
蛋白质组学研究的核心就是能够系地的鉴定一个细胞或组织中表达的每一个蛋白质及蛋白质的性能。
蛋白质组学的主要相关技术有双向凝胶电泳、双向荧光差异凝胶电泳、质谱分析等[2]。
由于蛋白质的高度复杂性和大量低丰度蛋白质的存在，对分析技术提出了巨大挑战，生物质谱技术则是适应这一挑战的必然选择。
2.生物质谱技术质谱是带电原子、分子或分子碎片按质量的大小顺序排列的图像。
质谱仪是一类能使物质离子化并通过适当的电场、磁场将它们按空间位置、时间先后或轨道稳定与否实现质量比分离，并检测强度后进行物质分析的仪器。
质谱仪主要由分析系统、电学系统和真空系统组成。
质谱技术的基本原理是：使用电离技术将经酶切后的蛋白质肽段或完整蛋白质带上电荷，然后通过它们质荷比的差异使其得到分离并检测出其质量。
生物质谱仪通常包含三个部分，即离子源、测定离子的质荷比的质量分析器和检测器。
传统的有机质谱仅用于小分子挥发物质的分析，近年来生物质谱技术取得了飞速发展，其中最为显著的莫过于基质辅助激光解吸离子化质谱（matrix-assisted laser desorption ionization MS,MALDI-MS）和电喷雾离子化质谱（electrospray ionization MS,ESI-MS）。
基质辅助激光解吸电离技术（MALDI-MS）[3]是将分析物分散在机制分子中并形成晶体，当用激光照射晶体时，由于基质分子经辐射所吸收的能量，导致能量蓄积并迅速产热，从而使基质晶体升华，致使基质和分析物膨胀并进入气相。
MALDI所产生的质谱图多为单电荷离子，因而质谱图中的离子与多肽和蛋白质中的质量有一一对应的关系。
使用基质的目的是为了保护待分析物不会因过强的激光能量导致化合物被破坏。
研究表明不同的基质对分析物的解吸效果不同，基质的选择对分析物的离子化作用起着至关重要的作用。
一般认为好的基质应具备下述条件[4]：①强烈吸收入射的激光②较低的气化温度③与待测物可找到共同的溶剂④在固相体系中能分离和包围被分析分子而不形成共价键。
MALDI-MS操作简便，灵敏度高，检测限度达到飞摩尔级（10-15），同许多蛋白分离方法相匹配。
同MADLI-MS在固态下完成不同，ESI-MS是在液态下完成的，其通过在毛细管的出口处施加一高电压，所产生的高电场使从毛细管流出的液体雾化成细小的液滴，随着溶剂蒸发，液滴表面的电荷强度逐渐增大，最后液滴崩解为大量带一个或多个电荷的离子，致使分析物以单电荷或多电荷离子的形式进入气相。
电喷雾离子化的特点是产生高电荷离子而不是碎片离子，使质量电荷比降低到多数质量分析仪器都可以检测的范围，故而极大扩展分子量的分析范围。
电喷雾质谱的优势在于它可以和多种分离技术联用，如在用ESI-MS离子化前使用高效液相色谱（high performance liquid chromatography,HPLC）和气象色谱（gas chromatography,GC）将待测样品去除杂质和分离。
质量分析器是质谱的核心元件，决定着生物质谱的灵敏度、分辨率、质量准确度和生成含大量信息的碎片离子谱图的能力。
目前应用于蛋白质组研究的质量分析器主要有四种[4]，即离子阱（IT）、飞行时间（TOF）、四级杆（Q）和傅里叶变换离子回旋共振（FTICR）。
它们的设计和构造各不相同，因此各有优势和劣势。
这些分析器可以独立使用，也可以串联起来使用以充分发挥各自的优点。
TOF分析器通常和MALDI连接用以测定肽段质量数，通常飞行时间越长，获得肽段的分辨率和准确度就越高。
三级四级杆分析器通常和ESI相连以选择离子并产生被选择前体地碎片离子谱图（碰撞诱导解离谱图CID）。
另外一种较常用的分析器为IT，在IT中，离子以一定的时间间隔被捕获，然后进行MS和多级MS分析。
在蛋白质组研究中获得应用的FTICR-MS也是一类捕捉式质谱仪[5]，它是在高真空和强磁场中俘获粒子。
3.生物质谱在蛋白质组学中的研究利用目前，生物质谱以其无可比拟的优越性成为蛋白质组学研究中必不可少的技术平台。
随着质谱的灵敏度、精确度和高通量的不断发展，质谱在蛋白质组学研究中扮演者越来越重要的角色。
它在蛋白质鉴定、序列分析、定量、翻译后加工及蛋白质的相互作用等方面已得到了较广泛的应用。
3.1蛋白质的鉴定实现对复杂蛋白质的分离、鉴定和定量是蛋白质组学研究首先要解决的问题。
目前，有两种主要的蛋白质鉴定体系[6]，一种是基于二维凝胶电泳（2DE）和生物质谱的鉴定方法，其优点是二维凝胶电泳可以提供通过其他技术所不能得到的分辨率，能够有效地呈现出蛋白质的等电点和相对分子质量等信息；但由于二维凝胶电泳所固有的局限性，如检测的线性范围窄，难以分离相对分子质量高于十万的蛋白质、极酸、极碱及疏水性高的蛋白质，虽然也有很好的2DE前的样本预处理和分离技术等，但仍很难改善2DE/MS技术体系在分析上述蛋白质时存在的缺陷。
第二种方法是多维液相色谱与质谱的连接，常用的多维分离模式为离线或在线强阳离子交换与反向色谱连接。
基于生物质谱的鉴定方法主要有MALDI-TOF-PMF，串联质谱的肽序列标签（peptide sequence tag,PST）以及肽段的从头测序（de novo sequencing）。
MALDI-TOF-PMF仅需要少量的酶解肽段溶液即可，由于采用了离子反射器和延迟提取技术，MALDI-TOF-PMF的质量误差可达到10~30ppm[5]。
目前，样品的制备、PMF分析和数据库的搜索已经实现了高度自动化。
肽质量指纹图谱[6]（PMF）即用特异性地酶解或化学水解的方法将蛋白切成小的片段，然后用质谱检测各产物肽的相对分子质量，将所得到的蛋白酶解肽段质量数在相应数据库中检索，寻找相似肽指纹谱，从而绘制“肽图”。
MALDI-TOF-PMF只有在得到四个或五个肽段质量并且数据库中存在这种蛋白质时才能得到成功鉴定，因此对有些蛋白点用PMF法得不到可靠的鉴定结果，这时就需要用PST。
肽序列标签[6]（PST）即在鉴定蛋白质时需要将读出的部分氨基酸序列与其前后的离子质量和肽段母质量相结合的鉴定方法。
PST的优点是数据库搜索的专一性更高，得到的肽段的相对分子质量和序列搜索信息结果更可靠。
对于那些数据库中不存在的蛋白质，则需要对其酶解片段进行从头测序，根据肽离子谱直接明确地读取肽序列称为从头测序。
从头测序通常使用MALDI和ESI的串联质谱，该方法结合C端核素标记，能克服CID高质量谱难以判断的困难。
3.2蛋白质的定量分析随着蛋白质组学研究的深入发展，人们已不再满足对一个混合物中蛋白质的定性分析，要求更加准确的定量分析。
为此，定量蛋白质组学的概念应运而生。
定量蛋白质组学，就是把一个基因组表达的全部蛋白质或一个复杂体系中的所有蛋白质进行精确地定量和鉴定。
由于不同蛋白质和多肽在质谱仪中离子化能力不同，从质谱图中不能得到量的信息；而对于具有相同离子化能力的蛋白质或多肽可以通过比较质谱峰的强度或峰面积得到待比较蛋白质的相对量。
根据这一原理发展了基于生物质谱的分析方法，包括荧光染色差异显示双向电泳、稳定同位素代谢标记、氨基酸化学标记和肽质谱图谱差异性比较等。
3.2.1荧光染色差异显示双向电泳该法首先将待比较的两个样本的总蛋白分别用两种不同的荧光标记试剂（Cy2、Cy3或Cy5）进行标记，然后将不同荧光染料标记的两种待比较蛋白质进行等量混合，上样进行双向电泳，2-D凝胶在成像仪上用两种不同的波长激发，分别将两样品的荧光图谱成像，用2D分析软件进行定量分析，对差异的蛋白质点用MALDI-TOF-MS或ESI-MS进行鉴定。
该法的优点是可以在同一块凝胶上比较两种不同来源或处理样本的蛋白质表达谱。
3.2.2同位素代谢标记将一组细胞在正常的培养基中培养，另一组样品在含有一个或多个同位素标记的氨基酸的培养基中培养，经过一段时间培养后，破碎细胞提取蛋白，然后等量混合，通过凝胶电泳分离和染色，从胶上切下差异性蛋白，酶解后进行质谱分析。
以上同位素标记的两种蛋白质或多肽仅在分子量上不同，而化学性质基本相同。
具有相同的离子化能力，等量混合后它们会成对并相邻的出现在质谱图上，根据其质谱图的强度（峰高度或峰面积），就可以计算这种蛋白在不同状态下的表达差异。
3.2.3氨基酸化学标记为了在质谱分析的过程中实现对蛋白质的准确定量分析Gugi[7]等引入了同位素编码亲和标签技术（isotope-coded affinity tag,ICAT）。
ICAT是一种人工合成的化学试剂，其结构包括专一的化学反应基团（与蛋白质的半胱氨酸反应）、核素标记的连接子和亲核反应基团。
其原理是首先利用一对含重元素和轻元素的试剂特异性标记成对蛋白质样品中的半胱氨酸，两种标记试剂的相对分子质量相差8[7]。
当两种蛋白样品混合并酶切后，利用亲和色谱提取标记肽段，由于两种同位素标记状态的肽段在化学结构上完全相同，在色谱分离时的保留行为也类似，使得成对肽段在质谱上以大小为8的形式共同出现；比较两个肽段长度，可以实现差异蛋白质组分析。
3.2.4肽质图谱差异比较肽质图谱差异比较就是对表达的、酶解的或者天然衍生的多肽片段用质谱仪分析得到的肽质图谱，运用生物信息学软件，利用质谱峰强度或者是质谱峰强度结合色谱图进行差别分析。