比较基因组学原理和应用
基因测序和比较基因组学的方法和应用
基因测序和比较基因组学的方法和应用近年来，随着科技的不断进步和发展，基因测序和比较基因组学技术越来越受到科学家们的关注和研究。
这些技术的应用范围越来越广泛，可以被用于医学、生物学和环境科学等多个领域，为人们的生活和健康带来重要的促进和作用。
本文将会介绍基因测序和比较基因组学的方法和应用，并探讨其未来的发展趋势。
一、基因测序基因测序是指对DNA序列进行分析和测量的过程，可以从基因组层面上理解生物的遗传信息和生命过程。
近年来，由于测序技术的不断进步和发展，测序成本和难度也越来越低，并且应用范围也越来越广泛。
基因测序可以分为三个阶段：第一阶段是DNA片段的分离和扩增，第二阶段是识别和检测DNA序列，第三阶段是序列的解码和分析。
其中，最常用的测序技术包括Sanger、Illumina和PacBio等。
基因测序的应用范围非常广泛。
例如，它可以用于医学诊断和治疗，包括癌症的诊断和个体化治疗等。
它还可以应用于生物学和生态学的研究，帮助我们理解不同物种的遗传差异和进化过程。
另外，应用基因测序技术还可以提高农业和食品生产的效率和质量。
总之，基因测序技术的广泛应用将有助于我们更好地理解和应对各种生物和环境问题。
二、比较基因组学比较基因组学是指对不同物种的基因组进行比较和分析，以探索其遗传多样性和进化关系。
比较基因组学可以帮助我们理解生物之间的遗传差异和进化过程，从而提高我们对物种多样性和生态系统的认识。
比较基因组学可以用于遗传多样性的研究、物种鉴定、进化关系的重构等。
例如，比较基因组学研究发现，不同种类的动物之间存在着共同的基因，这有助于我们理解不同物种之间的遗传联系和进化关系。
另外，应用比较基因组学技术还可以鉴定野生动物种群和人类的遗传背景等。
三、基因测序和比较基因组学的应用基因测序和比较基因组学两种技术在现代生物研究中的应用非常广泛。
以下是一些具体的应用案例：1. 对癌症的个体化治疗：通过测序患者的基因组，医生可以识别患者的基因变异，从而进行个体化治疗。
基因组学中的比较基因组学方法
基因组学中的比较基因组学方法基因组学是研究生物体的基因组结构、功能、组成及其相互作用的一门科学，其研究对象广泛，涉及到生命科学、医学、生态学等多个领域。
而比较基因组学则是基因组学中的一个分支，它通过比较各物种的基因组序列，揭示各种生物之间的基因演化及其遗传规律，并且研究各种基因的功能、表达、调控等问题。
在这篇文章中，我们将探讨基因组学中的比较基因组学方法。
一、基因组序列比较基因组序列比较是比较基因组学的基础，其主要作用是把不同物种的基因组序列进行比较，找出相同的序列，并且对相同的序列进行分析，从而揭示物种种类关系，共同祖先及其遗传变化等问题。
此外，基因组序列比较还可以为基因组结构和功能阐明提供重要的信息。
基因组序列比较具有以下几个特点：首先，基因组序列比较的算法不断更新，现代的比对算法比以前的更高效和准确，如MAFFT，MUSCLE等。
同时，基于多序列比对的算法也越来越成熟，如PhyML，RAxML等。
其次，基因组序列比较也需要考虑不同物种之间的基因数目和基因的排列顺序的变化，比如基因重复、基因家族和基因结构的演变等问题。
这些问题可以通过整个基因组序列的比较和基因组控制区的分析得到解决。
最后，基因组序列比较还需要考虑序列保守性和易变性的问题，这也是基因组序列比较的难点之一。
在快速进化的物种中，内含子和基因区之间的序列变异率可能非常大，这也需要采用相应的算法和策略来解决。
二、基于基因家族的比较基因组学方法基因家族是指在不同物种中存在多个拥有同样结构或功能的基因，如酪蛋白基因家族和S100基因家族等。
在基因组中，基因家族在不同物种中的数量和序列有所不同，这反映了基因家族的演化过程，因此可以通过研究基因家族的变化来推测基因的演化和基因家族的起源。
基因家族比较的方法有：1. 基因簇的比较：基因簇是指在染色体上连续排列的基因序列，通常由一系列同源基因组成。
基因簇的比较可以揭示同源基因的演化，还可以发现基因家族的新增和丢失等信息。
基因组学和DNA测序
基因组学和DNA测序基因组学和DNA测序是现代生物学领域的重要研究方向。
随着科技的进步，人们对基因组和DNA的研究也在不断深入，为生命科学的发展做出了巨大贡献。
本文将对基因组学和DNA测序的原理、应用以及未来发展进行探讨。
一、基因组学的概念及背景基因组学是研究生物体细胞内遗传物质组成、结构、功能以及其与生物体形态结构、生命活动的相互关系的科学。
基因组学的出现源于对遗传信息储存与传递方法的探索。
通过基因组学的研究，人们能够更好地理解生物体内基因的组成和功能，进而揭示生命的本质。
二、DNA测序的原理与方法1. 基本原理DNA（脱氧核糖核酸）是生物体内的遗传物质，包含了生物的遗传信息。
DNA测序即是将DNA分子的碱基序列进行测定并获得相应的数据，从而了解DNA所携带的遗传信息。
DNA测序的基本原理为通过测定DNA链上碱基的顺序，进而确定DNA分子的整体序列。
2. 测序方法目前常用的DNA测序方法主要有Sanger测序和高通量测序技术（如Illumina测序、Ion Torrent测序等）。
Sanger测序是传统的DNA 测序方法，通过添加随机引物、DNA聚合酶和核酸链终止剂等试剂进行DNA合成，并通过凝胶电泳分析DNA碱基顺序。
而高通量测序技术则是利用了平行测序、高通量并行测序等技术，大大提高了测序效率和准确性。
三、基因组学与DNA测序的应用1. 生物演化与种群遗传学研究基因组学和DNA测序技术为研究生物的演化关系以及种群遗传变异提供了重要手段。
通过比较不同物种的基因组组成和DNA序列，可以揭示不同物种之间的亲缘关系以及进化路径。
同时，对于种群遗传学研究来说，通过分析不同个体之间的基因组差异，可以了解种群内的遗传结构、基因流动性以及种群对环境变化的适应能力。
2. 疾病研究与诊断基因组学和DNA测序技术在疾病研究和诊断中起到了关键作用。
通过分析患者的基因组信息，可以寻找与疾病相关的突变位点或基因组变异，从而揭示疾病的发生机制。
基因组学的原理和方法
基因组学的原理和方法基因组学是一门研究基因组、基因及其相互作用，以及基因产物的功能和调控机制的学科。
它是生物学、医学、遗传学等多个领域的交叉学科，近年来在人类基因组计划、基因测序、基因编辑等研究领域取得了重大突破，对生命科学的发展产生了深远影响。
一、基因组学的原理基因组学的研究对象是基因组，即一个生物体内所有基因的总和。
基因组不仅包含了生物体的遗传信息，还包含了基因的调控信息、表观遗传信息等。
基因组学通过分析基因组的结构、功能、表达和调控等方面，揭示生命的奥秘，寻找疾病的遗传病因，指导药物的研发和应用。
二、基因组学的方法1. 高通量测序技术：高通量测序技术是基因组学研究的核心技术，它可以在短时间内获取大量的基因组信息，包括序列、变异、表达等。
目前，常用的高通量测序技术包括全基因组测序、外显子测序、转录组测序等。
2. 基因编辑技术：基因编辑技术是一种可以精确定位并修改基因组中特定基因的技术，包括CRISPR-Cas9、TALEN、ZFN等。
这些技术可以用于研究基因的功能，揭示生命的奥秘，也可以用于疾病治疗、农作物改良等领域。
3. 生物信息学技术：生物信息学技术是基因组学研究的重要工具，它可以对海量的基因组数据进行处理和分析，提取出有用的信息。
常用的生物信息学技术包括基因组序列分析、基因功能注释、基因共变异分析等。
4. 转录组学和蛋白质组学技术：转录组学和蛋白质组学技术是基因组学的重要组成部分，它们可以研究基因的表达和蛋白质的翻译与修饰等信息，揭示基因与细胞功能的关系。
总之，基因组学是一门研究基因组及其功能的学科，它通过运用高通量测序技术、基因编辑技术、生物信息学技术等方法，揭示生命的奥秘，寻找疾病的遗传病因，指导药物的研发和应用。
随着技术的不断进步和研究的不断深入，基因组学将为人类的健康和生活质量的提高做出更大的贡献。
比较基因组学原理及应用
比较基因组学原理及应用基因组学是研究生物个体或种群基因组的科学，通过对基因组的研究可以揭示生物的遗传信息和基因的功能。
基因组学的发展深刻地改变了我们对生命的理解，推动了医学、农业和环境领域的创新。
本文将比较基因组学的原理和应用，并探讨其在不同领域中的具体应用。
一、原理比较：1.基因组测序技术：基因组测序技术是基因组学的基石，它们能够高效、准确地测量一个生物个体或种群的基因组序列。
传统的测序方法包括Sanger测序和芯片测序，而后来的下一代测序技术则提供了更快、更便宜的测序方法，如Illumina测序、Ion Torrent测序和PacBio测序等。
2.基因组比较：基因组比较是研究不同个体或种群基因组之间的相似性和差异性。
它可以通过对比两个或多个基因组序列的方法，来发现在基因组层面上的差异。
比较可以从全基因组水平上进行，也可以通过比较特定基因家族或反复子来进行。
3.基因组注释：基因组注释是为了对基因组序列进行功能分析和解读。
它包括预测基因位置、鉴定基因功能以及预测非编码RNA序列等。
基因组注释可以通过比对到已知的基因、蛋白质和其他生物序列数据库来进行。
二、应用比较：1.人类基因组学：人类基因组学是基因组学中的一个重要领域，它研究人类基因组的功能和遗传变异与疾病之间的关系。
通过基因组测序和比较，我们可以发现人类基因组中的变异位点和致病基因，进而做出相关的临床诊断和治疗。
2.植物基因组学：植物基因组学主要研究植物基因组的结构和功能。
通过比较不同植物基因组之间的差异性，可以探索植物的进化历程、鉴定重要的功能基因以及改良作物品质和抗病能力。
3.动物基因组学：动物基因组学主要研究动物基因组的结构和功能。
通过比较不同动物基因组之间的差异性，可以推断不同动物物种的进化关系、鉴定重要的功能基因以及推动动物的遗传改良和保育工作。
4.微生物基因组学：微生物基因组学研究微生物种群的基因组结构和功能。
通过比较微生物基因组可以揭示微生物物种的分类与进化关系，研究微生物的代谢能力和环境适应性，以及开发新的微生物生物技术应用。
全基因组测序和比较基因组学的应用
全基因组测序和比较基因组学的应用随着科技的不断进步，全基因组测序和比较基因组学成为了分子生物学和生物信息学领域中的热门话题，为生物科学研究提供了更多的数据和思路。
本文将阐述全基因组测序和比较基因组学的相关概念及其应用，以及它们在疾病诊断和治疗中的贡献。
一、全基因组测序全基因组测序是指对一个生物体的全部基因组进行序列分析的方法，包括染色体的DNA序列以及其中的基因。
全基因组测序主要依赖于高通量测序技术，通过将DNA样本分解成小片段，进行高通量的脱氧核苷酸（dNTP）测序，并通过计算机程序将这些片段拼接成整个基因组的序列，从而实现对整个基因组的测序。
随着全基因组测序技术的发展，越来越多的生物体的基因组被测序。
全基因组测序为基因组学、遗传学、演化生物学等领域的研究提供了丰富的数据，也促进了许多新的领域的发展，如个性化医疗、生物工程等。
二、比较基因组学比较基因组学是研究不同生物体基因组之间相似性和差异性的学科。
它通常基于全基因组测序数据，通过对两个或多个基因组的比较，识别出它们之间的相似性和差异性。
比较基因组学主要研究生物体的基因组组成、基因结构、基因家族、基因密度、进化关系等方面的差异，以了解生物的进化、适应性和演化等问题。
比较基因组学的主要应用之一是生物分类学。
通过比较基因组数据，可以识别出不同物种的基因组之间的相似性或差异性，从而确定它们的进化关系和分类关系。
此外，比较基因组学还可以用于肿瘤学、人类学、微生物学等领域的研究。
三、1. 遗传病诊断和治疗全基因组测序和比较基因组学可用于遗传病的诊断和治疗。
全基因组测序可以帮助鉴定遗传病的致病基因，通过比较不同基因组之间的差异，找到突变、重复、缺失等异常，从而发现相关的基因型和表型。
这有助于鉴定患者的病因，为制定个性化治疗方案提供了基础。
比较基因组学也有助于研究遗传病的致病机理和治疗方法。
通过比较不同物种的基因组，可以鉴定致病基因、识别细菌的耐药性和病毒的突变，从而为制定新的治疗方法提供思路。
比较基因组学原理及应用
功能。 3、在现有的数据库中找不到任何相匹配的蛋
白质序列的新基因。
部分真核、原核生物基因组成成份分析
通过基因组数据进行比较基因组学研究
• 例子： • 尿殖道支原体带有已知最小的基因组，可
依此确定能自我复制的细胞必需的一套最 少的核心基因。
该学科的发展及所取得的成果与序列的积累相 同步，尤其是人类全基因组序列的分析与比较使 比较基因组学成为整个生物学领域最新、最重要、 进展最快和影响最大的学科之一。
1. 已完成的测序
比较基因组学从一开始就是人类基因组计划 的一部分。
人类基因组计划的原始计划是测定人类和一 部分模式生物（如细菌，酵母，果蝇，秀丽隐杆 线虫，小鼠等）的全基因组序列。
• 1 全基因组的比较研究 • 2 系统发生的进化关系分析
1.全基因组的比较研究
• 比较基因组学的基础是相关生物基因组的 相似性。两种具有较近共同祖先的生物， 它们之间具有种属差别的基因组是由祖先 基因组进化而来，两种生物在进化的阶段 上越接近，它们的基因组相关性就越高。 如果生物之间存在很近的亲缘关系，那么 它们的基因组就会表现出同线性(synteny)， 即基因序列的部分或全部保守。
比较基因组学 相关概念
韩柳
基因组学概念及范畴
基因组(genome) 泛指一个有生命体、病毒或细胞器的全部
遗传物质；在真核生物，基因组是指一套染色 体（单倍体）DNA。
基因组学(genomics) 就是发展和应用DNA制图、测序新技术以
及计算机程序，分析生命体（包括人类）全部基 因组结构及功能。
基因组学概念
Homo sapiens Pan troglodytes Mus musculus Rattus norvegicus Drosophila melanogaster Escherichia coli Saccharomyces cerevisiae Ciona intestinalis
比较基因组学研究的理论和方法探讨
比较基因组学研究的理论和方法探讨比较基因组学研究是一种研究不同物种基因组之间相似性和差异性的方法。
这种方法在生物学、遗传学和医学上都得到了广泛的应用。
虽然比较基因组学研究已经成为现代生物科学领域中的一项重要技术，但是其理论和方法依然存在许多有待深入探讨的问题。
鉴定相似性和差异性比较基因组学研究的目的是鉴定不同物种之间基因组的相似性和差异性。
早期的比较基因组学研究使用的是手动比对的方法，即将两个基因组的序列进行人工比对，但这种方法费时费力，效率低下，限制了比对的规模和质量。
随着大规模测序技术的发展，基因组测序数据量急剧增加，快速而准确的比对方法也得以广泛应用。
目前比较基因组学研究中常用的方法包括BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）、MUMmer（Maximal Unique Match）等高效的比对算法，这些工具可以对大规模的基因组序列数据进行自动化处理，大大降低了人为差错的发生率。
挖掘基因功能和进化比较基因组学研究可以根据基因序列的相似性和差异性，进一步挖掘不同物种之间基因功能和进化历史。
通过研究不同物种之间的基因家族和基因拷贝数量变化等特征，可以深入探讨基因家族扩张和复制过程，并揭示分子进化的规律和机制。
比如，比较哺乳动物基因组，可以发现人类和其他哺乳动物的共同祖先基因家族的扩张和缩减事件。
同时，也可以研究不同基因的功能差异，进而推断出这些基因在不同物种中的生物学作用。
卡氏肺囊虫的研究就揭示了这个病原体缺乏合成细胞壁的基因，这为治疗该病提供了新思路。
应用于医学研究比较基因组学研究不仅可以为生物学和遗传学研究提供重要的工具和方法，还是现代医学领域中研究、诊断和治疗疾病的有效手段。
例如，通过对人类和小鼠基因组进行比较，可以发现多个小鼠模型和人类患者之间遗传基因变异的相似性，进而研究其对疾病的影响，以及针对其进行治疗的可行性。
比较产生更多普遍的基因学知识，使得正常和恶性肿瘤、自身免疫性疾病和遗传疾病等疾病的研究和治疗在更好的基础上展开，开发出更有效的药物。
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1. 已完成的测序
比较基因组学从一开始就是人类基因组计划 的一部分。
人类基因组计划的原始计划是测定人类和一 部分模式生物（如细菌，酵母，果蝇，秀丽隐杆 线虫，小鼠等）的全基因组序列。
Homo sapiens Pan troglodytes Mus musculus Rattus norvegicus Drosophila melanogaster Escherichia coli Saccharomyces cerevisiae Ciona intestinalis
模式生物
• 基因进化上的保守往性和遗传密码的通用性，从某一生物 得到的有关基因性质或功能方面的信息往往也适用于其他 生物。
• 个体小，易操作，易培养，繁殖快。 • 病毒，大肠杆菌，酵母，线虫，果蝇，斑马鱼，小鼠，拟
南芥
种间比较基因组学研究
马寿光 黄继
• 通过对不同亲缘关系物种的基因组序列进行 比较，能够鉴定出编码序列、非编码调控序列 及给定物种独有的序列。而基因组范围之内的 序列比对，可以了解不同物种在核苷酸组成、 同线性关系和基因顺序方面的异同，进而得到 基因分析预测与定位、生物系统发生进化关系 等方面的信息。
有同源序列
点阵图
A CT GT T A G
A⊙
⊙
C
⊙
T
⊙
⊙⊙
T
⊙
⊙⊙
T
⊙
⊙⊙
A⊙
⊙
G
⊙
⊙
C||| AC T- TTAG
两序列比对
面临的问题： 进化的过程中同源序列可经过多次的插
入或缺失，导致它们长度不同，这就给比对 带来了麻烦。
要解决的问题： 最优比对算法-----寻找最佳的缺失方式
• 我总结了：
• 凡是能够用来研究同一种群内两个个体基因组的不同的分 子手段都属于种内比较基因组学的范畴。
• 主流方法是分子标记技术：RAPD，RFLP，AFLP，基因 芯片。。。
• 回顾分子标记
水产界举例
• 李太武老师等用20条随机引物对皱纹盘鲍、杂色鲍进行 RAPD分析, 结果均能产生清晰可重复扩增产物, 计算出各 群体扩增位点的多态性比例分别为43.66%和53.05%, 群 体平均遗传杂合度分别为0.1557和0.1686, 群体间的遗传 距离0.2898, 表明皱纹盘鲍与杂色鲍的亲缘关系较远 。
比较基因组学 原理及应用
成员：韩柳 阎永伟 黄继 马寿光 朱琳 姜南 李春丽
比较基因组学 相关概念
韩柳
基因组学概念及范畴
基因组(genome) 泛指一个有生命体、病毒或细胞器的全部
遗传物质；在真核生物，基因组是指一套染色 体（单倍体）DNA。
基因组学(genomics) 就是发展和应用DNA制图、测序新技术以
• 流感嗜血杆菌中平均1024bp有一个基因，尿殖 道支原体平均1235bp有一个基因。
• 结论：基因尺度减小并不引起基因密度的增加 和基因本身尺寸的减小。 二者的差别在于基因数量上，流感嗜血 杆菌基因有1743个ORF，而尿殖道支原体只有 470个ORF
比较基因组有助于解决进化距离问题
测序技术与 比较基因组学
HGP完成以后：
Gallus gallus Bos taurus Canis familiaris Apis mellifera Anthocidaris crassispina Macaca mulatta
鸡
Blattner et al. 2004 ,
牛
Elsik et al. 2009,
狗
Lindblad-Toh et al. 2005,
2.测序技术概述
绝大多数生物的遗传物质为DNA，然而遗传信 息却仅仅由四种碱基——A,T,C,G排列组合而成。
自从DNA的双螺旋结构被发现以后，能够知道 DNA分子上四种碱基的顺序就成为了一个新的热点。
于是，继蛋白质和RNA测序之后，又出现了 DNA测序。
自1977年出现DNA测序技术至今， 第一代测序技术
中科院北京基因组研究所，2013年，第一台国产样机
3. 测序技术与比较基因组学
DNA测序已经成为分子生物学研究中一种基 本的研究手段与工具，对于这种手段的需要也已 经极大地促进了DNA测序技术的进步与发展。
在此基础上，将会有更多的生物的全基因组 序列被测定，那么针对任何一种生物的比较基因 组学研究将会变得更加简单。
此外还有
• 蛋白质信号肽的识别及亚细胞定位的预测 • 预测卷曲螺旋和螺旋-转角-螺旋结构 • 蛋白质折叠的识别与分类等
种内比较基因组学 模式生物
姜南
• 种内基因组的比较
• 同种群体内基因组存在大量的变异和多态性,正是这种基 因组序列的差异构成了不同个体与群体对疾病的易感性和 对药物与环境因子不同反应的遗传学基础。
蛋白质序列分析
对新蛋白质序列进行分析的第一步是用BLAST进行数 据库搜索。
如果有明显相似性可以推测其序列的功能 如果没有，可用模式识别方法根据特定的结构域或蛋白 质家族的特征进行搜索。
-----模式数据库已经成为识别新序列的特 定功能活性的重要工具。InterPro数据库是最重要的蛋白 质模式数据库之一。
此外还有Smith-waterman 算法
基因组比对
只能对序列密切相关或非常相似的基因 组比对，序列太长，既有的算法无能为力
方法：suffix tree 数据结构
软件MUMer 能找出两个基因组的DNA序列 上最大且唯一的匹配区域，然后除去序列中用 Smith-waterman 最佳局部比对算法对大量插 入序列、重复序列、短变异区域进行局部鉴定 时插入的空位，完成这两个基因组序列的比对。
阎永伟
比较基因组学是在基因组图谱和测序的基础上， 利用某个基因组研究获得的信息推测其他原核生 物、真核生物类群中的基因数目、位置、功能、 表达机制和物种进化的学科。
该学科的发展及所取得的成果与序列的积累相 同步，尤其是人类全基因组序列的分析与比较使 比较基因组学成为整个生物学领域最新、最重要、 进展最快和影响最大的学科之一。
Caenorhabditis elegans
2010年全部完成
Lander et al. 2005 ； Waterston et al. 2002 ； Gibbs et al. 2004 ； Adams et al. 2000 ； Blattner et al. 1997 ； Goffeau et al. 1996 ； Dehal et al. 2002， Small et al. 2007； Stain et al. 2003， Stein et al. 1998 。
杂交测序技术也是第一代测序技术，但是并非 基于以上两种原理。速度快，但是误差大。
Fig.2 ABI 3730XL
（2）第二代测序技术 后基因组时代亦即功能基因组时代的测序技
术，显著特征是高通量、低成本。 主要包括罗氏454公司的GS FLX测序平台、
Illumina公司的Solexa Genome Analyzer测序平 台和ABI公司的SOLiD测序平台。
2）第一代测序技术 传统的化学降解法、双脱氧链终止法以及在它
们的基础上发展来的各种DNA测序技术统称为第一 代DNA测序技术。
第一代测序技术在分子生物学研究中发挥过重 要的作用，如人类基因组计划主要基于第一代DNA 测序技术。
目前基于荧光标记和Sanger的双脱氧链终止 法原理的荧光自动测序仪（如ABI 3730XL）仍被 广泛地应用。
第二代测序技术
第三代测序技术
（1）测序技术的出现及第一代测序技术 1）测序技术的出现 1975年，Sanger和Coulson发明了“加减法” 测定DNA序列；1977年，又引入ddNTP,发明了双脱 氧终止法； 1977，Maxam和Gilbert发明了化学降解法测 定DNA序列。
Fig1. 双脱氧终止法测序
基因组序列分析的计算方法
1. 引言 2. 点阵图 3. 两序列比对 4. 多序列比对 5. 数据库搜索
朱琳
引言
人类基因组计划（HGP） 遗传图、物理图、序列图和转录图
区分两个概念： 同源性 ---------共同的祖先
相似性 ---------定量特征 高度相似很可能是同源序列；相似性很低的序列也可能具
Fig.3 Roche 454 GS FLX 平台
Fig.4 Illumina Solexa平台
Fig.5 ABI SOLiD平台
参考文献：
DNA测序技术的发展历史与最新进展， 解增言 等；
DNA测序技术发展及其展望， 孙海汐等。
（3）第三代测序技术 以单分子测序为特点;
如： BioScience Corporation的HeliScope Single Molecular Sequencer； Pacific Biosciences的Single Molecule RealTime (SMRT)DNA sequencing technology （正在研制）；Oxford Nanopore Technologies Ltd的纳 米孔单分子测序技术。
概念
工具： 1、FASTA 2、BLAST 3、CLUSTAL W
基因组分类： 1、通过比较确知其功能的。 2、在数据库中有相匹配的蛋白，但不知道其
功能。 3、在现有的数据库中找不到任何相匹配的蛋
白质序列的新基因。
部分真核、原核生物基因组成成份分析
通过基因组数据进行比较基因组学研究
• 例子： • 尿殖道支原体带有已知最小的基因组，可
及计算机程序，分析生命体（包括人类）全部基 因组结构及功能。
基因组学概念
比较基因组学概念
• 定义：比较基因组学(Comparative Genomics)是 基于基因组图谱和测序基础上，对已知的基因和 基因组结构进行比较，来了解基因的功能、表达 机理和物种进化的学科。