第二章 数据库
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(第二讲)数据库(第二章：关系数据库的基本概念)
表2-5 学生表 XS_Sex XS_Age ZY_Id
类型 char(10) char(10) char(2) Int char(4) 学号，主码 姓名：字符类型
说明
性别：只能为男或女 年龄：整形 所在专业编号，外码，参照专业表
4. 选课表（XK_Tab）：记录学生的选课结果，对于任意一门课，每 个学生一年最多只能选一次，因此用课程编号、学号和年份联合作为 选课表的主码。选课表通过学号参照学生表，通过课程编号参照课程 表。
2. 课程表（KC_Tab）：存放多门课程，主码为课程编号。
表2-4 课程表（KC_Tab）
列名 KC_Id KC_Name KC_KC_Id KC_Point
类型 char(4) char(50) char(4) Float
说明 课程编号，主码 课程名称 先修课课程编号 课程的学分
3. 学生表（XS_Tab）：记录学生的基本信息，主码为学号，通过专业 编号参照专业表。
2.3 关系模型规范化
关系模型规范化的目的是为了消除存储异常，减少数据冗余， 保证数据的完整性和存储效率。 关系数据库中的关系是要满足一定的规范化要求的。对于不 同规范化程度，可以使用“范式”来衡量。满足最低要求的为I范 式。。在I范式的基础上，进一步满足一些要求的为II范式，以次 类推。一般情况下，在实践中关系模式满足3范式就基本可以。
元素的每一个值 di 叫作一个分量。关系模型中要求每一 个分量必须属于某种基本数据类型，如整形或字符串型。
关系：笛卡尔积的子集就是一个关系。
R( D1 , D2 ,, Dn )
这里R表示关系的名字，n是关系的目或度。
例: 我们给出如下三个域： D1 =导师集合。导师={王新，赵阳} D2=专业集合。专业={计算机，通信} D3=学生集合。学生={（张三，101），（李四，201）} 则笛卡尔积为： D1XD2XD3={（王新，计算机，张三，101）， （王新，计算机，李四，201），
类型 char(10) char(10) char(2) Int char(4) 学号，主码 姓名：字符类型
说明
性别：只能为男或女 年龄：整形 所在专业编号，外码，参照专业表
4. 选课表（XK_Tab）：记录学生的选课结果，对于任意一门课，每 个学生一年最多只能选一次，因此用课程编号、学号和年份联合作为 选课表的主码。选课表通过学号参照学生表，通过课程编号参照课程 表。
2. 课程表（KC_Tab）：存放多门课程，主码为课程编号。
表2-4 课程表（KC_Tab）
列名 KC_Id KC_Name KC_KC_Id KC_Point
类型 char(4) char(50) char(4) Float
说明 课程编号，主码 课程名称 先修课课程编号 课程的学分
3. 学生表（XS_Tab）：记录学生的基本信息，主码为学号，通过专业 编号参照专业表。
2.3 关系模型规范化
关系模型规范化的目的是为了消除存储异常，减少数据冗余， 保证数据的完整性和存储效率。 关系数据库中的关系是要满足一定的规范化要求的。对于不 同规范化程度，可以使用“范式”来衡量。满足最低要求的为I范 式。。在I范式的基础上，进一步满足一些要求的为II范式，以次 类推。一般情况下，在实践中关系模式满足3范式就基本可以。
元素的每一个值 di 叫作一个分量。关系模型中要求每一 个分量必须属于某种基本数据类型，如整形或字符串型。
关系：笛卡尔积的子集就是一个关系。
R( D1 , D2 ,, Dn )
这里R表示关系的名字，n是关系的目或度。
例: 我们给出如下三个域： D1 =导师集合。导师={王新，赵阳} D2=专业集合。专业={计算机，通信} D3=学生集合。学生={（张三，101），（李四，201）} 则笛卡尔积为： D1XD2XD3={（王新，计算机，张三，101）， （王新，计算机，李四，201），
第2章 数据库-关系模型1
• 在关系数据模型中一般将数据完整性分为三类
– 实体完整性
– 参照完整性 – 用户定义完整性
需要说明两点
• 关系是元组的集合，集合（关系）中的元素（元组） 是无序的；而元组不是分量di的集合，元组中的分量
是有序的。
例如，在关系中(a,b)≠(b,a)，但在集合中{a,b}={b,a}。
• 若一个关系的元组个数是无限的，则该关系称为无限
实体完整性规则
• 实体完整性是要保证关系中的每个元组都是可识别和唯一的。 • 实体完整性规则要求关系中元组的主键值不可以为空值。
• 实体完整性是关系模型必须满足的完整性约束条件，也称作是
关系的不变性。 • 关系数据库管理系统用主键实现实体完整性，这是由关系系统 自动支持的。
对实体完整性规则的几点说明
关系数据语言
• 关系代数语言：如ISBL
• 关系演算语言：
– 元组关系演算语言（如Aplha,Quel)
– 域关系演算语言（如QBE)
• 具有关系代数和关系演算双重特点的语言：如SQL
返回
关系完整性约束
• 在数据库中数据完整性是指保证数据正确的特性。
它包括两方面的内容：
– 与现实世界中应用需求的数据的相容性和正确性； – 数据库内数据之间的相容性和正确性。
部门表(R1)
部门编号 01 02 03 04 部门名称 经理办公室 人事部 公关部 技术部 …
02 03
外部关系键
主关系键
注意事项：
• 外部关键字和相应的主关键字可以不同名，只要 定义在相同值域即可。 • 两个关系（R和S）也可以是同一个关系模式，表 示了属性之间的联系。 • 外部关键字的值是否为空，应视具体问题而定。
第二章 书目型数据库及参考工具书
railway OR railroad
逻辑“非”（not 、 -） 命中信息包含逻辑A、不包含逻辑B或同时有A和B 的，从含有检索词A的文献记录中删去含有检索词B 的文献记录。用于排斥关系的组配
如：fruit NOT apple
windows NOT Microsoft
逻 辑 运 算 符 （
逻辑算符在数据库中是有执行顺序的
文献信息部门之间，在书刊资料所有权不变的情况下
，按照共同认可的规则，互相利用文献资源，充分满
足用户需求的一种有偿服务形式。
随着网络信息技术的发展，更多地出现了通过网络
进行文献传递的方式，因而馆际互借与文献传递的区
别主要如下：
馆际互借是指图书馆之间根据合作协议的规定，在用 户申请时，相互出借馆藏文献，是一种返还式的文献
3.数据库的结构
数据库是由一个或若干个文档组成的，具有最小冗余 度的数据的集合，其中的数据是按照一定的数据结构 进行分级存贮的。
文档（File） 文档是一种数据和信息的容器，是可以包含文本、图
像、视频、音频、动画等复杂非结构化数据的集合。
记录（record）
对某一文献的记录，字段的集合，包括该文献的主要
结果太多，您还可以选择Advanced Search，在高级检
索界面上选择File type为PDF格式，通常都能得到想 要的了。 输入刊名，会链接到该期刊的主页上，有时您能看到 最近的一期或几期文章或者从创刊年开始的全文都可 以免费下载。 利用google还可以核实文献的准确信息，比如文献的
5.通过馆际互借与文献传递服务获取全文 馆际互借与文献传递是指图书馆之间或图书馆与其它
subject descriptor (主题词)
主题词是经过规范化的语词 （controlled-terms） 主题标引的依据是“主题词表”
逻辑“非”（not 、 -） 命中信息包含逻辑A、不包含逻辑B或同时有A和B 的，从含有检索词A的文献记录中删去含有检索词B 的文献记录。用于排斥关系的组配
如：fruit NOT apple
windows NOT Microsoft
逻 辑 运 算 符 （
逻辑算符在数据库中是有执行顺序的
文献信息部门之间，在书刊资料所有权不变的情况下
，按照共同认可的规则，互相利用文献资源，充分满
足用户需求的一种有偿服务形式。
随着网络信息技术的发展，更多地出现了通过网络
进行文献传递的方式，因而馆际互借与文献传递的区
别主要如下：
馆际互借是指图书馆之间根据合作协议的规定，在用 户申请时，相互出借馆藏文献，是一种返还式的文献
3.数据库的结构
数据库是由一个或若干个文档组成的，具有最小冗余 度的数据的集合，其中的数据是按照一定的数据结构 进行分级存贮的。
文档（File） 文档是一种数据和信息的容器，是可以包含文本、图
像、视频、音频、动画等复杂非结构化数据的集合。
记录（record）
对某一文献的记录，字段的集合，包括该文献的主要
结果太多，您还可以选择Advanced Search，在高级检
索界面上选择File type为PDF格式，通常都能得到想 要的了。 输入刊名，会链接到该期刊的主页上，有时您能看到 最近的一期或几期文章或者从创刊年开始的全文都可 以免费下载。 利用google还可以核实文献的准确信息，比如文献的
5.通过馆际互借与文献传递服务获取全文 馆际互借与文献传递是指图书馆之间或图书馆与其它
subject descriptor (主题词)
主题词是经过规范化的语词 （controlled-terms） 主题标引的依据是“主题词表”
第二章 数据库管理与网络应用
第二章 数据库管理与网络应用
第一节 数据库基础知识 一、数据管理技术的发展
数据管理技术的发展过程大致可分如下四个阶段： 人工管理阶段 文件系统阶段 这一阶段的特点： 数据库系统阶段 （1）数据以文件形式可以长期保存在计算机中并由操作系统 来管理，文件组织方式由顺序文件逐步发展到随机文件 高级数据库技术阶段 （2）操作系统的文件管理系统提供了对数据的输入和输出操 作接口，即提供数据存取方法。 （3）一个应用程序可以使用多个文件，一个文件可被多个应 用程序使用，数据可以共享。 （4）数据仍然是面向应用的，文件之间彼此孤立，不能反映 数据之间的联系，因而仍存在数据大量冗余和不一致性
第二章 数据库管理与网络应用
第一节 数据库基础知识 四、数据库系统的组成
（三）操作系统 主要负责计算机系统的进程 管理、作业管理、存储器管 理、设备管理以及文件管理 等，因此可以给DBMS的数据 组织、管理和存取提供支持。
（四）数据库应用系统
（五）数据库应用开发工具 （六）数据库管理员及其他人员（DBA）
数据管理技术的发展过程大致可分如下四个阶段： 人工管理阶段 文件系统阶段 数据库系统阶段 高级数据库技术阶段 具有代表性的是
分布式数据库
面向对象数据库
第二章 数据库管理与网络应用
第一节 数据库基础知识 一、数据管理技术的发展
数据管理技术的发展过程大致可分如下四个阶段： 人工管理阶段 文件系统阶段 数据库系统阶段 高级数据库技术阶段 具有代表性的是
（5）有功能强大的关系数据库语言SQL的支持。
第二章 数据库管理与网络应用
第一节 数据库基础知识 三、数据库模型
（三）面向对象模型（Object—Oriented Model） 在面向对象的数据模型中，最重要的概念是对象（Object） 和类（Class）。 面向对象数据 模型比网状、 层次、关系数 据模型具有更 加丰富的表达 能力。
第二章 数据库的概念结构设计
第二章数据库的概念结构设计将需求分析得到的用户需求抽象为信息结构（即概念模型）的过程就是概念结构设计。
它是整个数据库设计的关键步骤。
本章主要介绍以下内容：•数据模型。
•概念模型。
•概念结构设计的方法与步骤。
第一节数据模型一、数据数据是数据库中存储的基本对象，也是数据模型的基本元素。
1．数据在数据库中描述事物的符号记录称为数据，是存储的基本对象。
计算机是人们解决问题的辅助工具，而解决问题的前提是对问题存在条件及环境参数的正确描述，在现实世界中人们可以直接用自然语言来描述世界，为了把这些描述传达给计算机，就要将其抽象为机器世界所能识别的形式。
例如，我们在现实世界中用以下语言来描述一块主板：编号为0001的产品为“技嘉主板”，其型号为GA-8IPE1000-G，前端总线800MHz。
如果将其转换为机器世界中数据的一种形式则为：0001，技嘉主板，GA-8IPE1000-G，800MHz。
因此从现实世界中的数据到机器世界中的符号记录形式的数据，还需要一定的转换工作。
2．数据描述在数据库设计的不同阶段都需要对数据进行不同程度的描述。
在从现实世界到计算机世界的转换过程中，经历了概念层描述、逻辑层描述及存储介质层描述三个阶段。
在数据库的概念设计中，数据描述体现为“实体”、“实体集”、“属性”等形式，用来描述数据库的概念层次；在数据库的逻辑设计中，数据描述体现为“字段”、“记录”、“文件”、“关键码”等形式，用来描述数据库的逻辑层次；在数据库的具体物理实现中，数据描述体现为“位”、“字节”、“字”、“块”、“桶”、“卷”等形式，用来描述数据库的物理存储介质层次。
二、数据模型模型是对现实世界中的事物、对象、过程等客观系统中感兴趣的内容的模拟和抽象表达。
如一座大楼模型、一架飞机模型就是对实际大楼、飞机的模拟和抽象表达，人们从模型可以联想到现实生活中的事物。
数据模型也是一种模型，它是对现实世界数据特征的抽象。
数据模型一般应满足三个要求：一是能比较真实地模拟现实世界；二是容易被人们理解；三是便于在计算机上实现。
第2章数据库的基本操作-PPT精品
1. 确定新建数据库所要完成任务的目的
设计Access数据库的第一个步骤是确定新建数 据库所要完成任务的目的。用户需要明确希望从 数据库得到什么信息，数据库开发人员应该首先 与用户进行充分交流，讨论需要解决的问题，并 描述需要生成的报表，同时需要收集当前用于记 录数据的表格。
3
在有条件的情况下，也可以参考某个设计得很好 且与当前要设计的数据库相似的数据库。
12
图2.3
13
图2.4
14
(5) 选择完毕之后，单击“下一步”按钮，屏幕上出 现下一个“数据库向导”对话框（如图2.5所示）。 在该对话框中，向导要求用户选择一种窗体显示 外观的样式，包括背景、输入字段形状等。向导 提供了10种样式，如果在某种样式上单击，则在 样式列表左方的预览窗口中会显示出所选择样式 的模拟显示图，在这里我们选择“国际”样式， 在左侧预览窗口中可以看到其效果。
在这里选择数据库存放的位置，并输入所要创建
的数据库的名称，然后单击“创建”按钮。
9
图2.1 10
图2.2
11
此时Access就以所选模板为基础创建了一个数据 库 。 接 着 Access 打 开 新 创 建 的 数 据 库 ， 并 进 入 “数据库向导”对话框（如图2.3所示），在该对 话框中显示出该数据库可以存储的信息范围，如 “讲座管理”数据库可以存储讲座信息、讲座参 加者信息、讲座报名信息、雇员信息和讲座价格 信息等。
图2.16
37
打开控制菜单盒后，就可以从中选择需要的命令。 在图2.16所示的Access系统的控制菜单中，有下 述命令：
还原：恢复应用程序窗口原来的大小； 移动：移动应用程序窗口的位置； 大小：改变应用程序窗口的大小； 最小化：将应用程序窗口以图标方式显示；
设计Access数据库的第一个步骤是确定新建数 据库所要完成任务的目的。用户需要明确希望从 数据库得到什么信息，数据库开发人员应该首先 与用户进行充分交流，讨论需要解决的问题，并 描述需要生成的报表，同时需要收集当前用于记 录数据的表格。
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在有条件的情况下，也可以参考某个设计得很好 且与当前要设计的数据库相似的数据库。
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图2.3
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图2.4
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(5) 选择完毕之后，单击“下一步”按钮，屏幕上出 现下一个“数据库向导”对话框（如图2.5所示）。 在该对话框中，向导要求用户选择一种窗体显示 外观的样式，包括背景、输入字段形状等。向导 提供了10种样式，如果在某种样式上单击，则在 样式列表左方的预览窗口中会显示出所选择样式 的模拟显示图，在这里我们选择“国际”样式， 在左侧预览窗口中可以看到其效果。
在这里选择数据库存放的位置，并输入所要创建
的数据库的名称，然后单击“创建”按钮。
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图2.1 10
图2.2
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此时Access就以所选模板为基础创建了一个数据 库 。 接 着 Access 打 开 新 创 建 的 数 据 库 ， 并 进 入 “数据库向导”对话框（如图2.3所示），在该对 话框中显示出该数据库可以存储的信息范围，如 “讲座管理”数据库可以存储讲座信息、讲座参 加者信息、讲座报名信息、雇员信息和讲座价格 信息等。
图2.16
37
打开控制菜单盒后，就可以从中选择需要的命令。 在图2.16所示的Access系统的控制菜单中，有下 述命令：
还原：恢复应用程序窗口原来的大小； 移动：移动应用程序窗口的位置； 大小：改变应用程序窗口的大小； 最小化：将应用程序窗口以图标方式显示；
第2章 数据库创建
2.2.2 数据库的修改和删除
1．数据库的修改 在数据库成功创建后，数据文件名和日志文件名就不能改变了。对已存在的数 据库可以进行的修改包括以下几项。 增加或删除数据文件。 改变数据文件的大小和增长方式。 改变日志文件的大小和增长方式。 增加或删除日志文件。 增加或删除文件组。 重命名数据库。
2.2 界面方式创建数据库
2.2.1 数据库的创建
【例2.1】 创建数据库pxscj，数据文件和日志文件的属性按默认值设置。 创建该数据库的过程如下： 第1步 以系统管理员身份登录计算机，在桌面上单击“开始”→“所有程 序”→“Microsoft SQL Server 2012”，选择并启动“SQL Server Management Studio”。如图 2.1 所示，使用默认的系统配置连接到数据库服务器。
表：表是最主要的数据库对象。 视图：视图是从一个或多个基本表中引用表。 索引：表中的记录通常按其输入的时间顺序存放，这种顺序称为记录的物理顺序。 约束：约束用于保障数据的一致性与完整性。具有代表性的约束就是主键和外键。 存储过程：存储过程是一组为了完成特定功能的SQL语句集合。 触发器：触发器与表紧密关联。它可以实现更加复杂的数据操作，更加有效地保障数 据库系统中数据的完整性和一致性。 默认值：默认值是在用户没有给出具体数据时，系统所自动生成的数值。 用户和角色：用户是指对数据库有存取权限的使用者；角色是指一组数据库用户的集 合。 规则：规则用来限制表字段的数据范围。 类型：用户可以根据需要在给定的系统类型之上定义自己的数据类型。 函数：用户可以根据需要将系统若干个语句或者系统函数进行组合实现特定功能，定 义成自己的函数。
2.2.2 数据库的修改和删除
【例2.2】 在pxscj数据库中增加数据文件pxscj_2，其属性均取系统默认值。 操作方法如下： 打开“数据库属性-pxscj”窗口，在“选项”页列表中选择“文件”选项页， 单击右下角的“添加”按钮，会在数据库文件下方会新增加一行文件项，如图2.6 所示。
《数据库整理》第2章 关系数据库
关系体
随数据更新不断变化
15
.
• 例如，在第1章的图1-22所示的教学数据库中，共有五个关 系，其关系模式可分别表示为：
– 学生（学号，姓名，性别，年龄，系别） – 教师（教师号，姓名，性别，年龄，职称，工资，岗位津贴，系
别）
– 课程（课程号，课程名，课时） – 选课（学号，课程号，成绩） – 授课（教师号，课程号）
• 给定一组域D1，D2，…，Dn（它们可以包含相同的元素， 即可以完全不同，也可以部分或全部相同）。D1，D2，… ，Dn的笛卡尔积为
D1×D2×……×Dn={（d1，d2，…，dn）|di∈Di，i=1，2，…，n}
每一个元素（d1，d2，…，dn）中的每一个值di叫做一个 分量（Component） ，di∈Di 每一个元素（d1，d2，…，dn）叫做一个n元组（n-Tuple ），简称元组（Tuple） (注意：元组是按序排列的)
5
.
笛卡尔积D1×D2×…×Dn的基数M（即元素（d1，d2， …，dn）的个数）为所有域的基数的累乘之
n
积，即M= m i 。 i1
例如，上述表示教师关系中姓名、性别两个域的笛卡尔 积为：
D1×D2={（李力，男），（李力，女），（王平，男），（王平 ，女），（刘伟，男），（刘伟，女）}
分量：李力、王平、刘伟、男、女 元组 ：（李力，男），（李力，女） ，M=m1×m2=3×2=6
第2章 关系数据库
.
• 本章主要按数据模型的三个要素讲述关系数据库的一
些基本理论（关系模型的数据结构、关系的定义和性 质、关系的完整性、关系代数、关系数据库等 ）
• 掌握关系的定义及性质、关系键、外部键等基本概念
以及关系演算语言的使用方法
数据库管理的基础知识和技巧
数据库管理的基础知识和技巧第一章：数据库管理概述数据库管理是指管理和维护数据库系统的各种操作和任务的过程。
它包括数据库设计、数据库安装、数据备份与恢复、性能优化等方面的工作。
数据库管理旨在确保数据库系统的高效运行和数据的完整性、一致性和安全性。
第二章：数据库设计数据库设计是数据库管理的第一步，它涉及到对数据的组织、存储结构、数据关系的建立和优化等问题。
在数据库设计中，需要分析需求，选择适当的数据模型（如关系型模型、面向对象模型等），设计数据表结构、建立关系和定义约束等。
第三章：数据库安装数据库管理的另一个重要方面是数据库的安装。
在数据库安装中，需要选择适用的数据库系统（如MySQL、Oracle等），按照相应的安装指南进行安装和配置。
安装过程中需要设置数据库的参数、权限，确保数据库可以正常运行。
第四章：数据备份与恢复数据备份与恢复是数据库管理中必不可少的环节。
通过合理的数据备份策略，可以保证在数据库发生故障、数据丢失或被破坏时能够快速进行数据恢复。
常用的数据备份方法包括完全备份、增量备份和差异备份等，通过定期备份数据库，可以最大程度地减少数据损失。
第五章：性能优化性能优化是数据库管理的重要任务之一。
通过合理的性能优化策略，可以提高数据库系统的响应速度和并发处理能力。
性能优化的方法包括索引优化、查询优化、服务器参数调整、数据分区等。
通过对数据库的监控和调优，可以减少系统崩溃和性能瓶颈等问题的发生。
第六章：安全管理安全管理是数据库管理不可忽视的方面。
数据库系统存储着重要的数据，对数据的安全性进行保护至关重要。
在安全管理中，可以采取加密、访问控制、审计等手段来确保数据库的安全。
此外，定期更新数据库系统补丁和加强数据库系统的防火墙等措施也是安全管理的一部分。
第七章：故障排除与监控数据库管理还包括故障排除与监控。
通过监控数据库的运行状态，可以及时发现和解决潜在的故障。
故障排除和监控可以通过日志查看、性能监控工具、系统报警等方法进行。
第二章 数据库和表(新1)
2.2.4 建立表之间的关系
表的主关键字（P37）
数据库中的每一个表都必须有一个主关键字。它用于保证 表中的每条记录都是唯一的。
٭Access 中定义三种类型的主键
▪ 自动编号主键 ▪ 单字段主键 ▪ 多字段主键：在设计视图中，按住CTRL键选定多个字 段，然后设定为主键。
注意：更改主键时，首先要删除旧的主键，而 删除旧的主键，先要删除其被引用的关系。
4、实施参照完整性，注意哪个表是“表”， 哪个是“相关表”
2.2.5 向表中输入数据（P48）
使用“数据表”视图直接输入数据
٭进入“数据表”视图
注：如何输入OLE字段：在字段例单击 右键→插入对象 OLE字段有两种存储形式：嵌入式、连 接式
▪ 在表对象中双击所选的表
获取外部数据
用户可以将现有的各种符合ACCESS输入/输出协议的表导 入到ACCESS表中，如Excel、Louts、dbase、FoxPro等等。 ▪ “文件”→“获取外部数据”→“导入” 导入的数据可以添加到已创建的表中（数据要求与当 前表的结构相符），也可在导入时直接建立新表（数 据类型可能与设计的不同，需要修改）。
存储在磁盘上的唯一标识。（注意： 同一个数据库中不能有重复的表名）
输入掩码 默认值
2.2-2.4 表
表结构 （设计视图） 表的 组成 表名 字段命名 字段属性 数据类型 字段大小 1、建立表结构 2、设置表字段属性 表内容 （数据视图） 4、修改表结构 3、向表中输入数据 5、编辑表内容 表 间 的 关 系 表的主关键字 参照完整性 4、建立表间关系 6、调整表外观 7、操作表 格 式 有效性规则 有效性文本 索 引
注：从外部导入数据与从外部链接数据的差别
- 1、下载文档前请自行甄别文档内容的完整性，平台不提供额外的编辑、内容补充、找答案等附加服务。
- 2、"仅部分预览"的文档,不可在线预览部分如存在完整性等问题,可反馈申请退款(可完整预览的文档不适用该条件!)。
- 3、如文档侵犯您的权益，请联系客服反馈,我们会尽快为您处理(人工客服工作时间：9:00-18:30)。
包括部分cis-element信息
同一个基因可以具有多个启动子 原版（EPD）包含4809条真核生物聚合酶II（eukaryotic POL II）启动子序列 新版（EPDnew）主要包含人类、小鼠和果蝇的大量启 动子信息，总数超过20万
（13）miRNA数据库
miRNA gene
（1）UniPROT
在数据库主页搜索框选择“Protein Knowledgebase”库，使用关键词检索
结果页面，reviewed (Swiss-Prot) ，unreviewed (TrEMBL)
Browse by taxonomy, keyword, gene ontology, enzyme class or pathway
蛋白质序列分类数据库（PIRSF），提供不同 层级的蛋白质家族分类（Superfamily、 Homeomorphic Family和Homeomorphic Subfamily）
（2）PIR (Protein Information Resource)
检索某一蛋白质的注释信息
数据库主页“Search/Analysis”菜单 “Text Search” 选择数据库“iProClass”后输入关 键词或注册号 检索结果列表 查看详细内 容
Taxonomy数据库
/Taxonomy/taxonomyhome.html 拟南芥（Arabidopsis thaliana）系谱 检索某一物种的系谱（lineage）：
在Taxonomy 主页输入物种 学名检索“Homo sapiens”
生物信息学
第二章 数 据 库(III)
（10）ENA (European Nucleotide Archive) /ena/
EBI (European Bioinformatics Institute) 管理
与GenBank收集的数据相同 序列数据展示方式与 GenBank 不同（网页， 纯文本） 数据库主页“Text search”输入关键词
（2）PKR (Protein Kinase Resource)
/酶的序列比较
蛋白激酶分类 蛋白激酶的三维结构 与疾病相关的蛋白激酶 其它内容
5、物种分类数据库
物种分类
界（Kingdom） 门（Phylum） 纲（Class） 目（Order） 科（Family） 属（Genus） 种（Species）
检索某一蛋白质分类的信息
数据库主页“Search/Analysis”菜单 “Text Search” 选择数据库“PIRSF”后输入关键 词或注册号 检索结果列表 查看详细内容
（3）PRF (Protein Research Foundation) http://www.prf.or.jp/
KEGG数据库 检索Genetic Information Processing（2） KEGG主页点击“KEGG PATHWAY” “PATHWAY”网页点击任何遗传信息 （Genetic Information Processing）路径， 如 Protein export 路径 可以查看参加这一路径蛋白质的信息
在Taxonomy 主页输入物 种俗名检索“pig”
lineage
lineage
6、文献数据库
（ 1）
/PubMed/ 美国国家医学图书馆的数据库 医学、分子生物学、基础生物学 5400多种刊物，来源于80多个国家 文献年限：1947年至今 提供摘要，全文链接 免费全文收集在PubMed Central
其它
可通过 关键词或BLAST 系统检索（第四章介绍）
PDB Content Growth
Total Yearly
（1） PDB (Protein Data Bank)
(2013.4)
使用关键词或注册号检索PDB 数据库主页“Search”框 “Everything” 输入关 键词或注册号 检索结果列表 查看详细内容
Mouse：Mus musculus 动物界（Animal） 脊索动物门（Chordata） 脊椎动物亚门（Vertebrata） 哺乳纲（Mammalia） 啮齿目（Rodentia） 鼠科（Muridae） 小家鼠属（Mus） 小家鼠种（musculus）
每一分类等级下可加设亚级（Sub-），如亚门、亚纲、亚科等。 每一分类等级上可加设总级（Super-），如总纲、总目、总科等。
检索到的条目 每一条目详细内容
（11）DDBJ (DNA Data Bank of Japan) 与GenBank收集的序列数据相同 数据库主页http://www.ddbj.nig.ac.jp/index-e.html 提供基于关键词及序列的搜索服务 打开“ARSA”输入关键词 检索到的条目 每一条目详细内容与GenBank一致 发表文章要提供 Accession number （在三大核苷酸数据库中通用）
（2）其它类型的文献数据库
OMIM (Online Mendelian Inheritance in Man)
/omim
NCBI 的数据库，每天更新数据
人类基因、遗传疾病
在NCBI 主页选择OMIM后输入关键词（疾病、 基因名称等）进行检索 条目
可以查看与这一路径相连的其它信号路径 或参加这一路径的蛋白质信息
KEGG数据库 检索Cellular Processes（4） KEGG主页点击“KEGG PATHWAY” “PATHWAY”网页点击任何Cellular Processes 路径，如 Cell cycle 路径
可以查看与这一路径相连的其它信号路径 或参加这一路径的蛋白质信息
转录RNA
折叠形成 pri-miRNA
microRNA (miRNA)的形成
pre-miRNA
miRNA RISC携带 有活性的miRNA
Science 309:1522 (2005)
（13）miRNA数据库 miRBase / 收集了21264条 hairpin precursor miRNA 序列（第19版，2012.8） 来源于>100个物种 可以通过miRNA名称、关键词、染色 体位置等信息检索数据库 分析一条DNA序列中是否可能包含 miRNA（第四章介绍）
KEGG数据库 检索Environmental Information Processing（3）
KEGG主页点击“KEGG PATHWAY” “PATHWAY”网页点击任何Environmental Information Processing 路径，如 MAPK signaling pathway 路径
（12）启动子数据库 EPD (Eukaryotic Promoter Database) http://www.epd.isb-sib.ch/
由Weizmann Institute of Science in Rehovot (Israel) 开创 收集数据的转录起始位点（TSS）通过实验确定
利用miRNA编号或关键词检索（1） 在数据库主页点击“searching” 在“Search miRBase”网页的“By miRNA identifier or keyword”栏目输入miRNA编号，点 击“提交查询内容” 检索结果目录 查看详细信息
利用染色体位置检索miRNA（2） 在数据库主页点击“searching” 在“Search miRBase”网页的“By genomic location”栏目选择物种和染色体，输入染色体上 的核苷酸位置范围（如1000至1000000)，点击 “Get sequences” 检索结果目录 查看详细信息
4、酶和代谢数据库
KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes) 各种代谢、遗传等路径图 可检索参于各种路径的基因
检索Metabolism（1）
KEGG主页http://www.genome.ad.jp/kegg/ 点击“KEGG PATHWAY” “PATHWAY”网页点击任一代谢路径（Metabolism）， 如糖酵解/糖原异生途径（Glycolysis/Gluconeogenesis)
由日本的 Protein Research Foundation 创办 已发表在杂志上的蛋白质序列 修饰位点、S－S键等
两月更新一次
（4）PDBSTR (Re-Organized Protein Data Bank)
http://www.genome.jp/dbget-bin/www_bfind?pdbstr
Agricola /
生物信息学
第二章 数 据 库(IV)
2、蛋白质数据库
（1）UniProt / 由PIR、EBI 和SIB于2002年创办，统一了PIR、 TrEMBL和Swiss-Prot三个蛋白质数据库
分为两个部分：来源于实验的有详细注释的序 列（SwissProt）和自动注释序列（TrEMBL）
检索miRNA群（cluster)（3） 在数据库主页点击“searching” 在“Search miRBase”网页的“For clusters”栏 目选择物种，输入希望查询的miRNA之间的距离 （核苷酸数目），点击“Get clusters” 检索结果目录 批量获取mature miRNA序列：在结果目录网页的 “Fetch”列选择miRNA，在该网页的底部选择 “Mature sequence”，点击“Fetch Sequences”
（2）NDB (Nucleic Acid Database)
包含6,561个核酸分子的结构（2013.5）
（3）PDIdb (Protein-DNA Interface Database)
/pdidb DNA-蛋白质复合体的 X 射 线衍射结构及分类