文献信息分析软件RefViz的使用与实践
国外页岩气研究热点——基于可视化文献分析软件RefViz的研究
ａ ｙ Ｍａｒ ） 主 题／ 索 窗 口 （ ｏ ｉｓｓ ａｃ ） 参 ｘ ／ ｔｉ 、 ｘ 检 Ｔ ｐｃ／ ｅｒｈ 、 考 文 献 浏 览 窗 口 （ ｅｅｅ ｃ ｅ ｅ ） 顾 问 窗 口 Ｒ ｆｒｎ ｅ Ｖｉｗ ｒ 和 （ ｖｓ ｒ 。它 根据统 计模 型 ， 标 准 的数学 聚类 算 Ａｄ ｉ ） ｏ 用 法 对 文献进 行分析 ， 以可视化 的形 式显 现 出来 ， 并 供
在 主题 ／ 检索 窗 口可 以 看 到 ， 同义 词 未 加 区分 ， 主要主 题词过 多 ， 并包 含 无 实 质 意 义 的 词 或 范 围过 宽 的词 ， 因此需 要重 新设 置主题 词 进行 分析 图 １ 。
一
的热 点 比较多 ， 主要 热点有 页岩气 成藏 、 其 页岩气 资
源量 评价 和页 岩 的沉积 研究 等方 面。
出页 岩气总 含油气 系统 观 点 ， 对 巴尼 特 页 岩气 资 并
源量 进行 了评 价 。本文 根据 检索 到的地 球科 库近 ８ Ｏ篇 与页 岩气 最 相关 的 文献 ， 基于可 视化 文献 分析 软件 Ｒ ｆ ｉ 分 析及 文献 ｅｖ ｚ 阅读 ， 分析 了页岩 气研 究 的热点及 研究趋 势 ， 对热 并
ＭＥ Ｌ ＮＥ格 式保存 文 件 为 “ ｈ ｌ ｇ ｓ ， Ｄ Ｉ ｓ ａｅ ａ ” 并将 其 导
入 Ｒｆ ｚ ｅＶｉ 进行 分析 。
１２对 分析 结果进 行干预 ．
组文 献有 比较 高 的相 似 性 ， １组 （ 第 １篇 ） 献 与 其 文
它文 献与 其他 文献 相似 性最差 （ ３ 表 １ 。根据 以 图 ， ） 上结 果 ， 合 相 关 文 献 阅读 ［ 。， 为 页岩 气 研 究 结 １ 。认
３ ０
Elsevier使用指南1
Elsevier 使用指南
收录1995年以来Elsevier、Academic Press等著名出版社的1800种全文期刊440多 万篇在线文章。 所涉及的学科有农业和生物科学、化学和 化工、临床医学、生命科学、计算机科学、地 球科学、工程、能源和技术、环境科学、材料 科学、航空航天、天文学、物理、数学、经济、 商业、管理、社会科学、艺术和人文科学类等
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• 检索词组要使用双引号 – “coral reef” (珊瑚礁) – “cognitive dissonance” （认知失调） 使用星号!作截词符以广泛地检索 – Cardio！ 找 Cardiology（心脏病学）、 Cardiologist、Cardiovascular（心血管） 等 检索作者名字时，要用其姓氏
•
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检索词要用单数，例如： – city 找 city、cities、city’s、cities’
•
•
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选择与您的研究主題密切相关的检索词汇；包 括其它通用字，如： – kidney disease OR renal failure – mri OR magnetic resonance imaging 停用字 (Stop Word)，例如： – of、the、in、she、he、to be、as、 because、if、when – 等自动忽略 在需要检索的词汇含有and、or、a等字眼而不 是停用字时，用双引号“”，例如： – “profit and loss” 找profit and loss （盈亏帐目）
RefViz软件使用说明
前几天在园子里看到关于RefViz的介绍后很感兴趣，随即下载安装试用；用几天后，发现这是一个很有趣的软件，可以更好的帮助我们管理参考文献，并且发现文献之间的关联性；以下将我对一些主要功能的使用体会，与DXYers分享一下：一、建立RefViz数据库（Create View）RefViz可以实现与Endnote和RM的无缝连接，即我们可以将手头的Endnote数据库和RM数据库直接导入。
RefViz的PDF Help中介绍了通过下载多种数据库文件后建库的方法，不再赘述，这里介绍一下与参考文献管理软件之间嵌入的方法：在RM或Endnote的安装目录下，均有一个文件Configure DataViz.exe，运行此文件后，按照Wizard的提示，找到RefViz安装目录下的RefViz.exe文件，然后按照提示就可建立链接。
（Fig1）打开RM，可以看到工具栏中已经出现RefViz的链接工具（Fig2），点击该工具栏，RefViz 会开始自动建立相关数据库（注意此时新建的数据库自动保存在X:\RefViz\datasets文件夹中）；此外，可以通过导出RM或Endnote数据库为RIS格式的文本文档，然后在RefViz中导入（Fig3）Figure 3二、工作视窗简介A为文献关联信息区，显示文献按照主题词（最初建库时，这些主题词是由RefViz根据在文献数据库中某词的出现位置及频率自动生成的）的分类情况（在Galaxy视图中），以及主题词之间组和后的关联性（在Matrix视图中）；B为关键词显示区：b1为一级关键词区，显示与文章关联性最强Keywords（最初建库时，也是由RefViz自动生成的，这些关键词和Galaxy视图中的关键词完全相同，是文献分类的主要依据）b2为次级关键词区，与一级关键词协助进行文献分类；b3为描述性关键词，意义不是很大。
C为文献基本信息区（已经把Advisor视图关闭）Figure 4三、各视窗功能介绍：在Galaxy视窗下，将鼠标放于某一类文献下，可以出现如图（Fig5）所示基本信息：该图显示的是，第11类文献，总数为82条，Top Keywords 为plaque, PTCA ,atherectomy; Figure 5点击此类文献，则C区和B区的信息随之变化（Fig6）Figure 6此时，进入Matrix视窗，虽然关键词的排序以及关联性强弱没有发生变化，但是在第11类文献中出现的一级关键词均被着重显示为红色（Fig7）。
数据挖掘技术在文献研究法中的应用——以RefViz为例
参 考 文 献
［］ ９ 于斐， 玉崧 成， 吴拥 军， ． 等 卫生化 学实验教 学改革 与 实
践 ［ ］ 实验 室科 学 ，０ １ １ （ ）４ ４ ４ Ｊ． ２ １ ，４ ４ ：１ ２，５
［］ １ 庞春红 ， 郦晓 宁， 葵． 何 深化 实验教 学改革 ， 高 高校 教 提 学质量 ［ ］ 科技信息 ，０ １ （０ ：８ Ｊ． ２ １ ，２ ） １ ｆ ］ 雪 飞． 于开 放 实验 室 的教 学 模 式 研 究一 以教 育技 术 ２王 基 专业 为例 ［ ］ 长 沙铁道学 院学报 ，０ １ １ （ ）２ ８２９ Ｊ． ２ １ ，２ １ ：４ —４ ［］ ３ 林雅． 初探 提升 大学 生网络 自主 学习效果 的策略一 基 于
第２ ６卷 第 ４期 ２１ ０ ２年 ８月
中
国
医
学
教
育
技
术
Ｖｏ ＿ ６ Ｎｏ ４ ｌ２ ．
Ａｕ ． ２ １ ｇ ０２
ＣＨＩ ＮＡ ＭＥＤＩ ＣＡＬ ＥＤＵＣＡＴ ０Ｎ １ ＴＥＣＨＮＯＬ ＯＧＹ
数 据 挖掘 技 术 在 文 献 研 究 法 中 的应 用
一
以 Ｒ ｆ ｉ为 例 ｅＶｚ
李华新 ， 李望 秀
衡Байду номын сангаас ４ １０ ２０ １
南华大学计算机学 院，湖南
【 摘要】在科学研 究文献激增 的今天， ： 将数据挖掘技 术引入 文献研 究领域势在必行。Ｒ Ⅳｉ ｅ ｚ
是 一款 可视化 的数 据挖掘 工 具 ， 用其独 特 的算 法能够发 现 文献之 间的关联性 ， 利 并从 中挖 掘 出某一
研 究领域 的 热点 问题 和发展 趋 势 。
Elsevier全文电子期刊数据库使用技巧
328
物理学和天文学 ( Physics and A stronomy)
194
295
489
生 农业和生物科学 (Agricultural and B iological Science)
255
320
575
命
生物化学 , 遗传学和分子生物学 (B iochem istry, Genetics and Molecular
1 ScienceD irect概况 我国所使用的 E lsevier公司的电子期刊数据库 Sci2
enceD irec是一种远程载入模式 SDOL ( Sc ienceD irec t O n2 line) , 登录 http: ∥www1 sc ienced irect1com 可访问 SDOL 主页 , 国内用户不需付国际流量费 , 无并发用户数限 定 。截止 2009 年 10 月 , ScienceD irec全文电子期 刊数 据库收录科技论文 980多万篇 , 出版期刊 2500多种 , 11000多种电子图书 , 涉及 24个学科 , 文献最早追溯 至 1823 年 , 期刊和图书学科分布情况见表 1。该数据 库所收录的期刊品质较高 , 有 1400 多种期刊被 SC I收 录 。 Sc ienceD irec t获得了 134 个 国 家 1100 万 科 研 人 员 的认可 , 每月全文下载量达数百万篇 , 是全球最大的 网上电子期 刊 全 文 检 索 系 统 。从 2000 年 起 , Science2 D irect由 中 国 CAL IS工 程 中 心 组 织 集 团 购 买 。目 前 , 已有 200 多所高校 、中科院 、国家图书馆等机构成为 ScienceD irec t的用户 。[ 1 ] 2 ScienceD irect基本检索方法
文献信息分析软件RefViz的使用与实践共42页
46、法律有权打破平静。——马·格林 47、在一千磅法律里，没有一盎司仁 爱。— —英国
48、法律一多，公正就少。——托·富 勒 49、犯罪总是以惩罚相补偿；只有处 罚才能 使犯罪 得到偿 还。— —达雷 尔
50、弱者比强者更能得到法律的保到底 ，决不 回头。 ——左
56、书不仅是生活，而且是现在、过 去和未 来文化 生活的 源泉。 ——库 法耶夫 57、生命不可能有两次，但许多人连一 次也不 善于度 过。— —吕凯 特 58、问渠哪得清如许，为有源头活水来 。—— 朱熹 59、我的努力求学没有得到别的好处， 只不过 是愈来 愈发觉 自己的 无知。 ——笛 卡儿
信息可视化分析工具的比较分析——以CiteSpace、HistCite和RefViz为例
信息可视化分析工具的比较分析——以CiteSpace、HistCite和RefViz为例信息可视化分析工具的比较分析——以CiteSpace、HistCite和RefViz为例在当今科研领域，信息可视化分析工具的应用越来越受到研究者们的关注。
这些工具可以帮助研究者更直观地了解学术文献和研究网络结构，发现潜在规律和趋势，并为决策提供支持。
本文将比较分析三种常用的信息可视化分析工具：CiteSpace、HistCite和RefViz。
CiteSpace是一种基于时间轴和知识地图的可视化分析工具。
它可以将文献的引用关系、作者网络、主题演化等信息清晰地展现出来。
CiteSpace的特点之一是时间轴，它可以展示出文献的发展趋势和研究热点的变化。
此外，CiteSpace还可以将不同主题的文献节点用不同的颜色和形状表示，便于研究者区分不同的研究方向。
CiteSpace还提供了一些有用的分析工具，如聚类分析、社区发现等，帮助研究者更深入地理解研究领域的知识结构。
HistCite是一种以文献引用为基础的可视化分析工具。
它可以将文献的引用关系以引用图的形式呈现出来，帮助研究者直观地了解文献之间的关联。
HistCite的特点之一是引用图的可点击性，研究者可以通过点击节点和边缘查看具体的引用关系和文献信息。
此外，HistCite还可以根据文献引用的强度和时间等信息给文献节点和边缘上色，便于研究者从视觉上找出重要的研究成果和热门研究方向。
RefViz是一种基于双向链接的可视化分析工具。
它可以将文献和作者之间的引用和被引用关系展示出来，帮助研究者更全面地了解学术界的学术传承和学术合作。
RefViz的特点之一是三维可视化，它可以将文献节点和作者节点以空间的形式呈现出来，研究者可以通过旋转和平移来探索不同的视角。
此外，RefViz还可以根据文献和作者的关系密切程度给节点和边缘上色，便于研究者找出学术界的核心人物和重要研究成果。
RefWorks使用指南
然后再点需要引用的书目。 如果引用的书目是中文书目， 则有可以会出现乱码，没关系，
系统会自动处理
点「Cite」在文章 中插入第50号引用书目
点「Cite」在文章 中插入第508号引用书目
论文参考文献生成－ 使用Write-N-Cite －在线状态下生成
RefWorks使用指南
文后参考文献生成
论文参考文献生成－ 使用Write-N-Cite －在线状态下
生成
先点这里下载 「Write-N-Cite」
论文参考文献生成－ 使用Write-N-Cite －在线状态下
生成
点击这里下载并安装Write-N-Cite程序，安 装完成后重新开机，之后打开Word，你将会
看到Write-N-Cite出现在工具列
论文参考文献生成－ 使用Write-N-Cite －在线状态下生成
请勾选「Always on top」
打开Word后，Write-N-Cite的按 钮会出现在Word的工具栏，按这
里打开Write-N-Cite
输入帐号/密码（与你在 RefWorks中的相同）
这是格式化后文章的文件名， 新名字将在原来名字
的前面加上final-以示区别 如果需要对文章 进行修改，则重 复步骤5-9即可
文章中的参考 文献标识
文章末尾的参 考文献列表
1refworks使用指南文后参考文献生成2论文参考文献生成使用writencite在线状态下生成先点这里下载writencite3论文参考文献生成使用writencite在线状态下生成点击这里下载并安装writencite程序安装完成后重新开机之后打开word你将会看到writencite出现在工具列4论文参考文献生成使用writencite在线状态下生成点击login打开word后writencite的按钮会出现在word的工具栏按这里打开writencite请勾选alwaysontop输入帐号密码与你在refworks中的相同5论文参考文献生成使用writencite在线状态下生成点view选择参考文献的书目来源可以是全部书目也可以是某一个文件夹中的书目6论文参考文献生成使用writencite在线状态下生成选定的文件夹名称会出现在这里7论文参考文献生成使用writencite在线状态下生成在撰写文章过程中用鼠标点需要插入参考文献注释的地方然后再点需要引用的书目
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2.1 RefViz工作原理
与平时阅读文献的过程类似，readingfinding-dividing
并不是单纯通过词频来统计，而是通过一种 数学模式找出哪些词是最重要的，哪些是次 重要的，哪些是无关紧要的，然后利用这两 种词对每篇文章进行标识，再通过标准的聚 类方法将这批文献分成若干组(Group)
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Galaxy图示
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Pop-up浮动窗口
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3 软件下载与安装
EndNote X4超级试用版 RefViz 2.1超级试用版
安装运行比较简单，从网站 ()下载试用版，或 购买正式版，点击RVINSTALL.EXE即可进行 安装。
第一次运行会提醒你输入序列号
1.3 RefViz的适用人群
第一次接触陌生课题 研究生撰写开题报告 老板突发奇想，让我们做一些“开创性的工作” 平时有文献管理需求的师生 想要读博或继续深造的师生 不想淹没在科研大军中，一辈子 “默默无闻”，如何出
奇制胜，增加文章的被引次数，投稿到影响因子较高的期 刊 ……
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4 RefViz主界面介绍
第一次运行软件，程序会自动打开 sampleview的文件
主界面分为四部分：
➢ 1—显示分析结果的窗口，有两种视图显示方式， Galaxy视图和Matrix视图
➢ 2—topic区域，从左往右是major topic、 minor topic、descriptive terms
精品课件Байду номын сангаас
方法一：在EndNote(版本7以前)文件下，找到 Configure DataViz.exe，然后按照提示建立链接
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方法二：EndNote X4->Tools->Data Visualization
➢ 3—当前选择的所有文献列表 ➢ 4—软件的提示区域，帮助信息
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5.1 三种来源文献的分析
执行联网检索 File-new view->create new view->searching
datebase(s) using reference retriever 直接分析文献管理软件中的数据库(推荐)
RefViz 的PDF Help 中介绍了通过下载多种 数据库文件后建库的方法，不再赘述。
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从EN或RM无缝导入数据
这里介绍一下与参考文献管理软件之间嵌入的方法。 在 RM 或Endnote 的安装目录下，均有一个文件
Configure DataViz.exe，运行此文件后，按照 Wizard 的提示，找到 RefViz 安装目录下的 RefViz.exe 文件，然后按照提示就可建立链接。 打开RM，可以看到工具栏中已经出现RefViz 的链 接工具，点击该工具栏，RefViz会开始自动建立相 关数据库（注意此时新建的数据库自动保存在 X:\RefViz\datasets文件夹中）。 此外，可以通过导出RM 或Endnote 数据库为RIS 格式的文本文档，然后在RefViz 中导入。
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1.1 RefViz简介
RefViz 是由 Thomson 公司和 ominiviz 公司合作 开发用于文献信息分析的软件。
网络可以帮助我们获取大量的信息，当信息多到一 定的程度的时候，我们不可能逐一阅读；另外，即 使文献的数量不是太多，可以阅读，也会耗费大量 的时间，同时也会大幅降低我们获取信息的效率。
怎样从这些信息中快速找到相关的信息，怎样快速 把握这些信息的主要内容，是当今每位科研工作者 都面临的问题。
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1.2 RefViz的作用
RefViz 可以帮助我们分析、组织和管理大量的文 献。通过采取与我们阅读文献类似的方式：通读所 有文献、找出关键信息，然后进行归类，并以可视 化的图形方式将归类的结果展示出来。
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2.2 RefViz的软件架构
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2.3 RefViz能告诉我们什么？
通过图示的方式将这些组的文献根据相互间 的关系呈现出来，每个文件夹图标表示一组 文献，每组文献之间根据相互的类似程度进 行排列
图标的大小代表文章数的多少，分布的位置 靠得越近，内容越相似；文件夹越密集，说 明这些方面的文献越多，是这批文献中研究 的热点方向
OmniViz
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EndNote X4
NoteExpress 2.6 Quosa
导入：数字化时代科研人员的“困扰”
传统的文献存储方式：遗忘丢失，重复下载 低效的文献阅读方式：耗力费时，无法整合 落后的论文写作方式：手工编排，枯燥易错
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“困扰”的根源和解决方案
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内容提要
RefViz简介、作用、适用人群 RefViz工作原理 软件下载与安装 主界面介绍 从EndNote、Reference Manager无缝导入数据 关键词分析 其他功能（同义词定义工具） 上机实习 小结
可以帮助我们发现研究热点，找出文献间的相互关 系，快速了解某一领域的整体情况等。
可以帮助我们确定研究方向，开拓研究思路，寻找 新的解决方案和突破口等。
不管你是初涉科研的学生，还是一位资深的研究人 员，我们都建议你去学习和掌握这款软件。它可以 帮助你快速处理海量信息，让你在竞争中领先一步。
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EndNote 7以上的版本、Reference Manager 11 以上的版本 利用文件进行分析
File-new view->create new view-> Using reference file(s)选择预存的文件
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从EN或RM无缝导入数据
RefViz 可以实现与Endnote 和RM 的无缝连 接，即我们可以将手头的 Endnote 数据库 和RM 数据库直接导入。
“金钥匙讲坛”文献管理软件系列之四
文献信息分析软件RefViz的 使用与实践
云南大学图书馆 陈强 2011年11月16日
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前言：科研工作者的四项信息修炼
Mendeley Zotero
共享协作平台 …………
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