第十八章_Genomic Analysis Ⅲ
constituent_analysis语言学名词解释_概述及解释说明
constituent analysis语言学名词解释概述及解释说明1. 引言1.1 概述在语言学中，constituent analysis（成分分析）是一种重要的方法论，旨在通过对句子的结构和组成部分进行分析和解释来理解语言的基本结构和规则。
通过将句子划分为若干独立且有意义的成分，我们可以深入探究语言的组织方式，揭示出句子成立的语法层次结构。
1.2 文章结构本文将从以下几个方面对constituent analysis进行解释和阐述。
首先，在“2. constituent analysis语言学名词解释”部分，我们将给出constituent analysis 的定义，并介绍其重要性及其原理与方法。
接着，在“3. 概述及解释说明”部分，我们将详细讨论constituent analysis的分析目标、对象、步骤和流程，并评估其优点和局限性。
随后，在“4. 实际应用案例分析”部分，我们将提供一些具体应用实例，包括学术研究领域和自然语言处理领域。
最后，在“5 结论”部分，我们会对主要观点和发现进行总结，并展望constituent analysis未来的发展方向。
1.3 目的本文旨在全面介绍和解释constituent analysis这一语言学名词，为读者提供对该方法论的深入理解。
通过阅读本文，读者将能够了解到constituent analysis 在语言学中的重要性，并对其原理、方法及实际应用有所掌握。
同时，我们希望通过本文的撰写，促进对constituent analysis的研究与讨论，为语言学领域的发展做出贡献。
2. constiuent analysis语言学名词解释2.1 定义constituent analysis（成分分析）是一种语言学方法，用于研究句子结构和组成成分之间的关系。
该方法通过对句子进行分解，将其划分为各个成分，并进一步揭示句子中各个成分之间的层级结构和依存关系。
enrichment analysis
enrichment analysis
Enrichment Analysis是一种对生物学和医学数据进行分析的技术，用于检测数据中的差异和突出的特征。
它的主要优势在于，在大数据集中分析单个数据表，比聚类文章更容易理解并在可视化中更加清晰可见。
通过找到以这种数据结构和组织为特征的特定类别，该技术可以将差异数据组合在一起，以便研究者更好地研究自己感兴趣的潜在细胞级功能和过程。
Enrichment Analysis通常都包括四个基本步骤：1）选择一个基于分析的数据集；2）选择一个或多个已经确定的��瑣统，如KEGG或Gene Ontology；3）应用基于聚类或其他方法的统计处理，或者选择一个工具，以根据你的数据集的系统进行分析；4）在数据中发现新的结构特征，并将得到的结果可视化。
在研究者对单个数据表进行分析时，Enrichment Analysis可以非常有效，因为它可以发现和识别数据集中突出的特征，有助于重点关注不同细胞类别和过程，从而改善发现结果和研究重点。
Enrichment Analysis也有其局限性。
例如，研究者必须选择正确的标准和数据预处理，以确保结果的可靠性。
此外，如果没有足够的样本数据量，可能会受到统计偏差的影响，而使研究结果变得不可信。
最后，Enrichment Analysis仅适用于具有特定结构的数据，如基因表达数据。
Enrichment Analysis是一种用于数据分析的常用技术，它可以有效地帮助研究者发现和识别重要的数据特征，以改善发现，识别和分析细胞级的过程和功能。
尽管有一些局限性，但Enrichment Analysis仍然是一种值得研究者考虑的分析工具，可以帮助研究者更好地理解和发现新的潜在结构特征。
SPSS主成分分析与因子分析
参考文献
6、甘肃省区域综合经济实力变动分析 作者：魏奋子《开发研究》2003年第3期P43~45 7、江苏省区域经济实力的综合评价与实证分析 作者：门可佩《江苏统计》2001年第12期P15~17 8、数理统计方法在河南经济发展水平和分区研究中
的应用 作者：刘钦普《数理统计与管理》 2002年第3期
X1
cos2 sin2 1
(
sin
)
2
cos2
1
cos ( sin ) sin cos 0
Y1 Y2
cos sin
s in cos
X1 X2
U
X
§8.1.2主成分分析的基本概念
主成分分析(Principle Component Analysis) 也称主分量分析,是一种将多个指标化为少数几个综合指 标的统计分析方法。
2.Y1是X1、X2、…、X p的一切线性组合中方差最大的； Y2是与Y1不相关的X1、X2、…、X p的一切线性组合 中方差最大的；（ Y2的方差小于Y1的方差）； Y p是与Y1、Y2、…、Yp-1都不相关的X1、X2、…、X p的一切线性组合中方差最大的（ Y p的方差小于 Y1 、Y2 、 … 、 Yp-1的方差)。 这样确定的综合指标就称为原变量的第一主成分, 第二主成分,第p主成分。
二、几个重要的概念
1．因子载荷
在因子分析模型中，a i j称为因子载荷，它反应了第i个原始 变量Xi在第j个公因子F j上的相对重要性。可以证明原始 变量Xi与公因子F j之间的相关系数等于a i j ，即
rYk ,Xi aij k eki
k, i 1,2,, p
a i j的绝对值越大，表示原始变量Xi与公因子F j之间 关系越密切。
Principal Component Analysis[I.T. Jolliffe]
![Principal Component Analysis[I.T. Jolliffe]](https://img.taocdn.com/s3/m/83b9d4781711cc7931b716b5.png)
Principal Components in Regression Analysis 167 8.1 Principal Component Regression 168 8.2 Selecting Components in Principal Component Regression 173 8.3 Connections Between PC Regression and Other Methods 177 8.4 Variations on Principal Component Regression 179 8.5 Variable Selection in Regression Using Principal Components 185 8.6 Functional and Structural Relationships 188 8.7 Examples of Principal Components in Regression . . . . 190 8.7.1 Pitprop Data 190 8.7.2 Household Formation Data 195 Principal Components Used with Other Multivariate Techniques 199 9.1 Discriminant Analysis 200 9.2 Cluster Analysis 210 9.2.1 Examples 214 9.2.2 Projection Pursuit 219 9.2.3 Mixture Models 221 9.3 Canonical Correlation Analysis and Related Techniques . 222 9.3.1 Canonical Correlation Analysis 222 9.3.2 Example of CCA 224 9.3.3 Maximum Covariance Analysis (SVD Analysis), Redundancy Analysis and Principal Predictors . . 225 9.3.4 Other Techniques for Relating Two Sets of Variables 228
Text Analysis 3B
Unit 3 Text B Genetically Modified FoodThe Battle for Biotech FoodsParagraph 1Genetic engineering of crops and animals through the manipulation of DNA is producing a revolution in food production. It is also starting a battle between those who believe in its promise and critics who doubt and fear it. The potential to improve the quality and nutritional value of the vegetables and animals we eat seems unlimited. Such potential benefits notwithstanding, critics fear that genetically engineered products, so-called biotech foods, are being rushed to market before their effects are fully understood.Language Points•Biotech Foods生物技术食品•genetic engineering基因工程•Translation ：尽管有这些潜在的益处，反对的人担心这些基因工程食品，就是所谓的生物技术食品，在没有被深入了解它们的作用之前就着急上市了。
（promise在这里的意思：前途，前景）Paragraph 2Q: What exactly are biotech foods?Biotech foods are produced from animals and plants that have been genetically altered. Genetic alteration is nothing new. Humans have been altering the genetic traits of plants for thousands of years by keeping seeds from the best crops and planting them in following years, and by breeding varieties to make them taste sweeter, grow bigger, or last longer. In this way, we’ve transformed the wild tomato from a fruit the size of a small stone to the giant ones we have today. From a plant called teosinte with an “ear” barely an inch long have come our foot-long ears of sweet white and yellow corn.•genetic alteration基因改变•teosinte大刍草•barely仅仅；几乎没有•Translation ：关于如何改变植物的基因特性，人类已经研究了数千年，保留品质最好农作物的种子，在未来的几年种植里，通过培育多样性使之味道更甜，长得更大或是种植时间更长。
分子生物学第九章--分子生物学研究方法电子教案精选全文
可编辑修改精选全文完整版•第九章分子生物学研究方法1．课程教学内容(1)核酸技术1—基本操作(2)核酸技术2—克隆技术(3)核酸技术3—测序(4)基因表达和表达分析基因定点诱变(5)蛋白质与核酸的相互作用(6)其他（热点）技术2．课程重点、难点基因克隆技术、杂交技术、测序技术、蛋白质与核酸的相互作用检测技术3．课程教学要求掌握基因克隆技术、杂交技术、测序技术、蛋白质与核酸的相互作用检测等各种技术的原理。
本章内容•核酸的凝胶电泳•DNA分子的酶切割•核酸的分子杂交•基因扩增•基因的克隆和表达•细菌的转化•DNA核苷酸序列分析•蛋白质的分离与纯化•研究DNA与蛋白质相互作用的方法一、核酸的凝胶电泳基本原理：当一种分子被放置在电场当中时，它们会以一定的速度移向适当的电极。
电泳的迁移率：电泳分子在电场作用下的迁移速度，它同电场的强度和电泳分子本身所携带的净电荷成正比。
由于在电泳中使用了一种无反应活性的稳定的支持介质，如琼脂糖和丙烯酰胺，从而降低了对流运动，故电泳的迁移率又同分子的摩擦系数成反比。
在生理条件下，核酸分子的糖-磷酸骨架中的磷酸基团，是呈离子化状态的。
从这个意义上讲，DNA和RNA的多核苷酸链可叫做多聚阴离子，因此，当核酸分子放置在电场中时，它就会向正极移动。
在一定的电场强度下，DNA分子的这种迁移率，取决于核酸分子本身大小和构型。
分子量较小的DNA 分子，比分子量较大的分子，具有较紧密的构型，所以其电泳迁移率也就比同等分子量的松散型的开环DNA分子或线性DNA分子要快些。
Gel matrix (胶支持物) is an inserted, jello-like porous material that supports and allows macromolecules to move through.Agarose (琼脂糖):(1) a much less resolving power than polyacrylamide,(2)but can separate DNA molecules of up to tens of kbDNA can be visualized by staining the gel with fluorescent dyes, such as ethidium bromide (EB 溴化乙锭)Polyacrylamide (聚丙稀酰胺):(1)has high resolving capability, and can resolve DNA that differfrom each other as little as a single base pair/nucleotide.(2)but can only separate DNA over a narrow size range (1 to a fewhundred bp).Pulsed-field gel electrophoresis (脉冲电泳)(1)The electric field is applied in pulses that are orientedorthogonally (直角地) to each other.(2)Separate DNA molecules according to their molecule weight, as wellas to their shape and topological properties.(3)Can effectively separate DNA molecules over 30-50 kb and up toseveral Mb in length.二、DNA分子的酶切割Restriction endonucleases (限制性内切酶) cleave DNA molecules at particular sitesRestriction endonucleases (RE) are the nucleases that cleave DNA at particular sites by the recognition of specific sequences.RE used in molecular biology typically recognize (识别) short (4-8bp) target sequences that are usually palindromic (回文结构), and cut (切割) at a defined sequence within those sequences. e.g. EcoRIThe random occurrence of the hexameric (六核苷酸的) sequence: 1/4096 (4-6=1/46)(1) Restriction enzymes differ in the recognition specificity: target sites are different.(2) Restriction enzymes differ in the length they recognized, and thus the frequencies differ.(3) Restriction enzymes differ in the nature of the DNA ends they generate: blunt/flush ends (平末端), sticky/staggered ends (粘性末端).(4) Restriction enzymes differ in the cleavage activity.三、核酸的分子杂交原理：带有互补的特定核苷酸序列的单链DNA或RNA，当它们混合在一起时，其相应的同源区段将会退火形成双链的结构。
生物大数据_福建农林大学中国大学mooc课后章节答案期末考试题库2023年
生物大数据_福建农林大学中国大学mooc课后章节答案期末考试题库2023年1.翻译contig参考答案:跨叠克隆群##%_YZPRLFH_%##重叠克隆群##%_YZPRLFH_%##克隆重叠群##%_YZPRLFH_%##重叠群##%_YZPRLFH_%##克隆叠连群2.导致氨基酸改变的核苷酸变异称为__________突变，它又可分为错义突变或无义突变参考答案:非同义3.生物信息学主要是利用哪种工具实现对生命科学研究中生物信息的存储、检索和分析的？（）参考答案:计算机4.Proteomics的含义是（）参考答案:蛋白质组学5.被誉为“生物信息学之父”的科学家是（）参考答案:林华安6.利用PubMed文献数据查找论文“Transgenic plants of Petunia hybridaharboring the CYP2E1 gene efficiently remove benzene and toluenepollutants and improve resistance to formaldehyde”的第一作者是参考答案:Zhang D7.Bioinformatics的含义是（）参考答案:生物信息学8.核酸序列一个位点的InDel会引起编码蛋白质的________突变参考答案:移码9.全基因组中拷贝数变异CNV有5种形式,列举一种_________参考答案:缺失##%_YZPRLFH_%##串联复制##%_YZPRLFH_%##不连续的复制##%_YZPRLFH_%##高层次的复制##%_YZPRLFH_%##复杂的拷贝数变异##%_YZPRLFH_%##高层次的复制变异##%_YZPRLFH_%##不连续的复制变异##%_YZPRLFH_%##串联复制变异##%_YZPRLFH_%##缺失变异10.Q值低于___时，相应的读段应该过滤掉参考答案:3011.数据库提供了最全面和可靠的注释信息，被称为蛋白质序列数据的“黄金标准”。
发育生物学总练习题
练习题参考答案第一章、绪论1.名词解释：发育development——指生命现象的发展,生物有机体的自我构建和自我组织;发育生物学developmental biology——是应用现代生物学的技术研究生物发育机制的科学;形态发生morphogenesis——不同表型的细胞构成组织、器官,建立结构的过程;2.发育生物学有哪些主要研究内容答：主要研究多细胞生物体从生殖细胞的发生、受精、胚胎发育、生长到衰老死亡,即生物个体发育中生命现象发展的机制;同时还研究生物种群系统发生的机制;3.分子生物学的兴起,对发育生物学的发展有何影响答：Watson和Crick1953提出DNA分子的双螺旋模型以后,分子生物学迅速发展,发育生物学的发展也从此揭开新的序幕;人们认识到发育主要受遗传物质DNA的控制,为回答编码在DNA上的遗传信息及其所表达的蛋白质如何控制生物体的发育等问题,人们开始采用分子生物学技术和各种其他新兴的生物学技术,进行生物发育机制的研究；取了得一系列重大成果,不仅使传统理论进一步深化,而且形成了不少新的观点和理论;由于发育生物的迅速发展,现已成为生命科学的前沿和热点领域之一;4.简述发育生物学的发展简史.答：发育生物学是由分子生物学、细胞生物学、遗传学及生物化学等学科和胚胎学的相互渗透发展和形成的一门新兴的生命科学;胚胎学的发展很久远,二千多年前,Aristotle提出胚胎是由简单到复杂逐步发育形成的后成论观点；但到了17世纪后期,由于宗教统治的禁锢,先成论占统治地位,既认为胚胎是成体的雏形预先存在精子或卵子中；1759年德国科学家Wolf 根据对鸡胚发育的仔细观察,再次提出后成论观点,到19世纪才普遍为人们所接受;1839年,Schleiden和Schwann提出细胞理论,对胚胎发育的概念是划时代影响;认识到细胞核在发育中的重要性,1880年代,Weismann提出“种质学说”在当时影响很大,强调早期卵裂是不对称分裂；但Driesch1891证明海胆二细胞期的细胞发育没有区别;1924年,Spemann 进行了著名的胚胎移植实验,人们才真正认识到,细胞之间的相互作用是胚胎发育最重要的核心问题;1900年,Mendel遗传规律的重新发现,胚胎学与遗传学结合,认识到发育受基因型的控制,但环境也影响发育;Watson和Crick1953提出DNA分子的双螺旋模型以后,开启了现代意义上发育生物学;重点是阐明发育的分子控制机制,在一些模式动物如果蝇、线虫等已取得一系列重大的突破;第二章配子发生1、说明线虫和果蝇的生殖细胞的决定;答：线虫未受精卵的细胞质均匀分布一种P颗粒,受精后集中到后部;受精卵经过4次分裂,P 颗粒集中到一个P4细胞;P4是所有生殖细胞的祖细胞;果蝇的生殖质是位于受精卵后端极质颗粒;受精卵核经过9次分裂,后部形成5个包含极质颗粒的极细胞,极细胞分化为原生殖细胞;2、精子形成过程中经历了哪些变化答：精子细胞形成后,经过一系列分化,变态为特殊形状的精子;1、细胞核中的染色质高度浓缩,使核体积大大减少；其中核蛋白由组蛋白变为精蛋白;2、细胞质大多被抛弃；其中中心粒演变为轴丝,产生精子鞭毛；高尔基体形成顶体；线粒体形成线粒体鞘;3、形状变成流线型,便于运动;3、卵子发生过程与精子发生过程有哪些异同答：相同点：1、都要经过减速分裂,使配子的染色体减半；2都要经过增殖期、分裂期和成熟期;不同点对比如下：1、精子发生过程中的生长期不很明显,而卵子发生过程中的生长期则特别长;因此精子发生的结果是产生体积微小的精子,而卵子发生的结果是产生体型很大的卵子;2、精子发生速度比卵子快,而且精原细胞则可以在成熟期内不断增殖;所以成熟精子的数目大大超过成熟卵子的数目;3、每个初级精母细胞最后变成4个大小相等的精子；而每个初级卵母细胞只能产生1个大的成熟卵和3个体积很小不能受精的极体;4、精子发生过程要经过变态期,才能从精细胞转变为精子；而卵子发生没有这一时期;5、精子发生过程中的两次成熟分裂全部在精巢内进行,卵子发生过程中的两次成熟分裂可在卵巢内也可在卵巢外进行;4、什么是母体效应基因举列说明;答：在卵子发生过程中表达并在早期胚胎发育中起作用的基因,称为母体效应基因;如Bicoid 基因是果蝇一个重要的母体效应基因,Bicoid基因在滋养细胞中转录,其mRNA定位并储存在卵子的前端；受精后翻译出的蛋白质沿前—后轴扩散,形成浓度梯度,为胚胎的早期分化提供位置信息;第三章受精的机制1、名词解释促成熟因子MPF——促使卵母细胞恢复减速分裂的因子,由调节亚基CyclinB和催化亚基cdc2组成;精子获能capacitation——从雄体直接采集的哺乳动物的精子不能受精,只有在雌性生殖道的适宜环境中发生许多生理、生化方面的变化后,才能获得受精的能力,这个过程称为精子获能;顶体反应acrosomal reaction——当精子遇到卵子时,顶体膜和其外的质膜发生多处融合,释放蛋白水解酶,消化透明带或卵膜,为精子进入卵子打开通道,这些就是顶体反应;皮层反应cortex reaction——当精卵质膜融合后,皮层颗粒与其外的质膜融合,导致其内含物释放到质膜和卵黄膜或透明带之间的卵周隙内,这种现象就是皮层反应;2、海胆的精子和鱼类的卵处于同一环境中,二者是否可以受精为什么答：不可以受精;因为海胆精子顶体的突起上具有结合素bindin,而卵黄膜上存在着种类特异性的结合素受体；结合素能特异地结合到同种动物的卵黄膜上;这样精子结合素和其受体之间相互作用的专一性就阻止了种与种之间的杂交受精;3、卵子为什么要阻止多精受精举例说明其怎样阻止多精受精的答：因为多精受精造成细胞分裂时的染色体紊乱,最后导致死亡或不正常发育,所以卵子要阻止多个精子进入卵子;阻止多精受精的机制有二方面,1、初级、快速阻断：通过膜电位的改变,使卵子上精子结合的受体失活;如海胆的第一个精子与卵质膜结合后的1－3秒内,因钠离子的流入而导致膜电位的迅速升高,从而阻止其它精子与卵膜的结合;2、次级、永久阻断：通过皮层反应,使受精膜迅速膨胀;如海胆卵受精后20－60秒内,质膜下的皮质颗粒与质膜融合,释放其内含物形成受精膜,阻止其它精子的进入;第四章卵裂1、名词解释经线裂meridional cleavage——指卵裂面与A－V轴平行的卵裂方式;表面卵裂superficial cleavage——昆虫受精卵的大量卵黄位于卵的中央,卵裂被限制在卵的外围卵质中,为表面卵裂;紧密化compaction——哺乳动物在第三次卵裂后,形成的卵裂球突然挤在一起,卵裂球之间的接触面增大,形成一个紧密的细胞球体而把球的内部封闭起来;胚胎干细胞ESC——胚胎干细胞是一种高度未分化细胞;它具有发育的全能性,能分化出成体动物的所有组织和器官;当受精卵分裂发育成囊胚时,内层细胞团Inner Cell Mass的细胞即为胚胎干细胞;2、早期卵裂与一般的细胞分裂有什么重要不同分子机制如何答：早期卵裂一般只有S期和M期,无生长期；因此分裂周期短,速度快,卵裂时胚胎的体积不增大;受精后早胚细胞分裂的都是由贮存在卵内的母型mRNAs和蛋白质控制的;卵裂周期受成熟促进因子MPF的控制；早期的卵裂所需要的有活性的MPF已存在在卵质中或由母型mRNA翻译,不需要启动合子基因,因此速度很快;3、卵裂有那些主要类型说明与卵黄的关系并举例代表动物;答：卵裂主要可分为完全卵裂和不完全卵裂;卵黄对卵裂有一定的阻抑作用,因此卵黄的含量和分布影响卵裂方式,含卵黄少的受精卵均黄卵和中黄卵的卵裂为完全卵裂,如哺乳动物和两栖类；卵黄含量高的的受精卵采用偏裂即不完全卵裂,如鱼类和鸟类的盘状裂、昆虫的表面卵裂;4、分析节肢动物与哺乳动物早期卵裂过程表现出对未来发育的设定;答：果蝇受精卵核经过9次分裂后,出现生殖细胞的决定,后部形成5个极细胞,极细胞分化为原生殖细胞;哺乳动物8细胞期的细胞是等能的;紧密化后产生16个细胞的桑胚椹,桑椹胚内部有1-2个细胞与外界隔离,属于内细胞团,将来形成胚胎组织；外部细胞分裂产生滋养层细胞,不参与形成胚胎组织,而参与形成绒毛膜组织;第五章原肠作用：胚胎细胞的重新组合1、名词解释原肠作用gastrulation——原肠作用是通过剧烈地有序的细胞运动,使囊胚细胞重新组合,形成三个胚层的胚胎结构的过程;中囊胚转换midblastula transition——在囊胚中期由母型调控向合子型调控的过渡称为中囊胚转换;“Nieuwkoop”中心——在两栖类囊胚中,最背部的植物极细胞能够诱导产生Spemann组织者,称为“Nieuwkoop中心”;绒毛膜chorin——合胞体滋养层和富含血管的中胚层共同构成的器官称为绒毛膜;2、简述原肠作用的细胞运动方式;答：原肠作用的细胞运动方式可概括为6种：1、外包：表层细胞运动,细胞铺展、变薄、面积扩大,包住胚胎内层的细胞；2、内陷：某个区域的细胞同时向内凹入形成凹陷；3、内卷：外面铺展的细胞连续从边缘向胚胎内部卷入,并沿细胞内表面扩展形；4、内移：细胞从胚胎表层单个的向胚胎内部迁移；5、分层：单层细胞被割裂成两层或多层平行的细胞层；6、会聚伸展：指细胞间相互插入,使所在组织变窄、变薄,并推动组织向一定方向移动;3、在两栖类原肠作用过程中,三个胚层是怎样形成的答：在原肠作用过程中,动物极帽和非内卷边缘带细胞通过外包扩展,覆盖整个胚胎,形成外胚层;中胚层细胞开始内卷时,表层内卷边缘带细胞与其内侧的脊索中胚层一起移动,形成了原肠腔顶部的内胚层壁；胚孔下面的植物极细胞被外包的非内卷边缘带细胞覆盖,形成原肠腔底部的内胚层;深层内卷边缘带是一个细胞环;在原肠作用过程中,该细胞环沿胚孔唇内卷;预定脊索从背唇内卷,体节中胚层从侧唇卷入,未来的侧板中胚层从腹唇卷入;4、比较两栖类和鸟类的原肠作用过程,说明背唇与原条在发育地位的同一性;答：鸟类原条与两栖类背唇在发育地位的同一性可用以下几点说明;1、两栖类动物背唇和胚孔的出现是原肠作用开始的标志,鸟类的原肠的形成是以原条出现为标志；2、原条前端的亨氏节与背唇一样都是原肠作用的组织者,可以发动形成次生胚胎；3、原条上的原沟和胚唇周围的胚孔同样是外层细胞进入囊胚腔的门户；4、通过背唇内卷进入胚胎的细胞发育为头部中胚层和脊索,同样从原条亨氏结迁移到囊胚腔的细胞是未来的头部中胚层和脊索;5、胎盘是怎样形成的,它有什么功能答：合胞体滋养层和富含血管的中胚层共同构成绒毛膜,绒毛膜和子宫壁融合形成胎盘；胎盘既含有母体成分,又含有胎儿成分;胎盘负责胎儿的物质交换,胎儿通过胎盘从母血中获得营养和氧气,排出代谢产物和二氧化碳,相当于小肠、肺和肾的作用;第六章神经胚和三胚层分化1、什么是神经胚初级神经胚的形成过程答：正在进行神经管形成的胚胎称为为神经胚;初级神经胚的形成过程如下：①中线处的预定的神经外胚层细胞变长加厚,形成神经板;②神经板边缘加厚,并向上翘起,形成神经褶,神经板中央出现“U”形神经沟;③神经褶向胚胎背中线迁移,最终合拢形成神经管,上面覆盖着外胚层;④神经管最靠背面细胞变成神经嵴细胞;2、脊椎动物中胚层在发育中形成哪5个过渡性的区域性结构答：神经胚中胚层可分为5个过渡性区域;第一个是脊索中胚层,将来形成脊索；第二是背部体节中胚层,主要形成体节；第三个是居间中胚层,将来形成泌尿系统和生殖管道；第四个是侧板中胚层,形成心脏、血管、血细胞和胚胎外膜等；最后是头部中胚层,将来形成面部的结缔组织和肌肉;3、轴旁中胚层什么基因的表达对脊椎动物体节形成有重要关系答：在轴旁中胚层的前端首先出现Notch1和Paraxis基因的表达；由于Notch1和Paraxis 基因产物的作用,轴旁中胚层细胞开始合成并分泌fibronectin和N-cadherin,创造了体节结构发生的条件;4、内胚层主要形成哪些器官或组织答：胚胎内胚层的功能是构建体内两根管道消化管和呼吸道的内表皮;第一根管道是贯穿于身体全长的消化管,肝、胆囊和胰腺由消化管凸出形成；第二根管道是呼吸管,由消化管向外生长形成,包括气管、支气管和肺；咽和咽囊也是内胚层来源,咽和咽囊向外凸起产生扁桃体、甲状腺、胸腺和甲状旁腺,水生脊椎动物中,咽囊产生鳃;第七章细胞命运的决定——细胞的自主特化1、名词解释细胞分化cell differentiation——从单细胞受精卵产生有机体的各种形态和功能细胞的发育过程叫细胞分化;镶嵌型发育mosaic development——如果将一个发育早期胚胎的某一个卵裂球去掉,则这个胚胎将会发育为一个不完整的胚胎,而缺失的部分刚好就是所移走的卵裂球所能发育的结构；这种以细胞自主特化为特点的发育模式称为镶嵌型发育;调整型发育regulativ development——如果移去早期胚胎的一个卵裂球,胚胎的剩余的部分则可改变它们正常的发育命运,来填补移去的卵裂球所留下的空白,仍形成一个完整的胚胎；这种以细胞有条件特化为特点的胚胎发育模式称为调整型发育;胞质定域cytoplasmic localization——在镶嵌型发育中,形态发生决定子被定位于特定卵质区域的,并在卵裂时分配到特定的裂球中,决定裂球的发育命运;这一现象称为胞质定域;2、简述海鞘8裂球的细胞发育命运;答：海鞘第一卵裂面与幼虫两侧对称面吻合,所以左右两裂球的发育完全对称；在8细胞期可将胚胎裂球分为4对,每对裂球发育命运如同卵子发育命运图谱一致；动物极二对裂球发育为外胚层,植物极后面的一对裂球形成内胚层、间质和肌肉组织,植物极前面的一对裂球形成脊索和内胚层;神经细胞是从动物极前面的一对裂球和植物极前面的一对裂球产生的;3、试述果蝇的极质决定子的分子基础;答：果蝇卵极质主要由蛋白质和RNA组成;生殖质的组分之一是gclgerm cell-less基因转录的mRNA,gcl基因在果蝇卵巢的营养细胞中转录,所转录的mRNA通过环管转运至卵子中,定位于称为极质的细胞质中,是极细胞形成所必不可少的成分;极质决定子也可能是Nanos蛋白,如果缺乏Nanos蛋白,胚胎的极细胞就不能迁移到生殖腺中,不能产生生殖细胞;生殖细胞决定子还可能是线粒体大核糖体RNAmtlrRNA;第八章细胞命运的渐进特化——胚胎细胞相互作用1、说明相嵌型发育和调整型发育与Weismann的“种质说学”的调和与矛盾;答：Weismann的“种质说学”主要论点为染色体是由各种能决定细胞发育命运的核决定子组成的；受精卵分裂时,不同的核决定子在胚胎发育过程中分配到不同的细胞内,由此决定细胞的命运,使其发育成身体的某一部分;在相嵌型发育中,如果将一个发育早期胚胎的某一个卵裂球去掉,则这个胚胎将会发育为一个不完整的胚胎,而缺失的部分刚好就是所移走的卵裂球所能发育的结构,这种发育现象是与Weismann上述观点是相调和的;但在调整型发育中,如果移去早期胚胎的一个卵裂球,胚胎的剩余的部分则可改变它们正常的发育命运,来填补移去的卵裂球所留下的空白,仍形成一个完整的胚胎,这种发育现象显然与Weismann的“种质说学”相矛盾;2、什么是Spemann组织者哪些动物具有这类的组织者答：两栖类早期胚胎胚孔背唇能诱发原肠作用,组织次生胚胎的形成,即为Spemann 组织者;鸟类和哺乳动物中的原条前端的亨氏结是类似组织者,鱼类的胚盾也是这样的组织者;3、简述goosecoid基因的作用;答：goosecoid基因具组织者特异性,编码一种DNA结合蛋白;Goosecoid蛋白的功能主要表现在：1能激活背唇细胞的迁移特性内卷和延伸；2决定头部中胚层和背侧中胚层的发育命运；3gossecoid表达细胞动员周围细胞参入背轴形成;第九章果蝇胚轴形成1、什么是形态发生原morphogen举例说明;答：某些因子沿体轴的分布呈现浓度梯度,不同水平决定该区域的的反应,最终形成某种形态结构,这种因子即是形态发生原;例如果蝇的Bicoid蛋白,Bicoid蛋白在果蝇的合胞体胚胎中形成一个由前到后的浓度梯度,在不同的浓度阈值分别激活不同靶基因的表达,对果蝇头胸部的结构的决定起关键作用;2、为什么dorsal基因的突变会导致胚胎背部化,cactus基因突变会导致胚胎腹部化答：因为dorsal基因的突变会导致胚胎无Dorsal蛋白合成,导致合子基因snail和twist腹侧特征在所有细胞中都不表达,而背侧特征基因dpp、Zen、tolloid、zerknullt等在所有细胞中表达,从而导致胚胎背部化;相反,cactus基因突变会导致胚胎无Cactus蛋白,这样使Dorsal蛋白同样能进入背部的细胞核,活化合子腹侧特征基因twist和snail的表达,同时抑制背侧特征基因dpp和zen等基因的表达,这样导致胚胎腹部化;3、试述果蝇A—P轴形成的分子机理;答：果蝇A—P轴的形成首先是母体基因的作用,形成形态发生原梯度;形态发生原在A－P 轴线的不同区域激活不同的基因,使不同区域的基因活性谱不同而出现分化;调节果蝇胚胎前后轴的形成有4个非常重要的形态发生原：BICOIDBCD和HUNCHBACKHB调节胚胎前端结构的形成,NANOSNOS和CAUDALCDL调节胚胎后端结构的形成；另外,Torso基因编码一种细胞外信号分子受体蛋白,可能是末端形态发生原;有3类合子基因对体躯A—P轴的分节进行遗传调控：缺口基因gap genes、成对法则基因pair-rule genes和体节极性基因segment polarity genes;形态发生原首先调节缺口基因的表达,缺口基因表达区呈宽的带状,包括hunchback、kruppel和knirps的表达带；缺口基因再控制成对法则基因,成对法则基因每隔一个体节,以7条条纹的模式表达,如even-skipped、fushi tarazu 和hairy等；成对法则基因又控制体节极性基因,体节极性基因把不同体节再分成更小的条纹,划分出14个体节的分界线,如engrailed、wingless和hedgehog等;同时,缺口基因和成对法则基因编码的蛋白质调节同源异型基因的表达,最终决定身体体节将出现那一种类型;4、试述果蝇同源异型选择者基因的表达图式;答：果蝇同源异型选择者基因Homeotic selector genes是指在体节边界建立之后,用来控制每个体节的特征结构发育的基因;包括触角足复合体Antp-C,有5个基因：lab labial,pb proboscipedia,Dfd Deformed,Scr Sex comb reduced,Antp Antennapedia；另一个区域是双胸复合体BX-C,有3个基因：Ubx Ultrabithorax,abdA abdominal A和AbdB abdominal B基因；这两个复合体统称同源异型复合体HOM-C;这8个基因的表达图式总的来说是胚胎从前到后依次表达;Lab、Pb和Dfd基因参与头部体节的特化；Scr和Antp基因主要决定胸部体节的特征；Ubx与胸部体节的分化相关,abd-A与Abd-B负责腹部体节的分化;同源异型选择者基因突变可引起同源异型现象,例如Antp基因的显性突变体,使该基因在头部和胸部同样表达而使头部长出肢而不是触角；当Ubx缺乏时,第三胸节转变成第2胸节,形成具有4个翅的果蝇;第十章脊推动物胚轴形成1、简述两栖类动物胚轴的形成;答：两栖类胚胎的D-V轴和A-P轴是由受精时卵质的重新分布而决定的;受精时,由于精子入卵的影响,卵子皮质与卵黄在重力作用下相对移动,在精子入卵处的对面产生有色素差异的灰色新月区,由此标志预定胚胎的背侧;随着原肠胚的形成,精子进入的一侧发育成为胚胎的腹侧,相反的一侧发育为胚胎的背侧,在动物极附近的背侧形成头部,与其相反的一侧形成尾,从而形成胚胎的背腹轴和前后轴;左右轴随着脊索的形成而确定;2、试述Nieuwkoop中心作用的分子机理;答：在两栖类囊胚中最靠近背侧的一群植物极细胞,对组织者具有特殊的诱导能力,称为Nieuwkoop中心;β-catenin是Nieuwkoop中心的一个主要的细胞因子;β-catenin开始在整个胚胎中均有分布,但在腹侧细胞中因为含有糖原合成激酶3GSK-3而降解,而在背侧细胞中由于存在GSK-3的抑制因子DisheveledDSH蛋白, β-catenin不会被降解；β-catenin是转录因子,它与转录因子Tcf3结合形成β-catenin/Tcf3复合物,激活siamois基因在Nieuwkoop中心表达；Siamois蛋白与TGF- β基因家族蛋白产物Vg1,VegT和Nodal-相关基因编码蛋白Xnrs的协同作用使组织者特异基因goosecoid激活,诱导背部产生组织者活性;3、简述哺乳动物前—后轴形成过程的有关分子及其作用;答：哺乳动物胚胎的前—后轴的受两个信号中心调控,一个是前端的内脏内胚层A VE,另一个原条前端的亨氏节相当于两栖类的胚孔背唇,组织者;胎体远端的A VE细胞单独表达hex基因,将来仅仅形成前部,是前端位置的标志；A VE相反的后端的上胚层,cripto基因表达,原条开始形成;原条前端的亨氏节负责整个躯体的建立,包含有与蛙的组织者中发现的蛋白质,如GOOSECOID、NODAL、LIM-1和HNF3β；nodal基因对于原条的起始发育和维持发育是必须的,goosecoid基因的表达对于激活与头部形成的基因起关键作用,GOOSECOID、LIM-1和HNF3β蛋白对于前背部中胚层细胞的特化是必须的;哺乳动物前—后极性的特化都由hox 基因的表达进行调控;第十一章胚胎细胞相互作用——胚胎诱导1、名词解释胚胎诱导embryonic induction——胚胎一个区域对另一个区域发生影响,并使后者沿着一条新途径分化的过程称为胚胎诱导;诱导者inductor——发出信号,产生影响的一部分细胞或组织,称为诱导者;反应组织responding tissue——接受信号从而进行分化的细胞或组织称为感应者,或称反应组织,它们必须具有感应性competence才能接受诱导者的刺激;组织者organizer——能够诱导外胚层形成神经系统,并能和其他组织一起调整成为中轴器官的胚孔背唇部分;2、经典胚胎学所指的初级胚胎诱导与现在的概念的区别答：过去经典实验胚胎学的初级胚胎诱导实际上是神经诱导,是指原肠胚中预定的外胚层受脊索中胚层的诱导而形成神经板的过程;现在认为初级胚胎诱导应包括3个阶段：第一阶段发生在卵裂期,为中胚层的形成和分区；第二阶段即是脊索中胚层诱导背部外胚层转变为神经系统的神经诱导；第三阶段是中央神经系统的区域化;3、邻近组织相互作用的类型并举例说明;答：邻近组织相互作用可分为指导互作和容许互作;指导互作需要从诱导者发出诱导信号,才能启动反应细胞新基因的表达,没有诱导细胞,反应细胞就不能按特定的方式分化;例如表皮和间质真皮的相互作用属于指导互作,鸡皮肤结构的类型羽毛或鳞片由中胚层间质的区域位置决定,翅的真皮乳头诱导表皮产生羽毛,而足的中胚层核诱导表皮产生鳞片;容许互作中反应组织已包含有特定的发育潜能,其发育方式已经决定,诱导组织只能提供发育所需要的环境,而不能改变其发育方向;例如肾的输尿管芽上皮中胚层与生后肾间质属于典型的容许互作,输尿管芽进入生后肾间质,在分支的顶端上皮诱导间质聚集和形成肾小管；肾小管的分化并不一定完全需要输尿管芽的诱导,其他组织如脊髓、脑、唾液腺间充质等和生后肾间质相互作用,也能使生后肾间质分化为肾小管;所以在这种情况下,生后肾间质已经决定了,但要表现其决定,需要在诱导条件下进行分化;4、简述果蝇眼发育单个细胞之间的诱导。
遗传学英文教科书an introduction to genetic analysis第一章
Chapter 1Genetics and the Organism遗传学与生物Key Concepts关键概念The hereditary material is DNA.遗传物质是DNA。
DNA is a double helix composed of two intertwined nucleotide chains oriented in opposite directions.DNA由两条相互缠绕的互补链反向平行螺旋组成In the copying of DNA, the chains separate and serve as molds for making two identical daughter DNA molecules.在复制的DNA中，链解开并作为完全相同的子链的模板。
The functional units of DNA are genes.基因是DNA上的一个功能单位。
A gene is a segment of DNA that can be copied to make RNA.一个基因就是一个能够转录出RNA的DNA片段。
The nucleotide sequence in RNA is translated into the amino acid sequence of a protein.一条RNA中的核苷酸序列可以被翻译为蛋白质中的一条氨基酸序列。
Proteins are the main determinants of the basic structural and physiological properties of an organism.蛋白质是生物体基本结构构成与生理过程中的主要决定性物质。
The characteristics of a species are encoded by its genes.基因来编码相应物种的特有性状。
Variation within a species may be from hereditary variation, environmental variation, or both.物种中的变异可能来源于遗传上的变异、环境变异或者这两个因素都有作用。
轮叶蒲桃叶绿体基因组特征及系统发育分析
轮叶蒲桃叶绿体基因组特征及系统发育分析作者：张梦洁杨秀瑶尹拓韩沛辰杜朝金张汉尧来源：《广西植物》2023年第10期摘要：輪叶蒲桃（Syzygium grijsii）系桃金娘科（Myrtaceae）蒲桃属（Syzygium）常绿灌木，其开发前景较好，但其叶绿体基因组特征及系统发育关系尚未有相关报道。
为弥补轮叶蒲桃基因组学方面的空缺，该文对轮叶蒲桃的叶绿体基因组进行了系统的研究。
运用Illumina 高通量测序，并在GetOrganelle平台进行完整组装，同时利用组装好的数据分析轮叶蒲桃叶绿体基因组的结构特征和系统发育关系，其中包括轮叶蒲桃叶绿体基因组结构、功能及特征、密码子偏好性分析、叶绿体基因组的比较分析和系统发育的分析。
结果表明：（1）轮叶蒲桃叶绿体基因组大小为158 591 bp，包含129个基因。
其中，rRNA基因8个，tRNA基因37个，蛋白编码基因84个。
分析检测到39个重复序列和84个SSR位点。
（2）密码子偏好性分析发现轮叶蒲桃叶绿体基因组中末端存在对A/U的偏性，使用最多的是编码亮氨酸的密码子。
（3）与近缘种比较，轮叶蒲桃的边界长度保守，边界处的基因种类与多个蒲桃属物种相似；轮叶蒲桃叶绿体基因组在LSC和SSC区变异度较大，有45处0.010＜Pi＜0.015，核苷酸多样性水平高。
（4）系统发育分析表明，轮叶蒲桃与蒲桃（S. jambos）、滇边蒲桃（S. forrestii）和乌墨（S. cumini）亲缘关系最近，其次是马六甲蒲桃（S. malaccense）。
因此，该文结果表明轮叶蒲桃的叶绿体基因组结构保守，特征明显，与同属物种相比，其序列具有相似性，核苷酸具有多样性，并且其与多种桃金娘科物种之间存在亲缘关系。
该文对轮叶蒲桃叶绿体基因组进行基因组特征和系统发育分析，为轮叶蒲桃的种质资源鉴定和开发利用奠定理论基础。
关键词：轮叶蒲桃，叶绿体基因组，系统发育关系，基因组特征，比较分析中图分类号： Q943 文献标识码： A文章编号： 1000-3142（2023）10-1849-12Analysis of chloroplast genomic characteristics and phylogeny in Syzygium grijsiiZHANG Mengjie1， YANG Xiuyao1， YIN Tuo2， HAN Peichen2， DU Chaojin2，ZHANG Hanyao1*Abstract： Syzygium grijsii， an evergreen shrub of Myrtaceae and Syzygium， has good prospects for exploitation， but its chloroplast genome characteristics and phylogenetic relationships have not been reported. To fill the gap in the genomics of S. grijsii， a systematic study of the chloroplast genome of S. grijsii was conducted in this paper. Illumina high-throughput sequencing was used to perform complete assembly in the GetOrganelle platform， and the assembled data were also used to analyze the structural features and phylogenetic relationships of the S. grijsii chloroplast genome， including the structure， function and characteristics of the S. grijsii chloroplast genome，codon preference analysis， comparative analysis of the chloroplast genome and phylogenetic analyses. The results were as follows：（1） The chloroplast genome of S. grijsii was 158 591 bp in size， which contained 129 genes. Among them， 8 were rRNA genes， 37 were tRNA genes and 84 were protein-coding genes. The analysis detected 39 repetitive sequences and 84 SSR loci. （2）Codon preference analysis revealed that there was a bias towards A/U at the ends of the S. grijsii chloroplast genome， and the most used codon was the one encoding leucine. （3） In comparison with closely related species， the boundary length of S. grijsii was conserved， and the gene species at the boundary were similar to several Syzygium species; the S. grijsii chloroplast genome had a high degree of variability in the LSC and SSC regions， with 45 sites of 0.010 < Pi < 0.015 and a high level of nucleotide diversity. （4） Phylogenetic analysis showed that S. grijsii was most closely related to S. jambos， S. forrestii and S. cumini， followed by S. malaccense. The study concluded that S. grijsii had a conserved chloroplast genome structure with distinct features， sequence similarity and nucleotide diversity compared to Syzygium species， and affinity between it and various Myrtaceae species. In this paper， the genomic characterization and phylogenetic analysis ofthe chloroplast genome of S. grijsii are conducted to lay the theoretical foundation for the identification and exploitation of the germplasm resources of S. grijsii.Key words： Syzygium grijsii， chloroplast genome， phylogenetic relationship， genomic characteristics， comparative analysis叶绿体（chloroplast， cp）是绿色植物进行光合作用的场所，也是绿色植物所特有的细胞器。
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第十八章 Genomic Analysis ⅢPromoter binding factors analysis→分析基因的转录因子结合位置：在GenomBench的功能中，用户可以找出基因的promoter序列，promoter 位于基因的上游，使用者可以先把欲分析的范围圈选出来：图18.1 将欲分析的范围圈选圈选出来的序列可以复制输出，这一段部分即为该基因的上游区域，一般而言选取的范围为基因上游3000-5000nt区域。
遗憾的是NTI没有分析promoter 序列transcription factor binding site的功能，用户只能把找到的promoter序列放到相关的分析网站进行transcription factor binding site的分析。
Exon/intron structure analysis→由NTI主程序分析基因体结构：用户欲分析的序列必须存放在主程序中的Local Database(图18.2)，建议使用者将欲比对的序列存放于特定的文件夹中，详细的操作方法请参考序列数据建立的章节。
图18.2 将欲比对的序列放在Local Database，左方为Local Database内的档案该文件夹可存放多条序列，程序会把该文件夹中的所有序列进行分析。
接下来在主程序中开启序列时请先将”限制酶分析”的功能关闭(图18.3)：图18.3 关闭”限制酶分析”的功能接着选择Analysis→GenomBench Tools(图18.4)：图18.4 比对序列可以选择两种方式：SIM4或Spidey比对基因序列和基因体序列有两种方式：SIM4和Spidey，这两种方法的计算方式有些许的不同，使用SIM4的窗口(图18.5)如下图所示：图18.5使用SIM4，左上方为此序列名称，中间为比对的基因序列左上方Sequence to analyze的字段为目前使用者所分析的基因体序列(图18.6)；中间上方Alignment sequences为提供比对的基因序列，请把数据项选至上述设定的文件夹：图18.6 选择Alignment sequence提供的比对数据右上方的Strand字段可以选择只针对正股、互补股或者双股进行分析。
下方的Sim4 parameters是SIM4的比对参数(建议用默认值即可)：Limit for Score Drop-off 为比对分数的门坎值，一般的设定数值会和Word size相同；开启Search for Small Exons功能可以额外再寻找比Word size设定还短的比对情形；Diagonal Distance为两比对序列的对角线距离，一般设定为10。
HSP（High scoring Segment Pair）score threshold的字段中的First stage为比对的起始位置，Second stage为找到第一个Exon后，下一个Exon的起始位置；Allow ambiguity characters的项目表示用户是否使用基因模糊比对法，若勾选则表示使用该比对法。
(基因模糊表示请参见限制酶剪切的部分)；Weight factor linking for HPSs的数值可以增加HSP比对的分数。
当一切设定完成后点选右上方选项后程序就会开始进行比对运算，使用者可以看到下图锥形瓶的符号出现红色的勾后就表示比对完成(图18.7)：图18.7 比对完成如果选择Spidey的比对方式如下图所示，方式不同于Sim4的设定：图18.8 使用Spidey进行比对，多了Organism选项，选择基因体的物种上方的部分多了一个Organism选项，可以选择该基因体的物种；其它的操作模式与Sim4类似。
下方为设定的相关参数(建议使用默认值即可)：Minimum mRNA-genomic identity为相似百分率的门坎值，低于此百分比即予以排除；Minimum of mRNA covered表示长度的门坎值，低于此长度即予以排除；Limit number of gene mode to表示Spidey计算完成后要呈现出基因体数据的最大数目。
E-value值表示利用E-value做为比对的门坎，由上往下依次为高E-value、低E-value以及含有Gap的E-value，主程序将依用户的条件进行筛选；Divergent sequences勾选则允许少许不配对或者有Gap的比对情况发生；Use large intron sizes 表示允许非常大的intron区域出现。
当一切设定完成后点选右上方选项后，主程序就会开始进行比对运算。
使用者可以一次进行多种的基因体比对或者采用不同的方式进行运算(图18.8)：图18.8 可以一次进行多种的基因体比对若要停止运算只要对着锥形瓶的图型点选鼠标左键后，再点选鼠标右键选择Stop停止即可；要删除运算结果只要对着锥形瓶的图型点选鼠标左键后，再点选鼠标右键选择Delete停止即可。
用户只要用鼠标点选打勾的锥形瓶图型，就可以观看分析结果，下图为Spidey的分析结果图18.9利用Spidey分析的结果用户可以看到主程序把Exon标示在图形上，左上角的文件夹可以开启观看坐标信息；下方的序列中Exon的部分会自动标示。
这些资料可以利用前述的复制输出方式输出至其他档案，也可以存放在主程序内。
使用者也可以把分析的结果使用GenomBench观看，只要在锥形瓶图形上方点选鼠标右键后选择Send to GenomBench：图18.10 选择Send to GenomBench，在GenomBench中观察GenomBench开启后如图18.11所示：图18.11 在GenomBench进行观察出现Invalid GFF data received讯息后请点选确定，由上方File→Open sequence 的路径进入(图18.12)，在Local Storage的项目中用户可以看到一个Default GB subset的文件夹，里面有相关的分析结果。
图18.12 在Default GB subset中可以看到分析的结果图18.13 GenomBench会将分析图形显示在窗口上方GenomBench会把分析的结果画在上面(图18.13)，如果想要保留这些分析的结果请记得另外存盘，不要存在Default GB subset这个项目。
如果GenomBench 没有发现任何比对的数据(图18.14)，会无法从锥形瓶图形开启GenomBench或者GenomBench的图案上面会显示NO features loaded：图18.14 没有发现任何比对资料用户也可以从GenomBench中，分析基因体结构，先开启存在GenomBench 中的档案，如果是从Server下载的序列请先储存。
从上方的Tools项目(图18.15)中就可以看到有和主程序一样的分析项目：图18.15 直接利用Tools中的Align cDNA with Genomic DNA using sim4或Spidey也可分析分析的操作方式和主程序相同(图18.16)，差别在于分析完成后的锥形瓶直接开启会以GenomBench的形式呈现，如果想要在主程序上呈现，请点选鼠标右键选择Send to Vector NTI：图18.16 利用Vector NTI呈现分析结果如果在GenomBench执行分析的时候跳出参数错误的讯息，请把GenomBench 关闭后再打开重新操作即可。
使用者还可以把分析结果直接输出储存，只要点选鼠标右键后选择Save To File就可以直接进行输出(图18.17)：图18.17 点选Save To File储存档案使用者也可以把分析结果存在Local Database之中(图18.18)，只要点选鼠标右键选择Save To DB as Analysis Result，分析的结果会存在该项目中，想要开启只要从Local Database中的Analysis Results选项开启即可：图18.18将分析结果储存在Local Database分析窗口内的分析结果会自动储存，若要开启可以直接选择Vector NTI Advance 10 Analysis Monitor(图18.19)：图18.19 直接在程序集中开启Analysis Monitor之前的分析结果会储存在下方，这些结果一样可以打开观察。
CDS（Coding Region Segments）splicing：利用这项功能可以帮助用户把序列中的Intron的片段去除，并且将Exon的部份转译成蛋白质序列后自动拼成一条完整的蛋白质。
在执行这项功能时，用户需先把第一个ATG code的Exon找出来(前面几个Exon可能为5’UTR，不能采用)，用户需先在Exon/Intron选项中先进行分析(图18.20)：图18.20 先将第一个不为5’UTP的Exon选出用户根据Exon的位置搭配选项，也可以由Analyses→ORF（或者其他的方式）先把含有第一个ATG的坐标先记下来(图18.21)，例如本序列第一个ATG 所在的Exon为Exon6，坐标为19585：图18.21 利用ORF将第一个ATG找出接者开启GenomBench功能，先把基因体坐标用功能改成一般序列的表示法（即从1bp开始计算），再利用前面提到的方法把目标基因的Exon/Intron表示法复制出来：图18.22 将基因体坐标改为一般序列表示，再复制Multiple segments的内容接下来先开启一个包含目标基因的基因体档案(图18.23)：图18.23 开启包含目标基因的基因体点选功能之后将会显示之前所提到的操作界面(图18.24)：图18.24 左方Feature Type选择CDS，输入名称请把Feature Type选到CDS，Feature Name打上合适的名称(图18.24)，并请点选字段，将刚刚复制的Exon/Intron的标示贴入(图18.25)：图18.25 Location String贴上之前所复制的标示注意ATG开始的位置，在这个范例中Exon1到Exon5没有ATG所以必须删除；Exon6中ATG所在的位置为19585，所以要把起始位置改成19585(图18.26)：图18.26 将序列起始位置改为ATG所在位置设定完成以后点选OK：图18.27 序列图形上，实心部分为Exon，空心部分为Intron用户可以看见序列图形(图18.27)中实心的部份为Exon；空心的部份为Intron。
接下来把CDS的部份用鼠标选好后（请先存档）点选Analyses→Into New Protein→CDS with Splicing(图18.28)：图18.28 储存后，点选CDS with Splicing之后的操作就和蛋白质转译的部份相同，转译完成的序列会出现一个新的窗口(图18.29)：图18.29 转译完成的结果在窗口右方后续的操作和前述相同。