细菌分类与鉴定
细菌分类学
弧菌属。
1838年，德国生物学家Eheneberg对微生物分类做 了修改，把细菌列为纤毛虫纲，分为2科。
1857年，德国植物学家Nagali在《植物学杂志》上发表
文章指出，这些微生物具有细胞壁，应归属于植物界，
并独立设一纲，取名裂殖菌纲。
1872年，德国植物学家Cohn发表新的细菌分类系统， 吧细菌分为4个族，每个族由一个或几个属组成。 1909年，Jensen发表了一种新的分类法，该方法在采用
第一章
微生物分类学
——细菌分类学
第一节 细菌分类学概述
一、细菌分类鉴定的意义
细菌分类学的任务是在全面了解细菌的
生物学特征的基础上，研究他们的种类，
探索其起源、演化以及与其他类群之间的
亲缘关系，进而提出能反映自然发展的分
类系统，并将微生物加以分门别类。
二、细菌分类学研究简史
1675年，荷兰人用自制显微镜观察到“微小动物” 第一个尝试生物分类的科学家—林奈 丹麦动物学家Muller提出新的分类系统，其中包括 动物、藻类、细菌。并建议将细菌分为单胞菌属和
常用的细菌分类学术语：
（1）种（species）物种，生物分类中基本的分类单元 高等生物中，“生殖隔离”被看作是区分物种的标准 微生物的种：具有高度特征相似性的菌株群，这个菌株群 与其他类群的菌株有很明显的区别。 (2). 亚种(subspecies): 是正式分类单元中地位最低的 分类等级。
当某一个种内的不同菌株存在少数明显而稳定的变异特征或遗传性
1 （6）培养物(culture)：一定时间一定空间内微生
物的细胞群或生长物。如微生物的斜面培养物、 摇瓶培养物等。
各类细菌的分类鉴定
④V~W变异：失去全部Vi抗原的变异。
变形 杆菌 属
G-b
有周身鞭 毛（摩根 菌属的部 分菌株在 30℃以上 不形成鞭 毛） 无芽孢 无荚膜
营养琼脂和血琼脂平板：迁徙扩散生 长（普通变形和奇异变形），可被0.1% 苯酚、4%硼酸、5%~6%琼脂及同型血清 或胆盐所抑制。普罗威登斯菌和摩根 菌属无迁徙生长现象。
H2O2（+）；多数致病性葡萄球菌能分 解甘露醇产酸、液化明胶和产生血浆 凝固酶。
①蛋白抗原：SPA蛋白 （存在于葡萄球菌表 面，结合在细胞壁的黏 肽部分，具有抗吞噬作 用），有种属特异性。
②多糖抗原：有型特异 性。
1.侵袭性疾病：①皮肤及软组织感 染（毛囊炎、疖、痈）；②全身性 感染（败血症、心内膜炎）；③呼 吸道感染；④医院内感染
伯菌
属
G-b
无鞭毛 无芽孢 有荚膜
血平板：圆形，凸起，灰白色，不溶血的菌 落。有时菌落呈黏液性，用接种环挑取时呈 长丝状。
肠道选择培养基：乳糖产酸菌落。
液体培养基：浑浊生长，可形成菌膜与黏性 沉淀物。
糖类发酵：发酵乳糖；h2o2（+）；脲酶（+）；OX（-）；鸟氨酸（-）；动力（-）。
本菌对氨苄西林天然耐药。 对产ESBLs菌株的治疗可用 碳青酶烯类、B-内酰胺类抗 生素/酶抑制剂或头孢菌素 类进行治疗。
糖类发酵：发酵乳糖；
OX（-）；DNA酶（-）；
^夫
尼亚
菌属
G-b
无荚膜 无芽孢 有周鞭毛
糖类发酵：发酵葡萄糖产酸产气； 可利用枸橼酸盐、乙酸盐和丙二酸 盐作为唯一碳源；
H2S（-）；山梨醇（-）；DNA酶（-）；赖氨酸（ +）；
细菌的分类及命名
细菌分类学包括分类，命名和鉴定
一．细菌分类：根据细菌各自的特征，并按照亲缘关系分类，以 不同等级编排系统。分类有两种：
1. 细菌的生理生化分类法，包括有传统分类法和数值分类法。 细菌核酸、蛋白质结构的同源程度进行分类法，称种系分类或自然分类。
细菌命名：在分类基础上，给每种细菌一个科学名
01
称，便于交流并保证所有的科研工作者给予同样名
○ 学名用拉丁文，遵循“双名法”。 ○ 每一种细菌的拉丁文名称由属名和种名两部分组成如：产气荚膜梭菌
（Clostridium perfringens） ○ 属名在前，字首字母要大写，其余小写 ○ 整个属名及种名在出版物中应排成斜体 ○ 中文译名，种名在前，属名在后
二．分类学文献中的细菌拉丁文学名， 属名和种名之后，往往还要加上首次 定名人（加括号）、现名定名人和现 名定名年份，这些均用正体排字。
○ 如 Micrococcus sp.表示微球菌属的一个种， ○ Micrococcus spp. 表示微球菌属的一些种。
如果是新种，在新种的 拉丁文学名之后还要加 上“sp.nov。”，nov 是novel的缩写。
例如Lawsonia intracellularis gen．Nov. sp . Nov.， 译为：胞内劳森菌，新 属新种。
○ 一般兽医学及医学微生物学文献中，属名和 种名之后的部分均予省略。
○ 如：Escherichia coli
例如
大肠埃希菌的学名全名是：Escherichia coli(Migula) Castellani et Chalmers l919 指的是Migula于1895年命名此菌为Bacillu coli， Castellani及Chalmers于1919年改为现名。
医学细菌名称及分类鉴定
医学细菌名称及分类鉴定
哇塞！一听到“医学细菌名称及分类鉴定”，是不是感觉有点头大？哈哈，我一开始也是这么觉得的，不过后来发现还挺有趣的呢！
你知道吗？细菌就像一群小小的调皮鬼，到处乱窜。
比如说金黄色葡萄球菌，这家伙可坏啦！它就像一个捣乱的小霸王，要是跑到我们身体里，能引起好多毛病，像化脓感染啥的。
再说说大肠杆菌，它有时候是“好人”，有时候又变成“坏蛋”。
正常在我们肠道里待着的时候，还能帮忙消化呢，可要是一不小心跑错了地方，那就糟糕啦！这像不像一个在班上有时候表现好，有时候又调皮捣蛋的同学？
还有链球菌，它就像一支纪律不太好的队伍，到处惹是生非。
能导致猩红热、风湿热这些让人头疼的病。
那怎么给这些细菌分类鉴定呢？这就像是给一群调皮的孩子分班级一样。
要看看它们长得啥样，是圆圆的还是长长的？是单个自己玩还是一群抱在一起？还要看看它们喜欢吃啥，对什么环境喜欢或者讨厌。
比如说，有些细菌喜欢在有氧的环境里蹦跶，这就是好氧菌；有些讨厌氧气，那就是厌氧菌。
这是不是就像有些小朋友喜欢在操场上疯跑，有些就喜欢在教室里安静看书？
医生和科学家们可厉害啦！他们拿着显微镜，就像拿着超级放大镜一样，仔细地观察这些细菌。
然后做各种实验，来确定它们到底是哪一类。
哎呀！想想这些细菌，虽然小小的，但是威力可不小。
我们可得好好注意卫生，别让它们有机会跑到我们身体里捣乱呀！
我觉得呀，了解医学细菌的名称及分类鉴定真的太重要啦！只有这样，我们才能更好地预防疾病，保护自己的身体，让自己健健康康的！。
食品细菌的分类和鉴定
食品细菌的分类和鉴定一、细菌的分类细菌是一类微生物，广泛存在于自然界中的各个环境中，包括土壤、水体、空气以及人类和动物的体内。
根据细菌的形态、生理特征和遗传特征，可以将细菌分为不同的分类群。
目前，细菌的分类主要基于其形态特征、代谢方式和基因组序列等方面。
1. 形态分类根据细菌的形态特征，细菌可以分为球菌（如链球菌、葡萄球菌）、杆菌（如大肠杆菌、结核杆菌）、弯曲菌（如弯曲菌属）和螺旋菌（如梅毒螺旋菌）等。
形态分类是最早也是最常见的细菌分类方法之一。
2. 代谢分类根据细菌的代谢方式，细菌可以分为厌氧菌和好氧菌。
厌氧菌是指只能在无氧条件下生长和繁殖的细菌，而好氧菌则是指只能在有氧条件下生长和繁殖的细菌。
此外，还有一类兼性厌氧菌，即可以在有氧或无氧条件下生长的细菌。
3. 基因组分类近年来，随着基因测序技术的发展，基因组序列成为细菌分类的重要依据之一。
通过比较不同细菌的基因组序列，可以确定它们之间的亲缘关系，进而将它们分为不同的分类群。
这种基于基因组序列的分类方法被称为系统发育分类。
二、细菌的鉴定细菌的鉴定是指通过对细菌进行一系列的实验和观察，以确定其属于哪个分类群的过程。
细菌的鉴定对于食品安全和疾病防控具有重要意义。
1. 形态鉴定形态鉴定是最直观、最常用的细菌鉴定方法之一。
通过观察细菌的形态特征，如大小、形状、颜色等，可以初步确定细菌的分类群。
例如，链球菌是一种球形细菌，呈成串状排列；大肠杆菌是一种杆状细菌，呈短杆状。
2. 生理鉴定生理鉴定是通过观察细菌的生理特征，如代谢产物、酶活性等，来判断其分类群的方法。
例如，大肠杆菌可以产生酸和气体，而结核杆菌则不能。
这种方法需要在实验室中进行一系列的生理实验，需要一定的实验技巧和经验。
3. 分子鉴定随着分子生物学技术的进步，分子鉴定成为了细菌鉴定的重要手段之一。
通过提取细菌的基因组DNA，并使用特定的引物扩增目标基因，然后通过测序和比对，可以确定细菌的分类群。
常用的分子鉴定方法包括PCR、16S rRNA测序等。
奴卡菌的培养和鉴定
1
一、分类与命名
分类：
细菌域-放线菌纲-放线菌亚纲-放线菌目-棒杆菌亚目-诺卡菌科-诺卡菌属
与医学有关旳菌种：
脓肿诺卡菌
非洲诺卡菌
星形诺卡菌
巴西诺卡菌
短链诺卡菌
肉色诺卡菌
皮疽诺卡菌
新星诺卡菌
豚鼠耳炎诺卡菌 假巴西诺卡菌
二、生物学特征
（一）形态与染色
1、革兰氏染色： 革兰氏阳性或不定，无芽孢和鞭毛。菌体呈多向旳分枝丝状，直径 μm。 培养早期可见丰富旳菌丝体，常有次级分枝。 培养后期菌体裂解为球形或杆状卡星 红霉素
RSSR.
RRSR
SSSR
RRRR
短链诺卡菌
皮疽诺卡菌 星形诺卡菌Ⅳ
+ Cit -
星形诺卡菌Ⅳ 皮疽诺卡菌 +
巴西诺卡菌 假巴西诺卡菌 星形诺卡菌Ⅰ /Ⅵ 豚鼠耳炎诺卡菌
MH明显黄色菌落
星形诺卡菌 -
巴西诺卡菌 假巴西诺卡菌
星形诺卡菌Ⅰ /Ⅵ 豚鼠耳炎诺卡菌
马红球菌 SBA 粗糙型
属间鉴定
马红球菌 24h 弱抗酸
马红球菌 5d 革兰氏染色
4.与棒状杆菌旳鉴别 棒状杆菌不形成菌丝，菌体呈栅栏状排列。
属间鉴定
三、鉴定与鉴别
（二）属内鉴定
乙酰胺水解、抗生素敏感试验、芳香基硫酸酯酶、利用糖产酸、利用碳水化合物、七叶苷 水解、明胶液化、硝酸盐还原、温度耐受、脲酶试验等。
星形奴卡菌
巴西奴卡菌
星形奴卡菌
形态染色
星形奴卡菌 24 h
星形奴卡菌 72 h
形态染色
2、改良抗酸染色为弱阳性（1%硫酸水溶液），呈不均匀性，易被脱色呈 阴性。
星形奴卡菌
细菌分类鉴定的分子生物学方法研究进展
细菌分类鉴定的分子生物学方法研究进展一、本文概述随着分子生物学技术的快速发展，其在细菌分类鉴定领域的应用已经取得了显著的进展。
本文旨在对细菌分类鉴定的分子生物学方法研究进展进行系统的梳理和总结，以期为相关领域的学者和从业人员提供全面的科研进展参考。
本文将重点介绍分子生物学技术在细菌分类鉴定中的应用，包括基因测序技术、PCR技术、基因芯片技术、宏基因组学方法等，并探讨这些技术在细菌分类鉴定中的优势、挑战以及未来发展趋势。
同时，本文还将对近年来细菌分类鉴定领域的重要研究成果进行综述，以期为细菌分类鉴定领域的研究提供有益的参考和启示。
二、细菌分类鉴定的传统方法及其局限性传统的细菌分类鉴定方法主要依赖于细菌的表型特征，包括菌落形态、细胞形态、生理生化特性、血清学反应以及生态习性等。
这些方法在过去的一个多世纪里为细菌学的发展做出了重要贡献，随着科学技术的进步和细菌学研究的深入，传统方法的局限性逐渐显现。
传统方法的鉴定过程往往繁琐耗时，需要经过多步实验操作，包括细菌培养、形态观察、生理生化试验等，这不仅增加了实验成本，也限制了鉴定效率。
传统方法对于某些表型特征相似的细菌种类往往难以准确区分，容易出现误判或漏判的情况。
传统方法对于新出现的、未知的或者难以培养的细菌种类往往束手无策，无法进行有效的鉴定。
随着分子生物学技术的发展和应用，人们开始尝试将分子生物学方法引入细菌分类鉴定领域，以期能够更快速、更准确地进行细菌鉴定。
分子生物学方法以其高灵敏度、高分辨率和高通量的特点，为细菌分类鉴定提供了新的可能性和解决方案。
三、分子生物学方法在细菌分类鉴定中的发展与应用近年来，分子生物学技术的飞速发展极大地推动了细菌分类鉴定领域的研究进展。
这些技术以其高度的特异性和灵敏度，为细菌分类鉴定提供了全新的视角和强大的工具。
在细菌分类鉴定中，16S rRNA基因序列分析已成为最常用的方法之一。
16S rRNA基因在细菌中高度保守，同时又在不同种属间存在足够的变异，使得其成为细菌分类鉴定的理想靶标。
《乳酸细菌分类鉴定及实验方法》
《乳酸细菌分类鉴定及实验方法》一、引言乳酸细菌（Lactobacillus）是一类常见的益生菌，它们能帮助消化系统聪明，同时也可以通过促进有益的肠道微生物的生长来改善肠道健康。
因此，乳酸细菌的分类和鉴定对于研究乳酸细菌的功能和应用具有重要意义。
本文将首先介绍乳酸细菌的分类和鉴定，然后介绍乳酸细菌的实验方法。
二、乳酸细菌的分类和鉴定1. 乳酸细菌的分类乳酸细菌是属于细菌科（Bacteroidetes）的一类细菌。
它们可以分为三大类：乳酸菌（Lactobacillus）、乳酸乳球菌（Streptococcus）和乳酸变形杆菌（Bifidobacterium）。
每一类乳酸菌都有不同的特征，如形态、生长习性和生理功能。
2. 乳酸细菌的鉴定乳酸细菌的鉴定可以分成宏观鉴定和微观鉴定两种。
宏观鉴定可以从外观上分辨不同种类的乳酸细菌，其中包括形态、大小、色泽和膜结构等。
微观鉴定则是从细节上来识别乳酸细菌的特征，包括菌体的形态、菌落的形状、菌落的大小和染色等。
三、乳酸细菌的实验方法1. 样品采集乳酸细菌的实验方法首先要从样品的采集开始。
乳酸细菌的样品可以从食品、生物体表面、自然环境或肠道等环境中获取。
采集的样品应当及时保存，以防乳酸细菌的生长和繁殖。
2. 培养基制备乳酸细菌的培养基是乳酸细菌实验的基础，它可以保证乳酸细菌的生长和繁殖。
常用的乳酸细菌培养基有MRS培养基、MRS-glucose培养基和MRS-sucrose培养基等。
这些培养基中的成分可以满足乳酸细菌的需求，从而促进乳酸细菌的繁殖和活力。
3. 培养和筛选采集到的样品和制备好的培养基可以混合在一起，然后置于培养室中，根据规定的条件进行培养。
一旦乳酸细菌在培养基中获得了生长和繁殖的机会，就可以开始筛选。
筛选的过程可以通过诸如生长观察、生理鉴定和生化鉴定等方法来进行。
4. 分子鉴定最后，分子鉴定是乳酸细菌分类鉴定的最关键步骤。
分子鉴定可以通过PCR技术、限制性片段长度多态性分析（RFLP）和16S rRNA基因测序等方法准确地识别乳酸细菌的种类。
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种和亚种指定模式菌株（type strain）； 亚属和属指定模式种（type species）； 属以上至目级分类单元指定模式属（type genus）； 模式菌株应送交菌种保藏机构保藏，以便备查考和索取。 美国典型培养物保藏中心（ATCC） 德国微生物及细胞保藏中心（DSM）
细菌分类命名权威杂志:国际系统与进化微生物学杂志（International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology,IJSEM）
第一版 1984年问世，至1989年出齐，共4卷。 第二版 由George Garrity主编分为5卷，将从2000年起陆续出版。这一版纳入了研究核糖体RNA测序所产生 的许发育)分类系统。
四、微生物分类鉴定的依据
根据微生物分类学中使用的技术和方法，可把它们分成四个不同的水平： • ①细胞形态和行为水平； • ②细胞组分水平； • ③蛋白质水平； • ④基因组水平。 • 在微生物分类学发展的早期，主要的分类鉴定指标是以在细胞形态和习性为主，可称为经典的分类
常用的细菌分类学术语：
1）培养物(culture)：一定时间一定空间内微生物的细胞群或生长物。如微生物的斜面培养物、摇瓶培养物 等。
2）菌株(strain)：从自然界中分离得到的任何一种微生物的纯培养物都可以称为微生物的一个菌株；对不同 来源的同一种细菌称为该菌的不同菌株。同一种细菌可有许多菌株，其主要性状应该完全相同，次要性状可 稍有差异，通常用地名或动物名的缩写加编号作菌株名。
• 只确定属名，未确定种名的若干菌株Salmonella spp. • 亚种用subsp.（正体）表示
Pasteurella multocida subsp. septica
由于细菌分类单元的划分缺乏一个易于操作的统一标准， 为了减少因采用不同标准界定分类单元所造成的混乱， 细菌系统分类也像其他生物分类一样采用“模式概念”
培养特征、
细胞形态及其染色特性、
特殊的细胞结构、
运动性、
微生物分类和鉴定的重要依据：
a）易于观察和比较，尤其是真核微生物和具有特殊 形态结构的细菌；
等等
b）许多形态学特征依赖于多基因的表达，具有相对 的稳定性；
二、生理生化特征
与微生物的酶和调节蛋白质的本质和活性直接相关； 酶及蛋白质都是基因产物；
对微生物生理生化特征的比较也是对微生物基因组的间接比较； 测定生理生化特征比直接分析基因组要容易得多；
营养类型；
与氧的关系；
对温度的适应性；
对渗透压的适应性；
对pH的适应性；
代谢产物等
微型、简便、快速或自动化鉴定技术
1、 API 细菌数值鉴定系统 2、 Enterotube 系统 3、 Biolog 全自动或手动细菌鉴定系统
3）型(form或type)：常指亚种以下的细分。当同种或同亚种不同菌株之间的性状差异，不足以分为新的亚种 时，可以细分为不同的型。（如不同血清型、噬菌型等）
菌株与型的区别： 菌株之间不存在鉴别性特征的差异，命名不同的菌株无需分类学依据，不同型的细菌之间存在鉴别性特 征的差异，命名或鉴定不同的型必需有分类学依据。
任何分离鉴定的新细菌的有关论文应在该杂志发表
二、 原核微生物分类系统
（一）《伯杰氏鉴定细菌学手册》 (Bergey’s Manual of Determinative Bacteriology)
美国宾夕法尼亚大学的细菌学教授伯杰(D.Bergey)(1860-1937)
伯杰氏手册: 是目前进行细菌分类、鉴定的最重要参考书，其特点是描述非常详细，包括对细菌各个属 种的特征及进行鉴定所需做的实验的具体方法。
鉴定法
五、微生物分类鉴定的方法 生物分类的传统指标 分子生物学指标 微型、简便、快速或自动化鉴定技术 细菌的数值分类
生物分类的传统指标 形态学特征 生理学特征 生态学特征
从不同层次，用不同学科的技术方法来研究和比较不同微生物的细胞、细胞组分或代谢产物， 从中发现的反映微生物类群特征的资料。
一、形态学特征
伯杰氏细菌鉴定手册
1923年以来已出至第九版(1994)； 第九版伯杰氏细菌鉴定手册设立35个群，将古细菌部改编为5个群，全书描写了约500个属。 划分为四大类：
第一类 具细胞壁的革兰氏阴性真细菌 第二类 具细胞壁的革兰氏阳性真细菌 第三类 无细胞壁的真细菌 第四类 古细菌
（二）伯杰氏系统细菌学手册 (Bergey’s Manual of Systematic Bacteriology)
4）种（species）： 物种，生物分类中基本的分类单元
微生物的种：具有高度特征相似性的菌株群，这个菌株群与其 他类群的菌株有很明显的区别。
二、细菌的命名
细菌的命名依据“国际细菌命名法规” 的规定，学名用拉丁文，遵循“双名法”。所谓“双名法” 就是每一种细菌的拉丁文名称由属名和种名两部分构成，属名第一个字母必须大写，其余均应小 写（即使种名以人名或地名命名）。整个属名及种名在出版物中应排成斜体。
细菌分类与鉴定
1
生物分类的二种基本原则：
a）根据表型(phenetic)特征的相似程度分群归类，这种 表型分类重在应用，不涉及生物进化或不以反映生 物亲缘关系为目标。
b）按照生物系统发育相关性水平来分群归类，其目标 是探寻各种生物之间的进化关系，建立反映生物系 统发育的分类系统。
从进化论诞生以来，已经成生物学家普遍接受的分类原则
如：Escherichia coli 属名+种名 Salmonella pullorum (S. pullorum)
几种不同的书写情况：
• 属名重复出现，可缩写 如：E.coli （大肠杆菌）； S. pullorum（鸡白痢沙门氏菌）
• 只确定属名，未确定种名的某一株细菌 Salmonella sp.