pajek
基于知识图谱干细胞现状及发展方向

价值工程0引言二十世纪是生命科学发展成为自然科学中最为引人注目的领域。
在1999年末的年度世界十大科学成果评选中,“干细胞研究的新发现”荣登了十大科学成果之首。
干细胞的研究为什么会引起人们的如此关注?干细胞是什么?当今国际干细胞研究学术界都在研究什么样的主题?干细胞研究有着怎样的特征及发展趋势?解决上述问题的有效方法之一就是对国际权威期刊中的干细胞研究的主题文献统计分析。
干细胞是一种具有自我复制和多向分化潜能的原始细胞,是机体的起源细胞,是形成人体各种组织器官的原始细胞。
在一定条件下,它可以分化成多种不同的细胞,甚至可以发育成各种复杂的器官,医学界称其为“万用细胞”[1][2]。
在当今科学研究领域,知识图谱正在蓬勃兴起。
知识图谱是一种可以显示知识发展进程与结构关系的图像,并且用可视化技术描述知识资源,来挖掘、分析、构建、绘制和显示它们之间的相互联系。
它把学科的理论与计量学引文分析、共现分析等方法结合,用可视化的图谱形象地展示学科的核心结构、发展历史、前沿领域以及整体知识架构。
它把复杂的知识领域通过数据挖掘、信息处理、知识计量和图形绘制而显示出来,揭示知识领域的动态发展规律,为科学研究提供了便利、直观的研究途径。
在国内已有的干细胞研究中,树立和总结国际干细胞研究的成果较为少见,因此,本文拟基于科学计量学的新方法———科学知识图谱,对干细胞研究现状进行分析,把握国际干细胞研究特征与趋势,为我国的干细胞研究提供参考[3]。
1数据来源及数据处理本文数据源自美国科学情报研究所(ISI )基于Web 开发的数据库———Web of science 数据库,按title (主题)检索“stem cells ”,选择1996年至2011年间,获得超过60000条论文记录,本研究采用的方法主要为科学计量学中的引文分析的方法,并借助了代表科学计量学最新发展、由处于国际领先水平的信息可视化软件Pajek 进行科学知识图谱的绘制。
structural hole(结构洞)

结构洞(structural hole )1.最早提出:Ronald Burt (1992)“结构洞”就是指社会网络中的空隙,即社会网络中的某个或某些个体和有些个体发生直接联系,但与其他个体不发生直接联系,即无直接联系或关系间断(disconnection )的现象,从网络整体看好像网络结构中出现了洞穴。
”Burt 在结构洞理论的地位:提结构洞,必提Burt 。
Burt, R.S. (1992) Structural holes: the Social Structure of Competition. Cambridge, MA: Harvard University Press.2.含义:个人在网络的位置比关系的强弱更为重要,其在网络中的位置决定了个人的信息、资源与权力.因此,不管关系强弱,如果存在结构洞,那么将没有直接联系的两个行动者联系起来的第三者拥有信息优势和控制优势,这样能够为自己提供更多的服务和回报因此,个人或组织要想在竞争中保持优势,就必须建立广泛的联系,同时占据更多的结构洞,掌握更多的信息。
3.计算公式①结构约束算法:=()ij jiij ikki ka a p aa ++∑其中ij a 是指i ,j 两点间的边的属性值(权重),p ij 表示i 与j 联系的强度2,,()i ij iq qj jq q i q jc p p p ≠≠=+∑∑系数越高,网络闭合性越高,结构洞越少。
注:这一公式是pajek 上的公式,也是Burt 提出的公式The impact of multilevel networks on innovation ,Jiancheng Guan, JingjingZhang, YanYan ②网络有效规模:此方法思想来自Burt 对结构洞的部分定义内容,即,如果间接看来他们之间不存在冗余关系,那么两者之间的空隙就是结构洞。
简单理解,个人网络规模减去冗余连接的数目。
BIBEXCEL简单使用教程

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标签栏
• 后面产生具体某一字段的out文件时会用到这个部分,也可以在转换 文件格式时产生的doc文件中查看所有的标签,如TI、AU、GD等等。
• 其中常用的标签有: • [ TI]表示标题, • [AU]表示作者, • [CD]表示参考文献, • [ DE]表示关键词。
BibexceJ有8个菜单
3字段提取-作者字段提取
以;隔开
点击
AU、TI、DE等字段
第一列文章编号 第二列作者名
3字段提取-参考文献字段提取
重命名
重命名
3字段提取-标题字段提取
空格划分
空格切分后的 标题词
4共现分析-.out→.cit(频率计算)
• 第一步 在文件管理系统中选择OUT文件。 • 第二步 在“Select type of Unit”下拉框中,选择计数单位,如
社会网络分析的方法和应用

社会网络分析的方法和应用随着互联网的飞速发展,人们之间的联系方式也在不断地发生着变化。
传统的人际交往方式已经无法满足现代社会的需求,社会网络成为了重要的交际方式。
社会网络分析(Social Network Analysis, SNA)已经成为了社会学、心理学、管理学、计算机科学等多个领域的热点研究课题。
本文将会介绍社会网络分析的方法和应用。
一、社会网络分析的方法社会网络分析主要使用计算机科学和数学统计学的方法研究社会网络结构和网络节点之间的关系。
以下是主要的社会网络分析方法:1.问卷调查法:通过向研究对象发放调查问卷的方式了解研究对象之间的关系,并将其转化为网络形式。
问卷调查法在研究大规模网络时不太适用,但是在研究小规模网络时可以提供深刻的洞见。
2.直接观察法:通过直接观察研究对象之间的交互关系,并将其转化为网络形式。
3.网络分析软件法:使用社会网络分析软件来收集和分析网络数据。
目前常用的社会网络分析软件有UCINET、Gephi、Pajek等。
4.复杂网络理论:运用复杂网络理论来深入探讨网络结构及其演化规律。
5.社会学模型:通过建立社会学模型,分析节点之间的关系及其演化规律。
二、社会网络分析的应用社会网络分析可以应用于多个领域,从个人层面到组织层面,从实证研究到理论探讨都有许多应用。
1.个人层面应用:(1)个人自我认知:了解自己在社会网络中的位置和作用,有助于个人更好地交际。
(2)情感支持:研究表明,社会网络中的情感关系对个人的生活质量和幸福感有着重要的作用。
(3)知识传播:社会网络可以帮助个人传播知识和信息。
2.组织层面应用:(1)管理与策略:通过分析组织网络结构,找出组织中存在的问题和瓶颈,并制定相应的解决策略。
同时,了解组织网络中的关系可以帮助管理者更好地分配资源和合理安排工作。
(2)团队协作:研究表明,组织网络结构与团队协作密切相关,优化组织网络结构可以提高团队的协作效率。
(3)创新与合作:社会网络可以促进组织内外的创新和合作,提高组织的竞争力。
一文读懂社会网络分析(SNA)理论、指标与应用

一文读懂社会网络分析(SNA)理论、指标与应用开新坑!社交网络分析(又称复杂网络、社会网络,Social Network Analysis)是诞生于数学图论、计算机科学、物理学的交叉碰撞中的一门有趣的学科。
缘起:我研究SNA已经有近2年的时光,一路坎坷走来有很多收获、踩过一些坑,也在线上给很多学生讲过SNA的入门知识,最近感觉有必要将心得和基础框架分享出来,抛砖引玉,让各位对SNA感兴趣的同学们一起学习进步。
我的能力有限,如果有不足之处大家一起交流,由于我的专业的影响,本文的SNA知识可能会带有情报学色彩。
面向人群:优先人文社科类的无代码学习,Python、R的SNA 包好用是好用,但是对我们这这些社科的同学来说门槛太高,枯燥的代码首先就会让我们丧失学习兴趣。
特征:类综述文章,主要目的是以通俗的语言和精炼的框架带领各位快速对SNA领域建立起一个全面的认知,每个个关键概念会附上链接供感兴趣的同学深入学习。
开胃菜:SNA经典著作分享《网络科学引论》纽曼 (访问密码 : v9d9g3)2 概述篇:什么是网络?我们从哪些角度研究它?1) 认识网络SNA中所说的网络是由节点(node,图论中称顶点vertex)和边(edge)构成,如下图。
每个节点代表一个实体,可以是人、动物、关键词、神经元;连接各节点的边代表一个关系,如朋友关系、敌对关系、合作关系、互斥关系等。
最小的网络是由两个节点与一条边构成的二元组。
Les Miserables人际关系网络2) 构建网络就是建模马克思说过,“人的本质在其现实性上,它是一切社会关系的总和。
” 事实上,当我们想快速了解一个领域,无论该领域是由人、知识、神经元乃至其他实体集合构成,利用SNA的方法将实体及其相互关系进行抽象和网络构建,我们就完成了对某一领域的“建模”,这个模型就是网络图,拿科学网络计量学家陈超美的观点来说,借助网络图,“一图胜千言,一览无余”。
3) 社会网络类型此处展示常见且常用的网络类型名词,想要具体了解可以点击链接仔细查看!•网络中节点的来源集合异同o一模网络 one-modeo二模网络 two-mode•视角:•边权重o加权网络 weight networko无权网络 unweight networko符号网络 Signed network•关系是否有方向o有向网络 Directed networko无向网络 Undirected network4) 网络分析的5大中心问题SNA可以帮助我们快速了解该网络中的分布格局和竞争态势,“孰强孰弱,孰亲孰远,孰新孰老,孰胜孰衰”,这16字箴言是我学习SNA总结的精华所在,初中级甚至高级的社会网络分析学习几乎完全就是围绕着这四个方面开展,后面将要讲到的理论与方法皆为此服务,希望同学们可以重点关注。
【国家自然科学基金】_pajek软件_基金支持热词逐年推荐_【万方软件创新助手】_20140803

2014年 序号
科研热词 1 抗毁性 2 复杂网络 3 公交网络
推荐指数 1 1 1
科研热词 词频分析软件 行为经济学 社会网络分析 知识网络 极化与扩散 文献计量学 技术创新 可视化 pajek cssci
推荐指数 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
2012年 序号 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36
2008年 序号 1 2 3 4 5 6 7 8 9
科研热词 高产机构分布 软件专利 社会网络 国家分布 发明者合作网络 博客 共链分析 互链分析 专利计量
推荐指数 1 1 1 1 1 1 1 1 1
2010年 序号
科研热词 1 网络 2 社群结构 3 最优化
推荐指数 1 1 1
2011年 序号 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10
科研热词 推荐指数 复杂网络 3 pajek软件 3 辨证 2 四诊信息 2 冠心病 2 pajek 2 高血压 1 资源配置 1 英文版期刊 1 网络舆情 1 网络模式 1 结构格局 1 糖尿病 1 突发事件 1 社会网络分析 1 知识网络 1 知识演化 1 相互作用网络 1 生物医学 1 物种度 1 核心期刊 1 权威性 1 显花植物 1 影响力 1 引文 1 多项目 1 关键节点识别 1 传粉昆虫 1 互引网络 1 互引 1 中心性 1 中国 1 mutual citation network 1 impact 1 english language journal 1 china 1
2013年 序号 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31
文献信息分析理论方法及应用

文献信息分析的内容
影响因子(Impact Factor,IF)是指某一期刊的文章在 特定年份或时期被引用的平均频率。影响因子的计算 方法是:用某刊的被引用次数除以该刊刊载的论文数, 实际计算影响因子的方法为某年某一期刊在过去两年 中所发表的论文被引用的总次数与该刊在同一时期内 发表论文的总数之比。
文献信息分析软件
Vosviewer 的优势在于可视化,能从多个视图对结果进行 展示,可构建多种矩阵,并支持文本挖掘,但其无法实现数 据的去重,不能通过时间演变展示一个领域的演进路径。
SciMAT 具有强大的预处理能力,能构建多种文献计量学 网络,并以文献计量学指标对结果的影响力进行定量分析, 还可通过配置向导的方式引导用户进行分析。
问题,其最大的优势在于其强大的聚类分析功能。
文献信息分析软件
每一个工具都有着不同的特点,没有一个工具能够囊括 所有的功能。比较结果显示,Citespace,SCI2,SciMAT功能较 完整,其他工具也有各自的优势。 在开展分析时,应了解不同工具的特点,再根据不同的分 析目的、特性和拟解决的问题,选择恰当的分析工具。
北京大学图书馆
《中文核心期刊要目总览》
中国科技信息研究所
《中国科技期刊引证报告》
中国科学院文献情报中心 《中国科学引文数据库来源期刊》
文献信息分析的内容
论文的作者与核心作者 洛特卡定律:
f(x)为写x篇论文的作者占作者总数的百分比,x为论文篇 数,C为某主题领域的特征常数。
文献信息分析的内容
论文的作者与核心作者 普赖斯(Derek John De Solla Price)提出了核心生产者 的“平方根定律”,即在某一特定领域中,全部论文 的半数系由该领域中全部作者的平方根的那些人撰写 的。这些人无疑是核心或高产作者。
一文读懂社会网络分析(SNA)理论、指标与应用

一文读懂社会网络分析(SNA)理论、指标与应用开新坑!社交网络分析(又称复杂网络、社会网络,Social Network Analysis)是诞生于数学图论、计算机科学、物理学的交叉碰撞中的一门有趣的学科。
缘起:我研究SNA已经有近2年的时光,一路坎坷走来有很多收获、踩过一些坑,也在线上给很多学生讲过SNA的入门知识,最近感觉有必要将心得和基础框架分享出来,抛砖引玉,让各位对SNA感兴趣的同学们一起学习进步。
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开胃菜:SNA经典著作分享《网络科学引论》纽曼 (访问密码 : v9d9g3)2概述:什么是网络?我们从哪些角度研究它?1) 认识网络SNA中所说的网络是由节点(node,图论中称顶点vertex)和边(edge)构成,如下图。
每个节点代表一个实体,可以是人、动物、关键词、神经元;连接各节点的边代表一个关系,如朋友关系、敌对关系、合作关系、互斥关系等。
最小的网络是由两个节点与一条边构成的二元组。
Les Miserables人际关系网络2) 构建网络就是建模马克思说过,“人的本质在其现实性上,它是一切社会关系的总和。
” 事实上,当我们想快速了解一个领域,无论该领域是由人、知识、神经元乃至其他实体集合构成,利用SNA的方法将实体及其相互关系进行抽象和网络构建,我们就完成了对某一领域的“建模”,这个模型就是网络图,拿科学网络计量学家陈超美的观点来说,借助网络图,“一图胜千言,一览无余”。
3) 社会网络类型这里展示了常见和常用的网络类型名词。
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3.3可视化成图功能 可视化成图功能
接下来就可以在Pajek中读取该文件 接下来就可以在Pajek中读取该文件。在菜单中 Pajek中读取该文件。
信 息 管 理 系
选 择 File ( 文 件 ) ﹥ Network ( 网 络 ) ﹥ Read (读取),或者直接在窗口界面的左侧点击 Networks(网络)栏中最左侧的打开按钮。 Networks(网络)栏中最左侧的打开按钮。
编号 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50
大学名称 同济大学 华南理工大学 重庆大学 华东师范大学 兰州大学 北京理工大学 中国农业大学 湖南大学 东北大学 郑州大学 南京航空航天大学 苏州大学 华东理工大学 武汉理工大学 南京农业大学 中国石油大学 北京科技大学 上海大学 西安电子科技大学 中国矿业大学 西南大学 暨南大学 电子科技大学 东北师范大学 华中师范大学
网站地址
网站地址
编号 1 2 3 4 5 6 7 8
大学名称 清华大学 北京大学 浙江大学 上海交通大学 南京大学 复旦大学 中国科学技术大学 华中科技大学 武汉大学 西安交通大学 吉林大学 中山大学 四川大学 哈尔滨工业大学 山东大学 南开大学 天津大学 北京师范大学 中南大学 东南大学 厦门大学 中国人民大学 北京航空航天大学 大连理工大学 西北工业大学
3.1实例数据来源 实例数据来源
本实例选取中国管理科学研究院武书连等人发布的
信 息 管 理 系
《2008中国大学评价》中排名前50的大学的网站作 2008中国大学评价》中排名前50的大学的网站作 中国大学评价 50 为研究对象。截至2008年 为研究对象。截至2008年7月31日,借助Altavista 2008 31日 借助Altavista 搜索到了50个大学的网站之间所有的互链共22094条 搜索到了50个大学的网站之间所有的互链共22094条 50个大学的网站之间所有的互链共220功能简介
Pajek中有 Files Net选项 选项, Ucinet软件中的 Data和 软件中的Data Pajek 中有Files 和 Net 选项 , 与 Ucinet 软件中的 Data 和 中有 Files和 Transform选项对应 其中Files菜单还有一些常用功能, 选项对应。 Files菜单还有一些常用功能 Transform选项对应。其中Files菜单还有一些常用功能, Read(读取) Edit(编辑)或者Sort 分类) Sort( 如Read(读取)和Edit(编辑)或者Sort(分类)等。 Pajek文件与 Ucinet数据文件在格式上类似 文件与Ucinet数据文件在格式上类似, Pajek 文件与 Ucinet 数据文件在格式上类似 , 在形式上 可以是邻接矩阵本身, 可以是邻接矩阵本身,也可以是对数据进行分区或聚类 分析的结果。使用Net选项, Net选项 分析的结果 。 使用 Net 选项 , 可以对网络进行转置或简 化处理。 因为Pajek 包括很多用来检测成份的命令, Pajek包括很多用来检测成份的命令 化处理 。 因为 Pajek 包括很多用来检测成份的命令 , 其 他菜单选项也可以进行各种分区和聚类, 他菜单选项也可以进行各种分区和聚类,它们是专门设 计用来减少巨型网络的规模的。Pajek可以对一个巨大 计用来减少巨型网络的规模的 。 Pajek 可以对一个巨大 的网络进行分析和分区, 的网络进行分析和分区,然后对每个分区进行更细致的 分析。 分析。
信 息 管 理 系
9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25
3.2数据预处理 数据预处理
使 用 Altavista 搜 索 到 的 链 接 数 据 , 需 要 转 化 为
信 息 管 理 系
Pajek软件所能够读取的格式。 Pajek软件所能够读取的格式。具体的转化主要包括 软件所能够读取的格式 两步: 两步: 将下载的链接文件转化为Excel 格式的数据 , 该 将下载的链接文件转化为 Excel格式的数据 Excel 格式的数据, 数据表示50所大学之间互链的下三角邻接矩阵。 数据表示50所大学之间互链的下三角邻接矩阵。 50所大学之间互链的下三角邻接矩阵 xls格式的链接数据转化为可以被 Pajek识别 格式的链接数据转化为可以被Pajek 将 .xls 格式的链接数据转化为可以被 Pajek 识别 的.net文件:中国50所大学.net。 net文件:中国50所大学.net。 文件 50所大学
Excel格式的链接数据(部分) 格式的链接数据(部分) 格式的链接数据
信 息 管 理 系
Pajek文件中国 所.net格式(部分) 文件中国50所 格式( 文件中国 格式 部分)
信 息 管 理 系
信 息 管 理 系
Pajek可识别的.net文件由两部分组成 Vertices( 文件由两部分组成: Pajek可识别的.net文件由两部分组成:Vertices(顶 可识别的 点)部分和Arcs(弧)部分。第一部分以“*Vertices” 部分和Arcs( 部分。第一部分以“ Vertices Arcs 开头, 50”表示顶点数 以下依次为各顶点的信息。 表示顶点数, 开头,“50 表示顶点数,以下依次为各顶点的信息。 下面我们以第一条记录为例,详细解释Pajek Pajek文件中顶 下面我们以第一条记录为例,详细解释Pajek文件中顶 点信息的记录格式: 点信息的记录格式 : “ 1”和 “ 和 ” 表示该顶点的编号为1 名称为www ; www. 表示该顶点的编号为 1 , 名称为 ; 4970”表示该顶点在可视化图中 表示该顶点在可视化图中x “0.6909 0.4970 表示该顶点在可视化图中x、y轴的 坐标值,该值可以由使用者自行设定或者省略。 坐标值 , 该值可以由使用者自行设定或者省略 。 第二 部分以“ Arcs”开头 表示各顶点之间的关系。 开头, 部分以 “ * Arcs 开头 , 表示各顶点之间的关系 。 我们 仍然以第一条记录为例: 216.0000”表示编号为 仍然以第一条记录为例:“1 2 216.0000 表示编号为 1与编号为2的顶点之间的链接数为216次。 与编号为2的顶点之间的链接数为216次 216
3、具体功能详细介绍 、
下面将结合具体的链接分析研究实例, 下面将结合具体的链接分析研究实例,来详细介绍
信 息 管 理 系
Pajek在网络信息计量研究中的应用。 Pajek在网络信息计量研究中的应用。 在网络信息计量研究中的应用 大学网站之间的学术信息交流是网络信息分析的一 个重要方面。 个重要方面。大学之间的学术信息交流情况是学术 研究情况评估、大学科研情况评估, 研究情况评估、大学科研情况评估,以及大学之间 的交流活跃情况评估的一个重要考察指标。因此, 的交流活跃情况评估的一个重要考察指标。因此, 选择大学网站之间的互链情况作为实际使用的案例。 选择大学网站之间的互链情况作为实际使用的案例。
可视化工具 Pajek
Pajek
信 息 管 理 系
Pajek软件是由Vladimir Batagelj和Andrej Pajek软件是由Vladimir Batagelj和 软件是由 Mrvar共同编写的 共同编写的, Mrvar共同编写的,可以免费提供给非商业用 途的用户。Pajek在斯洛文尼亚语中是蜘蛛的 途的用户。Pajek在斯洛文尼亚语中是蜘蛛的 意思, 该软件的Logo 就是一只蜘蛛, Logo就是一只蜘蛛 意思 , 该软件的 Logo 就是一只蜘蛛 , 暗示其 具有网络绘制的功能。 具有网络绘制的功能。
步骤1 Pajek中读取文件 中国50所大学.net 中读取文件: 50所大学 步骤1 在Pajek中读取文件:中国50所大学.net
信 息 管 理 系
Pajek主界面 主界面
信 息 管 理 系
2、Pajek功能特点 、 功能特点
Pajek可以对大型网络进行有效的分析。 Pajek可以对大型网络进行有效的分析。最显著的功 可以对大型网络进行有效的分析
信 息 管 理 系
能就是该软件可以在屏幕上绘出二维、 能就是该软件可以在屏幕上绘出二维、三维甚至动 态的社群图,并具有强大的图形生成和导出功能。 态的社群图,并具有强大的图形生成和导出功能。 与MDS类似,Pajek也使用弹性嵌入程序对结果图进 MDS类似,Pajek也使用弹性嵌入程序对结果图进 类似 行着色处理,确定标签, 行着色处理,确定标签,以便直观的突出网络关系 的核心特征, 的核心特征,还可以利用选项功能对社群图进行平 面旋转或空间旋转,以便从不同的角度观察图形, 面旋转或空间旋转,以便从不同的角度观察图形, 同时也提供鼠标自由移动所生成的网络节点。 同时也提供鼠标自由移动所生成的网络节点。所有 的操作都可以精确细致的控制。 的操作都可以精确细致的控制。
Pajek
信 息 管 理 系
Pajek是一种基于Windows Pajek是一种基于Windows的用于将大型网络可视化的社 是一种基于Windows的用于将大型网络可视化的社 会网络分析软件,是基于图论、 会网络分析软件,是基于图论、网络分析以及可视化软 件等等发展而来的。它的特点是将信息可视化。 件等等发展而来的。它的特点是将信息可视化。它允许 人们对大量抽象的数据进行分析。 人们对大量抽象的数据进行分析。事实上人的创造性不 仅取决于人的逻辑思维,同时取决于人的形象思维。 仅取决于人的逻辑思维,同时取决于人的形象思维。海 量的数据只有通过可视化变成形象, 量的数据只有通过可视化变成形象,才能激发人的形象 思维, 思维,才能在表面上看来是杂乱无章的海量数据中找出 隐藏的规律,为科学发现、 隐藏的规律,为科学发现、工程开发和业务决策等提供 依据。 依据。