生物信息学-ncbi的应用

生物信息学在下司犬基因组DNASINEs多态性课题中的应用

生信息学是包含生物信息的获取、处理、贮存、分发、分析和解释的所有方面的一门学科，它综合运用数学、计算机科学和生物学的各种工具进行研究，目的在于了解大量的生物学意义。目前生物信息学的研究内容主要包括：(1) 生物分子数据的收集与管理(2)数据库搜索及序列比较 (3)基因组序列分析 (4)基因表达数据的分析与处理 (5)蛋白质结构预测

我的课题任务主要是研究下司犬基因组DNASINEs多态性，主要是运用生物信息学、比较基因组学研究SINEC-CF 在下司犬基因组中的遗传多样性；通过PCR 的方法展示SINEC-CF在下司犬及有关中华田园犬基因组内的插入情况；通过构建基因组DNA文库鉴定下司犬基因组中SINEC-CF插入新位点，阐明SINE对其结构和功能的影响。基于课题研究的内容，生物信息学对此提供了新的研究思路和强有力的工具。本文将从犬基因组全序列的搜索，SINEC-CF序列的搜索，BLAST，引物设计，RNA Folding几个方面进行阐述。

1 在ncbi上对犬基因组全序列进行搜索

/genome/assembly/317138/

/mapview/map_search.cgi?taxid=9615

2搜索SINEs序列

根据文献已报道的SINEs序列的插入位点，通过/cgi-bin/hgTracks 进行序列的搜索。共有90000多条SINEC-Cf重复序列，得到序列，并进行比对。

2.1 输入位点

2.2 得到结果

>canFam1_rmsk_SINEC_Cf range=chr5:13120452-13120642 5'pad=0 3'pad=0 strand=+ repeatMasking=none GGGATCCCTGGGTGGCGCAGCGGTTTGGCGCCTGCCTTTGGCCCAGGGCACGA TCCTG GAGACCCGGGA TCGAA TCCCACATCGGGCTCCCAGTGCATGGAGCCTGCTTCTCCCTC TGCCTGAGTCTCTGCCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTGTGACTATCATAAA TAAA TAAAA ATTTAAAAAAAAAAA

2.3通过MEGA软件对已知SINEC-Cf进行比对

3 BLAST

3.1---BLAST N

/Blast.cgi?PROGRAM=blastn&BLAST_PROGRAMS=megaBlast&P AGE_TYPE=BlastSearch&SHOW_DEFAULTS=on&LINK_LOC=blasthome

3.2相应程序选择

3.2直接BLAST，得到结果/Blast.cgi

4 设计引物

4.1 输入序列

/bioapps/primer3_www.cgi

4.2 得到结果

/bioapps/primer3_www_results.cgi

5.1 /?q=mfold/rna-folding-form

5,2 /cgi-bin/display-img2.cgi?