RAD-seq技术在基因组研究中的现状及展望
基因组学的应用前景展望
基因组学的应用前景展望随着科技进步和学术研究的不断深入，基因组学技术和应用已成为生命科学和医学领域的重要基础和核心。
基因组学的应用前景展望是广泛而深远的，它涉及到许多不同领域和产业，有着丰富的发展潜力和市场空间。
本文将从基本概念、应用展望和今后趋势等方面对基因组学的应用前景进行论述。
一、基本概念基因组学是指对生物基因组的研究和解读，包括基因组序列分析、基因功能鉴定、基因表达调控、遗传变异分析等。
基因组学技术最早用于人类基因组计划的实施，随着科技的发展和应用的拓展，基因组学已经成为高通量生物技术和精准医疗的重要基础和手段。
基因组学的产生标志着人类认识生命的深刻变化，它已经从传统生物学的分支学科逐渐发展成为跨学科的综合性科学领域，涉及到基础生物学、医学、农业、环境、疾病预测和治疗等多个方面。
基因组学的应用前景展望正在逐渐开启，目前已经涉及到了许多领域和行业，包括医疗卫生、农业生产、环境保护、食品安全、工业生产等不同领域。
二、应用展望1、医疗领域基因组学技术在医疗领域的应用前景非常广阔。
目前，人类基因组研究已经揭示了许多与人体健康和疾病相关的基因和基因变异，为个体化医疗提供了深刻的理论基础和实践基础。
个体化医疗是基因组学应用在医疗领域的一大趋势。
基因组学技术可以用于疾病的早期预测、病因分析、个体化治疗等方面。
例如，通过测序分析，可以快速检测到某些基因突变可能引起的疾病风险，从而有针对性地进行预防、监测和治疗。
此外，还可以在药物治疗方面进行精准调整，进一步提高治疗效果和副作用轻微程度。
2、农业领域基因组学与农业领域的结合已经成为了现代农业的重要趋势。
它可以应用于作物品种改良、畜牧业、水产养殖、微生物菌种筛选等方面。
例如，基因组学技术可以对作物基因组进行快速测序、分析和比对，帮助农民选育高产、耐病、品质优良的新品种。
此外，基因组学技术还可以应用于病虫害防治、育种优化、种质资源保护等方面，为现代农业的可持续发展提供重要支持。
人类基因组学的研究进展与应用前景展望
人类基因组学的研究进展与应用前景展望随着科技的快速发展，基因科学日益成为人们关注的热点。
基因是人类身体构成和功能实现的重要基础，而人类基因组学的研究侧重于对人类基因组的解析和理解，以期为疾病的治疗和个性化治疗提供更好的远景。
本文将重点介绍人类基因组学的研究进展和应用前景展望。
一、人类基因组学的研究进展人类基因组是指所有的DNA序列，包括编码基因和非编码区域。
通过大规模DNA测序技术以及计算生物学手段，可以对人类基因组进行全序列的解析和研究。
1. 基因组测序技术的不断升级随着高通量测序技术的快速发展，人类基因组的测序速度和质量得到了大幅度提高。
当代的测序技术已经从最初的Sanger测序逐渐演变到放大和直接测定人类基因组，其速度和精度显著提高。
同时，新一代基因组测序技术，如单分子测序、纳米孔高速测序、第三代基因组测序等，也在不断提高人类基因组学的研究效率。
2. 遗传学的深度研究人类基因组的变异是造成个体差异的主要原因之一，而遗传学研究着重于探究这些变异的原因和机制。
人类遗传学可以研究单基因遗传病、复杂疾病等遗传现象。
在单基因遗传病的研究方面，人类基因组学已取得了较大的进展，如囊性纤维化、癌症、唐氏综合征等疾病的致病基因已经鉴定或部分鉴定。
针对复杂疾病，人类基因组学的研究正层出不穷。
3. 高分辨率基因组学技术的发展基于大规模的基因单核苷酸多态性（SNP）基因芯片、CNV （Copy number variation，拷贝数变异）分析和基因关联分析（GWAS），人类基因组学可以实现更加高分辨率的基因组浏览，这对某些高频复杂疾病的发生有一定的研究意义。
此外，其他高通量技术的发展，如单细胞转录组学、单细胞蛋白质组学和单细胞结构组学，也在向人类基因组学的精细化方向推进。
4. 基因编辑技术的突破CRISPR-Cas9是目前最常用的基因编辑技术之一，已被广泛应用于基因组工程和制药等领域。
通过“剪切-取代”或“剪切-关闭-注册”的原理，CRISPR-Cas9在基因组编辑方面具有极高的效率和精度。
基因组学的研究现状与未来发展趋势
基因组学的研究现状与未来发展趋势随着科技的不断进步和人们对基因的认识不断深入，基因组学成为了当今生命科学中备受瞩目的研究领域。
基因组学是研究染色体中基因组的组成、结构和功能，以及与人类疾病之间的关联性的科学。
本文将介绍基因组学的研究现状以及未来发展的趋势。
一、基因组学的研究现状在过去几十年中，基因组学得到了巨大的发展。
人类基因组计划（Human Genome Project）的成功完成，标志着基因组学研究进入了全新的时代。
现代基因组学的研究主要分为以下几个方面：1. 基因组测序基因组测序是基因组学的核心技术之一。
通过测定一个生物个体基因组的DNA序列，可以了解其中的基因和非编码DNA等信息，以及它们之间的相互作用。
近年来，新一代测序技术的发展大大提高了测序效率和准确性，降低了成本，为基因组学的研究提供了有力支持。
2. 功能基因组学研究功能基因组学研究致力于理解基因组中的各个元件（如蛋白质编码基因、非编码RNA、调控元件等）的功能和相互关系。
它通过基因的表达调控机制、基因间和基因内的相互作用等方面的研究，揭示了基因组的整体功能与调控网络。
3. 组学数据分析组学数据分析是基因组学研究中不可或缺的环节。
在大规模基因组测序等研究中，会产生大量的数据，如基因表达数据、DNA甲基化数据等。
通过对这些数据的整合和分析，可以揭示基因功能与调控的规律，发现与疾病发生发展相关的新的生物标志物。
二、基因组学的未来发展趋势基因组学在未来的发展中将面临一些新的机遇和挑战。
以下几个方面是基因组学未来发展的趋势：1. 单细胞基因组学传统的基因组测序技术往往是基于大量细胞的群体测序，忽略了个体细胞之间的差异。
而随着单细胞基因组学的发展，可以对单个细胞进行基因组测序和分析，揭示细胞间的异质性，这对于理解组织和器官的发育、功能和疾病起源具有重要意义。
2. 环境基因组学环境基因组学是基于基因组技术研究生物体与环境相互作用的学科。
它结合了生态学、地球科学等多学科的知识，通过对环境中DNA的测序和分析，揭示了微生物世界的多样性、功能和生态系统中的物质循环等信息。
基因组学研究的现状与未来方向
基因组学研究的现状与未来方向在科学技术快速发展的时代，人们对基因组学研究的兴趣也越来越高涨。
基因组学是研究基因组和基因在生物中的功能和相互关系的一门学科，基因组学的发展为我们了解人类生命的本质提供了基础。
本文将介绍基因组学研究的现状以及未来方向。
一、基因组学的发展现状随着基因测序和生物信息学等技术的不断发展，基因组学的研究也在不断扩展，现今涉及到基因组学的多个领域。
其中包括了基因组的测序和分析，基因组编辑和调节以及基于基因组的生物活性研究。
1. 基因组的测序和分析测序技术的不断进步，已经可以对大量的基因进行精准的测序，其中最受关注的就是全基因组测序（Whole genome sequencing，WGS）和全外显子组测序（Whole Exome sequencing，WES）技术。
这两项技术可以分别对整个基因组和基因组中编码蛋白质的外显子序列进行深度测序以获得大量的基因信息。
基因组测序技术不仅可以用来研究人类基因组，还可以用于生物多样性研究、进化分析以及种群基因学等领域的研究。
基因组测序技术的普及，使得生命科学研究者拥有了前所未有的数据，进而推动了基于大数据和人工智能的计算方法的发展。
这些计算方法可以深度挖掘基因数据，并发现潜在的基因-表型（Phenotype）相关性关系和基因-基因（Gene-gene）互作关系等，提高了科研者们研究基因的效率和深度。
2. 基因组的编辑和调节基因组编辑和调节是通过改变基因组序列或基因的表达，来研究基因在生物体中的功能和相互关系。
这其中，最广泛应用的是基因组编辑技术CRISPR-Cas9技术，CRISPR-Cas9技术可以非常精准地改变目的基因序列，进而研究基因在生物体中的功能。
此外，还有一种基于基因编辑的方法，叫做TAL-OR技术，通过改变基因的调节区间，来改变基因的表达量。
这种方式有助于我们更深入地研究基因与表型之间的关系。
3. 基于基因组的生物活性研究基因组学的研究不仅带来了基础研究的进展，也拓宽了生物科技的发展道路。
基于二代测序技术的遗传多样性评估与保护
基于二代测序技术的遗传多样性评估与保护随着人类社会的不断发展，生物多样性的损失成为了一个越来越突出的问题。
遗传多样性是生物多样性的一个重要组成部分，它反映了一个物种在进化过程中的遗传特征，并且为生物的进化与适应提供了必要的基因库。
通过对遗传多样性的评估与保护，可以更好地保护物种的适应性和生存能力，也有助于对生态系统的维护和管理。
而基于二代测序技术的遗传多样性评估与保护，无疑是近年来的一项重要研究内容。
一、二代测序技术的发展二代测序技术是指在不断的股市下，由Solexa公司等单位于2007年独立开发出来的新一代测序技术，是指通过短序列读取技术，将DNA或RNA片段进行高通量测序，从而获得高质量的序列数据。
相较于传统的同源测序技术，二代测序技术具有高速、高精度、高通量等突出的优点，可以广泛应用于基因组学、转录组学、蛋白质组学等领域。
二、二代测序技术在遗传多样性评估中的应用基于二代测序技术的遗传多样性评估，主要是通过分析DNA序列变异信息，来揭示物种的进化过程和基因组性状差异。
具体而言，二代测序技术可以帮助我们在以下几个方面对遗传多样性进行评估。
1. 种群遗传结构分析在研究物种的遗传多样性时，首先需要对其种群结构进行分析。
二代测序技术可以通过产生大量的序列数据，揭示遗传变异情况，从而推断种群的遗传分化程度和历史演化关系。
例如可以利用RAD-Seq（限制性消化和高通量测序技术）对不同种群样品的DNA片段进行测序，根据间隔分布的SNP（单核苷酸多态性）位点来分析种群的遗传结构，揭示种群之间的基因流情况和遗传差异程度。
2. 基因组变异分析在种群遗传结构分析的基础上，进一步可以利用二代测序技术获得物种的基因组变异情况。
通过对物种不同基因组区域进行测序，可以揭示基因组局部的变异特征和基因相似度，有助于更细致的评估物种遗传多样性和进化关系。
例如可以利用全基因组重测序技术对个体样本进行测序，通过基因组SNP和基因型来揭示各个个体之间变异的程度。
基因测序技术的新进展与未来展望
基因测序技术的新进展与未来展望随着科学技术的不断发展与进步，基因测序技术也越来越受重视。
相较于传统的基因测序方法，新一代的基因测序技术已经取得了重大的突破，并在众多应用领域展现了潜力。
本文将会探讨基因测序技术的新进展，以及未来的发展方向。
一、第三代基因测序技术第三代基因测序技术是当前基因测序技术领域的最新研究方向。
相比较于传统的基因测序技术，第三代基因测序技术有以下几个特点：1. 单分子测序传统的基因测序技术通常需要创建 DNA 片段质粒库以进行大规模分析，且可能存在人为干扰或者数据误差等问题。
而第三代基因测序技术采用了单分子测序，不用多次体外扩增，从而避免了重复放大部分DNA并造成片段质量损失的问题，可以大大提高数据的准确性。
2. 实时测序第三代测序技术可以实现实时数据生成和存储，研究人员可以在短时间内快速获取大量数据，而无需等待数据生成和存储。
3. 高通量由于使用单分子测序技术，该技术可以处理大量的重复数据，从而提高了其处理能力和速度。
二、第三代基因测序技术的应用领域1. 个体基因组测序当前，第三代基因测序技术在个体基因组测序中得到广泛应用。
通过个体基因组测序，可以完整、精准地了解个体的基因组信息，从而帮助医生提供更准确的治疗方案。
2. 元基因组学在微生物学领域，第三代基因测序技术可以帮助研究人员了解微生物的多样性和组成，从而帮助研究人员进行可持续性等相关研究。
3. 癌症基因测序在癌症研究领域中，第三代基因测序技术可以帮助研究人员发现某些基因有可能是肿瘤的致病因素之一，并可以帮助医生提供更好的诊断方案。
三、未来发展方向目前，第三代基因测序技术在临床诊断、微生物等领域已经得到广泛应用，并且在基因组、转录组、表观遗传学等方面的研究中也有非常重要的作用。
未来，研究人员将继续致力于提高技术的效率和准确性，并且将新的方法和理念引入第三代基因测序技术的研发中。
总体来说，第三代基因测序技术带来了巨大的变革和进步，其广泛应用在个体基因组测序和癌症基因测序等领域，不仅有助于人们更好地了解自身健康，也为相关领域的研究发展提供了很好的支持。
人类基因组学研究现状与未来趋势
人类基因组学研究现状与未来趋势基因，是人体中能够传递遗传信息的基本因子，每个人的基因不尽相同。
人类基因组学研究是对人类基因组的科学探索，它涉及到我们的遗传情况、疾病发生的机理、药物治疗的个体化等重要领域，也在不断地推动新药研发、科学医疗和个体化医疗的发展。
本文将介绍人类基因组学研究的现状与未来趋势。
一、研究现状1.基因组测序技术的进步随着科技的不断发展，基因组测序技术也在逐渐进步。
第一份人类基因组极速服务于2001年公布，这一过程耗费了十多年的时间，费用超过十亿美元。
而如今的基因组测序技术则迅速提速，并大幅缩短了检测时间和费用。
现在，我们只需花费数百美元就能在几天内完成基因测序。
这大大推动了基因组学研究的进展，也使更多的人有了机会进行基因检测。
2.遗传病的筛查和预测基因组测序技术的提升，为遗传病的筛查和预测提供了新的手段。
这种技术的发展使得更多的人能够知悉自己携带的基因，包括一些可遗传疾病的信息。
举个例子，BRCA1和BRCA2基因是增加乳腺癌和卵巢癌风险的重要基因，通过基因组测序就可以对这种遗传风险进行筛查，利用这些信息，个体化预防、治疗措施才能更加精准。
3.跨领域的研究基因组学的发展也推动了其他领域的发展，如社会学、人类学等。
通过对人类基因的研究，可以更好地解释人类起源、人类进化和遗传迁移等问题。
此外，基因研究还可以在食品安全、犯罪侦查、生态和环境保护等方面发挥重要作用。
二、未来趋势1.精准医疗的发展基因研究是精准医疗的核心技术之一。
目前，基因组测序技术的提升和成本的降低，为精准医疗提供了基础条件。
精准医疗需要从个体基因层面出发，开发针对个体特点的治疗方案。
基因组学研究的不断深入，可以更好地指引临床治疗，为个体制定更精准的治疗方案，从而提升治疗效果和预后预测。
2.国际合作的加强基因组学属于跨国性的重要研究领域，多国的科学家和研究机构必须加强合作以更好地利用基因组学的技术与成果。
在国际上，已经有不少跨国的基因组计划在进行中，一方面加快了研究进程，另一方面也让研究可以跨越国界，实现更多方面的应用。
简化基因组测序RAD技术
基于酶切的简化基因组测序(RAD)
1. 对于群体进化研究，个体的混样策略是怎样的？
答：如果更关注群体间的遗传多样性差异，希望消除群体内个体遗传差异带来的干扰，可以采用群体内个体混样的策略，我们会进一步在生物信息分析流程中采用优化的群体内SNP纠错与过滤程序达到分析目的。
2. 我们的RAD-Seq建库测序策略是怎样的？
答：建库策略选择基于综合考虑序列碱基质量、测序成本和物种基因组情况，主要有Single‐end 50 bp和Pair‐end 90 bp。
对于有参考基因组的物种，我们建议采用PE90文库测序。
对于无参考基因组的物种，则建议采用SE50文库测序。
3. RAD-Seq测序结果受哪些因素影响？测序成功的标准是什么？
答：设备、耗材、操作问题等方面都会对测序的结果造成影响。
测序成功标准包括：reads 数达标，错误率低，Q20高等。
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Hereditas (Beijing) 2014年1月, 36(1): 41―49 综 述收稿日期: 2013−07−16; 修回日期: 2013−08−15基金项目:国家重点基础研究发展规划(973计划)项目(编号：2011CB109300)资助作者简介:王洋坤, 硕士研究生, 专业方向：基因组生物学。
E-mail: cherrywyk@通讯作者:张天真, 博士, 教授, 研究方向：作物遗传育种。
E-mail: cotton@ DOI: 10.3724/SP.J.1005.2014.0041 网络出版时间: 2013-10-16 19:05:20URL: /kcms/detail/11.1913.R.20131016.1905.003.htmlRAD-seq 技术在基因组研究中的现状及展望王洋坤, 胡艳, 张天真南京农业大学, 作物遗传与种质创新国家重点实验室/教育部杂交棉创制工程研究中心, 南京210095摘要: Restriction-site associated DNA sequencing(RAD-seq)技术是在二代测序基础上发展起来的一项基于全基因组酶切位点的简化基因组测序技术。
该方法技术流程简单, 不受有无参考基因组的限制, 可大大简化基因组的复杂性, 减少实验费用, 通过一次测序就可以获得数以万计的多态性标记。
目前, RAD-seq 技术已成功应用于超高密度遗传图谱的构建、重要性状的精细定位、辅助基因组序列组装、群体基因组学以及系统发生学等基因组研究热点领域。
文章主要介绍了RAD-seq 的技术原理、技术发展及其在基因组研究中的广泛应用。
鉴于RAD-seq 方法的独特性, 该技术必将在复杂基因组研究领域具有广泛的应用前景。
关键词: RAD-seq; 基因组; 遗传图谱; SNP; 双酶系统的RAD(ddRAD)测序Current status and perspective of RAD-seq in genomic researchYangkun Wang, Yan Hu, Tianzhen ZhangState Key Laboratory of Crop Genetics and Germplasm Enhancement/Cotton Hybrid R & D Engineering Center of the Ministre of Educa-tion , Nanjing Agricultural University , Nanjing 210095, ChinaAbstract: The restriction-site associated DNA sequencing (RAD-seq) is a high-throughput sequencing technique de-veloped from the next-generation sequencing (NGS). This method can reduce the representation of the complex genome while mapping thousands of polymorphic markers with or without a reference genome. It has been extensively used for high-density genetic map construction, fine mapping of important genes, genome sequence assembly, population genomic research, as well as phylogenetic research and so on. Here, we introduce the technological principle and development of RAD-seq combined with the sequencing applications in various species. Due to its uniqueness, RAD-seq will have a wide application in genetic analysis of complex genomic research in the future.Keywords: RAD-seq; genome; genetic map; SNP; double enzyme system of RAD (double digest RAD ddRAD)sequencing2005年, 美国454生命科学公司Margulies 等[1]在国际顶级学术期刊Nature 上报道了一种快速简单的测序方法：结合 DNA 扩增的乳胶系统(Emulsion system)和以皮升为单位的焦磷酸(Pyrophosphate)为42 Hereditas (Beijing) 2014第36卷基础的测序方法——焦磷酸测序(Pyrosequencing)方法, 二代测序(Next-generation sequencing, NGS)的时代由此开启。
目前市场上主流的二代测序技术有Roche/454 焦磷酸测序(2005年)、Illumina/Solexa 聚合酶合成测序(2006年)和ABI/SOLiD 连接酶测序(2007年)。
与传统的一代测序相比, 新一代测序技术共有的突出特征是：单次运行(run)产出的序列数据量大, 所以二代测序又被称为高通量测序技术。
新一代测序技术的产生有助于人们以更低廉的价格, 快捷、全面、深入地分析基因组、转录组及蛋白质之间交互作用的各项数据。
简化基因组测序(Reduced-representation sequenc-ing)是在第二代测序基础上发展起来的一种利用酶切技术、序列捕获芯片技术或其他实验手段降低物种基因组复杂程度, 针对基因组特定区域进行测序, 进而反映部分基因组序列结构信息的测序技术。
目前发展起来的简化基因组测序有：复杂度降低的多态序列(Complexity reduction of polymorphic sequences, CRoPS)测序[2], 限制性酶切位点相关的DNA (Re-striction-site associated DNA, RAD)测序[3], 基因分型测序(Genotyping by sequencing, GBS)[4], 其中运用最为广泛的是限制性酶切位点相关DNA的测序技术, 即RAD-seq。
该技术利用限制性内切酶对基因组进行酶切, 产生一定大小的片段, 构建测序文库, 对酶切后产生的RAD标记进行高通量测序。
由于RAD标记是全基因组范围的呈现特异性酶切位点附近的小片段DNA标签, 代表了整个基因组的序列特征, 因此通过对RAD标记测序能够在大多数生物中获得成千上万的单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphism, SNP)标记[5,6]。
该技术的优点在于：(1)通量高, 通过一次测序开发RAD 标记的数量是传统分子标记开发技术的10倍; (2)准确性高, 数字化信号和高覆盖度使其较传统的分子标记准确性大大提升; (3)数据利用率高, 性价比高, 由于基因组的复杂度被大幅降低, 从而降低了测序成本, 因而特别适合在群体水平进行研究; (4)实验周期短, 由于具有高通量的特点, 经过一次测序能够产生数以万计的标记, 大大缩短了传统标记的开发周期; (5)不受基因组序列的限制, 对没有参考基因组的物种也可以进行大规模筛查SNP 位点。
RAD-seq已成功应用于SNP标记的开发、超高密度遗传图谱的构建、动植物重要经济性状的QTL定位、群体遗传结构、系统演化分析和辅助全基因组de novo测序等研究领域[7~101 RAD-seq 的主要技术流程]。
RAD-seq 的主要技术流程包括：基因组DNA 的酶切, 测序文库的构建, 上机测序, 数据分析等4个步骤。
(1)利用限制性内切酶对基因组DNA样品进行酶切。
一般情况下, 八碱基酶在基因组中出现的频率最低, 其次是六碱基酶, 出现频率最高的为四碱基酶。
限制性内切酶的选择需要对目标物种的参考基因组(或已知BAC序列)进行系统分析, 根据基因组的GC含量、重复序列情况等信息选择合适的酶。
2008年, Baird等[11]首先使用八碱基酶SbfⅠ(CCTG- CAGG)对三刺鱼(Gasterosteus aculeatus)基因组DNA进行酶切, 测序得到14万个RAD标记; 而后, 为了对三刺鱼的侧鳍性状进行精细定位, 又使用三刺鱼基因组序列中出现频率更高的六碱基酶Eco RⅠ(GAATTC)对亲本以及F2群体基因组DNA进行酶切, 具有不完整侧鳍与完整侧鳍的两个亲本分别获得150万和250万个RAD标记。
很显然, 与八碱基酶Sbf Ⅰ相比, 通过Eco RⅠ的酶切能够产生更高密度的RAD标记。
在选择限制性内切酶时要根据物种基因组序列信息以及实验目的来选择, 保证产生的RAD 标记能够在基因组上均匀分布, 同时所获得的RAD 标记数量能够达到实验所需的饱和度。
(2)测序文库的构建。
首先, 在酶切后的基因组片段两端加上P1接头。
如图1A所示, P1接头包含4个部分：与PCR扩增的前引物结合的互补序列; 与Illumina 测序引物结合的互补序列; 用以对样品进行跟踪的4~5 bp的Barcode(每个Barcode之间最好存在超过2个碱基的差异); 相应的限制性酶切位点。
然后, 将加好P1接头的序列进行打断(图1B)。
通过琼脂糖胶检测, 选择符合大小的目的条带, 一般选择目标条带在400~500 bp。
打断后的DNA片段连接上P2接头(图1C)。
这样DNA片段有的加上P1、P2接头, 有的两端都加上P1接头, 有的两端都加上P2接头。
对这样的混合DNA进行PCR扩增。
由于第1期王洋坤等: RAD技术在基因组研究中的现状及展望43P2接头的“Y型”特殊结构, 使两端只有P2而没有P1的接头无法扩增, 没有P1接头的DNA片段被过滤掉。
通过PCR扩增富集得到既有P1接头、又有P2接头的DNA序列(图1D)。
(3)上机测序。
目前RAD-seq常用的测序平台为Illumina GAII 或Illumina HiSeq2000平台。
测序深度需要根据实验目的来选择, 对于遗传连锁分析, 一般要求亲本的平均测序深度为10×以上, F1、F2等临时性群体, 推荐每个个体平均测序深度为0.8-1×; RIL、DH等永久性群体, 推荐每个个体平均测序深度为0.6×。