下呼吸道感染宏基因组二代测序报告临床解读路径专家共识
成人呼吸道感染病原诊断核酸检测技术临床应用专家共识() 解读
成人呼吸道感染病原诊断核酸检测技术临床应用专家共识() 解读汇报人：日期:contents •前言与背景•核酸检测技术原理与方法•临床应用与解读•问题与挑战•实施与建议•总结与展望目录前言与背景明确核酸检测技术在成人呼吸道感染病原诊断中的应用价值规范核酸检测技术的临床操作，提高诊断准确性和可靠性推动呼吸道感染病原诊断的标准化和高质量发展共识目的和意义核酸检测技术能够检测到极低浓度的病原核酸，提高诊断敏感性。
高灵敏度高特异性快速简便通过特异性引物和探针的设计，核酸检测技术能够准确识别目标病原，降低误诊率。
相较于传统培养方法，核酸检测技术具有更高的检测速度，有助于临床快速决策。
030201核酸检测技术在呼吸道感染病原诊断中的地位从最初的PCR技术到实时荧光定量PCR、数字PCR等，核酸检测技术不断迭代升级，提高检测性能和效率。
技术演进通过多重PCR等技术，实现对多种呼吸道感染病原的同时检测，提高诊断覆盖面。
多重检测核酸检测技术逐渐实现自动化样本处理、数据分析等，降低人工操作难度，提高检测通量和一致性。
自动化与智能化核酸检测技术发展与现状核酸检测技术原理与方法核酸检测技术是基于PCR（聚合酶链式反应）技术的一种检测方法。
PCR技术可以在体外扩增特定的DNA片段，通过特异性引物和荧光探针的结合，实现对目标DNA序列的定量检测。
核酸检测技术具有灵敏度高、特异性强、操作简便等优点，已经成为呼吸道感染病原诊断的重要手段之一。
核酸检测技术基本原理样本保存采集后的呼吸道样本应立即放入病毒保存液中，保存液的种类和保存时间应根据具体病原体的特性确定。
样本采集呼吸道样本可采用咽拭子、鼻咽拭子、痰液等方式进行采集。
采集时应避免污染，保证样本的质量和数量。
样本运输样本运输过程中应保持低温，避免反复冻融和剧烈震荡，确保样本的完整性和稳定性。
样本采集、保存与运核酸检测常用方法与技术实时荧光定量PCR技术01通过特异性引物和荧光探针的结合，实时监测PCR扩增过程中的荧光信号变化，实现对目标DNA序列的定量检测。
儿童呼吸道感染病原体核酸检测专家共识解读PPT课件
一名3岁女孩，出现高热、咳嗽、呼吸急促等症状。核酸检测结果显示为呼吸道合胞病毒感染。经过对症治疗和 氧疗，患者病情逐渐稳定，并在两周内康复。
常见问题解答
问题一
核酸检测在儿童呼吸道感染中的意义是什么？
答
核酸检测能够快速、准确地确定病原体类型，为临床诊 断和治疗提供重要依据。
问题二
核酸检测的敏感性和特异性如何？
03
核酸检测在儿童呼吸道感染的诊断和治疗中具有重 要作用。
经验总结与展望
• 临床医生应熟悉和掌握各种病原体的核酸 检测方法和技术。
经验总结与展望
01 02 03 04
展望
未来可进一步完善儿童呼吸道感染病原体核酸检测的技术和方法。
加强临床医生对核酸检测技术的培训和教育，提高检测准确性和效率 。
探索将核酸检测与其他检测技术相结合，提高儿童呼吸道感染的诊断 和治疗水平。
03
儿童呼吸道感染可导致发热、咳嗽、喘息、呼吸困难等症状 ，严重者可出现并发症，如肺炎、中耳炎、心肌炎等，甚至 危及生命。
03
核酸检测技术原理与方法
核酸检测技术原理
核酸提取
01
从临床样本中提取核酸，通常采用化学或物理方法破坏病原体
细胞壁，释放核酸。
核酸扩增
02
利用PCR技术，在特定条件下将目标核酸片段进行指数级扩增
质量控制体系建立及持续改进
室内质控
实验室应建立室内质控体系，包括阴性对照、阳性对照、内标等，以确保实验结果的准确性和可靠性。同时，应定期 对室内质控数据进行统计分析，及时发现并解决问题。
室间质评
实验室应积极参加国家或省级临床检验中心组织的室间质评活动，以评估实验室的检测能力和水平。对于室间质评不 合格的项目，应进行整改并重新参加质评。
宏基因组分析和诊断技术在急危重症感染应用的专家共识
宏基因组分析和诊断技术在急危重症感染应用的专家共识感染是急危重症患者死亡的主要原因之一。
近年来，随着新发病原微生 物的出现、耐药病原微生物的增多以及免疫抑制宿主的增加，感染的发病率 和死亡率仍居高不下，脓毒症（严重感染）患者病死率高达50%。
最新调查研究发现，中国脓毒症相关性标化死亡率为 66.7例/10万人口，全国每年共有脓毒症相关性死亡病例近 103万例。
重症感染起病急、进展快、 病原体复杂，短时间内能否明确致病病原微生物至关重要。
1疑难危重感染病原学诊断亟待突破感染是急危重症患者死亡的主要原因之一，以脓毒症为例，脓毒症（严重感染）患者病死率高达50%。
以下呼吸道感染为例，下呼吸道感染发病率在全球感染 性疾病位居榜首，预估中国每年新发下呼吸道感染患者约 1000万/年。
以中枢 神经系统感染为例，预估中国每年新发脑膜炎患者约 85万，中枢神经系统感染通常表现很严重，常常导致高死亡率。
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基于宏基因组新一代测序技术(metagenomics next generation sequencing, mNGS)不依赖于传统的微生物培养，直接对临床样本中的核酸进行高通量测序，然后与数据库进行比对分析，根据比对到的序列信息来判断样本包含的病原微生物种类，能够快速，客观地检测临床样本中的较多病原微生物(包括病毒，细菌，真菌，寄生虫)，且无需特异性扩增。
成人呼吸道感染病原诊断核酸检测技术临床应用专家共识(2023)ppt课件
等温扩增操作简便，反应时间短，适用于基层和现场快速检测。
数字 PCR 技术
高精度定量分析
数字PCR技术能够实现核酸分子的绝对定量，提高检测 精度。
抗干扰能力强
数字PCR技术对抑制剂、模板质量等干扰因素不敏感， 提高检测稳定性。
核酸即时检测技术
快速诊断
核酸即时检测技术可在短时间内完成呼 吸道病原体的检测，满足临床即时诊断 需求。
性能验证要求
在免疫功能受损人群的呼吸道感染检测中，核酸检测技术需要具备高 灵敏度、高特异性和广谱检测能力，以应对多种可能的病原。
05 特定场景下的病原学检测 策略
是否推荐急性上呼吸道感染患者常规病原学检查？
推荐进行常规病原学检查
考虑临床实际情况
急性上呼吸道感染的病原体多样，通过病原 学检查可以明确病原体，为针对性治疗提供 依据。
04 临床应用场景与性能验证 要求
急性上呼吸道感染
常见病原
急性上呼吸道感染常见的 病原包括鼻病毒、冠状病 毒、流感病毒等。
检测技术应用
核酸检测技术可用于这些 病原的检测，帮助快速准 确诊断。
性能验证要求
核酸检测技术应具有高度 的灵敏度和特异性，以减 少假阳性和假阴性结果。
气管支气管炎
常见病原
气管支气管炎的常见病原包括肺 炎链球菌、流感嗜血杆菌等。
不同场景下核酸检测技术的选择与应用策略
1 2 3
门诊筛查
对于门诊疑似呼吸道感染患者，可采用快速核酸 检测方法进行初筛，提高诊断效率，减少患者等 待时间。
住院患者诊断
对于住院患者，可采用高灵敏度、高特异性的核 酸检测方法，结合临床症状和影像学检查，提高 诊断准确性。
疫情防控
在疫情期间，核酸检测技术可用于大规模人群筛 查、密切接触者追踪等场景，助力疫情防控工作 。
《宏基因组高通量测序技术应用于感染性疾病病原检测中国专家共识》(2021)要点汇总
《宏基因组高通量测序技术应用于感染性疾病病原检测中国专家共识》（2021）要点感染性疾病一直备受临床关注。
新型冠状病毒肺炎全球大流行，给世界经济和人类健康带来严峻挑战，更让病原的精准快速检测成为关注的热点。
近年来，因物价、政策等方面的灵活性，独立实验室已广泛开展基于高通量测序（也称新一代测序技术，NGS）的病原学检测实验。
NGS技术应用的成功案例，对部分感染性疾病的病原学诊断起到决定性作用。
然而目前，临床对NGS应用的适应证认识不足，送检存在较大的盲目性和随意性；操作过程复杂，缺乏规范；提供检验的主体多元而检测质量良莠不齐；结果解释缺乏可信的标准，误导临床的案例屡见不鲜，限制了该技术的临床应用和普及。
一、共识制定过程二、分类和术语（一）分类宏基因组高通量测序技术（mNGS）通过对临床样本的DNA或RNA 进行鸟枪法测序，可以无偏倚地检测多种病原微生物（包括病毒、细菌、真菌和寄生虫）。
二代和三代测序平台均可用于该项技术。
按从临床样本中提取的核酸类型可以分为宏基因组测序和宏转录组测序。
按照测序模式可以分为单端测序和双端测序。
（二）术语和定义NGS：也称高通量测序，是一种可以同时对数十万到数百万条DNA分子序列进行读取的测序技术。
mNGS：m指宏基因组，也称元基因组，是标本中全部生物（人、微生物）基因组的总称。
诊断宏基因组学：指用于临床诊断目的的宏基因组学。
临床宏基因组学：含义与诊断宏基因组学类似，但应用场景更为广泛。
微生物组：指某一个系统、生态环境或特定区域中全部微生物的总和。
试剂盒基因组：游离脱氧核糖核酸（cfDNA）：读长：文库：比对：深度：覆盖率：相对丰度：Q值：标定对照：无模板对照：检出限（LOD）：正常无菌部位：三、mNGS技术应用于感染性疾病的适应证（一）临床适应证共识1对常规微生物学检查容易明确病原体的感染，如尿路感染通过尿培养手段，不建议mNGS。
共识2患者表现为发热或发热症候群，病因未明确（符合不明原因发热定义），考虑感染或不除外感染，但规范性经验抗感染治疗无效，考虑应用常规技术检测的同时，或在其基础上，开展mNGS。
【指南与共识】高通量宏基因组测序技术检测病原微生物的临床应用规范化专家共识
指南与共识】高通量宏基因组测序技术检测病原微生物的临床应用规范化专家共识摘要：宏基因组下一代测序（mNGS）技术直接针对标本中核酸无偏倚检测病原微生物序列。
但是，mNGS需经标本前处理、核酸提取、文库制备、上机测序、数据库比对、报告生成及结果解读等一系列过程，对技术平台及人员素质要求较高。
为规范mNGS技术在感染性疾病诊断中的应用，提高危急重症、疑难感染性疾病和新发突发传染病的救治水平，在多项国家科技专项的支持下，本领域有关专家起草了本共识，以促进mNGS技术的规范应用和良性发展。
快速准确的微生物鉴定技术始终是临床微生物关注的焦点。
传统微生物检验，诸如形态学、培养、抗原抗体及靶向核酸检测等方法在解决疑难及未知病原微生物上存在局限性［1,2］。
新型宏基因组下一代测序（metagenomics next-generation sequencing，mNGS）技术直接针对样本中所有核酸进行无偏性测序，结合病原微生物数据库及特定算法，检测样本中含有的可能病原微生物序列。
随着该技术的社会经济成本不断降低和技术的不断完善，已逐渐从科研走向临床应用，成为临床疑难和未知病原微生物检验的重要手段［3］。
利用mNGS技术进行病原微生物检测需经样本前处理、核酸提取、文库制备、上机测序并满足测试的质量控制要求后，采用特定算法软件与专用的病原微生物数据库进行比对，实现对病毒、细菌、真菌、寄生虫及非经典微生物等的检测［1，4,5］。
mNGS技术不依赖培养，对常见病原微生物检验阴性、经验治疗失败、不明原因的危急重感染的病原学诊断以及新发突发传染病的病原体发现具有独特价值［6,7］。
为进一步规范mNGS技术在感染性疾病诊断中的应用，提高危急重症和疑难感染性疾病的诊疗水平，在多项国家科技专项的支持下，参考国内外相关文献、共识与规范［8,9,10,11,12,13,14,15］，特别借鉴了《高通量测序技术临床检测规范化应用北京专家共识（第一版通用部分）》［16］，组织本领域有关专家起草了本共识，以促进mNGS技术的规范应用和良性发展。
宏基因组分析和诊断技术在急危重症感染应用的专家共识
宏基因组分析和诊断技术在急危重症感染应用的专家共识感染是急危重症患者死亡的主要原因之一。
近年来，随着新发病原微生物的出现、耐药病原微生物的增多以及免疫抑制宿主的增加，感染的发病率和死亡率仍居高不下，脓毒症(严重感染)患者病死率高达50% 。
最新调查研究发现，中国脓毒症相关性标化死亡率为66.7例/10万人口，全国每年共有脓毒症相关性死亡病例近103万例。
重症感染起病急、进展快、病原体复杂，短时间内能否明确致病病原微生物至关重要。
1疑难危重感染病原学诊断亟待突破感染是急危重症患者死亡的主要原因之一，以脓毒症为例, 脓毒症( 严重感染) 患者病死率高达50%。
以下呼吸道感染为例，下呼吸道感染发病率在全球感染性疾病位居榜首，预估中国每年新发下呼吸道感染患者约1000万/年。
以中枢神经系统感染为例，预估中国每年新发脑膜炎患者约85万，中枢神经系统感染通常表现很严重，常常导致高死亡率。
2新一代感染辅助诊断方法—mNGS传统的检测方法在敏感性，特异性，时效性，信息量等方面存在局限，而且对于未知或者罕见的病原微生物，无法快速识别。
基于宏基因组新一代测序技术(metagenomics next generation sequencing, mNGS) 不依赖于传统的微生物培养，直接对临床样本中的核酸进行高通量测序，然后与数据库进行比对分析，根据比对到的序列信息来判断样本包含的病原微生物种类，能够快速，客观地检测临床样本中的较多病原微生物（包括病毒，细菌，真菌，寄生虫），且无需特异性扩增。
3mNGS研究进展2014年新英格兰杂志首例mNGS的临床案例报道以来，国际与国内在方法学提升与临床应用评估方面进展迅速。
包括复旦大学附属华山医院，复旦大学附属中山医院，北京协和医院，北京儿童医院在内的多家医院，多位临床专家推动mNGS的临床转化，以系列案例或队列研究的形式发表多篇mNGS临床应用研究成果。
往期编者对2018年病原宏基因组（mNGS）大事件进行了盘点，国内外进展详见《感染精准医学2018年终盘点|病原宏基因组学（mNGS）进展》。
宏基因组测序技术检测感染性病原体江苏专家共识(2020版)
ＤＯＩ：１０．１３６０２／ｊ．ｃｎｋｉ．ｊｃｌｓ．２０２０．０９．０１·指南与共识·宏基因组测序技术检测感染性病原体江苏专家共识（２０２０版）江苏省医学会检验学分会，江苏省临床检验中心摘要：宏基因组测序（ｍＮＧＳ）基于宏基因组学和高通量测序技术，可检测并分析各种临床来源样本中细菌、真菌、病毒、寄生虫、支原体／衣原体等所有已知及未知的病原体，特别是未知新发病原体（如新型冠状病毒等）。
该技术规避了绝大多数病原体不能培养或难培养的缺点，可直接检测临床样本中的病原体核酸，解决了新发或突发、复杂或混合感染、罕见病原体鉴定难的问题。
该文从实验室建设的基本要求、实验方法学的性能确认、质量控制体系的建立和健全、结果的分析和解读及在感染性疾病诊断中的价值等方面，对ｍＮＧＳ技术用于感染性病原体检测作一共识。
关键词：宏基因组测序；核酸；病原体；感染中图分类号：Ｒ４４６．６ 文献标志码：Ａ 宏基因组学（ｍｅｔａｇｅｎｏｍｉｃｓ）也称元基因组学，其利用新一代高通量测序（ｎｅｘｔ ｇｅｎｅｒａｔｉｏｎｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ，ＮＧＳ）技术，以特定环境下病原体基因组为研究对象，在分析病原体多样性、种群结构、进化关系的基础上，进一步探究病原体的群体功能活性、相互作用及其与环境之间的关系，发掘潜在的生物学意义。
宏基因组测序（ｍｅｔａｇｅｎｏｍｅｎｅｘｔ ｇｅｎｅｒａｔｉｏｎｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ，ｍＮＧＳ）是基于宏基因组学和高通量测序技术，可检测并分析各种临床来源样本中所有已知及未知的病原体（包含细菌、真菌、病毒、寄生虫、支原体／衣原体等）。
ｍＮＧＳ适用于各种病原体的鉴定，特别是未知新发病原体，如新型冠状病毒、新型布尼亚病毒等，故在新发突发、复杂及混合感染的病原体实验室诊断中，其临床参考价值更为突出［１ ２］。
ｍＮＧＳ技术规避了绝大多数病原体不能培养或难培养的缺点；直接检测临床样本中的病原体核酸，解决了新发或罕见病原体鉴定难的问题；覆盖更全、更广的病原体种类，克服了常规分子诊断技术需要事先知道基因靶标的困难。
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下呼吸道感染宏基因组二代测序报告临床解读路径专家共识摘要近年来，宏基因组二代测序（mNGS）技术在下呼吸道感染（LRTI）病原诊断领域得到了广泛应用，国内临床医师在mNGS的临床应用方面已积累了一定的经验和证据。
但mNGS在LRTI病原诊断中的适用场景仍缺乏规范，mNGS报告的临床意义解读也缺乏专业的指导意见。
本共识基于mNGS在我国LRTI病原诊断方面的应用实践，梳理mNGS在LRTI应用领域的瓶颈问题，汇总本领域专家意见，明确了mNGS在LRTI病原诊断中的适用场景，为mNGS报告临床意义提供了一条合理可行的解读路径，以期规范mNGS在LRTI中科学合理应用。
宏基因组二代测序是近年来兴起的基于核酸检测的微生物鉴定技术，由于其非预设性、高通量等优点而得到广泛应用。
下呼吸道感染主要包括社区获得性肺炎、医院获得性肺炎、免疫抑制宿主肺炎、慢性阻塞性肺疾病急性加重、支气管扩张症合并感染等类型，临床表现多样，感染微生物种类复杂，感染和定植鉴别困难，加之mNGS技术本身存在的局限性，mNGS诊断效力的发挥有赖于选择恰当患者、采用适宜标本以及进行合理的解读。
尽管国内就mNGS的技术要点和临床应用已有数部专家共识，但尚缺乏针对LRTI临床实践中具体问题的指导意见。
为此，中华医学会呼吸病学分会发起并组织呼吸与危重症、临床微生物检验、感染等多学科的专家撰写本共识，以期规范mNGS在LRTI中的临床应用，为更好地规范解读mNGS报告提供指引。
LRTI诊断要点、主要病原谱及特定致病微生物的危险因素本共识不再赘述，可参考相关指南或共识。
本共识采用问答的形式，首先提出需要阐明的问题，经共识写作组讨论后确定入选问题，在梳理临床证据的基础上给出每个问题的推荐意见及理由，并附上典型应用案例及其解析，方便读者掌握共识要点。
本共识适用于青少年和成人LRTI。
一、LRTI病原学诊断方法学问题1：mNGS 和传统微生物检测方法相比的优势与不足是什么？传统微生物检测方法技术成熟，可靠性较高，临床应用实践多；mNGS技术理论上能非预设性、一次性检测未知病原，检测范围更广，但存在技术复杂、报告解读困难等不足。
与传统微生物学检测方法相比。
不同的病原学诊断方法都有其各自的适用场景与前提，需要根据患者群体、病情特点、可疑病原微生物类别、当地实验室条件，选择适宜检测方法。
二、患者的选择问题2：哪些疑似LRTI 的临床场景需考虑通过送检mNGS 明确病原微生物？1. 免疫抑制宿主疑似发生LRTI且临床表现提示非CAP常见病原微生物所致者。
免疫抑制宿主包括原发性免疫抑制宿主、进展期恶性肿瘤患者或感染前1年内罹患恶性肿瘤患者（不含Ⅰ期肺癌等早期恶性肿瘤或局限性皮肤癌）、正在接受化疗的恶性肿瘤患者、HIV感染伴CD4+T淋巴细胞计数<200/μl、实体器官移植受者、造血干细胞移植患者、长期使用较大剂量糖皮质激素治疗患者（等效泼尼松≥20 mg/d且持续≥14 d，或等效泼尼松累积剂量>700 mg）、接受生物免疫调节剂治疗患者［如抗肿瘤坏死因子（TNF）⁃α单克隆抗体等］、接受缓解病情抗风湿药或其他免疫抑制药物（如环孢素、环磷酰胺、甲氨蝶呤等）治疗的患者、各种原因导致的粒细胞缺乏患者（外周血中性粒细胞计数<0.5×109/L）等。
2. LRTI患者发病初期即出现需要使用血管活性药物的感染性休克、需要有创机械通气的呼吸衰竭、多脏器功能不全等危及生命的状况时；LRTI经规范经验性抗感染治疗48~72 h后，感染症状仍持续加重或影像学快速进展者。
3. 聚集性发病疑似具有传染性、但无法明确病原体的LRTI；有特殊病史（如近期境外或野外旅游史）且经验性治疗无效，病情较为严重的LRTI；临床考虑特殊病原体（如钩端螺旋体、嗜肺军团菌、鹦鹉热衣原体等）感染且病势迅疾或迁延者，常规培养困难或所在医疗机构无法提供可靠的传统检测方案时。
4. 患者有LRTI症状或影像表现，经规范抗感染治疗后病灶吸收延迟、病程迁延，需鉴别是否由非感染性疾病所致（如结缔组织疾病的肺部累及、肺淋巴瘤等），可以在常规病原微生物检测、感染生物标志物、病理等相关检查同时送检mNGS以帮助鉴别诊断。
问题3：哪些临床场景通常不建议送检mNGS？1. 免疫功能健全宿主罹患LRTI（包括重症肺炎），经过规范的经验性抗感染治疗病情已好转。
2. LRTI已通过其他方法获得病原学结果，与临床特点相符，或针对性治疗有效。
3. 无法获取优质标本。
问题4：如何根据所在医院微生物检测能力差异化送检mNGS 诊断LRTI？mNGS技术本身具有价格昂贵、技术复杂、结果解读难度大的特点，不建议mNGS替代传统生物检测。
在传统微生物检测能力不足的医疗单位，对于疑难、复杂或危重感染病例，可以考虑将mNGS 作为传统的补充手段。
原则上应首先针对可疑病原微生物选择可靠的检测方法，包括PCR等特异性的分子检测，但在缺乏相应检测手段的情况下，可将mNGS作为备选。
例如，疑诊病毒性肺炎或非典型病原体肺炎患者，应首选针对常见呼吸道病毒和非典型病原体的PCR 或多重PCR 和（或）抗原检测，在常规检测阴性或本机构无法进行相关检测时，可将mNGS作为重症患者的选择。
三、标本选择、采集和运送规范及质量评估问题5：如何根据LRTI 特点选择mNGS 送检标本类型？在LRTI的病原微生物诊断中，可用于mNGS检测的标本包括痰（含诱导痰）、气管吸引物、支气管肺泡灌洗液、经支气管肺活检标本、经支气管内超声活检标本、经皮肺穿刺活检标本、血液等。
选择mNGS送检标本类型时应考虑下列因素：（1）标本中的病原微生物载量；（2）标本中污染或定植微生物的含量及其对检查结果的干扰；（3）标本中人源序列的含量及其对检测结果的干扰；（4）标本采集的难易程度及相关操作风险；（5）标本采集所需要的医疗费用。
问题6：样本质量如何保证，标本保存和运输条件是什么？1. 保证mNGS送检标本质量的主要措施：mNGS在采集、运输、保存等多个环节易污染，影响结果判读。
（1）选择高质量的呼吸道标本，标本采集时应尽量避免污染。
（2）尽量由专门技术人员进行采集，可参考临床微生物分子检测规范，对医护人员进行采集运输微生物标本等方面的培训。
（3）规范采集方法和送检流程：对于痰液标本采集，医护人员应首先判断患者是否有自主咳痰的能力，监督并协助患者，清水漱口2~3次，用力咳出深部痰3~5 ml，保存在无菌杯内；若为气管插管患者，无法自主咳痰，可通过气管插管进行抽吸，留取标本在无菌杯内；BALF标本采集，应在支气管镜的引导下，使用无菌生理盐水多次灌洗，留取5~10 ml标本放入无菌管中，尽快送至检测实验室；肺组织标本采集，应尽量对感染部位或边缘进行取材，保存在无菌杯中，尽快送至检测实验室。
尽可能在首次抗菌药物使用或更改治疗方案前进行采集。
尽量使用有螺口的无菌杯或使用封口膜进行密封，减少运输和保存过程中的污染。
（4）信息标注完整：患者基本信息，临床症状（包括现病史和既往史等），标本采集时间、方法，抗菌药物使用种类及其持续时间，临床医生的初步诊断及对致病微生物的初步判断等。
（5）针对不同的标本类型，制定标本接收或拒收标准。
如合格的痰标本应白细胞>25个/低倍视野，鳞状上皮细胞<10个/低倍视野，或白细胞/鳞状上皮细胞>2.5；合格的BALF标本鳞状上皮细胞应<1%，镜检现场评价有助于提高采样质量。
实验室在接收到标本后，应尽快评估标本质量。
对于不合格的标本，应与临床沟通后尽量重新采集。
若重新采集难度较大，则在相应标本的检测结果中应明确标注标本质量不合格，在对该标本的测序结果进行判读时应考虑标本质量对检测结果的干扰。
2. mNGS 送检标本的保存要求：（1）下呼吸道标本：包括痰（含诱导痰）、BALF、肺炎旁胸腔积液等，原则上应在采集后立即送检。
若标本不能立即送检，标本采集时间与检测时间间隔≤24 h，可在2~8 ℃保存。
若标本采集时间与检测时间间隔>24 h，DNA测序标本保存时间≤2周时可储存在-20 ℃冰箱，保存时间超过2周则需储存在-80 ℃冰箱；需要进行RNA测序的标本如果保存时间>24 h，均应保存在-80 ℃冰箱。
对于短期不做检测的液体样本，冻存前应分装保存在冻存管（≥500 μl/管）中。
（2）血标本：采集后4 ℃保存不超过8 h，如果需要长期保存，分离血浆后4 ℃可保存24 h，长期保存于-80 ℃冰箱。
（3）组织标本：来自感染部位的穿刺或手术切除组织标本，应保存在无菌生理盐水或者Hank′s液中，4 ℃保存不超过24 h。
如果需要长期保存，小块组织可以不加保存液立即-80 ℃冻存，穿刺活检标本置于无菌生理盐水-80 ℃冻存。
3. 标本的运输要求：（1）24 h内送抵实验室并开始检测，可考虑冰袋低温运输；（2）24~72 h内送抵应干冰运输，送抵后应立即进行标本前处理和核酸提取。
4. 需要进行去宿主核酸处理的标本保存和运输注意事项：除了上述注意事项外，此类标本一般要尽量保证病原微生物完整性，避免碾磨或多次冻融。
问题7：哪些LRTI 需要在进行DNA测序的同时送检RNA测序？RNA病毒引起的LRTI通常有一定的季节性、流行性或地域性。
建议检测方法首选单重或多重PCR检测或相应的抗原检测。
若当地医疗机构无相应检测能力，或PCR检测阴性但依然高度怀疑时，可在送检mNGS DNA测序的同时进行RNA测序。
下列临床情况可供参考：（1）呼吸道RNA病毒感染流行季节（主要是冬春季节以及南方的夏季）、有相应流行病学史的患者出现疑似呼吸道病毒感染的临床和（或）影像表现。
（2）LRTI合并以下情况时：免疫抑制宿主；发热伴严重血小板减少或凝血功能障碍；急性肝肾功能损害；急性神经系统症状。
四、mNGS的关键实验室技术参数问题8：mNGS 检测报告需要关注哪些内容？mNGS 检测报告从检测技术角度应包括如下内容：标准化后的微生物特异性读长（reads）数/序列数、标准化中英文名称、相对丰度、阈值、基因组覆盖度图。
可选内容有：相应部位病原微生物列表、微生物序列与人源核酸序列的比值、测得总序列数、质量合格序列数、可比对至微生物数据库序列数、测序质控图、耐药基因、毒力基因等。
报告微生物的版块可按细菌、病毒、真菌、寄生虫、特殊病原体（支原体、衣原体、立克次体等）5大类分别列举。
主要参数定义及其意义：（1）reads：测序仪单个测序反应所得到的碱基序列，二代测序平台一般长度为50~75 bp的片段。
（2）reads数：指测序获得的某种微生物属/种碱基序列的数量。
病原微生物属/种水平上检出的reads数与当次实验的总测序数据量直接相关，为避免总测序数据量高低的干扰，应对检出reads 数进行标准化之后进行报告。