雄激素依赖型与非依赖型前列腺癌基因芯片数据分析
雄激素受体在前列腺癌细胞激素非依赖转化中的表达及调控
１０ ３ ） ００ ４ （ 北京大学第一 医院泌尿外科 ， 北京 大学 泌尿外科研究所 ， 国家泌尿 、 男性生殖系肿瘤研究 中心 ， 北京
［ 摘
要 ］ 目的： 研究雄激素受体 （ｎｒ ｅ ｃ ｔ ， Ｒ 在激素依 赖性前列 腺癌 （ｎｒ ｅ ｄ ｅｄｎ ｐｏａ ａ． ａｄｏ ｎｒ ｅ ｏ Ａ ） ｇ ｅｐｒ ａｄ ｇｎ ｅ ｎｅｔ ｒ ｔｅ ｎ ｏ ｐ ｓｔ ｃ
ｃｒ Ａ Ｐ ） ｅ， Ｄ Ｃ 细胞 系 Ｌ Ｃ Ｐ转化成激素非依赖 性前列腺癌 （ ｎ ｒ ｅ ｄｐｎ ｅｔ ｒｓ ｔ ｃｎｅ， ＩＣ） 程 中的表 Ｎａ ａｄｏ ｎｉ ｅｅｄｎ ｏｔ ｅ ａｃｒ Ａ Ｐ 过 ｇ ｎ ｐ ａ 达变化 ， 以及其受 Ｗｎ 信 号通 路和蛋 白酶体 降解通路调控 的机制 。方 眩： ｔ 应用活性 炭滤过 的低 激素胎 牛血清培 养 Ｌ Ｃ Ｐ细胞 ， 到雄 激 素非 依赖 的 Ｌ Ｃ Ｐ亚 系 Ｌ Ｃ ＰＡ （ ｎｒｇｎｉｄｐｎ ｅｔ 细 胞。应用 细 胞增 殖 试验 检 测 Ｎａ 得 Ｎａ Ｎ ａ — １ ａｄｏｅ ｅｅｄｎ ） ｎ Ｌ ＣＰ Ａ 的细胞生长曲线 。应 用 Ｗｅｔ ｎｂｏ、 ＴＰ Ｒ分 析激素依 赖性转化 过程 中的 Ａ 前 列腺特异 抗原 （ ｒｓ Ｎ ａ—Ｉ ｓ ｒ ｌ Ｒ —Ｃ ｅ ｔ Ｒ、 ｐｏ． ｔ ｅ ｐ ｃ ｃａｔ ｅ ，Ｓ ） ａ ｅｉ ｉ ｎＰ Ａ 的表达变化 。在 Ａ Ｐ ｔｓ ｆ ｎ ｇ ｉ ＩＣ细胞中 ， 应用 Ｗｎ 信号通路 阻滞剂 Ｉ ． 及蛋 白酶体通路抑制剂乳 ｔ ＷＲ １
北・京源自大学学报
（ 医
学
版
）
４ ０・ ９
Ｊ Ｕ Ａ ＦＰ ＫＮＧ Ｕ ＩＥ ＳＴ Ｈ Ａ Ｔ ＣＥ Ｃ Ｓ Ｖ １４ Ｎ ． Ａｕ．２ １ Ｏ ＲＮ ＬＯ Ｅ Ｉ ＮＶ Ｒ ＩＹ（ Ｅ Ｌ Ｈ Ｓ Ｉ Ｎ Ｅ ） ｏ．３ ｏ４ ｇ ０ １
雄激素非依赖性前列腺癌LNCaP-AI细胞亚系模型的建立
雄激素非依赖性前列腺癌LNCaP-AI细胞亚系模型的建立孔德玉;杨冬梅;陈艳媛;王宇;张金桥;高萌;方芳【摘要】目的利用雄激素递减法建立雄激素非依赖性前列腺癌(AIPC)细胞亚系模型LNCaP-AI.方法利用活性炭/葡聚糖处理的血清模拟去雄激素环境培养LNCaP 细胞,逐渐递减培养基中雄激素10 d,然后在无雄激素环境中继续培养6个月,培养出能够在无雄激素环境中生长的LNCaP-AI细胞亚系.采用MTT和ELISA法检测LNCaP-AI细胞在去雄激素环境下的增殖能力和前列腺特异性抗原(PSA)的水平.结果 LNCaP细胞在去雄激素环境培养初期生长缓慢,细胞形态呈神经内分泌样改变,经过6个月的连续无雄激素培养,细胞恢复以前的形态和生长.MTT检测表明LNCaP-AI细胞能够在去雄激素环境中生长,通过ELISA检测PSA的分泌提示LNCaP-AI细胞能够在去雄激素环境中恢复分泌PSA的功能.结论激素递减法成功的建立了AIPC细胞亚系模型LNCaP-AI,利用该模型能够模拟前列腺癌由雄激素依赖发展为雄激素非依赖的过程.【期刊名称】《吉林医药学院学报》【年(卷),期】2012(033)006【总页数】3页(P361-363)【关键词】前列腺癌;雄激素非依赖;LNCaP【作者】孔德玉;杨冬梅;陈艳媛;王宇;张金桥;高萌;方芳【作者单位】吉林医药学院,吉林吉林132013;吉林医药学院,吉林吉林132013;吉林医药学院,吉林吉林132013;吉林医药学院,吉林吉林132013;吉林医药学院,吉林吉林132013;吉林医药学院,吉林吉林132013;吉林医药学院,吉林吉林132013【正文语种】中文【中图分类】R737.25在发达国家前列腺癌是男性最常见的恶性肿瘤［1］。
随着生活方式的改变和社会老龄化，我国前列腺癌发病率呈逐年增高的趋势。
雄激素阻断疗法(androgen deprivation therapy，ADT)仍然是前列腺癌的主要治疗手段。
雄激素非依赖性前列腺癌组织中同源框基因NKX3.1 mRNA和蛋白的表达及意义
论 著 中外健康文摘临床医师 2008年7月第5卷第7期 W orl d Hea lth D ig e stM edica l Peri odica l 雄激素非依赖性前列腺癌组织中同源框基因NKX3.1m RN A和蛋白的表达及意义■王 瑾1 李海潮1 李双平2 杨 涛3(11山西医科大学附属大同第三医院泌尿外科 037008 21山西医科大学附属第二医院泌尿外科 03700831山西医科大学分子生物学院 037008)【摘要】目的:分析同源框基因NK X311和蛋白在雄激素非依性型前列腺癌组织表达状况及意义。
方法:采用半定量RT2PCR和免疫组化检测12例H I PC、雄激素依赖性前列腺癌23例、BPH19例组织标本NK X311和蛋白表达状况。
结果:RT2PCR检测显示12例H I CP组织NKX311表达率9116%,23例雄激素非依赖性PC组织标本中,有4例表达,表达率为1713%(4/23)(P<0101)。
免疫组化检测显示NK X311蛋白主要分布在H IPC总阳性表达率为8313%,BPH蛋白总阳性表达率为8412%;雄激素依赖性前列腺组织为1314%,(P<0105)。
结论:NK X311基因为前列腺器官特异性基因,其高表达与H IPC关系密切。
【关键词】雄激素非依赖性前列腺癌;雄激素依赖型前列腺癌;同源框基因【中图分类号】R737125 【文献标识码】A The Spec if i c si gn if i ca nce of Expr e ssio n of Ho m eobox Gen eNKX311m RNA a nd Pr ote i n i n horm one i ndepen den t pr ost a te cancerW a ng J i n,Li Ha i chao,L i S hua ng p i ng,Yang tao(Depa rt m ent of U r ology,Da t on Third Peop le Hospit a l,ShanxiM edi ca l Uni ve rsit y,Dat on037008,China【Ab str a ct】Obj ec tive T o de ter m ine ex pressi ons of NK X311mRNA and p r o t e in in hor mone independent p rostate cance r and t o investigate the si gnificance of NKX311s pecific ex pressi onsMe th ods52p r o static tissue s(12H IPC,23hor mone dependent prost a te cancer,9BPH)were an2 a lyzed f or the detec ti on of the ex p re ssi ons of NKX311mRNA and p r ote in by using sem i2quantit a tive R T2PCR i mm unohistochem ical tech2 n i que1Re sults I n12H IPC tissue s,NKX311mRNA was de tec ted in11spec i m ens(9116%),wherea s in23hor mone dependent p r o state cancer s pec i m ens NK X311mRNA was nega tive l y expressed,except f or4ex p re ssed(1713%)(P<0101)1The ex p ression rati o of NK X311 p r ote i n i n t he H IPC wa s8313%,but in B PH was8412%,i n hor mone dependent prosta t e cancer wa s1314%(P<0105)res pec tive2 ly1Conclusi on Its suggested that NKX311is the prostste2s pecific Homeobox Gene,which m ay play a i m port ant role in the deve l op m ent of hor2 mone independent prosta t e cance r1【Key wor ds】H I CP hor mone dependent p rosta t e cancer NKX311NKX311(又称NK X3A)是新近发现的前列腺特异性和雄激素调节基因,该基因属于同源框基因家族。
前列腺癌雄激素依赖特性转变的生物学机制的研究进展
的病例 出 现 ＡＲ过度 表达 ， 治疗前 则 无 １ 有 雄激 而 例 素 受体 过 表达现 象 出现 。单 链 构 象 多 态 性 分 析 表 明
这些 过 度表 达 的 ＡＲ基 因均属 野生 型 。此外 ， 项研 多
究 也表 明 ， Ｐ ＨＩ Ｃ细胞 的 ＡＲ表达 明显 高 于 ＨＤＰ Ｃ细 胞 。Ｐ ａ细胞 通过 ＡＲ 的 扩增 来 适 应 低 水 平 的血 清 Ｃ
１ ＡＲ与 ＨＩ Ｃ发 生 的关 系 Ｐ
的表达水平 降低 了， 但是 现在 的研 究 资料 表 明 ， 大多 数
ＨＩ Ｃ仍 然稳 定表 达 ＡＲ。ＡＲ在 ＨＩ Ｃ进 展 过 程 中 Ｐ Ｐ 不 但没 有 消失 ， 而且 在抗 雄激 素 治疗后 反 而有基 因扩
ＡＲ属于 配基激 活 的核 转 录 因 子超 家 族 成 员 ， 其 结构 可分 为 ： Ｎ末 端结 构域 ， ① 主要涉 及转 录 调控 ； ②
ＡＲ在 ＨＩ Ｃ的发 生 、 展 中起 着 至关 重 要 的作 Ｐ 发
用， 大部 分 ＨＩ Ｃ细 胞 中 ， 有 ＡＲ 的 表 达 ， 通 过 Ｐ 均 且
雄激 素 ， 细胞 对 低 浓 度 雄 激 素 的 敏感 性 增 加 。ＡＲ 使
过表 达 既是 肿瘤 细胞 对 雄 激 素 低 浓 度 环境 的适 应 性
合结 构域 ， 位 点可 影 响受 体 与 配 体 的 结合 特 异 性 ， 该
使得 睾酮 和 双氢 睾 酮 外 的Biblioteka 其他 激 素 与 ＡＲ 的亲 和性
增加 。而铰链 区 的 突 变 主 要 是 Ｄ ＮＡ 结 合 结 构 域 和
配基 结合 结 构 域 的 延 长 ， 而 提 高 了 ＡＲ 的 转 录 活 从 性 。因此 ， 突变使 Ｐ ａ 胞 能够在 雄激 素 低 浓度 ＡＲ Ｃ 细 的去 势环 境 中生 存 下 来 ］ 并 显 著 影 响 着 Ｐ ａ的进 ， Ｃ 展， 同原发 肿 瘤相 比 ， 发 生转 移 的 Ｐ ａ细胞 中 ＡＲ 已 Ｃ 突变 频率 明显 增 高口 。对 ＨＤ Ｃ细胞株 的研究 发现 ， ］ Ｐ Ｃ末 端配基 结合结构域 Ｔ ７ Ａ点 突变能改变 Ａ ８７ Ｒ的功
基因芯片技术筛选前列腺癌雄激素去势抵抗相关基因
基因芯片技术筛选前列腺癌雄激素去势抵抗相关基因马瑾璐;王丽娟;朱青;金桂花;郭希婧;何晨琛;韩苏夏【期刊名称】《西部医学》【年(卷),期】2014(26)9【摘要】目的利用基因芯片技术高通量筛选前列腺癌雄激素去势抵抗相关基因,为研究雄激素去势抵抗进展前列腺癌的分子机制奠定基础.方法提取并纯化LNCaP及C4～2细胞的总mRNA,反转录合成荧光分子标记的cDNA,与基因芯片杂交;采用Genepix Pro6.0图像分析软件分析,筛选表达差异的基因;KEGG富集分析每个pathway中差异基因富集的显著性.结果在表达谱芯片中筛选出417个差异表达基因,包括301个C4～2细胞中表达上调基因,116个表达下调基因;KEGG富集分析显示,与前列腺癌相关的表达差异的基因有GF、EGFR、HSP、BAD、P21、E2F、Raf、CyclinE、PSA和PI3K等,其中EGFR、Raf表达差异最明显.结论 EGFR、Raf基因表达异常可能在雄激素去势抵抗型前列腺癌的形成过程中发挥着重要作用,本研究为前列腺癌去势抵抗进展分子机制的探索提供了理论依据.【总页数】4页(P1113-1116)【作者】马瑾璐;王丽娟;朱青;金桂花;郭希婧;何晨琛;韩苏夏【作者单位】西安交通大学第一附属医院肿瘤放疗科,陕西西安710061;西安交通大学第一附属医院肿瘤内科,陕西西安710061;西安交通大学第一附属医院肿瘤内科,陕西西安710061;西安交通大学第一附属医院肿瘤内科,陕西西安710061;西安交通大学第一附属医院肿瘤放疗科,陕西西安710061;西安交通大学第一附属医院肿瘤放疗科,陕西西安710061;西安交通大学第一附属医院肿瘤放疗科,陕西西安710061【正文语种】中文【中图分类】R737.25【相关文献】1.去势抵抗的前列腺癌的新疗法:抑制雄激素的持续分泌和雄激素受体介导的信号转导 [J], 陈磊2.应用基因芯片技术筛选前列腺癌雄激素去势抵抗相关的基因 [J], 王丽娟;金桂花;朱青;周侠;李萌;白娥;韩苏夏3.Journal of Clinical Oncology:靶向雄激素受体和DNA修复基因治疗转移性去势抵抗型前列腺癌:NCI9012结果 [J], 吴开杰4.雄激素受体调控基因组表达与去势抵抗性前列腺癌关系探索 [J], 邵志强;刘子丰;张振;李扬;杨渝5.应用基因芯片技术筛选前列腺癌转移相关基因 [J], 贺松琴;侯建国;谭晓洁;常文军;陈北川;曹广文因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。
EGF与miRNA-21联合构建雄激素非依赖性前列腺癌LNCaP亚细胞模型
体 内
Ｅｓ ａｂ ｉｈ ｅ ｔｏ ｄｒ ｇｅｎ－ ｅｐ ｄｅｎ ｕｍａｎ ｐｒ ｓ ａｔ ｃ ｃ ｔ ｌ ｍ ｎ ｆａｎ ｏ ｓ ｉ ｎｄ ｅｎ ｔｈ ｏ ｔ ｅ ａｎ ｅｒ
（ ｉｔ ｆ ｌ ｔ ｏ ｉ ｌｆＬａ ｎ ｇＭｅｉ ｌ ｎｖｒｔ， ｉ ｈ ｕ１ １０ ， ．Ｒ ｈｎ ） Ｆｍ ｉ ｉ ｅ Ｈ ｓ ｔ ｉ ｉ ｄｃ ｉ ｓｙ Ｊｎ ｏ ２ ０ １ Ｐ ．Ｃ ｉａ Ａ ａｄ ｐ ａｏ ｏｎ ａ Ｕ ｅｉ ｚ
Ａｂｔ ｃ： ｂｅｔ ｅ Ｔ ｓ ｂ ｓ ｎａｄｏｅ— ｄｐｎ ｅｔ ｕ ａ ｒｓ ｔ ｃｎｅ ｌｓｂｌｅｏ Ｎ ａ ． ｔｏ ｓ ｓｒ ｔ Ｏ ｊｃ ｖ ｏ ｔ ｌｈａ ｎｒｇｎｉ ｅｅ ｄｎ ｈ ｍ ｎｐｏｔ ｅ ａｃｒ ｅｌｕ ｎ ｆ Ｃ Ｐ Ｍｅｈ ｄ ａ ｉ ｅａｉ ｎ ａ ｃ ｉ Ｌ
成 功转变为非雄激素依赖 的前列腺癌细胞 Ｌ Ｃ Ｐ亚细胞 ， Ｎａ 细胞增殖能力 升高 ， 雄激素受 体表达上调 。结论 雄激素依赖性前 列腺癌可 向雄激素非依赖性前列腺癌转变 ， 而且 ｍｉＮ 一１ Ｅ Ｆ对该转变起促进作用。 Ｒ Ａ２ 和 Ｇ
关 键 词 ： 列 腺 肿瘤 ； 激 素 非依 赖 性 ； ｉＮ －１ 表皮 生长 冈 子 ；Ｎ ａ 前 雄 ｍＲ Ａ２ ； Ｌ ＣＰ
Ｌ ＮＣａ ｃ ｌ ｒ ｕｌｕ ｅ ｎ ｃ ｎ ｅ ｔ ａ Ｐ ｅｌ ｗｅ ｅ ｃ ｔ ｒ ｄ ｉ ｏ ｖ ｎｉ ｌＲＰＭ Ｉ１ ４０ ｍｅ ｉ ｓ ｏｎ ６ ｄｕｍ ａ ｌ ｔｅ ｒ ｈａ ｇ ｄ ｔ ｈｅ ｏ ｅ —ｒｅ ＲＰＭ Ｉ１ ４０ ｅ ｒｙ， ｈ ｎ ｗｅｅ ｃ ｎ ｅ ｏ ｐ ｎ ｌｒ ｄ ｆｅ ６
雄激素非依赖性前列腺癌细胞系代谢组学的初步研究的开题报告
雄激素非依赖性前列腺癌细胞系代谢组学的初步研究的开题报告题目：雄激素非依赖性前列腺癌细胞系代谢组学的初步研究研究背景和意义：前列腺癌（PCa）是常见的男性恶性肿瘤，雄激素是其主要的生物学调节因子。
目前，对于雄激素非依赖性前列腺癌的代谢组学研究较少。
因此，了解雄激素非依赖性前列腺癌细胞系的代谢组学特征及其与原发性前列腺癌的差异，有助于深入了解其致病机制，从而为寻找新的治疗策略提供依据。
研究内容和方法：本研究拟应用液质联用（LC-MS）技术，对雄激素非依赖性前列腺癌细胞系进行代谢组学分析。
初步计划采用细胞培养及收集代谢产物，建立细胞系代谢组学数据库。
然后应用主成分分析（PCA）等多元统计工具，对采集的数据进行分析，并与原发性前列腺癌细胞系进行比较，探寻其特征与差异。
预期成果和意义：本研究预期能够建立雄激素非依赖性前列腺癌细胞系的代谢组学数据库，并发现其与原发性前列腺癌细胞系的差异。
这将有助于深入了解雄激素非依赖性前列腺癌的致病机制。
研究结果也将为寻找新的治疗策略提供依据，有望推动前列腺癌的治疗研究和临床应用。
研究难点和解决方案：1. 细胞系繁殖与代谢产物采集：采用适宜的培养基、细胞密度和时间点，结合化学技术，尽可能收集多样性的代谢产物。
2. 代谢产物分析：通过液质联用分析技术，建立多维数据分析模型，从大量的代谢产物中寻找到与细胞系特异性相对应的代谢物。
3. 数据分析：采用合适的多元统计分析方法，如主成分分析等，将采集的大数据进行挖掘，提取重要信息，发现特征与差异。
研究计划和时间表：本研究拟于2021年9月启动，预计需两年左右完成。
计划分如下步骤：1. 建立雄激素非依赖性前列腺癌细胞系代谢组学数据库：第1-12个月。
2. 采集代谢产物，通过液质联用分析技术进行分析：第13-21个月。
3. 采用主成分分析等方法，对差异代谢物进行筛选与验证：第22-24个月。
4. 数据呈现：第25-26个月。
总结：本研究将建立雄激素非依赖性前列腺癌细胞系的代谢组学数据库，并发现其与原发性前列腺癌细胞系的差异，从而有助于深入了解其致病机制，为寻找新的治疗策略提供依据，有望推动前列腺癌的治疗研究和临床应用。
前列腺癌中gst-pi、雄激素受体（ar）表达及临床意义
中文摘要前言前列腺癌是男性的一种常见的恶性肿瘤，在美国和欧洲尤其多见，有报道表明目前前列腺癌已经成为美国男性中最常见的肿瘤，是北美和西欧男性中占首位的癌症死亡原因，而在我国其发病率也呈逐年上升趋势。
目前，对于前列腺癌尚需一种较为敏感和可靠的早期诊断和预防方法。
既往有人报导谷胱苷肽Ｓ转移酶（ＧＳＴ－Ｐｉ）和雄激素受体（ａｎｄｒｏｇｅｎｒｅｃｉｐｔｏｒ、ＡＲ）在前列腺癌中的表达呈正相关，也有人报导二者无相关性。
我们应用免疫组织化学方法检测（ＧＳＴ－Ｐｉ）和雄激素受体（ＡＲ）在前列腺癌及前列腺增生症中的表达，探讨其在前列腺癌发生及发展中的意义。
材料和方法１．标本来源：收集手术治疗并经病理证实的前列腺腺癌及前列腺增生症标本各２０例，前列腺癌标本按Ｇｌｅａｓｏｎ分级标准：Ｉ级２例，Ⅱ级１０例，Ⅲ级６例，Ⅳ级２例；按Ｊｅｗｅｉｔ分期标准：Ａ期３侧，Ｂ期８例，Ｃ期７例，Ｄ期２例。
２．免疫组化方法：采用兔抗人ＧＳＴ－Ｐｉ（１：１０００）多克隆抗体，兔抗人ＡＲ（１：４００）多克隆抗体及ＳＰ试剂盒。
ＧＳＴ－Ｐｉ和ＡＲ的免疫组化研究采用ＳＰ法，所有步骤严格按照试剂说明书操作。
３．结果判定：采用网格测试法，每例选择９个不重复、不重叠的４０“Ｘ”视野，根据ＧＳＴ．Ｐｉ和ＡＲ阳性细胞数占视野中总细胞数的百分比分为：阴性（·）：无阳性着色或阳性细胞数＜５％；阳性（＋）：阳性细胞数＞５％。
４．统计方法：ＧＳＴ．Ｐｉ和ＡＲ各组间比较采用菲配对资辩ｔ检验，ＧＳＴ－Ｐｉ和ＡＲ在前列腺癌中表达关系采用Ｘ２检验，ＧＳＴ—Ｐｉ和ＡＲ在前列腺癌中的表达与ＰＳＡ分泌水平之间的关系采用Ｓｐｅａｒｍａｎ等级相关分析。
结果１．ＧＳＴ—Ｐｉ和ＡＲ在前列腺癌中的表达ＧＳＴ－Ｐｉ定位于癌细胞膜和胞质，阳性染色表现为胞膜及胞浆染成棕黄色，见照片１。
ＡＲ定位于癌细胞核，阳性染色表现为胞核染成棕褐色，见照片２。
ＧＳＴ—Ｐｉ的表达在肿瘤各病理分级及临床分期间均无显著差异（Ｐ＞０．０５，Ｐ＞０．０５），而ＡＲ的表达在肿瘤各病理分级间存在显著差异（Ｐ＜０．０５），其表达在肿瘤的各临床分期间无明显差异（Ｐ＞０．０５）。
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雄激素依赖型与非依赖型前列腺癌基因芯片数据分析（作者:___________单位: ___________邮编: ___________）作者：罗烈伟，马文丽,郑文岭【摘要】目的根据高通量基因表达谱数据,采用数据挖掘技术识别前列腺癌相关的特征基因与功能,探讨雄激素非依赖型前列腺癌形成的分子机制。
方法应用GeneSifter在线分析软件对6个雄激素依赖型前列腺癌(ADPC）和6个雄激素非依赖型前列腺癌(AIPC）基因芯片数据分成两组进行分析。
结果筛选得到348个差异表达基因，并发现这些差异表达基因涉及的生物学过程和KEGG通路的一些相关基因。
结论雄激素非依赖型前列腺癌的形成可能与GREB1 protein基因表达下调有关，并在细胞通讯和细胞黏附等过程和通路方面与雄激素非依赖型前列腺癌的形成有一定关系。
【关键词】 ADPC；AIPC；基因表达谱；数据分析Abstract:Objective To investigate the molecular mechanisms of androgen-independent prostate cancer using microarray data.Methods Microarray data from the Gene Expression Omnibus (GEO) was used to examine the molecular changes between androgen-dependent and independent primary prostate tumors. This dataset was analyzed with GeneSifter microarray analysis software (VizX Labs,Seattle,WA).Results After filtering the data,348 differentially expressed genes were identified. Gene Ontology and KEGG analysis showed that the genes are correlated with RNA metabolism,cellcycle,macromolecule biosynthesis,and cell adhesion.Conclusions The GREB1 protein gene possibly plays an important role in androgen-independent prostate cancer. Gene’s changes of cell adhesion and cell communication also contribute to the understanding of androgen-independent prostate cancer.Key words:ADPC；AIPC；gene expression profile; data analysis前列腺癌(prostate cancer,PC)为全世界男性最常见的癌症之一，在美国男性所有诊断出来的肿瘤当中PC占了1/3，病死率排第二，仅次于肺癌。
近年来PC在中国的发病率也呈不断上升趋势［1，2］。
前列腺癌细胞的生长有依赖雄激素的生物学特性，多数前列腺癌患者在首次接受雄激素剥夺疗法后都有显著疗效，但最后超过一半的患者会复发并由雄激素依赖型前列腺癌（androgen-dependent prostate cancer,ADPC）发展成高度恶化且广泛转移的雄激素非依赖型前列腺癌（androgen-independent prostate cancer,AIPC）［3］。
AIPC的形成机制还不清楚，基因芯片技术对PC在雄激素剥夺治疗前后的基因表达改变分析也许对了解AIPC的形成过程可以提供一些线索。
本研究利用基因芯片数据分析软件GeneSifter对来自基因芯片公共数据库Gene Expression Omnibus(GEO)的12个ADPC和AIPC基因表达谱芯片数据作进一步生物信息学分析，以了解PC在雄激素剥夺治疗后的基因表达变化，并进一步探讨AIPC形成的分子机理，并为其他研究提供参考。
1 材料与方法基因表达谱芯片数据来自GEO公共数据库，由BEST CJ等提交的GSE2443系列20个样品芯片数据中选取12个，分别是6个AIPC 患者和6个ADPC患者原位肿瘤活检组织用激光捕获显微切割（LCM）方法取得的样品经RNA提取、扩增、逆转录和荧光标记等步骤，最后与Affymetrix Human Genome U133A芯片杂交，经Affymetrix GeneChip Scanner 3000扫描得到原始图像数据，再经标准化等处理后输出的芯片数据［4］。
GeneSifter属于基因芯片数据网络在线分析工具，经登陆GeneSifter网站以个人名义注册可以得到一定期限功能完整的免费试用。
从GEO下载下来的压缩数据经解压缩得到的是CEL文件格式，再将需要上传的12个GEL文件压缩成一个ZIP格式文件上传至GeneSifter网站进行分析，启动pair-wise analysis,以ADPC样品为第一组，AIPC样品为第二组。
设置分析参数为：标准化：None；统计学方法：t-test；阀值：1.5；校正方法：Benjamini and Hochberg；数据转换：Data Aleady Log Transformed。
原数据已经过GC-RMA对数转换和标准化处理［5］，由于是两组样本的比较，所以采用t检验，筛选阀值至少为1.5，P0.05，用Benjamini and Hochberg校正方法减少假阳性［6］。
经过上述设置筛选得到的差异表达基因，进一步用GeneSifter软件自带的Gene Ontology(GO)工具和Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG)通路分析其生物学意义。
2 结果2.1 基因表达差异筛选结果表达差异基因筛选得到348个基因，其中108个基因表达上调，占31.0％；240个基因表达下调，占69.0％。
以ADPC样品的荧光信号强度值为X轴，AIPC样品的荧光信号强度值为Y轴，作基因表达谱散点图（图1），可以直观地表示两组样品间基因表达差异情况。
每一个点代表芯片上一个基因点的杂交信号值，没有差异表达的基因分布在斜线周围，而远离斜线则为差异表达的基因。
图1 AIPC和ADPC基因表达谱散点图（略）Fig.1 The scatter spot of the gene expression profile of ADPC and AIPC2.2 生物学意义分析结果2.2.1 GO分析结果 GO分析结果发现差异基因涉及的生物过程按Z分值从大到小排序上调的有细胞黏附、细胞发育过程、细胞表面受体有关信号转换过程等，下调的有翻译、大分子生物合成、细胞生物合成等,见表1。
Z分值表示在GO和KEGG通路分析报告中的统计学差异，Z分值2则认为GO术语（或通路）具有显著丰度（Over-representation）,而Z分值-2暗示GO术语（或通路）具有显著贫度（Under-representation）,两者均具有显著性意义［7］。
2.2.2 KEGG通路分析结果KEGG通路分析发现细胞外基质受体相互作用、细胞通讯、黏着斑（focal adhesion）等相关基因表达上调；核糖体、氨基糖代谢、氧化磷酸化等相关基因表达下调，见表2。
表1 差异表达基因GO分析结果（略）Tab.1 Gene Ontology analysis of some differentially expressed genes表2 差异表达基因KEGG通路分析（略）Tab.2 KEGG pathway analysis of some differentially expressed genes3 讨论ADPC一旦发展成为AIPC就往往意味着这些肿瘤细胞的生长不受控制，这个阶段是前列腺癌病人死亡的主要原因，基因表达的改变和表观遗传的改变被认为是ADPC发展为AIPC的主要原因，基因芯片表达谱的应用为这种改变的分子机制研究提供很好的线索，基因芯片应用同时产生了海量的数据，如何分析这些数据的生物学功能已经成为基因芯片技术广泛应用的瓶颈，于是专门分析这些数据的软件应运而生，GeneSifter软件是一个以网络为基础集统计分析和生物学功能分析为一体的基因芯片数据分析系统，它具有快速、易用和直观的特点。
从GeneSifter对ADPC和AIPC两组表达谱数据差异分析结果看，表达差异基因筛选得到348个基因中有108个基因表达上调，240个基因表达下调，其中有一些基因以前有文献报道过与肿瘤有关，如Bcl-2、Tetraspanin 1、GALNT12［8-10］，其中表达最具显著意义的是GREB1 protein基因，下调表达达到15.48倍，是表达倍数最高的基因，GREB1（gene regulated by estrogen in breast cancer1）是雌激素应答基因，在乳腺癌研究中被认为在肿瘤对激素反应中有重要的作用，此次发现在AIPC中显著低表达，提示其对前列腺癌在激素剥夺治疗后可能也有重要的作用。
通过GeneSifter自带的GO生物学过程分析和KEGG通路分析，得到比较有意思的结果是，在细胞黏附以及细胞通讯相关的基因表达有显著的变化，提示细胞黏附过程可能与前列腺癌相关。
相邻细胞间的连接决定细胞和组织的形态、调控细胞的运动、生长、分化和存活等。
细胞间黏附连接结构(adherens junction) 的形成是通过相邻细胞表面的钙依赖性钙黏着素受体的细胞外区域的相互作用实现的［11］，细胞的恶变通常表现为组织结构中细胞骨架的根本改变，一方面通过下调钙黏素或连环蛋白(catenin)家族成员的表达实现，另一方面可以通过激活一些可阻断细胞间黏附连接结构聚集的信号传导途径实现。
已有研究发现,上皮型钙黏素(E-cad) 表达的缺失可使腺瘤向腺癌转化［12］。
另有研究也表明, 细胞黏附蛋白的共同异常表达对前列腺癌的预后诊断有重要意义［13］。
通过对前列腺癌基因芯片数据的再挖掘，虽然筛选出的差异基因及其相关通路还有待更多的实验验证，但可为雄激素非依赖性前列腺癌的基因诊断以及药物作用靶点方面提供更多的信息。
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