分子生物学实验方案设计
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梅衣属ITS条形码物种的快速鉴定
实验目的:
一、学习并熟练地衣DNA提取技术
二、掌握PCR技术的原理及操作
三、DNA条形码技术的应用
实验技术路线:
1、地衣总DNA的提取
2、PCR扩增
3、基因测序
4、基因序列对比
地衣总DNA提取:
1.取带有子囊盘或未有子囊盘的带藻地衣体30~300mg,用无菌水冲洗,除去表面杂质,再用DNA提取液浸泡2~3h(4℃)。
2.将地衣体取出,滤纸吸干表面液体,剪碎放于预冷的研钵中,加入液氮研磨至粉末状。
3.将粉末小心、全部转入1.5ml离心管中,加入400μL DNA提取液,混匀。
4.加入10% SDS 50μL 、氯化苄150μL,振荡混合,于50℃保温1h,每隔10min振
荡混合一次。
5.保温1h后,每管加入3mol/L NaAc 50μL,混匀冰浴15min.
6.用等体积酚:氯仿:异戊醇(25:24:1)和等体积酚:氯仿(1:1)各抽提一次,直至无白色沉淀为止。
7.移上清液于另一离心管,加入2倍体积无水乙醇,4℃放置2~3h ,15000r/min,离
心10min(4℃),弃上清液。
8.将沉淀用70%乙醇冲洗2次后,真空干燥,再加入50~80μL TE缓冲液,保存于冰
箱(4℃)
PCR扩增:
稀释50 倍用于后续 PCR 操作。真菌 ITS rDNA 由通用引物 ITS5 ( 5′-GGAAGTAAAAGTCGTAACAAGG-3′)、 ITS4 ( 5′-TCCTCCGCTTATTGATATGC-3′)。
PCR 反应条件:95℃预变性 5min;95℃变性 30s,52℃退火 30s,72℃延伸 2min,反应 32 个循环;72℃延伸 10min,4℃保存。反应结束后,PCR 产物通过 0.8%的琼脂糖凝胶电泳检验,ABI3730DNA 分析仪测序。
序列比对:
所获测序结果序列包含小亚基部分结尾序列、ITS1-5.8S-ITS2、大亚基部分起始序列,去除大小亚基部分序列后所得片段大小约 500bp,即为所需的序列
利用 DNAMAN(Lynnon Biosoft)软件将测序结果同 GenBank 下载数据进行比对分析,如果序列长度不同,则只保留共有区段。
如果该DNA序列与GenBank中梅衣属的某个种的序列相同,则可确定所测定的地衣是
哪个种。
实验试剂:
一、DNA提取
1、DNA提取液(50mmol/L Tris HCL pH9.0;12.5mmol/L EDTA pH8.0):
(1)称取7.5712gTris,加入150ml蒸馏水,加HCL调pH至9.0,定容至250ml
(2)称取3.6531gEDTA,加入20ml蒸馏水,调pH至8.0,定容至250ml
2、10%SDS:称取10gSDS,加入100ml蒸馏水
3、NaAc:0.51g醋酸钠固体,加蒸馏水溶解,定容25ml
4、TE缓冲液:(1)1mol/L Tris-HCL(pH8.0) 1ml
(2)0.5mol/L EDTA(pH8.0) 0.2ml
超纯水至100ml
5、氯化苄
二、pcr试剂准备
1. DNA模版
2.对应目的基因的特异引物
3.10×PCR Buffer
4.2mM dNTPmix:含dATP、dCTP、dGTP、dTTP各2mM
5.Taq酶
二、详细配制比例
1.在冰浴中,按以下次序将各成分加入一无菌0.5ml离心管中。10×PCR buffer 5μl
dNTP mix (2mM) 4μl
引物1(10pM)2μl
引物2(10pM)2μl
Taq酶(2U/μl)1μl
DNA模板(50ng-1μg/μl)1μl
加ddH2O至50μl
视PCR仪有无热盖,不加或添加石蜡油。
1、配制20μL反应体系,在PCR板中依次加入下列溶液:
模板DNA 2μL
引物1 1μL
引物2 1μL
dNTP 1.5μL
MgCl2 2μL
10×buffer 2μL
ddH2O 10μL
Taq酶 0.5μL