圈养和自由生活猕猴肠道微生物多样性研究
肠道微生物相互作用的研究及体外肠道模拟系统的构建和应用
肠道微生物相互作用的研究及体外肠道模拟系统的构建和应用肠道微生物能够增强机体免疫力,改善腹泻。
肠道是肠道微生物赖以生存的环境,肠道微生物的含量占整个人体微生物含量的78%,是临床研究的重点[1,2]。
能够影响肠道微生物的因素主要有4个方面:第一,人体自身的因素;第二,人体摄入的饮食;第三,细菌自身因素;第四,肠道微生物之间的相互作用。
而肠道微生物的相互作用最为主要、复杂,为科研研究的重点。
为了研究肠道微生物,我们引入了肠道微生物模拟系统。
体外肠道模拟模型是基于对人体体内消化道的仿生模拟而建立,用来培养单种或多种微生物的培养系统。
综上所述,为了研究肠道微生态系统,我们做了两方面工作:研究肠道微生物的相互作用,构建模拟肠道系统及应用。
具体实验如下:利用qPCR(Quantitative Polymerase Chain Reaction)检测肠道微生物:首先设计经过分离得到的鼠李糖乳杆菌、纳豆芽孢杆菌、保加利亚乳杆菌、干酪乳杆菌、粪肠乳杆菌、发酵乳杆菌、唾液乳杆菌的qPCR引物,保证了qPCR检测的特异性。
然后将上述肠道微生物混合培养,用得到的qPCR引物检测混合培养体系中每一种肠道微生物的活菌数。
结果为:发酵乳杆菌为4.1×107CFU/mL,唾液乳杆菌为2.2×107 CFU/mL,纳豆芽孢杆菌为0.8×107 CFU/mL,植物乳杆菌为2.3×107 CFU/mL,干酪乳杆菌为4.1×107 CFU/mL,保加利亚乳杆菌为2×107 CFU/mL,粪肠乳杆菌6.8×107 CFU/mL。
可得出结论:qPCR通过特异性引物设计提高了检测的特异性,qPCR能够在混合肠道微生物体系中精准检测一种或多种肠道微生物的种类和含量。
为后续开展研究肠道微生物的相互作用的研究提供技术保障。
肠道微生物相互作用的研究:将分离得到的8种肠道细菌即:鼠李糖乳杆菌、保加利亚乳杆菌、植物乳杆菌、干酪乳杆菌、粪肠乳杆菌、发酵乳杆菌、唾液乳杆菌、纳豆芽孢杆菌两两混合培养测活菌数。
恒河猴的遗传多样性和遗传进化
恒河猴的遗传多样性和遗传进化恒河猴是生活在亚洲的猴子，是以印度次大陆为中心分布的一类灵长类动物，其科学名称为Macaca mulatta。
在中国，恒河猴也被称为猕猴，在印度则被称为拉尔猴。
恒河猴是研究灵长类动物进化和行为的重要对象，这得益于它们广泛分布和独特的生态定位，同时拥有丰富的行为文化和良好的机能。
恒河猴的遗传多样性对其进化发挥了重要的作用。
研究表明，恒河猴的遗传多样性非常丰富，主要是由于它们分布范围广、繁殖力强、迁移能力强等因素所致。
不同地理区域的恒河猴基因表达差异显著，这可能与环境压力、生存食物、生境限制等共同因素有关。
恒河猴是一种纯种的典型南亚猕猴，也是一类进化成功的动物。
在恒河猴的进化历史中，对机能基因的选择压力是非常强的。
在其野生环境中，游离氧自由基和其他环境压力对其生命健康产生了巨大的挑战，因此，恒河猴正在进化出一系列与氧代谢、代谢抗性、抗氧化、免疫应答有关等机能基因。
尽管机体的细胞代谢和基因表达等是由环境和基因之间的复杂调节网络所控制的，但是恒河猴不断在这个网络上进行基因组调节和修饰，进而适应并生存于复杂的自然环境中，实现了生物进化的辉煌。
恒河猴的遗传多样性和进化不仅对研究和探究人类进化史和祖先行为文化等方面有着重要的价值，而且还对现代医学、药物开发、食品生产等领域有着深远的影响。
首先，恒河猴是研究人类疾病模型的重要材料。
许多人类的癌症、心脏病、糖尿病等疾病都可以在恒河猴身上进行病理研究，推进人类医疗的新进展。
其次，恒河猴是研究生态环境变化和全球气候变化的重要指标。
恒河猴是热带的典型动物种类之一，在它们身上进行自然生态环境的监测可以更好地了解全球变化的情况。
最后，恒河猴的进化和生物多样性对保护自然环境和生态平衡也有重要意义。
恒河猴的栖息地及个体数量的下降会影响其生存繁殖能力，同时也会导致该地区生态固有物种数目的下降，最终影响整个地区的生态平衡。
总之，恒河猴的遗传多样性和进化对科学研究、医学疗效、环境保护等方面具有重要的意义。
猪猕猴的生物学特性及应用
平顶猴 （豚尾猴）
云南灵长类实验动物中心 广东灵长类动物试验中心 苏州西山中科实验动物中心
猪猕猴的生物学特性及应用
猕猴类：恒河猴、红面猴、食蟹猴(对猴疱疹病毒易感，与人类的单纯疱疹病毒HSV感染变化相似， 适宜对该病毒的研究)
其他 ： 1.獭猴（适于作视觉生理研究） 2.绒猴（孪生子双方的造血系嵌合并相互具有免疫耐受性，以致成为免疫学研究的独特对象） 3.髭狨猴（可作甲肝疫苗实验及毛蚶传播甲肝病毒的研究） 4.夜猴（主要用于视觉研究和疟疾研究）
2.细菌性疾病：对人的痢疾杆菌和结核杆菌最易感染，也是研究肺炎球菌性肺炎、链球菌病、 葡萄球菌病、鼠伤寒、沙门菌病等动物模型。
猕猴在生物医学研究中的应用 猪猕猴的生物学特性及应用
寄生虫病：灵掌类动物对人疟原虫感染敏感，是研究疟疾等寄生虫疾病的理想动物模型和筛 药模型。也是阿米巴脑膜炎、丝虫病、弓形虫等的动物模型。此外，职业性疾病和铁尘肺、 肝损伤等的研究。
猪猕猴的生物学特性及应用
免疫缺陷动物：是指由于先天遗传突变或人工方法制造一种或多种免疫系统组成 成分缺陷的动物
常用的免疫缺陷动物：裸小鼠、裸大鼠、CBN/N品系小鼠Beige小鼠、严重联合 免疫缺陷小鼠等
猪猕猴的生物学特性及应用
隐性突变基因（nu/nu)位于11号染色体上 带有裸基因的小鼠品系有：NIH、BALB/C、C3H、C57BL等 裸小鼠的主要缺陷特征 1.被毛生长发育异常 2.无胸腺 3.B细胞正常，成年裸小鼠的NK细胞活性较高，但幼鼠的NK细胞活性相对低
猪猕猴的生物学特性及应用
基因符号为（rnu/rnu )缺乏功能性T细胞，B细胞功能基本正常。 体形大，可为常规血液学和血清生化学分析提供足够的血样，也可为各种研究提供足够的瘤
圈养大熊猫肠道微生物分离、鉴定及细菌耐药性研究
圈养大熊猫肠道微生物分离、鉴定及细菌耐药性研究李蓓;郭莉娟;龙梅;汤纯香;周晓平;罗燕;邹立扣【期刊名称】《四川动物》【年(卷),期】2014(033)002【摘要】对中国卧龙自然保护区大熊猫研究中心-碧峰峡基地64只大熊猫分别采取粪样,用选择性培养基分离大肠杆菌、沙门氏菌,根据形态特征及16S rDNA序列对菌株进行鉴定;用PDA培养基分离真菌,真菌通用引物ITS4、ITS5进行扩增鉴定.采用K-B法(CLSI)药敏试验测试大肠杆菌和沙门氏菌对18种药敏纸片的耐药性.形态学与rDNA-ITS序列鉴定表明,共分离到真菌19株,鉴定为8个属.分离出大肠杆菌88株,沙门氏菌47株;大肠杆菌对各抗生素的耐药率为0％～ 35.22％,耐药率为TET(35.22％)、AML(12.50％)、S3(12.50％),共产生17种耐药谱,其中TET、AML-TET谱型占优势;沙门氏菌对各抗生素的耐药率为0％～42.55％,耐药率为TET(42.55％)、AML(40.43％)、S3(38.30％),也产生了17种耐药谱,AML和AML-TET谱型占优势.通过对细菌和真菌的分离鉴定以及细菌的耐药性试验,了解大熊猫肠道微生物与不同个体的关系,为研究大熊猫的营养及消化等奠定基础,对预防和诊断大熊猫肠道疾病,提高大熊猫的存活率提供依据.【总页数】6页(P161-166)【作者】李蓓;郭莉娟;龙梅;汤纯香;周晓平;罗燕;邹立扣【作者单位】四川农业大学都江堰校区微生物学实验室,森林资源保护与利用实验室,四川都江堰611830;四川农业大学都江堰校区微生物学实验室,森林资源保护与利用实验室,四川都江堰611830;四川农业大学资源环境学院,成都611130;四川农业大学都江堰校区微生物学实验室,森林资源保护与利用实验室,四川都江堰611830;四川农业大学资源环境学院,成都611130;中国保护大熊猫研究中心雅安碧峰峡基地,四川雅安625000;中国保护大熊猫研究中心雅安碧峰峡基地,四川雅安625000;四川农业大学都江堰校区微生物学实验室,森林资源保护与利用实验室,四川都江堰611830;四川农业大学都江堰校区微生物学实验室,森林资源保护与利用实验室,四川都江堰611830【正文语种】中文【中图分类】S852.65【相关文献】1.圈养猕猴胃肠道细菌的分离与初步鉴定 [J], 蒲忠慧;王雄清;陈希文;游章强;党明术;马缨2.圈养大熊猫肠道致病菌的分离与初步鉴定 [J], 陈希文;尹苗;王雄清;蒲中慧;马缨;陈紫娟3.华北地区圈养大熊猫粪便中产纤维素酶芽孢杆菌菌株的分离与鉴定 [J], 武红敏;郭威;郭晓军;周贤;朱宝成4.野外放归大熊猫和圈养大熊猫肠道正常菌群的研究 [J], 谭志;鲍楠;赖翼;张和民;李德生;刘成君5.一株大熊猫肠道厌氧纤维素菌的分离鉴定、系统发育分析及生物学特性的研究[J], 荣华;邱成书;胡国全;刘晓凤;张辉;费立松;徐恒;邓宇因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。
西宁野生动物园5种圈养草食野生动物肠道寄生虫调查
健康养殖·诊疗2020.21 畜牧业环境77摘 要：为了解掌握西宁野生动物园圈养的草食野生动物肠道寄生虫感染情况，本研究分别收集了西宁野生动物园圈养的普氏原羚、白唇鹿、西藏野驴、岩羊、盘羊5种青藏高原珍稀野生动物的43份新鲜粪便，采用饱和盐水漂浮法、沉淀—漂浮法等方式进行寄生虫检查。
结果显示，以上动物均未发现有蛔虫感染，但存在不同程度的线虫和球虫感染，部分个体还表现出交叉感染的情况；5种动物均存在球虫感染情况，且球虫的感染率和感染强度均高于线虫。
表明动物园圈养环境下寄生虫感染情况较为普遍，且主要为球虫感染和线虫感染，应注意动物饲养环境的清洁消毒，并针对感染情况做好针对性防治措施，减少因寄生虫感染导致的珍稀野生动物资源损失。
关键词：野生动物；圈养；肠道寄生虫1 前言野生动物具备独特观赏价值和生态价值，且与人类健康和生态保护密切相关，但动物资源一直处在不断流失的过程中，因此保护野生动物，维持物种稳定发展成为一项重要任务。
本研究涉及的普氏原羚、白唇鹿、西藏野驴为我国一级重点保护野生动物，岩羊、盘羊为我国二级保护野生动物，且以上5种动物均列入《世界自然保护联盟》（IUCN）濒危物种红色名录。
同时，这5种动物主要分布于青藏高原地区，对高原生态稳定起到重要作用，由于其数量稀少，物种稳定极易被破坏，因此需要重点保护、研究。
寄生虫是危害野生动物健康生长的主要疾病之一，可导致幼年动物发育迟缓、贫血等症状，当虫体在动物体内移行时可导致宿主器官的机械性损伤或管腔堵塞，最终导致动物因各种原因死亡，造成野生动物资源的损失。
本研究通过调查以上动物的肠道寄生虫感染情况，可调整寄生虫防治工作，有效降低寄生虫在动物种群中的感染率，对感染动物科学准确地驱虫治疗。
2 材料与方法2.1 动物样品采集动物来源为西宁野生动物园圈养的普氏原羚、白唇鹿、西藏野驴、岩羊、盘羊。
采集新鲜粪样，使用一次性样品收集袋标记、分装，保存于4℃。
_圈养大熊猫粪便中微生物多样性的研究_圈养大熊猫粪便中微生物多样性的研究
四川动物Sichuan Journal of Zoology 2016，35（1）：17－23收稿日期：2015-04-19接受日期：2015-06-23基金项目：四川省科技厅国际合作项目（2013HH0043畜禽温室气体排放量检测及减排技术研究）作者简介：王立志（1974—），男，博士，副教授，硕士生导师，主要从事动物营养学研究*通信作者Corresponding author ，E-mail ：wanglizhi@aliyun．com DOI ：10．11984/j．issn．1000－7083．20150140圈养大熊猫粪便中微生物多样性的研究王立志*，徐谊英（四川农业大学动物营养研究所，动物抗病营养教育部重点实验室，四川雅安625014）摘要：本试验采集了5只圈养成年大熊猫的新鲜粪便，用高通量测序技术，研究了大熊猫粪便中细菌和古菌的结构和组成。
试验结果表明：圈养成年大熊猫粪便细菌主要由变形菌门Proteobacteria （74．45%）、厚壁菌门Firmi-cutes （15．66%）、拟杆菌门Bacteroidetes （4．34%）、蓝藻门Cyanophyta /色球藻纲Chroococcophyceae （4．01%）等组成，其中变形菌门主要以埃希氏杆菌属Esherichia /志贺氏菌属Shigella （49．84%）为主；厚壁菌门主要以梭菌属Clostridi-um （4．65%）为主；拟杆菌门主要以稳杆菌属Empedobacter （3．51%）为主；蓝藻门全部为未分类的色球藻纲（4．01%）。
古菌主要由泉古菌门Crenarchaeota （55．99%）和广古菌门Euryarchaeota （42．33%）组成，其中优势古菌是热变形菌纲Thermoprotei （55．99%）中未分类的属和产甲烷菌属Methanogenium （24．70%）。
关键词：大熊猫；细菌；古菌；高通量测序中图分类号：Q959．8文献标志码：A文章编号：1000－7083（2016）01－0017－07Diversity of Microorganism in the Feces of Captive Giant PandasWANG Lizhi *，XU Yiying（Animal Nutrition Institute of Sichuan Agricultural University ，Key Laboratory for Animal Disease-ＲesistanceNutrition of Ministry of Education ，Ya ’an ，Sichuan Province 625014，China ）Abstract ：The structures and compositions of bacteria and archaeal in the feces of five adult captive giant pandas were studied using high-throughput sequencing technology．The results showed that the bacteria mainly consisted of Proteobacteria （74．45%of total sequences ），Firmicutes （15．66%），Bacteroidetes （4．34%），and Cyanophyta /Chroococcophyceae （4．01%）at the phylum level．Within the phylum Proteobacteria ，Escherichia /Shigella （49．84%）was the most abundant genus．Within the phylum Firmicutes ，Clostridium （4．65%）was the most abundant genus．Within the phylum Bacte-roidetes ，Empedobacter （3．51%）was the most abundant genus．Within the phylum Cyanophyta //Chroococcophyceae ，only the unclassified Chroococcophyceae （4．01%）was detected．The archaea mainly consisted of Crenarchaeota （55．99%）and Euryarchaeota （42．33%）at the phylum level ，and the unclassified Thermoprotei （55．99%）and Methanogenium （24．70%）were the two dominant memberships at the genus level．Key words ：giant panda ；bacterium ；archaea ；high-throughput sequencing大熊猫Ailuropoda melanoleuca 是我国特有的珍稀濒危动物，属食肉目，其消化器官和消化酶至今仍保留着肉食性动物的特点，但它已高度特化为以竹类植物性食物为生的动物。
猴子喂养实验报告
猴子喂养实验报告猴子喂养实验报告引言：猴子是人类最近的亲属之一，对于研究人类的行为和生理特征具有重要意义。
为了深入了解猴子的饮食习惯和营养需求，我们进行了一项猴子喂养实验。
本报告将详细介绍实验的设计、执行以及结果分析。
实验设计：我们选取了10只健康的恒河猴，将它们随机分为两组：实验组和对照组。
实验组的猴子将接受特殊饮食，而对照组的猴子将继续接受常规饮食。
为了保证实验结果的准确性，我们将两组猴子的性别、年龄和体重尽量保持一致。
实验执行：实验组的猴子将被喂养一种富含蛋白质、维生素和矿物质的特殊饮食，以模拟它们在野外觅食时的情况。
我们根据猴子的体重和营养需求，制定了每日的食谱。
食谱中包括新鲜水果、蔬菜、坚果和一定比例的蛋白质来源，如豆类和鸟蛋。
同时，我们还为猴子提供了足够的饮水。
对照组的猴子将继续接受常规饮食，即以野生水果、植物叶子和昆虫为主要食物。
我们将监测对照组猴子的饮食习惯，并记录其每日的食物摄入量。
实验结果：经过一段时间的实验观察和数据收集，我们得出了以下结论：1. 实验组猴子的体重增加速度较对照组更快。
这表明特殊饮食对猴子的生长发育具有促进作用。
2. 实验组猴子的毛发质量更好，毛色更亮丽。
这可能是由于特殊饮食中提供的维生素和矿物质对毛发的滋养作用。
3. 实验组猴子的精神状态更为活跃，活动能力更强。
这可能是由于特殊饮食中的蛋白质和能量提供了更多的营养。
4. 实验组猴子的免疫系统更为健康，罹患疾病的几率较低。
这可能是由于特殊饮食中的维生素和抗氧化剂对免疫功能的增强作用。
5. 对照组猴子的食欲和摄食量无明显变化。
这表明野生食物的营养价值已经满足了猴子的生理需求。
结论：通过这项猴子喂养实验，我们得出了特殊饮食对猴子生长发育、毛发质量、精神状态和免疫系统的积极影响。
然而，我们也要注意到实验的局限性，如样本数量有限、实验时间较短等。
因此，进一步的研究仍然是必要的。
此外，我们还要强调对野生动物的保护和尊重。
猕猴桃果肉内生菌株鉴定及其抑菌活性分析
陈帮丹，魏 洪，黄亚励，等．猕猴桃果肉内生菌株鉴定及其抑菌活性分析［Ｊ］．江苏农业科学，２０１８，４６（１２）：７１－７５．ｄｏｉ：１０．１５８８９／ｊ．ｉｓｓｎ．１００２－１３０２．２０１８．１２．０１６猕猴桃果肉内生菌株鉴定及其抑菌活性分析陈帮丹１，２，魏 洪１，黄亚励１，冯 丽１，李俞亭１，王芳胜１（１．贵州医科大学微生物学教研室／贵州省医科大学感染与免疫学实验室，贵州贵阳５５００２５；２．贵州省六盘水市人民医院检验科，贵州六盘水５５３０００） 摘要：采用ＰＤＡ和ＬＢ培养基培养新鲜的猕猴桃果肉内生菌，用平板对峙法筛选出具有抑菌活性的内生菌株，用平板倾注法测定筛选出的内生菌不同浓度发酵液对标准菌株和临床菌株的抑菌活性，并基于形态特征、生理生化特性、电镜扫描结果、１６ＳｒＤＮＡ基因序列同源性分析、Ｎ－Ｊ法系统发育树鉴定菌株。
结果表明，从猕猴桃果肉中分离获得３株内生细菌，并初筛出１株抑菌活性较为明显的菌株，被鉴定为粪肠碱杆菌，能够抑制标准菌株大肠埃希氏菌、金黄色葡萄球菌及临床菌株中革兰氏阴性菌株大肠埃希氏菌、阴沟肠杆菌、肺炎克雷柏菌的生长，对革兰氏阳性菌株金黄色葡萄球菌、溶血性葡萄球菌、肺炎链球菌的生长无作用。
关键词：猕猴桃；果肉；内生菌；抑菌活性；粪肠碱杆菌；金黄色葡萄球菌；大肠埃希氏菌 中图分类号：Ｓ１８２ 文献标志码：Ａ 文章编号：１００２－１３０２（２０１８）１２－００７１－０４收稿日期：２０１７－１０－１０基金项目：贵州省科技合作项目［编号：（２０１５）７３１６、（２０１６）７３６７］。
作者简介：陈帮丹（１９７８—），女，贵州六盘水人，硕士，副主任技师，从事病原生物学研究。
Ｅ－ｍａｉｌ：８２４３３２８７＠ｑｑ．ｃｏｍ。
通信作者：魏 洪，博士，副教授，从事病原生物学及天然药物的开发研究。
Ｅ－ｍａｉｌ：２６３６７６４７０＠ｑｑ．ｃｏｍ。
我国植物资源丰富，从植物中分离和提取具活性物质的内生菌可应用于新型活性物质的生产，制造环保、高效的新药。
- 1、下载文档前请自行甄别文档内容的完整性，平台不提供额外的编辑、内容补充、找答案等附加服务。
- 2、"仅部分预览"的文档,不可在线预览部分如存在完整性等问题,可反馈申请退款(可完整预览的文档不适用该条件!)。
- 3、如文档侵犯您的权益，请联系客服反馈,我们会尽快为您处理(人工客服工作时间：9:00-18:30)。
圈养和自由生活猕猴肠道微生物多样性研究动物的肠道是一个复杂的生态系统,其中栖息着丰富、多样的微生物。
越来越多的研究表明,肠道微生物(gut microbiota)在动物的营养消化吸收、能量代谢平衡、免疫防御功能以及行为等诸多方面有着重要的影响,是动物适应性演化的重要特征,与栖息环境、食物资源等密切相关。
然而,伴随人类活动产生的全球以及局域性变化,不仅可以直接、间接影响动物的栖息环境、食物资源、生理生态以及行为等,还可以通过改变肠道微生物群落而影响动物行为、健康等方面。
因此,探究不同环境条件下,动物尤其是野生动物的肠道微生物群落组成与多样性,不仅有助于理解物种对变化环境的响应,还
可以为圈养动物、野生动物尤其是珍稀濒危动物保护与管理提供依据。
猕猴(Macaca mulatta)是世界上自然分布最广泛的非人灵长类物种,在生理、生化、行为等方面与人类有着诸多相似之处,不仅是重要的实验动物,亦是诸如动物园、野生动物园以及生态旅游区内重要的观赏动物。
为探究不同环境条件对猕猴肠道微生物多样性的影响,于2017年1月,采用非损伤性取样的方法,基于二代高通量测序技术,借助生物信息分析技术与平台,以分析圈养(captive)和自由生活(free-ranging)猕猴的肠道微生物群落组成与多样性,旨在深化认识不同环境对猕猴肠道微生物的影响,以便为动物园、野生动物园、生态旅游区等处的猕猴管护等提供科学依据。
主要研究内容与结果如下:1)圈养猕猴肠道微生物多样性研究以圈养于郑州市动物园“猴山”的猕猴为研究对象,于2017年1月10日,分别采集上、下午新鲜粪样各20份,利用商业DNA提取试剂盒提取与质控,随机选取质控合格的上、下午样品各10份,然后,借助二代测序平台进行高通量测序,经生物信息学分析,
探究圈养猕猴肠道微生物群落组成与多样性。
结果显示:1)物种组成分析:上、下午组共有741个OTU、160属、57科13门,其中上午组独有28个OTU、2个特有属,而下午组仅有6个特有OTU;2)α多样性分析:上午组OTU水平上的丰富度Sobs指数、多样性Shannon指数与均匀度Shannon even指数均显著高于下午组,而在其他水平的各指标中,仅丰富度Sobs指数在上午组的纲和科水平上显著高于下午组;3)样本分组分析:在OTU、属、科和门水平上ANOSIM分析显示上午组和下午组无显著差异;4)核心菌群分析:门水平上厚壁菌门(Firmicutes)和拟杆菌门(Bacteroidetes)的比例约为86%,科水平上胃瘤菌科(Ruminococcaceae)和普雷沃氏菌科(Prevotellaceae)占主导,属水平上因普氏菌属(Prevotella)占优势而被归为“普氏菌肠型”;5)组间物种差异分析:OTU水平上,上午组的OTU299、OTU691、OTU705等的百分比显著低于下午组,而OTU177则相反;属、科水平上,下午组的乳杆菌属(Lactobacillus)、乳杆菌科(Lactobacillaceae)的百分比均显著高于上午组;门水平上,群落中柔膜菌门(Tenericutes)百分比上午组显著高于下午组。
2)自由生活太行山猕猴肠道微生物多样性研究以活动于河南省济源市五龙口地区的太行山猕猴WLK-1群为研究对象,于2017年1月11日至15日,分别采集成年雌性、成年雄性个体的新鲜粪便样,随机选取经DNA提取、质控合格的样品各10份,然后,借助二代测序平台进行高通量测序,经生物信息学分析,探究自由生活太行山猕猴肠道微生物群落组成与多样性。
结果显示:1)物种组成分析:成年雌性组和成年雄性组共有845个OTU,分别隶属于185属、62科、14门,其中前者特有11个OTU、1个属、1个科和1个门(Fusobacteria),而后者特有37个OTU、1个属;2)α多样性分析:成年雌性组OTU、属、科和门水平上的丰富度
Sobs指数、多样性Shannon指数与均匀度Shannon even指数与成年雄性组均无显著差异;3)样本分组分析:在OTU、属、科和门水平上ANOSIM分析显示成年雌性组和成年雄性组无显著差异;4)核心菌群分析:门水平上厚壁菌门(Firmicutes)和拟杆菌门(Bacteroidetes)占据约84%,科水平占优势的为胃瘤菌科(Ruminococcaceae)和普雷沃氏菌科(Prevotellaceae)共占约43%,属水平上因
普氏菌属(Prevotella)占优势而被归为“普氏菌肠型”;5)组间物种差异分析:科水平上,成年雌性组拟杆菌目S24-7组(Bacteroidales_S24-7_group)的百分比显著高于成年雄性组;门水平上,成年雄性组蓝细菌门(Cyanobacteria)百分比显著高于成年雌性组。
3)圈养与自由生活猕猴肠道微生物多样性比较基于圈养、自由生活猕猴肠道微生物群落分析发现,虽然圈养上午组和下午组组间、自由生活雌性组和雄性组组间存在一些物种组成上的一定差异,但两种条件下各自组间差异性均不显著,因此,本研究将圈养条件和自由生活条件分别划为“圈养组”和“自由组”。
对圈养组和自由组猕猴肠道微生物群落组成与多样性比较分析发现:1)物种组成分析:圈养组和自由组共有个1064个OTU,分别隶属于191属、66科、14门,其中前者特有60个OTU、3个属和2个科,而后者特有95个OTU、7个属和1个科;2)α多样性分析:圈养组除在属水平上丰富度Sobs指数显著低于自由组外,其余OTU、属和门水平的丰富度Sobs指数、多样性Shannon指数与均匀度Shannon even
指数等均无显著性差异;3)样本分组分析:除门水平上ANOSIM分析显示分组无显著性差异外,在OTU、属和科水平上ANOSIM分析显示圈养组与自由组均存在显著差异;4)核心菌群分析:门水平上厚壁菌门(Firmicutes)和拟杆菌门(Bacteroidetes)约占总肠道微生物的85%,科水平占优势的为胃瘤菌科
(Ruminococcaceae)和普雷沃氏菌科(Prevotellaceae)共占约44%,而属水平上
因普氏菌属(Prevotella)占优势而被归为“普氏菌肠型”;5)组间物种差异分析:OTU水平上,圈养组的OTU669、OTU957、OTU1034、OTU668、OTU1003和OTU361等的百分比显著高于自由组,而OTU2877、OTU958、OTU806、OTU181、OTU92和OTU809则相反;属水平上,除圈养组的部分未清楚划分类群的百分比显著高于自
由组之外,自由组的琥珀酸弧菌属(Succunivibrio)和巨型球菌属(Megasphaera)等的百分比均显著高于圈养组;科水平上,自由组的毛螺菌科(Lachnospiraceae)、韦荣球菌科(Veillonellaceae)和琥珀酸弧菌科(Succinivibrionaceae)等显著
高于圈养组,而消化链球菌科(Peptostreptococcaceae)则相反;门水平上,群落
中拟杆菌门(Bacteroidetes)、柔膜菌门(Tenericutes)、疣微菌门(Verrucomicrobia)和硝化螺旋菌门(Lentisphaerae)百分比圈养组显著高于自
由组。
综上研究结果显示,两种环境条件下,猕猴肠道微生物菌落具有较高的一致性,即存在较强的保守性,然而亦存在一定程度的可塑性,即环境条件差异会导致猕猴肠道微生物组成在保持较强稳定性的基础上发生一定的差异。
本研究初步分析了环境条件差异对猕猴肠道微生物群落组成和多样性的影响,然而这些影响是否会对猕猴种群,尤其是对野生种群带来积极、负面影响等问题有待深入研究。