天柱黑番鸭催乳素基因内含子1的PCR-RFLP分析
鸭瘟病毒强弱毒株PCR检测方法的建立

鸭瘟病毒强弱毒株PCR检测方法的建立谢丽基;邓显文;钟传德;黄莉;谢芝勋;王盛;黄娇玲;张艳芳;范晴;罗思思;谢志勤【摘要】根据基因库中鸭瘟病毒强毒株和弱毒株UL2基因保守区设计特异性引物,优化PCR反应的引物浓度和退火温度等,初步建立了可同时鉴别鸭瘟病毒强毒株和弱毒株的PCR检测方法,并对建立的方法进行了敏感性、特异性验证和临床样品检测.该PCR检测方法最低能检出1 pg的鸭瘟病毒强毒和弱毒DNA模板.对鸭瘟病毒强毒和弱毒模板的检测,得到了与试验设计相符的827 bp(强毒)和299 bp(弱毒)的扩增条带,而对鸭副黏病毒、鸭坦布苏病毒、鸭圆环病毒、番鸭细小病毒、鸭Ⅰ型肝炎病毒、禽流感病毒和小鹅瘟病毒等病原体的检测均为阴性.说明建立了一种敏感性高、特异性好的鉴别鸭瘟病毒强毒和弱毒的PCR检测方法.【期刊名称】《动物医学进展》【年(卷),期】2017(038)008【总页数】4页(P19-22)【关键词】鸭瘟病毒;强毒;弱毒;聚合酶链反应【作者】谢丽基;邓显文;钟传德;黄莉;谢芝勋;王盛;黄娇玲;张艳芳;范晴;罗思思;谢志勤【作者单位】广西壮族自治区兽医研究所广西兽医生物技术重点实验室,广西南宁530001;广西壮族自治区兽医研究所广西兽医生物技术重点实验室,广西南宁530001;广西玉林市动物疫病预防控制中心,广西玉林537000;广西壮族自治区兽医研究所广西兽医生物技术重点实验室,广西南宁530001;广西壮族自治区兽医研究所广西兽医生物技术重点实验室,广西南宁530001;广西壮族自治区兽医研究所广西兽医生物技术重点实验室,广西南宁530001;广西壮族自治区兽医研究所广西兽医生物技术重点实验室,广西南宁530001;广西壮族自治区兽医研究所广西兽医生物技术重点实验室,广西南宁530001;广西壮族自治区兽医研究所广西兽医生物技术重点实验室,广西南宁530001;广西壮族自治区兽医研究所广西兽医生物技术重点实验室,广西南宁530001;广西壮族自治区兽医研究所广西兽医生物技术重点实验室,广西南宁530001【正文语种】中文【中图分类】S852.659.1;S858.32鸭瘟是由鸭瘟病毒(Duck plague virus,DPV)引起鸭的一种急性败血性传染病,发病率和病死率都甚高,是危害养鸭业最为严重的传染病之一[1]。
鸭肝炎病毒鸡胚化弱毒MY株VP1基因克隆、原核表达及抗原性分析

鸭肝炎病毒鸡胚化弱毒MY株VP1基因克隆、原核表达及抗原性分析向毅勇;罗薇;靳艳玲;刘内生;刘群;龙虎【摘要】应用巢氏PCR(nested-PCR)扩增出1型鸭肝炎病毒鸡胚化弱毒MY株结构蛋白VP1基因片段,将VP1克隆到pMD18-T载体上,测序结果为714bp,GenBank登录号:GU363950.对MY株VP1基因编码蛋白的主要抗原位点进行预测,aa208-aa222氨基酸区段表现很高的亲水性、抗原指数和表面可及性.VP1经EcoR Ⅰ和Xho Ⅰ双酶切后克隆至pET32a(+)原核表达载体,获得重组质粒pET-VP1,转入BL21 PLyss(DE3)细胞中,IPTG诱导后SDS-PAGE检测结果表明,在大肠杆菌中表达了1个相对分子质量为47 ku的融合蛋白.Western blotting分析结果表明,该重组蛋白可与鸭肝炎标准阳性血清发生特异性反应,具有良好的反应原性.【期刊名称】《中国畜牧兽医》【年(卷),期】2010(037)012【总页数】6页(P68-73)【关键词】鸭肝炎;原核表达;SDS-PAGE;Western blotting【作者】向毅勇;罗薇;靳艳玲;刘内生;刘群;龙虎【作者单位】西南民族大学生命科学与技术学院,成都,610041;西南民族大学生命科学与技术学院,成都,610041;中国科学院成都生物研究所,成都,610041;西南民族大学生命科学与技术学院,成都,610041;西南民族大学生命科学与技术学院,成都,610041;西南民族大学生命科学与技术学院,成都,610041【正文语种】中文【中图分类】Q781型鸭病毒性肝炎是由1型鸭肝炎病毒(duck hepatitis virus 1,DHV 1)引起的雏鸭急性死亡的传染病,主要侵害4周龄内的雏鸭,死亡率高,是危害养鸭业最为严重的传染病之一(辛朝安,2003)。
DHV 1为小RNA病毒科成员(Cornelia,2005),病毒粒子呈球形或类球形,核衣壳20面体对称,无囊膜,胞浆内繁殖,具有不分节段的单股正链RNA(蔡宝祥,2001),病毒基因组只含1个开放阅读框,编码3种结构蛋白(VP1、VP0、VP3)和9种非结构蛋白(Tseng等,2007)。
番鸭羽色与产肉性状的观测研究

孙国波ꎬ王㊀健ꎬ陆艳凤ꎬ等.番鸭羽色与产肉性状的观测研究[J].江苏农业科学ꎬ2019ꎬ47(2):173-176.doi:10.15889/j.issn.1002-1302.2019.02.044番鸭羽色与产肉性状的观测研究孙国波ꎬ王㊀健ꎬ陆艳凤ꎬ靖永慧ꎬ宋㊀茜(江苏农牧科技职业学院ꎬ江苏泰州225300)㊀㊀摘要:为了解番鸭羽色与产肉性状的内在关联ꎬ以高繁型番鸭(纯黑羽色番鸭)㊁快长型番鸭(头部白羽㊁身体全黑羽色番鸭)为研究素材ꎬ在进行正反交试验的基础上ꎬ重点主要开展了体质量与体尺发育㊁屠宰及肉品质等方面的对比观测研究ꎮ结果表明ꎬ高繁型番鸭体质量与体尺发育明显低于快长型番鸭ꎬ屠宰性能指标却部分高于快长型番鸭ꎬ肉品质指标尚未发现与羽色相关ꎮ通过开展羽色与产肉性状的关联分析ꎬ揭示了番鸭羽色对番鸭产肉具有明显影响ꎬ白羽更有利于番鸭产肉ꎬ但其内在深层次的关联还需要进一步的研究ꎮ㊀㊀关键词:黑羽番鸭ꎻ羽色ꎻ产肉性状ꎻ相关性ꎻ对比㊀㊀中图分类号:S834.2㊀㊀文献标志码:A㊀㊀文章编号:1002-1302(2019)02-0173-04收稿日期:2017-09-18基金项目:江苏省农业重大新品种创制项目(编号:PZCZ201737)ꎻ2016年江苏省农业三新工程项目(编号:SXGC[2016]293)ꎻ2016年江苏省大学生创新创业训练计划(编号:201612806007Y)ꎻ江苏农牧科技职业学院院级课题(编号:NSF201620㊁NSFPT201744㊁NSFPT201727)ꎮ作者简介:孙国波(1981 )ꎬ男ꎬ江苏盐城人ꎬ硕士ꎬ副教授ꎬ主要从事水禽育种研究ꎮE-mail:sgb1981@126.comꎮ㊀㊀羽色是家禽及鸟类一个重要的质量性状ꎬ也是其区分和鉴别的重要特征之一ꎮ为加快优质家禽的改良育种ꎬ质量性状和数量性状的选择都是其主要研究领域ꎬ尤其是羽色性状选择已成为鸡㊁鸭等家禽育种的研究重点ꎮ黑羽番鸭作为本单位培育的优良肉鸭产品ꎬ具有生长速度快㊁饲料报酬高㊁肉质鲜美等特点ꎬ符合养殖增效和产品提质要求ꎬ产业化发展前景广阔ꎬ但由于黑羽番鸭羽色遗传的不稳定性ꎬ且通过常规育种方法不能解决其羽色稳定遗传ꎬ黑羽番鸭后代主要会出现白羽㊁黑羽和花羽3种羽色番鸭ꎬ这严重影响了外观品质的均一性和产品推广的同质性ꎬ并且羽色性状是品种(配套系)培育的重要指标内容ꎬ因此对黑羽番鸭羽色遗传研究刻不容缓ꎮ目前ꎬ国内学者认识到了番鸭羽色遗传的复杂性和不稳定性ꎬ早在1999年孙亮先等就开展了相关研究[1]ꎬ随后陈岩峰等也相继开展了该项研究[2-6]ꎬ但主要集中在番鸭羽色类型分析㊁番鸭羽色遗传关联基因介绍等方面的研究性综述文献ꎬ也有一些集中在半番鸭羽色遗传研究领域ꎬ还有零星关于番鸭羽色关联基因多态性分析ꎮ本研究主要是开展番鸭羽色变化对产肉性状影响的观测研究ꎬ为后期开展羽色选育和分子辅助选择奠定基础性资料ꎮ1 材料与方法2015年11月至2016年11月ꎬ本试验在江苏丰达水禽育种场(江苏省泰州市农业开发区内)进行了不同羽色番鸭与产肉性能的比较研究ꎮ1.1㊀试验动物分别选取健康㊁符合特征的出雏番鸭200羽(其中高繁型番鸭100羽ꎬ快长型番鸭100羽)ꎬ公母各半ꎮ高繁型番鸭为纯黑羽色番鸭ꎬ快长型番鸭为头部白羽㊁身体全黑羽色番鸭(图1)ꎬ对所有试验鸭佩戴翅号ꎬ分群饲养ꎮ1.2㊀主要仪器托盘电子天平(型号为BL-320S㊁JA30K-1)ꎬ购自上海精密仪器仪表有限公司ꎻ肌肉嫩度仪(型号为C-LM2)ꎬ购自北京天翔飞域仪器设备有限公司ꎻ膨胀仪ꎬ购自北京天翔飞域仪器设备有限公司ꎻpH计(型号为PH-STAR)ꎬ购自北京天翔飞域仪器设备有限公司ꎮ1.3㊀饲养管理0~4周龄封闭式舍饲ꎬ5~13周龄半封闭式地面饲养ꎬ371 江苏农业科学㊀2019年第47卷第2期14~27周育成舍笼养ꎬ28周龄及以后产蛋笼饲养ꎬ具体相关饲养管理要求㊁营养水平及饲料配方等均参见泰州市农业地方标准«黑羽番鸭繁育技术规程»(DB3212/T137 2016)执行ꎮ1.4㊀测定项目及方法1.4.1㊀体质量发育㊀测定4周龄㊁13周龄㊁51周龄的不同羽色试验鸭体质量ꎮ1.4.2㊀体尺测量㊀测定试验鸭群13周龄㊁51周龄的体斜长㊁胸深㊁胸宽㊁龙骨长㊁胫长㊁胫围㊁半潜水长等指标ꎮ1.4.3㊀屠宰测定㊀分别随机抽取13周龄㊁51周龄不同羽色试验鸭60羽(公母各半)ꎬ测定其屠宰质量㊁半净膛质量㊁全净膛质量㊁胸肌质量㊁腿肌质量ꎬ并计算相应百分率ꎮ采集胸腿肌组织样ꎬ以供肉品测定ꎮ1.4.4㊀肉品质测定㊀测定13周龄㊁51周龄肉品质ꎬ具体指标包括pH值㊁剪切力㊁失水率等ꎮ1.5㊀数据的统计分析所有数据采用 平均数ʃ标准差 表示ꎬ统计分析用SPSS19 0软件进行比较分析ꎮ2㊀结果与分析2.1㊀番鸭羽色的正反交结果为初步了解番鸭羽色遗传的基本情况ꎬ本研究以产蛋期高繁型番鸭120羽(公番鸭20羽)㊁快长型番鸭120羽(公番鸭20羽)为研究对象ꎬ利用正反交试验ꎬ收集种蛋ꎬ观察杂交后代番鸭的羽色分布情况ꎬ具体统计结果如表1ꎮ由表1可知ꎬ正交试验㊁反交试验后代番鸭的羽色几乎均有分布(除正交后代纯白母番鸭)ꎬ且无明显规律可循(羽色主要集中于纯黑㊁白头等类型)ꎬ说明番鸭羽色遗传不是简单的正反交遗传ꎮ因此ꎬ本研究开展了羽色对产肉性状的常规选育研究ꎮ表1㊀黑羽番鸭正反交试验后代番鸭羽色统计试验入孵种蛋(枚)出雏数量(羽)公番鸭(羽)母番鸭(羽)白头纯黑纯白花番白头纯黑白头ˑ黑羽(正交)315132(41.9%)9(6.8%)59(44.7%)05(3.8%)21(15.9%)38(28.8%)黑羽ˑ白头(反交)463203(43.8%)11(5.4%)74(36.5%)8(3.9%)1(0.5%)36(17.7%)74(36.5%)2.2㊀不同羽色番鸭体质量观测结果为了加快番鸭羽色选育ꎬ必须了解不同羽色对番鸭产肉性状的影响ꎮ因此ꎬ本研究开展了不同羽色番鸭的体质量发育监测试验ꎬ获得了4周龄㊁13周龄㊁51周龄的公母番鸭数据ꎮ由表2可知ꎬ3个阶段黑羽类型的番鸭体质量均小于白头类型的番鸭ꎬ除第4周龄体质量数据在相同性别间差异不显著以外ꎬ其余2个阶段体质量指标差异显著(P<0.05)ꎬ且所有组别间ꎬ公母差异均显著(P<0.05)ꎮ表2㊀不同羽色番鸭不同阶段体质量情况统计(n=30)kg㊀类型性别4周龄体质量13周龄体质量51周龄体质量高繁型番鸭(黑羽)公0.82ʃ0.07∗3.15ʃ0.24b∗3.93ʃ0.28b∗母0.69ʃ0.06∗1.92ʃ0.18b∗2.56ʃ0.19b∗快长型番鸭(白头)公0.91ʃ0.08∗3.75ʃ0.33a∗4.88ʃ0.31a∗母0.74ʃ0.06∗2.62ʃ0.21a∗3.22ʃ0.27a∗㊀㊀注: ∗ 表示同列同羽色不同性别间差异显著(P<0.05)ꎬ ∗∗ 表示同列同羽色不同性别间差异极显著(P<0.01)ꎬ不同小写字母表示同列相同性别不同羽色差异显著(P<0.05)ꎮ表2至表6同ꎮ2.3㊀不同羽色番鸭体尺测量结果本研究开展13周龄㊁51周龄体尺测量ꎬ指标包括体斜长㊁胸深㊁胸宽㊁龙骨长㊁胫长㊁胫围㊁半潜水长等指标ꎮ由表3可知ꎬ13周龄体尺测量所有指标相同羽色公母差异显著(P<0.05)ꎬ其中半潜水长指标公母差异极显著(P<0.01)ꎮ在不同羽色类型番鸭间ꎬ仅体斜长㊁半潜水长指标快长型公番鸭显著性高于高繁型公番鸭(P<0.05)ꎬ其余指标差异不显著ꎮ表3㊀不同羽色类型番鸭13周龄体尺测量结果(n=30)cm㊀类型性别体斜长胸深胸宽龙骨长胫长胫围半潜水长高繁型番鸭公24.1ʃ2.11b∗7.1ʃ0.74∗12.1ʃ1.03∗16.4ʃ1.35∗10.0ʃ0.96∗4.9ʃ0.42∗56.4ʃ5.10b∗∗母20.4ʃ1.98∗6.4ʃ0.65∗9.6ʃ0.92∗13.1ʃ1.03∗7.7ʃ0.81∗4.0ʃ0.35∗45.4ʃ4.45∗∗快长型番鸭公27.6ʃ2.45a∗7.2ʃ0.68∗12.6ʃ1.22∗16.5ʃ1.54∗10.3ʃ0.95∗5.2ʃ0.48∗58.7ʃ4.83a∗∗母22.9ʃ2.03∗6.5ʃ0.66∗9.9ʃ1.01∗13.4ʃ1.23∗8.0ʃ0.83∗4.1ʃ0.30∗47.5ʃ4.12∗∗㊀㊀由表4可知ꎬ51周龄体尺结果与13周龄体尺结果基本类似ꎬ所有指标相同羽色公鸭显著性高于母鸭(P<0.05)ꎬ且体斜长㊁半潜水长指标存在极显著差异(P<0.01)ꎻ在不同羽色类型间ꎬ快长型公母番鸭体斜长㊁半潜水长指标均显著性高于高繁型公母番鸭(P<0.05)ꎬ快长型母番鸭龙骨长㊁胫围指标显著性高于高繁型母番鸭(P<0.05)ꎮ表4㊀不同羽色类型番鸭51周龄体尺测量结果(n=30)cm㊀类型性别体斜长胸深胸宽龙骨长胫长胫围半潜水长高繁型番鸭公31.2ʃ3.30b∗∗8.9ʃ0.85∗14.4ʃ1.04∗18.2ʃ1.90∗10.1ʃ0.93∗5.4ʃ0.45∗64.6ʃ5.18b∗∗母24.5ʃ2.12b∗∗7.9ʃ0.76∗10.4ʃ1.11∗14.5ʃ1.38b∗8.1ʃ0.72∗4.3ʃ0.40b∗50.4ʃ5.13b∗∗快长型番鸭公36.0ʃ3.45a∗∗9.1ʃ0.83∗14.3ʃ1.35∗20.7ʃ1.93∗10.3ʃ0.95∗5.6ʃ0.41∗68.1ʃ6.35a∗∗母28.7ʃ2.61a∗∗8.2ʃ0.77∗10.2ʃ0.92∗16.9ʃ1.44a∗8.5ʃ0.84∗4.7ʃ0.33a∗56.3ʃ5.22a∗∗471 江苏农业科学㊀2019年第47卷第2期2.4㊀不同羽色番鸭屠宰测定结果本试验主要测定了高繁型番鸭㊁快长型番鸭13周龄的主要屠宰指标ꎬ包括屠宰率㊁半净膛率㊁全净膛率㊁胸肌率㊁腿肌率ꎬ由表5可知ꎬ相同羽色番鸭间ꎬ仅有快长型番鸭屠宰率指标㊁高繁型番鸭全净膛率与半净膛率指标公母番鸭差异显著(P<0.05)ꎮ在相同性别间ꎬ屠宰率㊁全净膛率㊁半净膛率指标高繁型公番鸭显著性高于快长型公番鸭ꎬ其他差异不显著ꎮ表5㊀番鸭13周龄主要屠宰性能指标测定结果(n=30)%㊀类型性别屠宰率全净膛率半净膛率胸肌率腿肌率高繁型番鸭公91.85ʃ8.33a79.29ʃ7.80a∗85.42ʃ8.11a∗17.85ʃ1.6611.67ʃ1.12母90.21ʃ8.9475.36ʃ7.62∗82.53ʃ8.25∗18.50ʃ1.8710.19ʃ0.99快长型番鸭公88.50ʃ8.27b∗74.64ʃ7.19b82.45ʃ8.23b16.52ʃ1.4311.11ʃ0.98母90.72ʃ9.11∗76.20ʃ7.5883.48ʃ8.3917.41ʃ1.7011.06ʃ1.01㊀㊀由表6可知ꎬ相同羽色番鸭全净膛率指标公母差异显著(P<0.05)ꎬ快长型番鸭胸肌率㊁腿肌率指标差异显著(P<0 05)ꎬ高繁型番鸭半净膛率指标差异显著(P<0 05)ꎮ不同羽色类型间ꎬ屠宰率指标高繁型公番鸭显著高于快长型公番鸭(P<0.05)㊁快长型母番鸭显著高于高繁型母番鸭(P<0 05)ꎬ半净膛率㊁全净膛率指标快长型母番鸭显著高于高繁型母番鸭(P<0.05)ꎬ胸肌率指标高繁型母番鸭显著高于快长型母番鸭(P<0 05)ꎮ表6㊀番鸭51周龄主要屠宰性能指标测定结果(n=30)%㊀类型性别屠宰率全净膛率半净膛率胸肌率腿肌率高繁型番鸭公91.35ʃ8.35a∗79.90ʃ7.66∗84.70ʃ8.27∗22.57ʃ2.1111.42ʃ1.05母82.36ʃ8.44b∗64.55ʃ6.31b∗70.60ʃ6.54b∗22.13ʃ2.09a10.47ʃ1.08快长型番鸭公89.21ʃ8.12b76.83ʃ7.09∗82.29ʃ8.1323.29ʃ2.13∗11.01ʃ0.97∗母89.69ʃ9.03a71.84ʃ7.12a∗80.66ʃ8.01a18.17ʃ1.80b∗9.49ʃ0.92∗2.5㊀不同羽色番鸭肉品质测定结果本研究测定了13周龄不同羽色番鸭胸肌㊁腿肌的常规肉品质ꎬ由表7可知ꎬpH值指标在所有组织㊁不同性别㊁不同羽色间均差异不显著ꎬ剪切力㊁失水率指标均呈现组织间显著差异(P<0.05)ꎬ且前者指标是公番鸭显著高于母番鸭(P<0 05)ꎬ后者指标则是母番鸭显著高于公番鸭(P<0.05)ꎬ不存在不同羽色间的显著差异ꎮ表7㊀不同羽色番鸭13周龄主要肉品质指标测定结果(n=30)类型性别肌肉组织剪切力(N)失水率(%)pH值高繁型番鸭公腿肌34.1ʃ3.27a33.5ʃ3.22b6.2ʃ0.47胸肌31.2ʃ3.08b37.2ʃ2.65a6.0ʃ0.44母腿肌32.6ʃ3.15a32.8ʃ3.03b6.3ʃ0.59胸肌28.1ʃ2.94b36.7ʃ3.47a6.1ʃ0.58快长型番鸭公腿肌35.2ʃ3.63a31.9ʃ3.01b6.2ʃ0.52胸肌32.7ʃ3.30b36.8ʃ3.67a6.1ʃ0.62母腿肌33.7ʃ3.27a31.6ʃ3.09b6.1ʃ0.54胸肌29.0ʃ2.88b37.1ʃ3.68a6.0ʃ0.50㊀㊀注:不同小写字母表示同列相同性别不同组织差异显著(P<0.05)ꎮ表8同ꎮ㊀㊀由表8可知ꎬ与表7相比较ꎬ除剪切力指标与13周龄的规律保持一致ꎬ其余2个指标均有所不同ꎮ失水率指标仅见快长型番鸭胸肌指标显著性高于腿肌(P<0.05)ꎬpH值指标仅有高繁型母番鸭㊁快长型母番鸭胸肌显著高于腿肌(P<0 05)ꎮ表8㊀不同羽色番鸭51周龄主要肉品质指标测定结果(n=30)类型性别肌肉组织剪切力(N)失水率(%)pH值高繁型番鸭公腿肌41.9ʃ4.07a28.5ʃ2.735.7ʃ0.48胸肌34.5ʃ3.55b29.2ʃ3.045.9ʃ0.53母腿肌42.5ʃ4.24a29.1ʃ2.995.9ʃ0.57b胸肌37.3ʃ3.66b31.1ʃ3.156.2ʃ0.60a快长型番鸭公腿肌43.3ʃ4.13a29.2ʃ2.86b5.9ʃ0.61胸肌34.7ʃ3.52b31.5ʃ3.07a6.0ʃ0.55母腿肌42.6ʃ4.09a29.9ʃ2.83b5.8ʃ0.59b胸肌35.4ʃ3.60b32.7ʃ3.10a6.1ʃ0.62a 571江苏农业科学㊀2019年第47卷第2期3 讨论与结论羽毛是鸟类皮肤组织的衍生物之一ꎬ也是鸟类特有的特征之一ꎬ在求偶㊁社交㊁拟态㊁保温㊁防湿㊁防护日光灼伤等方面具有重要作用ꎮ羽毛的颜色是重要的遗传标记ꎬ鸟类羽色主要是黑色素和类胡萝卜素交互作用产生的结果ꎮ在家禽方面ꎬ禽类羽色仅分为有色和无色(白色)2种ꎬ其颜色主要由2种黑色素的相对生成量决定ꎬ分别是黑色至棕色的真黑色素(或称优黑素)和黄色至红色的伪黑色素(或称褐黑素㊁脱黑素)ꎮ由于黑色素受许多遗传基因控制ꎬ并容易受季节变化㊁性别及地理环境等诸多因素的影响ꎬ其羽色变化是十分复杂的过程ꎬ它是受遗传效益和环境效益叠加影响的产物ꎮ番鸭的羽色遗传也是如此ꎬ为了基本了解羽色与产肉性能的影响ꎬ本研究开展了高繁型番鸭(羽色纯黑)㊁快长型番鸭(白头黑身)正反交研究ꎬ发现正交试验㊁反交试验后代番鸭的羽色出现了性状分离ꎬ且无明显的羽色显隐性关系ꎬ但羽色主要集中于纯黑㊁白头等类型ꎬ该研究与孙亮先等的研究结果[1]一致ꎮ为了进一步了解番鸭羽色对性状的影响ꎬ本研究在前期工作基础上ꎬ开展了羽色对产肉性状的常规选育试验ꎮ在不同羽色番鸭生长体质量观测方面ꎬ本研究获得了4㊁13㊁51周龄的公母番鸭数据ꎬ发现除公母性别差异造成体质量差异显著外(P<0.05)ꎬ3个阶段的黑羽类型番鸭体质量均小于白头类型的番鸭ꎬ除第4周龄体质量数据在相同性别间差异不显著以外ꎬ其余2个阶段体质量指标差异显著(P<0 05)ꎬ其中公番鸭13周龄体质量快长型番鸭(白头黑身)较高繁型番鸭高出0.6kg㊁51周龄体质量高出0.95kgꎻ母番鸭13周龄体质量快长型番鸭(白头黑身)较高繁型番鸭高出0 70kg㊁51周龄体质量高出0.66kgꎮ由此得出ꎬ白头黑身类型番鸭较全黑羽番鸭更具有产肉优势ꎬ这些结果与吉文林等的结论[7]相一致ꎮ在体尺测量研究方面ꎬ与体质量差异一致ꎬ13㊁51周龄公番鸭均显著高于母番鸭(P<0.05)ꎬ其中13周龄半潜水长指标公母差异极显著(P<0.01)ꎬ差值为11.0~11.2cmꎬ51周龄体斜长㊁半潜水长指标存在极显著差异(P<0.01)ꎬ差值分别为6.7~7.3cm㊁11.8~14.2cmꎮ在不同羽色类型番鸭间ꎬ快长型番鸭(白头黑身)体尺指标整体上较高繁型番鸭大ꎬ其中13周龄体斜长㊁半潜水长指标快长型公番鸭显著高于高繁型公番鸭(P<0.05)ꎬ51周龄体斜长㊁半潜水长指标快长型公母番鸭均显著高于高繁型公母番鸭(P<0.05)ꎬ51周龄龙骨长㊁胫围指标快长型母番鸭显著高于高繁型母番鸭(P<0 05)ꎮ由于体尺与体质量存在正相关ꎬ也充分说明了体质量大的个体其体尺指标也较大ꎬ这些结果也与吉文林等[7]的研究相吻合ꎮ在屠宰性能测定方面ꎬ本试验主要测定了高繁型番鸭㊁快长型番鸭13周龄㊁51周龄的主要屠宰指标(百分率值)ꎮ结果发现ꎬ公母番鸭存在一定差异ꎬ但无明显规律可循ꎬ即13周龄快长型番鸭屠宰率㊁51周龄快长型番鸭全净膛率㊁胸肌率㊁腿肌率指标以及高繁型番鸭全净膛率与半净膛率指标公母番鸭差异显著(P<0.05)ꎮ在不同羽色类型番鸭间ꎬ13周龄的屠宰率㊁全净膛率㊁半净膛率指标高繁型公番鸭显著高于快长型公番鸭ꎬ51周龄的屠宰率指标高繁型公番鸭显著高于快长型公番鸭(P<0.05)㊁快长型母番鸭显著高于高繁型母番鸭(P<0.05)ꎬ51周龄的半净膛率㊁全净膛率指标快长型母番鸭显著高于高繁型母番鸭(P<0.05)ꎬ51周龄的胸肌率指标高繁型母番鸭显著高于快长型母番鸭(P<0.05)ꎮ总体而言ꎬ依据屠宰性能的指标百分值ꎬ高繁型番鸭(羽色纯黑)更有利于屠宰ꎬ依据屠宰性能的指标绝对值(通过与对应周龄体质量换算)ꎬ快长型番鸭(白头黑身)产肉较多ꎮ林谦等的研究也涉及到 屠宰性能番鸭雄性个体均优于雌性个体㊁产肉性能白羽类型番鸭具有较好的种质优势 等相关阐述[8]ꎮ在肉品质测定方面ꎬ本研究测定了不同羽色番鸭胸肌㊁腿肌的常规肉品质ꎬ发现pH值指标基本差异不显著(除51周龄高繁型母番鸭㊁快长型母番鸭)ꎬ剪切力㊁失水率指标多呈现组织间显著差异(P<0.05)ꎬ13周龄㊁51周龄相同肌肉组织剪切力指标腿肌显著高于胸肌(P<0.05)ꎬ13周龄失水率指标相同性别胸肌显著高于腿肌(P<0.05)ꎬ51周龄失水率指标仅见快长型番鸭胸肌指标显著性高于腿肌(P<0.05)ꎬ且51周龄pH值指标高繁型母番鸭㊁快长型母番鸭胸肌指标显著性高于腿肌(P<0.05)ꎮ综上所述ꎬ本研究在进行高繁型番鸭㊁快长型番鸭正反交的基础上ꎬ初步了解羽色遗传的复杂性ꎬ为了揭示羽色对产肉性状的影响ꎬ进而开展了生长发育㊁屠宰测定㊁肉品测定的相关研究ꎬ结果发现ꎬ快长型番鸭(白头黑身)体质量㊁体尺指标都高于或显著高于高繁型番鸭(纯黑番鸭)ꎬ说明白羽(花羽)番鸭产肉性能总体上优于黑羽番鸭ꎬ这为后期开展番鸭产业推广㊁黑羽番鸭育种等都具有较强的现实意义ꎮ参考文献:[1]孙亮先ꎬ谢进金.番鸭羽型分布及快慢羽性状遗传的研究[J].山东畜牧兽医ꎬ1999(6):1-2.[2]陈岩锋ꎬ陈㊀晖ꎬ郑嫩珠ꎬ等.半番鸭羽色性状RAPD分子标记初探[J].福建畜牧兽医ꎬ2004ꎬ26(6):1-2.[3]郑嫩珠ꎬ辛清武ꎬ缪中纬ꎬ等.黑色素基因在半番鸭及番鸭不同羽色中的差异表达研究[J].福建农业学报ꎬ2013ꎬ28(5):427-431.㊀[4]郑嫩珠ꎬ陈晓燕ꎬ卢立志ꎬ等.半番鸭羽色相关基因均一化差减文库的构建和鉴定[J].中国农业科学ꎬ2012ꎬ45(22):4688-4696. [5]高鑫凤ꎬ许继国ꎬ叶㊀峭ꎬ等.影响番鸭羽色性状的候选基因研究现状[J].中国家禽ꎬ2015ꎬ37(10):43-47.[6]徐㊀琪.番鸭的羽色突变及变异[J].中国畜牧兽医ꎬ2004ꎬ31(8):36-38.[7]吉文林ꎬ段修军ꎬ孙国波ꎬ等.黑羽番鸭2个品系生长发育规律及体尺比较[J].江苏农业科学ꎬ2012ꎬ40(12):205-207. [8]林㊀谦ꎬ吴买生ꎬ蒋桂韬ꎬ等.不同羽色和性别番鸭屠宰性能及肌肉成分比较研究[J].家畜生态学报ꎬ2014ꎬ35(1):30-34.671 江苏农业科学㊀2019年第47卷第2期。
番鸭不同质地蛋壳超微结构及其与蛋壳强度的关联分析

番鸭不同质地蛋壳超微结构及其与蛋壳强度的关联分析梅慧灵;郑定黔;赵邦哲;田若宁;陈莹;李昂;连森阳;梅景良;吴旭【期刊名称】《动物营养学报》【年(卷),期】2024(36)2【摘要】本试验旨在研究番鸭正常蛋、沙壳蛋和条纹蛋等3种不同质地蛋壳在超微结构性状上的异同,并分析蛋壳超微结构性状与蛋壳强度之间的关联性。
试验选用300日龄笼养白羽番鸭所产白色的正常蛋、沙壳蛋和条纹蛋厚度相近的蛋壳各12枚,分别作为3种不同质地蛋壳的试验组,每组设12个重复,每个重复1枚蛋壳。
使用S3400N型扫描电镜观察蛋壳的超微结构,测定乳突层厚度和乳突间隙,计算有效厚度和平均乳突大小。
结果表明:1)蛋壳强度在3种蛋之间差异显著(P<0.05),表现为正常蛋>沙壳蛋>条纹蛋;3种蛋间蛋形指数和钙化壳重差异均不显著(P>0.05)。
2)在超微结构上,沙壳蛋和条纹蛋蛋壳的外表面皲裂较正常蛋蛋壳多而深,气孔较多,表观不平整;与正常蛋蛋壳相比,沙壳蛋蛋壳内表面纤维疏松凌乱,纤维间空隙较多,而条纹蛋蛋壳内表面纤维分布较沙壳蛋更为稀少,纤维间有明显间隙;沙壳蛋和条纹蛋蛋壳的横断面平整性和致密度都更差,乳突层与壳膜层联系也更加不紧密。
在超微结构性状中,3种蛋壳间的钙化壳厚度和平均乳突大小差异不显著(P>0.05);沙壳蛋和条纹蛋蛋壳的乳突间隙均显著大于正常蛋蛋壳(P<0.05),而沙壳蛋和条纹蛋蛋壳之间差异不显著(P>0.05);乳突层厚度在3种蛋壳之间均存在显著差异(P<0.05),表现为正常蛋<沙壳蛋<条纹蛋;3种蛋壳间有效厚度也存在显著差异(P<0.05),但表现为正常蛋>沙壳蛋>条纹蛋。
3)3种蛋壳的乳突层厚度与蛋壳强度呈显著负相关(P<0.05),其相关系数分别为-0.868、-0.856和-0.837;乳突间隙与蛋壳强度也呈显著负相关(P<0.05),其相关系数分别为-0.736、-0.764和-0.781;有效厚度与蛋壳强度呈显著正相关(P<0.05),其相关系数分别为0.693、0.743和0.657;钙化壳厚度和平均乳突大小与蛋壳强度的相关性均不显著(P>0.05)。
鸭蛋质量相关遗传变异及功能基因筛选与鉴定

江苏农业学报(JiangsuJ.ofAgr.Sci.)ꎬ2023ꎬ39(2):461 ̄470http://jsnyxb.jaas.ac.cn陶志云ꎬ朱春红ꎬ刘宏祥ꎬ等.鸭蛋质量相关遗传变异及功能基因筛选与鉴定[J].江苏农业学报ꎬ2023ꎬ39(2):461 ̄470.doi:10.3969/j.issn.1000 ̄4440.20223.02.019鸭蛋质量相关遗传变异及功能基因筛选与鉴定陶志云1ꎬ㊀朱春红1ꎬ㊀刘宏祥1ꎬ㊀施祖灏2ꎬ㊀章双杰1ꎬ㊀徐文娟1ꎬ㊀宋卫涛1ꎬ㊀王志成1ꎬ㊀李慧芳1(1.江苏省家禽科学研究所ꎬ江苏扬州225125ꎻ2.谱尼测试集团江苏有限公司ꎬ江苏苏州215123)收稿日期:2022 ̄06 ̄14基金项目:畜禽种质资源精准鉴定项目 表型鉴定专题ꎻ重大品种创制项目子课题(PZCZ201736)ꎻ江苏省现代农业(水禽)产业技术体系建设项目[JATS(2022)404]作者简介:陶志云(1979-)ꎬ女ꎬ安徽滁州人ꎬ博士ꎬ副研究员ꎬ主要从事家禽免疫及遗传育种研究ꎮ(E ̄mail)zhiyun2@126.com通讯作者:李慧芳ꎬ(E ̄mail)349019093@qq.com㊀㊀摘要:㊀本研究根据金定鸭个体蛋质量情况ꎬ选择2种极端表型ꎬ分为高蛋质量组(WH)和低蛋质量组(WL)ꎮ基于混池全基因组重测序和选择清除分析技术筛选组间差异显著基因组区域内的单核苷酸多态性(SNP)位点及相关功能基因ꎬ并通过单个样本重测序对筛选的蛋质量相关SNP进行验证ꎬ分析各SNP位点不同基因型之间的蛋质量大小差异ꎮ研究发现ꎬ在低蛋质量组和高蛋质量组获得的高质量reads数量分别为194115424和228089084ꎬ共定位到SNP差异显著区间178个ꎬ共富集到受选择候选基因40个ꎬ而且这些区间和基因均位于Z号染色体ꎮ鉴定出候选基因ARSB上Z ̄22908831㊁Z ̄22966695突变位点显著影响300d㊁450d蛋质量ꎬRORB上Z ̄35251072㊁Z ̄35256947突变位点显著影响450d蛋质量ꎬRORB上Z ̄35278196突变位点显著影响300d㊁450d蛋质量ꎬRASEF上Z ̄39588570突变位点显著影响450d蛋质量ꎮ本研究结果为通过分子育种技术提高蛋鸭产蛋性能选育提供了依据ꎬ加快了选育进程ꎮ关键词:㊀鸭ꎻ蛋质量ꎻ遗传变异ꎻ功能基因中图分类号:㊀S834㊀㊀㊀文献标识码:㊀A㊀㊀㊀文章编号:㊀1000 ̄4440(2023)02 ̄0461 ̄10Screeningandidentificationofgeneticvariationandfunctionalgenesrelat ̄edtoeggweightinducksTAOZhi ̄yun1ꎬ㊀ZHUChun ̄hong1ꎬ㊀LIUHong ̄xiang1ꎬ㊀SHIZu ̄hao2ꎬ㊀ZHANGShuang ̄jie1ꎬ㊀XUWen ̄juan1ꎬ㊀SONGWei ̄tao1ꎬ㊀WANGZhi ̄cheng1ꎬ㊀LIHui ̄fang1(1.JiangsuInstituteofPoultrySciencesꎬYangzhou225125ꎬChinaꎻ2.PonyTestingGroupJiangsuCo.ꎬLtd.ꎬSuzhou215123ꎬChina)㊀㊀Abstract:㊀InthestudyꎬtwoextremephenotypesofJindingduckswereselectedaccordingtoindividualeggweight:ahigh ̄egg ̄weightgroup(WH)andalow ̄egg ̄weightgroup(WL).Singlenucleotidepolymorphism(SNP)sitesandrelatedfunctionalgenesthatlocatedinregionswithsignificantgenomicdifferencesbetweenthegroupswerescreenedbasedonmixedpoolwhole ̄genomere ̄sequencingandselectiveclearanceanalysistechnology.ThescreenedSNPsrelatedtoeggweightwereverifiedbyre ̄sequencingofeachsampleꎬanddifferencesineggweightbetweendifferentgenotypesofeachSNPsitewereanalyzed.Totalsof194115424and228089084high ̄qualityreadswereobtainedintheWLandWHgroupsꎬrespectively.Therewere178significantlydifferentSNPfragmentregionsꎬand40candidategeneswereselected.TheseintervalsandgeneswerelocatedonchromosomeZ.Z ̄22908831andZ ̄22966695mutationsitesinthecandidategeneARSBsignificantlyaffectedtheeggweightof300 ̄day ̄oldand450 ̄day ̄oldducks.Z ̄35251072andZ ̄35256947mutationsitesinRORBsignificantlyaffectedtheeggweightof450 ̄day ̄oldducks.Z ̄35278196mutationsiteinRORBsignificantlyaffectedtheeggweightof300 ̄164day ̄oldand450 ̄day ̄oldducksꎬandZ ̄39588570mutationsiteinRASEFsignificantlyaffectedtheeggweightof450 ̄day ̄oldducks.Theseresultsprovideamolecularbasisforimprovingegg ̄layingperformanceandacceleratingthebreedingprocessinducks.Keywords:㊀duckꎻeggweightꎻgeneticvariationꎻfunctionalgene㊀㊀蛋鸭的产蛋性能ꎬ包括开产日龄㊁平均蛋质量㊁产蛋数㊁蛋品质等ꎬ是衡量其经济价值的主要指标[1 ̄2]ꎮ通过生物学方法ꎬ筛选影响蛋鸭产蛋性能的候选基因ꎬ将分子育种相关技术用于蛋鸭育种ꎬ是提高蛋鸭产蛋性能的有效手段[1 ̄2]ꎮ全基因组重测序技术是对基因组序列已知的个体进行全基因组测序ꎬ并在个体或群体水平上进行差异性分析的方法ꎬ可挖掘出大量的遗传变异位点[3]ꎬ进而对挖掘的变异位点进行定位和鉴定ꎬ发现影响性状的重要基因及其功能ꎬ从而阐释性状差异的原因[4]ꎮ随着测序成本的不断降低ꎬ该技术已成为育种研究领域中快捷㊁有效的方法之一ꎬ在畜禽育种研究中也得到了广泛应用[5]ꎮ目前ꎬ利用全基因组重测序技术对鸡产蛋性能进行研究已获得较大进展[6]ꎮ如ꎬLiu等[7]发现13号染色体ODZ2基因上1个单核苷酸多态性(SNP)与开产日龄显著相关ꎬ7号染色体GRB14基因上1个SNP与产蛋数相关ꎻShen等[8]发现5号染色体GARNL1基因上5个SNP与开产日龄相关ꎮFan等[9]发现9个与开产日龄及体质量显著相关的SNPꎬ4个与产蛋数显著相关的SNPꎬ5个与蛋质量相关的SNPꎮ全基因组重测序技术用于监测鸭产蛋性能的相关研究较少ꎬ在绍兴鸭中发现了10个与产蛋性能显著关联的SNPꎬ其中4个位于2号染色体的SNP与开产日龄相关ꎬ4个位于2号染色体和2个位于29号染色体的SNP与66周龄产蛋数显著关联[1]ꎮ蛋质量相关SNP的研究更是非常有限ꎮ本研究拟利用全基因组混池重测序和选择清除分析技术ꎬ分析蛋质量差异大的鸭群体ꎬ以期筛选㊁鉴定出鸭蛋质量相关差异基因组区域内的遗传变异位点和功能基因ꎬ为通过分子育种技术提高蛋鸭产蛋性能提供依据ꎬ加快育种进程ꎮ1㊀材料与方法1.1㊀试验材料试验鸭为金定鸭ꎬ来源于国家家养动物种质资源库ꎬ共500只ꎬ按照蛋鸭饲养标准饲养ꎬ育成期结束后上笼饲养ꎬ在299d㊁300d㊁301d㊁449d㊁450d和451d时分别称量蛋质量ꎬ统计个体300d和450d的平均蛋质量ꎮ1.2㊀个体选择和样品采集根据个体300日龄时蛋质量情况分别选取蛋质量高㊁蛋质量低2种极端表型个体各30只ꎬ经统计ꎬ高蛋质量组(WH)的平均蛋质量为(86.09ʃ2 22)gꎬ低蛋质量组(WL)的平均蛋质量为(64.43ʃ1 68)gꎬ差异极显著(P<0 01)ꎮ分别采集2组个体的抗凝血ꎬ置于-20ħ冰箱ꎬ用于DNA提取ꎮ1.3㊀DNA提取㊁文库构建及测序基因组DNA的提取采用十六烷基三甲基溴化铵(CTAB)法ꎬ提取后用NanoDrop2000分光光度计检测其纯度和质量浓度ꎮ采用NEB建库试剂盒进行建库ꎬ再用仪器qPCR ̄ABI7500㊁Agilent2100对文库进行定量和检测ꎮ库检合格后ꎬ在HiseqX10PE150平台进行双末端(PE)测序ꎮ最后去除片段低于10bp的低质量reads以及一些接头被污染的readsꎬ获得cleanreadsꎮ1.4㊀序列比对㊁基因变异的检测利用比对软件BWA将获得的cleanreads数据比对到参考基因组ꎬ利用软件Picard对结果进行排序并标记重复序列ꎮ用Samtols软件将比对结果转换成Mpileup格式ꎬ转换过程中ꎬ将碱基质量值小于20和质量值小于20的碱基去除ꎮ转换成Mpileup格式后ꎬ为避免插入/缺失(InDel)引起的SNP簇对计算结果的影响ꎬ将InDel及InDel附近5bp内的变异位点去除ꎮ1.5㊀选择清除分析基于过滤后的Mpileup文件ꎬ使用Popoolation软件计算单个混池内的π值ꎬ将2个池的π值相除ꎬ获得π ̄ratio指标(piRatio)ꎮ将2个混池的Mpileup格式转换为Sync格式(Popoolation2专用格式)后ꎬ用Popoolation2软件进行混池间的固定指数(Fst)计算ꎮ1.6㊀SNP准确性检验基于IlluminaX ̄10测序平台对筛选获得的遗传变异进行单样本的个体测序验证ꎮ在差异显著的基264江苏农业学报㊀2023年第39卷第2期因组区间内随机选择12个差异显著的SNPꎬ扩增出2个混池中60个个体的目标位点片段ꎬ统计每个个体12个位点的基因分型情况ꎮ1.7㊀不同基因型鸭蛋质量差异分析采用SPSS20.0软件对在WH㊁WL组间基因组差异显著区域内随机选择的12个多态位点基因型鸭300d㊁450d时蛋质量进行One ̄wayANOVA分析ꎬ比较各位点不同基因型间的蛋质量差异ꎮ2㊀结果与分析2.1㊀测序结果概述2.1.1㊀全基因重测序和组装㊀表1显示ꎬWL㊁WH2个混池得到的reads数分别为195579134和229696180ꎬ过滤后得到的高质量reads数分别为194115424和228089084ꎬ过滤率均超过99%ꎮ2个池比对到基因组上的reads数分别为186063404和218730593ꎬ比对率超过95%ꎬ2个池分别产生6652356个和6731941个SNPꎮ表1㊀鸭蛋质量相关全基因重测序和组装Table1㊀Whole ̄genomere ̄sequencingandassemblyrelatedtoduckeggweight项目㊀㊀低蛋质量组高蛋质量组总碱基数2933687010034454427000GC(%)43.1442.96Q30(%)94.1994.30原始测序reads数195579134229696180过滤后reads数194115424228089084过滤率(%)99.2599.30比对上的reads数186063404218730593比对率(%)95.8595.90测序深度24.7329.04SNP总数66523566731941纯合子数5422106214253杂合子数5176886109046GC(%)表示在DNA4种碱基中ꎬ鸟嘌呤和胞嘧啶所占的比率ꎻQ30(%)表示质量值ȡ30的碱基所占的百分比ꎻSNP表示单核苷酸多态性ꎮ2.1.2㊀SNP在基因组中的分布㊀表2显示ꎬ在WH和WL中均获得了大量的SNPꎬ其中在外显子区的SNP数量分别为124776和123833ꎬ内含子区的SNP数量分别为3431865和3394802ꎮ2.1.3㊀SNP编码信息统计㊀对WH和WL的鸭进行DNA测序ꎬ统计分析比对后获得的SNP编码信息情况ꎬ结果(表3)表明ꎬ2组获得的非同义突变数分别为29237和29089ꎬ同义突变数分别为87178和86418ꎮ表2㊀高蛋质量组和低蛋质量组有效SNP在基因组分布的数量统计Table2㊀Genomicdistributionofeffectivesinglenucleotidepoly ̄morphism(SNP)numberinhighandloweggweightgroupofducks基因组位置SNP数量高蛋质量组低蛋质量组转录终止位点下游1kb以内8342382497外显子区124776123833某些转录本的外显子区ꎬ另一些转录本的可变剪切区3128基因间28120832774644内含子区34318653394802可变剪切位点2bp以内276275转录起始位点上游1kb区域内8591385005某些转录本的上游区ꎬ另一些转录本的下游区794978033ᶄUTR区1353851336945ᶄUTR区5013249670某些转录本的5ᶄUTR区ꎬ另一些转录本的3ᶄUTR区108105SNP表示单核苷酸多态性ꎻUTR:非翻译区ꎮ表3㊀鸭高蛋质量组和低蛋质量组SNP编码信息统计Table3㊀StatisticsofSNPcodinginformationinhighandloweggweightgroupofducks突变类型㊀㊀㊀SNP数量高蛋质量组低蛋质量组非同义突变2923729089终止密码子获得203193终止密码子缺失3840同义突变8717886418未知功能81518121SNP表示单核苷酸多态性ꎮ2.2㊀鸭高蛋质量组和低蛋质量组的选择清除分析㊀㊀通过群体多样性差异指标分析WL和WH2个群体SNP在染色体上的多样性差异情况ꎬ2个群体多样性差异主要分布在1号㊁2号㊁3号㊁4号㊁5号及Z号染色体(图1A)ꎮ由WL和WH2个群体固定指数值分布的曼哈顿图(图1B)可知ꎬ2个群体遗传分化相对严重的区域集中位于Z号染色体ꎮ364陶志云等:鸭蛋质量相关遗传变异及功能基因筛选与鉴定结合固定指数㊁多样性差异倍数的结果ꎬ各自按0 01水平筛选显著区域ꎬ交集部分为可靠的候选区间ꎬ共定位到178个SNP显著差异区间(图1C)ꎬ这些区间均位于Z号染色体ꎬ对2个指标筛选出的显著区间ꎬ提取出各自区间的基因ꎬ并用韦恩图将2个区间基因的交集和并集情况进行展示ꎬ共富集到40个受选择候选基因(图1D)ꎮA:群体多样性差异倍数分布图ꎻB:固定指数分布图ꎻC:由固定指数和群体多样性差异倍数确定的选择信号示意图ꎻD:由固定指数和群体多样性差异倍数确定的受选择基因Venn图ꎮ图1㊀鸭高蛋质量组和低蛋质量组选择清除分析Fig.1㊀Selectiveclearanceanalysisofhigh ̄egg ̄weightgroupandlow ̄egg ̄weightgroupofducks2.3㊀鸭高蛋质量组和低蛋质量组的受选择基因通过Fst和π ̄Ratio指标确定的40个受选择基因情况见表4ꎬ其中包括与跨膜转运㊁物质转运和代谢相关的Slc49a3㊁TRPM6㊁Sema4d㊁RASEFꎻ与发育相关的NIPBL㊁ZFAND5等ꎬ有多个基因功能未知ꎮ2.4㊀测序结果准确性验证使用IlluminaX ̄10测序平台对60个样本12个SNP位点进行单样本的个体重测序ꎬ以验证等位基因频率准确性ꎬ结果(表5)表明ꎬ全基因组混池重测序和单个样本重测序所得等位基因频率的一致性为0 833ꎮ2.5㊀候选基因GO富集分析将获得的差异基因向GO数据库的各条目映射ꎬ计算每个条目的基因数并分类统计ꎬ图2显示ꎬ在0 01水平ꎬ这些差异基因在生物过程㊁细胞组分㊁分子功能中均有涉及ꎮ在生物过程方面ꎬ以细胞过程㊁单生物体过程㊁生物过程调节㊁生物调节㊁代谢过程几个条目中涉及基因较多ꎬ数量分别为14㊁13㊁12㊁12㊁11ꎻ在细胞组分方面ꎬ以细胞器㊁细胞㊁细胞部分几个条目中涉及基因较多ꎬ数量分别为12㊁11㊁11ꎻ在分子功能方面ꎬ以结合㊁催化活性2个条目中涉及基因较多ꎬ数量分别为14和4ꎮ464江苏农业学报㊀2023年第39卷第2期表4㊀鸭高蛋质量组和低蛋质量组的受选择基因情况Table4㊀Listofselectedgenesinhigh ̄egg ̄weightgroupandlow ̄egg ̄weightgroupofducks序列号㊀㊀基因㊀㊀基因描述基因功能ncbi_101794138Slc49a3溶质载体家族49成员3激活跨膜转运蛋白活性ncbi_106015943GADD45G生长停滞和DNA损伤可诱导蛋白γDNA损伤修复ncbi_113840083CZH9orf40染色体Z上9号染色体开放阅读框40同源物未知ncbi_113840207ncbi_101800294ncbi_110351192TRPM6转化受体电位阳离子通道亚家族M成员维持稳态ꎬ在上皮镁转运及肠道㊁肾脏镁的主动吸收中具有重要作用ncbi_101803536LHFPL2脂肪瘤高迁移率蛋白IC融合辅基样2未知ncbi_113840112NMRK1烟酰胺核糖激酶1与尿镁钙排泄相关ncbi_101791347Gda鸟嘌呤脱氨酶催化鸟嘌呤转变为黄嘌呤ncbi_113840380LOC113840380未知未知ncbi_101789567DDX58DExD/H盒解旋酶58RNA识别ncbi_101791527ABHD17B含α/β水解酶结构域蛋白17B参与蛋白质去棕榈酰化ncbi_101793841CHRNA7神经元乙酰胆碱受体亚单位α ̄7启动乙酰胆碱门控阳离子选择性通道ncbi_113840379LOC113840379未知未知ncbi_101796218LPL脂蛋白脂肪酶具有甘油三脂水解酶和受体介导的脂蛋白摄取的配体/桥接因子的双重功能ncbi_101789751ACO1乌头酸酶1三羧酸循环中重要的酶ꎬ控制细胞内铁水平ncbi_113840274LOC113840274未知未知ncbi_101802407Bhmt甜菜碱 ̄同型半胱氨酸S ̄甲基转移酶1催化甜菜碱和同型半胱氨酸转化为二甲基甘氨酸和蛋氨酸ncbi_101802956NIPBLNippedB样蛋白质发育调节ncbi_113840221MAP1B微管相关蛋白1B参与微管组装ꎬ在神经系统的发育和功能中起重要作用ꎻ具有激活肌动蛋白结合㊁微管结合㊁磷脂结合活性的作用ncbi_101802594DMGDH二甲基甘氨酸脱氢酶催化二甲基甘氨酸氧化脱甲基形成肌氨酸ncbi_101792601RORB维甲酸相关孤儿受体DNA结合蛋白ꎬ可参与器官发生和分化ꎻ参与调节昼夜节律有关基因的表达ncbi_113840381LOC113840381未知未知ncbi_101792112Sema4d信号素4D参与磷脂腺肌醇3 ̄激酶信号的正向调节㊁传递神经元发育的调控㊁磷酸盐代谢过程等ncbi_101796794CARNMT1肌肽N ̄甲基转移酶1将骨骼肌中的肌肽转化为鹅肌肽ncbi_101803543RASEF含RAS和EF域的蛋白质调节膜转运ꎬ具有肿瘤抑制作用ncbi_101804361FRMD3含四叶苜蓿形蛋白结构域蛋白3为一种单通道膜蛋白ꎬ主要存在于卵巢中ꎬ但其功能尚未确定ncbi_113840376LOC113840376未知未知ncbi_113840269LOC113840269未知未知ncbi_113840227LOC113840227未知未知ncbi_101794806TPPP2促微管蛋白聚合蛋白家族成员2具有微管蛋白结合活性ꎬ位于细胞质中ꎬ参与鞭毛虫精子运动ncbi_101796636PRR16富含脯氨酸16参与孔眼大小和翻译的正向调节ncbi_101799698Diras2DIRAS家族成员2未知ncbi_101792614MAN2A1甘露糖苷酶α类2A成员1一种定位于高尔基体的糖基水解酶ꎬ在天冬酰胺连接的低聚糖(N ̄聚糖)成熟途径的最终水解步骤中发挥催化作用ncbi_101795007LOC101795007脾酪氨酸蛋白激酶未知ncbi_101804376PCGF3多疏族环指蛋白3未知ncbi_101802978ARSB芳基硫酸酯酶B水解N ̄乙酰 ̄D ̄半乳糖胺㊁硫酸软骨蛋白和硫酸皮肤素的硫酸盐基团ncbi_110352029CZH9orf85染色体Z上9号染色体开放阅读框C9orf85同源物未知ncbi_101801981ZFAND5AN1型锌指蛋白5与细胞生长㊁分化等过程有关ncbi_101800485OSTF1破骨细胞刺激因子1间接诱导破骨细胞的形成和骨质吸收564陶志云等:鸭蛋质量相关遗传变异及功能基因筛选与鉴定表5㊀鸭高蛋质量组和低蛋质量组全基因组混池重测序与单样本重测序等位基因频率一致性比较Table5㊀Comparisonofconsistencyofallelefrequencybetweenwholegenomemixedpoolre ̄sequencingandsinglesam ̄plere ̄sequencinginhigh ̄egg ̄weightgroupandlow ̄egg ̄weightgroupofducks突变位点㊀突变碱基混池重测序低蛋质量组高蛋质量组单样本重测序低蛋质量组高蛋质量组Z ̄11910206T0.2800.8800.1101.000C0.7200.1200.8900Z ̄12017083A0.2800.8500.1250.830C0.7200.1500.8750.170Z ̄12017097A0.7200.85000.860G0.2800.1501.0000.140Z ̄22908831G0.6900.0800.6700.110A0.3100.9200.3300.890Z ̄22966695A0.6400.0800.8000.140G0.3600.9200.2000.860Z ̄35251072C0.6900.1500.8300T0.3100.8500.1701.000Z ̄35256947T0.8700.1200.7500C0.1300.8800.2501.000Z ̄39588570A0.8100.9600.7500.920G0.1900.0400.2500.080Z ̄50789683C0.5600.8000.1701.000T0.4400.2000.8300Z ̄50817061C0.3100.0800.1250.670T0.6900.9200.8750.330Z ̄56163925A0.1000.9600.2500.920T0.9000.0400.7500.080Z ̄35278196T0.3700.1500.7500C0.7300.8500.2501.0002.6㊀候选基因KEGG分析进行通路显著性富集分析ꎬ前20个显著富集的KEGG通路见图3ꎬ其中代谢通路信号转导途径中富集的基因最多ꎬ甘氨酸㊁丝氨酸和苏氨酸代谢途径次之ꎬ富集到代谢通路的基因包括Gda㊁ACO1㊁Bh ̄mt㊁DMGDH㊁MAN2A1㊁ARSBꎮ2.7㊀12个突变位点不同基因型鸭蛋质量差异分析将筛选获得的12个突变位点不同基因型鸭个体蛋质量数据进行差异分析ꎬ结果(表6)表明ꎬAR ̄SB基因上突变位点Z ̄22908831的GңA的突变引起300d㊁450d蛋质量显著下降(P<0 05)ꎻARSB基因上突变位点Z ̄22966695的AңG的突变和RORB基因上突变位点Z ̄35278196的TңC的突变引起鸭300d和450d蛋质量显著增加(P<0 05)ꎻRORB基因上突变位点Z ̄35251072的CңT突变以及Z ̄35256947的TңC的突变引起鸭450d蛋质量显著增加ꎻRASEF基因上突变位点Z ̄39588570的AңG突变引起450d蛋质量显著增加(P<0 05)ꎮ3㊀讨论全基因组关联(GWAS)技术被广泛用于遗传变异的发现和新基因的挖掘ꎬ且取得了较大进展ꎮ本研究利用全基因组重测序技术对金定鸭WL和WH2个不同蛋质量组进行混池重测序ꎬ获得的高质量reads数分别为194115424和228089084ꎬ比对到基因组的比对率均高于95%ꎬ获得的SNP数量分别为6652356和6731941ꎬ说明本研究的测序质量较高ꎬ可用于后续差异分析ꎮ采用选择清除分析共定位到SNP差异显著的基因组区间为178个ꎬ受选择候选基因为40个ꎬ这些差异基因组区间和基因均位于Z号染色体ꎬ说明Z号染色体与鸭蛋质量密切相关ꎮ在受选择区间内选择12个突变位点进行个体测序验证ꎬ结果与全基因组混池重测序的一致性为83.33%ꎬ说明全基因组混池结果可靠ꎬ可用于进一步数据分析ꎮ㊀㊀有研究结果表明ꎬ影响蛋质量的因素很多ꎬ其中遗传因素是重要的影响因素之一[10]ꎬ蛋质量的遗传力较高ꎬ可达到0.450~0 550[11]ꎬ山麻鸭的300日龄蛋质量遗传力高达0.614[12]ꎬ因此ꎬ可通过选育改变蛋质量ꎮ蛋质量大小受到多个基因控制[11]ꎬ禽类中与蛋质量相关的基因有PRL[13]㊁PRLR[14]㊁GHR[15]㊁GnIH[16]㊁OVR[17]㊁VIPR ̄1[18]等ꎮ最近在鸡的研究中发现了一些新的候选基因ꎬ包括PRKAR2B㊁HMGA2㊁LEMD3㊁GRIP1㊁EHBP1㊁MAP3K7和MYH[19]ꎬ在鸭的研究中也陆续发现一些新的与蛋质量相关的基因ꎬ如COLX[20]㊁PNRC[21]㊁CA2[22]ꎮ本研究在鸭蛋质量差异较大的2个群体中ꎬ发现40个与300d㊁450d蛋质量相关的受选择基因ꎬ主要包括参与跨膜转运的Slc49a3㊁RASEF㊁TRPM6ꎬ参与DNA损伤修复的GADD45Gꎬ尿镁钙排泄相关的NMRK1ꎬ具有催化活性的Gda㊁Bhmt和DMGDHꎬ具有水解作用的MAN2A1㊁LPL㊁ARSBꎬ与发育调节相关的NIPBL㊁ZFAND5ꎬ与微管蛋白结合活性相关的MAP1B㊁TP ̄PP2ꎬ以及与昼夜节律相关的RORB等ꎬ这些基因均是在鸭上新发现的与蛋质量相关的候选基因ꎮ664江苏农业学报㊀2023年第39卷第2期a1~a20属于生物过程ꎻb1~b11属于细胞组分ꎻc1~c7属于分子功能ꎮa1:细胞过程ꎻa2:单生物体过程ꎻa3:生物过程调节ꎻa4:生物调节ꎻa5:代谢过程ꎻa6:对刺激的反应ꎻa7:信号ꎻa8:定位ꎻa9:多细胞生物过程ꎻa10:运动(力)ꎻa11:生物过程的正调节ꎻa12:细胞成分组织或生物发生ꎻa13:发展过程ꎻa14:生物过程的负调节ꎻa15:生物黏附ꎻa16:多生物过程ꎻa17:免疫系统过程ꎻa18:生殖过程ꎻa19:生殖ꎻa20:发育ꎻb1:细胞器ꎻb2:细胞ꎻb3:细胞部分ꎻb4:细胞膜ꎻb5ꎻ细胞膜部分ꎻb6:高分子复合物ꎻb7:细胞器部分ꎻb8:细胞连结ꎻb9:膜封闭腔ꎻb10:突触部分ꎻb11:突触ꎻc1:结合ꎻc2:催化活性ꎻc3:分子传感器活性ꎻc4:转录因子活性㊁蛋白质结合ꎻc5:分子功能调节器ꎻc6:核酸结合转录因子活性ꎻc7:信号传感器活性ꎮ图2㊀鸭高蛋质量组和低蛋质量组差异基因富集分析GO聚类图(0.01水平)Fig.2㊀GOenrichmentanalysisofdifferentialgenesbetweenhigh ̄egg ̄weightgroupducksandlow ̄egg ̄weightgroupducksat0.01level图3㊀鸭高蛋质量组和低蛋质量组差异基因富集分析KEGG聚类图(0.01水平)Fig.3㊀KEGGenrichmentanalysisofdifferentialgenesbetweenhigh ̄egg ̄weightgroupducksandlow ̄egg ̄weightgroupducksat0.01level㊀㊀对获得的受选择基因进行GO富集分析和KEGG分析ꎬGO分析结果表明ꎬ在生物进程分类中ꎬ受选择基因主要涉及单生物体过程㊁细胞过程㊁生物调节㊁生物过程调节ꎻ细胞组分分类中ꎬ受选择基因主要涉及细胞㊁细胞部分和细胞器ꎻ在分子功能分类中ꎬ受选择基因主要涉及结合㊁催化活性ꎮKEGG分析结果表明ꎬ受选择基因以代谢通路信号途径中参与的基因最多ꎬ包括Gda㊁ACO1㊁Bhmt㊁DMGDH㊁MAN2A1和ARSBꎬ推测这些基因可能是通过参与物质代谢过程调节蛋质量大小ꎮ764陶志云等:鸭蛋质量相关遗传变异及功能基因筛选与鉴定表6㊀各突变位点不同基因型鸭蛋质量差异分析Table6㊀Analysisofdifferencesineggweightofduckswithdiffer ̄entgenotypesateachmutationsite突变位点㊀基因基因型300d蛋质量(g)450d蛋质量(g)Z ̄11910206NIPBLT75.81ʃ8.77a73.02ʃ7.65aC73.21ʃ8.03a71.13ʃ5.57aZ ̄12017083A75.81ʃ8.77a73.02ʃ7.65aC73.21ʃ8.03a71.13ʃ5.57aZ ̄12017097A75.81ʃ8.77a73.02ʃ7.65aG73.21ʃ8.03a71.13ʃ5.57aZ ̄35251072RORBC72.35ʃ8.99a69.12ʃ6.72aT75.87ʃ8.49a73.87ʃ7.10bZ ̄35256947T71.98ʃ9.76a68.70ʃ7.12aC75.62ʃ8.43a73.55ʃ7.07bZ ̄35278196T71.45ʃ8.95a68.06ʃ6.04aC76.21ʃ8.41b74.20ʃ7.02bZ ̄22908831ARSBG76.17ʃ8.65b74.06ʃ8.57bA71.57ʃ7.96a66.56ʃ5.24aZ ̄22966695A71.30ʃ7.83a68.99ʃ5.73aG76.55ʃ8.54b74.00ʃ7.30bZ ̄39588570RASEFA71.98ʃ9.76a68.70ʃ7.12aG75.80ʃ8.36a73.55ʃ7.07bZ ̄50789683PCGF3C76.25ʃ8.92a73.25ʃ7.34aT72.86ʃ8.06a71.70ʃ7.24aZ ̄50817061C72.38ʃ7.23a71.15ʃ5.60aT76.04ʃ9.07a73.32ʃ7.68aZ ̄56163925MAN2A1A76.03ʃ8.85a73.00ʃ7.44aT74.18ʃ6.22a73.73ʃ6.54a同列数据后不同小写字母表示同一基因同一突变位点不同基因型间蛋质量差异显著(P<0 05)ꎮ㊀㊀RORB是一种孤儿核受体ꎬ与维甲酸㊁甲状腺激素受体相关ꎬ主要在大脑皮质㊁丘脑中表达ꎬ在视交叉上核㊁松果体和视网膜中也有表达ꎬ而且在松果体和视网膜中mRNA的丰度随昼夜节律振荡ꎬ在夜间达到峰值[23]ꎮRORB-/-小鼠表现出鸭子般的步态㊁视网膜发育缺陷㊁雄性生育能力延迟等[24]ꎮ小鼠RORβ缺乏ꎬ还表现出昼夜节律异常[25]ꎬ研究结果表明ꎬRORs可被BMAL1㊁CLOCK和CRY1等几个时钟基因识别ꎬ从而调节昼夜节律[26 ̄29]ꎮ除此之外ꎬRORs还调节下游靶基因的节律表达ꎬ因此ꎬRORs可作为耦合昼夜节律振荡与各种生理过程的循环控制的中间产物ꎬ包括能量平衡㊁脂质代谢等[30 ̄31]ꎮ本研究发现ꎬRORB基因上3个位点突变显著影响300d或450d的鸭蛋质量ꎬ推测鸭RORB可能是通过调控鸭昼夜节律基因的表达而影响其能量代谢过程ꎬ从而引起蛋质量的变化ꎮARSB的2个位点Z ̄22908831㊁Z ̄22966695突变显著影响300d㊁450d蛋质量ꎮARSB是一种溶酶体酶ꎬ这种酶活性的缺乏会导致未降解底物的积累和溶酶体储存障碍ꎬ即粘多糖病VI型ꎮ已经发现ARSB的多个突变均与人的VI型粘多糖病相关[32 ̄34]ꎬ尚未见ARSB在禽类中的相关报道ꎬ本研究首次发现ARSB的位点突变与蛋质量相关ꎬ提示鸭的ARSB基因可能通过影响机体代谢参与鸭产蛋过程ꎮRASEF(含RAS和EF域的蛋白质)属RabGT ̄Pase蛋白家族成员ꎬ在C端区域包含1个RabGT ̄Pase结构域ꎬ内部区域包含1个卷曲的线圈基序和2个EF结构域ꎬ它们对结合N端的钙离子非常重要[35 ̄36]ꎮ研究结果表明ꎬRab45/RASEF可在人的心㊁肝㊁肺㊁肾脏㊁前列腺和睾丸等中检测到[35]ꎬ而且与结直肠癌[37 ̄38]㊁肺癌[35]㊁葡萄膜黑色素瘤[39]㊁乳腺癌[40 ̄42]等肿瘤相关ꎬRASEF在肿瘤中的作用机制可能是通过抑制肿瘤细胞的生长从而抑制肿瘤[38 ̄39]ꎮ本研究首次发现RASEF点突变与鸭蛋质量相关ꎬ但具体调节机制有待进一步挖掘ꎮ4㊀结论本研究通过高通量混池重测序结合选择清除分析技术筛选鸭蛋高质量组㊁低质量组组间基因组差异显著区域内的SNP和功能基因ꎬ筛选到178个定位于Z号染色体与鸭蛋质量相关的SNP显著差异区间及40个受选择候选基因ꎮKEGG分析结果表明ꎬ这些受选择SNP位点和基因主要涉及代谢通路ꎮ通过比较12个突变位点不同基因型间鸭300d㊁450d蛋质量差异ꎬ鉴定出一些蛋质量相关候选突变位点及基因ꎬ这些基因可作为目标候选基因做进一步研究ꎮ本研究结果可为通过分子育种技术提高蛋鸭产蛋性能选育提供依据ꎮ参考文献:[1]㊀王珍珍.不同蛋鸭品种产蛋性能的比较分析及绍兴鸭产蛋性能的全基因组关联分析[D].金华:浙江师范大学ꎬ2020. [2]㊀刘㊀杰.利用高通量测序技术挖掘影响鸡剩余采食量的遗传变异和功能基因[D].北京:中国农业科学院ꎬ2017. [3]㊀BENTLEYDR.Whole ̄genomere ̄sequencing[J].CurrentOpinoninGenetics&Developmentꎬ2006ꎬ16(6):545 ̄552.864江苏农业学报㊀2023年第39卷第2期[4]㊀岳桂东ꎬ高㊀强ꎬ罗龙海ꎬ等.高通量测序技术在动植物研究领域中的应用[J].中国科学ꎬ2012ꎬ42(2):107 ̄124. [5]㊀杨德智ꎬ侯冠彧ꎬ施力光ꎬ等.全基因组测序在畜禽中应用的研究进展[J].中国畜牧兽医ꎬ2021ꎬ48(9):3403 ̄3414. [6]㊀杜彦丽ꎬ王㊀坤ꎬ葛长荣.鸡产蛋性能遗传因子的研究进展[J].中国畜牧杂志ꎬ2020ꎬ56(8):32 ̄38.[7]㊀LIUWBꎬLIDFꎬLIUJFꎬetal.Agenome ̄wideSNPscanre ̄vealsnovellociforeggproductionandqualitytraitsinwhiteleg ̄hornandbrown ̄eggdwarf[J].PLoSOneꎬ2011ꎬ6(12):e28600. [8]㊀SHENXꎬZENGHꎬXIELꎬetal.TheGTPaseactivatingRap/RanGAPdomain ̄like1geneisassociatedwithchickenreproduc ̄tivetraits[J].PLoSOneꎬ2012ꎬ7(4):e33851. [9]㊀FANQCꎬWUPFꎬDAIGJꎬetal.Identificationof19lociforreproductivetraitsinalocalChinesechickenbygenome ̄widestudy[J].GeneticsandMolecularResearchꎬ2017ꎬ16(1):1 ̄8. [10]张海林.蛋鸡蛋重的影响因素和控制措施[J].现代畜牧科技ꎬ2020(5):29 ̄30.[11]陆㊀本ꎬ译.蛋重的遗传[J].国外畜牧学(猪与禽)ꎬ1992(4):38 ̄39.[12]林如龙.山麻鸭体重㊁产蛋量和蛋重的遗传参数研究[J].中国家禽ꎬ2016ꎬ38(11):62 ̄64.[13]CHANGMTꎬCHENGYSꎬHUANGMC.Associationofprolac ̄tinhaplotypeswithreproductivetraitsinTsaiyaducks[J].AnimalReproductionScienceꎬ2012ꎬ135(1/4):91 ̄96.[14]李凤宁ꎬ徐桂云ꎬ张俊楠ꎬ等.广西麻鸡产蛋相关基因的SNPs检测及其与蛋用性能关联分析[J].中国畜牧杂志ꎬ2020ꎬ56(5):78 ̄82.[15]李丛艳.鸡PRL ̄R基因多态性与就巢和产蛋性状的关联研究[D].成都:四川农业大学ꎬ2009.[16]FENGXPꎬKUHNLEINUꎬAGGREYSEꎬetal.Traitassocia ̄tionofgeneticmarkersinthegrowthhormoneandthegrowthhor ̄monereceptorgeneinaWhiteLeghornstrain[J].PoultrySci ̄enceꎬ1997ꎬ76(12):1770 ̄1775.[17]詹慧琴.鸡产蛋相关基因的SNPs检测及其与蛋用性能关系的研究[D].武汉:华中农业大学ꎬ2006.[18]PUYJꎬWUYꎬXUXJꎬetal.AssociationofVIPR ̄1genepoly ̄morphismsandhaplotypeswitheggproductioninlayingquails[J].JournalofZhejiangUniversity ̄ScienceB(Biomedicine&Biotech ̄nology)ꎬ2016ꎬ17(8):591 ̄596.[19]KHALTABADIFARAHANIAHꎬMOHAMMADIHꎬMORADIMHꎬetal.Identificationofpotentialgenomicregionsforeggweightbyahaplotype ̄basedgenome ̄wideassociationstudyusingBayes ̄ianmethods[J].BritishPoultryScienceꎬ2020ꎬ61(3):251 ̄257. [20]CHANGMTꎬCHENGYSꎬHUANGMC.Anovelnon ̄synony ̄mousSNPoftheCOLXgeneanditsassociationwithduckrepro ̄ductivetraits[J].MolecularandCellularProbesꎬ2012ꎬ26(5):204 ̄207.[21]CHANGMTꎬCHENGYSꎬHUANGMC.AnovelSNPofthePNRC1geneanditsassociationwithreproductivetraitsinTsaiyaducks[J].Theriogenologyꎬ2012ꎬ78(1):140 ̄146.[22]CHANGMTꎬCHENGYSꎬHUANGMC.NovelgeneticmarkersofthecarbonicanhydraseIIgeneassociatedwitheggproductionandreproductiontraitsinTsaiyaducks[J].ReproductioninDo ̄mesticAnimalsꎬ2013ꎬ48(1):98 ̄104.[23]SCHAEREN ̄WIEMERSNꎬANDREEꎬKAPFHAMMERJPꎬetal.TheExDressionpatternoftheorphannuclearreceptorRORβinthedevelopingandadultratnervoussystemsuggestsaroleintheprocessingofsensoryinformationandincircadianrhythm[J].EuropeanJournalofNeuroscienceꎬ1997ꎬ9(12):2687 ̄2701. [24]ANDRÉEꎬCONQUETFꎬSTEINMAYRMꎬetal.Disruptionofretinoid ̄relatedorphanreceptorbetachangescircadianbehaviorꎬcausesretinaldegenerationandleadstovacillansphenotypeinmice[J].TheEMBOJournalꎬ1998ꎬ17(14):3867 ̄3877. [25]MASANAMIꎬSUMAYAICꎬBECKER ̄ANDREMꎬetal.Be ̄havioralcharacterizationandmodulationofcircadianrhythmsbylightandmelatonininC3H/HeNmicehomozygousfortheRORβknockout[J].AmericanJournalofPhysiologyRegulatoryꎬIntegra ̄tiveandComparativePhysiologyꎬ2007ꎬ292(6):R2357 ̄R2367. [26]GUILLAUMONDFꎬDARDENTEHꎬGIGUÈREVꎬetal.Differ ̄entialcontrolofBmal1circadiantranscriptionbyREV ̄ERBandRORnuclearreceptors[J].JournalofBiologicalRhythmsꎬ2005ꎬ20(5):391 ̄403.[27]KUMAKIYꎬUKAI ̄TADENUMAMꎬUNOKDꎬetal.Analysisandsynthesisofhigh ̄amplitudeCis ̄elementsinthemammaliancircadianclock[J].ProceedingoftheNationalAcademyofSci ̄encesoftheUnitedStatesofAmericaꎬ2008ꎬ105(39):14946 ̄14951.[28]PREITNERNꎬDAMIOLAFꎬLOPEZ ̄MOLINALꎬetal.Theor ̄phannuclearreceptorREV ̄ERBαcontrolscircadiantranscriptionwithinthepositivelimbofthemammaliancircadianoscillator[J].Cellꎬ2002ꎬ110(2):251 ̄260.[29]SATOTKꎬPANDASꎬMIRAGLIALJꎬetal.Afunctionalge ̄nomicsstrategyrevealsRoraasacomponentofthemammaliancir ̄cadianclock[J].Neuronꎬ2004ꎬ43(4):527 ̄537.[30]KANGHSꎬANGERSMꎬBEAKJYꎬetal.Geneexpressionpro ̄filingrevealsaregulatoryroleforRORαandRORγinphaseIandphaseIImetabolism[J].PhysiologicalGenomicsꎬ2007ꎬ31(2):281 ̄294.[31]JETTENAM.Retinoid ̄relatedorphanreceptors(RORs):criticalrolesindevelopmentꎬimmunityꎬcircadianrhythmꎬandcellularmetabolism[J].NuclearReceptorSignalingꎬ2009ꎬ7:e003. [32]UTTARILLIAꎬRANGANATHPꎬJAINSJꎬetal.Novelmuta ̄tionsofthearylsulphataseB(ARSB)geneinIndianpatientswithmucopolysaccharidosistypeVI[J].IndianJournalofMedicalRe ̄searchꎬ2015ꎬ142(4):414 ̄425.[33]WANGPꎬMARGOLISCꎬLINGꎬetal.MucopolysaccharidosistypeVIinagreatDanecausedbyanonsensemutationintheAR ̄SBgene[J].VeternaryPathologyꎬ2017ꎬ55(2):286 ̄293. [34]MALEKPOURNꎬVAKILIRꎬHAMZEHLOIET.Mutationalanal ̄ysisofARSBgeneinmucopolysaccharidosistypeVI:identification964陶志云等:鸭蛋质量相关遗传变异及功能基因筛选与鉴定ofthreenovelmutationsinIranianpatients[J].IranianJournalofBasicMedicalSciencesꎬ2018ꎬ21(9):950 ̄956.[35]OSHITAHꎬNISHINORꎬTAKANOAꎬetal.RASEFisanoveldiagnosticbiomarkerandatherapeutictargetforlungcancer[J].MolecularCancerResearchꎬ2013ꎬ11(8):937 ̄951.[36]MITRASꎬFEDERICOLꎬZHAOWꎬetal.Rab25actsasanon ̄cogeneinluminalBbreastcancerandiscausallyassociatedwithSnaildrivenEMT[J].Oncotargetꎬ2016ꎬ7(26):40252 ̄40265. [37]YUXꎬFANGZꎬLIGꎬetal.HighRASEFexpressionisassociat ̄edwithasignificantlybetterprognosisincolorectalcancer[J].In ̄ternationalJournalofClinicalandExperimentalPathologyꎬ2018ꎬ11(9):4276 ̄4282.[38]YUXꎬFANGZꎬLIGꎬetal.HighRASEFexpressionisassociat ̄edwithasignificantlybetterprognosisincolorectalcancer[J].In ̄ternationalJournalofClinicalandExperimentalPathologyꎬ2018ꎬ11(9):4276 ̄4282.[39]MAATWꎬBEIBOERSHꎬJAGERMJꎬetal.Epigeneticregula ̄tionidentifiesRASEFasatumor ̄suppressorgeneinuvealmelano ̄ma[J].InvestigativeOphthalmology&VisualScienceꎬ2008ꎬ49(4):1291 ̄1298.[40]SHIBATAMꎬKANDAMꎬSHIMIZUDꎬetal.RASEFexpressioncorrelateswithhormonereceptorstatusinbreastcancer[J].Oncol ̄ogyLettersꎬ2018ꎬ16(6):7223 ̄7230.[41]XIAOBꎬHANGJꎬLEITꎬetal.Identificationofkeygenesrele ̄vanttotheprognosisofER ̄positiveandER ̄negativebreastcancerbasedonaprognosticpredictionsystem[J].MolecularBiologyRe ̄portsꎬ2019ꎬ46(2):2111 ̄2119.[42]CAIMJꎬLIANGXꎬSUNXꎬetal.Nuclearreceptorcoactivator2promoteshumanbreastcancercellgrowthbypositivelyregulatingtheMAPK/ERKpathway[J].FrontiersinOncologyꎬ2019ꎬ9:164.(责任编辑:王㊀妮)074江苏农业学报㊀2023年第39卷第2期。
不同饲养方式黑羽番鸭的生理生化指标变化

不同饲养方式黑羽番鸭的生理生化指标变化秦豪荣;孙国波;徐琪;董飚;张扬【期刊名称】《贵州农业科学》【年(卷),期】2016(044)005【摘要】为黑羽番鸭的饲养模式创新和产业化生产提供参考,对笼养和地面平养黑羽番鸭的睾酮(TES)、孕酮(PRG)、雌二醇(E2)等生殖激素和17种血液生化指标进行测定.结果表明:笼养黑羽番鸭公鸭TES含量达3.6 ng/mL,显著(P<0.05)高于平养;笼养母番鸭高产期E2含量(287.2 pg/mL)极显著(P<0.01)高于平养,但休产期笼养与平养间差异不显著;高产期PRG含量(0.9~1.2 ng/mL)显著高于休产期(0.1~0.2 ng/mL),但不同饲养方式相同生理阶段间无显著差异.笼养与平养公鸭的谷草转氨酶、碱性磷酸酶、尿酸和超氧化物歧化酶等血液生化指标含量差异显著(P <0.05),其他指标间差异不显著;母番鸭的谷草转氨酶、超氧化物歧化酶含量间差异极显著(P<0.01),谷丙转移酶、碱性磷酸酶、谷氨酰胺转移酶、总蛋白、尿素、肌酐、尿酸和钙等含量间差异显著(P<0.05).【总页数】3页(P84-86)【作者】秦豪荣;孙国波;徐琪;董飚;张扬【作者单位】江苏农牧科技职业学院,江苏泰州225300;江苏现代畜牧科技园,江苏泰州225300;江苏农牧科技职业学院,江苏泰州225300;江苏现代畜牧科技园,江苏泰州225300;扬州大学动物科技学院,江苏扬州225009;江苏农牧科技职业学院,江苏泰州225300;江苏现代畜牧科技园,江苏泰州225300;扬州大学动物科技学院,江苏扬州225009【正文语种】中文【中图分类】S834+.89【相关文献】1.不同饲养方式下黑羽番鸭血清生化指标的比较 [J], 陆艳凤;韩大勇;孙国波;孟伊宁;伊丽婷2.法国白羽番鸭和福建黑羽番鸭生长曲线及肉用性能比较分析 [J], 黄江南; 刘林秀; 陈小连; 季华员; 魏岳; 傅秋玲; 韦启鹏; 谢金防3.法国白羽番鸭和福建黑羽番鸭生长曲线及肉用性能比较分析 [J], 黄江南;刘林秀;陈小连;季华员;魏岳;傅秋玲;韦启鹏;谢金防4.樱桃谷鸭、白羽番鸭、黑羽番鸭和苏牧鸭肉品质的比较研究 [J], 王锦锋;包小成5.黑羽番鸭与法国番鸭生长及生产性能的比较研究 [J], 吉文林;段修军;秦豪荣;赵旭庭;高勤学因版权原因,仅展示原文概要,查看原文内容请购买。
DGAT是脂肪合成代谢中的关键酶...

摘要DGAT是脂肪合成代谢中的关键酶之一,它与脂类在脂肪细胞中的沉积、血浆中三酰甘油的调节、肌肉中能量代谢以及畜禽卵母细胞的形成等有密切的关系。
研究证明,DGAT基因是影响畜禽肉质性状、产奶性状和体脂性状的重要候选基因,已成为进行分子标记辅助育种主要因素之一,对筛选和鉴定影响新疆良种驴的肉质、产奶等生产性状,具有重要的理论意义和应用价值。
本实验采用PCR-SSCP技术,对新疆和田和喀什良种驴的DGAT2基因的多态性进行了检测,对不同SSCP带型的DNA片段进行测序,分析了新疆良种驴的遗传多样性及多态性位点与生产性状的关系,为其合理保护、开发和利用提供了科学依据。
实验结果如下:(1)PCR-SSCP技术检测结果分析检测了新疆和田和喀什良种驴DGAT2基因第3、4、5内含子和第5、6外显子的多态性,仅发现第3内含子存在多态性现象,有两种等位基因分别命名为A和B,存在AA和AB两种基因型,没有检测到BB基因型,其中AA基因型为优势基因型。
纯合子AA型有两条带,杂合子AB有四条带。
基因型频率AA>AB,基因型频率为0.6964(0.3036)。
测序结果表明:AB型与AA型相比存在A→G的碱基突变。
(2)DGAT2基因第3内含子多态性与体尺性状的相关性分析DGAT2基因第3内含子多态性与体尺性状有极显著或显著的相关性。
和田良种驴AA与AB基因型个体相比,体高和胸围差异极显著(P<0.01),体长差异显著(P<0.05),AB型体高、胸围和体长高于AA型。
喀什良种驴AA与AB基因型个体相比,体高差异显著(P<0.05),AB型体高、胸围和体长高于AA型,但体长和胸围差异不显著(P >0.05)。
实验群体中喀什良种驴在体高、体长和胸围高于和田良种驴,差异极显著(P <0.01)。
(3)DGAT2基因第3内含子多态性与屠宰性状的相关性分析和田良种驴AA和AB基因型个体的体重、胴体重、屠宰率及净肉重差异不显著(P >0.05),只有净肉率差异极显著(P<0.01),但这几项测定值均是AB型高于AA型。
荧光定量pcr内参基因

荧光定量pcr内参基因
荧光定量PCR是一种常用的分子生物学技术,常用于测量目标
DNA的含量。
在PCR反应中使用内参基因来标准化目标基因的表达是
很重要的,因为它可以消除反应的效率差异和不同样品之间的差异性。
内参基因也被称为参比基因或标准基因,它们是稳定表达的基因,其
表达量在各个细胞和组织中基本不变。
通过选择一个稳定的内参基因,可以确保PCR反应的可靠性和准确性。
以下是一些常用的荧光定量PCR内参基因:
1. GAPDH:糖酵解途径中的酶,参与氧化糖分解过程,在多个细胞和
组织中表达水平稳定。
2. β-actin:负责细胞的细胞骨架形态维持,在多个细胞和组织中表达水平稳定。
3. 18S rRNA:核糖体组成部分之一,在不同种类的细胞和组织中表达
水平相对稳定。
4. HPRT:鸟嘌呤磷酸核苷酸转移酶,参与细胞DNA合成,在多个细
胞和组织中表达水平稳定。
5. Cyclophilin A:负责细胞免疫应答和蛋白质折叠,在不同种类的细胞
和组织中表达水平相对稳定。
选择合适的内参基因并进行相关实验前,需要充分了解目标基因和研究细胞/组织的特点。
同时,还要确定一个高质量的RNA样品并进行RNA纯化和浓度测定等步骤。
只有这样,荧光定量PCR才能提供可靠准确的分析结果。
- 1、下载文档前请自行甄别文档内容的完整性,平台不提供额外的编辑、内容补充、找答案等附加服务。
- 2、"仅部分预览"的文档,不可在线预览部分如存在完整性等问题,可反馈申请退款(可完整预览的文档不适用该条件!)。
- 3、如文档侵犯您的权益,请联系客服反馈,我们会尽快为您处理(人工客服工作时间:9:00-18:30)。
文章 编 号 :0 8— 4 7 2 1 )6— 7 — 4 10 0 5 (0 0 0 0 1 0 4
An y i fI t o fPRL n n Ti z a k u c v c s Usng PCR —RFLP alss o n r n 1 o Ge e i an hu Bl c M s o y Du k i —
山地 农 业 生物 学 报
2 ( ) 4 1 4 4 2 1 9 6 :7 Agiutr a d B oo y o r a f u ti rc l e n ilg u
・
研 究 报 告
・
天 柱 黑 番 鸭 催 乳 素 基 因 内含 子 1的
因型 分 布 符合 H My We b N 平 衡 , a — ie n 因此 , B基 因型 为 优 势基 因型 , B B基 因为 优 势 等 位基 因。 关键词 : 柱黑番鸭;R 天 P L基 因 ;C P R—R L FP
中图 分 类 号 :84 8 (7 ) ¥3 .9 23
文献 标 识 码 : A
在 1 2 p 置发 生 了 A G的碱 基 突 变 , 生 了 A A 6b 位 3 — 产 A、 B和 B B3种 基 因型 。其 中 , B基 因型频 率在 天 柱 黑 番 鸭 B
和 白番 鸭 中分 别 为 07 43和 0 7 5 , . 1 .0 B等位 基 因频 率在 两组 番 鸭 中相 应 为 0 8 1 9 .2 0 7 41 。 验 表 明 , 4和 .9 。× 检 基
T e g n t p itiu in r n a r e n t r y—W en e ge u l ru b h — s u r e t h e oy e dsr t swe ei ge me t h Had — b o wi ib r q ii i m yc i — q a ets.Th r— b ee fr oe,BB wa o n n e oy e,a d B sd mi a tall. sd mi a tg n tp n wa o n n l e e K e r s T a z u Mu c v u k ;PR g n y wo d : in h s o d c s y L e e;PC — RFL R P
Abta tI rsn td ,it n 1 o rlci 肷 e e o in h lc soy d c sa dWht sr c :npee t u y nr fpoat s o n( )gn fTa z u Ba k Mu cv u k n i e
Mu c v u k r n lz d b s o y d c swe ea ay e yPCR —RF P.Th e ut n iae h tt ee weet a Id g sin sts L ers l i dc t dt a h r r WODr ie t ie s o wihn ito f尸尺 g n t i n rn 1 o e e.h we e ny o e wa oy r h c o v ro l n sp lmop i .An A—+ mu ain a h i 2 p o G tt tte st 13 6 b f o e t i e e wa ee td b hs g n sd tce y DNA e u n ig,wh c rd c d t re s rso e oy e s q e cn ih p o u e h e o t fg n tp s:AA ,AB a d BB.Th n e fe u n iso e oy e BB i a z u Blc s o y d c s a h t s o y d c s wee 0 71 n rq e ce fg n tp n Tin h a k Mu c v u k nd W i Mu c v u k r . 4 3 a d e
Y NG h n —i ,I Ru — i’ A S e g l ’ L N iy 。 n
,
X n — n’ Y N a . ag (. o ee A i a Si c , u hu UL gx , A GJ nx n 1 Clg nm l c ne G  ̄ o o i i i l o f e s
摘
要 : 用 P R—R L 利 C F P技 术 , 天 柱 黑番 鸭扣 白羽 番 鸭 的 催乳 素 ( rlco , ) 因 内含 子 1进 行 了酶 切 和 对 Po tn 纠让 基 ai
序 列 分析 。结 果表 明 : R P L基 因 内含 子 1 在 两个 D aI 切 位 点 , 中 1个 位 点 具 有 D aI多态 性 。 该位 点 由 于 存 r 酶 其 r
U i ri nv sy,G ia g G i o 5 0 5,C ia 2 K ylbrtr nm l eei ,bedn n erd c o et u n u h u5 0 2 y z hn ; . e oao o i a nt s re i a d r o ut n a y fA g c g p i
P RR L C — F P分 析
杨 胜 林 , 瑞 意 , 龙 鑫 , 建 香 林 徐 杨
(. 1贵州 大学 动物科 学学 院 , 贵州 贵 阳 502 ;. 州大 学 高原 山地动 物遗传 育种 5052 贵
502 ) 505
与繁殖省 部共 建教 育部重 点实验 室 ,贵州 贵 阳
0 7 59,r s e t ey,a d B g n rq e ce n t e e t o uain r 8 n 7 . 0 e p ci l v n e e fe u n isi h s wo p p lto swe e0. 2 a d 0. 9,rs e tv l. e p ciey
te lt uMon i u Rgo , n t d ai h a a u t n s ei Misyo E u t n,G i o p e ao n ir f c o u hu E z
C ia hn )
,G i n u h u50 2 , u ag G i o 5 0 5 y z